Antibiotic resistance in the gut microbiota

Antibiotic resistance is an increasing threat to our ability to treat infectious diseases. Thus, understanding the effects of antibiotics on the gut microbiota, as well as the potential for such populations to act as a reservoir for resistance genes, is imperative. This thesis set out to investigate the gut microbiota of antibiotic treated infants compared to untreated controls using high-throughput DNA sequencing. The results demonstrated the significant effects of antibiotic treatment, resulting in increased proportions of Proteobacteria and decreased proportions of Bifidobacterium. The species diversity of bifidobacteria was also reduced. This thesis also highlights the ability of the human gut microbiota to act as an antibiotic resistance reservoir. Using metagenomic DNA extracted from faecal samples from adult males, PCR was employed to demonstrate the prevalence and diversity of aminoglycoside and β-lactam resistance genes in the adult gut microbiota and highlighted the merits of the approach adopted. Using infant faecal samples, we constructed and screened a second fosmid metagenomic bank for the same families of resistance genes and demonstrated that the infant gut microbiota is also a reservoir for resistance genes. Using in silico analysis we highlighted the existence of putative aminoglycoside and β-lactam resistance determinants within the genomes of Bifidobacterium species. In the case of the β- lactamases, these appear to be mis-annotated. However, through homologous recombination-mediated insertional inactivation, we have demonstrated that the putative aminoglycoside resistance proteins do contribute to resistance. In additional studies, we investigated the effects of short bowel syndrome on infant gut microbiota, the immune system and bile acid metabolism. We also sequenced the microbiota of the human vermiform appendix, highlighting its complexity. Finally, this thesis demonstrated the strain specific nature of 2 different probiotic CLA-producing Bifidobacterium breve on the murine gut microbiota.

Relación entre las condiciones de higiene y seguridad y la exposición ambiental a solventes orgánicos en pintores de automóviles de la localidad de barrios unidos, Bogotá 2015

Introducción. Los trabajadores de los talleres de reparación de automóviles conviven diariamente con la exposición a los solventes orgánicos, exposición que se convierte en un riesgo para su salud que generalmente en el corto plazo se presenta como déficits de concentración, memoria y tiempo de reacción y en el largo plazo produciendo graves repercusiones clínicas como efectos mutagénicos y carcinogénicos. Objetivo. Caracterizar las condiciones higiénicas y de seguridad de trabajadores ocupacionalmente expuestos a solventes orgánicos y determinar los niveles ambientales de benceno, tolueno y xileno (BTX) en talleres de lámina y pintura automotriz de la ciudad de Bogotá. Materiales y métodos. Se hizo un estudio de corte transversal en 60 trabajadores que laboran expuestos a solventes orgánicos en talleres de reparación automotriz en Bogotá. Se realizó una encuesta con variables sociodemográficas, laborales y se determinaron los niveles en aire de benceno, tolueno y xileno. Para los muestreos ambientales, las bombas se colocaron en una posición fija representativa del ambiente general, con el objeto de conocer la distribución de los solventes en el área de trabajo. Se realizó un análisis descriptivo por conteos de frecuencia, medidas de tendencia central y dispersión. Se utilizó prueba de bondad de ajuste para distribución normal (Kolmogorov-Smirnov o Shapiro Wilk), prueba t Student para comparación de medias, o en su defecto prueba U de Mann Whitney para comparación de medianas. Para identificar la relación entre las características sociodemográficas y ocupacionales con la exposición a BTX, se utilizaron pruebas de asociación Chi cuadrado o análisis de correlación según la naturaleza de las variables. El nivel de significancia para cada prueba fue 0.05. Resultados. La edad promedio de los trabajadores fue de 43 años y un tiempo total de exposición a solventes de 20 años. Respecto al uso de protección corporal, 45 (75%) de los trabajadores manifestaron que usaban uniforme, mientras que 14 (23,3%) usaban ropa de calle durante la jornada laboral. El 46,7% manifestaron usar protección respiratoria. La concentración de benceno en aire fue entre 0,1 y 0,45 mg/l (mediana de 0,31 mg/l; DE 0,13 mg/l); la de tolueno estuvo entre 8,25 y 27,22 mg/l (mediana de 14,5 mg/l; DE 6.99 mg/l) y la de xileno entre 19,34 y 150,15 mg/l (mediana de 70,12 mg/l; DE 40,82 mg/l). Conclusión. Los pintores de automóviles están expuestos a niveles elevados de solventes en los lugares de trabajo y no cuentan con condiciones de higiene y seguridad industrial adecuados. Un gran número de pintores son informales lo que les impide el acceso a los beneficios del Sistema de Seguridad Social Integral.

Características y perfil microbiológico de pacientes con colecistitis moderada y severa en Mederi de 2014 a 2016

Introducción: Las guías de Tokyo de 2013 lograron un consenso respecto al manejo antibiótico de la infección biliar. Sus recomendaciones están sustentadas en estudios internacionales de la epidemiología bacteriana, pero también recalcan la importancia de conocer la microbiología local para ajustar las guías de manejo. Materiales y métodos: Se diseñó un estudio descriptivo tipo serie de casos de pacientes tratados por colecistitis aguda moderada y severa en Méderi Hospital Universitario Mayor (HUM), describiendo los aislamientos microbiológicos y perfiles de resistencia de los cultivos de bilis tomados durante la cirugía. Resultados: Se analizaron 131 pacientes con una edad promedio de 63 años, la mayoría sin comorbilidades médicas. Se encontró un 48% de positividad en los cultivos, predominantemente enterobacterias siendo la más frecuente Escherichia coli, seguida de especies de Klebsiella y de Enterococcus. Los perfiles de resistencia evidenciaron un 93% de multisensibilidad antibiótica y se aislaron 4 microorganismos multirresistentes. No se encontraron diferencias en comorbilidades, alteraciones paraclínicas, presencia de síndrome biliar obstrutivo, pancreatitis o instrumentación previa de la vía biliar entre los pacientes con cultivo positivo y negativo. Conclusiones: Los resultados concuerdan con los reportes internacionales en cuanto a la flora bacteriana aislada, pero los perfiles de resistencia evidenciados en esta serie son diferentes a los que sustentan las guías de manejo de Tokio revisadas en 2013. Este hallazgo obliga a ajustar las guías de manejo institucionales con base en la epidemiología local.

Factores de riesgo preoperatorios asociados a conversión a técnica abierta en colecistectomía laparoscópica de urgencia

Introducción: la colecistectomía laparoscópica es la técnica de elección en pacientes con indicación de extracción quirúrgica de la vesícula; sin embargo, en promedio 20% de éstos requieren conversión a técnica abierta. En este estudio se evaluaron los factores de riesgo preoperatorios para conversión en colecistectomía laparoscópica de urgencia. Metodología: se realizó un estudio de casos y controles no pareado. Se obtuvo información sociodemográfica y de variables de interés de los registros de historias clínicas de pacientes operados entre el 2013 y 2016. Se identificaron los motivos de conversión de técnica quirúrgica. Se caracterizó la población de estudio y se estimaron asociaciones según la naturaleza de las variables. Mediante un análisis de regresión logística se ajustaron posibles variables de confusión. Resultados: se analizaron los datos de 444 pacientes (111 casos y 333 controles). La causa de conversión más frecuente fue la dificultad técnica (50,5%). Se encontró que la mayor edad, el sexo masculino, el antecedente de cirugía abierta en hemiabdomen superior, el signo de Murphy clínico positivo, la dilatación de la vía biliar, la leucocitosis y la mayor experiencia del cirujano, fueron factores de riesgo para conversión. Se encontró un área bajo la curva ROC= 0,743 (IC95% 0,692–0,794, p= <0,001). Discusión: existen unos factores que se asocian a mayor riesgo de conversión en colecistectomía laparoscópica. La mayoría se relacionan con un proceso inflamatorio más severo, por lo que se debe evitar la prolongación del tiempo de espera entre el inicio de los síntomas y la extirpación quirúrgica de la vesícula.

The Use of Pacific Menhaden Oil and Palm Oil on Lipid Metabolism Profile in Blood Serum of Native Cockerels

Cholesterol is an important component of cell membrane, plasma lipoprotein and precursor of steroid synthesis in biologically crucial bile salt and steroid hormones.  Cholesterol level in the blood exceeding the 300 mg/100 ml can result in the incident of cardiac disorder. Cholesterol, HDL (High Density of Lipoprotein), LDL (Low Density of Lipo protein) biosynthesis in the blood plasma of broiler chicken can be manipulated by the use of Pacific Menhaden Oil and Palm Oil.  Therefore, The aim of the current experiment was to investigate the effect of  long chain fatty acid from Pacific Menhaden Oil (PMO) and Palm Oil (PO) use in feed on the blood level of cholesterol, HDL and LDL of native cockerels. Four kinds of ration which contained different levels of PMO and PO were formulated.  They were R0 (control, without PMO and PO); R1 (10% PO); R2  (10% PMO) and R3 (5% PMO and 5% PO).  A total of 72 native cockerels, aged two weeks were kept in 24 pens, three cockerels in each pen.  Each experimental unit were assingned at random to receive one of the four rations in completely randomized designed with six replicates. The use of PMO and PO in feed did not significantly affect (P>0.05) the concentration of cholesterol, HDL, LDL and triglyceride in the blood.  Although statistically was not significantly significant, Cockerels fed R2 had the highest concentration of HDL (39.36 mg/dl) and the lowest concentration of LDL (9.10) in the blood. (Animal Production 7(2): 67-73 (2005) Key Words: Pacific Menhaden Oil, Palm Oil, Cholesterol, HDL, LDL, Triglyceride