Desempenho de clones de seringueira da série IAC 300 selecionados para a região noroeste do Estado de São Paulo

É apresentado o desempenho de 19 novos clones de seringueira [Hevea brasiliensis (Willd. exAdr. de Juss.) Muell. Arg.], resultantes de hibridações conduzidas no Instituto Agronômico e avaliados em experimento de pequena escala, tendo o clone RRIM 600 como testemunha. O experimento em campo obedeceu ao delineamento em blocos ao acaso, com três repetições. Com relação à produção de borracha seca, o clone IAC 40 apresentou a maior média (62,22 g/árvore/sangria) nos três anos de avaliação, seguido pelo IAC 301 (57,67 g/árvore/sangria) e pelo IAC 300 (50,61 g/árvore/sangria), com produções 154%, 138% e 123% superiores em relação ao RRIM 600 (41,04 g/árvore/sangria). Todos os clones selecionados foram vigorosos, com perímetro do caule na abertura do painel variando de 37,81 cm (IAC 317) a 50,90 cm (IAC 315). A porcentagem de plantas aptas a sangria variou de 20,0% (IAC 317) a 100% (IAC 315). Todos os clones apresentaram baixas incidências de quebra pelo vento e de secamento do painel. Não foi detectada nenhuma doença foliar em caráter epidêmico. Dos clones estudados, 15 apresentaram alta resistência à antracnose do painel, e foram superiores ao RRIM 600; os outros cinco apresentaram resistência moderada semelhante ao RRIM 600.

La pierre et l'image : étude monographique de l'église de Saint-Chef-en-Dauphiné

La pierre et l'image. Etude monographique de l'église de Saint-Chef en Dauphiné: L'ancienne abbatiale de Saint-Chef-en-Dauphiné est située dans l'Isère, à 10 km de Bourgoin-Jallieu et à 2 km de l'ancienne voie romaine qui joignait Vienne à Aoste par le col du Petit-Saint-Bernard. L'abbaye dépendait, dès sa fondation, des archevêques de Vienne, dont la cité se trouvait à 70 km plus à l'ouest. Selon le récit de l'archevêque Adon de Vienne, écrit à la fin du IXe siècle, l'abbaye de Saint-Chef aurait été fondée au cours du VIe siècle par saint Theudère sur un territoire appartenant à sa famille, le Val Rupien. D'abord dédié à la Vierge le monastère est placé, dès l'époque carolingienne, sous le double patronage de la Vierge et du saint fondateur, dont les reliques furent déposées dans l'église. Sans doute détruite et abandonnée lors des guerres bosonides qui provoquèrent la ruine de Vienne (882), l'abbaye est restaurée quelques années plus tard par des moines venus de Champagne : en 887 les moines de Montier-en-Der, fuyant leur abbaye menacée par les invasions normandes, trouvent refuge à Saint-Chef. Afin de promouvoir la reconstruction de l'abbaye, l'archevêque Barnoin, soutenu par Louis l'Aveugle, roi de Bourgogne, lui offrent des privilèges d'exemption et plusieurs donations. Signe de la renommée et de la prospérité dont bénéficiait alors le monastère, Hugues, héritier de Louis l'Aveugle, y reçoit son éducation. Vers 925 ou 926, alors que la Champagne est à. nouveau pacifiée, les moines de Montier-en-Der regagnent leur abbaye d'origine après avoir reconstruit, selon les sources, le « petit monastère de Saint-Chef ». L'abbaye dauphinoise n'est pas pour autant abandonnée et reste vraisemblablement en contact avec les moines champenois : en 928, Hugues de Provence fait des donations importantes d l'abbaye qui est alors formellement placée sous la juridiction de l'Eglise de Vienne. En 962, le Viennois est intégré au royaume de Bourgogne puis, en 1032, au domaine impérial. Construction de l'abbaye : Après le départ des moines de Montier-en-Der, l'église dauphinoise a vraisemblablement été reconstruite par saint Thibaud, archevêque de Vienne entre 970 et l'an mil. Ayant peut-être reçu son éducation dans l'abbaye dauphinoise, il est enterré dans l'église qui, selon certaines sources, associe dès lors son patronage à celui du saint fondateur. Elevée en petit appareil irrégulier, la nef actuelle de l'église de Saint-Chef pourrait appartenir à cette phase de construction de l'église. Fils du comte Hugues de Vienne qui possédait d'importants territoires autour de Saint-Chef, Thibaud était aussi lié aux comtes de Troyes et de Champagne : ce sont ces liens qui expliquent la présence répétée de l'archevêque en Champagne et dans la région de Montier-en-Der. Or, à la même époque, l'église champenoise est reconstruite par le célèbre Adson, abbé de 968 à 992. Des ressemblances entre cette construction et celle de Saint-Chef suggèrent la réalisation, au Xe siècle, de deux églises-soeurs. L'église préromane de Montier-en-Der possédait, à. l'ouest, un massif à double étage et l'est, des tours jumelles s'élevant au-dessus des deux chapelles latérales entourant l'abside. Ce plan présente plusieurs points de comparaison avec l'église actuelle de Saint-Chef : on constate en particulier une équivalence au niveau des dimensions (largeur-longueur des nefs et le diamètre de l'abside), un choix identique pour l'emplacement du choeur et des entrées secondaires : à l'extrémité ouest du bas-côté nord et à l'extrémité orientale du bas-côté sud. Ces analogies nous aident à. restituer le plan de Saint-Chef, tel qu'il pouvait apparaître du temps de Thibaud : la partie orientale de l'église, alors élevée en petit appareil irrégulier comme la nef actuelle, était sans doute dépourvue de transept ; à l'image de l'église champenoise, des tours jumelles pouvaient toutefois s'élever au-dessus des deux chapelles orientales. Si notre hypothèse est exacte, le parti architectural adopté à Saint-Chef comme à Montier¬en-Der correspond au plan des églises monastiques réformées au Xe siècle par les abbayes de Fleury et de Gorze (dès 934). Dans ce type d'églises que l'on rencontre essentiellement dans l'ancienne Lotharingie, mais aussi dans une région proche de Saint-Chef, en Savoie, les tours orientales possédaient, à l'étage, des tribunes qui donnaient sur le choeur. La forme caractéristique de ces églises est déterminée par l'observance de coutumes liturgiques communes aux abbayes réformées. Ainsi, la règle établie par la réforme indiquait la nécessité d'espaces surélevés situés à l'est et à l'ouest de l'église : ces espaces avaient pour fonction d'accueillir les choeurs des moines dont les chants alternaient avec ceux des moines réunis au niveau inférieur, devant le sanctuaire. Par la suite, sans doute en raison de nouvelles pratiques liturgiques, la partie orientale de l'église de Saint-Chef, reconstruite en moyen appareil régulier, est augmentée d'un transept à quatre chapelles latérales. Les deux tours, si elles existaient, sont détruites pour être reconstruites aux extrémités du transept, abritant des chapelles hautes qui donnaient sur les bras du transept et le choeur. La vision latérale entre les deux tribunes est alors favorisée par l'alignement des baies des tribunes et des arcades du transept. Grâce à ce système d'ouverture, les choeurs des moines se voyaient et s'entendaient parfaitement. Ce système de tribunes orientales apparaît dans certaines églises normandes du XIe siècle ou dans d'autres églises contemporaines qui semblent s'en inspirer, telles que la cathédrale du Puy ou l'abbatiale de Saint-Sever-sur-l'Adour. L'importance croissante des chants alternés dans les offices semble avoir favorisé l'émergence d'une telle architecture. L'étude du décor sculpté, et notamment des chapiteaux ornant les différentes parties de l'édifice, permet de dater les étapes de transformation de l'abbatiale. L'aménagement des chapelles orientales semble remonter à la première moitié du XIe siècle ; l'installation des piliers soutenant le transept et les deux tours de l'édifice est datable des années 1060-1080. Par la suite, sans doute du temps de Guillaume de la Tour-du-Pin, archevêque de Vienne entre 1165 et 1170, le transept et la croisée sont surélevés et voûtés et des fenêtres viennent ajourer le mur pignon oriental. Les indices de datation tardives, rassemblés au niveau supérieur du transept, ont été utilisés par les spécialistes de l'architecture, tels Raymond Oursel et Guy Barruol, pour dater l'ensemble de l'église du XIIe siècle. Pourtant, dans d'autres études, Otto Demus, Paul Deschamp et Marcel Thiboud dataient les peintures de Saint-Chef de la seconde moitié du XIe siècle, soit un demi-siècle au moins avant la datation proposée pour l'élévation architecturale. Cette contradiction apparente se trouve désormais résolue par la mise en évidence de phases distinctes de construction et de transformations de l'édifice. Les peintures : Le décor peint de l'abbatiale est conservé dans trois chapelles du transept : dans la chapelle Saint-Theudère, à l'extrémité sud du transept, dans la chapelle Saint-Clément, à son autre extrémité, et dans la chapelle haute s'élevant au-dessus de celle-ci. Selon une dédicace peinte derrière l'autel, cette chapelle est dédiée au Christ, aux archanges et à saint Georges martyr. L'analyse stylistique permet de dater les peintures du troisième ou du dernier quart du XIe siècle : leur réalisation semble donc succéder immédiatement à l'élévation du transept et des deux tours que l'on situe, on l'a vu, dans les années 1060-1080. Au cours de cette étude, on a aussi relevé la parenté des peintures avec des oeuvres normandes et espagnoles : ces ressemblances s'affirment par certaines caractéristiques de style, mais aussi par le traitement de l'espace. Par exemple, l'alignement des anges sur la voûte, ou des élus sur le mur ouest de la chapelle haute de Saint-Chef, rappellent certains Beatus du XIe siècle, tels que celui de Saint-Sever antérieur à 1072. Dans la chapelle haute, la hiérarchie céleste est distribuée par catégories autour du Christ, représenté au centre de la voûte ; cette disposition se retrouve à Saint-Michel d'Aiguilhe au Xe siècle, ainsi que dans le premier quart du XIIe siècle à Maderuelo en Catalogne et à Fenouilla en Roussillon. D'autres rapprochements avec des oeuvres ottoniennes et carolingiennes ont aussi été observés, ainsi qu'avec certaines enluminures d'Ingelard, moine à Saint-Germain des Prés entre 1030 et 1060. L'iconographie: Le sens de l'image avait donné lieu à quelques études ponctuelles. Cette thèse a permis, d'une part, la mise en évidence d'un unique programme iconographique auquel participent les peintures des trois chapelles de l'abbatiale et, d'autre part, la découverte des liens entre le choix iconographique de Saint-Chef et certaines sources littéraires. Ces rapports ont par exemple été relevés pour la figure de l'ange conduisant saint Jean à la Jérusalem céleste, sur le voûtain ouest de la chapelle haute. La figure très soignée de l'ange, portant les mêmes vêtements que le Christ peint au centre de la voûte, présente sur son auréole quelques traces sombres qui devaient à l'origine dessiner une croix : ce détail fait de l'ange une figure du Christ, figure qui apparaît dans certaines exégèses apocalyptiques telles que le Commentaire d'Ambroise Autpert au Ville siècle, celui d'Haymon d'Auxerre au IXe siècle ou, au début du XIIe siècle, de Rupert de Deutz. Pour Ambroise Autpert, l'ange guidant saint Jean est une image du Christ amenant l'Eglise terrestre à la Jérusalem céleste, à laquelle elle sera unie à la fin des temps. Les deux figures symboliquement unies par le geste du Christ empoignant la main de saint Jean est une image du corps mystique de Jésus, le corps étant l'Eglise et la tête, le Christ qui enseigne aux fidèles. L'iconographie des peintures de la chapelle haute est centrée autour de l'oeuvre de Rédemption et des moyens pour gagner le salut, la Jérusalem céleste étant le lieu de destination pour les élus. Au centre de la voûte, le Christ présente ses deux bras écartés, en signe d'accueil. Sur le livre ouvert qu'il tient entre les genoux, les mots pax vobis - ego sum renvoient aux paroles prononcées lors de son apparition aux disciples, après sa Résurrection et au terme de son oeuvre de Rédemption. A ses pieds, sur le voûtain oriental, la Vierge en orante, première médiatrice auprès de son Fils, intercède en faveur des humains. Grâce au sacrifice du Christ et à travers la médiation de la Vierge, les hommes peuvent accéder à la Jérusalem céleste : les élus sont ici représentés sur le dernier registre du mur ouest, directement sous la Jérusalem ; un cadre plus sombre y indique symboliquement l'accès à la cité céleste. A l'autre extrémité du voûtain, Adam et Eve sont figurés deux fois autour de l'arbre de la connaissance : chassés du paradis, ils s'éloignent de la cité ; mais une fois accomplie l'oeuvre de Rédemption, ils peuvent à nouveau s'acheminer vers elle. Les peintures de la chapelle inférieure participent elles aussi au projet iconographique de la Rédemption. Sur la voûte de la chapelle, les quatre fleuves paradisiaques entouraient à l'origine une colombe. Selon l'exégèse médiévale, ces fleuves représentent les quatre temps de l'histoire, les vertus ou les quatre évangiles, diffusés aux quatre coins de la terre. Selon une tradition littéraire et iconographique d'origine paléochrétienne, ce sont aussi les eaux paradisiaques qui viennent alimenter les fonts baptismaux : l'association de la colombe, figure du Saint-Esprit et des fleuves du paradis suggère la présence, au centre de la chapelle, des fonts baptismaux. L'image de la colombe se trouve, on l'a vu, dans le prolongement vertical du Christ ressuscité, représenté au centre de la voûte supérieure. Or, selon une tradition qui remonte à Philon et Ambroise de Milan, la source des quatre fleuves, de la Parole divine diffusée par les quatre Evangiles, c'est le Christ. Dans son traité sur le Saint-Esprit, l'évêque de Milan place à la source de l'Esprit saint l'enseignement du Verbe fait homme. Il ajoute que lorsqu'il s'était fait homme, le Saint-Esprit planait au-dessus de lui ; mais depuis la transfiguration de son humanité et sa Résurrection, le Fils de Dieu se tient au-dessus des hommes, à la source du Saint-Esprit : c'est la même logique verticale qui est traduite dans les peintures de Saint-Chef, le Christ ressuscité étant situé au-dessus du Saint-Esprit et des eaux paradisiaques, dans la chapelle haute. Si les grâces divines se diffusent de la source christique aux hommes selon un mouvement descendant, l'image suggère aussi la remontée vers Dieu : en plongeant dans les eaux du baptême, le fidèle initie un parcours qui le ramènera à la source, auprès du Christ. Or, cet ascension ne peut se faire qu'à travers la médiation de l'Eglise : dans la chapelle Saint-Clément, autour de la fenêtre nord, saint Pierre et Paul, princes de l'Eglise, reçoivent la Loi du Christ. Dans la chapelle supérieure, ici aussi autour de la fenêtre septentrionale, deux personnifications déversaient les eaux, sans doute contenues dans un vase, au-dessus d'un prêtre et d'un évêque peints dans les embrasures de la fenêtre : c'est ce dont témoigne une aquarelle du XIXe siècle. Ainsi baignés par l'eau vive de la doctrine, des vertus et des grâces issue de la source divine, les représentants de l'Eglise peuvent eux aussi devenir sources d'enseignement pour les hommes. Ils apparaissent, en tant que transmetteurs de la Parole divine, comme les médiateurs indispensables entre les fidèles et le Christ. C'est par les sacrements et par leur enseignement que les âmes peuvent remonter vers la source divine et jouir de la béatitude. Si l'espace nord est connoté de manière très positive puisqu'il est le lieu de la représentation théophanique et de la Rédemption, les peintures de la chapelle sud renvoient à un sens plus négatif. Sur l'intrados d'arc, des monstres marins sont répartis autour d'un masque barbu aux yeux écarquillés, dont les dents serrées laissent échapper des serpents : ce motif d'origine antique pourrait représenter la source des eaux infernales, dont le « verrou » sera rompu lors du Jugement dernier, à la fin des temps. La peinture située dans la conque absidale est d'ailleurs une allusion au Jugement. On y voit le Christ entouré de deux personnifications en attitude d'intercession, dont Misericordia : elle est, avec Pax, Justifia et Veritas, une des quatre vertus présentes lors du Jugement dernier. Sur le fond de l'absidiole apparaissent des couronnes : elles seront distribuées aux justes en signe de récompense et de vie éternelle. L'allusion au Jugement et à l'enfer est la vision qui s'offre au moine lorsqu'il gagnait l'église en franchissant la porte sud du transept. S'avançant vers le choeur où il rejoignait les stalles, le moine pouvait presque aussitôt, grâce au système ingénieux d'ouvertures que nous avons mentionné plus haut, contempler les peintures situées sur le plafond de la chapelle haute, soit le Christ en attitude d'accueil, les anges et peut-être la Jérusalem céleste ; de là jaillissaient les chants des moines. De façon symbolique, ils se rapprochaient ainsi de leurs modèles, les anges. Dans ce parcours symbolique qui le conduisait de la mer maléfique, représentée dans la chapelle Saint¬Theudère, à Dieu et aux anges, les moines pouvaient compter sur les prières des intercesseurs, de la Vierge, des anges et des saints, tous représentés dans la chapelle haute. A Saint-Chef, l'espace nord peut-être assimilé, pour plusieurs aspects, aux Westwerke carolingiens ou aux galilées clunisiennes. Les massifs occidentaux étaient en effet le lieu de commémoration de l'histoire du salut : sites Westwerke étaient surtout le lieu de la liturgie pascale et abritaient les fonts baptismaux, les galilées clunisiennes étaient réservées à la liturgie des morts, les moines cherchant, par leurs prières, à gagner le salut des défunts. A l'entrée des galilées comme à Saint-Chef, l'image du Christ annonçait le face à face auquel les élus auront droit, à la fin des temps. Elevée au Xe siècle et vraisemblablement transformée dans les années 1060-1080, l'église de Saint-Chef reflète, par son évolution architecturale, celle des pratiques liturgiques ; son programme iconographique, qui unit trois espaces distincts de l'église, traduit d'une manière parfois originale les préoccupations et les aspirations d'une communauté monastique du XIe siècle. On soulignera toutefois que notre compréhension des peintures est limitée par la perte du décor qui, sans doute, ornait l'abside et d'autres parties de l'église ; la disparition de la crypte du choeur nuit aussi à l'appréhension de l'organisation liturgique sur cette partie de l'édifice. Seules des fouilles archéologiques ou la découverte de nouvelles peintures pourront peut-être, à l'avenir, enrichir l'état de nos connaissances.

The evolution of unicoloniality in ant societies : recognition, dispersal and population genetic structure

Introduction Societies of ants, bees, wasps and termites dominate many terrestrial ecosystems (Wilson 1971). Their evolutionary and ecological success is based upon the regulation of internal conflicts (e.g. Ratnieks et al. 2006), control of diseases (e.g. Schmid-Hempel 1998) and individual skills and collective intelligence in resource acquisition, nest building and defence (e.g. Camazine 2001). Individuals in social species can pass on their genes not only directly trough their own offspring, but also indirectly by favouring the reproduction of relatives. The inclusive fitness theory of Hamilton (1963; 1964) provides a powerful explanation for the evolution of reproductive altruism and cooperation in groups with related individuals. The same theory also led to the realization that insect societies are subject to internal conflicts over reproduction. Relatedness of less-than-one is not sufficient to eliminate all incentive for individual selfishness. This would indeed require a relatedness of one, as found among cells of an organism (Hardin 1968; Keller 1999). The challenge for evolutionary biology is to understand how groups can prevent or reduce the selfish exploitation of resources by group members, and how societies with low relatedness are maintained. In social insects the evolutionary shift from single- to multiple queens colonies modified the relatedness structure, the dispersal, and the mode of colony founding (e.g. (Crozier & Pamilo 1996). In ants, the most common, and presumably ancestral mode of reproduction is the emission of winged males and females, which found a new colony independently after mating and dispersal flights (Hölldobler & Wilson 1990). The alternative reproductive tactic for ant queens in multiple-queen colonies (polygyne) is to seek to be re-accepted in their natal colonies, where they may remain as additional reproductives or subsequently disperse on foot with part of the colony (budding) (Bourke & Franks 1995; Crozier & Pamilo 1996; Hölldobler & Wilson 1990). Such ant colonies can contain up to several hundred reproductive queens with an even more numerous workforce (Cherix 1980; Cherix 1983). As a consequence in polygynous ants the relatedness among nestmates is very low, and workers raise brood of queens to which they are only distantly related (Crozier & Pamilo 1996; Queller & Strassmann 1998). Therefore workers could increase their inclusive fitness by preferentially caring for their closest relatives and discriminate against less related or foreign individuals (Keller 1997; Queller & Strassmann 2002; Tarpy et al. 2004). However, the bulk of the evidence suggests that social insects do not behave nepotistically, probably because of the costs entailed by decreased colony efficiency or discrimination errors (Keller 1997). Recently, the consensus that nepotistic behaviour does not occur in insect colonies was challenged by a study in the ant Formica fusca (Hannonen & Sundström 2003b) showing that the reproductive share of queens more closely related to workers increases during brood development. However, this pattern can be explained either by nepotism with workers preferentially rearing the brood of more closely related queens or intrinsic differences in the viability of eggs laid by queens. In the first chapter, we designed an experiment to disentangle nepotism and differences in brood viability. We tested if workers prefer to rear their kin when given the choice between highly related and unrelated brood in the ant F. exsecta. We also looked for differences in egg viability among queens and simulated if such differences in egg viability may mistakenly lead to the conclusion that workers behave nepotistically. The acceptance of queens in polygnous ants raises the question whether the varying degree of relatedness affects their share in reproduction. In such colonies workers should favour nestmate queens over foreign queens. Numerous studies have investigated reproductive skew and partitioning of reproduction among queens (Bourke et al. 1997; Fournier et al. 2004; Fournier & Keller 2001; Hammond et al. 2006; Hannonen & Sundström 2003a; Heinze et al. 2001; Kümmerli & Keller 2007; Langer et al. 2004; Pamilo & Seppä 1994; Ross 1988; Ross 1993; Rüppell et al. 2002), yet almost no information is available on whether differences among queens in their relatedness to other colony members affects their share in reproduction. Such data are necessary to compare the relative reproductive success of dispersing and non-dispersing individuals. Moreover, information on whether there is a difference in reproductive success between resident and dispersing queens is also important for our understanding of the genetic structure of ant colonies and the dynamics of within group conflicts. In chapter two, we created single-queen colonies and then introduced a foreign queens originating from another colony kept under similar conditions in order to estimate the rate of queen acceptance into foreign established colonies, and to quantify the reproductive share of resident and introduced queens. An increasing number of studies have investigated the discrimination ability between ant workers (e.g. Holzer et al. 2006; Pedersen et al. 2006), but few have addressed the recognition and discrimination behaviour of workers towards reproductive individuals entering colonies (Bennett 1988; Brown et al. 2003; Evans 1996; Fortelius et al. 1993; Kikuchi et al. 2007; Rosengren & Pamilo 1986; Stuart et al. 1993; Sundström 1997; Vásquez & Silverman in press). These studies are important, because accepting new queens will generally have a large impact on colony kin structure and inclusive fitness of workers (Heinze & Keller 2000). In chapter three, we examined whether resident workers reject young foreign queens that enter into their nest. We introduced mated queens into their natal nest, a foreign-female producing nest, or a foreign male-producing nest and measured their survival. In addition, we also introduced young virgin and mated queens into their natal nest to examine whether the mating status of the queens influences their survival and acceptance by workers. On top of polgyny, some ant species have evolved an extraordinary social organization called 'unicoloniality' (Hölldobler & Wilson 1977; Pedersen et al. 2006). In unicolonial ants, intercolony borders are absent and workers and queens mix among the physically separated nests, such that nests form one large supercolony. Super-colonies can become very large, so that direct cooperative interactions are impossible between individuals of distant nests. Unicoloniality is an evolutionary paradox and a potential problem for kin selection theory because the mixing of queens and workers between nests leads to extremely low relatedness among nestmates (Bourke & Franks 1995; Crozier & Pamilo 1996; Keller 1995). A better understanding of the evolution and maintenance of unicoloniality requests detailed information on the discrimination behavior, dispersal, population structure, and the scale of competition. Cryptic genetic population structure may provide important information on the relevant scale to be considered when measuring relatedness and the role of kin selection. Theoretical studies have shown that relatedness should be measured at the level of the `economic neighborhood', which is the scale at which intraspecific competition generally takes place (Griffin & West 2002; Kelly 1994; Queller 1994; Taylor 1992). In chapter four, we conducted alarge-scale study to determine whether the unicolonial ant Formica paralugubris forms populations that are organised in discrete supercolonies or whether there is a continuous gradation in the level of aggression that may correlate with genetic isolation by distance and/or spatial distance between nests. In chapter five, we investigated the fine-scale population structure in three populations of F. paralugubris. We have developed mitochondria) markers, which together with the nuclear markers allowed us to detect cryptic genetic clusters of nests, to obtain more precise information on the genetic differentiation within populations, and to separate male and female gene flow. These new data provide important information on the scale to be considered when measuring relatedness in native unicolonial populations.

Geographic variation of the greater white-toothed shrew (Crocidura russula Hermann, 1780 Mammalia, Soricidae)

A multivariate morphometric study of the Greater white-toothed shrew (C. russula) throughout its Palearctic range was carried out to search for patterns of geographic variation within the species boundary. Burnaby's and multiple group principal component analysis allowed the adjustment of raw data with respect to within-sample allometric variation. Multivariate 'size-free' results show a stepped dine with the phenotypical trait reduction and shape change from the eastern to the western Maghreb. Pleistocene fossil mandibles proved to have low phenetic distances with eastern populations (Tunisia, east Algeria) and it is argued that their character set is the primitive condition. The ancestral Mid-Pleistocene shrews lived in a relatively more humid climate. Gee-climatic changes in the north African range during the Quaternary provoked phenetic variation of C. russula and, it can be argued, evolution of the modern western C.r. yebalensis. A historical process can thus be assumed as the main cause of this categorical variation, by segmentation of the species range due to gee-climatic events. Morphometric discontinuity within the C. russula Maghreb range is shown to be congruent with karyological and biochemical studies. Moroccan and Tunisian shrews differ, for example, in NFa chromosomes and electrophoretical traits. A stasipatric process should be invoked to explain categorical variation in the Maghreb range. Colonization and divergence of insular populations results in more or less differentiated geographic races. The populations of Ibiza and Pantelleria are close to the species threshold (Nei's D greater than or equal to 0.1). The process of speciation undergone by the Greater white-toothed shrew results in a complex pattern of geographic variation, including both allopatric and non-allopatric modes.

On homology searches by protein Blast and the characterization of the age of genes

Background: It has been shown in a variety of organisms, including mammals, that genes that appeared recently in evolution, for example orphan genes, evolve faster than older genes. Low functional constraints at the time of origin of novel genes may explain these results. However, this observation has been recently attributed to an artifact caused by the inability of Blast to detect the fastest genes in different eukaryotic genomes. Distinguishing between these two possible explanations would be of great importance for any studies dealing with the taxon distribution of proteins and the origin of novel genes. Results: Here we used simulations of protein sequences to examine the capacity of Blast to detect proteins of diverse evolutionary rates in the different species of an eukaryotic phylogenetic tree that included metazoans, fungi and plants. We simulated the evolution of protein genes with the same evolutionary rates than those observed in functional mammalian genes and with among-site rate heterogeneity. Under these conditions, we found that only a very small percentage of simulated ancestral eukaryotic proteins was affected by the Blast artifact. We show that the good detectability of Blast is due to the heterogeneity of protein evolutionary rates at different sites, since only a small conserved motif in a sequence suffices to detect its homologues. Our results indicate that Blast, at least when applied within eukaryotes, only misses homologues of extremely fast-evolving sequences, which are rare in the mammalian genome, as well as sequences evolving homogeneously or pseudogenes.Conclusion: Although great care should be exercised in the recognition of remote homologues, most functional mammalian genes can be detected in eukaryotic genomes by Blast. That is, the majority of functional mammalian genes are not as fast as for not being detected in other metazoans, fungi or plants, if they had been present in these organisms. Thus, the correlation previously found between age and rate seems not to be due to a pure Blast artifact, at least for mammals. This may have important implications to understand the mechanisms by which novel genes originate.

Dissecting the role of low-complexity regions in the evolution of vertebrate proteins

Low-complexity regions (LCRs) in proteins are tracts that are highly enriched in one or a few aminoacids. Given their high abundance, and their capacity to expand in relatively short periods of time through replication slippage, they can greatly contribute to increase protein sequence space and generate novel protein functions. However, little is known about the global impact of LCRs on protein evolution. We have traced back the evolutionary history of 2,802 LCRs from a large set of homologous protein families from H.sapiens, M.musculus, G.gallus, D.rerio and C.intestinalis. Transcriptional factors and other regulatory functions are overrepresented in proteins containing LCRs. We have found that the gain of novel LCRs is frequently associated with repeat expansion whereas the loss of LCRs is more often due to accumulation of amino acid substitutions as opposed to deletions. This dichotomy results in net protein sequence gain over time. We have detected a significant increase in the rate of accumulation of novel LCRs in the ancestral Amniota and mammalian branches, and a reduction in the chicken branch. Alanine and/or glycine-rich LCRs are overrepresented in recently emerged LCR sets from all branches, suggesting that their expansion is better tolerated than for other LCR types. LCRs enriched in positively charged amino acids show the contrary pattern, indicating an important effect of purifying selection in their maintenance. We have performed the first large-scale study on the evolutionary dynamics of LCRs in protein families. The study has shown that the composition of an LCR is an important determinant of its evolutionary pattern.

Avaliação do látex e da borracha natural de clones de seringueira no Estado de São Paulo

Este trabalho teve como objetivo avaliar parâmetros do látex e da borracha natural de quatro clones de seringueira [Hevea brasiliensis (Willd. ex Adr. de Juss.) Muell.-Arg.] cultivados em larga escala na Fazenda Cambuhy no Município de Matão, Estado de São Paulo. Foram utilizados látex de 20 árvores do estande de cada um dos clones, GT 1, PB 235, IAN 873 e RRIM 600, com 12 anos de idade, no quarto ano de sangria sob o sistema 1/2S d/3 6d/7. 11m/y. ET 5,0%. Pa 12/y. Foram analisados o conteúdo de borracha seca, porcentagem de cinzas, porcentagem de nitrogênio, plasticidade Wallace (P O), índice de retenção de plasticidade e viscosidade Mooney (V R). O conteúdo de borracha seca apresentou tendência de queda com o decréscimo da temperatura ao longo do ano (r = 0,75). Contrário ao conteúdo de borracha seca, as propriedades porcentagem de nitrogênio e porcentagem de cinzas apresentaram tendência de aumento com a redução da temperatura ao longo do período das coletas. A correlação entre P O e V R foi linear e elevada (r = 0,93). Os altos valores de P O e V R indicam que as borrachas dos clones estudados são consideradas como borrachas duras. Os valores do índice de retenção de plasticidade foram baixos, indicando baixa resistência à degradação térmica. Os resultados mostram influência marcante dos fatores climáticos em algumas propriedades dos látices e da borracha natural dos clones estudados, sugerindo condição importante para se entender o comportamento dos mesmos.

Host and viral genetic correlates of clinical definitions of HIV-1 disease progression.

Background: Various patterns of HIV-1 disease progression are described in clinical practice and in research. There is a need to assess the specificity of commonly used definitions of long term non-progressor (LTNP) elite controllers (LTNP-EC), viremic controllers (LTNP-VC), and viremic non controllers (LTNP-NC), as well as of chronic progressors (P) and rapid progressors (RP). Methodology and Principal Findings: We re-evaluated the HIV-1 clinical definitions, summarized in Table 1, using the information provided by a selected number of host genetic markers and viral factors. There is a continuous decrease of protective factors and an accumulation of risk factors from LTNP-EC to RP. Statistical differences in frequency of protective HLA-B alleles (p-0.01), HLA-C rs9264942 (p-0.06), and protective CCR5/CCR2 haplotypes (p-0.02) across groups, and the presence of viruses with an ancestral genotype in the "viral dating" (i.e., nucleotide sequences with low viral divergence from the most recent common ancestor) support the differences among principal clinical groups of HIV-1 infected individuals. Conclusions: A combination of host genetic and viral factors supports current clinical definitions that discriminate among patterns of HIV-1 progression. The study also emphasizes the need to apply a standardized and accepted set of clinical definitions for the purpose of disease stratification and research.

The effect of mutations in the DRY motif on the constitutive activity and structural instability of the histamine H(2) receptor.

In previous studies we showed that the wild-type histamine H(2) receptor stably expressed in Chinese hamster ovary cells is constitutively active. Because constitutive activity of the H(2) receptor is already found at low expression levels (300 fmol/mg protein) this receptor is a relatively unique member of the G-protein-coupled receptor (GPCR) family and a useful tool for studying GPCR activation. In this study the role of the highly conserved DRY motif in activation of the H(2) receptor was investigated. Mutation of the aspartate 115 residue in this motif resulted in H(2) receptors with high constitutive activity, increased agonist affinity, and increased signaling properties. In addition, the mutant receptors were shown to be highly structurally instable. Mutation of the arginine 116 residue in the DRY motif resulted also in a highly structurally instable receptor; expression of the receptor could only be detected after stabilization with either an agonist or inverse agonist. Moreover, the agonist affinity at the Arg-116 mutant receptors was increased, whereas the signal transduction properties of these receptors were decreased. We conclude that the Arg-116 mutant receptors can adopt an active conformation but have a decreased ability to couple to or activate the G(s)-protein. This study examines the pivotal role of the aspartate and arginine residues of the DRY motif in GPCR function. Disruption of receptor stabilizing constraints by mutation in the DRY motif leads to the formation of active GPCR conformations, but concomitantly to GPCR instability.

Distribuição de Leptopharsa heveae em seringal no Estado de São Paulo

O objetivo deste trabalho foi determinar a distribuição vertical e sazonal do percevejo-de-renda, Leptopharsa heveae Drake & Poor, 1935 (Hemiptera: Tingidae), em plantio de seringueira, Hevea brasiliensis Müell Arg., localizado em Pindorama, SP. A amostragem foi efetuada considerando-se folhas situadas nos lados norte e sul e na metade interna e externa de ramos nos terços inferior, médio e superior das plantas. As ninfas foram abundantes de março a maio e de outubro a novembro, fato igualmente verificado com adultos, de março até início de julho e durante novembro. Constatou-se que L. heveae distribuiu-se similarmente nas diferentes partes das seringueiras, o que facilita a amostragem. Assim, ninfas e adultos podem ser amostrados em folhas localizadas na parte externa de ramos presentes no terço inferior, lado norte ou sul, de seringueiras.

Arginase II Promotes Macrophage Inflammatory Responses Through Mitochondrial Reactive Oxygen Species, Contributing to Insulin Resistance and Atherogenesis.

BACKGROUND: Macrophage-mediated chronic inflammation is mechanistically linked to insulin resistance and atherosclerosis. Although arginase I is considered antiinflammatory, the role of arginase II (Arg-II) in macrophage function remains elusive. This study characterizes the role of Arg-II in macrophage inflammatory responses and its impact on obesity-linked type II diabetes mellitus and atherosclerosis. METHODS AND RESULTS: In human monocytes, silencing Arg-II decreases the monocytes' adhesion to endothelial cells and their production of proinflammatory mediators stimulated by oxidized low-density lipoprotein or lipopolysaccharides, as evaluated by real-time quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction and enzyme-linked immunosorbent assay. Macrophages differentiated from bone marrow cells of Arg-II-deficient (Arg-II(-/-)) mice express lower levels of lipopolysaccharide-induced proinflammatory mediators than do macrophages of wild-type mice. Importantly, reintroducing Arg-II cDNA into Arg-II(-/-) macrophages restores the inflammatory responses, with concomitant enhancement of mitochondrial reactive oxygen species. Scavenging of reactive oxygen species by N-acetylcysteine prevents the Arg-II-mediated inflammatory responses. Moreover, high-fat diet-induced infiltration of macrophages in various organs and expression of proinflammatory cytokines in adipose tissue are blunted in Arg-II(-/-) mice. Accordingly, Arg-II(-/-) mice reveal lower fasting blood glucose and improved glucose tolerance and insulin sensitivity. Furthermore, apolipoprotein E (ApoE)-deficient mice with Arg-II deficiency (ApoE(-/-)Arg-II(-/-)) display reduced lesion size with characteristics of stable plaques, such as decreased macrophage inflammation and necrotic core. In vivo adoptive transfer experiments reveal that fewer donor ApoE(-/-)Arg-II(-/-) than ApoE(-/-)Arg-II(+/+) monocytes infiltrate into the plaque of ApoE(-/-)Arg-II(+/+) mice. Conversely, recipient ApoE(-/-)Arg-II(-/-) mice accumulate fewer donor monocytes than do recipient ApoE(-/-)Arg-II(+/+) animals. CONCLUSIONS: Arg-II promotes macrophage proinflammatory responses through mitochondrial reactive oxygen species, contributing to insulin resistance and atherogenesis. Targeting Arg-II represents a potential therapeutic strategy in type II diabetes mellitus and atherosclerosis. (J Am Heart Assoc. 2012;1:e000992 doi: 10.1161/JAHA.112.000992.).

Mouvements anormaux et accident vasculaire cérébral [Movement disorders in stroke]

Dyskinesias are infrequent presentations in acute stroke (1%). They can be found more frequently as delayed presentations after a stroke, but the prevalence is not available from the literature. The full spectrum of hyper- and hypo-akinetic syndromes has been described, but three main pictures are rather specific of an acute stroke: limb shaking, hemichorea-hemiballism and unilateral asterixis. Besides limb shaking, that seems to reflect a transient diffuse ischemia of the frontosubcortical motor pathway, lesions are described at all levels of the frontosubcortical motor circuit including the sensorimotor frontoparietal cortex, the striatum, the pallidum, the thalamic nuclei, the subthalamic nucleus, the substantia nigra, the cerebellum, the brainstem and their interconnecting pathways, as ischemic or hemorrhagic strokes. The preferentially late development of dyskinesia could reflect the return to a more ancestral motor control level, the most functional possible with the remaining configuration of structures, elaborated by brain plasticity after stroke.

Evolution of the ferric reductase domain (FRD) superfamily: modularity, functional diversification, and signature motifs.

A heme-containing transmembrane ferric reductase domain (FRD) is found in bacterial and eukaryotic protein families, including ferric reductases (FRE), and NADPH oxidases (NOX). The aim of this study was to understand the phylogeny of the FRD superfamily. Bacteria contain FRD proteins consisting only of the ferric reductase domain, such as YedZ and short bFRE proteins. Full length FRE and NOX enzymes are mostly found in eukaryotic cells and all possess a dehydrogenase domain, allowing them to catalyze electron transfer from cytosolic NADPH to extracellular metal ions (FRE) or oxygen (NOX). Metazoa possess YedZ-related STEAP proteins, possibly derived from bacteria through horizontal gene transfer. Phylogenetic analyses suggests that FRE enzymes appeared early in evolution, followed by a transition towards EF-hand containing NOX enzymes (NOX5- and DUOX-like). An ancestral gene of the NOX(1-4) family probably lost the EF-hands and new regulatory mechanisms of increasing complexity evolved in this clade. Two signature motifs were identified: NOX enzymes are distinguished from FRE enzymes through a four amino acid motif spanning from transmembrane domain 3 (TM3) to TM4, and YedZ/STEAP proteins are identified by the replacement of the first canonical heme-spanning histidine by a highly conserved arginine. The FRD superfamily most likely originated in bacteria.

Viticulture under climate change : understanding vulnerability and adaptive capacity of wineries and growers. A case study in El Penedès region, Catalonia

Climate change may pose challenges and opportunities to viticulture, and much research has focused in studying the likely impacts on grapes and wine production in different regions worldwide. This study assesses the vulnerability and adaptive capacity of the viticulture sector under changing climate conditions, based on a case study in El Penedès region, Catalonia. Farm assets, livelihood strategies, farmer-market interactions and climate changes perceptions are analysed through semi-structured interviews with different types of wineries and growers. Both types of actors are equally exposed to biophysical stressors but unevenly affected by socioeconomic changes. While wineries are vulnerable because of the current economic crisis and the lack of diversification of their work, which may affect their income or production, growers are mainly affected by the low prices of their products and the lack of fix contracts. These socioeconomic stressors strongly condition their capacity to adapt to climate change, meaning that growers prioritize their immediate income problems, rather than future socioeconomic or climate threats. Therefore, growers undertake reactive adaptation to climate changing conditions, mainly based on ancient knowledge, whilst wineries combine both reactive and anticipatory adaptation practices. These circumstances should be addressed in order to allow better anticipatory adaptation to be implemented, thus avoiding future climate threats.

Fanconi anemia and genome stability : the role of FANCM

RÉSUMÉ: Le génome de toute cellule est susceptible d'être attaqué par des agents endogènes et exogènes. Afin de préserver l'intégrité génomique, les cellules ont développé des multitudes de mécanismes. La réplication de l'ADN, une étape importante durant le cycle cellulaire, constitue un stress et présente un danger important pour l'intégrité du génome. L'anémie de Fanconi est une maladie héréditaire rare dont les protéines impliquées semblent jouer un rôle crucial dans la réponse au stress réplicatif. La maladie est associée à une instabilité chromosomique ainsi qu'à une forte probabilité de développer des cancers. Les cellules des patients souffrant de l'anémie de Fanconi sont sensibles à des agents interférant avec la réplication de l'ADN, et plus particulièrement àdes agents qui fient les deux brins d'ADN d'une manière covalente. L'anémie de Fanconi est une maladie génétiquement hétérogène. Treize protéines ont pu être identifiées. Elles semblent figurer dans une même voie de signalisation qui est aussi connue sous le nom de « FA/BRCA pathway », car un des gènes est identique au gène BRCA2 (breast cancer susceptibility gene 2). Huit protéines forment un complexe nucléaire dont l'intégrité est nécessaire à la monoubiquitination de deux autres protéines, FANCD2 et FANCI, en réponse à un stress réplicatif. A ce jour, la fonction moléculaire des protéines du « FA/BRCA pathway »reste encore mal décrite. Au début de mon travail de thèse, nous avons donc décidé de purifier les protéines du complexe nucléaire et d'étudier leurs propriétés biochimiques. Nous avons tout d'abord étudié les cinq protéines connues à l'époque qui sont FANCA, FANCC, FANCE, FANCF et FANCG. Par la suite, nous avons étendu notre étude à des protéines découvertes plus récemment, FANCL, FANCM et FAAP24, en concentrant finalement notre travail sur la caractérisation de FANCM. FANCM, contrairement aux autres protéines du complexe, est constituée de deux domaines conservés suggérant un rôle important dans le métabolisme de l'ADN. Il s'agit d'un domaine « DEAH box hélicase »situé dans la partie N-terminale et d'un domaine « ERCC4 nuclease »situé dans la partie C-terminale de la protéine. Dans cette étude, nous avons purifié avec succès la protéine FANCM entière à partir d'un système hétérologue. Nous montrons que FANCM s'attache de manière spécifique à des jonctions de Holliday et des fourches de réplication. De plus, nous démontrons que FANCM peut déplacer le point de jonction de ces structures via son domaine hélicase de manière dépendante de l'ATP. FANCM est aussi capable de dissocier de grands intermédiaires de la recombinaison, via la migration de jonctions de Holliday à travers une région d'homologie de 2.6 kb. Tous ces résultats suggèrent que FANCM peut s'attacher spécifiquement à des fourches de réplication et à des jonctions de Holliday in vitro et que son domaine hélicase est associé à une activité migratoire efficace. Nous pensons que FANCM peut avoir un rôle direct sur les intermédiaires de réplication. Ceci est en accord avec l'idée que les protéines de l'anémie de Fanconi coordonnent la réparation de l'ADN au niveau des fourches de réplication arrêtées. Nos résultats donnent une première indication quant au rôle de FANCM dans la cellule et peuvent contribuer à élucider la fonction de cette voie de signalisation peu comprise jusqu'à présent. SUMMARY: The genome of every cell is subject to a constant offence by endogenous and exogenous agents. Not surprisingly; cells have evolved a multitude of mechanisms which aim at preserving genomic integrity. A key step during the life cycle of a cell, DNA replication itself, constitutes a special danger to the integrity of the genome. The proteins defective in the rare hereditary disease Fanconi anemia (FA) are suspected to play a crucial role in the cellular response to DNA replication stress. The disease is associated with chromosomal instability and pronounced cancer susceptibility. Cells from Fanconi anemia patients are sensitive to a variety of agents which interfere with DNA replication, DNA interstrand cross-linking agents being particularly threatening to their survival. Fanconi anemia is a genetically heterogeneous disease with 13 different proteins identified, which seem to work together in a common pathway. Since one of the FA genes is identical to the breast cancer susceptibility gene BRCA2, it is also referred to as the FA/BRCA pathway. Eight proteins form a nuclear complex, whose integriry is required for the monoubiquitination of two other FA proteins, FANCD2 and FANCI, in response to DNA replication stress. Despite intensive research, the function of the FA/BRCA pathway at a molecular level has remained largely elusive so far. At the beginning of my thesis, we therefore decided to purify the proteins of the FA core complex and to investigate their biochemical properties. We started with the five proteins which were known at that time, FANCA, FANCC, FANCE, FANCF, and FACG. Later on, we extended our studies to the newly discovered proteins FANCL, FANCM, and FAAP24, and eventually focused our work on the characterisation of FANCM. In contrast to the other core complex proteins, FANCM contains two conserved domains, which point to a role in DNA metabolism: an N-terminal DEAH box helicase domain and a C-terminal ERCC4 nuclease domain. In this study, we have successfully purified full-length FANCM from a recombinant source. We show that purified FANCM binds to branched DNA molecules, such as Holliday junctions and replication forks, with high specificity and affinity. In addition, we demonstrate that FANCM can translocate the junction point of branched DNA molecules due to its helicase domain in an ATPase-dependent manner. FANCM can even dissociate large recombination intermediates, via branch migration of Holliday junctions through a 2.6 kb region of homology. Taken together, our data suggest that FANCM can specifically bind to replication forks and Holliday junctions in vitro, and that its DEAH box helicase domain is associated with a potent branch migration activity. We propose that FANCM might have a direct role in the processing of DNA replication intermediates. This is consistent with the current view that FA proteins coordinate DNA repair at stalled replication forks. Our findings provide a first hint as to the context in which FANCM might play a role in the cell. We are optimistic that they might be key to further elucidate the function of a pathway which is far from being understood.