Preparação e Avaliação da Atividade Catalítica de Polímeros de Condensação de Metilpiridinas e Tereftalaldeído em Reações de Nitroaldol e Cicloadição Heterodipolar [3+2]

Nesse estudo, foram preparadas bases poliméricas derivadas de 2,6-dimetilpiridinas e tereftaladeído utilizando a 2,4,6-trimetilpiridina como agente de reticulação. As resinas foram sintetizadas sob aquecimento convencional e purificadas por precipitação em metanol, apresentando rendimentos variando de 59 a 95%. Os copolímeros produzidos foram caracterizados por análise termogravimétrica (TGA), ressonância nuclear magnética de núcleo de hidrogênio (RMN-1H) e espectroscopia na região do infravermelho com técnica de ATR (FTIR - ATR), além de sua atividade básica. A capacidade catalítica do material produzido foi avaliada em reações nitroaldólicas, do tipo Henry, tanto em aquecimento convencional quanto com o uso de reator de micro-ondas. Não sendo observada atividade catalítica significativa para as resinas testadas, nestas reações. O material polimérico produzido também foi testado como suporte para cobre na catálise de reações de cicloadição heterodipolar do tipo [3+2] com benzilazida e propiolato de etila, para a formação de triazóis, processadas em reator de micro-ondas e sob aquecimento convencional. A reação mostrou-se regiosseletiva e processos de reciclo do catalisador se mostrou eficiente em reações consecutivas

Consumo alimentar e associação com ganho de peso em adolescente: Estudo Longitudinal de Avaliação Nutricional de Adolescentes (ELANA).

Essa tese teve como objetivo avaliar a associação do consumo de padrões alimentares e produtos alimentícios ultraprocessados (UP) sobre indicadores antropométricos e sua variação entre adolescentes. Para tal, foram analisados os dados de 1.031 estudantes de quatro escolas privadas e duas escolas públicas da região metropolitana do Rio de Janeiro que foram acompanhados por três anos consecutivos (2010 a 2012) no Estudo Longitudinal de Avaliação Nutricional de adolescentes (ELANA). Os resultados estão apresentados em três manuscritos que compõem a tese. O primeiro manuscrito identificou três padrões alimentares: Ocidental, composto por massas, embutidos e bacon, carnes, doces, bebidas açucaradas, salgados e fast food, biscoito, pães e cereais, leite e derivados e ovos, o Saudável, caracterizado por peixes, hortaliças, verduras, raízes e feculentos, frutas e sucos e o Arroz/Feijão, composto pelo consumo de arroz, feijão e café. Na análise dos dados na linha de base o padrão Ocidental associou-se a um menor índice de massa corporal (IMC) e não foi observada associação estatisticamente significativa em relação ao percentual de gordura corpórea (%GC) e o padrão em questão. Adicionalmente, foi verificada uma associação negativa entre o padrão Arroz/Feijão e ambos os indicadores antropométricos sugerindo que esse padrão de consumo tradicional possa ser protetor para a obesidade. No segundo manuscrito avaliou-se a relação entre o consumo de UP e indicadores de qualidade da dieta. O consumo de UP foi avaliado em gramas por dia e em gramas/total de calorias. Observou-se um aumento das variáveis marcadoras de alimentação não saudável e saudável com o aumento do consumo de UP. No entanto, quando relacionados ao aumento de consumo de UP/energia observou-se um aumento de marcadores de alimentação não saudável e, com exceção da vitamina C, uma redução de marcadores de alimentação saudável. Assim, a densidade do consumo de UP mostrou-se um bom indicador de qualidade da dieta entre adolescentes. No terceiro manuscrito avaliou-se a associação entre o consumo de UP e a evolução temporal do IMC e %GC. A análise longitudinal por modelos lineares mistos, que levam em conta todas as observações ao longo do tempo, indicou que nas análises não ajustados havia uma associação negativa entre consumo de UP e o IMC e %GC, porém nas análises de UP/energia e nas análises ajustadas por atividade física e uma variável de controle para a qualidade do relato não mais foram observadas associações com o consumo de UP e as medidas antropométricas de adiposidade. Pode-se concluir que não evidenciamos associação do consumo de UP com medidas antropométricas de obesidade uma vez que o consumo elevado de UP associado ao crescimento do %GC nas análises transversais, não se manteve nas análises longitudinais. A discrepância entre os achados dos estudos seccionais e os longitudinais pode decorrer de confundimento residual nos estudos seccionais. Conclui-se, que para redução do ganho excessivo de peso, orientações relativas exclusivamente a um padrão de alimentação saudável que incorpora a ideia de UP, devem ser acompanhadas de redução da quantidade de alimentos consumidos.

Consumo alimentar e associação com ganho de peso em adolescente: Estudo Longitudinal de Avaliação Nutricional de Adolescentes (ELANA).

Essa tese teve como objetivo avaliar a associação do consumo de padrões alimentares e produtos alimentícios ultraprocessados (UP) sobre indicadores antropométricos e sua variação entre adolescentes. Para tal, foram analisados os dados de 1.031 estudantes de quatro escolas privadas e duas escolas públicas da região metropolitana do Rio de Janeiro que foram acompanhados por três anos consecutivos (2010 a 2012) no Estudo Longitudinal de Avaliação Nutricional de adolescentes (ELANA). Os resultados estão apresentados em três manuscritos que compõem a tese. O primeiro manuscrito identificou três padrões alimentares: Ocidental, composto por massas, embutidos e bacon, carnes, doces, bebidas açucaradas, salgados e fast food, biscoito, pães e cereais, leite e derivados e ovos, o Saudável, caracterizado por peixes, hortaliças, verduras, raízes e feculentos, frutas e sucos e o Arroz/Feijão, composto pelo consumo de arroz, feijão e café. Na análise dos dados na linha de base o padrão Ocidental associou-se a um menor índice de massa corporal (IMC) e não foi observada associação estatisticamente significativa em relação ao percentual de gordura corpórea (%GC) e o padrão em questão. Adicionalmente, foi verificada uma associação negativa entre o padrão Arroz/Feijão e ambos os indicadores antropométricos sugerindo que esse padrão de consumo tradicional possa ser protetor para a obesidade. No segundo manuscrito avaliou-se a relação entre o consumo de UP e indicadores de qualidade da dieta. O consumo de UP foi avaliado em gramas por dia e em gramas/total de calorias. Observou-se um aumento das variáveis marcadoras de alimentação não saudável e saudável com o aumento do consumo de UP. No entanto, quando relacionados ao aumento de consumo de UP/energia observou-se um aumento de marcadores de alimentação não saudável e, com exceção da vitamina C, uma redução de marcadores de alimentação saudável. Assim, a densidade do consumo de UP mostrou-se um bom indicador de qualidade da dieta entre adolescentes. No terceiro manuscrito avaliou-se a associação entre o consumo de UP e a evolução temporal do IMC e %GC. A análise longitudinal por modelos lineares mistos, que levam em conta todas as observações ao longo do tempo, indicou que nas análises não ajustados havia uma associação negativa entre consumo de UP e o IMC e %GC, porém nas análises de UP/energia e nas análises ajustadas por atividade física e uma variável de controle para a qualidade do relato não mais foram observadas associações com o consumo de UP e as medidas antropométricas de adiposidade. Pode-se concluir que não evidenciamos associação do consumo de UP com medidas antropométricas de obesidade uma vez que o consumo elevado de UP associado ao crescimento do %GC nas análises transversais, não se manteve nas análises longitudinais. A discrepância entre os achados dos estudos seccionais e os longitudinais pode decorrer de confundimento residual nos estudos seccionais. Conclui-se, que para redução do ganho excessivo de peso, orientações relativas exclusivamente a um padrão de alimentação saudável que incorpora a ideia de UP, devem ser acompanhadas de redução da quantidade de alimentos consumidos.

Respostas agudas de pressão arterial e variabilidade da frequência cardíaca são dependentes do volume total do exercício aeróbio em adultos saudáveis

A hipotensão pós-exercício (HPE) é um fenômeno de relevância clínica, mas dúvidas persistem no tocante ao efeito do modo e da forma de execução (contínua vs. acumulada) do exercício aeróbio para sua manifestação, bem como o papel do controle autonômico cardíaco como mecanismo fisiológico associado à HPE. Assim, a presente tese objetivou: a) investigar a HPE induzida por sessões aeróbias de exercício isocalórico contínuo e acumulado; b) comparar as respostas de pressão arterial sistólica (PAS) e diastólica (PAD) após teste cardiopulmonar de exercício máximo (TCPE) em três modalidades; c) verificar a influência do modo de exercício e do controle autonômico cardíaco em repouso sobre a reativação vagal após TCPE. No primeiro estudo, 10 homens saudáveis (idade: 27,6 3,5 anos) realizaram TCPEs de corrida e ciclismo para medida do consumo de oxigênio de pico (VO2pico) e sessões contínuas (400 kcal) e acumuladas (2 x 200 kcal) de corrida e ciclismo à 75%VO2reserva. A PAS e PAD reduziram similarmente após exercício contínuo e acumulado (4,6 2,3 vs. 5,2 2,3 mmHg, 2,6 2,5 vs. 3,6 2,5 mmHg, respectivamente, P > 0,05). Porém, a corrida provocou maior declínio na PAS do que o ciclismo (P < 0.05). A atividade simpática (componente de baixa frequência, LF) e parassimpática (componente de alta frequência, HF) aumentou (P < 0,001) e diminuiu (P < 0,001) em relação à sessão controle, elevando o balanço simpato-vagal (razão LF:HF) (P < 0,001) que foi inversamente correlacionado ao ΔPAS e ΔPAD (r = -0,41 a -0,70; P < 0.05). No segundo e terceiro estudos, 20 homens saudáveis (idade: 21.2 3.0 anos) realizaram três TCPEs (ciclismo, caminhada e corrida). No segundo estudo, investigou-se a resposta aguda da PA, débito cardíaco (Q), resistência vascular periférica (RVP), sensibilidade do barorreflexo arterial (SBR), variabilidade da frequência cardíaca (VFC) e dispêndio energético durante 60 min após os TCPEs e sessão controle. Comparado ao controle, somente a corrida modalidade envolvendo maior dispêndio energético total (P < 0,001) - foi capaz de reduzir a PAS no pós-exercício (P < 0,001). Mudanças na RVP, SBR, LF, e razão LF:HF foram negativamente correlacionadas às variações na PAS (-0,69 a -0,91; P < 0,001) e PAD (-0,58 a -0,93; P ≤ 0,002). No terceiro estudo, examinou-se a reativação parassimpática após cada TCPE pela raiz quadrada da média do quadrado das diferenças entre intervalos R-R normais adjacentes em janelas de 30 s (rMSSD30s). Apesar da menor FCpico, VO2pico e dispêndio energético no ciclismo vs. caminhada e corrida (P < 0,001), a reativação parassimpática foi significativamente mais rápida após o ciclismo (P < 0,05). Outrossim, o Δ rMSSD30-180s foi positivamente correlacionado ao HF (rs = 0,90 a 0,93; P < 0,001) e negativamente correlacionado ao LF e a razão LF:HF medidos no repouso (rs = -0,73 a -0,79 e -0,86 a -0,90, respectivamente; P < 0,001). Em conclusão, a forma de execução do exercício aeróbio não interfere na magnitude da HPE, mas a HPE é dependente do modo ou o volume total de exercício. Os resultados também indicam que o padrão de recuperação do controle autonômico cardíaco pela análise espectral da VFC pode ter um papel importante na indução da HPE.

Construção, clonagem e expressão do fragmento B da toxina diftérica de Corynebacterium diphtheriae (cepa PW- 8) em Mycobacterium bovis BCG sub-cepa Moreau

A vacina anti-diftérica de uso corrente no Brasil (DTP), embora de alta eficácia na prevenção da difteria, está associada com episódios de toxicidade e reatogenicidade no recipiente vacinal, resultantes de proteínas residuais derivadas do processo de produção ou detoxificação. Estratégias para o desenvolvimento de vacinas menos reatogênicas e ao mesmo tempo mais eficazes e economicamente viáveis contra a difteria têm sido alvo de intensa investigação. A alternativa proposta por nosso grupo é a utilização da vacina contra a tuberculose (Mycobacterium bovis BCG sub-cepa Moreau), como vetor do gene que codifica o fragmento B da toxina diftérica (dtb) de 58,3 kDa. Neste trabalho o dtb foi clonado no vetor micobacteriano bifuncional (pUS977) de expressão citoplasmática e os clones recombinantes (pUS977dtbPW8), após a transformação do BCG, foram testados com relação a expressão do DTB em BCG e quanto a antigenicidade frente a anticorpos policlonais anti-toxóide diftérico por Immunobloting. A integridade do gene dtb e a identidade das sequências de DNA da construção plasmidial pUS977dtbPW8 foram confirmadas por sequenciamento de DNA e análise de similaridade. A imunogenicidade do BCGr pUS977dtbPW8 expressando o DTB foi investigada em camundongos BALB/c, os resultados obtidos revelaram uma soroconversão específica (IgG). A infectividade e atividade microbicida do BCGr pUS977dtbPW8 no ambiente intracelular foi avaliada através da infecção de linhagens de células de monócitos humano (THP-1), os dados obtidos indicaram que houve sobrevivência intracelular em até 12 dias. Nesse contexto, esplenócitos dos camundongos imunizados com 30 e 60 dias foram extraídos, mostrando que o BCGr pUS977dtbPW8 persistiu até 60 dias na ausência de pressão seletiva e a viabilidade celular não sofreu alteração significativa durante o período testado. Por outro lado, o BCGr pUS977dtbPW8, quando submetido a seis sub-cultivos consecutivos in vitro não apresentou diferença significativa na capacidade de expressar o DTB, demonstrando portanto a persistência da estabilidade funcional da linhagem recombinante. A estabilidade estrutural da construção pUS977dtbPW8 também foi avaliada por PCR confirmando a presença do gene dtb em colônias do BCGr pUS977dtbPW8 . Adicionalmente, foi possível avaliar preliminarmente in vitro a capacidade soroneutralizante dos soros de camundongos imunizados com BCGr pUS977dtbPW8 após 30 e 60 dias em células VERO. A ação citotóxica da toxina diftérica entre as diluições de 1/4 e 1/16 foram neutralizadas com o pool de soros imunes com 60 dias. Finalmente, em nosso estudo foi possível avaliar o potencial da vacina BCG como vetor de expressão de um antígeno de Corynebacterium diphtheriae in vitro e in vivo.

Validação dos processos envolvidos na obtenção do polissacarídeo capsular de Haemophilus influenzae tipo b conjugado com toxóide tetânico utilizado para produção de vacina

Haemophilus influenzae tipo b (Hib) é a principal causa de pneumonia bacteriana e meningite em crianças com menos de 5 anos de idade. A doença pode ser prevenida através da vacinação com uma vacina conjugada polissacarídeo-proteína, uma vez que a vacina de polissacarídeo não é eficaz. Desde 1999, o Ministério da Saúde incluiu a vacina conjugada Hib na rotina do calendário de imunização para crianças rotineiramente. Sendo este um processo de grande importância para as pessoas e demanda de produção significativa para o governo brasileiro, é necessário que os processos estejam de acordo com as normas nacionais e internacionais de regulamentação e devem ser validados. Uma operação validada assegura a produção de lotes uniformes que atendem as especificações exigidas, consequentemente, garantindo ao fabricante a capacidade de proporcionar um produto de qualidade. O trabalho propõe o desenvolvimento de uma metodologia que evidencie e garanta o processo de produção de um conjugado de polissacarídeo-proteína pelo método de conjugação química e que será produzido de forma consistente e de acordo com as suas especificações pré-definidas. Os atributos de qualidade garantem o não desabastecimento da vacina Haemophilus influenzae tipo b por desvios de processo, o que contribui com aumento do valor agregado ao produto em questão. Portanto, a metodologia de validação foi aplicada ao estudo de validação. O estudo baseou-se em três etapas. A primeira foi baseada em análise de parâmetros do processo de conjugação química para mapear e estabelecer intervalos críticos de controle quanto a estes parâmetros, a segunda fase foi realizada com a produção de três lotes consecutivos, em escala industrial, com monitorização regular dos parâmetros críticos mapeados anteriormente. A fase final consistiu em amostras recolhidas, em tempo pré-determinado, durante o processo de produção e de controle do produto final em tamanho 50% a mais que na rotina de produção. Estas amostras foram analisadas utilizando os métodos de análise que foram anteriormente validados, a fim de garantir a reprodutibilidade dos resultados. A robustez do processo foi assegurada uma vez que todos os parâmetros do processo avaliados apresentaram resultados dentro do padrão de conformidade com os resultados de controle determinados durante o processo, e no produto final para a população de amostragem dentro de especificações definidas pelas metodologias analíticas validadas garantindo os resultados. O trabalho proposto assegura status de processo validado para o conjugado polissacarídeo-proteína com excepcionais rendimentos obtidos, combinado com características químicas bem definidas

O peptídeo natriurético tipo B (BNP) como preditor de mortalidade a longo prazo em pacientes com síndrome coronariana aguda sem supradesnível do segmento ST

Fundamentos: Apesar dos conhecimentos adquiridos sobre marcadores preditores de mortalidade na síndrome coronariana aguda (SCA), a capacidade de avaliação a longo prazo permanece desconhecida. O peptídeo natriurético tipo B (BNP) tem sido extensamente utilizado, porém as evidências existentes se restringem ao seguimento de curto e médio prazos. Objetivos: Determinar se o BNP é um preditor independente de mortalidade por todas as causas a longo prazo em pacientes com síndrome coronariana aguda sem supradesnível do segmento ST (SCASSST). Métodos: No período de 1o de Janeiro de 2002 a 31 de Dezembro de 2003, foram selecionados 224 pacientes consecutivos atendidos na sala de emergência com SCASSST. A dosagem do BNP à admissão foi incorporada no protocolo diagnóstico, tendo o seu valor sido correlacionado com a mortalidade ao final do seguimento. Resultados: Os pacientes foram acompanhados por 9,34 anos (mediana), tinham 71,5 anos (intervalo IQ=60,5;79,0) e com predomínio do gênero masculino (62,9%). A hipertensão arterial esteve presente em 82,1% e o diabetes em 23,7%. A angina instável (AI) foi diagnosticada em 52,2% e o infarto agudo do miocárdio sem supradesnível do segmento ST (IAMSSST) em 47,8%. O BNP mediano foi de 81,9 pg/ml (intervalo IQ 22,2; 225). A mortalidade se correlacionou com os quartis crescentes do BNP: 14,3; 16,1; 48,2; e 73,2% (p<0,0001). A curva ROC determinou o BNP=100 pg/ml como o melhor ponto de corte, tendo apresentado área sobre a curva (AUC) de 0,79 (IC 95%=0,72-0,85) e sendo preditor de mortalidade ao final do seguimento: 17,3% vs. 65,0%, p<0,001, RR=3,76 (IC 95%=2,49-5,63). O BNP teve poder prognóstico tanto nos pacientes com (26,7 vs. 71,2%, p<0,001) como nos sem (12,9 vs. 56,8%, p<0,001) alteração da função ventricular, e também conforme o diagnóstico de AI (18,7 vs. 48,6%, p=0,001) e IAMSSST (14,9 vs. 75,0%, p<0,001). Na análise de regressão logística, a idade>72 anos (OR=3,79, IC 95%=1,62-8,86, p=0,002), o BNP≥100 pg/ml (OR=6,24, IC 95%=2,95-13,23, p<0,001) e a taxa de filtração glomerular estimada (TFGE)(OR=0,98, IC 95%=0,97-0,99, p=0.049) foram preditores independentes de mortalidade. Conclusões: O BNP dosado à admissão dos pacientes com SCASSST é um forte e independente preditor de mortalidade a longo prazo.

Migratory and within-estuary behaviors of adult Summer Flounder (Paralichthys dentatus) in a lagoon system of the southern mid-Atlantic Bight

We monitored the movements of 45 adult Summer Flounder (Paralichthys dentatus) between June 2007 and July 2008 through the use of passive acoustic telemetry to elucidate migratory and within-estuary behaviors in a lagoon system of the southern mid-Atlantic Bight. Between 8 June and 10 October 2007, fish resided primarily in the deeper (>3 m) regions of the system and exhibited low levels of large-scale (100s of meters) activity. Mean residence time within this estuarine lagoon system was conservatively estimated to be 130 days (range: 18–223 days), which is 1.5 times longer than the residence time previously reported for Summer Flounder in a similar estuarine habitat ~250 km to the north. The majority of fish remained within the lagoon system until mid-October, although some fish dispersed earlier and some of them appeared to disperse temporarily (i.e., exited the system for at least 14 consecutive days before returning). Larger fish were more likely to disperse before mid-October than smaller fish and may have moved to other estuaries or the inner continental shelf. Fish that dispersed after mid-October were more likely to return to the lagoon system the following spring than were fish that dispersed before mid-October. In 2008, fish returned to the system between 7 February and 7 April. Dispersals and returns most closely followed seasonal changes in mean water temperature, but photoperiod and other factors also may have played a role in large-scale movements of Summer Flounder.

连续PCR扩增过程中异常现象的发生机理研究

聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction，PCR）技术从其发明以来，因为其操作的简单方便和高效率而在生物学研究的各个领域得到了广泛的应用，包括序列扩增、序列的人工突变、疾病诊断、法医学鉴定、基因的表达分析等等。从PCR技术发明以来，如何提高反应的特异性和反应的效率一直是人们所共同关心的题目，为此也发展了相当数量的各种方法，如热启动PCR、降落PCR、巢式PCR以及在反应体系中添加一些有益的附属物等。而适合不同目的的PCR技术也得到了充分的发展，如多重PCR、反转录PCR、定量PCR、原位PCR、PCR突变、毛细管PCR技术等等。并且，包括随机引物扩增多态、扩增片段长度多态性、简单重复序列多态性、单核苷酸多态性等这些在PCR技术基础上发展而来的各种分子标记技术极大地方便了遗传分析和遗传图谱的构建等工作。在PCR技术发明了20年后的今天，提高PCR的反应性能、发展适合新领域的PCR技术和新的分子标记技术仍然是研究者关心的题目和努力的方向。 　　PCR实验中已经观察到多种异常现象，除了常见的扩增失败（没有产物）、扩增产物特异性不强（有非特异产物出现）、引物多聚体产物扩增、扩增效率低等现象以外，还包括PCR介导的重组、跳跃、复制滑动等等。阐明这些异常现象的发生机理和过程，避免或缓解这些异常现象在扩增过程中对目的产物扩增的影响，以及促进和利用一些特殊的异常PCR扩增都是PCR技术研究所关心的话题。各种研究工作中经常需要扩增一些长片段的序列，但是在进行长片段PCR时经常会发现扩增目标序列的长度是有限的、扩增效率比较低、扩增产物检测中有很强的背景弥散等现象;同时长片段PCR需要一些特殊的反应体系组成和反应条件。如何更加有效地实现更长序列的PCR扩增也是人们所关心的话题之一。 　　常见的PCR产物重复扩增（以上一轮扩增产物为模板进行新的PCR扩增）扩增轮数少，通常仅进行一次重复扩增;同时，在重复扩增中常使用的策略是使用巢式引物。而连续PCR扩增实验（用相同的引物以产物为模板进行多轮次的连续重复PCR扩增）从未见于文献报道。我们第一次系统地进行了连续PCR扩增实验;同时，在实验过程中我们观察到了一种新的PCR扩增异常现象——用不同来源的模板（病毒、细菌质粒或真核生物来源的DNA序列）进行连续PCR扩增不同长度的靶序列，经过有限次数的重复扩增后，最终都会导致扩增失败;这种扩增失败都表现为在常规琼脂糖电泳检测时特异产物条带的消失和不能泳动出点样孔之复杂异常产物的出现;这种扩增产生的异常产物能够被稳定地重复扩增。用λ和细菌质粒序列为模板连续扩增不同长度靶序列的结果表明：连续PCR扩增失败的时期具有扩增靶序列长度的依赖性，越长的靶序列在连续PCR中扩增失败的时期越早。 　　对不同连续PCR扩增的扩增过程观察表明扩增产物经历了一个从高效特异性扩增到低效率特异性扩增，再到扩增产生复杂异常产物的过程。对复杂异常产物的甲酰胺辅助变性处理和变性胶电泳（尿素变性聚丙烯酰胺胶电泳和NaOH碱变性琼脂糖电泳）检测表明扩增产生的复杂产物主要由连续分布的小于靶序列长度的具有相当程度多样性的非全长链组成。连续PCR产生的复杂产物在内部具有局部的双链区域和大量的单链区域及外部单链分支，能够被单链特异的S1核酸酶消化，但是不能被双链特异的限制性内切酶消化。用DNase I或限制性内切酶处理连续扩增早期产生特异扩增产物形成不同长度序列组成的混合物，或者直接用不同扩增反应产生的不同长度的核酸序列组成混合物，混合物在经历变性-复性后都表现出类似连续PCR失败所产生的异常产物电泳行为。这些证据都表明PCR扩增过程中形成的非全长链成分是导致这种异常现象的关键因素，多个不同长度的非全长链复性形成“杂种分子”（具有较大且不一致的分子量和复杂的分支结构），最终表现为常规琼脂糖电泳异常的复杂产物。同时，异常产物组成非全长链成分和全长链成分是其能够实现稳定重复扩增的基础。 　　实验结果表明：对于特定长度的靶序列而言，导致复杂异常出现的根本原因是连续PCR扩增体系中所经历的总PCR热循环数目（每一轮PCR扩增所使用的循环数目多，成功连续扩增的轮数就少）;而扩增体系中的引物浓度、DNA聚合酶用量的多少、扩增程序中时间参数等对此影响较小;巢式PCR和单引物-互补引物PCR的结果表明这些处理对于缓解或延迟异常产物的出现有一定的作用。人工处理（DNase I或限制性内切酶处理）完整模板双链形成的非全长链长产物，然后把非全长链长产物以不同比例同完整模板混合模拟连续扩增后期产物，这种人工混合模板表明连续PCR扩增中同源的非全长链成分对PCR扩增有严重的干扰作用，是导致复杂异常产物出现的直接原因。 　　已有的研究表明：PCR介导重组、长片段PCR难于操作有共同的产生基础——扩增过程中非全长链成分的产生和非全长链成分对后续扩增过程的干扰作用。这一点和导致连续PCR失败的原因是一致的。非全长链成分的出现是PCR扩增过程中不可避免的，其最初产生的可能来源有三个：模板的损伤（扩增前的模板损伤或扩增热循环过程中的损伤）、聚合酶的忠实性、以及聚合酶的进行性。根据聚合酶的特性而调整扩增程序中延伸时间的实验表明，聚合酶的进行性不是导致连续PCR扩增失败的最主要原因。这种非全长链成分产物从无到有且不依赖于体系中非全长链成分的过程我们称之为非全长链成分的初级合成;而已经存在的非全长链成分干扰后续合成形成非全长链成分的过程我们称之为非全长链成分的次级合成。非全长链成分的初级合成和次级合成共同导致了连续扩增的失败和异常产物的形成。 　　从已有的研究结果看，任何降低PCR扩增过程中非全长链成分产生的措施，特别是聚合酶忠实性的提高，都能缓解异常扩增产物的出现和利于长片段PCR操作。 　　

Relationships between ENSO events and San Francisco rainfall, 1949-1991

As California entered its sixth consecutive year of drought, the onset of a positive sea surface temperature anomaly in the equatorial Pacific and other indicators of a developing ENSO event were observed. This brought the following question from the media, water officials, and the public: What effect will El Niño have on the current rainfall season in general and on the intraseasonal distribution of rain in particular? To answer the question, the historical San Francisco rainfall record was examined in relationship to previous ENSO events.

Modeling the effect of striped bass (Morone saxatilis) on the population viability of Sacramento River winter-run chinook salmon (Onchorhynchus tshawytscha)

We estimated the impact of striped bass (Morone saxatilis) predation on winter-run chinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha) with a Bayesian population dynamics model using striped bass and winter-run chinook salmon population abundance data. Winter-run chinook salmon extinction and recovery probabilities under different future striped bass abundance levels were estimated by simulating from the posterior distribution of model parameters. The model predicts that if the striped bass population declines to 512,000 adults as expected in the absence of stocking, winter-run chinook salmon will have about a 28% chance of quasi-extinction (defined as three consecutive spawning runs of fewer than 200 adults) within 50 years. If stocking stabilizes the striped bass population at 700,000 adults, the predicted quasi-extinction probability is 30%. A more ambitious stocking program that maintains a population of 3 million adult striped bass would increase the predicted quasi-extinction probability to 55%. Extinction probability, but not recovery probability, was fairly insensitive to assumptions about density dependence. We conclude that winter-run chinook salmon face a serious extinction risk without augmentation of the striped bass population and that substantial increases in striped bass abundance could significantly increase the threat to winter-run chi-nook salmon if not mitigated by increasing winter chinook salmon survival in some other way.

Temporal and spatial dynamics of spawning, settlement, and growth of gray snapper (Lutjanus griseus) from the West Florida shelf as determined from otolith microstructures

The goal of our study was to understand the spatial and temporal variation in spawning and settlement of gray snapper (Lutjanus griseus) along the West Florida shelf (WFS). Juvenile gray snapper were collected over two consecutive years from seagrass meadows with a benthic scrape and otter trawl. Spawning, settlement, and growth patterns were compared across three sampling regions (Panhandle, Big bend, and Southwest) by using otolith microstructure. Histology of adult gonads was also used for an independent estimate of spawning time. Daily growth increments were visible in the lapilli of snapper 11–150 mm standard length; ages ranged from 38 to 229 days and estimated average planktonic larval duration was 25 days. Estimated growth rates ranged from 0.60 to 1.02 mm/d and did not differ among the three sampling regions, but did differ across sampling years. Back-calculated fertilization dates from otoliths indicated that juveniles in the Panhandle and Big Bend were mainly summer spawned fish, whereas Southwest juveniles had winter and summer fertilization dates. Settlement occurred during summer both years and in the winter of 1997 for the southern portion of the WFS. Moon phase did not appear to be strongly correlated with fertilization or settlement. Histological samples of gonads from adults collected near the juvenile sampling areas indicated a summer spawning period.

Assessment of some physico-chemical parameters of River Ogun (Abeokuta, Ogun State, southwestern Nigeria) in comparison with national and international standards

This study assessed the physico-chemical quality of River Ogun, Abeokuta, Ogun state, Southwestern Nigeria. Four locations were chosen spatially along the water course to reflect a consideration of all possible human activities that are capable of changing the quality of river water. The water samples were collected monthly for seven consecutive months (December 2011 – June 2012) at the four sampling stations. pH, air temperature (℃), water temperature (℃), conductivity (µs/cm) and total dissolved solids (mg/L) were conducted in-situ with the use of HANNA Combo pH and EC multi meter Hi 98129 and Mercury-in-glass thermometer while dissolved oxygen (mg/L), nitrate (mg/L), phosphate (mg/L), alkalinity (mg/L) and hardness (mg/L) were determined ex-situ using standard methods. Results showed that dissolved oxygen, hydrogen ion concentration, total hardness and nitrate were above the maximum permissible limit of National Administration for Food, Drugs and Control (NAFDAC), Standard Organization of Nigeria (SON), Federal Environmental Protection Agency (FEPA), United States Environmental Protection Agency (USEPA), European Union (EU) and World Health Organization (WHO) for drinking water during certain months of the study period. Results also showed that water temperature and conductivity were within the permissible limits of all the standards excluding FEPA. However, total dissolved solids and alkalinity were within the permissible limits of all the standards. Adejuwon and Adelakun, (2012) also reported similar findings on Rivers Lala, Yobo and Agodo in Ewekoro local government area of Ogun state, Nigeria. Since most of the parameters measured were above the maximum permissible limits of the national and international standards, it can be concluded that the water is unfit for domestic uses, drinking and aquacultural purposes and therefore needs to be treated if it is to be used at all. The low dissolved oxygen values for the first four months was too low i.e. < 5 mg/L. This is most likely as a result of the amount of effluents discharged into the river. To prevent mass extinction of aquatic organisms due to anoxic conditions, proper regulations should be implemented to reduce the organic load the river receives.

Weather index insurance: Lessons learned and best practices for Bangladesh

WorldFish and the International Centre for Climate Change and Development (ICCCAD) held a two-day workshop on the topic of Weather Index-Based Insurance: Lessons Learned and Best Practices for Bangladesh. Weather index insurance is based on a predefined weather event which when triggered ensures automatic payout to farmers who have taken out insurance. For example, the climatic trigger could be a predefined consecutive number of days where rainfall is below a set level or when the floodwater level reaches above a certain point. Index insurance has been operating for about 10 years in many countries but is still at an early stage in Bangladesh, where there are two schemes currently being piloted and three other projects being developed. The aim of the two-day workshop was twofold: to ascertain the present state of index insurance in Bangladesh and elsewhere, and to work together to identify ways forward.

California water conditions in 1995

From 1987 through 1992, California endured 6 consecutive years of drought for the second time this century. The drought was broken in most parts of the state by a wet year in 1993, in which runoff was 125 percent of average. But 1994 was again critically dry, with runoff only 40 percent of average statewide, raising fears that the drought had resumed. The "drought watch" of 1994 was finally washed out to sea by two large floods (January and March), which made 1995 one of the wettest years this century and refilled all but a couple of California's major reservoirs. This paper provides information on water conditions and flooding in 1995 and some comparisons with previous years.