Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource

O café é um dos principais produtos agrícolas, sendo considerado o segundo item em importância do comércio internacional de commodities. O gênero Coffea pertence à família Rubiaceae que também inclui outras plantas importantes. Este gênero contém aproximadamente 100 espécies, mas a produção comercial é baseada somente em duas espécies, Coffea arabica e Coffea canephora, que representam aproximadamente 70 % e 30 % do mercado total de café, respectivamente. O Projeto Genoma Café Brasileiro foi desenvolvido com o objetivo de disponibilizar os modernos recursos da genômica à comunidade científica e aos diferentes segmentos da cadeia produtiva do café. Para isso, foram seqüenciados 214.964 clones escolhidos aleatoriamente de 37 bibliotecas de cDNA de C. arabica, C. canephora e C. racemosa representando estádios específicos do desenvolvimento de células e de tecidos do cafeeiro, resultando em 130.792, 12.381 e 10.566 seqüências de cada espécie, respectivamente, após processo de trimagem. Os ESTs foram agrupados em 17.982 contigs e em 32.155 singletons. A comparação destas seqüências pelo programa BLAST revelou que 22 % não tiveram nenhuma similaridade significativa às seqüências no banco de dados do National Center for Biotechnology Information (de função conhecida ou desconhecida). A base de dados de ESTs do cafeeiro resultou na identificação de cerca de 33.000 unigenes diferentes. Os resultados de anotação das seqüências foram armazenados em base de dados online em http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe. Os recursos desenvolvidos por este projeto disponibilizam ferramentas genéticas e genômicas que podem ser decisivas para a sustentabilidade, a competitividade e a futura viabilidade da agroindústria cafeeira nos mercados interno e externo.

Desenvolvimento de um equipamento para avaliação do desempenho de geomantas

O controle sobre os processos erosivos é uma necessidade constatada em vários segmentos da engenharia. A movimentação de terra necessária para a execução de taludes rodoviários, por exemplo, pode resultar em taludes de corte ou aterro vulneráveis à erosão superficial. Dentre as alternativas tecnológicas para controle de erosão a utilização de geossintéticos se apresenta como uma solução potencial. A referida aplicação encontra-se em amplo desenvolvimento em alguns países como, por exemplo, nos EUA. No Brasil, a especificação de geossintéticos para controle de erosão é limitada pela ausência de caracterização desses produtos e de normas nacionais, sendo a única fonte técnica de informação, os catálogos dos fabricantes. Neste contexto, o objetivo deste trabalho é construir um equipamento e desenvolver métodos de ensaio para caracterização e avaliação de geossintéticos utilizados no controle de erosão superficial, com base na ASTM D7101. Além de um simulador de chuvas, o equipamento é composto por uma bancada de testes formada por: rampa de escoamento, mesa de suporte e núcleos de solo. Utilizando a bancada construída, foram realizados ensaios para avaliar o funcionamento do equipamento e o desempenho de uma geomanta na redução da taxa de erosão superficial. Os ensaios foram realizados com intensidades de precipitação de 100 ± 4mm/h e 150 ± 4mm/h, durante 30 minutos, com intervalo de leitura de 5 minutos. Os resultados obtidos nos ensaios sem a presença da geomanta mostraram uma perda de solo acentuada durante as chuvas simuladas, com uma iv tendência de crescimento linear da perda de solo acumulada em função do tempo de ensaio. Nos ensaios realizados com a presença da geomanta observou-se a ação de proteção do geossintético com uma redução da ordem de 90% da perda de solo acumulada para todas as intensidades de chuvas utilizadas

Cellulose nanocomposites with nanofibres isolated from pineapple leaf fibers for medical applications

Nanocellulose is the crystalline domains obtained from renewable cellulosic sources, used to increase mechanical properties and biodegrability in polymer composites. This work has been to study how high pressure defibrillation and chemical purification affect the PALF fibre morphology from micro to nanoscale. Microscopy techniques and X-ray diffraction were used to study the structure and properties of the prepared nanofibers and composites. Microscopy studies showed that the used individualization processes lead to a unique morphology of interconnected web-like structure of PALF fibers. The produced nanofibers were bundles of cellulose fibers of widths ranging between 5 and 15 nm and estimated lengths of several micrometers. Percentage yield and aspect ratio of the nanofiber obtained by this technique is found to be very high in comparison with other conventional methods. The nanocomposites were prepared by means of compression moulding, by stacking the nanocellulose fibre mats between polyurethane films. The results showed that the nanofibrils reinforced the polyurethane efficiently. The addition of 5 wt% of cellulose nanofibrils to PU increased the strength nearly 300% and the stiffness by 2600%. The developed composites were utilized to fabricate various versatile medical implants. (C) 2011 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Bermuda grass sod production as related to nitrogen rates

O N é o nutriente que proporciona as maiores respostas no crescimento das gramas, e a adubação nitrogenada adequada pode proporcionar a formação do tapete com boa qualidade em menor tempo. Neste trabalho, objetivou-se avaliar a influência da adubação nitrogenada na produção e qualidade de tapetes de grama-bermuda. O experimento foi instalado e conduzido em área de produção comercial de grama, localizada na cidade de Capela do Alto, SP. A grama utilizada foi a Cynodon dactylon (Pers) L., conhecida como grama-bermuda. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados, com cinco tratamentos e quatro repetições. Os tratamentos foram constituídos por cinco doses de N: 0, 150, 300, 450 e 600 kg ha-1. O aumento das doses de N aumentou a taxa de cobertura do solo pela gramabermuda, reduzindo o tempo para formação do tapete. O máximo acúmulo de matéria seca de rizomas + estolões + raízes foi proporcionado pela dose de 354 kg ha-1 de N, e a resistência dos tapetes, pela dose de 365 kg ha-1 de N. Doses de N entre 354 e 365 kg ha-1, aumentaram a resistência dos tapetes e, com isso, a capacidade deles serem manuseados após a colheita, podendo promover assim maior rendimento da área.

Laminados compósitos de PRFV: efeitos da descontinuidade geométrica e do envelhecimento ambiental acelerado

The growing demand in the use of composite materials necessitates a better understanding of its behavior related to many conditions of loading and service, as well as under several ways of connections involved in mechanisms of structural projects. Within these project conditions are highlighted the presence of geometrical discontinuities in the area of cross and longitudinal sections of structural elements and environmental conditions of work like UV radiation, moisture, heat, leading to a decrease in final mechanical response of the material. In this sense, this thesis aims to develop studies detailed (experimental and semi-empirical models) the effects caused by the presence of geometric discontinuity, more specifically, a central hole in the longitudinal section (with reduced cross section) and the influence of accelerated environmental aging on the mechanical properties and fracture mechanism of FGRP composite laminates under the action of uniaxial tensile loads. Studies on morphological behavior and structural degradation of composite laminates are performed by macroscopic and microscopic analysis of affected surfaces, in addition to evaluation by the Measurement technique for mass variation (TMVM). The accelerated environmental aging conditions are simulated by aging chamber. To study the simultaneous influence of aging/geometric discontinuity in the mechanical properties of composite laminates, a semiempirical model is proposed and called IE/FCPM Model. For the stress concentration due to the central hole, an analisys by failures criteria were performed by Average-Stress Criterion (ASC) and Point-Stress Criterion (PSC). Two polymeric composite laminates, manufactured industrially were studied: the first is only reinforced by short mats of fiberglass-E (LM) and the second where the reinforced by glass fiber/E comes in the form of bidirectional fabric (LT). In the conception configurations of laminates the anisotropy is crucial to the final mechanical response of the same. Finally, a comparative study of all parameters was performed for a better understanding of the results. How conclusive study, the characteristics of the final fracture of the laminate under all conditions that they were subjected, were analyzed. These analyzes were made at the macroscopic level (scanner) microscope (optical and scanning electron). At the end of the analyzes, it was observed that the degradation process occurs similarly for each composite researched, however, the LM composite compared to composite LT (configurations LT 0/90º and LT ±45º) proved to be more susceptible to loss of mechanical properties in both regarding with the central hole as well to accelerated environmental aging

Descontinuidade na seção transversal em laminados compósitos poliméricos: efeitos e propriedades

The growing demand in the use of composite materials necessitates a better understanding its behavior to many conditions of loading and service, as well as under several ways of connections involved in mechanisms of structural projects. It is know that most of the structural elements are designed with presence of geometric discontinuities (holes, notches, etc) in their longitudinal sections and / or transversals, and that these discontinuities affect the mechanical response of these elements. This work has aims to analyze a study of the mechanical response, when in the presence geometric discontinuity, of polymer matrix composite laminates (orthophthalic polyester) to the uniaxial tensile test. The geometric discontinuity is characterized by the presence of a center hole in the transversal section of the composite. In this study, different kinds of stacking sequences are tested, with and without the presence of the hole, so as to provide better understanding of the mechanical properties. This sense, two laminates were studied: the first is only reinforced by with seven layers short mats of fiberglass-E (CM) and the second where the reinforcement of fiberglass-E comes in the form of bidirectional fabric (CT), with only four layers. The laminate CT has the presence of anisotropy (sense of continuous fibers with respect to the applied load) as the main parameter influencing its mechanical behavior, behavior this, not observed for the CM. In addition to the mechanical properties was also studied the fracture characteristics developed in each composite laminated. The results also showed that the presence of the hole in the transversal section decreased the ultimate strength of laminates and changed the final characteristic of fracture in all kinds of composite laminated studied

Atributos químicos do solo, crescimento radicular e produtividade do arroz de acordo com a aplicação de escórias

Resíduos industriais são fontes alternativas de nutrientes para as plantas e sua utilização decorre da necessidade de diminuir o acúmulo dos resíduos nos centros de produção. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de escórias de siderurgia nos atributos químicos do solo, no desenvolvimento e na produtividade de grãos do arroz de terras altas irrigado por aspersão. O delineamento experimental foi em blocos casualizados, com três tratamentos constituídos de duas escórias, alto-forno (196 g kg-1 de Si) e aciaria (56 g kg-1 de Si), e a testemunha sem aplicação, com oito repetições. As escórias podem ser usadas como corretivo de acidez do solo e como fonte de silício. As alterações nos atributos químicos do solo estão relacionadas com a composição química das escórias. A escória de alto-forno proporcionou maior crescimento radicular em profundidade e melhor distribuição no perfil do solo e, conseqüentemente, maior produção de massa de matéria seca da parte aérea e produtividade de grãos de arroz.

Estudo comparativo das propriedades mecânicas em compósitos da fibra modal e poliester

In the present work, three composites with distinct reinforcements (polyester, modal e polyester + modal), all if a unsaturated orthophthalic polyester resin as matrix were used, in order to conduct a comparative study by mechanical tests and water absorption. The fibre mats were prepared in a mat preparatory by immersion developed in the Textile Engineering Laboratory. The composites were manufactured using a closed mould process by compression using an unsaturated orthophthalic polyester resin as matrix and 1% MEK (methyl ethyl ketone peroxide) as an initiator. In each composite twelve samples with the dimensions of 150x25x3 mm were cut randomly for the mechanical analysis (tension x extension, three points bending and water absorption and Scanning Electron Micsroscopy). The mechanical tests were carried out in the Laboratório de Metais e Ensaios Mecânicos UFRN . All the analyses were carried out according to the ASTM norms. The resultant samples from the mechanical analysis were subjected for the Scanning Electron Microscopy analysis. Based on the results obtained, it was observed that the reinforced composite with two fibres (modal + polyester) presented better results in comparison to the other two composites both in the tension/extension as well on the three point bending tests. In the water absorption test, it was possible to observe an equilibrium in the water absorption by the modal and polyester composite, due to the union of the two fibres. In the SEM images, the regions of rupture in the composites as well as the adsorption between the fiber and the matrix could be observed

Efeito de escória de alto forno no crescimento radicular e na produtividade de arroz

A utilização agrícola de resíduos industriais como fertilizantes decorre da necessidade de diminuir o efeito nocivo do acúmulo de nutrientes nos centros de produção. O objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos de escória de alto forno no crescimento radicular e na produtividade do arroz de terras altas irrigado por aspersão. O experimento foi realizado no campo, adotando-se o delineamento experimental de blocos casualizados, com cinco doses de escória de alto forno (0, 2.550, 5.100, 10.200 e 15.300 kg ha-1) com quatro repetições. A utilização de escória melhorou a condição química do solo, aumentou o crescimento e a superfície radicular, diminuiu o diâmetro das raízes e elevou os teores de silício no solo e na planta, resultando em aumento da produtividade.

Distribuição de macroalgas lóticas de uma bacia de drenagem no Parque Nacional da Serra da Canastra, Minas Gerais, Brasil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Ecological distribution of stream macroalgae in different spatial scales using taxonomic and morphological groups

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Macroalgas de ambientes lóticos da região centro-oeste do Paraná, região sul do Brasil

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

p-iodophenol-enhanced luminol chemiluminescent assay applied to discrimination between acute lymphoblastic and minimally differentiated acute myeloid (FAB-M0) or acute megakaryoblastic (FAB-M7) leukemias

Introduction: In this report, we propose the application of the p-iodophenol-enhanced luminol chemiluminescent technique to the determination of peroxidase (myeloperoxidase and/or platelet peroxidase) activity in blasts of minimally differentiated acute myeloblastic leukemia (AML-M0) and acute megakaryoblastic leukemia (AML-M7).Methods: the frozen blast cells from 29 patients were thawed and submitted to the optimized protocol.Results: All cases of AML-M7 and AML-M0 exhibited integrated light emission greater than 73 (10(2) mV x s), which was the arbitrary cutoff point set for the discrimination between AML and acute lymphoblastic leukemia (ALL) (mean + 3 x s.d. of ALL samples, n = 10). In addition, five out of seven cases of AML-M0 showed results above the Cutoff point.Conclusion: This highly sensitive enhanced chemiluminescent technique may be applied to discriminate between ALL and AML-M7 or AML-M1 cases, and most AML-M0 cases. It is very simple, cheap and easy to perform compared to other procedures used to measure MPO activity in AML-leukemias including AML-M7 and AML-M0.

Evolução do reparo por excisão de nucleotídeo

The phylogeny is one of the main activities of the modern taxonomists and a way to reconstruct the history of the life through comparative analysis of these sequences stored in their genomes aimed find any justification for the origin or evolution of them. Among the sequences with a high level of conservation are the genes of repair because it is important for the conservation and maintenance of genetic stability. Hence, variations in repair genes, as the genes of the nucleotide excision repair (NER), may indicate a possible gene transfer between species. This study aimed to examine the evolutionary history of the components of the NER. For this, sequences of UVRA, UVRB, UVRC and XPB were obtained from GenBank by Blast-p, considering 10-15 as cutoff to create a database. Phylogenetic studies were done using algorithms in PAUP programs, BAYES and PHYLIP package. Phylogenetic trees were build with protein sequences and with sequences of 16S ribosomal RNA for comparative analysis by the methods of parsimony, likelihood and Bayesian. The XPB tree shows that archaeal´s XPB helicases are similar to eukaryotic helicases. According to this data, we infer that the eukaryote nucleotide excision repair system had appeared in Archaea. At UVRA, UVRB and UVRC trees was found a monophyletic group formed by three species of epsilonproteobacterias class, three species of mollicutes class and archaeabacterias of Methanobacteria and Methanococci classes. This information is supported by a tree obtained with the proteins, UVRA, UVRB and UVRC concatenated. Thus, although there are arguments in the literature defending the horizontal transfer of the system uvrABC of bacteria to archaeabacterias, the analysis made in this study suggests that occurred a vertical transfer, from archaeabacteria, of both the NER genes: uvrABC and XPs. According the parsimony, this is the best way because of the occurrence of monophyletic groups, the time of divergence of classes and number of archaeabacterias species with uvrABC system

Análise comparativa dos genes de reparo do DNA em Gluconacetobacter diazotrophicus e Gluconobacter oxydans

Gluconacetobacter diazotrophicus é uma alfa-proteobactéria Gram-negativa, tolerante a meios ácidos, fixadora de nitrogênio atmosférico e foi a primeira bactéria diazotrófica endofítica isolada da cana-de-açúcar. Por sua vez, Gluconobacter oxydans, também alfa-proteobactéria Gram-negativa, possui a capacidade de oxidar incompletamente alcoóis e carboidratos. Ambas de interesse biotecnológico e industrial, essas bactérias tiveram seus genomas seqüenciados completamente em 2007. Desta forma, foi de interesse desse trabalho analisar e comparar os genes de reparo do DNA devido sua importância na manutenção da integridade genômica. Sendo assim, as vias de reparo presentes nos dois organismos foram identificadas, utilizando como base uma terceira alfa-proteobactéria, a Caulobacter crescentus, cujos genes de reparo foram descritos por um trabalho anterior e também os genes bem estabelecidos para o reparo do DNA em Escherichia coli. Para esse estudo, um banco de dados contendo ortólogos para os genes de reparo de DNA encontrados nos organismos foi criado e análises comparativas por similaridade usando o pacote Blast e o software Clustal foram feitas. Este estudo demonstrou que as principais vias de reparo ao DNA reparos por excisão, reparo direto, reparo recombinacional e reparo pelo sistema SOS estão presentes nos organismos analisados, demonstrando, na maioria das vezes, boa similaridade com E. coli. Interessantemente, foram encontradas duplicações gênicas nos quais uma das cópias estava presente no cromossomo e a outra, no plasmídeo, como no caso de UvrD, DnaE e Ssb, possivelmente caracterizando eventos de transferência lateral. Por fim, uma grande novidade foi a identificação de ortólogos para RecB em G. diazotrophicus e G. oxydans e de ortólogos duplicados de RecD em G. diazotrophicus. Até o momento, não havia sido relatada a presença de membros da via de iniciação RecBCD do reparo recombinacional em alfaproteobactérias