Application of text-mining for updating protein post-translational modification annotation in UniProtKB.

BACKGROUND: The annotation of protein post-translational modifications (PTMs) is an important task of UniProtKB curators and, with continuing improvements in experimental methodology, an ever greater number of articles are being published on this topic. To help curators cope with this growing body of information we have developed a system which extracts information from the scientific literature for the most frequently annotated PTMs in UniProtKB. RESULTS: The procedure uses a pattern-matching and rule-based approach to extract sentences with information on the type and site of modification. A ranked list of protein candidates for the modification is also provided. For PTM extraction, precision varies from 57% to 94%, and recall from 75% to 95%, according to the type of modification. The procedure was used to track new publications on PTMs and to recover potential supporting evidence for phosphorylation sites annotated based on the results of large scale proteomics experiments. CONCLUSIONS: The information retrieval and extraction method we have developed in this study forms the basis of a simple tool for the manual curation of protein post-translational modifications in UniProtKB/Swiss-Prot. Our work demonstrates that even simple text-mining tools can be effectively adapted for database curation tasks, providing that a thorough understanding of the working process and requirements are first obtained. This system can be accessed at http://eagl.unige.ch/PTM/.

El discurs polític: la immigració com a pretext

El treball és una d’anàlisi del discurs polític que apareix en els programes electorals dels candidats a les presidencials franceses 2012, centrant l’atenció en el terme immigration. L’objectiu és identificar de quina manera expressen la seva ideologia, concretar les semblances, les divergències i els matisos que determinen en els seus discursos.

Comparativa entre l'aprenentatge del paisatge a partir del llibre de text i a partir de l'experimentació

En aquest treball, trobareu tot un seguit de teoria que emmarca, si més no, l’estudi realitzat, amb autors que defensen unes idees o unes altres, amb les lleis actuals d’educació i amb els diferents canvis educatius que s’han dut a terme en els últims anys i que han afectat les ciències socials i, conseqüentment, l’aprenentatge dels/les alumnes. A més a més hi consta la recerca d’informació, descripció i anàlisi realitzat en dos centres educatius, amb la finalitat d’establir uns resultats que responguin a la pregunta inicial que em vaig plantejar abans de fer l’estudi: Què és més adequat per l’aprenentatge dels infants, utilitzar llibre de text a les aules o experimentar a partir de diferents recursos?

Plagiarism meets paraphrasing: insights for the new generation in automatic plagiarism detection

Although paraphrasing is the linguistic mechanism underlying many plagiarism cases, little attention has been paid to its analysis in the framework of automatic plagiarism detection. Therefore, state-of-the-art plagiarism detectors find it difficult to detect cases of paraphrase plagiarism. In this article, we analyse the relationship between paraphrasing and plagiarism, paying special attention to which paraphrase phenomena underlie acts of plagiarism and which of them are detected by plagiarism detection systems. With this aim in mind, we created the P4P corpus, a new resource which uses a paraphrase typology to annotate a subset of the PAN-PC-10 corpus for automatic plagiarism detection. The results of the Second International Competition on Plagiarism Detection were analysed in the light of this annotation. The presented experiments show that (i) more complex paraphrase phenomena and a high density of paraphrase mechanisms make plagiarism detection more difficult, (ii) lexical substitutions are the paraphrase mechanisms used the most when plagiarising, and (iii) paraphrase mechanisms tend to shorten the plagiarized text. For the first time, the paraphrase mechanisms behind plagiarism have been analysed, providing critical insights for the improvement of automatic plagiarism detection systems.

Destination image of Girona: an online text-mining approach

The main objective of this Master Thesis is to discover more about Girona’s image as a tourism destination from different agents’ perspective and to study its differences on promotion or opinions. In order to meet this objective, three components of Girona’s destination image will be studied: attribute-based component, the holistic component, and the affective component. It is true that a lot of research has been done about tourism destination image, but it is less when we are talking about the destination of Girona. Some studies have already focused on Girona as a tourist destination, but they used a different type of sample and different methodological steps. This study is new among destination studies in the sense that it is based only on textual online data and it follows a methodology based on text-miming. Text-mining is a kind of methodology that allows people extract relevant information from texts. Also, after this information is extracted by this methodology, some statistical multivariate analyses are done with the aim of discovering more about Girona’s tourism image

The Implied Book and the Narrative Text. On a Blind Spot in Narratological Theory - from a Media Studies Perspective

The article is concerned with the formal definition of a largely unnoticed factor in narrative structure. Based on the assumptions that (1) the semantics of a written text depend, among other factors, directly on its visual alignment in space, that (2) the formal structure of a text has to meet that of its spatial presentation and that (3) these assumptions hold true also for narrative texts (which, however, in modern times typically conceal their spatial dimensions by a low-key linear layout), it is argued that, how ever low-key, the expected material shape of a given narrative determines the configuration of its plot by its author. The ,implied book' thus denotes an author's historically assumable, not necessarily conscious idea of how his text, which is still in the process of creation, will be dimensionally presented and under these circumstances visually absorbed. Assuming that an author's knowledge of this later (potentially) substantiated material form influences the composition, the implied book is to be understood as a text-genetically determined, structuring moment of the text. Historically reconstructed, it thus serves the methodical analysis of structural characteristics of a completed text.

Lo que callan los corpus, lo que afirman los cuepos [Pròleg]

La historia canónica de la belleza se ha representado en cuerpos femeninos heteropatriarcales estatuarios, producidos por discursos socioculturales que se afirman sobre el desposeimiento de la subjetividad y del deseo. La misma mirada, marcada por los prejuicios de sexo/género, nos ha legado una historia de violencia en que las mujeres solo pueden ser monstruosas metáforas del terror o víctimas inermes. Este libro parte justamente del alejamiento de estas bellezas estatuarias e invita a analizar esos ámbitos, no celebrativos, en que las mujeres —reales o de ficción— se afirman y se humanizan en su relación con el silencio, el dolor, la violencia y el horror. Desde la Edad Media hasta obras publicadas hace menos de veinte años, encontramos voces de mujer que se alejaron de la doxa de una u otra forma, a veces por el simple hecho de osar transformar su voz silenciada en palabra escrita. Lo que callan los corpus, lo que afirman los cuerpos presenta nueve visiones de violencia —física o simbólica, subjetiva u objetiva— ejercida sobre y por las mujeres a través del silencio, la ocultación, el encierro o la grotesca deformación de la verdadera realidad de su escritura y propone, así, nueve análisis que superan inercias para leer los corpus literarios más allá de cánones, con el cuerpo en primer plano.

El doblatge i la subtitulació de The Nightmare before Christmas: una anàlisi contrastiva de les dues grans modalitats de la traducció audiovisual

Aquest treball es proposa analitzar la traducció del doblatge i la subtitulació d'un text audiovisual concret per identificar les tendències i les estratègies de traducció que imperen en cada modalitat. Així mateix, pretén comprovar si a la pràctica es respecten les convencions i normes de la traducció audiovisual

Poètiques del desig. Alteritat i escriptura a l’obra de Gabriel Ferrater, Maria-Mercè Marçal i Enric Casasses

[cat] La present investigació parteix de la urgència de revisar la poesia catalana contemporània des dels paràmetres de la teoria literària que abracen la representació del desig. Partint de l’estreta vinculació entre aquest marc teòric i les noves formulacions del subjecte líric postmodern, hem proposat l’estudi de tres grans poètiques que han marcat, cada una d’elles en el seu context socioliterari, un punt d’inflexió a la poesia catalana des d’aquest quadre teòric: Gabriel Ferrater, Maria-Mercè Marçal i Enric Casasses. Per aquest motiu, l’objectiu central de la tesi és demostrar, a través de la categoria del desig, com l’alteritat eroticoamorosa és un dels centres de representació i experimentació dels límits del subjecte poètic i quins efectes té en la construcció de la identitat textual i en el que hem anomenat matèria-emoció. La tesi no pretén ser un estudi comparatiu dels tres autors, sinó que, capturant les tres trajectòries en paral•lel, situa cada poètica en un punt de no retorn respecte al desig i la seva representació. Atès això, és, metafòricament, el signe desig, en els seus tres plans, el que unifica els tres paradigmes que hem sotmès a anàlisi: Gabriel Ferrater com a referent, Maria-Mercè Marçal en qualitat de significat i Enric Casasses, portador del significant. El primer capítol va més enllà de la ruptura moderna entre escriptura i exaltació d’una subjectivitat única i monolítica, per comprendre en què consisteix la dissolució del jo líric en tant que fonament de l’enunciació del subjecte en el vers. És una proposta metodològica que, prenent com a centre l’intent de construcció d’una teoria del poema basada en l’expansió del jo cap a l’Altre, analitza algunes de les variables retòriques i ontològiques que coparticipen en la formulació teòrica de subjecte líric incomplet o fragmentat en el moment d’enunciar-se. D’aquesta manera, amb una voluntat de teixir uns ítems teòrics per on circuli el concepte de jo líric versus l’Altre (poesia de l’alteritat, “llei de l’assentiment”, “apropiació” de l’enunciat o, sobretot, matèria-emoció), l’escriptura poètica es concep com un joc de forces entre la performativitat del subjecte líric i la recerca de la seva pròpia subjectivitat. Aquesta crisi del subjecte i la impossibilitat de restituir una relació unilateral respecte a l’Altre, cobren una especial rellevància quan el motor o força que activa la relació d’alteritat és el moviment que impulsa el jo fora de les seves pròpies estructures per atènyer l’altre/a (subjecte desitjat) o absorbir-lo: el desig. La segona part del primer capítol està destinada a definir les aproximacions teòriques sobre la representació del desig —encercades en un posicionament postestructuralista conjuminat amb la crítica literària feminista—, que ens permeten assentar les coordenades interpretatives per portar a terme l’estudi de la formalització de tres subjectes lírics que cerquen en l’escriptura el seu propi esdevenir com a subjectes desitjants. Així és que al llarg del segon capítol hem interrogat les tres poètiques resseguint els espais comuns erigits en la nostra proposta de marc interpretatiu. Per fer-ho, ens hem centrat en Les dones i els dies de Gabriel Ferrater, amb especial èmfasi a “Teoria dels cossos”. En el cas de Maria-Mercè Marçal, hem estudiat exhaustivament el primer poemari que inaugura l’escriptura del desig lèsbic, Terra de Mai, tot establint una contigüitat temàtica amb “Sang presa” (dins de La germana, l’estrangera). I, finalment, hem resseguit la poesia d’Enric Casasses d’una forma transversal, a partir de les obres més significatives entorn al subjecte de recerca, com ara La cosa aquella, “Alquímia d’amor” (dins de Començament dels començaments i ocasió de les ocasions), D’equivocar-se així, Calç i, sobretot, Do’m. Drama en tres actes. Primer de tot, hem definit les coordenades del subjecte desitjant en relació amb el subjecte del desig, la qual cosa ens ha exigit l’anàlisi de l’enunciació del jo líric, respectivament. La recerca de les directrius fundacionals de les subjectivitats líriques —actives des del moment en què sorgeix la demanda del desig (implícita o explícita)―, han fet palesa, progressivament, la problemàtica suficiència ontològica del subjecte que deriva, al seu torn, de l’encontre amb l’altre/a. Així hem arribat a mesurar la distància inexorable que separa el jo del tu, amb resultats ben diferents. Ferrater, que anihila sorprenentment el subjecte líric, ha estat el primer port d’una singladura que, en arribar a Marçal, ens ha permès conèixer la continuïtat del ser: el despertar del desig és l’origen de la individuació dels subjectes agents del plaer en detriment de la compleció identitària. I hem navegat, finalment, fins a Casasses, qui defensa al llarg de la seva obra una individuació com a centre ètic de l’acte amorós. En una segona part, hem estudiat la representació de l’altre/a en cada corpus poètic. En el cas de Ferrater, les dones no només activen l’alteritat eroticoamorosa concreta en cada poema, sinó que, des d’un punt de vista metapoètic, esdevenen constitutives de la subjectivitat lírica en la recerca de la identitat que té lloc al llarg de Les dones i els dies. Partint de la figura de “Teseu”, poema que emmiralla i significa el procés d’escriptura poètica, hem explorat la formalització del desig en funció de les diferents representacions de la dona en paral•lel amb les posicions enunciatives del jo líric. Al llarg d’aquest recorregut, la representació del cos del desig (la fragmentació, la carícia, la mirada, etc.) i l’espai on aquest cos s’esdevé (la cambra), han estat els dos epicentres mitjançant els quals hem conclòs que la dona es presenta com un cos resistent que guia el jo líric a negar, paradoxalment, el mateix desig. La impossibilitat de satisfer el desig es manifesta, així, amb una reformulada pèrdua dels límits del subjecte desitjant. En els versos marçalians el desig emergeix com un gran torrent que arrossega al jo líric a mesurar-se en la distància que la separa de l’altra. A partir de l’altra especular, les primeres sextines de Terra de mai obren un nou ordre del jo i del tu en el discurs amorós: l’equivalència física dels cossos amants/amats extrema la fusió tant física com amorosa que es convertirà en l’acció transformadora i afirmativa de la identitat. Amb això, Marçal desarticula la gestió fal•logocèntrica del desig i l’ubica com una categoria des de la qual emprèn la construcció d’una subjectivitat lírica femenina i lèsbica. En aquest sentit, mitjançant la presència nítida d’una exploració i reconstrucció del cos de dona albirat des del desig homoeròtic, la poeta desplega la renovació d’una simbologia eròtica que configura un cosmos corporal totalment nou: cossos d’aigua i sang. Marçal busca en els fluids corporals femenins (l’aigua, la sang menstrual, la sang del trau o, fins i tot, el vòmit), la transposició dels marges corporals als textuals, convertint el poema no en un paral•lel verbal de l’experiència del desig sinó en un paral•lel corporal. En un primer moment, la representació de l’altra és indissociable de les imatges especulars (aigua o mirall). Aquesta és la fase de continuïtat, de la compleció identitària a través de l’experiència de la jouissance, i està constituïda per tres eixos: la confusió dels límits entre el jo i la seva altra, la fusió de les dues subjectivitats i l’afirmació de la unicitat amb el verb “som”. A continuació, hem resseguit com aquest “ser u” es trenca a mesura que el jo poètic es va singularitzant. Aquest segon moment és on el desig irromp al llenguatge del plaer i es converteix en una passió altament destructiva. La dissimilació amb el tu i la nostàlgia de la “fal•laç utopia d’una fusió absoluta” bolquen el poema cap a un jo poètic mutilat, que cerca un cos absent i l’espai de plenitud d’un subjecte líric que es troba irreparablement ferit (“Sang presa”). La poesia de Casasses trava la representació de l’altre amorós en la modalitat dialògica dels versos (el parlar). El fenomen de l’enunciació poètica casassiana s’emmarca en unes estructures poemàtiques que invoquen, des de l’origen, el Tu, apel•lant, així, al problema estrictament postmodern de la unicitat del jo líric i de la identitat en el procés d’escriptura. Atès això, el poema es convertirà en un dir ofert a l’Altre com a demanda del llenguatge, motiu pel qual el desig emergeix com a motor de l’escriptura poètica. Abans d’endinsar-nos específicament a l’eclosió del Tu en tant que altre amorós, ha calgut esclarir les coordenades generals del Tu en majúscules per esbossar els trets fonamentals de la significació poètica. Així, doncs, hem analitzat com es despleguen els diferents tu en l’enunciació, ja sigui quan aquest refereix al lector o a la poesia (recursos metapoètics), quan correspon a l’amor/desig (governador del subjecte de l’escriptura) i, finalment, quan el tu condensa l’altre amorós (amor particular). En aquest darrer cas, hem proposat una possible escala de transcendència del tu respecte al jo líric: d’un tu amorós totalitzador (la lluna) fins al subjecte del desig, la dona. Paral•lelament, la representació de l’amada és indissociable del concepte d’emoció lírica creada a través de la modelització del dir del jo poètic. Per aquest fet, hem classificat la irrupció del subjecte desitjat en diferents graus de referencialitat: el “tu” present, el “tu” absent i el “tu” de destinació. En un tercer apartat, hem intentat respondre a una de les grans problemàtiques que giren entorn a les escriptures del desig: és possible la seva representació? Ferrater ens enfronta davant de l’indicible. La poètica ferrateriana se situa en un distanciament deliberat de les emocions, la qual cosa circumscriu l’expressió del desig en el marc d’allò incomunicable de l’experiència. Consegüentment, hem abordat la formalització del desig a través del concepte d’imaginació tot analitzant com el poeta aconsegueix elevar l’energia emotiva del llenguatge a partir de les relacions entre la paraula i els seus absents, i com això ens permet parlar del poema en tant que matèria-emoció. Així mateix, hem conclòs que Ferrater captura l’indicible en el text jugant amb els límits representatius del llenguatge. Per abordar les escriptures del desig marçaliana i casassiana hem recorregut als plecs de la matèria-emoció encarats a l’écart: la fractura de l’epidermis del poema causada per l’erupció de la vida corporal, pulsional i afectiva del subjecte de l’escriptura. El ritme pulsional del desig (escena d’escriptura i escena amorosa) i la veu (poiesis) es converteixen en els fonaments de la construcció d’unes subjectivitats líriques que s’inscriuen en una posició femenina, allà on el cos amb estat d’apetència cerca la continuïtat en l’escriptura. Concretament, hem resseguit la formalització de l’absència de l’altra en els versos de Marçal, la qual recorre a figuracions com l’espera, el buit, la desfeta del mirall, l’assassinat dels cossos en plenitud, entre altres imatges que activen el salt de l’eros al thanatos; així com, també, les estructures interrogatives que signifiquen la impossibilitat d’experimentar el desig del desig de l’altra. Respecte a l’obra de Casasses, el poeta troba en la forma dramàtica el mitjà idoni per experimentar les possibilitats de la representació del desig: Do’m. Mitjançant una exegesi detallada del drama, hem pogut concloure que, tal com postula Barthes, l’única construcció textual possible d’allò amorós es troba en formular el que té d’intractable, i això només es pot representar a partir de l’acció mateixa. Talment, Casasses porta a l’extrem la modalitat dialògica pròpia de la seva poesia per escenificar l’encontre amorós i la construcció in progress del subjecte desitjant a través del dir-se l’amor. Finalment, la investigació intenta oferir una resposta al voltant de la conjunció desig, subjectivitat lírica i identitat. Aquestes tres coordenades ens permeten elevar les diferents representacions del desig a l’alçada de les millors poètiques contemporànies. L’ètica i l’estètica ferrateriana es congreguen en l’espai de l’erotisme moral. Ferrater concep el vers com un mètode fenomenològic a través del qual inscriu una actitud poètica que no es pot pensar sense la formalització del subjecte desitjant. Atès això, amb Les dones i els dies s’inaugura la categoria del desig en relació amb els límits d’expressió del subjecte líric. Marçal obre les portes a l’espai literari femení i lèsbic amb una escriptura poètica creadora de nous àmbits per a l’expressió del desig. La cerca d’un nou ordre simbòlic en el llenguatge poètic està estretament vinculada amb la construcció d’una subjectivitat tant política com poètica, un dels trets principals de la qual és la reivindicació i afirmació del plaer sexual femení. D’aquesta manera, el desig a l’obra de la poeta és portador d’una actitud i praxi política que troba la seva màxima expressió en la conquesta d’una llengua abolida. Per acabar, Casasses invoca l’espai de la paraula viva per articular l’acompliment de la funció poètica. A través de la poesia recitada, ja sigui des d’un punt de vista teòric com en la seva performance escènica, construeix una nova i fundacional experiència poètica que troba el seu paral•lel amb l’experiència amorosa. En aquest nou espai de circulació de la paraula poètica hi situa una subjectivitat lírica fundada en el moviment ètic cap a l’altre encarnat en el cos, la veu i el ritme.

MAP2 Isoforms in Developing Cat Cerebral Cortex and Corpus Callosum.

The microtubule-associated protein MAP2 was studied in the developing cat visual cortex and corpus callosum. Biochemically, no MAP2a was detectable in either structure during the first postnatal month; adult cortex revealed small amounts of MAP2a. MAP2b was abundant in cortical tissue during the first postnatal month and decreased in concentration towards adulthood; it was barely detectable in corpus callosum at all ages. MAP2c was present in cortex and corpus callosum at birth; in cortex it consisted of three proteins of similar molecular weights between 65 and 70 kD. The two larger, phosphorylated forms disappeared after postnatal day 28, the smaller form after day 39. In corpus callosum, MAP2c changed from a phosphorylated to an unphosphorylated variant during the first postnatal month and then disappeared. Immunocytochemical experiments revealed MAP2 in cell bodies and dendrites of neurons in all cortical layers, from birth onwards. In corpus callosum, in the first month after birth, a little MAP2, possibly MAP2c, was detectable in axons. The present data indicate that MAP2 isoforms differ in their cellular distribution, temporal appearance and structural association, and that their composition undergoes profound changes during the period of axonal stabilization and dendritic maturation.