Sim-xl: A Powerful And User-friendly Tool For Peptide Cross-linking Analysis.

Chemical cross-linking has emerged as a powerful approach for the structural characterization of proteins and protein complexes. However, the correct identification of covalently linked (cross-linked or XL) peptides analyzed by tandem mass spectrometry is still an open challenge. Here we present SIM-XL, a software tool that can analyze data generated through commonly used cross-linkers (e.g., BS3/DSS). Our software introduces a new paradigm for search-space reduction, which ultimately accounts for its increase in speed and sensitivity. Moreover, our search engine is the first to capitalize on reporter ions for selecting tandem mass spectra derived from cross-linked peptides. It also makes available a 2D interaction map and a spectrum-annotation tool unmatched by any of its kind. We show SIM-XL to be more sensitive and faster than a competing tool when analyzing a data set obtained from the human HSP90. The software is freely available for academic use at http://patternlabforproteomics.org/sim-xl. A video demonstrating the tool is available at http://patternlabforproteomics.org/sim-xl/video. SIM-XL is the first tool to support XL data in the mzIdentML format; all data are thus available from the ProteomeXchange consortium (identifier PXD001677).

Vertical Bone Measurements From Cone Beam Computed Tomography Images Using Different Software Packages.

This article aimed at comparing the accuracy of linear measurement tools of different commercial software packages. Eight fully edentulous dry mandibles were selected for this study. Incisor, canine, premolar, first molar and second molar regions were selected. Cone beam computed tomography (CBCT) images were obtained with i-CAT Next Generation. Linear bone measurements were performed by one observer on the cross-sectional images using three different software packages: XoranCat®, OnDemand3D® and KDIS3D®, all able to assess DICOM images. In addition, 25% of the sample was reevaluated for the purpose of reproducibility. The mandibles were sectioned to obtain the gold standard for each region. Intraclass coefficients (ICC) were calculated to examine the agreement between the two periods of evaluation; the one-way analysis of variance performed with the post-hoc Dunnett test was used to compare each of the software-derived measurements with the gold standard. The ICC values were excellent for all software packages. The least difference between the software-derived measurements and the gold standard was obtained with the OnDemand3D and KDIS3D (-0.11 and -0.14 mm, respectively), and the greatest, with the XoranCAT (+0.25 mm). However, there was no statistical significant difference between the measurements obtained with the different software packages and the gold standard (p> 0.05). In conclusion, linear bone measurements were not influenced by the software package used to reconstruct the image from CBCT DICOM data.

Low Molecular Weight Protein Tyrosine Phosphatase (lmwptp) Upregulation Mediates Malignant Potential In Colorectal Cancer.

Phosphatases have long been regarded as tumor suppressors, however there is emerging evidence for a tumor initiating role for some phosphatases in several forms of cancer. Low Molecular Weight Protein Tyrosine Phosphatase (LMWPTP; acid phosphatase 1 [ACP1]) is an 18 kDa enzyme that influences the phosphorylation of signaling pathway mediators involved in cancer and is thus postulated to be a tumor-promoting enzyme, but neither unequivocal clinical evidence nor convincing mechanistic actions for a role of LMWPTP have been identified. In the present study, we show that LMWPTP expression is not only significantly increased in colorectal cancer (CRC), but also follows a step-wise increase in different levels of dysplasia. Chemical inhibition of LMWPTP significantly reduces CRC growth. Furthermore, downregulation of LMWPTP in CRC leads to a reduced migration ability in both 2D- and 3D-migration assays, and sensitizes tumor cells to the chemotherapeutic agent 5-FU. In conclusion, this study shows that LMWPTP is not only overexpressed in colorectal cancer, but it is correlated with the malignant potential of this cancer, suggesting that this phosphatase may act as a predictive biomaker of CRC stage and represents a rational novel target in the treatment of this disease.

Representação da área de responsabilidade de jogadores de futebol através do Diagrama de Voronoi

Universidade Estadual de Campinas . Faculdade de Educação Física

Análise dos esforços de alta intensidade de jogadores de futebol profissional

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Metodologia para analise cinematica de volumes respiratorios parciais de nadadores

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As adaptações das curvaturas da coluna vertebral as atividades fisicas praticadas

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Adaptações das curvas da coluna vertebral na marcha em função da altura dos saltos dos calçados

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Analise quantitativa das adaptações da coluna vertebral em mulheres gravidas

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Calibração de câmeras para análises subaquáticas de movimentos = : Cameras calibration for underwater motion analysis

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Comparação entre protocolos de marcadores anatomicos e tecnicos para analise cinematica na marcha e na corrida

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Metodo de reconstrução tridimensional para avaliação postural

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Fundamentos geometricos e algebricos da calibração e reconstrução tridimensional : aplicação na analise cinematica de movimentos humanos

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Estudo das adaptações posturais momentaneas decorrentes da aplicação progressiva de sobrecarga unilateral

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Alterações dimensionais do côndilo mandibular em indivíduos de 3 a 20 anos de idade usando tomografia computadorizada de feixe cônico: um estudo preliminar

INTRODUÇÃO: o exame de tomografia computadorizada de feixe cônico (TCFC) oferece excelente representação dos tecidos duros da articulação temporomandibular (ATM). OBJETIVO: investigar as alterações morfológicas do côndilo mandibular, da infância à idade adulta, utilizando a TCFC. MÉTODOS: um estudo transversal foi conduzido envolvendo 36 côndilos de 18 indivíduos com idades variando entre 3 e 20 anos. As imagens dos côndilos foram obtidas por meio do sistema i-CAT e medidas com uma ferramenta do programa específica para ATM, que permite cortes perpendiculares à cabeça do côndilo, com correção individual em função das diferenças angulares de cada um. As maiores distâncias nas vistas lateral e frontal foram consideradas tanto para os côndilos do lado direto como para os do lado esquerdo. RESULTADOS: a dimensão lateral do côndilo mandibular parece ser estabelecida de maneira precoce, sofrendo poucas alterações com o passar dos anos, enquanto a dimensão frontal tende a aumentar. Assimetrias entre o côndilo esquerdo e o direito foram comumente observadas; no entanto, tais diferenças não apresentaram significância estatística para as vistas lateral (P=0,815) e frontal (P=0,374). CONCLUSÕES: os côndilos apresentaram simetria com relação ao tamanho, sendo observado crescimento apenas na dimensão frontal Os resultados sugerem que a TCFC constitui-se numa ferramenta útil na mensuração e avaliação das dimensões condilares.