A new geological model of Cenozoic New Zealand suggests a complex phylogeographic history for New Zealand terrestrial taxa

The new model of North Island Cenozoic palaeogeography developed by Kamp et al. has a range of important implications for the evolution of New Zealand terrestrial taxa over the past 30 Ma. Key aspects include the prolonged isolation of the biota on the North Island landmass from the larger and more diverse greater South Island, and the founding of North Island taxa from the potentially unusual ecosystem of a small island around Northland. The prolonged period of isolation is expected to have generated deep phylogenetic splits within taxa present on both islands, and an important current aim should be to identify such signals in surviving endemics to start building a picture of the historical phylogeography, and inferred ecology of both islands through the Cenozoic. Given the potential differences in founding terrestrial species and climatic conditions, it seems likely that the ecology may have been very diferent between the North and South Islands. New genetic data from the 10 or so species of extinct moa suggest that the radiation of moa was much more recent than previously suggested, and reveals a complex pattern that is inferred to result from the interplay of the Cenozoic biogeography, marine barriers, and glacial cycles.

Wing shape as a potential discriminator of morphologically similar pest taxa within the Bactrocera dorsalis species complex (Diptera: Tephritidae)

Four morphologically cryptic species of the Bactrocera dorsalis fruit fly complex (B. dorsalis s.s., B. papayae, B. carambolae and B. philippinensis) are serious agricultural pests. As they are difficult to diagnose using traditional taxonomic techniques, we examined the potential for geometric morphometric analysis of wing size and shape to discriminate between them. Fifteen wing landmarks generated size and shape data for 245 specimens for subsequent comparisons among three geographically distinct samples of each species. Intraspecific wing size was significantly different within samples of B. carambolae and B. dorsalis s.s. but not within samples of B. papayae or B. philippinensis. Although B. papayae had the smallest wings (average centroid size=6.002 mm±0.061 SE) and B. dorsalis s.s. the largest (6.349 mm±0.066 SE), interspecific wing size comparisons were generally non-informative and incapable of discriminating species. Contrary to the wing size data, canonical variate analysis based on wing shape data discriminated all species with a relatively high degree of accuracy; individuals were correctly reassigned to their respective species on average 93.27% of the time. A single sample group of B. carambolae from locality 'TN Malaysia' was the only sample to be considerably different from its conspecific groups with regards to both wing size and wing shape. This sample was subsequently deemed to have been originally misidentified and likely represents an undescribed species. We demonstrate that geometric morphometric techniques analysing wing shape represent a promising approach for discriminating between morphologically cryptic taxa of the B. dorsalis species complex.

Genes and growth performance in crustacean species : a review of relevant genomic studies in crustaceans and other taxa

Global aquaculture has expanded rapidly to address the increasing demand for aquatic protein needs and an uncertain future for wild fisheries. To date, however, most farmed aquatic stocks are essentially wild and little is known about their genomes or the genes that affect important economic traits in culture. Biologists have recognized that recent technological advances including next generation sequencing (NGS) have opened up the possibility of generating genome wide sequence data sets rapidly from non-model organisms at a reasonable cost. In an era when virtually any study organism can 'go genomic', understanding gene function and genetic effects on expressed quantitative trait locus phenotypes will be fundamental to future knowledge development. Many factors can influence the individual growth rate in target species but of particular importance in agriculture and aquaculture will be the identification and characterization of the specific gene loci that contribute important phenotypic variation to growth because the information can be applied to speed up genetic improvement programmes and to increase productivity via marker-assisted selection (MAS). While currently there is only limited genomic information available for any crustacean species, a number of putative candidate genes have been identified or implicated in growth and muscle development in some species. In an effort to stimulate increased research on the identification of growth-related genes in crustacean species, here we review the available information on: (i) associations between genes and growth reported in crustaceans, (ii) growth-related genes involved with moulting, (iii) muscle development and degradation genes involved in moulting, and; (iv) correlations between DNA sequences that have confirmed growth trait effects in farmed animal species used in terrestrial agriculture and related sequences in crustacean species. The information in concert can provide a foundation for increasing the rate at which knowledge about key genes affecting growth traits in crustacean species is gained.

Reconciling folksonomic tagging with taxa for bioacoustic annotations

Acoustic sensors are increasingly used to monitor biodiversity. They can remain deployed in the environment for extended periods to passively and objectively record the sounds of the environment. The collected acoustic data must be analyzed to identify the presence of the sounds made by fauna in order to understand biodiversity. Citizen scientists play an important role in analyzing this data by annotating calls and identifying species. This paper presents our research into bioacoustic annotation techniques. It describes our work in defining a process for managing, creating, and using tags that are applied to our annotations. This paper includes a detailed description of our methodology for correcting and then linking our folksonomic tags to taxonomic data sources. Providing tools and processes for maintaining species naming consistency is critical to the success of a project designed to generate scientific data. We demonstrate that cleaning the folksonomic data and providing links to external taxonomic authorities enhances the scientific utility of the tagging efforts of citizen scientists.

Firmicutes dominate the bacterial taxa within sugar-cane processing plants

Sugar cane processing sites are characterised by high sugar/hemicellulose levels, available moisture and warm conditions, and are relatively unexplored unique microbial environments. The PhyloChip microarray was used to investigate bacterial diversity and community composition in three Australian sugar cane processing plants. These ecosystems were highly complex and dominated by four main Phyla, Firmicutes (the most dominant), followed by Proteobacteria, Bacteroidetes, and Chloroflexi. Significant variation (p , 0.05) in community structure occurred between samples collected from ‘floor dump sediment’, ‘cooling tower water’, and ‘bagasse leachate’. Many bacterial Classes contributed to these differences, however most were of low numerical abundance. Separation in community composition was also linked to Classes of Firmicutes, particularly Bacillales, Lactobacillales and Clostridiales, whose dominance is likely to be linked to their physiology as ‘lactic acid bacteria’, capable of fermenting the sugars present. This process may help displace other bacterial taxa, providing a competitive advantage for Firmicutes bacteria.

Genetic variation within two sympatric spotted gum eucalypts exceeds between taxa variation

Population substructure and hybridization, among other factors, have the potential to cause erroneous associations in linkage disequilibrium (LD) mapping. Two closely related spotted gum eucalypts, Corymbia variegata and C. henryi (Myrtaceae) occur in sympatry in the east coast of Australia and potentially interbreed. They are morphologically similar but are distinguished as separate species based on capsule and foliage size. To determine whether they hybridize in nature and its implications for LD mapping, we investigated the level of molecular divergence between the two species at two sympatric locations separated by 300 kilometres. Very few individuals of intermediate morphology were identified, despite the two species occurring only metres apart. Analysis of genetic structure using 12 microsatellite loci showed that genetic differentiation between populations of the same species at different locations (FST = 0.07 for both species; p = 0.0001) was significantly higher than that observed between species at each location (mean FST = 0.02 and 0.04 for Cherry tree and Bunyaville respectively; p = 0.0001; all Mann-Whitney U-test p ≤ 0.01). No species-specific alleles or significant allele frequency differences were detected within a site, suggesting recurrent local gene flow between the two species. The lack of significant allele frequency differences implies no population stratification along taxonomic lines. This suggested that there is little concern for cryptic hybridization when sampling from sites of sympatry for LD mapping.

Pyrrolizidine Alkaloids in Crotalaria Taxa from Northern Australia: Risk to Grazing Livestock.

Crotalaria species containing hepatotoxic pyrrolizidine alkaloids grow widely in pastures in northern Australia and have sporadically poisoned grazing livestock. The diverse Crotalaria taxa present in these pastures include varieties, subspecies, and chemotypes not previously chemically examined. This paper reports the pyrrolizidine alkaloid composition and content of 24 Crotalaria taxa from this region and assesses the risk of poisoning in livestock consuming them. Alkaloids present in C. goreensis, C. aridicola subsp. densifolia, and C. medicaginea var. neglecta lack the esterified 1,2-unsaturated functionality required for pyrrole adduct formation, and these taxa are not hepatotoxic. Taxa with high levels of hepatotoxic alkaloids, abundance, and biomass pose the greatest risk to livestock health, particularly C. novae-hollandiae subsp. novae-hollandiae, C. ramosissima, C. retusa var. retusa, and C. crispata. Other species containing moderate alkaloid levels, C. spectabilis and C. mitchellii, also pose significant risk when locally abundant.

Selecting hardwood taxa for wood and fibre production in Queensland's subtropics.

Optimal matching of species to sites is required for a sustainable hardwood plantation industry in the subtropics. This paper reports the performance and adaptation of 60 taxa (species, provenances and hybrids) across two rainfall zones and a range of soil types in southern Queensland. Specifically, performance of taxa is compared across five replicated taxon–site matching trials at age 6 y. Three trials are in a 1000-mm y–1 rainfall zone of the Wide Bay region near Miriam Vale and two in a drier (about 750 mm y–1) rainfall zone near Kingaroy in the South Burnett region. In the higher-rainfall zone, the taxa with the fastest growth in the three trials at age 6 y were Corymbia citriodora subsp. variegata Woondum provenance, which ranked 1st, 6th and 5th respectively; E. longirostrata Coominglah provenance, ranked 3rd, 2nd and 3rd; and two sources of E. grandis, Copperlode provenance (ranked 4th and 1st) and SAPPI seed orchard (ranked 6th and 4th), which were planted in only two of the three trials. Similarly, in the lower-rainfall zone, E. grandis and its hybrids appear promising from the 6-y growth data., This excellent early growth, however, has not continued in either rainfall zone, with these taxa, 8 y after planting, now showing signs of stress and mortality. Based on trial results in these two rainfall zones, the taxon that appears the most promising for sustainable plantation development with high average annual volume index values and low incidence of borer attack is Corymbia citriodora subsp. variegata (6.7 m³ ha–1). Eucalyptus grandis and E. longirostrata both have better average annual volume indexes (8.2 m³ ha–1 and 7.4 m³ ha–1 respectively) but are very susceptible to borer attack. The current and long-term productivity and sustainability of plantation forestry in these rainfall zones is discussed. Further, the implications of predicted climate change (particularly reduced rainfall) for growing trees for fibre production and carbon sequestration are explored.

DNA sequences and austral taxa indicate generic synonymy of Paratrichocladius Santos-Abreu with Cricotopus Wulp (Diptera: Chironomidae)

In the century since the description of the orthoclad genus Paratrichocladius Santos-Abreu (Diptera: Chironomidae), separation in any life stage from the cosmopolitan, diverse Cricotopus Wulp has been problematic. Molecular analysis reveals the presence of two species in Australia that conform in morphology to Paratrichocladius and which form a well-supported clade including Paratrichocladius micans (Kieffer) from Africa and a distinct southern African larva. This clade clusters with taxa allied with Cricotopus albitibia (Walker), in turn nested within all other sampled Australian Cricotopus. Relevant nodes strongly support Cricotopus as nonmonophyletic without inclusion of Paratrichocladius. We synonymize Paratrichocladius with Cricotopus syn.n, treating Paratrichocladius as a subgenus. Cricotopus (Paratrichocladius) australiensis Cranston sp.n. is described for Trichocladius pluriserialis Freeman from Australia, which is not the same species under that name in New Zealand. Cricotopus (Paratrichocladius) bifenestrus Cranston sp.n. from Australia is described, also in all life stages. The many new combinations, listed in an Appendix, include three replacement names for new secondary homonyms, namely: Cricotopus (Paratrichocladius) sinobicinctus Cranston & Krosch nom.n. for Paratrichocladius bicinctus Fu, Sæther & Wang, Cricotopus draysoni Cranston & Krosch nom.n. for Cricotopus brevicornis Drayson, Krosch & Cranston, and Cricotopus (Paratrichocladius) sikhotealinus Makarchenko & Makarchenko nom.n. for Cricotopus orientalis Kieffer. We conclude with comments on wider issues in the taxonomy of Paratrichocladius, especially concerning New Zealand species.

Phalangopsidae crickets from the Indian Region (Orthoptera, Grylloidea), with the descriptions of new taxa, diagnoses for genera, and a key to Indian genera

The Indian region is presently the second region after the Neotropics in terms of diversity of phalangopsid crickets. Yet their study is impeded by the lack of necessary taxonomic tools for taxon identification. In the present paper, all generic diagnoses are clarified, using morphological and genitalic characters; female genitalia are described and illustrated for all genera with known females. New taxa are described from southern India: Kempiola flavipunctatus Desutter-Grandcolas n. sp., Opiliosina meridionalis Desutter-Grandcolas n. gen., n. sp., Phalangopsina bolivari Desutter-Grandcolas n. sp., P. chopardi Desutter-Grandcolas n. sp., P. gravelyi Desutter-Grandcolas n. sp., and Speluncasina Desutter-Grandcolas n. gen. The list of phalangopsid crickets from the Indian Region is updated, and a key to phalangopsid genera proposed. A lectotype and a paralectotype are designated to fix the name of Phalangopsina dubia (Bolivar, 1900). Opilionacris annandalei Chopard, 1928, previously transferred to the African genus Phaeophilacris Walker, 1871, is transferred to the genus Speluncasina Desutter-Grandcolas n. gen., while Larandopsis jharnae Bhowmik, 1981 and L. newguineae Bhowmik, 1981 described from New Guinea are transferred to the eneopterine genus Lebinthus Stal, 1877. Finally Luzaropsis confusa Chopard, 1969 is removed from its synonymy with L. ferruginea Walker, 1871.

Estudio sobre comercialización y consumo de carne de pollo en la zona urbana del municipio de Masaya

El presente trabajo se realizó en la zona urbana del Municipio de Masaya, entre los meses de Agosto y Noviembre de 1998, con el objetivo de caracterizar los canales de comercialización de la carne de pollo, así como también los factores que afecten el consumo de , El estudio se basó en el análisis de 148 encuestas sobre consumo de carne de pollo, realizadas a la población consumidora así como también entrevistas semi estructuradas a agentes la cadena de intermediación. Se utilizó el método de mínimos cuadrados para analizar el efecto sobre el consumo de carne de pollo de las variables propio precio, precio de sustitutos y el ingreso percapita. Además se realizó el cálculo de las respectivas elasticidades. Para el análisis se utilizó una serie de tiempo que comprende el periodo 1992-1998. Los productos avícolas se venden en 3 presentaciones: pollo de engorde (entero congelado y cortado en pieza), ponedoras de descarte y gallinas de patio. La oferta de pollo de engorde obedece un mercado oligopólico con características de monopolio, con un sistema de comercialización centralizado. El margen bruto de comercialización de la carne de pollo de engorde varía de acuerdo al tipo de presentación oscilando entre el 29 - 30 % del valor pagado por el consumidor. Así mismo el margen bruto de comercialización para las ponedoras de descarte oscila entre 18- 22%. Los precios de la carne de pollo varían de acuerdo a la forma en que se presente la canal y al tipo de establecimiento donde se oferta dicho producto (1O -12 córdobas por libra). Con respecto a otros tipos de carne, el pollo presenta un precio relativo menor. El consumo per cápita en la zona es de 28 libras por persona por año; siendo mayor ellos estratos de ingreso más alto, pero se consume aún en los estratos de ingresos más bajos. El incremento del precio del pollo tiende a reducir la demanda. Las preferencias del consumidor son hacia un pollo con poco contenido de grasa y de textura blanda pero no flácida. El 85% de la población consume pollo de engorde principalmente en la presentación de pollo cortado en pieza. La elasticidad precio resultó altamente elástica siendo esta de 2.72. La elasticidad cruzada de cante de pollo con carne de res resultó de 0.84 la cual demuestra que la carne de pollo alcanza ser un sustituto de la carne de res, así mismo la elasticidad ingreso es de -1.33 lo que indica que el pollo es un bien normal básico.

Efecto de diferentes niveles de Moringa oleifera en la alimentación de vacas lecheras criollas sobre el consumo, producción y composición de la leche

El presente estudio se realizó en la finca "Santa Rosa" propiedad de la Universidad Nacional Agraria, localizada geográficamente a los 12°08'15" latitud Norte y a los 86°09'36" longitud Este, en el departamento de Managua, en los meses de mayo a agosto del 2003, con el objetivo de evaluar el efecto de diferentes niveles de Moringa oleífera en la ración de vacas lecheras criollas sobre el consumo, producción y composición de la leche. Se utilizaron 6 vacas de la raza Reyna con un peso promedio de 387 ± 48 kg entre la 2 y 3 lactancia, las que fueron pesadas, desparasitadas, vitaminadas y alojadas individualmente. El diseño experimental utilizado fue un Doble Cuadrado Latino 3 x 3. Cada período experimental tuvo una duración de 5 semanas de las cuales las 3 primeras semanas eran de adaptación a los tratamientos y las otras 2 semanas de evaluación y recolección de datos. Los tratamientos evaluados fueron: Tl (Heno de Brachiaria brizantha + melaza+ 3 kg MS Moringa oleífera), T2 (Heno de Brachiaria brizantha +melaza+ 2 kg MS Moringa oleífera) y T3 (Heno de Brachiaria brizantha + melaza). Las variables estudiadas fueron: consumo de MS, producción de leche, % de grasa, % de proteína y % de sólidos totales en la leche, así como sus características organolépticas (color, sabor y olor). Se realizó análisis de varianza y comparaciones de medias con la Prueba de Tukey utilizando MINITAB, versión 12.0. Los resultados en el análisis de varianza (P<0,05) mostraron que el mayor consumo y la mayor producción de leche se obtiene con el T1 (6.71 kgMS/vaca/día y 3.09 kg de leche/vaca/día) el que difiere estadísticamente (P< 0.01) del T3 (3.27 kgMS/vaca/día y 1.80 kg de leche/vaca/día) pero no difiere significativamente (P> 0.05) del T2 (5.78 kgMS /vaca/día y 2.83 kg de leche/vaca/día). No se encontró efecto significativo de los tratamientos sobre la composición química de la leche (% de grasa, % de proteína y % de sólidos totales) y sus características organolépticas (olor, sabor, color).

Diagnóstico sobre la implementación de las Buenas Prácticas Avícolas (BPA) en pequeños y medianos productores de huevos de consumo, en los departamentos de Masaya, Managua y Chinandega

En este estudio se realizó un diagnóstico sobre la implementación de las buenas prácticas avícolas (BPA) en pequeños y medianos productores de huevos de consumo, en los departamentos de Masaya, Managua y Chinandega, en el periodo comprendido de febrero del 2011 a Febrero del 2012. Se seleccionó la muestra de acuerdo a los siguientes criterios: Ubicación de las granjas avícolas, anuencia de la gerencia para participar en el estudio, avicultores líderes en su zona, productores con diez años de ser productores de huevos de consumo. Se encuestaron 20 granjas que corresponden al 33.89% del total de granjas en los tres departamentos. El tipo de preguntas en la encuesta fue de tipo cerrada con 7 componentes de BPA (personal; instalaciones; bioseguridad; suministro de agua y alimento; control de plagas; registros; medio ambiente). Los datos se procesaron y analizaron en Excel ® 2007. El nivel de cumplimiento se expresó a través de gráficos de barras verticales comparativos porcentualmente, con la finalidad de determinar las BPA de mayor y menor aplicación en los departamentos bajo estudio. Respecto a las BPA de mayor y menor aplicación en los tres departamentos, los componentes de mayor aplicación fueron: instalaciones; bioseguridad; registros; suministro de agua y alimentos. Los registros obtuvieron el mayor valor de cumplimiento con 93.75%. En cuanto al Porcentaje de aplicación de BPA por departamento, Chinandega presentó las más altas aplicaciones en los componentes: Personal (87.50%), Instalaciones (100%), Bioseguridad (100%), Control de plagas (64.29%), Medio Ambiente (75%) y Suministro de agua y alimento (94.44%), por su parte de manera global, Masaya mostró la mayor aplicación en el componente Registros con 96.15%.

Evaluación de nuevas variedades de tomate de consumo fresco (Lycopersicon esculentum Mill) en el Valle de Sébaco, Matagalpa

El trabajo se realizó en el periodo comprendido entre Julio y Octubre de 1995, en 1 a Estación Experimental "Raúl González" del Valle de Sebaco, Matagalpa. Se evaluaron nueve cultivares de tomate Lycopersicon esculentum MIJI), para consumo fresco, con el objetivo de comparar los resultados en cuanto a crecimiento, desarrollo y rendimiento. El ANDEVA realizado a los cultivares evaluados demostró que la mayoría de las variables medidas,diferenciaron a las distintas variedades estudiadas. En cuanto a floración y fructificación la mayor precocidad la presentaron los cultivares Topacio a los 19 y 25 días después del trasplante (ddt) y MTT-019 a los 20 y 27 ddt. Respecto a los rendimientos comerciales, el cultivar MTT-019 produjo los más altos valores con 9546 kg/ha, además mostro el mayor rendimiento total con 19764 kg/ha; las mayores pérdidas las presentó el cultivar Caribe con 72% respecto al rendimiento total. La matriz de correlación realizado, se obtuvo relación desde el punto de vista fenotípico entre los caracteres altura de planta con diámetro del tallo, número de racimos, número de Jóculos y grosor del mesocarpio; también se presentaron correlaciones positivas y altamente significativas entre el número de lóculos y los caracteres grosor del mesocarpio, diámetro polar y diámetro ecuatorial. La correlación entre los componentes del rendimiento mostró correlaciones positivas entre el rendimiento total y los caracteres número de plantas cosechadas, números de frutos sanos, numero de frutos desechados, rendimiento comercial, número total de frutos cosechados, pérdidas y número de racimos.

Análisis de riesgos de plagas de problemas fitosanitarios en la importación a Nicaragua de cebolla (Allium cepa L.) para consumo, procedente de Estados Unidos

El presente estudio de Análisis de Riesgos de Plagas fue realizado en Managua. durante los meses de Noviembre-98 a Noviembre-99 y se basó en una recopilación bibliográfica de plagas con el objeto de proporcionar elementos técnicos a Cuarentena Vegetal. para la toma de decisiones y la aplicación de medidas fitosanitarias en la importación a Nicaragua de bulbos de cebolla para consumo procedentes de Estados Unidos. La información fue obtenida de Bases de datos Internacionales de Plagas. Centros de Documentación. Organismos Internacionales. consulta a especialistas en Fitoprotección listados de plagas presentes en los cultivos de Nicaragua y búsquedas en Internet. Se obtuvo un listado de 16 plagas asociadas al cultivo de cebolla presentes en Estados Unidos (Ver listado de plagas en Anexos 1) y fueron analizadas las plagas cuarentenarias para Nicaragua. Después de revisar la información obtenida de cada una de las plagas se descartaron del análisis aquellas plagas que no presentaban posibilidades de sobrevivir a las condiciones ambientales del país debido a su biología y comportamiento y porque no se reportaban causando daños en Estados Unidos al cultivo de cebolla (Allium cepa L.). A las plagas que si se les considero como posibles plagas cuarentenarias para Nicaragua y que pueden causar grandes daños al país si llegaran a introducirse son: Dvtilenchus dipsaci. Urocystis cepulae, Botryotinia squamosa, Puccinia allii, Onoin yellow dwarf potivirus y Saccharum .spontaneum. Para desarrollar este estudio se utilizó la Norma Centroamericana para Análisis de Riesgo de Plagas del OIRSA; A las plagas seleccionadas se les evaluó el riesgo de introducción, establecimiento y dispersión; además se determinaron las medidas de manejo del Riesgo de Plagas (Medidas Fitosanitarias). De todas las plagas analizadas el nematodo Ditylenchus dipsaci es la especie que presento el mayor riesgo fitosanitario. Por lo tanto las medidas para evitar su introducción fueron entre otras: Verificación en origen para constatar la ausencia de la plaga y reconocimiento de zonas libres. Como una medida preventiva al ingresar el producto (bulbo de cebolla) aplicar un tratamiento con Bromuro de Metilo en dosis de 32 gr/m3 durante dos horas de exposición y a temperatura de 32-35ºc (Alas, 1990). El bulbo de cebolla para consumo que se importa de Estados Unidos debe de venir amparado con un Certificado Fitosanitario Internacional que lo emite el país exportador. Si se encuentran evidencias de que el nematodo viene en el cargamento proceder a aplicar las medidas fitosanitarias indicadas como es la destrucción del cargamento o regresar el cargamento al país de origen para evitar la introducción de una nueva plaga al país.