New insights into Plagiogrammaceae (Bacillariophyta) based on multigene phylogenies and morphological characteristics with the description of a new genus and three new species.

Plagiogrammaceae, a poorly described family of diatoms, are common inhabitants of the shallow marine littoral zone, occurring either in the sediments or as epiphytes. Previous molecular phylogenies of the Plagiogrammaceae were inferred but included only up to six genera: Plagiogramma, Dimeregramma, Neofragilaria, Talaroneis, Psammogramma and Psammoneis. In this paper, we describe a new plagiogrammoid genus, Orizaformis, obtained from Bohai Sea (China) and present molecular phylogenies of the family based on three and four genes (nuclear-encoded large and small subunit ribosomal RNAs and chloroplast-encoded rbcL and psbC). Also included in the new phylogenies is Glyphodesmis. The phylogenies suggest that the Plagiogrammaceae is composed of two major clades: one consisting of Talaroneis, Orizaformis and Psammoneis, and the second of Glyphodesmis, Psammogramma, Neofragilaria, Dimeregramma and Plagiogramma. In addition, we describe three new species within established genera: Psammoneis obaidii, which was collected from the Red Sea, Saudi Arabia; and Neofragilaria stilus and Talaroneis biacutifrons from the Mozambique Channel, Indian Ocean, and illustrate two new combination taxa: Neofragilaria anomala and Neofragilaria lineata. Our observations suggest that the biodiversity of the family is strongly needed to be researched, and the phylogenetic analyses provide a useful framework for future studies of Plagiogrammaceae.

New insights into Plagiogrammaceae (Bacillariophyta) based on multigene phylogenies and morphological characteristics with the description of a new genus and three new species.

Plagiogrammaceae, a poorly described family of diatoms, are common inhabitants of the shallow marine littoral zone, occurring either in the sediments or as epiphytes. Previous molecular phylogenies of the Plagiogrammaceae were inferred but included only up to six genera: Plagiogramma, Dimeregramma, Neofragilaria, Talaroneis, Psammogramma and Psammoneis. In this paper, we describe a new plagiogrammoid genus, Orizaformis, obtained from Bohai Sea (China) and present molecular phylogenies of the family based on three and four genes (nuclear-encoded large and small subunit ribosomal RNAs and chloroplast-encoded rbcL and psbC). Also included in the new phylogenies is Glyphodesmis. The phylogenies suggest that the Plagiogrammaceae is composed of two major clades: one consisting of Talaroneis, Orizaformis and Psammoneis, and the second of Glyphodesmis, Psammogramma, Neofragilaria, Dimeregramma and Plagiogramma. In addition, we describe three new species within established genera: Psammoneis obaidii, which was collected from the Red Sea, Saudi Arabia; and Neofragilaria stilus and Talaroneis biacutifrons from the Mozambique Channel, Indian Ocean, and illustrate two new combination taxa: Neofragilaria anomala and Neofragilaria lineata. Our observations suggest that the biodiversity of the family is strongly needed to be researched, and the phylogenetic analyses provide a useful framework for future studies of Plagiogrammaceae.

Evidence for methane production by the marine algae Emiliania huxleyi

Methane (CH4), an important greenhouse gas that affects radiation balance and consequently the earth's climate, still has uncertainties in its sinks and sources. The world's oceans are considered to be a source of CH4 to the atmosphere, although the biogeochemical processes involved in its formation are not fully understood. Several recent studies provided strong evidence of CH4 production in oxic marine and freshwaters, but its source is still a topic of debate. Studies of CH4 dynamics in surface waters of oceans and large lakes have concluded that pelagic CH4 supersaturation cannot be sustained either by lateral inputs from littoral or benthic inputs alone. However, regional and temporal oversaturation of surface waters occurs frequently. This comprises the observation of a CH4 oversaturating state within the surface mixed layer, sometimes also termed the "oceanic methane paradox". In this study we considered marine algae as a possible direct source of CH4. Therefore, the coccolithophore Emiliania huxleyi was grown under controlled laboratory conditions and supplemented with two 13C-labeled carbon substrates, namely bicarbonate and a position-specific 13C-labeled methionine (R-S-13CH3). The CH4 production was 0.7 µg particular organic carbon (POC) g−1 d−1, or 30 ng g−1 POC h−1. After supplementation of the cultures with the 13C-labeled substrate, the isotope label was observed in headspace CH4. Moreover, the absence of methanogenic archaea within the algal culture and the oxic conditions during CH4 formation suggest that the widespread marine algae Emiliania huxleyi might contribute to the observed spatially and temporally restricted CH4 oversaturation in ocean surface waters.

Evidence for methane production by the marine algae Emiliania huxleyi

Methane (CH4), an important greenhouse gas that affects radiation balance and consequently the earth's climate, still has uncertainties in its sinks and sources. The world's oceans are considered to be a source of CH4 to the atmosphere, although the biogeochemical processes involved in its formation are not fully understood. Several recent studies provided strong evidence of CH4 production in oxic marine and freshwaters, but its source is still a topic of debate. Studies of CH4 dynamics in surface waters of oceans and large lakes have concluded that pelagic CH4 supersaturation cannot be sustained either by lateral inputs from littoral or benthic inputs alone. However, regional and temporal oversaturation of surface waters occurs frequently. This comprises the observation of a CH4 oversaturating state within the surface mixed layer, sometimes also termed the "oceanic methane paradox". In this study we considered marine algae as a possible direct source of CH4. Therefore, the coccolithophore Emiliania huxleyi was grown under controlled laboratory conditions and supplemented with two 13C-labeled carbon substrates, namely bicarbonate and a position-specific 13C-labeled methionine (R-S-13CH3). The CH4 production was 0.7 µg particular organic carbon (POC) g−1 d−1, or 30 ng g−1 POC h−1. After supplementation of the cultures with the 13C-labeled substrate, the isotope label was observed in headspace CH4. Moreover, the absence of methanogenic archaea within the algal culture and the oxic conditions during CH4 formation suggest that the widespread marine algae Emiliania huxleyi might contribute to the observed spatially and temporally restricted CH4 oversaturation in ocean surface waters.

Incised Pleistocene valleys in the Western Belgium coastal plain: Age, origins and implications for the evolution of the Southern North Sea Basin

The Belgian coastal plain occupies a key position as it is located at the transition between the Southern North Sea Basin and the Strait of Dover. It is characterized by thick sequences (> 20 m) of Pleistocene terrestrial and littoral sediments. Yet the wider stratigraphical and palaeo-environmental significance of these sediments received little attention. In this paper we draw on the results of a recent sedimentological study based on > 100 drillings that spans the Pleistocene sequence, and present new biostratigraphical (pollen, foraminifera, ostracods) data, all revealing a complex history of deposition. The record includes evidence of the development of incised-valley systems that were initiated in the late Middle and Late Pleistocene. Five phases of fluvial incision can be identified. The majority of the infills are deposited in an estuarine environment that passes into a fluvial environment land inward, except the Weichselian infill which has a predominant fluvial origin. The greatest part of the most seaward located zone of the western coastal plain was free of valley incisions, there, shallow marine sediments built up the record. Local biostratigraphical investigations provide a timeframe. The result is placed in a regional context.

Evaluación del estado poblaciónal del Cangrejo violáceo Platyxanthus orbignyi (Milne Edwards y Lucas, 1843) del área de Lambayeque por medio de un modelo dinámico de Biomasa

Se hace un análisis del estado poblacional del cangrejo violáceo Platyxanthus orbignyi (Milne Edwards y Lucas, 1843) del litoral de Lambayeque – Perú para el periodo 2001-2010 por medio de: 1) El modelo dinámico de biomasa de Schaefer en su versión de error de observación; a este modelo se le introdujo la variable ambiental anomalía de la temperatura superficial del mar (ATSM) del área de San José (Lambayeque) y se obtuvo 2) el modelo dinámico con variable ambiental, ambos basados en datos de captura, esfuerzo y CPUE. Se utilizó el método de máxima verosimilitud en el proceso de ajuste y el bootstrap para determinar los intervalos de confianza de los parámetros. Los parámetros poblacionales y pesqueros estimados por el modelo dinámico de biomasa de Schaefer (MDB) fueron: K: 750 000 kg, r : 0,21 y q: 8,36 x 10-6 y por el modelo dinámico con variable ambiental (MDVA) los parámetros fueron K: 765 000 kg, r: 0,23 y q: 8,02 x 10-6. Con los valores de los parámetros estimados mediante el MDB y el MDVA se calcularon los principales puntos biológicos de referencia (PBR) los cuales fueron: MRS: 39 822 kg, BMRS: 375 000 kg, fMRS: 12 561 nasas, FMRS: 0,11, F0.1: 0,10 para el MDB; y MRS: 44 069 kg, BMRS: 382 500 kg, fMRS: 13 782 nasas, FMRS: 0,12, F0.1: 0,10 para el MDVA. Los resultados indican que el estado actual de la pesquería del cangrejo violáceo del Litoral de Lambayeque se encuentra muy cerca al nivel óptimo. En vista de que no se dispone de información de evaluaciones directas de este recurso que confirme o no los resultados del MDB y MDVA y en virtud de la calidad de datos, se sugiere que el manejo de la pesquería sea del tipo adaptativo alrededor del punto de referencia F0.1 y teniendo en cuenta las condiciones ambientales.

La face cachée de la dune : communautés fongiques du sol: dynamique, succession et interactions avec la végétation d’un écosystème dunaire côtier aux Îles de la Madeleine, Qc

Les écosystèmes dunaires remplissent plusieurs fonctions écologiques essentielles comme celle de protéger le littoral grâce à leur capacité d’amortissement face aux vents et vagues des tempêtes. Les dunes jouent aussi un rôle dans la filtration de l’eau, la recharge de la nappe phréatique, le maintien de la biodiversité, en plus de présenter un attrait culturel, récréatif et touristique. Les milieux dunaires sont très dynamiques et incluent plusieurs stades de succession végétale, passant de la plage de sable nu à la dune bordière stabilisée par l’ammophile à ligule courte, laquelle permet aussi l’établissement d’autres herbacées, d’arbustes et, éventuellement, d’arbres. Or, la survie de ces végétaux est intimement liée aux microorganismes du sol. Les champignons du sol interagissent intimement avec les racines des plantes, modifient la structure des sols, et contribuent à la décomposition de la matière organique et à la disponibilité des nutriments. Ils sont donc des acteurs clés de l’écologie des sols et contribuent à la stabilisation des dunes. Malgré cela, la diversité et la structure des communautés fongiques, ainsi que les mécanismes influençant leur dynamique écologique, demeurent relativement méconnus. Le travail présenté dans cette thèse explore la diversité des communautés fongiques à travers le gradient de succession et de conditions édaphiques d’un écosystème dunaire côtier afin d’améliorer la compréhension de la dynamique des sols en milieux dunaires. Une vaste collecte de données sur le terrain a été réalisée sur une plaine de dunes reliques se trouvant aux Îles de la Madeleine, Qc. J’ai échantillonné plus de 80 sites répartis sur l’ensemble de ce système dunaire et caractérisé les champignons du sol grâce au séquençage à haut débit. Dans un premier temps, j’ai dressé un portait d’ensemble des communautés fongiques du sol à travers les différentes zones des dunes. En plus d’une description taxonomique, les modes de vie fongiques ont été prédits afin de mieux comprendre comment les variations au niveau des communautés de champignons du sol peuvent se traduire en changements fonctionnels. J’ai observé un niveau de diversité fongique élevé (plus de 3400 unités taxonomiques opérationnelles au total) et des communautés taxonomiquement et fonctionnellement distinctes à travers un gradient de succession et de conditions édaphiques. Ces résultats ont aussi indiqué que toutes les zones des dunes, incluant la zone pionière, supportent des communautés fongiques diversifiées. Ensuite, le lien entre les communautés végétales et fongiques a été étudié à travers l’ensemble de la séquence dunaire. Ces résultats ont montré une augmentation claire de la richesse spécifique végétale, ainsi qu’une augmentation de la diversité des stratégies d’acquisition de nutriments (traits souterrains lié à la nutrition des plantes, soit mycorhizien à arbuscule, ectomycorhizien, mycorhizien éricoide, fixateur d’azote ou non spécialisé). J’ai aussi pu établir une forte corrélation entre les champignons du sol et la végétation, qui semblent tous deux réagir de façon similaire aux conditions physicochimiques du sol. Le pH du sol influençait fortement les communautés végétales et fongiques. Le lien observé entre les communautés végétales et fongiques met l’emphase sur l’importance des interactions biotiques positives au fil de la succession dans les environnements pauvres en nutriments. Finalement, j’ai comparé les communautés de champignons ectomycorhiziens associées aux principales espèces arborescentes dans les forêts dunaires. J’ai observé une richesse importante, avec un total de 200 unités taxonomiques opérationnelles ectomycorhiziennes, appartenant principalement aux Agaricomycètes. Une analyse de réseaux n’a pas permis de détecter de modules (c'est-à-dire des sous-groupes d’espèces en interaction), ce qui indique un faible niveau de spécificité des associations ectomycorhiziennes. De plus, je n’ai pas observé de différences en termes de richesse ou de structure des communautés entre les quatre espèces hôtes. En conclusion, j’ai pu observer à travers la succession dunaire des communautés diversifiées et des structures distinctes selon la zone de la dune, tant chez les champignons que chez les plantes. La succession semble toutefois moins marquée au niveau des communautés fongiques, par rapport aux patrons observés chez les plantes. Ces résultats ont alimenté une réflexion sur le potentiel et les perspectives, mais aussi sur les limitations des approches reposant sur le séquençage à haut-débit en écologie microbienne.

Réponse de la végétation riveraine et littorale aux variations forcées de niveaux d’eau lacustres dans les Laurentides méridionales

La végétation riveraine et littorale de l’est du Canada a été sévèrement altérée par la drave et plusieurs barrages lacustres subsistent, mais leurs effets et ceux de leur retrait sont peu documentés. Cette étude visait à: i) mesurer les changements de la structure et de la composition végétale des zones riveraines et littorales en fonction de l’élévation par rapport au plan d’eau, ii) évaluer le temps de retour de la végétation à son état de référence naturel suite au retrait de barrages et iii) déterminer les facteurs régissant les réponses de la végétation à ces variations de niveaux d’eau. La structure et la composition végétale suite à la restauration d’un barrage a été comparée sur deux lacs : un témoin et un comprenant quatre bassins présentant un gradient d’influence du barrage. Suite au retrait de barrage, la végétation a été examinée sur quatre lacs, dont un témoin. Les principaux facteurs qui influençaient la végétation riveraine et littorale en présence d’un barrage étaient l’élévation actuelle par rapport au lac et l’ampleur de l’influence du barrage. Suite à un démantèlement de barrage, les principaux facteurs d’influence étaient l’élévation par rapport au rivage et le nombre d’années depuis le retrait de barrage. En présence d’un barrage, la végétation riveraine était caractérisée par la transformation de hautes terres en forêt humide riveraine qui partageait des caractéristiques avec le témoin. À partir de 1 m d’élévation, la végétation était caractérisée par une forêt sèche. Dans les premières années suivant le retrait de barrage, la végétation littorale était composée d’herbiers submergés mixtes à faible densité avec une forte diversité spécifique près du rivage. La structure et la composition végétale étaient similaires au témoin après 16 ans. Il n’y avait pas d’évidence que les communautés végétales déviaient de leur trajectoire successionnelle naturelle sous l’influence des nouvelles conditions environnementales.

The disappearing of palheiros in Aveiro lagoon

Palheiros are traditional timber constructions existing in the littoral centre region of Portugal. This is particularly the case of the Aveiro lagoon region where for many years many such constructions have existed. They were originally built to store working tools related with lagoon activity (fishing and sea salt extraction) and to give shelter for the fishermen during the fishing season. These constructions were built with superimposed veneers in vertical or horizontal directions. Since they are mostly located near the sea, they have started to be used as holiday houses and are often painted in vivid colours. Most of these buildings are being replaced by concrete constructions, since their preservation state is rather unsatisfactory or simply because there is a need to increase their size. Additionally, little knowledge about the possibilities of maintenance and building in timber structures exists. In some cases, although the structures were changed from timber to concrete, the exterior appearance of the palheiros remains the same, which might be interesting from the pictorial point of view but it isn’t certainly from a heritage preservation perspective. However in many other situations, they are being substituted by “modern” constructions that were not valuable in any of the previous viewpoints. Fortunately, there are also cases where palheiros have been preserved and remain in good condition. For how long these examples will remain is certainly the major question that must be answered since these are only on the dependence of owner’s will and not based on local authorities concern. A consciousness of local authorities and citizens is mandatory in order to preserve this heritage because it is perfectly possible to preserve the traditional constructions offering all the comfort of modern houses. Keywords: timber construction, vernacular construction, preservation.

Análise do contributo das acessibilidades rodoviárias para o desenvolvimento regional: o caso da Nut II do Centro

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Civil na Área de Especialização em Vias de Comunicação e Transportes

Timing ótimo para investir na proteção costeira na zona centro de Portugal

A presente dissertação insere-se no âmbito da gestão das zonas costeiras, que na atualidade enfrentam um grave problema de erosão. Este torna-se um problema social com especial importância devido à concentração populacional e atividade económica que se verifica nas regiões litorais. Neste contexto muitos têm sido os estudos físicos e económicos levados a cabo no sentido de encontrar soluções para lidar com este problema. O principal objetivo desta dissertação foi avaliar qual a importância que o timing em que é efetuado o investimento na proteção pode ter na defesa das zonas costeiras. Por outras palavras, perceber se existem ou não vantagens em adiar o investimento na proteção por um determinado período de tempo. Foi definida como área de estudo o trecho costeiro de 20 km compreendido entre a Praia da Barra (Aveiro) e a Praia de Mira (Coimbra). Através da utilização do modelo numérico Long-Term Configuration (LTC) foi simulada a evolução da linha de costa por um período de 80 anos, seguida de uma análise custo-benefício ambiental em que foi considerada a possibilidade de investimentos em estruturas de defesa (no caso desta dissertação esporões com 100m, 200m e 300m de comprimento) a serem efetuados após 0, 10, 20 ou 30 anos. Foram também contempladas restrições orçamentais, e ainda, efetuada uma análise de sensibilidade à taxa de desconto utilizada. Os resultados mostram que quanto mais cedo se iniciar proteção das zonas costeiras, mais benefícios económicos serão retirados desse investimento. Os cenários que se apresentaram como os mais vantajosos são aqueles em que o investimento é levado a cabo no Ano 0 e onde se opta por uma proteção integral ou quase integral da linha de costa. Ainda assim, em todos os timings de investimento analisados foi possível encontrar cenários economicamente viáveis e dos quais resultariam benefícios económicos. A análise com inclusão de restrições orçamentais mostra que a utilização destas deixa de fazer sentido à medida que o investimento é adiado, funcionando então o próprio retardar do investimento como uma medida de contenção orçamental. A análise de sensibilidade à taxa de desconto revelou que a opção por uma taxa de desconto de 4% acaba por não influenciar de maneira significativa os resultados obtidos.

Caracterização geológica e geofísica da área do porto da Figueira da Foz

No âmbito de um projeto realizado para a Administração Portuária do Porto da Figueira da Foz, foram recolhidos dados geofísicos no offshore da costa da Figueira da Foz, utilizando um sistema combinado de sonar de varrimento lateral e de sísmica de alta resolução com o objetivo de compreender a distribuição de sedimentos ao longo do fundo marinho e assim entender melhor a sua origem. Os dados de varrimento lateral foram processados, analisados e representados em mosaicos recorrendo ao software integrado TRINTON Prespective. Foram colhidas 10 amostras de sedimentos de fundo que foram analisadas do ponto de vista granulométrico e que foram usadas para a calibração dos mosaicos do sonar de varrimento lateral de modo a produzir um mapa semi-quantitativo de classificação dos sedimentos de fundo. Os dados de reflexão sísmica foram processados e analisados através dos softwares SPW e RadExPro. Os mapas de sonar de varrimento lateral produzidos (mosaicos) mostram uma relação entre o tamanho de grão e composição dos depósitos de plataforma interna e os processos geológicos que ocorrem na zona costeira adjacente. Também se verifica uma relação entre a orientação da costa e a sua consequente exposição às ondas incidentes, e como isso afeta e altera a distribuição do tamanho grão. Neste contexto, a interpretação combinada dos mosaicos do sonar de varrimento lateral com os dados de granulometria e a batimetria dos sedimentos permitiram uma cartografia interpretativa detalhada da morfologia do mar, uma melhor compreensão do controlo da linha costeira na propagação das ondas e correntes e, por conseguinte, na transferência de sedimento no litoral. Os dados de sísmica permitem ainda verificar a espessura das várias camadas geológicas em profundidade.

Journées Rémi des 23 et 24 novembre 1998 - Réseau de contrôle microbiologique (Rémi) et surveillance microbiologique

Ce document est un rapport de synthèse des présentations faites lors des journées REMI, tenues à Nantes les 23 et 24 novembre 1998. Les exposés de la première journée sont principalement destinés aux actions visant à améliorer le fonctionnement du réseau REMI. Ils concernent les sujets suivants : bilan de la mise en oeuvre du réseau de contrôle REMI en 1998 (nouvelle version), bilan de l'état d'avancement du plan qualité surveillance microbiologique et du programme Malthus (méthodologie, normalisation), approches préliminaires pour la détermination des fréquences d'échantillonnage en vue de la surveillance régulière des zones de production classées. La seconde journée est dédiée aux études conduites par les laboratoires côtiers, dont les procédures sont définies par la charte de surveillance microbiologique, ou réalisées par le Laboratoire de Microbiologie. Le dispositif de programmation des études de surveillance et de saisie des données dans la base Quadrige est présenté. Les sujets abordés se rapportent aux thèmes suivants : impact de la plaisance, des populations aviaires, des rejets agricoles et urbains sur la contamination bactériologique des coquillages ou des eaux littorales, les bactériophages, évaluation de l'importance de la pêche récréative par survol aérien des gisements coquilliers, objectifs et réflexions sur les perspectives d'un système d'évaluation de la qualité des eaux littorales (SEQ Littoral). Le bilan des journées REMI s'analyse à travers les commentaires recueillis lors du tour de table, et le relevé des propositions d'actions.