Exploring the relationship between toxin and spore production in the human enteric pathogen Clostridium difficile

RESUMO: Clostridium difficile é presentemente a principal causa de doença gastrointestinal associada à utilização de antibióticos em adultos. C. difficile é uma bactéria Gram-positiva, obrigatoriamente anaeróbica, capaz de formar endósporos. Tem-se verificado um aumento dos casos de doença associada a C. difficile com sintomas mais severos, elevadas taxas de morbilidade, mortalidade e recorrência, em parte, devido à emergência de estirpes mais virulentas, mas também devido à má gestão do uso de antibióticos. C. difficile produz duas toxinas, TcdA e TcdB, que são os principais fatores de virulência e responsáveis pelos sintomas da doença. Estas são codificadas a partir do Locus de Patogenicidade (PaLoc) que codifica ainda para um regulador positivo, TcdR, uma holina, TcdE, e um regulador negativo, TcdC. Os esporos resistentes ao oxigénio são essenciais para a transmissão do organismo e recorrência da doença. A expressão dos genes do PaLoc ocorre em células vegetativas, no final da fase de crescimento exponencial, e em células em esporulação. Neste trabalho construímos dois mutantes de eliminação em fase dos genes tcdR e tcdE. Mostrámos que a auto-regulação do gene tcdR não é significativa. No entanto, tcdR é sempre necessário para a expressão dos genes presentes no PaLoc. Trabalho anterior mostrou que, com a exceção de tcdC, os demais genes do PaLoc são expressos no pré-esporo. Mostrámos aqui que TcdA é detectada à superfície do esporo maduro e que a eliminação do tcdE não influencia a acumulação de TcdA no meio de cultura ou em associação às células ou ao esporo. Estas observações têm consequências para o nosso entendimento do processo infecioso: sugeremque o esporo possa ser também um veículo para a entrega da toxina nos estágios iniciais da infecção, que TcdA possa ser libertada durante a germinação do esporo, e que o esporo possa utilizar o mesmo receptor reconhecido por TcdA para a ligação à mucosa do cólon.---------------------------ABSTRACT: Clostridium difficile is currently the major cause of antibiotic-associated gastrointestinal diseases in adults. This is a Gram-positive bacterium, endospore-forming and an obligate anaerobe that colonizes the gastrointestinal tract. Recent years have seen a rise in C. difficile associated disease (CDAD) cases, associated with more severe disease symptoms, higher rates of morbidity, mortality and recurrence, which were mostly caused due to the emergence of “hypervirulent” strains but also due to changing patterns of antibiotics use. C. difficile produces two potent toxins, TcdA and TcdB, which are the main virulence factors and the responsible for the disease symptoms. These are codified from a Pathogenicity Locus (PaLoc), composed also by the positive regulator, TcdR, the holin-like protein, TcdE, and a negative regulator, TcdC. Besides the toxins, the oxygen-resistant spores are also essential for transmission of the organism through diarrhea; moreover, spores can accumulate in the environment or in the host, which will cause disease recurrence. The expression of the PaLoc genes occurs in vegetative cells, at the end of the exponential growth phase, and in sporulating cells. In this work, we constructed two in-frame deletion mutants of tcdR and tcdE. We showed that the positive auto regulation of tcdR is not significant. However, tcdR is always necessary for the expression of the PaLoc genes. A previous work showed that, except tcdC, all the PaLoc genes are expressed in the forespore. Here, we detected TcdA at the spore surface. Furthermore, we showed that the in-frame deletion of tcdE does not affect the accumulation of TcdA in the culture medium or in association with cells or spores. This data was important for us to conclude about the infeccious process: it suggests that the spore may be the vehicle for the delivery of TcdA in early stages of infection, that TcdA may be released during spores germination and that this spore may use the same receptor recognized by TcdA to bind to the colonic mucosa.

Construção de uma responsabilidade europeia além-fronteiras

The suppression of internal border controls has led the European Union to establish a mechanism for determining the Member State responsible for examining each asylum application, with the main intention of deterring asylum seekers from lodging multiple applications and guaranteeing that it will be assessed by one of the States – the Dublin System. Even though it holds on a variety of criteria, the most commonly used is the country of first entrance in the EU. The growing migrating flows coming mainly from Northern Africa have thus resulted in an incommensurable burden over the border countries. Gradually, countries like Greece, Bulgaria and Italy have lost capability of providing adequate relief to all asylum seekers and the records of fundamental rights violations related to the provision of housing and basic needs or inhuman detention conditions started piling up. To prevent asylum seekers who had already displaced themselves to other Member States from being transferred back to countries where their human dignity is questionable, the European Court of Human Rights and the Court of Justice have developed a solid jurisprudence determining that when there is a risk of serious breach of fundamental rights all transfers to that country must halt, especially when it is identified with systemic deficiencies in the asylum system and procedures. This reflexion will go through the jurisprudence that influenced very recent legislative amendments, in order to identify which elements form part of the obligation not to transfer under the Dublin System. At last, we will critically analyze the new rising obligation, that has clearly proven insufficient in light of the international fundamental rights framework that the Member States and the EU are bound to respect, proposing substantial amendments with a view to reach a future marked by high solidarity and global responsibility from the European Union.

A segurança dos consumidores

The present report, about consumer’s safety, shows the development of the knowledge on this particular subject and the actions carried out by entities that fight for the protection of consumer’s rights. The internship was based on the knowledge acquirement on the theoretical and practical aspects of the fight lead by the Direção Geral do Consumidor, together with other entities, towards the elimination or solely the reduction of risks caused by some products and services made available for the consumers or put on the market. During the internship, I counted with the support of my supervisor in the DGC, Dr. Ana Catarina Fonseca and, for the writing of the report, I had the help of my thesis advisor, Dr. Jorge Morais Carvalho, whenever I needed constructive criticism. My participation on the creation of the informative brochures about consumer’s safety, and the study of the legislation used by the DGC on the daily work, enabled me, effectively, to consolidate my guiding principles as a future professional on the matters of the creation of entities, private and public, which aim to ensure the protection of consumers’s rights, informing them of the possible risks or solving the already existing problems, removing dangerous products and services from the market.The report clarifies the action of the DGC on the protection of consumer’s safety, and enables some knowledge on the relations between the entities that work for the protection of the consumers and the market operators and on their work on identifying dangerous products and warning the consumers about it. The final part of this report contains information that allows us to form an idea of the importance that consumer safety has had in Cape Verde, compared with the laws of Portugal on the matter.

A problemática da quebra de garrafas de vidro no processo de engarrafamento da JMF

A indústria alimentar tem como dever básico assegurar a qualidade dos seus produtos e garantir a segurança alimentar. Para uma eficácia no processo produtivo é necessário que o mesmo seja controlado e otimizado, sendo fundamental identificar problemas, avaliar a sua origem e encontrar soluções adequadas para a sua resolução. A José Maria da Fonseca é uma das empresas mais antigas no ramo vitivinícola, a sua missão é produzir e comercializar vinhos de qualidade reconhecida. Direcionada para a qualidade dos seus produtos, a empresa tem a consciencialização que é fundamental investir na identificação contínua de problemas do processo produtivo, que possam conduzir a oportunidades de melhoria. O objetivo deste trabalho consistiu na identificação das causas da quebra de vidro na zona de engarrafamento, identificação da causa raiz, e o impacto que as partículas de vidro resultantes dessa quebra, principalmente de uma quebra com explosão possam ter sobre a segurança do produto para o consumidor. Na linha de engarrafamento, podem ocorrer quebras de garrafas no despaletizador, na máquina de lavar, na máquina de encher e na máquina de rolhar ou capsular roscas (Pilfer-Proof). As quebras de garrafas no despaletizador não são consideradas uma vez que as garrafas ainda passam por um processo de lavagem, que tem como objetivo a eliminação de objetos estranhos existentes no interior da garrafa, sendo também feita a validação deste equipamento. Após a máquina de rolhar ou capsular Pilfer-Proof, o produto encontra-se selado e livre de contaminações físicas, pelo que todo o processo produtivo deve ser controlado, com as devidas medidas de monitorização e ações corretivas de forma a evitar a sua contaminação. Neste enquadramento efetuou-se o estudo nas linhas de produção 1, 2 e 3, pois estas apresentam quebras de garrafas com explosão de vidro, que é a principal causa da contaminação do produto e dos equipamentos. Deste estudo conclui-se e explica-se as várias causas que levam à quebra de garrafa na linha de produção e identifica-se a causa raiz do problema. Devido a não se conseguir evitar o problema na causa raiz, as ações de melhoria propostas vão atuar nas ações corretivas efetuadas na máquina de encher, de forma a evitar a contaminação do produto e a garantir a segurança do consumidor.

Contribuição ao estudo fitoquímico do Phoradendron latífolíum (SW) Griseb. (Erva-de-passarinho)

O Phoradendron latifolium (SW) Griseb. objeto de nossa pesquisa é um hemiparasita nativo da região de Maringá-PR onde é encontrado em vários hospedeiros. Utilizamos em nossos experimentos vegetais que tinham como hospedeiro a Figueira Branca (Ficus sp; Moraceae). Foram preparados extratos etanólicos das folhas estabilizadas a 45oC sendo que um deles foi evaporado a pressão reduzida e o resíduo dissolvido em propilenoglicol. O outro teve seu resíduo obtido após evaporação do etanol lavado com clorofórmio objetivando a eliminação de substâncias orgânicas de baixa popularidade, sendo também dissolvido em propilenoglicol. Observou-se que ambos extratos continham princípios ativos hipotensores quando testados na PA de ratos. A marcha fitoquímica evidenciou a presença de ácidos fixos e voláteis, amino grupos, esteróides, fenóis, gomas, mucilagens, taninos condensados, heterosídeos antraquinônicos, flavônicos e saponínicos não hemolíticos.

Contribuição para a otimização do fabrico de compressores scroll

A indústria automóvel é um meio extremamente competitivo, onde existe uma procura constante por novas soluções, sempre com a necessidade de redução de custos e otimização de recursos. A Halla Visteon Climate Control (HVCC), que se trata de uma empresa líder na sua área de atuação, verificou a existência de problemas no processo de fabrico de alguns componentes do seu compressor Scroll, na sequência da alteração da matéria-prima para uma liga AA 6082-T6. Na presente Dissertação realizou-se uma análise comparativa entre o material corrente e um novo material, AA 7075-T6, sem que tenham sido alterados quaisquer parâmetros do processo produtivo, tornando possível a avaliação do potencial de utilização do novo material. Foram testados diversos parâmetros, tendo em conta as diferentes etapas do processo produtivo, como a dureza e a rugosidade superficial, o estado do revestimento aplicado por Electroless e o comportamento da camada obtida por Anodização. A utilização da liga 7075 permitiu obter melhores resultados após as etapas de maquinagem, podendo contribuir para a eliminação dos problemas verificados nesta etapa do processo. No que diz respeito aos testes realizados após aplicação tanto dos revestimentos Ni-P, como da camada anodizada, os resultados revelaram-se semelhantes aos da liga 6082, sendo de destacar a melhoria de adesão verificada, comprovando assim o potencial de utilização deste material, especialmente num processo que possa ver os parâmetros otimizados para o mesmo.

Aplicação da metodologia TRIZ em embalagem para logística

O crescente dinamismo dos mercados e a recessão económica mundial implicam, cada vez mais, que as organizações adotem novos métodos e estratégias de gestão, que permitam a sua subsistência e crescimento. As empresas pretendem implementar metodologias de gestão que lhes permitam aumentar a eficácia e a eficiência dos seus processos, através da melhoria da qualidade dos seus produtos, da redução de custos e do aumento de satisfação dos seus clientes. Muitas destas metodologias são aplicadas na logística das empresas, uma vez que é a área sob a qual estas expressam uma maior preocupação. O cumprimento dos prazos de entrega, a prestação de um serviço de qualidade ao cliente, uma boa gestão dos produtos e a inovação dos processos e recursos, são factores preponderantes que podem garantir uma vantagem competitiva perante a concorrência. Uma metodologia que pode auxiliar as empresas a manterem-se competitivas é a Teoria de Resolução Inventiva de Problemas, mais conhecida por TRIZ, que apresenta ferramentas analíticas e técnicas para a resolução de problemas dos produtos, processos e procedimentos organizacionais, permitindo assim desenvolver soluções mais inovadoras. A presente dissertação incide na criação e desenvolvimento de uma nova embalagem para logística, que visa facilitar o processo de preparação de pedidos em armazém, tornando a operação mais prática e eficiente para o colaborador. Para a concepção do produto, foram utilizadas três ferramentas da TRIZ, entre as quais, a Matriz de Contradições, a Matriz de Idealidade e a Análise Substância-Campo, que auxiliaram na identificação e eliminação de problemas que iam sendo detetados e conduziram para uma melhor versão da embalagem já existente. O estudo foi realizado num centro de aprovisionamento logístico de uma empresa multinacional, na área da venda a retalho de artigos desportivos.

Modelo de utilização conjunta das metodologias Lean e TRIZ

As exigências crescentes e as rápidas mudanças nos mercados obrigam as organizações a pensarem cada vez mais na inovação e melhoria contínua. Hoje em dia qualquer estratégia de crescimento, e até mesmo a própria sobrevivência nos mercados, passa cada vez mais pela aplicação de novas abordagens e metodologias. A redução de desperdícios, melhoria contínua, inovação e a capacidade de resolução de problemas tornaram-se de extrema importância nas últimas décadas. Nesta linha estratégica, a metodologia Lean é reconhecida e divulgada dentro das organizações devido aos benefícios advindos da sua aplicação e dos resultados positivos na identificação de desperdícios. Identificados os desperdícios, a metodologia especializada na resolução de problemas é a TRIZ – Teoria da Resolução Inventiva de Problemas. A TRIZ tem vindo a ganhar popularidade tanto a nível académico, como a nível empresarial. A TRIZ promove a inovação sistemática e a procura de novas soluções para os problemas existentes, apresentando técnicas e ferramentas analíticas para a resolução de problemas dos produtos, processos e organizações, permitindo assim desenvolver soluções inovadoras. Esta metodologia permite também que a inovação deixe de ser esporádica, não dependendo apenas da capacidade individual de cada um e de momentos de inspiração, evoluindo para a inovação sistemática que pode ser gerida e ensinada. Torna-se de muita utilidade a realização de estudos de aplicação conjunta das duas metodologias. Nesta dissertação foi elaborada a proposta de um modelo, que permite efetuar a análise de sistemas com vista à identificação dos desperdícios/contradições e a sua eliminação/redução, através da utilização conjunta das ferramentas analíticas da TRIZ e do Lean. Foi demonstrado que as metodologias complementam-se. A TRIZ com a sua vertente de inovação e de resolução de problemas poderá constituir um contributo importante nos sistemas de aplicação do Lean.

Uma metodologia de diagnóstico de problemas de qualidade em PME

Este artigo propõe uma nova metodologia para Pequenas e Médias Empresas (PME), destinada a caracterizar o seu desempenho na gestão da qualidade, destacando pontos fracos e áreas de melhoria. A metodologia visa identificar as principais causas dos problemas de qualidade e ajuda a estabelecer prioridades na definição de iniciativas de melhoria. Trata-se de uma metodologia de diagnóstico fácil de implementar por empresas com baixo nível de maturidade na gestão da qualidade. A metodologia está organizada em seis etapas diferentes que incluem a recolha de informação sobre processos e subprocessos de gestão da qualidade, definidos com base na Trilogia de Juran, e sobre categorias de resultados preestabelecidas. Para aperfeiçoar e validar a metodologia proposta, foram realizados dois casos de estudo. A aplicação da metodologia foi bem sucedida em ambos os casos. Posteriormente, foi elaborado um relatório sobre o estado da qualidade em cada empresa, que inclui a definição de prioridades de eliminação das causas na origem de maus desempenhos. A metodologia pode ser adaptada para melhor se adequar às necessidades de empresas de diferentes setores, quer pela revisão dos seus processos, quer pela integração de novas ferramentas ou pelo aperfeiçoamento das existentes. Devido à sua simplicidade e abrangência, considera-se que a metodologia desenvolvida pode ser aplicada como ferramenta de autodiagnóstico para a melhoria contínua.

Engineering of fatty acid production and secretion in Saccharomyces cerevisiae

Tese de Doutoramento em Ciências - Especialidade em Biologia

Improvement of in silico strain engineering methods in Saccharomyces cerevisiae

PhD thesis in Bioengineering

Creep behaviour of cracked steel fibre reinforced self-compacting concrete laminar structures

Tese de Doutoramento - Civil Engineering

The greener grass: da autorrepresentação em Alanis Morissette

Tese de Doutoramento em Ciências da Literatura - Especialidade em Teoria da Literatura

Contribution of the evaluation strategy and the use of hearing protection for the uncertainty associated with occupational exposure to noise

Doctoral Thesis for PhD degree in Industrial and Systems Engineering

RAPD em Pau-rosa (Aniba rosaeodora Ducke): adaptação do método para coleta de amostras in situ, ajuste das condições de PCR e apresentação de um processo para selecionar bandas reprodutíveis

O Pau-rosa (Aniba rosaeodora Ducke) é uma espécie importante economicamente para a Região Amazônica, porque sua madeira é fonte de linalol, insumo utilizado pelas perfumarias. Esta espécie foi explorada durante décadas e, ainda assim, o conhecimento acerca da diversidade genética intra-específica é muito restrito. Foram objetivos deste trabalho: 1) validar um protocolo para coleta de folhas de pau-rosa que permitisse preservar a integridade do DNA até a estocagem em "freezer"; 2) selecionar um protocolo para extração de DNA em quantidade e qualidade adequadas para geração de bandas RAPD e 3) desenvolver um critério para avaliar o grau de reprodutibilidade que pudesse auxiliar a seleção de bandas RAPD úteis para análises de diversidade genética. Imediatamente após a coleta, as folhas foram acondicionadas em tubos de polietileno com sílica gel e aí permaneceram por até 10 dias. Foram testados três protocolos para a extração de ácidos nucléicos destas folhas, condições ideais para as PCR e a reprodutibilidade dos padrões RAPD. Critérios para a eliminação das bandas que mais contribuíram para o afastamento dos resultados do ideal da reprodutibilidade total foram desenvolvidos e a significância estatística das diferenças geradas pela aplicação dos critérios ao conjunto de dados foi testada. DNA com qualidade e em quantidade suficiente para a geração de padrões RAPD, nas condições ideais definidas para as PCRs, foi obtido. A eliminação de bandas com reprodutibilidade menor que 70% não diferiu do controle. A eliminação de bandas com reprodutibilidade menor que 90% diferiu dos demais tratamentos em todos os arranjos testados (P < 5%).