Analytical strategies for the comprehensive profiling of histone post translational modifications by mass spectrometry and implications for functional analyses

Le long bio-polymère d'ADN est condensé à l’intérieur du noyau des cellules eukaryotes à l'aide de petites protéines appelées histones. En plus de leurs fonctions condensatrices,ces histones sont également la cible de nombreuses modifications post-traductionnelles(MPT), particulièrement au niveau de leur section N-terminale. Ces modifications réversibles font partie d’un code d’histones épi-génétique transmissible qui orchestre et module dynamiquement certains événements impliquant la chromatine, tels l’activation et la désactivation de gènes ainsi que la duplication et la réparation d’ADN. Ces modifications sont impliquées subséquemment dans la signalisation et la progression de cancers, tels que la leucémie. En conséquence, l'élucidation des modifications d’histones est importante pour comprendre leurs fonctions biologiques. Une méthodologie analytique a été mise au point en laboratoire pour isoler, détecter, et quantifier les MPT d’histones en utilisant une approche rapide à deux volets à l’aide d’outils bioinformatiques spécialisés. La méthodologie développée en laboratoire a été validée en utilisant des histones de souche sauvage ainsi que deux types d’histones mutants déficients en enzymes acétyltransferase. Des trois sources d’histones utilisées, la seule MPT qui a démontré un changement significatif est l’acétylation de l’histone H3 à lysine 56 (H3K56ac). L’expression et la stoechiométrie de cette MPT, issue de cellules de souche sauvage et de cellules mutantes, ont été déterminées avec précision et comparées. Les fonctions de balayage polyvalentes d'un instrument à trappe ionique quadrupôle linéaire hybride ont été utilisées pour améliorer la détection de protéines intactes. Le mode de balayage « enhanced multiply charged » (EMC) a été modifié pour contenir et détecter les ions de protéines intactes situées dans la trappe ionique linéaire. Ce mode de balayage nommé « targeted EMC » (tEMC) a permis de quadrupler le niveau de sensibilité (signal/interférence), et quintupler la résolution du mode de balayage conventionnel. De plus, la capacité de séparation des charges du tEMC a réduit de façon significative les effets de « space charge » dans la trappe ionique linéaire. La résolution supérieure du mode tEMC a permis de différencier plusieurs isoformes modifiées, particulièrement pour l’histone H3. L’analyse des peptides d’histones trypsiques à l’aide du mode de balayage « MRM » a permis le séquençage et la quantification de MPT avec un haut degré de précision. La seule MPT qui était sous-exprimée entre l’histone de souche sauvage et le mutant DOT1L fut la méthylation de l’histone H3 lysine 79(H3K79me1). Les effets de deux inhibiteurs d’enzymes HDAC (HDACi) sur l’expression de MPT d’histone ont été évalués en utilisant la méthodologie analytique mentionnée. Les histones extraites de cellules normales et cancéreuses ont été exposées à du Vorinostat(SAHA) ou du Entinostat (MS-275) pour une période de 24 à 72 heures. Deux histones furent principalement affectées, soit H3 et H4. Étonnamment, les mêmes effets n'ont pas été détectés lorsque les cellules normales ont été traitées avec le HDACi pour une période de 48 à 72 heures. Une méthode absolue de quantification avec une courbe d’étalonnage a été développée pour le peptide H3K56ac. Contrairement à certaines publications, nos résultats démontrent que cette MPT est présente dans les cellules mammifères avec une stoechiométrie très basse (< 0,1%) et n'est pas surexprimée de façon significative après le traitement au HDACi.

Phosphoproteome profiling approaches for comprehensive monitoring of cell signaling events in interferon-[gamma] stimulated macrophages

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Le revenu de citoyenneté : entre émancipation et assujettissement. L'exemple du Basic Income Grant en Namibie.

De la capacité d’une société à repenser ses liens sociaux, dépend son développement à la fois politique, social et économique. L’État peut, pour contribuer de manière déterminante à la production de sens, développer des outils, entre autres des mécanismes de redistribution, susceptibles d’assurer la solidarité et la cohésion sociale. L’enjeu est d’importance pour certains pays comme la Namibie, dont l'histoire est marquée par le colonialisme et l'apartheid ─desquels il s'est libéré il y a à peine plus de vingt ans─ et qui sont construits sur une logique de séparation inégalitaire des droits et des ressources. À partir de l'exemple du Basic Income Grant (BIG), projet-pilote de revenu citoyen garanti mis en place dans un village de la Namibie entre 2007 et 2009, ce mémoire propose d'explorer l'apport du concept d'empowerment dans ce projet en tant qu'outil de déconstruction de ces structures inégalitaires. Après avoir exposé différentes conceptions des notions de pauvreté, de richesse et de développement, nous aborderons la question du revenu citoyen garanti et de la place qu'il peut prendre dans différents systèmes de protection sociale. Puis, nous tenterons de mieux cerner le concept d'empowerment pour finalement arriver à répondre à notre principal questionnement: le projet BIG permet-il effectivement l'émancipation ou au contraire, fait-il en sorte de renforcer le sentiment de dépendance et d'impuissance vécu par la communauté isolée, vivant dans des conditions d'extrême précarité? Des entrevues ont pour ce faire été conduites auprès de 15 participants, soit des membres du village d'Otjivero, des intervenants engagés dans le regroupement d'acteurs de la société civile namibienne étant à la source de l'initiative, et des représentants gouvernementaux. L’analyse de ces résultats est présentée en dernière partie de travail.

On the optimality of progressive income redistribution

We compute the optimal non-linear tax policy for a dynastic economy with uninsurable risk, where generations are linked by dynastic wealth accumulation and correlated incomes. Unlike earlier studies, we find that the optimal long-run tax policy is moderately regressive. Regressive taxes lead to higher output and consumption, at the expense of larger after-tax income inequality. Nevertheless, equilibrium effects and the availability of self-insurance via bequests mitigate the impact of regressive taxes on consumption inequality, resulting in improved average welfare overall. We also consider the optimal once-and-for-all change in the tax system, taking into account the transition dynamics. Starting at the U.S. status quo, the optimal tax reform is slightly more progressive than the current system.

Neighbourhood Income and Neonatal, Postneonatal and Sudden Infant Death Syndrome (SIDS) Mortality in Canada, 1991-2005

CONTEXTE : La mortalité infantile a diminué au Canada depuis les années 1990 et 2000 mais nous ignorons si toutes les classes socioéconomiques ont bénéficié également de ce progrès. OBJECTIFS : La présente étude portait sur les différences entre les taux de mortalité néonatale et postnéonatale et de mort subite du nourrisson entre les différents quintiles de revenu des quartiers au Canada de 1991 à 2005. MÉTHODES : Le fichier couplé des naissances vivantes et des décès infantiles au Canada a été utilisé à l’exclusion des naissances survenues en Ontario, au Yukon, dans les Territoires du Nord-ouest et au Nunavut. Les taux de mortalité néonatale et postnéonatale et de mort subite du nourrisson ont été calculé par quintile de revenu des quartiers et par période (1991-1995, 1996-2000, 2001-2005). Les rapports de risque (RR) ont été calculés par quintile de revenu et période avec ajustement pour la province de résidence, l’âge de la mère, la parité, le sexe du nourrisson et les naissances multiples. RÉSULTATS : En zone urbaine, pour toute la période étudiée (1991- 2005), le quintile de revenu le plus pauvre avait un risque plus élevé de mortalité néonatale (RR ajusté 1,24; IC 95% 1,15-1,34), de mortalité postnéonatale (RR ajusté 1,58; IC 95% 1,41-1,76) et de mort subite du nourrisson (RR ajusté 1,83; IC 95% 1,49-2,26) par rapport au quintile le plus riche. Les taux de mortalité post néonatale et de mort subite du nourrisson ont décliné respectivement de 37 % et de 57 % de 1991- 1995 à 2001-2005 alors que le taux de mortalité néonatale n’a pas changé de façon significative. Cette diminution de la mortalité postnéonatale et de la mort subite du nourrisson a été observée dans tous les quintiles de revenu. CONCLUSION : Malgré une diminution de la mortalité postnéonatale et du syndrome de mort subite du nourrisson dans tous les quintiles de revenu, les inégalités subsistent au Canada. Ce résultat démontre le besoin de stratégies efficaces de promotion de la santé visant spécifiquement les populations vulnérables. MOTS CLÉS : mort subite du nourrisson; mortalité infantile; statut socioéconomique

Income modeling using Quantile Functions

Department of Statistics, Cochin University of Science and Technology

“Income, Livelihood and Education of Tribal Communities in Kerala – Exploring Inter Community Disparities

The overall objective of the study is to examine whether the tribal communities in Kerala can be considered a coherent group in terms of select indicators of development by focusing on nine major tribal communities. The study also aims to bring out the intercommunity differences if any in aspects of livelihood options and education level of the tribal communities in Kerala

Rashtriya Swasthya Bhima Yojana-Comprehensive Health Insurance Scheme (Rsby-Chis) In Kerala: A Study On The Effectiveness And Utilization Of The Scheme With Special Reference To Ernakulam And Wayanad Districts

Health insurance has become a necessity for the common man, next to food, clothing and shelter. The financing of health expense is either catastrophic or sometimes even frequently contracted illnesses, is a major cause of mental agony for the common man. The cost of care may sometimes result in the complete erosion of the family savings or may even lead to indebtedness as many studies on causes of rural indebtedness bear testimony (Jayalakshmi, 2006). A suitable cover by way of health insurance is all that is required to cope with such situations. Health care insurance rightly provides the mechanism for both individuals and families to mitigate the financial burden of medical expenses in the present context. Hence a well designed affordable health insurance policy is the need of the hour.Therefore, it is very significant to study the extent to which the beneficiaries in Kerala make use of the benefits provided by a social health insurance scheme like RSBY-CHIS. Based on the above pertinent points, this study assumes national relevance even though the geographical area of the study is limited to two districts of Kerala. The findings of the study will bring forth valuable inputs on the services availed by the beneficiaries of RSBYCHIS and take appropriate measures to improve the effectiveness of the scheme whereby maximum quality benefit could be availed by the poorest of the poor and develop the scheme as a real dawn of the new era of health for them

HWR for Indian Languages: A Comprehensive Survey

Few major Research works are going in the field of Handwriting Word Recognition (HWR) of Indian languages. This paper surveys the major works of offline/online handwritten word recognition. Techniques involved in word recognition are also discussed. Major works carried out in Bangla, Urdu, Tamil and Hindi are mentioned in this paper. Advancement towards HWR in other Indian languages are also discussed. Application of offline HWR is also discussed

A Quantile based analysis of income data

Dept. of Statistics, CUSAT

Study on Microcredit in Kerala with Special Reference to Employment and Income Generation through Microenterprises and Livelihood Projects

This study aimed to study the evolution and substance of microfinance as a major tool for combating poverty at the global and national level. The development of micro finance in Kerala is briefly discussed. It also indicates the importance and role of microcredit in bringing the poor up in the society through entrepreneurial initiatives. The current trends in the field are also discussed, leading to the need of the present research.

A Study of a Comprehensive Career Services System in Chinese Universities

Since 1999, with the adoption of expansion policy in higher education by the Chinese government, enrollment and graduate numbers have been increasing at an unprecedented speed. Accustomed to a system in which university graduates were placed, many students are not trained in “selling themselves”, which exacerbates the situation leading to a skyrocketing unemployment rate among new graduates. The idea of emphasizing career services comes with increasing employment pressure among university graduates in recent years. The 1998 “Higher Education Act” made it a legislative requirement. Thereafter, the Ministry of Education issued a series of documents in order to promote the development of career services. All higher education institutions are required to set up special career service centers and to set a ratio of 1:500 between career staff and the total number of students. Related career management courses, especially career planning classes, are required to be clearly included as specific modules into the teaching plan with a requirement of no less than 38 sessions in one semester at all universities. Developing career services in higher education has thus become a hot issue. One of the more notable trends in higher education in recent years has been the transformation of university career service centers from merely being the coordinators of on-campus placement into full service centers for international career development. The traditional core of career services in higher education had been built around guidance, information and placements (Watts, 1997). This core was still in place, but the role of higher education career services has changed considerably in recent years and the nature of each part is being transformed (Watts, 1997). Most services are undertaking a range of additional activities, and the career guidance issue is emphasized much more than before. Career management courses, especially career planning classes, are given special focus in developing career services in the Chinese case. This links career services clearly and directly with the course provision function. In China, most career service centers are engaging in the transformation period from a “management-oriented” organization to a “service-oriented” organization. Besides guidance services, information services and placement activities, there is a need to blend them together with the new additional teaching function, which follows the general trend as regulated by the government. The role of career services has been expanding and this has brought more challenges to its development in Chinese higher education. Chinese universities still remain in the period of exploration and establishment in developing their own career services. In the face of the new situation, it is very important and meaningful to explore and establish a comprehensive career services system to address student needs in the universities. A key part in developing this system is the introduction of career courses and delivering related career management skills to the students. So there is the need to restructure the career service sectors within the Chinese universities in general. The career service centers will operate as a hub and function as a spoke in the wheel of this model system, providing support and information to staff located in individual teaching departments who are responsible for the delivery of career education, information, advice and guidance. The career service centers will also provide training and career planning classes. The purpose of establishing a comprehensive career services system is to provide a strong base for student career development. The students can prepare themselves well in psychology, ideology and ability before employment with the assistance of effective career services. To conclude, according to the different characteristics and needs of students, there will be appropriate services and guidance in different stages and different ways. In other words, related career services and career guidance activities would be started for newly enrolled freshmen and continue throughout their whole university process. For the operation of a comprehensive services system, there is a need for strong support by the government in the form of macro-control and policy guarantee, but support by the government in the form of macro-control and policy guarantee, but also a need for close cooperation with the academic administration and faculties to be actively involved in career planning and employment programs. As an integral function within the universities, career services must develop and maintain productive relationships with relevant campus offices and key stakeholders both within the universities and externally.

Effects of red brick production on land use, household income, and greenhouse gas emissions in Khartoum, Sudan

In Khartoum (Sudan) a particular factor shaping urban land use is the rapid expansion of red brick making (BM) for the construction of houses which occurs on the most fertile agricultural Gerif soils along the Nile banks. The objectives of this study were to assess the profitability of BM, to explore the income distribution among farmers and kiln owners, to measure the dry matter (DM), nitrogen (N), phosphorus (P), potassium (K) and organic carbon (C_org) in cow dung used for BM, and to estimate the greenhouse gas (GHG) emissions from burned biomass fuel (cow dung and fuel wood). About 49 kiln owners were interviewed in 2009 using a semi-structured questionnaire that allowed to record socio-economic and variable cost data for budget calculations, and determination of Gini coefficients. Samples of cow dung were collected directly from the kilns and analyzed for their nutrients concentrations. To estimate GHG emissions a modified approach of the Intergovernmental Panel on Climate Change (IPCC) was used. The land rental value from red brick kilns was estimated at 5-fold the rental value from agriculture and the land rent to total cost ratio was 29% for urban farms compared to 6% for BM. The Gini coefficients indicated that income distribution among kiln owners was more equal than among urban farmers. Using IPCC default values the 475, 381, and 36 t DM of loose dung, compacted dung, and fuel wood used for BM emit annually 688, 548, and 60 t of GHGs, respectively.