Genome-wide DNA polymorphism analyses using VariScan

BACKGROUND: DNA sequence polymorphisms analysis can provide valuable information on the evolutionary forces shaping nucleotide variation, and provides an insight into the functional significance of genomic regions. The recent ongoing genome projects will radically improve our capabilities to detect specific genomic regions shaped by natural selection. Current available methods and software, however, are unsatisfactory for such genome-wide analysis. RESULTS: We have developed methods for the analysis of DNA sequence polymorphisms at the genome-wide scale. These methods, which have been tested on a coalescent-simulated and actual data files from mouse and human, have been implemented in the VariScan software package version 2.0. Additionally, we have also incorporated a graphical-user interface. The main features of this software are: i) exhaustive population-genetic analyses including those based on the coalescent theory; ii) analysis adapted to the shallow data generated by the high-throughput genome projects; iii) use of genome annotations to conduct a comprehensive analyses separately for different functional regions; iv) identification of relevant genomic regions by the sliding-window and wavelet-multiresolution approaches; v) visualization of the results integrated with current genome annotations in commonly available genome browsers. CONCLUSION: VariScan is a powerful and flexible suite of software for the analysis of DNA polymorphisms. The current version implements new algorithms, methods, and capabilities, providing an important tool for an exhaustive exploratory analysis of genome-wide DNA polymorphism data.

Field Data Acquisition Technologies for Iowa Transportation Agencies, HR-366 August 1994

This report describes the results of the research project investigating the use of advanced field data acquisition technologies for lowa transponation agencies. The objectives of the research project were to (1) research and evaluate current data acquisition technologies for field data collection, manipulation, and reporting; (2) identify the current field data collection approach and the interest level in applying current technologies within Iowa transportation agencies; and (3) summarize findings, prioritize technology needs, and provide recommendations regarding suitable applications for future development. A steering committee consisting oretate, city, and county transportation officials provided guidance during this project. Technologies considered in this study included (1) data storage (bar coding, radio frequency identification, touch buttons, magnetic stripes, and video logging); (2) data recognition (voice recognition and optical character recognition); (3) field referencing systems (global positioning systems [GPS] and geographic information systems [GIs]); (4) data transmission (radio frequency data communications and electronic data interchange); and (5) portable computers (pen-based computers). The literature review revealed that many of these technologies could have useful applications in the transponation industry. A survey was developed to explain current data collection methods and identify the interest in using advanced field data collection technologies. Surveys were sent out to county and city engineers and state representatives responsible for certain programs (e.g., maintenance management and construction management). Results showed that almost all field data are collected using manual approaches and are hand-carried to the office where they are either entered into a computer or manually stored. A lack of standardization was apparent for the type of software applications used by each agency--even the types of forms used to manually collect data differed by agency. Furthermore, interest in using advanced field data collection technologies depended upon the technology, program (e.g.. pavement or sign management), and agency type (e.g., state, city, or county). The state and larger cities and counties seemed to be interested in using several of the technologies, whereas smaller agencies appeared to have very little interest in using advanced techniques to capture data. A more thorough analysis of the survey results is provided in the report. Recommendations are made to enhance the use of advanced field data acquisition technologies in Iowa transportation agencies: (1) Appoint a statewide task group to coordinate the effort to automate field data collection and reporting within the Iowa transportation agencies. Subgroups representing the cities, counties, and state should be formed with oversight provided by the statewide task group. (2) Educate employees so that they become familiar with the various field data acquisition technologies.

Genome-wide DNA polymorphism analyses using VariScan

BACKGROUND: DNA sequence polymorphisms analysis can provide valuable information on the evolutionary forces shaping nucleotide variation, and provides an insight into the functional significance of genomic regions. The recent ongoing genome projects will radically improve our capabilities to detect specific genomic regions shaped by natural selection. Current available methods and software, however, are unsatisfactory for such genome-wide analysis. RESULTS: We have developed methods for the analysis of DNA sequence polymorphisms at the genome-wide scale. These methods, which have been tested on a coalescent-simulated and actual data files from mouse and human, have been implemented in the VariScan software package version 2.0. Additionally, we have also incorporated a graphical-user interface. The main features of this software are: i) exhaustive population-genetic analyses including those based on the coalescent theory; ii) analysis adapted to the shallow data generated by the high-throughput genome projects; iii) use of genome annotations to conduct a comprehensive analyses separately for different functional regions; iv) identification of relevant genomic regions by the sliding-window and wavelet-multiresolution approaches; v) visualization of the results integrated with current genome annotations in commonly available genome browsers. CONCLUSION: VariScan is a powerful and flexible suite of software for the analysis of DNA polymorphisms. The current version implements new algorithms, methods, and capabilities, providing an important tool for an exhaustive exploratory analysis of genome-wide DNA polymorphism data.

SiMR: A simulator for learning computer architecture

This paper presents SiMR, a simulator of the Rudimentary Machine designed to be used in a first course of computer architecture of Software Engineering and Computer Engineering programmes. The Rudimentary Machine contains all the basic elements in a RISC computer, and SiMR allows editing, assembling and executing programmes for this processor. SiMR is used at the Universitat Oberta de Catalunya as one of the most important resources in the Virtual Computing Architecture and Organisation Laboratory, since students work at home with the simulator and reports containing their work are automatically generated to be evaluated by lecturers. The results obtained from a survey show that most of the students consider SiMR as a highly necessary or even an indispensable resource to learn the basic concepts about computer architecture.

Production scheduling tools' evaluation in a global telecommunications and electronics company

Tutkimuksen päätavoite on arvioida, ovatko neljä ohjelmistovaihtoehtoa riittäviä tuotannon aikataulutuksen työkaluja ja mikä työkaluista sopii toimeksiantajayritykselle. Alatavoitteena on kuvata tuotannon aikataulutuksen nyky- ja tahtotila prosessimallinnuksen avulla, selvittää työkalun käyttäjätarpeet ja määritellä priorisoidut valintakriteerit työkalulle.Tutkimuksen teoriaosuudessa tutkitaan tuotannon aikataulutuksen logiikkaa ja haasteita. Työssä tarkastellaan aikataulutusohjelmiston valintaa rinnakkain prosessinmallinnuksen kanssa. Aikataulutusohjelmistovaihtoehdot ja metodit käyttäjätarpeiden selvittämiseksi käydään läpi. Empiriaosuudessa selvitetään tutkimuksen suhde toimeksiantajayrityksen strategiaan. Käyttäjätarpeet selvitetään haastattelujen avulla jaanalysoidaan QFD matriisin avulla. Toimeksiantajayrityksen tuotannon aikataulutuksen nyky- ja tahtotilaprosessit mallinnetaan, jotta ohjelmistojen sopivuutta, aikataulutusprosessia tukevana työkaluna voidaan arvioida.Tutkimustuloksena ovatpriorisoidut valintakriteerit aikataulutustyökalulle eli käyttäjätarpeista johdetut tärkeimmät toiminnalliset ominaisuudet, järjestelmätoimittaja-arvio sekä suositukset jatkotoimenpiteistä ja lisätutkimuksesta.

Monitoring System Resources During Automated Testing in Symbian Operating System

Tässä diplomityössä esitellään ohjelmistotestauksen ja verifioinnin yleisiä periaatteita sekä käsitellään tarkemmin älypuhelinohjelmistojen verifiointia. Työssä esitellään myös älypuhelimissa käytettävä Symbian-käyttöjärjestelmä. Työn käytännön osuudessa suunniteltiin ja toteutettiin Symbian-käyttöjärjestelmässä toimiva palvelin, joka tarkkailee ja tallentaa järjestelmäresurssien käyttöä. Verifiointi on tärkeä ja kuluja aiheuttava tehtävä älypuhelinohjelmistojen kehityssyklissä. Kuluja voidaan vähentää automatisoimalla osa verifiointiprosessista. Toteutettu palvelin automatisoijärjestelmäresurssien tarkkailun tallentamalla tietoja niistä tiedostoon testien ajon aikana. Kun testit ajetaan uudestaan, uusia tuloksia vertaillaan lähdetallenteeseen. Jos tulokset eivät ole käyttäjän asettamien virherajojen sisällä, siitä ilmoitetaan käyttäjälle. Virherajojen ja lähdetallenteen määrittäminen saattaa osoittautua vaikeaksi. Kuitenkin, jos ne määritetään sopivasti, palvelin tuottaa hyödyllistä tietoa poikkeamista järjestelmäresurssien kulutuksessa testaajille.

Virtuaalitodellisuuslaboratorion laiteympäristön kehittäminen - ohjaimet ja ohjelmistot

Tämä diplomityö on tehty osana HumanICT-projektia, jonka tavoitteena on kehittää uusi, virtuaalitekniikoita hyödyntävä, työkoneiden käyttäjäliityntöjen suunnittelumenetelmä. Työn tarkoituksena oli kehittää VTT:n Tuotteet ja tuotanto tutkimusyksikköön kuluvan Ihminen-kone-turvallisuus ryhmän nykyistä virtuaalitodellisuuslaboratoriota siten, että sitä voidaan käyttää työkoneiden suunnittelussa sekä monipuolisissa ergonomiatarkasteluissa. Itse ympäristön kehittäminen pitää sisällään uuden ohjainjärjestelmän suunnittelun sekä sen implementoinnin nykyisin käytössä olevaan virtuaaliympäristöön. Perinteisesti ohjaamosimulaattorit ovat olleet sovelluskohteisiin räätälöityjä, joten ne ovat kalliita ja niiden konfiguroinnin muuttaminen on vaikeaa, joskus jopa mahdotonta. Tämän työntarkoituksena oli kehittää PC-tietokoneeseen ja yleiseen käyttöjärjestelmään perustuva ohjainjärjestelmä, joka on nopeasti kytkettävissä erilaisiin virtuaaliympäristön sovelluksiin, kuten ohjaamomalleihin. Työssä tarkasteltiin myös tapoja mallintaa fysikaalisia ilmiöitä reaaliaikasovelluksissa, eli on-line simuloinnissa. Tämän tarkastelun perusteella etsittiin ja valittiin jatkokäsittelyyn ohjelmistoja, joiden reaaliaikaisen dynamiikan simulointialgoritmitolivat kaikkein kehittyneimpiä ja monipuolisia.

Ohjelmistoyritysten liiketoimintamallit Kaakkois-Suomessa

Tutkielman tavoitteena on tunnistaa Kaakkois-Suomen alueella olevat ohjelmistoyritysten tyypilliset yritysryhmät ja kuvata niiden toimintaa. Tunnistamalla alueen ohjelmistoyrityksille ominaiset piirteet työ antaa myös pohjaa tulevien kehityskohteiden löytämisessä ja kehitystoimenpiteiden kohdistamisessa useisiin samantyyppisiin yrityksiin. Työn taustaksi esitellään ohjelmistoalaa ja ohjelmistoliiketoiminnan malleja, joiden pohjalta muodostetaan viitekehys alueen ohjelmistoyritysten empiiriseen tarkasteluun. Empiriaosuudessa tarkastellaan työn teoreettisessa osiossa esitettyjen liiketoimintamallien toteutumista Kaakkois-Suomessa ja ryhmitellään alueen ohjelmistoyritykset erottelevimpien tekijöiden avulla. Tutkimus on luonteeltaan kvantitatiivinen kokonaistutkimus Kaakkois-Suomen ohjelmistoyrityksistä, ja tutkimusotteeltaan deskriptiivinen eli kuvaileva. Tutkimusaineisto perustui tutkimusryhmän suorittamaan strukturoituun haastatteluun, jossa haastateltiin kaikkiaan 58 ohjelmistoyrityksen vastuuhenkilöitä. Tutkimustulosten perusteella alueelta pystyttiin tunnistamaan neljä toimintatavoiltaan erilaista ohjelmistoliiketoiminnan perustyyppiä: asiakaslähtöiset toimijat (26 toimipaikkaa), räätälöijät (14 toimipaikkaa), integroijat (10 toimipaikkaa) ja tuotteistajat (8 toimipaikkaa). Tulokset osoittavat, että perinteisten ohjelmistoalan liiketoimintamallien kuvaukset ja niistä tehtävät yleistykset antavat hyvän lähtökohdan ohjelmistoyritysten tarkasteluun. Kuitenkin perinteisten ohjelmistoalan liiketoimintamallien antama näkökulma on liian rajoittunut,jos halutaan tarkastella syvällisemmin ohjelmistoyritysten liiketoimintalogiikkaa.

Palveluiden tuotteistaminen teknisellä suunnittelu- ja konsultointialalla

Palveluiden tuotteistaminen on käytännössä osoittautunut haasteelliseksi teknillisellä suunnittelu- ja konsultointialalla. Tutkimuksen tavoitteena oli perehtyä tuotteistamiseen ja tuottaa tietoa sekä ohjeistusta palveluiden tuotteistamisen tukemiseksi teknisellä suunnittelu- ja konsultointialalla. Palveluiden tuotteistaminen teknisellä suunnittelu- ja konsultointialalla on keskittynyt sisäisten työmenetelmien ja prosessien sekä ohjelmistojen kehittämiseen. Varsinaisia palvelupaketteja on kehitetty hyvin vähän ja se on keskittynyt enemmän tuki- ja lisäpalveluiden tuotteistamiseen kuin varsinaisen ydinosaamisen tuotteistamiseen. Lähtökohtaisesti tärkeäätuotteistuksessa on, että tuotteistus tehdään asiakastarpeen ohjaamana. Merkittäviä mahdollisuuksia yrityksille tuo palvelupakettien modulointi, uusien tuki- ja lisäpalveluiden tuotteistaminen, uusien palveluiden kehittäminen yhdessä muiden toimialojen yritysten kanssa sekä markkinointiviestinnän parantaminen.

Ohjelmistotuotteen hallintatietokannan suunnittelu ja toteutus

Ohjelmistotuotteen hallinta (SCM)on tärkeä osa ohjelmistoprojekteja. Se koostuu ohjelmistotuotteen hallinnan suunnittelusta, muutoksen hallinnasta, version hallinnasta, kääntämisestä, paketoinnista, kokoonpanon tilanteen seurannasta ja sen tarkistuksesta. Ohjelmistotuotteen hallintatietokanta (SCM DB) on tarkoitettu SCM:n liittyvändatan tallettamiseen yhteen paikkaan, jossa data on kaikkien löydettävissä. SCMDB on relaatiotietokanta ja WWW-käyttöliittymä sille. Tietokantaan talletetaan SCM - infrastruktuuri, SCM -resurssit, SCM -työskentelypaikat, integrointisuunnitteludata, paketoinnin raportit ja ohjeistukset, muutoksenhallintadata ja työkalujen hallintadata. Tietokannalla on monta käyttäjää. SCM managerit tallettavat tietokantaa yleiset tiedot, Integrointimanagerit tallettavat kantaan integrointisuunnitelmaa varten julkaisua koskevat tiedot. Paketointivastuulliset tallettavat kantaan paketointiraportit. Ohj elmistosuunnittelijat tekevät muutosvaatimuksia tietokantaan, jotka muutoksenhallintaelin käsittelee. He näkevät kannan kautta myös virheraportit. Työkalujen koordinointi tapahtuu myös kantaan talletettujen tietojen avulla. Lukemiseen tietokantaa voivat käyttää kaikki testauksesta suunnittelijoihin aikataulujen osalta. Tietokannasta voidaan lukea myös paketointityökalujen tallettamia tietoja ohjelmalohkoista eri pakettiversioissa. Paketointityökalut tai paketointivastuulliset saavat kannasta myös suoraan lähdetiedon paketointityökaluille.

A Graphical Pattern Editor for Java Frameworks

Ohjelmistojen uudelleenkäyttö on hyvin tärkeä käsite ohjelmistotekniikan alueella.Ohjelmistojen uudelleenkäyttötekniikat parantavat ohjelmistokehitysprosessin laatua. Yleisiä ratkaisuja sekä ohjelmiston suunnittelun että arkkitehtuurin uudelleenkäyttöön ovat olio-ohjelmointi ja sovelluskehykset. Tähän asti ei ole ollut olemassa yleisiä tapoja sovelluskehysten erikoistamiseen. Monet nykyääntunnetuista sovelluskehyksistä ovat hyvin suuria ja mutkikkaita. Tällaisten sovelluskehyksien käyttö on monimutkaista myös kokeneille ohjelmoijille. Hyvin dokumentoidut uudelleenkäytettävät sovelluskehyksen rajapinnat parantavat kehyksen käytettävyyttä ja tehostavat myös erikoistamisprosessiakin sovelluskehyksen käyttäjille. Sovelluskehyseditori (framework editor, JavaFrames) on prototyyppityökalu, jota voidaan käyttää yksinkertaistamaan sovelluskehyksen käyttöä. Perusajatus JavaFrames lähestymistavassa ovat erikoistamismallit, joita käytetään kuvamaan sovelluskehyksen uudelleenkäytettäviä rajapintoja. Näihin malleihin perustuen JavaFrames tarjoaa automaattisen lähdekoodi generaattorin, dokumentoinninja arkkitehtuurisääntöjen tarkistuksen. Tämä opinnäyte koskee graafisen mallieditorin kehittämistä JavaFrames ympäristöön. Työssä on laadittu työkalu,jonka avulla voidaan esittää graafisesti erikoistamismalli. Editori sallii uusien mallien luomisen, vanhojen käyttämättä olevien poistamisen, kuten myös yhteyksien lisäämisen mallien välille. Tällainen graafinen tuki JavaFrames ympäristöönvoi huomattavasti yksinkertaistaa sen käyttöä ja tehdä sovellusten kehittämisprosessista joustavamman.

Laadullinen tutkimus ohjelmistotestauksen tehokkuuteen vaikutavista tekjöistä

Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää ohjelmistotestauksen tehokkuuteen vaikuttavia tekijöitä tutkimalla yritysten ohjelmistotestausta, hyviä toimintatapojasekä toiminnan ongelmia. Tutkimalla yritysten ohjelmistotestausta on mahdollista kehittää ohjelmistotestauksen tehokkuutta parantavia toimenpiteitä ja malleja. Tutkimuksen ensimmäisessä vaiheessa oli mukana 26 yritystä, joista valittiin viisi case-yritystä tutkimuksen jatkovaiheisiin. Työn teoriaosuudessa esitetään sekä ohjelmistotestauksen teoria että käytetyn tutkimusmenetelmän teoriaa. Tässä diplomityössä keskitytään valittuihin viiteen case-yritykseen. Näiden viiden yrityksen sekä aiemman vaiheen 26 yrityksen kohdalla tehtiin kvalitatiivinen tutkimus käyttäen grounded-teorian mukaista tutkimusmenetelmää. Tämän kvalitatiivisen eli laadullisen tutkimuksen näkökulmat perustuivat aiempiin teknologiaselvitysvaiheen tuloksiin. Tämän diplomityön näkökulmana oli prosessien kehittäminen. Työn tuloksena löytyi tekijöitä, joilla näyttää olevan vaikutuksia testauksen tehokkuuteen. Tulosten avulla pystytään muodostamaan parannusehdotuksia testauksen tehokkuuden parantamiseksi yhdessä tutkimushankkeen muiden osa-alueiden tulosten kanssa. Testauksen tehokkuuteen vaikuttavatprosessinäkökulmasta mm. aikataulupaineet, lisääntyvä monimutkaisuus sekä ulkoahankittujen ohjelmiston osien testaamisen hankaluus. Ongelmia voidaan ratkaistatestauksen aikaisella mukanaololla projekteissa, ohjelmistotuotannon luonteen huomioimisella testauksessa, testauksen priorisoinnilla sekä ulkoisten komponenttien testattavuuden parantamisella.

Ohjelmistokomponenttien käyttö .NET-sovelluskehityksen nopeuttajana

Diplomityön tavoitteena oli tutkia, miten uusi arkkitehtuurialusta soveltuu erään teolli-suusyrityksen tietojärjestelmien kehittämiseen ja sovellusten toteuttamiseen. Työssä keskeisin käsite oli ohjelmistoarkkitehtuuri ja siihen liittyvät suunnittelumallit sekä komponentit, jotka hyvin suunniteltuina toimivat perustana nopeammalle sovelluskehi-tykselle. Tutkimusmetodina käytettiin konstruktiivista (suunnittelutieteellistä) tutkimusmetodia. Sen vahvat ominaisuudet tukevat tutkimusaiheen innovatiivisuutta sekä soveltavan tie-teen käyttöä uuden tiedon tuottamiseksi. Heikkoutena voinee pitää tulosten analysoinnin vaikeutta, sillä evaluointi tapahtuu käytännöstä saatujen kokemusten perusteella. Työn tuloksena saatiin lisätietämystä komponenttiensuunnitteluun ja toteutukseen liit-tyvissä kysymyksissä. Lisäksi sovelluspalvelimelle luotiin joukko komponentteja, joita tullaan käyttämään jatkossa tietokantasovelluksissa: uusien komponenttien suunnittelua jatketaan ja järjestelmien suunnittelua muutetaan oliopohjaiseksi.

Tietämyksen välittäminen ohjelmistotestausorganisaatioissa

Ohjelmistotestaus on suuri ja kasvava kustannuserä ohjelmistotuotannossa. Kirjallisuudessa mainittu ohjelmistotestauksen kustannusten osuus on noin 50% ohjelmistokehityshankkeiden budjetista. Tutkimusprojektin tarkoituksena on selvittää, kuinka ohjelmistotestauksen kustannusten kasvu saataisiin pysähtymään tai laskemaan laatua menettämättä. Tässä työssä keskitytään laadullisen analyysin kautta selvittämään ja ymmärtämään tietämyksen välittämistä ohjelmistotestausorganisaatiossa. Tutkimusmateriaali on kerätty haastattelemalla26 organisaatioyksikön edustajia. Näiden organisaatioyksiköiden joukosta on edelleen valittu viisi organisaatioyksikköä lähempään tarkasteluun. Työssä havaittiin muun muassa, että tuotesuuntautuneessa ohjelmistokehityksessä tietämystä on vaivattomampi kodifioida. Esimerkiksi testitapausten määrittäminen ennakkoon on tällöin helpompaa. Kodifiointi mahdollistaa myös testauksen laajamittaisen ulkoistamisen, sillä kodifioitua tietämystä on helpompi välittää. Räätälöityjen järjestelmien testaamisessa tarvittava tietämys vaikuttaa olevan suurelta osin hiljaista, esimerkiksi sovellusalueosaaminen painottuu enemmän.

Revenue Logic inSoftware Business Context

Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää ohjelmistotoimialan avaintekijöitä, jotka vaikuttavat yrityksen ansaintalogiikkaan sekä lisätä tietoisuutta ansaintalogiikan muodostumisesta pienissä ja keskisuurissa ohjelmistoyrityksissä. Tutkimuksen teoreettisessa osassa keskityttiin tarkastelemaan ansaintalogiikan, strategian ja liiketoimintamallin käsitteiden suhteita sekä arvioitiin toimialan osatekijöiden, hinnoitteluperiaatteiden ja ansaintamallien vaikutusta ansainnan muodostumiseen ohjelmistotoimialalla. Ohjelmistotuote ja - palveluliiketoimintaa koskien oli merkityksellistä tutkia tuotteistamisasteen ja arvoketjujen vaikutusta ansaintalogiikan muodostumisessa sekä esitellä erilaisia, tyypillisiä ohjelmistotoimialalla käytettäviä hinnoittelumenetelmiä. Työn empiirisessä osassa tarkasteltiin 23 suomalaisen ohjelmistoalan yrityksen ansaintalogiikkaa. Tiedot kerättiin haastatteluin ja analysoitiin laadullisen tutkimuksen keinoin. Tutkimustulokset korostivat ansaintalogiikan 'epämääräisyyttä' terminä mutta osoittivat, että ydinliiketoimintaan keskittyminen, tuote-, palvelu-, tai projektiliiketoiminnan osaaminen, tuotteistusaste ja kanavavalinnat ovat avaintekijöitä ansaintalogiikanmuodostumisessa. Ansaintalogiikan muodostamiseen liittyy paljon yrityksen sisäisiä ja ulkoisia haasteita sekä muutospaineita, eikä ohjelmistotoimialalla ole todennettavissa yhtä yleismaailmallista, menestyksen takaavaa ansaintalogiikkaa.