A novel source for miR-21 expression through the alternative polyadenylation of VMP1 gene transcripts

miR-21 is the most commonly over-expressed microRNA (miRNA) in cancer and a proven oncogene. Hsa-miR-21 is located on chromosome 17q23.2, immediately downstream of the vacuole membrane protein-1 (VMP1) gene, also known as TMEM49. VMP1 transcripts initiate ∼130 kb upstream of miR-21, are spliced, and polyadenylated only a few hundred base pairs upstream of the miR-21 hairpin. On the other hand, primary miR-21 transcripts (pri-miR-21) originate within the last introns of VMP1, but bypass VMP1 polyadenylation signals to include the miR-21 hairpin. Here, we report that VMP1 transcripts can also bypass these polyadenylation signals to include miR-21, thus providing a novel and independently regulated source of miR-21, termed VMP1–miR-21. Northern blotting, gene-specific RT-PCR, RNA pull-down and DNA branching assays support that VMP1–miR-21 is expressed at significant levels in a number of cancer cell lines and that it is processed by the Microprocessor complex to produce mature miR-21. VMP1 and pri-miR-21 are induced by common stimuli, such as phorbol-12-myristate-13-acetate (PMA) and androgens, but show differential responses to some stimuli such as epigenetic modifying agents. Collectively, these results indicate that miR-21 is a unique miRNA capable of being regulated by alternative polyadenylation and two independent gene promoters.

An open source browser-based software tool for graph drawing and visualisation

In this research work we searched for open source libraries which supports graph drawing and visualisation and can run in a browser. Subsequent these libraries were evaluated to find out which one is the best for this task. The result was the d3.js is that library which has the greatest functionality, flexibility and customisability. Afterwards we developed an open source software tool where d3.js was included and which was written in JavaScript so that it can run browser-based.

WebGraphEd, an open source graph drawing editor for the web

WebGraphEd is an open source software for graph visualization and manipulation. It is especially designed to work for the web platform through a web browser. The web application has been written in JavaScript and compacted later, which makes it a very lightweight software. There is no need of additional software, and the only requirement is to have an HTML5 compliant browser. WebGraphEd works with scalable vector graphics (SVG), which it makes possible to create lossless graph drawings.

The star forming region Monoceros R2 as a gamma-ray source

After the release of the gamma-ray source catalog produced by the Fermi satellite during its first two years of operation, a significant fraction of sources still remain unassociated at lower energies. In addition to well-known high-energy emitters (pulsars, blazars, supernova remnants, etc.), theoretical expectations predict new classes of gamma-ray sources. In particular, gamma-ray emission could be associated with some of the early phases of stellar evolution, but this interesting possibility is still poorly understood. Aims: The aim of this paper is to assess the possibility of the Fermi gamma-ray source 2FGL J0607.5-0618c being associated with the massive star forming region Monoceros R2. Methods: A multi-wavelength analysis of the Monoceros R2 region is carried out using archival data at radio, infrared, X-ray, and gamma-ray wavelengths. The resulting observational properties are used to estimate the physical parameters needed to test the different physical scenarios. Results: We confirm the 2FGL J0607.5-0618c detection with improved confidence over the Fermi two-year catalog. We find that a combined effect of the multiple young stellar objects in Monoceros R2 is a viable picture for the nature of the source.

SDS open source

Estudi de viabilitat sobre la implantació d'un software-defined storage open source en entorns empresarials. Comparativa entre Gluster, Ceph, OpenAFS, TahoeFS i XtreemFS.

Confirmation of persistent radio jets in the microquasar LS 5039

We present here new observations conducted with the EVN and MERLIN of the persistent microquasar LS 5039 discovered by Paredes et al. (2000) with the VLBA. The new observations confirm the presence of an asymmetric two-sided jet reaching up to 1000 AU on the longest jet arm. The results suggest a bending of the jets with increasing distance from the core and/or precession. The origin and location of the high-energy gamma-ray emission associated with the system is discussed and an estimate of the magnetic field at the base of the jet given. Our results suggest a well collimated radio jet. We also comment on new observing strategies to be used with satellites and forthcoming detectors, since this persistent source appears to be a rather good laboratory to explore the accretion/ejection processes taking place near compact objects.

Oospores of Phytophthora infestans in soil provide an important new source of primary inoculum in Finland

Selostus: Perunaruton munaitiöt maassa ovat uusi merkittävä epidemian alkulähde Suomessa

Räjähdyssuojausasiakirjan vaatima riskin arviointi muille kuin sähkölaitteille

Turvatekniikan keskuksella (TUKES) on valvottavanaan noin 1 000 teollisuuslaitosta, joissa on räjähdysvaarallisia tiloja. Olosuhdedirektiivin (1999/92/EY) mukainen kansal-linen asetus (VNa 576/2003) tuli voimaan 1.9.2003. Asetus koskee uusia räjähdysvaa-rallisia tiloja välittömästi, kun taas käytössä olevat tilat on saatettava sen mukaisiksi 30.6.2006 mennessä. Asetus edellyttää, että työnantaja laatii räjähdysvaarallisille tiloille räjähdyssuojausasiakirjan ja arvioi kirjallisesti näissä tiloissa käytettävien, ilman Ex-merkkiä olevien työvälineiden riskin. Räjähdyssuojausasiakirjan ja kirjallisena tehdyn riskin arvioinnin eräs keskeinen tarkoitus on varmistaa mahdollisten syttymislähteiden laaja-alainen hallinta ja pienentää onnettomuusriskiä. Tässä diplomityössä selvitetään, mitä riskin arvioinnin täytyy sisältää ja etsitään tehokas menetelmä arvioinnin tekoon. Kolmelta yritykseltä saatiin tutkittavaksi niiden alalle tyypillinen muu kuin sähkölaite, jota käytetään räjähdysvaarallisessa tilassa. Laitteiden tuli olla Ex-merkittömiä ja olla ollut käytössä ennen asetuksen voimaan tuloa. Laitteiden ja niiden dokumenttien tutkimisella testattiin eri menetelmien soveltuvuutta riskin arviointiin. Samalla selvitettiin jo käytössä olevien laitteiden turvallisuustaso. Jokaisen pilottitapauksen kohdalla on arvioinnissa menetelty eri tavoin. Työssä esitellään keskeisimmät menetelmät, joilla riskin arviointi voidaan tehdä. Suosi-tuksena esitellään ratkaisumalli, jonka avulla voidaan päätellä laitteen tarvitsema riskinarviointimenetelmä. Pilottitapauksia arvioitiin laitteiden sijoituksen ja lukumäärän pohjalta. Suosituksena on, että riskin arvioinnissa lähdetään liikkeelle itse laitteesta ja sen soveltuvuudesta räjähdysvaaralliseen tilaan. Tällä tavalla pystytään kohdistamaan käytössä olevat resurssit paremmin niihin laitteisiin, jotka vaativat tarkemman riskin arvioinnin. Pilottitapausten perusteella räjähdysvaaralliseen tilaan tarkoitetut laitteet soveltuivat käytettäväksi tarkoitetussa käytössään. Räjähdyssuojausasiakirjaa varten on dokumentoitava tiedot niiden käytöstä, mahdollisista syttymislähteistä ja suojaavista toimenpiteistä.

Titanyylisulfaatin elektrolyyttisen pelkistyslaitoksen esisuunnitelma

Työssä esisuunniteltiin Kemira Pigments Oy:lle uusi titanyylisulfaatin elektrolyyttinen pelkistyslaitos. Suurin syy uuden laitoksen suunnitteluun oli nykyisen laitoksen aiheuttamat korkeat H2SO4-pitoisuudet pelkistyslaitoksen läheisyydessä. Työn kirjallisuusosassa käsitellään elektrolyysilaitteiston suunnitteluun liittyviä seikkoja ja esitellään titanyylisulfaatin elektrolyyttiseen pelkistykseen liittyvää tutkimustietoa. Ennen uuden laitoksen suunnittelua suoritettiin nykyisellä pelkistyslaitoksella koeajoja, joiden tarkoituksena oli antaa lähtötiedot uuden laitoksen suunnittelulle. Koeajot osoittivat mm., että pelkistys on edullisinta suorittaa alhaisella virrantiheydellä n. 300…400 A/m2 ja vesilaimennuksen avulla anolyytin H2SO4-pitoisuus saadaan säädettyä tasolle, jossa titaani ei saostu. Kärynpoistoyhteisiin asennettujen pesuvesisuuttimien avulla saatiin titaanin saostuminen kärynpoistokanaviin estettyä. Uudesta titanyylisulfaatin elektrolyyttisestä pelkistyslaitoksesta laadittiin mm. seuraavat dokumentit: prosessin virtauskaavio ja ainevirtakenttä, PI-kaavio, layout-kuvat laitoksesta ja sen sijoituksesta sekä rakennepiirros elektrolyysialtaasta. Hankkeelle tehtiin kustannusarvio tarkkuudella ±20 %, jonka loppusummaksi saatiin 1 489 000 €. Laitoksen vuotuisten käyttökustannuksien arvioitiin olevan n. 105 000 €. Investoinnista aiheutuvien vuotuisten annuiteettikustannusten arvioitiin olevan n. 237 000 € 16,3 % korolla.

External Location Factors of Foreign Direct Investment in Russia – Finnish Perspective

Tämän diplomityön tavoitteena on selvittää, mitä alueellisia tekijöitä suomalaiset yritykset ottavat huomioon valitessaan sopivaa sijaintia suoralle investoinnille Venäjän sisällä. Muutamia yrityksen sisäisiä tekijöitä käytetään taustamuuttujina selittämään sijaintitekijöiden painotuksissa havaittavia eroja erilaisten yritysten välillä. Venäjän alueita vertaillaan lopuksi painotusten valossa. Työn ensimmäisessä osassa keskitytään suorien ulkomaisten investointien teoreettiseen taustaan. Aiempia tutkimuksia käydään läpi, jotta tekijät, joilla on havaittu olevan vaikutusta investointien sijoittumiseen maan sisällä, saadaan kartoitettua. Työn jälkimmäinen osa perustuu yrityskyselyn avulla kerättyyn empiiriseen aineistoon. Aineiston avulla selvitetään mitä tekijöitä suomalaisyritykset huomioivat sijaintipäätöstä tehdessään. Tulosten valossa on ilmeistä, että alueen markkinapotentiaali on suomalaisyrityksissä tärkein huomioitava tekijä investoinnin sijainnista päätettäessä. Myös infrastruktuuri ja kustannushyödyt vaikuttavat päätökseen. Erityyppisten yritysten painotukset ovat hyvin samanlaisia. Moskova ja Pietari vastaavat Venäjän alueista parhaiten suomalaisyritysten investoinnin sijainnille asettamia kriteerejä.

Minimal requirements for parameters to be used for the development of predictive models for microbial source tracking. The example of the pair somatic coliphages and phages infecting Bacteroides

Several methods and approaches for measuring parameters to determine fecal sources of pollution in water have been developed in recent years. No single microbial or chemical parameter has proved sufficient to determine the source of fecal pollution. Combinations of parameters involving at least one discriminating indicator and one universal fecal indicator offer the most promising solutions for qualitative and quantitative analyses. The universal (nondiscriminating) fecal indicator provides quantitative information regarding the fecal load. The discriminating indicator contributes to the identification of a specific source. The relative values of the parameters derived from both kinds of indicators could provide information regarding the contribution to the total fecal load from each origin. It is also essential that both parameters characteristically persist in the environment for similar periods. Numerical analysis, such as inductive learning methods, could be used to select the most suitable and the lowest number of parameters to develop predictive models. These combinations of parameters provide information on factors affecting the models, such as dilution, specific types of animal source, persistence of microbial tracers, and complex mixtures from different sources. The combined use of the enumeration of somatic coliphages and the enumeration of Bacteroides-phages using different host specific strains (one from humans and another from pigs), both selected using the suggested approach, provides a feasible model for quantitative and qualitative analyses of fecal source identification.

Privacy-friendly Business Models for Location-Based Mobile Services

This paper presents a theoretical model to analyze the privacy issues around location based mobile business models. We report the results of an exploratory field experiment in Switzerland that assessed the factors driving user payoff in mobile business. We found that (1) the personal data disclosed has a negative effect on user payoff; (2) the amount of personalization available has a direct and positive effect, as well as a moderating effect on user payoff; (3) the amount of control over user's personal data has a direct and positive effect, as well as a moderating effect on user payoff. The results suggest that privacy protection could be the main value proposition in the B2C mobile market. From our theoretical model we derive a set of guidelines to design a privacy-friendly business model pattern for third-party services. We discuss four examples to show the mobile platform can play a key role in the implementation of these new business models.