FMRI 3D registration based on Fourier space subsets using neural networks

In this work, we present a neural network (NN) based method designed for 3D rigid-body registration of FMRI time series, which relies on a limited number of Fourier coefficients of the images to be aligned. These coefficients, which are comprised in a small cubic neighborhood located at the first octant of a 3D Fourier space (including the DC component), are then fed into six NN during the learning stage. Each NN yields the estimates of a registration parameter. The proposed method was assessed for 3D rigid-body transformations, using DC neighborhoods of different sizes. The mean absolute registration errors are of approximately 0.030 mm in translations and 0.030 deg in rotations, for the typical motion amplitudes encountered in FMRI studies. The construction of the training set and the learning stage are fast requiring, respectively, 90 s and 1 to 12 s, depending on the number of input and hidden units of the NN. We believe that NN-based approaches to the problem of FMRI registration can be of great interest in the future. For instance, NN relying on limited K-space data (possibly in navigation echoes) can be a valid solution to the problem of prospective (in frame) FMRI registration.

Expression of YAP4 in Saccharomyces cerevisiae under osmotic stress

YAP4, a member of the yeast activator protein (YAP) gene family, is induced in response to osmotic shock in the yeast Saccharomyces cerevisiae. The null mutant displays mild and moderate growth sensitivity at 0.4 M and 0.8 M NaCl respectively, a fact that led us to analyse YAP4 mRNA levels in the hog1 (high osmolarity glycerol) mutant. The data obtained show a complete abolition of YAP4 gene expression in this mutant, placing YAP4 under the HOG response pathway. YAP4 overexpression not only suppresses the osmosensitivity phenotype of the yap4 mutant but also relieves that of the hog1 mutant. Induction, under the conditions tested so far, requires the presence of the transcription factor Msn2p, but not of Msn4p, as YAP4 mRNA levels are depleted by at least 75% in the msn2 mutant. This result was further substantiated by the fact that full YAP4 induction requires the two more proximal stress response elements. Furthermore we find that GCY1, encoding a putative glycerol dehydrogenase, GPP2, encoding a NAD-dependent glycerol-3-phosphate phosphatase, and DCS2, a homologue to a decapping enzyme, have decreased mRNA levels in the yap4 -deleted strain. Our data point to a possible, as yet not entirely understood, role of the YAP4 in osmotic stress response.

A trophic analysis of target species of macrobenthos in a subtropical coast community: a taxa relationship essay

Studies on the feeding habits of aquatic organisms are a requirement for the management and sustainable use of marine ecosystems. The aim of the present research was to analyze the habits and trophic similarities of decapods, starfish and fish in order to propose trophic relationships between taxa, using Hennigian methods of phylogenetic systematics. This new grouping hypothesis, based on shared and exclusive food items and food types, corresponds to the broad taxonomic groups used in the analysis. Our results indicate that algae, Mollusca, Polychaeta, Crustacea, Echinodermata and Actinopterygii are the most exploited common resources among the species studied. Starfish were differentiated from other organisms for being stenophagic, and were grouped for feeding on bivalve mollusks. A larger group of fish and crustaceans shares algae and mainly crustaceans as food items. A third group united all eight species of Actinopterygii. This largest subgroup of fish is typically carnivorous, feeding on Anthozoa and a great quantity of Crustacea. Synodus foetens has a special position among fishes, due to its unique feeding on nematodes. A Euclidean distance dendrogram obtained in a previous publication grouped S. foetens with starfish. That result was based on a few non-exclusive shared similarities in feeding modes, as well as on shared absences of items, which are not an adequate grouping factor. Starfish are stenophagic, eating bivalves almost exclusively. Synodus foetens and Isopisthus parvipinnis have restricted food items, and are thus intermediary in relation to starfish, decapods, and other fish, which are euryphagous. The trophic cladogram displays details of food items, whether or not shared by all species. The resulting trophic analysis is consistent with known historical relationships.

Produção de carvão activado a partir de resíduos da indústria de curtumes

As aparas de wet-blue e de wet-white constituem um resíduo sólido da indústria de curtumes com um elevado teor em carbono, tornando relevante a sua utilização na preparação de materiais de interesse tecnológico. Este trabalho teve como objectivo a preparação de carvões activados a partir de resíduos da indústria de curtumes. Os métodos de activação utilizados para a preparação dos carvões activados foram a activação física com dióxido de carbono e activação química com hidróxido de potássio. A carbonização dos resíduos foi estudada na gama de temperaturas de 500 ºC a 800 ºC, verificando-se que a sua carbonização se pode considerar completa para a temperatura de 800 ºC. Na activação física os precursores foram previamente carbonizados sob uma atmosfera inerte a 800 ºC e posteriormente activados a 940 ºC usando o CO2 como agente activante. Na etapa de activação variou-se o tempo de activação (20, 40 e 60 minutos) de modo a estudar a influência do grau de queima nas propriedades texturais dos carvões activados. O carvão activado obtido pelo método de activação física com maior área superficial específica foi o carvão preparado a partir do resíduo de wet-blue para um tempo de activação de 40 minutos e grau de queima de 23 % (SBET = 152 m2/g). Para a activação química, procedeu-se à impregnação dos precursores com KOH usando razões mássicas de impregnação KOH:precursor de 0,5:1, 1:1 e 3:1. A impregnação foi efectuada directamente nos resíduos de wet-blue e de wet-white e nos resíduos de wet-blue e de wet-white carbonizados. A activação foi efectuada a 940 ºC sob uma atmosfera inerte, com uma velocidade de aquecimento de 5 ºC/min, e um tempo de activação de 1 hora. No caso da série de carvões activados obtidos por impregnação do precursor, o carvão que exibe melhores propriedades texturais é o carvão activado preparado por impregnação na razão de 1:1 a partir do resíduo de wet-blue (SBET = 1696 m2/g). Na série de carvões activados preparados por impregnação do precursor carbonizado, o carvão com melhores propriedades texturais é o carvão proveniente da impregnação do carbonizado do resíduo de wet-blue na razão de 3:1 (SBET = 1507 m2/g). Os carvões activados obtidos por este método de activação são essencialmente microporosos e com elevada área superficial específica. Testes de adsorção preliminares mostram que estes carvões activados têm um bom desempenho para a remoção de cor de efluentes da indústria de curtumes. Concluiu-se que por activação química com KOH dos resíduos de wet-blue e wet-white se obtêm carvões activados com boas propriedades texturais, elevadas áreas superficiais específicas e elevado volume de microporos, quando comparadas com as dos carvões activados resultantes da activação física. Deste modo, chegou-se à conclusão que ambos os resíduos são bons precursores para a produção de carvão activado, mais propriamente recorrendo à activação química, reduzindo assim o volume de resíduos da indústria de curtumes destinados ao aterro.

Atacar será a melhor defesa? A influência das experiencias precoces e da paranoia na agressividade dos jovens açorianos

Trabalho apresentado em XIII Congreso Internacional Galego-Portugués de Psicopedagoxía, Área 5 Familia, Escuela y Comunidad. Universidad da Coruña, 2 de Setembro de 2015.

Seguimento de plataformas móveis

Este relatório apresenta o trabalho realizado no âmbito da unidade curricular de Tese/Dissertação do Mestrado em Engenharia Electrotécnica e de Computadores - área de especialização de Telecomunicações. Pretende-se desenvolver um sistema distribuído de seguimento, no exterior, de plataformas móveis equipadas com receptores de baixo custo. O sistema deve, em tempo útil, realizar a aquisição, descodificação e tratamento dos dados emiti- dos pelo Global Navigation Satellite System (GNSS), das observações efectuadas pelo receptor e da informação proveniente do European Geostationary Navigation Overlay System (EGNOS). O objectivo é determinar, a partir deste conjunto de informação e para cada plataforma ligada, a posição em modo absoluto, as correcções diferenciais e, finalmente, a posição em modo diferencial. Optou-se por receber as correcções diferenciais de área alargada do EGNOS através da Internet, permitindo, assim, que receptores sem capacidade de receber directamente informação do EGNOS possam também usufruir desta fonte de informação complementar. As correcções diferenciais a aplicar às observações de cada receptor são geradas através do conceito de estacão de referência virtual - Virtual Reference Station (VRS) - a partir da posição aproximada do receptor e das correcções de área alargada provenientes do EGNOS. A determinação da posição em modo diferencial das plataformas móveis é efectuada segundo o conceito de Inverted Di®erential Global Navigation Satellite System (IDGNSS) e utilizando uma arquitectura do tipo Cliente-Servidor. Por último, os resultados, que são armazenados numa base de dados, são disponibilizados ao utilizador através de uma aplicação Web. O utilizador pode, assim, efectuar o seguimento de qualquer plataforma móvel ligada ao sistema a partir de qualquer dispositivo com navegador e acesso à Internet.

Avaliação da necessidade em cal em andossolos da ilha Terceira - Açores

Dissertação de Mestrado, Engenharia Agronómica, 16 de Outubro de 2015, Universidade dos Açores.

Tuneable micro- and nano-periodic structures in urethane/urea networks

Micro- and nano-patterned materials are of great importance for the design of new nanoscale electronic, optical and mechanical devices, ranging from sensors to displays. A prospective system that can support a designed functionality is elastomeric polyurethane thin films with nano- or micromodulated surface structures ("wrinkles"). These wrinkles can be induced on different lengthscales by mechanically stretching the films, without the need for any sophisticated lithographic techniques. In the present article we focus on the experimental control of the wrinkling process. A simple model for wrinkle formation is also discussed, and some preliminary results reported. Hierarchical assembly of these tunable structures paves the way for the development of a new class of materials with a wide range of applications, from electronics to biomedicine.

Caminha sílaba a sílaba

Eugénio de Andrade (1923-2005) é um dos mais celebrados e traduzidos poetas portugueses contemporâneos, com mais de trinta volumes de poesia, e vários prémios nacionais e internacionais. Como poeta atento e turista curioso, Andrade viajou com frequência para Espanha, França, Itália e Grécia, ao encontro de outros escritores (Vicente Aleixandre, Dámaso Alonso, etc.), e visitou diversas cidades e locais históricos. Recorrentemente, menciona Madrid, Valverde del Fresno, Roma, Delfos, Tebas, Súnion, Veneza, Brindisi, Corfu, etc. Em resultado destas viagens, existem, na sua poesia, poemas em prosa e crónicas, abundantes referências aos países, cultura e paisagem natural do Mediterrâneo. Eugénio de Andrade captura poeticamente o ―genius loci‖, realçando os laços entre os povos, a fauna, a flora e o clima. Desde os primeiros escritos até ao seu último livro, o poeta coerentemente apresenta uma ―visão mediterrânica‖. Recorrendo às suas obras e a excertos de algumas das entrevistas que concedeu, este artigo exemplifica, analisa e avalia estes aspectos, explorando uma faceta menos conhecida da obra eugeniana.

Prática de ensino supervisionado no 1.º e 2.º ciclo do ensino básico: a ferramenta PowerPoint como estratégia de ensino no Estudo do Meio no 1.º Ciclo do Ensino Básico

Relatório de Estágio apresentado à Escola Superior de Educação de Lisboa para obtenção de grau de mestre em Ensino do 1.º e do 2.º Ciclo do Ensino Básico

Molecular epidemiology of Aspergillus collected from cystic fibrosis patients

Background - Aspergillus respiratory infection is a common complication in cystic fibrosis (CF) and is associated with loss of pulmonary function and allergic disease. Methods - Fifty-three Aspergillus isolates recovered from CF patients were identified to species by Internal Transcribed Spacer Region (ITS), β-tubulin, and calmodulin sequencing. Results - Three species complexes (Terrei, Nigri, and Fumigati) were found. Identification to species level gave a single Aspergillus terreus sensu stricto, one Aspergillus niger sensu stricto and 51 Aspergillus fumigatus sensu stricto isolates. No cryptic species were found. Conclusions - To our knowledge, this is the first prospective study of Aspergillus species in CF using molecular methods. The paucity of non-A. fumigatus and of cryptic species of A. fumigatus suggests a special association of A. fumigatus sensu stricto with CF airways, indicating it likely displays unique characteristics making it suitable for chronic residence in that milieu. These findings could refine an epidemiologic and therapeutic approach geared to this pathogen.

Bullying escolar – Intervenientes, ações e sentimentos associados: um estudo com alunos do 2º e 3º ciclos da região do Algarve

Introdução – O bullying pode ser definido como atitudes agressivas, intencionais e repetidas durante um período de tempo. Diversos estudos verificaram a prevalência de bullying entre estudantes de vários países e demonstraram que este é um problema internacional e que pelo menos um em cada dez estudantes está envolvido numa situação de bullying. Objetivos – Caracterizar as situações de bullying no ambiente escolar, o papel do estudante, os sentimentos associados a essas ações e identificar as características do agressor. Métodos – A amostra foi constituída por 519 alunos matriculados em duas escolas da região sul de Portugal que preencheram um questionário anónimo sobre uma situação de bullying que vivenciaram, descrevendo o papel do aluno e o que sentiram nesta situação. Resultados – Os resultados revelaram que em 61,7% dos casos se tratou de agressão física e 29,7% de agressão verbal. Desempenharam o papel de agressores 12,7% dos alunos, 21,8% foram vítimas e 63,6% foram testemunhas desta situação. 10,6% dos alunos relataram sentir bem, 11% mostraram indiferença e 78,4% dos alunos sentiram‑se mal com a situação de bullying. Verificou‑se que, com o avanço da idade, o estudante aumentava em 1,5 vezes a probabilidade de desempenhar o papel de agressor e os rapazes apresentavam 5,2 vezes mais probabilidades de vir a ser agressor numa situação de bullying. Conclusão – O presente estudo verificou que a maioria dos alunos participou de uma situação de bullying escolar como testemunha, sendo os casos mais comuns de agressão física. A maioria dos alunos sentiu‑se mal com essa situação. Os rapazes e os alunos com mais idade tiveram mais probabilidade de vir a desempenhar o papel de agressor numa situação de bullying.

Estudo económico das energias renováveis: o caso português

Dissertação de Mestrado apresentado ao Instituto de Contabilidade e Administração do Porto para a obtenção do grau de Mestre em Empreendedorismo e Internacionalização, sob orientação de Maria Clara Dias Pinto Ribeiro

Application of green zero-valent iron nanoparticles to the remediation of soils contaminated with ibuprofen

Zero-valent iron nanoparticles (nZVIs) are often used in environmental remediation. Their high surface area that is associated with their high reactivity makes them an excellent agent capable of transforming/degrading contaminants in soils and waters. Due to the recent development of green methods for the production of nZVIs, the use of this material became even more attractive. However, the knowledge of its capacity to degrade distinct types of contaminants is still scarce. The present work describes the study of the application of green nZVIs to the remediation of soils contaminated with a common anti-inflammatory drug, ibuprofen. The main objectives of this work were to produce nZVIs using extracts of grape marc, black tea and vine leaves, to verify the degradation of ibuprofen in aqueous solutions by the nZVIs, to study the remediation process of a sandy soil contaminated with ibuprofen using the nZVIs, and to compare the experiments with other common chemical oxidants. The produced nZVIs had nanometric sizes and were able to degrade ibuprofen (54 to 66% of the initial amount) in aqueous solutions. Similar remediation efficiencies were obtained in sandy soils. In this case the remediation could be enhanced (achieving degradation efficiencies above 95%) through the complementation of the process with a catalyzed nZVI Fenton-like reaction. These results indicate that this remediation technology represents a good alternative to traditional and more aggressive technologies.

Deregulated expression of selected histone methylases and demethylases in prostate carcinoma

Prostate cancer (PCa), a leading cause of cancer-related morbidity and mortality, arises through the acquisition of genetic and epigenetic alterations. Deregulation of histone methyltransferases (HMTs) or demethylases (HDMs) has been associated with PCa development and progression. However, the precise influence of altered HMTs or HDMs expression and respective histone marks in PCa onset and progression remains largely unknown. To clarify the role of HMTs and HDMs in prostate carcinogenesis, expression levels of 37 HMTs and 20 HDMs were assessed in normal prostate and PCa tissue samples by RT-qPCR. SMYD3, SUV39H2, PRMT6, KDM5A, and KDM6A were upregulated, whereas KMT2A-E (MLL1-5) and KDM4B were downregulated in PCa, compared with normal prostate tissues. Remarkably, PRMT6 was the histone modifier that best discriminated normal from tumorous tissue samples. Interestingly, EZH2 and SMYD3 expression levels significantly correlated with less differentiated and more aggressive tumors. Remarkably, SMYD3 expression levels were of independent prognostic value for the prediction of disease-specific survival of PCa patients with clinically localized disease submitted to radical prostatectomy. We concluded that expression profiling of HMTs and HDMs, especially SMYD3, might be of clinical usefulness for the assessment of PCa patients and assist in pre-therapeutic decision-making.