Development of nanohydrogels as a vehicle for the release of bioactive compounds in food matrices

PhD in Chemical and Biological Engineering

A multi���physics approach applied to masonry structures with non���hydraulic lime mortars

Tese de Doutoramento em Engenharia Civil (��rea de especializa����o em Engenharia de Estruturas).

Separation by thermal diffusion in a rotary column

A rotary thermal diffusion column with the inner cylinder rotating and the outer cylinder static was used to separate n-heptane-benzene mixtures at different speeds of rotation. The results show that the column efficiency depends on the speed of rotation. For the optimum speed the increase in efficiency relative to the static column was of the order of 8%. The role of the geometric irregularities in the annulus width on performance of the rotary column is also discussed.

Nonsymmetrical separations in thermal diffusion columns

The influence of the feed composition upon the actual degrees of separation attained at the top and bottom sections of a thermogravitational column is discussed using the classical phenomenological theory of Furry, Jones, and Onsager. It is shown that, except for a feed composition of C 0 = 0.5 (mass fraction), the separation profile is nonsymmetric, i.e., the separations in the top and bottom sections of the column are nonsymmetric with respect to the feed composition, the asymmetry increasing as the feed composition moves away from C 0 = 0.5. An equation for the determination of the optimum feed location as a function of the feed composition is derived.

Some observations on asymmetrical separation in thermal diffusion columns

Data have been obtained in steady-state batch operated thermogravitational separation columns using different binary mixtures to test the theory recently published by Morgado et al. The experimental results confirm that separations by thermal diffusion are asymmetrical except when the initial concentration is 0.5 and that the asymmetry is larger as the initial concentration deviates from 0.5 and as the separation potential increases.

The application of the equivalent annulus width concept in thermal diffusion separations

The equivalent annulus width concept is used to characterize a small commercial thermogravitational hermal diffusion column and its validity checked experimentally by separating batchwise in the column mixtures of n-heptanebenzene with different initial concentrations. The equation of Ruppell and Coull was used to analyse the data in the short separation times range and determine the equivalent annulus width. Good agreement was obtained between the experimental and predicted time-separation curves when using the equivalent annulus width value and on averaged value of the thermal diffusion constant. A new method is presented for the simultaneous determination of the equivalent annulus width and the thermal diffusion constant of a binary mixture from a single set of experimental data.

Single molecule simulation of diffusion and enzyme kinetics

This work presents a molecular-scale agent-based model for the simulation of enzymatic reactions at experimentally measured concentrations. The model incorporates stochasticity and spatial dependence, using diffusing and reacting particles with physical dimensions. We developed strategies to adjust and validate the enzymatic rates and diffusion coefficients to the information required by the computational agents, i.e., collision efficiency, interaction logic between agents, the time scale associated with interactions (e.g., kinetics), and agent velocity. Also, we tested the impact of molecular location (a source of biological noise) in the speed at which the reactions take place. Simulations were conducted for experimental data on the 2-hydroxymuconate tautomerase (EC 5.3.2.6, UniProt ID Q01468) and the Steroid Delta-isomerase (EC 5.3.3.1, UniProt ID P07445). Obtained results demonstrate that our approach is in accordance to existing experimental data and long-term biophysical and biochemical assumptions.

Procesos de cambio en la cultura jur��dica: an��lisis desde la experiencia del juicio por jurados. Processes of change in the Legal Culture: Analysis from the Experience of Jury Trials.

El presente proyecto de investigaci��n se orienta a analizar la instituci��n del juicio por jurados, considerada como un punto estrat��gico para la observaci��n de los procesos de cambio que recorren la cultura jur��dica en Argentina. Frente a las m��ltiples transformaciones y a los intensos procesos de reestructuraci��n de las relaciones sociales observados en el contexto latinoamericano y especialmente en Argentina, la necesidad de reconstruir la legitimidad de los jueces ante la opini��n p��blica se ha vuelto impostergable, y el recurso a la participaci��n popular en el campo judicial aparece como un instrumento ��til para ello. Analizar la efectividad de esta estrategia para la legitimaci��n del poder judicial es uno de los objetivos del presente proyecto de investigaci��n. Abordar dicho objetivo implica, indagar en la relaci��n entre la administraci��n de justicia y diferentes actores sociales, especialmente los miembros de la profesi��n jur��dica y la opini��n p��blica.Se explora igualmente la contradicci��n entre el hecho de que esta instituci��n, nacida para atenuar la dureza de los castigos, se ha implementado recientemente en la provincia de C��rdoba en la situaci��n inversa. El modo en que la tensi��n entre el esp��ritu garantista de los jueces y la demanda de castigos de los ciudadanos comunes se manejar�� en la pr��ctica de los juicios por jurado, y su incidencia en el ��xito de las estrategias legitimadoras del poder judicial, aparece como una cuesti��n relevante para el an��lisis que se propone. Con la utilizaci��n de diferentes fuentes de informaci��n cuantitativas y cualitativas, se espera que el an��lisis de la implementaci��n del juicio penal con jurados populares en la provincia de C��rdoba propuesto en el presente proyecto, contribuya a documentar los niveles de articulaci��n entre la cultura jur��dica interna y externa.

Transformacion de Productos Regionales mediante procesos catal��ticos. Transformation of Regional products by catalytic processes.

En este proyecto se plantea la posibilidad de aumentar el valor agregado de compuestos abundantes en nuestro pa��s (terpenos y glicerol) mediante reacciones de oxidaci��n y transesterificaci��n, reemplazando los procesos homog��neos existentes por procesos heterog��neos eco-compatibles. Para ello se desarrollar��n catalizadores heterog��neos del tipo MCM-41 e hidroxidos de doble capa (HDC) que posean la funci��n activa espec��fica para estas reacciones bajo estudio.El limoneno, principal componente del aceite esencial de lim��n y los alfa- y beta- pinenos, presentes en el aceite de trementina, son materiales base ampliamente disponibles. Su oxifuncionalizaci��n catal��tica, mediante reacciones de epoxidaci��n u oxidaci��n alilica, permite producir una gran variedad de productos como fragancias, agroqu��micos, medicinas, etc. En tanto, se espera un marcado incremento en la disponibilidad de glicerol, subproducto de la producci��n de biodiesel. Mediante su transesterificaci��n catal��tica heterog��nea es posible obtener selectivamente mono��steres, los cuales tienen importantes aplicaciones como emulsionantes o agentes de estabilizaci��n en la producci��n de f��rmacos, cosm��ticos y alimentos. El dise��o y s��ntesis de los materiales catal��ticos mencionados permitir�� la obtenci��n de productos qu��micos finos por m��todos limpios con bajo impacto ambiental, atendiendo a los altos niveles de contaminaci��n ambiental generados por los procesos homog��neos tradicionales.

Participaci��n del tr��fico y la distribuci��n de prote��nas en la polaridad y el desarrollo de procesos neuronales. Protein sorting and trafficking participation in neuronal processes polarity and development.

El estudio del tr��fico intracelular en neuronas ha despertado gran inter��s en los ��ltimos a��os, debido a que un gran n��mero de enfermedades neurodegenerativas y neuropsiqui��tricas parecen tener origen en en el transporte defectuoso de prote��nas en estos tipos celulares. Mediante el uso de t��cnicas de biolog��a celular y molecular, fuimos capaces de describir una de las v��as que regula la fisi��n de las ves��culas que llevan su cargo desde la ��ltima cisterna del Aparato de Golgi hacia la superficie celular en c��lulas epiteliales no polarizadas. Uno de los componentes clave de esa v��a result�� ser la Proteina Kinasa D1 (PKD1), cuya actividad en el Aparato de Golgi es esencial para un normal transporte intracelular. Sorprendentemente, observamos que la PKD1 en neuronas con polaridad establecida no regula la fisi��n en el Golgi, pero si estar��a involucrada en la selectividad y distribuci��n (sorting) de ves��culas cuyo cargo debe ser espec��ficamente dirigido a las membranas dendr��ticas. El bloqueo de la actividad de la PKD1 no solamente cambia el destino final de estos cargos, que son enviados de esta forma a la membrana terminal del ax��n, sino que tambi��n es capaz de inducir defectos en el desarrollo y crecimiento de los procesos dendr��ticos a largo plazo. En este proyecto estudiaremos de que manera influye la perturbaci��n del sorting, en ausencia de PKD1 activa y de otros componentes que la regulan, en la distribuci��n de receptores de factores neurotr��ficos y de neurotransmisores glutamat��rgicos, y c��mo estos cambios en su distribuci��n afectan el n��mero, tama��o, y funcionalidad de los procesos neuronales (axones y dendritas). Estos resultados contribuir��n a adquirir mayores conocimientos de los mecanismos dependientes del transporte y sorting de prote��nas de membrana que participan en la regulaci��n del crecimiento neuronal, los cuales a su vez aportar��n informaci��n valiosa en la comprensi��n de un gran n��mero de enfermedades neurol��gicas. The study of intracellular trafficking in neurons has arisen a great deal of interest in the last years, since a great number of neurodegenerative and neuropsychiatric disorders seem to be originated in abnormal protein transport in these type of cells. Using cell and molecular biology methodologies, we have been capable of describe one of the pathways that regulate the fission of vesicles that carry their cargo from the last Golgi Apparatus cisternae to the cell surface in non-polarized epithelial cells. One of the key components in this pathway is the Protein Kinase D1 (PKD1), whose activity in the Golgi Apparatus is essential for a normal intracelular transport. Surprisingly, we have observed that PKD1 does not regulate fission in neurons with established polarity, but it would be involved in vesicles' sorting at Golgi, particularly of those that carry specific dendritic cargo. Blocking PKD1 activity changes the final destination of these cargoes, which is now sent to the axons' terminal membranes, and also produces late dendritic development and growing defects. In this project we will study how sorting perturbation in absence of PKD1 and its regulators activities influences selectivity and distribution of neurotrophic and neurotransmitter receptors, and how these sorting changes affect number, size and functionality of neuronal processes (axons and dendrites). These results will help to acquire greater knowledge about transport and sorting mechanisms of neuronal growth regulatory membrane proteins. In addition, these studies will contribute with new valuable information necessary to understand numerous neurological diseases.

Degradaci��n de efluentes de las industrias del cuero y textil mediante procesos fotocatal��ticos heterog��neos empleando la luz solar. Degradation of effluents from the leather and textile industries through heterogeneous photocatalytic processes using sunlight.

El creciente desarrollo de la industria del cuero y textil en nuestro pa��s, y espec��ficamente en la provincia de C��rdoba, ha hecho resurgir en los ultimos a��os una problem��tica a��n no resuelta que es la elevada contaminaci��n de los recursos h��dricos. En ambas industrias, la operaci��n de te��ido involucra principalmente colorantes de tipo azoico los cuales son "no biodegradables" y se fragmentan liberando aminas arom��ticas cancer��genas. Para abordar esta problem��tica, la fotocat��lisis heterog��nea aparece como una nueva tecnolog��a que permitir��a la completa mineralizaci��n de estos colorantes. A trav��s de radiaci��n y un fotocatalizador s��lido adecuado se pueden generan radicales libres eficientes para la oxidaci��n de materia org��nica (colorantes) en medio acuoso. En este sentido, se proponen tamices moleculares mesoporosos modificados con metales de transici��n (MT) como fotocatalizadores potencialmente aptos para la degradaci��n de estos contaminantes. El prop��sito principal de este proyecto es el dise��o, s��ntesis, caracterizaci��n y evaluaci��n de materiales mesoporosos que presenten actividad fotocatal��tica ya sea mediante la modificaci��n de su estructura con diversos metales fotosensibles y/o emple��ndolos como soporte de ��xido de titanio. Se pretende evaluar estos materiales en la degradaci��n de colorantes intentando desplazar su fotosensibilidad hacia la radiaci��n visible para desarrollar nuevas tecnolog��as con menor impacto ambiental y mayor aprovechamiento de la energ��a solar. Para ello se sintetizar��n materiales del tipo MCM-41 modificados con distintos MT tales como Fe, Cr, Co, Ni y Zn mediante incorporaci��n directa del i��n met��lico o impregnaci��n. Al mismo tiempo, tanto estos ��ltimos materiales como el MCM-41 sil��ceo ser��n empleados como soporte de TiO2. Sus propiedades fisicoqu��micas se caracterizar��n mediante distintas t��cnicas instrumentales y su actividad fotocatal��tica se evaluar�� en la degradaci��n de colorantes azoicos bajo radiaci��n visible. Se seleccionar�� el catalizador m��s eficiente y se estudiar��n los diversos factores que afectan el proceso de fotodegradaci��n. As�� mismo, el an��lisis de la concentraci��n del colorante y los productos presentes en el medio en funci��n del tiempo de reacci��n permitir�� inferir sobre la cin��tica de la decoloraci��n y postular posibles mecanismos de fotodegradaci��n. Con esta propuesta se espera contribu��r al desarrollo de un sector industrial importante en nuestra provincia como es el de las industrias del cuero y textil, mediante la generaci��n de nuevas tecnolog��as que empleen la energ��a solar para la degradaci��n de sus efluentes (colorantes). En este sentido, se espera desarrollar nuevos materiales optimizados para lograr la mayor eficiencia fotocatal��tica. Esto conducir��a entonces hacia la remediaci��n de un problema ambiental de alto impacto tanto para nuestra provincia y nuestro pa��s como para la poblaci��n mundial, como es la contaminaci��n de los recursos h��dricos. Finalmente, con este proyecto se contribuir�� a la formaci��n de dos doctorandos y un maestrando, cuyos temas de tesis est��n vinculados con nuestro objeto de estudio. The increasing development of the textile and leather industries in our country, and specifically in C��rdoba, has revived an unresolved problem that is the high contamination of water resources. In both industries, the dyeing involves mainly type azoic dyes which are not biodegradable and break releasing carcinogenic aromatic amines. Heterogeneous photocatalysis appears as a new technology that would allow the complete mineralization of these pollutants. Through radiation and a suitable solid it is possible to generate free radicals for efficient oxidation of organic matter (dyes) in aqueous medium. In this respect, mesoporous molecular sieves modified with transition metals are proposed as potential photocatalysts. The main purpose of this project is the synthesis of mesoporous materials having photocatalytic activity for the degradation of dyes. We will try to move their photosensitivity to visible radiation to develop new technologies with lower environmental impact and greater use of solar energy. Materials MCM-41 modified with metals (Fe, Cr, Co, Ni and Zn) will be synthesized by direct incorporation or impregnation. These materials and the siliceous MCM-41 will be then employed as support of TiO2. The materials will be evaluated in the photocatalytic degradation of azoic dyes under visible radiation. The influence of different factors on the photodegradation proccess will be studied. Kinetic studies will be carried out and a possible reaction way will be proposed. Thus, this work will contribute to the advancement of an important industrial sector and the remediation of an environmental problem with high impact for our province and our country. Moreover, this proyect will contribute to the development of two doctoral tesis and one magister tesis which are vinculated with our study subject.

Din��mica y cin��tica de los procesos f��sicos y qu��micos del radical OH con compuestos org��nicos vol��tiles (COVs) de relevancia atmosf��rica. Dynamics and kinetics of the physical and chemical processes of OH radicals with atmospheric relevant volatile organic compounds (VOCs)

El objetivo del presente proyecto es estudiar los procesos f��sicos y qu��micos del radical OH con compuestos org��nicos vol��tiles (COVs), con los cuales sea factible la formaci��n de agregados de van der Waals (vdW) responsables de la curvatura en los gr��ficos de Arrhenius, empleando t��cnicas modernas, complementarias entre si y novedosas en el pa��s. El problema ser�� abordado desde tres perspectivas complementarias: 1) estudios cin��ticos, 2) estudios mecan��sticos y de distribuci��n de productos y 3) estudios de la din��mica de los procesos f��sicos y qu��micos. La finalidad es alcanzar una mejor comprensi��n de los mecanismos que intervienen en el comportamiento qu��mico de especies presentes en la atm��sfera y obtener datos cin��ticos de alta calidad que puedan alimentar modelos computacionales capaces de describir la composici��n de la atm��sfera, presente y futura. Los objetivos son estudiar: 1) mediante fot��lisis l��ser pulsada con detecci��n por fluorescencia inducida por l��ser (PLP-LIF), en reactores de flujo, la cin��tica de reacci��n del radical OH(v���=0) con COVs que presentan gr��ficos de Arrhenius curvos con energ��as de activaci��n negativas, tales como alcoholes insaturados, alquenos halogenados, ��teres halogenados, ��steres alif��ticos; 2) en una c��mara de simulaci��n de condiciones atmosf��ricas de gran volumen (4500 L), la identidad y el rendimiento de productos de las reacciones mencionadas, a fines de evaluar su impacto atmosf��rico y dilucidar los mecanismos de reacci��n; 3) mediante haces moleculares y espectroscop��a l��ser, la estructura y reactividad de complejos de vdW entre alcoholes insaturados o arom��ticos (cresoles) y el radical OH, como modelo de los aductos propuestos como responsables de la desviaci��n al comportamiento de Arrhenius de las reacciones mencionadas; 4) mediante PLP-LIF y expansiones supers��nicas, las constantes espec��ficas estado a estado (ksts) de relajaci��n/reacci��n del radical OH(v���=1-4) vibracionalmente excitado con los COVs mencionados. Los resultados experimentales obtenidos ser��n contrastados con c��lculos ab-initio de estructura electr��nica, los cuales apoyar��n las interpretaciones, permitir��n proponer estructuras de estados de transici��n y aductos colisionales, como as�� tambi��n calcular las frecuencias de vibraci��n de los complejos de vdW para su posterior asignaci��n en los espectros LIF y REMPI. Asimismo, los mecanismos de reacci��n propuestos y los par��metros cin��ticos medidos experimentalmente ser��n comparados con aquellos obtenidos por c��lculos te��ricos. The aim of this project is to study the physical and chemical processes of OH radicals with volatile organic compounds (VOCs) with which the formation of van der Waals (vdW) clusters, responsible for the observed curvature in the Arrhenius plots, might be feasible. The problem will be addressed as follow : 1) kinetic studies; 2) products distribution and mechanistic studies and 3) dynamical studies of the physical and chemical processes. The purpose is to obtain a better understanding of the mechanisms that govern the chemical behavior of species present in the atmosphere and to obtain high quality kinetic data to be used as input to computational models. We will study: 1) the reaction kinetics of OH (v���=0) radicals with VOCs such as unsaturated alcohols, halogenated alkenes, halogenated ethers, aliphatic esters, which show curved Arrhenius plots and negative activation energies, by PLP-LIF, in flow systems; 2) in a large volume (4500 L) atmospheric simulation chamber, reaction products yields in order to evaluate their atmospheric impact and reaction mechanisms; 3) using molecular beams and laser spectroscopy, the structure and reactivity of the vdW complexes formed between the unsaturated or aromatic alcohols and the OH radicals as a model of the adducts proposed as responsible for the non-Arrhenius behavior; 4) the specific state-to-state relaxation/reaction rate constants (ksts) of the vibrationally excited OH (v���=1-4) radical with the VOCs by PLP-LIF and supersonic expansions. Ab-initio calculations will be carried out to support the interpretation of the experimental results, to obtain the transition state and collisional adducts structures, as well as to calculate the vibrational frequencies of the vdW complexes to assign to the LIF and REMPI spectra. Also, the proposed reaction mechanisms and the experimentally measured kinetic parameters will be compared with those obtained from theoretical calculations.

Procesos oxidativos en matrices alimentarias complejas. Oxidative processes in complex food matrices.

Las reacciones bioqu��micas que ocurren como consecuencia del tratamiento y almacenamiento de los alimentos, mejoran la seguridad alimentaria, las propiedades sensoriales y la vida ��til. Sin embargo, el tratamiento t��rmico, la exposici��n a la luz y el ox��geno pueden causar da��o oxidativo a los l��pidos y prote��nas. Los procesos oxidativos de matrices complejas tienen caracter��sticas distintivas que no se manifiestan cuando los componentes son sometidos a oxidaci��n individualmente. La hip��tesis de trabajo es que la oxidaci��n de prote��nas en matrices alimentarias complejas altera la estructura y las propiedades funcionales de las prote��nas y, que las modificaciones que se producen var��an seg��n las condiciones de procesamiento y de la composici��n qu��mica del alimento. Nuestros estudios intentan demostrar que el estado oxidativo de las prote��nas de un alimento es un par��metro importante para la evaluaci��n de las propiedades funcionales, sensoriales y nutricionales de un producto l��cteo. El objetivo general del proyecto es el estudio de los procesos de oxidaci��n de matrices alimentarias complejas (la leche, miel) y su relaci��n con distintos procesos y materiales utilizados en la industria. Es decir, nos proponemos estudiar las consecuencias funcionales y biol��gicas (calidad nutricional, coagulaci��n) de la oxidaci��n proteica en modelos experimentales ���in vitro��� y en productos comerciales. 1. Estudiar los fen��menos de peroxidaci��n proteica en leche entera y descremada sometida a los distintos procesos tecnol��gicos de la producci��n de leche y queso a escala laboratorio. Se realizar��n las mismas experiencias con alb��mina s��rica y con prote��nas aisladas de suero de leche para comparar diferencias entre una matriz compleja y una simple. 2. Determinar la relaci��n entre oxidaci��n y composici��n proteica de la leche, y los cambios en las fracciones proteicas aisladas (case��nas y beta-lactoglobulina). 3. Analizar el impacto de los procesos tecnol��gicos a nivel de producci��n primaria (composici��n proteica y estado de oxidaci��n) en los indicadores de inflamaci��n (contenido de c��lulas som��ticas y prote��na C Reactiva) y de estado redox (capacidad antioxidante de los productos l��cteos y nivel de carbonilos de proteinas). 4. Comparar las caracter��sticas de composici��n qu��mica y el estado de oxidaci��n de leche provenientes de las tres regiones (Buenos Aires, Santa Fe y C��rdoba) que conforman la cuenca l��ctea Argentina. Este objetivo se realizar�� conjuntamente con los integrantes de nuestro grupo de investigaci��n que trabajan en el Laboratorio de Control de Calidad de la Escuela Superior de Lecher��a. 5. Determinar los metabolitos secundarios de mieles uniflorales propuestos como responsables de la capacidad antioxidante de estas (polifenoles) y como indicadores de su origen bot��nico. 6. Valorar la capacidad antioxidante total de mieles uniflorales. 7. Validar los m��todos anal��ticos y semicuantitativos utilizados y a utilizar en el presente proyecto teniendo en cuenta lo efectos de matrices t��pico de los fluidos biol��gicos y las mezclas. El estudio de las modificaciones oxidativas de matrices complejas es un tema que es importante tanto desde el punto de vista del conocimiento b��sico como del aplicado. Nosotros creemos que el presente proyecto aportar�� conocimiento sobre las caracter��sticas de las v��as oxidativas de prote��nas en matrices complejas y que podr�� ser utilizado para dise��ar estrategias productivas tendientes a disminuir el deterioro de la calidad de la leche debido a la exposici��n a energ��a radiante. Parte de la experiencia ganada por el grupo ha sido ya volcada a subsanar dificultades y problemas de oxidaci��n y deterioro de la calidad de alimentos. Adem��s, se contribuir�� a discernir la paradoja que existe en el ��rea sobre las propiedades oxidantes/antioxidantes de los polifenoles y la relaci��n entre estas y el estado oxidativo de un alimento. The biochemical reactions that occur as a result of food treatment and storage, improve food security, sensory properties and shelf life. Heat treatment, exposure to light and oxygen can cause oxidative damage to lipids and proteins. Oxidative processes in complex matrices display distinctive features that do not appear when the components are individually subjected to oxidation. The hypothesis is that protein oxidation in complex food matrices alters the structure and functional properties of proteins and that the modifications vary according to process conditions and food composition. The main goal is to study oxidation of complex food matrices (milk, honey) with different processes and materials used in the industry. The specific aims are: 1. To study protein oxidation in whole milk and skim subject to various technological processes. The same experiences will be done with serum albumin and isolated whey proteins to compare complex and simple matrices. 2. To determine the relationship between oxidation and milk protein composition, and changes in casein and beta-lactoglobulin. 3. Analyze the impact of technological processes at the level of primary production on markers of inflammation and redox (antioxidant capacity and protein carbonyls). 4. Compare characteristics of chemical composition and oxidation state of milk. 5. Determine secondary metabolites of honey responsible for the antioxidant capacity of these. 6. To evaluate the total antioxidant capacity unifloral honey. This project will provide knowledge about characteristics of oxidative pathways of proteins in complex matrices that can be used to design production strategies aimed at reduce the deterioration of milk quality. Also, it would help to discern the paradox that exists on the oxidants/antioxidants properties of polyphenols and the relationship between these and the oxidative status of a food.

Effects of selected post harvest processes on brown crab (Cancerpagurus L.) and European lobster (Homarus gammarus L.) from Irish Crustacean Fisheries

The crustacean fishery is important to the socio economics of rural and island communities around Ireland; with brown crab (Cancer pagurus) and European lobster (.Homarus gammarus) being the most valuable shellfish species. Brown crab and lobster are marketed live with the majority being exported from Ireland to southern Europe. Post capture processes used in Ireland are very subjective but promote fresh, live products. Common practices used in the crustacean fishery include nicking of brown crab and long term storage of lobster. This study showed that nicking resulted in elevated mean lactate levels of 17.90% (StDev �� 1.74) and elevated mean glucose levels of 120.55 % (StDev �� 0.26) with mean circulating bacteria levels 9 times greater in nicked crab. Nicking resulted in 96.3% increase in tissue necrosis and a subsequent reduction in product quality. These factors possibly compromise the host���s defense system, which may ultimately reduce the animal���s ability to cope with additional stressors caused by post-harvest processes. Long term storage allows lobster to be stored until the market is less saturated and prices are higher. This investigation found that some lobsters contracted bacterial biofilms as a result of long term storage. Bacteria isolated from biofilms were identified as Arcobacter and Campylobacterales with identity and alignment scores of 80% andd 88% respectively.