Desempenho de clones de copa e painel de seringueira no sudoeste do Estado do Mato Grosso

O objetivo deste trabalho foi avaliar o desempenho de 12 combinações de três clones de painel (PB 311, PB 314 e RRIM 600) com quatro clones de copa (F 4512, MDF 180, IAN 6158 e IAN 6543) de seringueira cultivados no sudoeste do Estado do Mato Grosso. Utilizou-se o delineamento experimental de blocos ao acaso, com quatro repetições. Foram avaliados: produção de borracha seca, percentagem de plantas aptas à sangria, secamento de painel, estado nutricional, teor de borracha seca, plasticidade Wallace (P0 e P30), índice de retenção de plasticidade e viscosidade Mooney. As combinações das copas IAN 6543 e MDF 180 com os painéis PB 311, RRIM 600 e PB 314 apresentaram estado nutricional adequado, com produtividade de borracha seca acima de 1,41 Mg ha-1 por ano. O clone de copa IAN 6158 propiciou, em oito anos, as maiores quantidades de plantas aptas à sangria. As combinações painel/copa apresentaram baixa incidência de secamento de painel, exceto PB 311 x IAN 6158. As borrachas das 12 combinações painel/copa apresentam boa resistência à degradação térmica e alta retenção de plasticidade.

Quantitative modelling of transcription factor binding sites

Abstract One of the most important issues in molecular biology is to understand regulatory mechanisms that control gene expression. Gene expression is often regulated by proteins, called transcription factors which bind to short (5 to 20 base pairs),degenerate segments of DNA. Experimental efforts towards understanding the sequence specificity of transcription factors is laborious and expensive, but can be substantially accelerated with the use of computational predictions. This thesis describes the use of algorithms and resources for transcriptionfactor binding site analysis in addressing quantitative modelling, where probabilitic models are built to represent binding properties of a transcription factor and can be used to find new functional binding sites in genomes. Initially, an open-access database(HTPSELEX) was created, holding high quality binding sequences for two eukaryotic families of transcription factors namely CTF/NF1 and LEFT/TCF. The binding sequences were elucidated using a recently described experimental procedure called HTP-SELEX, that allows generation of large number (> 1000) of binding sites using mass sequencing technology. For each HTP-SELEX experiments we also provide accurate primary experimental information about the protein material used, details of the wet lab protocol, an archive of sequencing trace files, and assembled clone sequences of binding sequences. The database also offers reasonably large SELEX libraries obtained with conventional low-throughput protocols.The database is available at http://wwwisrec.isb-sib.ch/htpselex/ and and ftp://ftp.isrec.isb-sib.ch/pub/databases/htpselex. The Expectation-Maximisation(EM) algorithm is one the frequently used methods to estimate probabilistic models to represent the sequence specificity of transcription factors. We present computer simulations in order to estimate the precision of EM estimated models as a function of data set parameters(like length of initial sequences, number of initial sequences, percentage of nonbinding sequences). We observed a remarkable robustness of the EM algorithm with regard to length of training sequences and the degree of contamination. The HTPSELEX database and the benchmarked results of the EM algorithm formed part of the foundation for the subsequent project, where a statistical framework called hidden Markov model has been developed to represent sequence specificity of the transcription factors CTF/NF1 and LEF1/TCF using the HTP-SELEX experiment data. The hidden Markov model framework is capable of both predicting and classifying CTF/NF1 and LEF1/TCF binding sites. A covariance analysis of the binding sites revealed non-independent base preferences at different nucleotide positions, providing insight into the binding mechanism. We next tested the LEF1/TCF model by computing binding scores for a set of LEF1/TCF binding sequences for which relative affinities were determined experimentally using non-linear regression. The predicted and experimentally determined binding affinities were in good correlation.

Características anatômicas para produção de celulose do lenho de reação de árvores inclinadas de eucalipto

O objetivo deste trabalho foi avaliar as características anatômicas para produção de celulose dos lenhos normal e de reação (de tração e oposto), do clone de Eucalyptus grandis x Eucalyptus urophylla, com fuste inclinado por ação de ventos. As árvores foram agrupadas em quatro faixas de inclinação, que variaram de 0 a 50º. Foram analisadas as características anatômicas dos elementos de vasos e das fibras no sentido longitudinal do tronco, nos lados superior e inferior à inclinação, nos lenhos de tração e oposto, respectivamente. A frequência e o diâmetro tangencial dos vasos, bem como as dimensões das fibras e os seus respectivos índices de qualidade, foram influenciados pela inclinação. Nos lenhos de tração e oposto, os vasos apresentaram diâmetro reduzido e aumento da frequência. Observou-se diferença no comprimento das fibras, entre os lenhos de tração, oposto e normal, com influência nos índices de qualidade de fibra. A grande variabilidade na dimensão das fibras e dos vasos no lenho de reação contribui para reduzir a qualidade da madeira dos fustes inclinados, para obtenção de polpa celulósica.

Soil water dynamics and evapotranspiration of forage cactus clones under rainfed conditions

Abstract: The objective of this work was to evaluate soil water dynamics in areas cultivated with forage cactus clones and to determine how environmental conditions and crop growth affect evapotranspiration. The study was conducted in the municipality of Serra Talhada, in the state of Pernambuco, Brazil. Crop growth was monitored through changes in the cladode area index (CAI) and through the soil cover fraction, calculated at the end of the cycle. Real evapotranspiration (ET) of the three evaluated clones was obtained as the residual term in the soil water balance method. No difference was observed between soil water balance components, even though the evaluated clones were of different genus and had different CAI increments. Accumulated ET was of 1,173 mm during the 499 days of the experiment, resulting in daily average of 2.35 mm. The CAI increases the water consumption of the Orelha de Elefante Mexicana clone. In dry conditions, the water consumption of the Miúda clone responds more slowly to variation in soil water availability. The lower evolution of the CAI of the IPA Sertânia clone, during the rainy season, leads to a higher contribution of the evaporation component in ET. The atmospheric demand controls the ET of clones only when there is higher soil water availability; in this condition, the water consumption of the Miúda clone decreases more rapidly with the increase of atmospheric demand.

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus: phylogenetic relatedness between European epidemic clones and Swiss sporadic strains.

We have compared the phylogenetic diversity of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains from Switzerland and their phylogenetic relationships with European epidemic clones, using multiprimer random amplification polymorphic DNA (RAPD). Strains included 24 European epidemic clones (59 strains), 66 sporadic strains isolated in Switzerland in 1996-1997, and 15 reference strains of five other Staphylococcus species. Similarity and clustering analysis with the Jaccard's coefficient showed that the maximum genetic distance between MRSA strains was 0.43, whereas the minimum genetic distance between the six Staphylococcus species was 0.97, indicating that the method permits phylogenetic hierarchization. The 24 MRSA clones reported to be epidemic in European countries during the 1990s were distributed into seven different genetic clusters with a maximum distance of 0.29 among them. This clustering pattern was confirmed by the analysis of a subset of MRSA strains by multilocus enzyme electrophoresis at 12 loci. Most of the sporadic Swiss strains were distributed into these seven different genetic clusters, together with the epidemic MRSA clones. This suggests that there is no phylogenetic cluster specific to epidemic clones of MRSA.

Adaptabilidade e estabilidade fenotípica de clones de cana-de-açúcar

Resumo: O objetivo deste trabalho foi determinar a adaptabilidade e a estabilidade de clones de cana-de-açúcar ( Saccharum spp.) de ciclo médio-tardio, quanto à produção de colmos e de açúcar, e a eficiência da conversão de energia solar em produção, na região Noroeste do Estado do Rio Grande do Sul. Treze clones foram avaliados em nove ambientes, em delineamento de blocos ao acaso, com três repetições. As variáveis utilizadas para a análise de efeitos principais aditivos e interações multiplicativas (AMMI) foram: a produtividade de colmos e de açúcar, e a eficiência da conversão de energia solar em produção. Houve interação entre clones e ambientes, e o clone RB996527 destacou-se por ampla adaptação aos ambientes de teste, elevada produtividade de colmos e açúcar, estabilidade e eficiência da conversão de energia solar em produção, tendo superado a testemunha RB867515. Os ambientes com maior produtividade foram São Luiz Gonzaga (primeira-soca) e Santa Rosa (cana-planta e primeira-soca).

CARACTERÍSTICAS FÍSICAS DE PEDÚNCULOS DE CAJUEIRO PARA COMERCIALIZAÇÃO IN NATURA

Com o objetivo de selecionar pedúnculos de cajueiro-anão precoce (Anacardium occidentale L. var. nanum) para comercialização in natura, foram avaliados 09 clones selecionados a partir de um experimento de competição sob irrigação, no município de Mossoró-RN. O clone CCP 76 foi utilizado como testemunha. Os cajus foram colhidos em agosto de 1997 e avaliados quanto às seguintes características: textura, tamanho (diâmetros apical e basal e comprimento), formato, coloração (carta de cores e pigmentos) e peso (total e pedúnculo). Dentre os materiais avaliados, apenas o CCP 09 apresentou cor inferior à testemunha, sendo que os clones CAP 6 (500), END 157, END 189 e END 329 destacaram-se com coloração mais intensa que a mesma. Além da testemunha, apenas os clones END 157, 183 e 189 apresentaram pedúnculos que podem ser classificados como tipo 4 (de maior valor comercial), enquanto, com relação à forma, apenas os clones CAP 6 (500), END 157 e END 183 apresentaram formato piriforme. O clone END 157 apresentou as melhores características para comercialização in natura, inclusive quando comparado à testemunha. Os clones END 183 e 189 apresentaram resultados semelhantes à testemunha, com exceção da cor para o 183 e do formato para o 189.

PROPAGAÇÃO DO UMEZEIRO (Prunus mume Sieb & Zucc.) POR ESTAQUIA HERBÁCEA

A utilização do umezeiro ou damasqueiro-japonês (Prunus mume Sieb & Zucc.) como porta-enxerto de Prunus sp. vem despertando grande interesse em função de sua rusticidade, resistência a pragas e doenças, adaptação e, principalmente, por reduzir o porte de pessegueiros e nectarineiras. Este trabalho foi conduzido no Departamento de Produção Vegetal da FCAV/UNESP, Câmpus de Jaboticabal-SP, e teve por objetivo estudar a propagação vegetativa desta espécie. Para tanto, utilizaram-se estacas herbáceas com 12cm de comprimento dos Clones 02; 05; 10 e 15, provenientes do Programa de Melhoramento Genético do Instituto Agronômico de Campinas, submetidas às concentrações de 0 e 2000mg.L-1 de AIB, por cinco segundos. O experimento foi conduzido em delineamento experimental inteiramente casualizado, com 4 repetições de 20 estacas por parcela, esquema fatorial 4 x 2, sendo o fator clone em 4 níveis (Clones 02; 05; 10 e 15) e AIB em 2 níveis (0 e 2000mg.L-1). De acordo com os resultados, verificou-se diferença entre os clones quanto à porcentagem de enraizamento, sendo o Clone 15 significativamente superior ao Clone 02 (93,75% e 78,13%, respectivamente). Os Clones 05 (85,0%) e 10 (83,13%) comportaram-se como intermediários, não diferindo dos demais. Não houve diferença entre os clones testados quanto à formação de calo, raízes por estaca, comprimento de raízes e porcentagem de estacas brotadas. O ácido indolbutírico na concentração de 2000mg.L-1 favoreceu a emissão de raízes adventícias e aumentou o comprimento das raízes, mas não teve influência na brotação das estacas. Não houve efeito da interação entre os fatores testados para as variáveis analisadas.

Complementary DNA cloning of complement C8 beta and its sequence homology to C9.

The complete amino acid sequence of mature C8 beta has been derived from the DNA sequence of a cDNA clone identified by expression screening of a human liver cDNA library. Comparison with the amino acid sequence of C9 shows an overall homology with few deletions and insertions. In particular, the cysteine-rich domains and membrane-inserting regions of C9 are well conserved. These findings are discussed in relation to a possible mechanism of membrane attack complex formation.

Aminoácidos livres majoritários no suco de caju: variação ao longo da safra

Visando a contribuir para o conhecimento dos aminoácidos livres majoritários presentes no suco de caju (Anacardium occidentale L.), estudou-se o seu comportamento ao longo da safra de 1995, no período de agosto a novembro, no clone de cajueiro-anão precoce, CCP 09, com aptidão para a produção de suco. O suco foi obtido de cajus cultivados no município de Pio IX, Estado do Piauí, Brasil. Os frutos foram colhidos em intervalos de 21 dias, perfazendo cinco amostragens. Os aminoácidos foram determinados utilizando-se um auto-analisador de aminoácidos. Preliminarmente, foram feitos ensaios para conhecer o espectro total dos aminoácidos livres presentes no suco; destes, foram escolhidos os oito majoritários, sobre os quais está baseado o estudo. Os aminoácidos majoritários encontrados, na ordem decrescente, foram: alanina, serina, fenilalnina, leucina, ácido glutâmico, ácido aspártico, prolina e tirosina

Porta-enxertos para a lima-ácida-'Tahiti' na região de Bebedouro, SP

Foi instalado um experimento de seleção de porta-enxertos para a lima-ácida-'Tahiti' (Citrus latifolia Tanaka), em dezembro de 1988, na Estação Experimental de Citricultura de Bebedouro-SP, com o objetivo de conhecer seu comportamento e oferecer novas opções de plantio para as condições ecológicas semelhantes às daquela região. A variedade copa, originária do BAG-Citros do IAC, localizado no Centro de Citricultura Sylvio Moreira, Cordeirópolis-SP, é um clone nucelar de 'Tahiti', denominado IAC-5. Os porta-enxertos, que tiveram a mesma origem, foram: tangerinas-'Sunki' (Citrus sunki Hort. ex Tanaka); 'Cleópatra'(Citrus reshni Hort. ex Tan.); 'Batangas' e 'Oneco' (Citrus reticulata Blanco); trifoliata-EEL (Poncirus trifoliata Raf.); limão-'Cravo' (Citrus limonia Osbeck); limão-'Volkameriano Catania 2' (Citrus volkameriana Tan. & Pasq.); tangelo-'Orlando' (C. reticulata Blanco x Citrus paradisi Macf.); citrumelo-'Swingle' (P. trifoliata Raf. X C.paradisi Macf.); citrange-'Morton' (P. trifoliata Raf. X C. sinensis (L.) Osbeck) e laranja-'Caipira DAC' (C. sinensis (L.) Osbeck). Com relação à produção, avaliada no período de 1991 a 1998, os porta-enxertos de melhor comportamento foram o tangelo-'Orlando', citrange-'Morton' e citrumelo-'Swingle'. As mais baixas produções ocorreram nos porta-enxertos de tangerina e de laranja-'Caipira DAC'. O limão-'Cravo' apresentou produção intermediária e proporcionou curta vida útil às plantas.

Componentes da variância em caracteres agronômicos de acerola

Estimaram-se os componentes da variância e sua participação porcentual na variância de caracteres de genótipos de acerola de Itápolis, Viradouro e Jaboticabal. Realizaram-se avaliações em folhas, frutos e outros caracteres das plantas, de dez/97 a jan/99. Na estimação, adotaram-se os modelos com clones, épocas e clones x épocas, quando havia duas plantas do mesmo clone e com genótipos e épocas, quando havia uma planta por genótipo. Verificaram-se diferenças significativas em clones, épocas e clones x épocas em todos os caracteres, exceto comprimento de folhas (CMFO), rendimento de polpa (RMP20FR) e dias em colheita, que apresentaram significância em fatores específicos. A variância ambiental interfere mais acentuadamente em largura de folha (LMFO), massa de polpa, quantidade de vitamina C (VITC), RMP20FR e crescimento de ramos. Os proporcionalmente elevados componentes de variância genética de CMFO, LMFO, altura de planta, diâmetro de copa, altura de fruto, VITC e massa de fruto tornam efetiva a seleção de genótipos.

Efeito do comprimento de estacas herbáceas de dois clones de umezeiro (Prunus mume Sieb & Zucc.) no enraizamento adventício

O umezeiro (Prunus mumeSieb & Zucc.) é uma rosácea de folhas caducas, nativa da China, cujos frutos e flores são muito apreciados pelos povos orientais. No Brasil, alguns estudos foram realizados visando a sua utilização como porta-enxerto para pessegueiro e nectarineira, dadas as suas características de adaptação, rusticidade, redução do porte da planta e compatibilidade com algumas cultivares de Prunus persica. O presente estudo foi conduzido em câmara de nebulização sob ripado, pertencente ao Departamento de Produção Vegetal da FCAV/UNESP, Câmpus de Jaboticabal-SP. Objetivou-se verificar a influência de quatro comprimentos de estacas herbáceas no enraizamento de dois clones de umezeiro. O material vegetal, identificado como Clone 10 e Clone 15, foi oriundo do Programa de Melhoramento Genético do Instituto Agronômico de Campinas-SP. O experimento foi constituido de fatorial 2 x 4, em blocos casualizados, sendo o fator clone em 2 níveis (Clone 10 e Clone 15) e o fator comprimento de estaca em 4 níveis (12; 15; 18 e 25cm). Pelos resultados observados, verificou-se diferença entre os clones somente na porcentagem de estacas brotadas e número de raízes por estaca. O comprimento da estaca influenciou na porcentagem de enraizamento e na mortalidade das estacas, sendo que estacas maiores tenderam a apresentar maiores porcentagens de enraizamento e menores de mortalidade. As estacas com 12cm, embora apresentando menor número de raízes por estaca, são recomendadas por permitirem a obtenção de um maior número de estacas por planta-matriz. Houve efeito significativo da interação entre os fatores para número e comprimento de raízes.

Armazenamento refrigerado sob atmosfera modificada de pedúnculos de cajueiro-anão-precoce dos clones CCP-76, end-157, end-183 e end-189

Pedúnculos de clones de cajueiro-anão-precoce, dos clones CCP-76, END-157, END-183 e END-189, foram armazenados durante 25 dias, sob refrigeração associada a atmosfera modificada, com o objetivo de avaliar o efeito das condições atualmente utilizadas (5ºC e 85-90% de UR) para conservação, transporte e comercialização de cajus in natura. Os pedúnculos foram avaliados a cada 5 dias quanto às seguintes características: perda de peso, firmeza, cor (antocianinas), sólidos e açúcares solúveis, acidez, pH, vitamina C e compostos fenólicos. O uso da refrigeração (5ºC e 85% U.R), associada a atmosfera modificada, proporcionou uma vida útil pós-colheita de 10 dias para o clone END 189, de até 15 dias para o clone END 157 e de até 25 dias para os clones CCP 76 e END 183. A temperatura de 5ºC não se mostrou adequada para armazenamento de pedúnculos de coloração mais intensa (END 157 e END 189) que a testemunha (CCP 76), provocando perda de cor (antocianinas) a partir do 10º dia de armazenamento. A atmosfera modificada reduziu significativamente a perda de peso, favorecendo a aparência do produto para comercialização, independentemente do clone estudado.

Reação de clones de bananeira(Musa spp.) ao nematóide Meloidogyne incognita (Kofoid & White, 1919) Chitwood, 1949, Raça 2

O trabalho teve por objetivo estudar em condições de casa de vegetação a reação de clones de bananeira, em relação a Meloidogyne incognita raça 2. Mudas micropropagadas foram inoculadas, utilizando-se da suspensão de M. incognita, formada de ovos e de juvenis do segundo estádio, totalizando 20.000 / muda. A inoculação foi feita após cinco dias do transplante das mudas para sacos de plástico preto de cinco litros de capacidade, contendo solo, areia e esterco, na proporção 3:1:1, esterilizado em caldeira a 100ºC, por duas horas. O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado, com quatro repetições. Após 120 dias, os clones foram avaliados. Determinou-se o número de ovos e juvenis contido no sistema radicular, sendo utilizado o clone CPA-34, a cultivar Grande Naine, como padrão de suscetibilidade. Amostras de 200 cm³ de solo foram coletadas para a determinação do número de nematóides no solo. De acordo com os fatores de reprodução (Pf/Pi), verificou-se que o clone CPA-34 apresentou-se suscetível ao nematóide, como era esperado, com o maior fator de reprodução, seguido do clone CPA-49, da cultivar Maçã, com índice superior a um. Os demais clones testados apresentaram fator de reprodução menor que um, indicando certa resistência ao nematóide M. incognita raça 2. Entretanto, nas análises estatísticas, foram verificadas diferenças significativas entre o clone-padrão CPA-34, quando comparado com os clones CPA-58 e CPA-54. Para os resultados de peso de raízes e peso da parte aérea, a diferença foi significativa (1%) para todos os clones testados, apresentando os maiores valores para os clones não inoculados.