Évolution à fine échelle des sites d'épissage des introns dans les gènes des oomycètes

Les introns sont des portions de gènes transcrites dans l’ARN messager, mais retirées pendant l’épissage avant la synthèse des produits du gène. Chez les eucaryotes, on rencontre les introns splicéosomaux, qui sont retirés de l’ARN messager par des splicéosomes. Les introns permettent plusieurs processus importants, tels que l'épissage alternatif, la dégradation des ARNs messagers non-sens, et l'encodage d'ARNs fonctionnels. Leurs rôles nous interrogent sur l'influence de la sélection naturelle sur leur évolution. Nous nous intéressons aux mutations qui peuvent modifier les produits d'un gène en changeant les sites d'épissage des introns. Ces mutations peuvent influencer le fonctionnement d'un organisme, et constituent donc un sujet d'étude intéressant, mais il n'existe actuellement pas de logiciels permettant de les étudier convenablement. Le but de notre projet était donc de concevoir une méthode pour détecter et analyser les changements des sites d'épissage des introns splicéosomaux. Nous avons finalement développé une méthode qui repère les évènements évolutifs qui affectent les introns splicéosomaux dans un jeu d'espèces données. La méthode a été exécutée sur un ensemble d'espèces d'oomycètes. Plusieurs évènements détectés ont changé les sites d’épissage et les protéines, mais de nombreux évènements trouvés ont modifié les introns sans affecter les produits des gènes. Il manque à notre méthode une étape finale d'analyse approfondie des données récoltées. Cependant, la méthode actuelle est facilement reproductible et automatise l'analyse des génomes pour la détection des évènements. Les fichiers produits peuvent ensuite être analysés dans chaque étude pour répondre à des questions spécifiques.

Le Sénat canadien : réforme ou abolition ?

Éditorial du 17 décembre 2014

Impacts de l'urbanisation sur la diversité spécifique et fonctionnelle dans les forêts riveraines

L'urbanisation représente une menace majeure pour la biodiversité. Ce mémoire de maîtrise vise à comprendre ses effets sur la composition fonctionnelle et l'homogénéisation biotique dans les forêts riveraines. Des inventaires floristiques ont été réalisés dans 57 forêts riveraines de la région de Montréal. Afin d'étudier la variation de la composition fonctionnelle avec l'urbanisation, des moyennes pondérées de traits par communauté ont été calculées pour les arbres, arbustes et herbacées. Chaque forêt a été caractérisée par des variables relatives au paysage urbain environnant, aux conditions locales des forêts et aux processus spatiaux. Les conditions locales, notamment les inondations, exerçaient une pression de sélection dominante sur les traits. L'effet du paysage était indirect, agissant via l'altération des régimes hydrologiques. La dispersion le long des rivières était aussi un processus important dans la structuration des forêts riveraines. Les changements dans la diversité β taxonomique et fonctionnelle des herbacées ont été étudiés entre trois niveaux d'urbanisation et d'inondation. Alors que l'urbanisation a favorisé une différenciation taxonomique, les inondations ont favorisé une homogénéisation taxonomique, sans influencer la diversité β fonctionnelle. L'urbanisation était l'élément déclencheur des changements de la diversité β, directement, en causant un gain en espèces exotiques et une diminution de la richesse totale dans les forêts très urbanisées, et, indirectement, en entraînant un important turnover d'espèces par l'altération des régimes hydrologiques. Globalement, ces résultats suggèrent que la modification des processus naturels par les activités anthropiques est le principal moteur de changements dans les communautés riveraines urbaines.

Évaluation du rôle des caractéristiques personnelles des enquêteurs policiers sur la conduite d'entrevues d’enquête auprès d’enfants victimes d’agression sexuelle

Depuis les années 1990, de nombreuses recherches ont porté sur le dévoilement de l’agression sexuelle chez l’enfant et sur les caractéristiques y étant associées. Outre les facteurs liés à l’enfant et au contexte, le type de questions utilisé par l’intervieweur (notamment les invitations et les questions ouvertes) est une variable déterminante pour le dévoilement de l’enfant et la quantité de détails qui sera fournie entourant l’agression sexuelle. Bien que plusieurs enquêteurs reçoivent une formation sur l’utilisation des questions ouvertes dans les entrevues avec les enfants, peu d’entre eux utilisent un style de question approprié une fois sur le terrain. L’objectif de cette recherche vise à déterminer si certaines caractéristiques personnelles des enquêteurs sont associées à leur adhésion à un protocole d’entrevue structuré pour lequel ils ont été formés, à l’utilisation de questions ouvertes dans des entrevues d’enquête auprès d’enfants soupçonnés d’avoir vécu une agression sexuelle et à la quantité de détails dévoilés par l’enfant lors de ces entrevues. Deux études ont été menées pour répondre à cette question. La première étude a été effectuée à l'École nationale de police du Québec auprès de 24 enquêteurs de police ayant suivi une formation d'une semaine visant l’apprentissage du protocole d’entrevue structuré du National Institute of Child Health and Human Development (NICHD). Le genre féminin, les habiletés cognitives et le trait de personnalité Ouverture à l’expérience sont trois caractéristiques personnelles qui ont été reliées positivement à la performance des enquêteurs lors d’une entrevue simulée avec un comédien jouant le rôle d’un enfant victime d’agression sexuelle, tandis que le nombre d’années d’expérience et la capacité de gestion du stress de ces enquêteurs ont montré une relation négative avec cette performance. Dans la seconde étude effectuée sur le terrain auprès de 13 enquêteurs du Service de police de la Ville de Montréal, 114 entrevues conduites auprès d’enfants ayant dévoilé une agression sexuelle ont été recueillies et cotées pour mesurer l’adhésion au protocole d’entrevue du NICHD, le ratio de questions ouvertes et la quantité de détails dévoilés par l’enfant par question posée par l’enquêteur. L’intelligence émotionnelle et les traits de personnalité Extraversion, Esprit consciencieux et Agréabilité ont été trouvés comme des caractéristiques personnelles positivement associées à l’adhésion au protocole d’entrevue et à l’utilisation de questions ouvertes, tandis que le nombre d’années d’expérience et le trait de personnalité Névrosisme ont été négativement associés à ces deux critères de performance. Le niveau d’habiletés cognitives des enquêteurs a quant à lui montré une association positive avec la quantité de détails dévoilés par l’enfant. La signification et l’interprétation de ces résultats, de même que les implications potentielles pour la sélection et la formation des enquêteurs sont finalement discutées.

Amino acid substitutions in σ1 and μ1 outer capsid proteins are selected during mammalian reovirus adaptation to Vero cells

Establishment of viral persistence in cell culture has previously led to the selection of mammalian reovirus mutants, although very few of those have been characterized in details. In the present study, reovirus was adapted to Vero cells that, in contrast to classically-used L929 cells, are inefficient in supporting the early steps of reovirus uncoating and are also unable to produce interferon as an antiviral response once infection occurs. The Vero cell-adapted reovirus exhibits amino acids substitutions in both the σ1 and μ1 proteins. This contrasts with uncoating mutants from persistently-infected L929 cells, and various other cell types, that generally harbor amino acids substitutions in the σ3 outer capsid protein. The Vero cell-adapted virus remained sensitive to an inhibitor of lysosomal proteases; furthermore, in the absence of selective pressure for its maintenance, t he virus has partially lost its ability to resist interferon. The positions of the amino acids substitutions on the known protein structures suggest an effect on binding of the viral σ1 protein to the cell surface and on μ1 disassembly from the outer capsid.

Amino acids substitutions in σ1 and μ1 outer capsid proteins of a Vero cell-adapted mammalian orthoreovirus are required for optimal virus binding and disassembly

In a recent study, the serotype 3 Dearing strain of mammalian orthoreovirus was adapted to Vero cells; cells that exhibit a limited ability to support the early steps of reovirus uncoating and are unable to produce interferon as an antiviral response upon infection. The Vero cell-adapted virus (VeroAV) exhibits amino acids substitutions in both the σ1 and μ1 outer capsid proteins but no changes in the σ3 protein. Accordingly, the virus was shown not to behave as a classical uncoating mutant. In the present study, an increased ability of the virus to bind at the Vero cell surface was observed and is likely associated with an increased ability to bind onto cell-surface sialic acid residues. In addition, the kinetics of μ1 disassembly from the virions appears to be altered. The plasmid-based reverse genetics approach confirmed the importance of σ1 amino acids substitutions in VeroAV's ability to efficiently infect Vero cells, although μ1 co-adaptation appears necessary to optimize viral infection. This approach of combining in vitro selection of reoviruses with reverse genetics to identify pertinent amino acids substitutions appears promising in the context of eventual reovirus modification to increase its potential as an oncolytic virus.

Une approche moléculaire pour mieux comprendre l'infertilité chez la vache laitière

Au cours des dernières années, une sélection génétique importante a été faite pour améliorer la production de lait des bovins, ceci au détriment des performances reproductives. Cette diminution de performance n’a cependant pas été rapportée chez la génisse présentant un même potentiel génétique. Cette immense production de lait et les changements métaboliques qui l’accompagnent ont donc un impact négatif sur l’efficacité reproductive des vaches laitières qui subissent un stress métabolique supérieur à celui des génisses. Le but de l’étude était d’acquérir une meilleure connaissance des différences moléculaires et métaboliques entre ces deux groupes d’animaux pour amener à une meilleure compréhension de la pathogenèse de l’infertilité chez la vache laitière. Pour ce faire, les vagues folliculaires de vaches en lactation (30-50 jours en lait; N = 12) et de génisses (N = 10) ont été synchronisées par ablation écho guidée des follicules et par traitement hormonal avec injection de prostaglandine et insertion d’un implant de progestérone. L’aspiration du liquide folliculaire et des cellules de la granulosa du follicule dominant a été faite au jour 6. Les paramètres métaboliques mesurés chez les animaux à partir de prises de sang, faites au jour 6, confirment un plus grand stress métabolique chez la vache, les niveaux de BHBA, acides biliaires et cholestérol étant plus élevés et le niveau de glucose plus bas chez celles-ci. Un total de six échantillons a été utilisé pour le séquençage d’ARN et des analyses bio-informatiques ont été effectuées. Plusieurs gènes et voies de signalisation ont présenté des différences entre les deux groupes d’animaux incluant le cycle cellulaire et la production d’hormones. Une confirmation des résultats par PCR en temps réel a été faite, mais la grande variation intragroupe a nui à l’obtention de résultats significatifs. Conjointement, une culture primaire de cellules de la granulosa a été réalisée pour évaluer l’effet des acides biliaires sur la stéroïdogenèse suite à la détection d’une plus grande quantité de ceux-ci chez la vache laitière. La présence d’acide biliaire dans la culture cellulaire cause une diminution de l’accumulation d’estradiol ainsi que de l’expression des gènes CYP19A1 et CYP11A1. Les résultats présentés dans ce mémoire indiquent une différence potentielle au niveau métabolique et moléculaire des follicules dominants entre la vache laitière et la génisse pouvant avoir une responsabilité dans la diminution de l’efficacité reproductive observée chez la vache laitière.

L'incidence de l'alternance des taches sur les processus de l'attention : indices électrophysiologiques chez l'humain.

Connue pour augmenter les temps de réponse et les erreurs, l’alternance des tâches est considérée par les industriels comme un point de friction humain depuis plusieurs décennies. Pourtant malgré l’important nombre d’études sur l’alternance des tâches, peu s'intéressent à l'électrophysiologie humaine et au déploiement de l’attention visuospatiale. Le travail qui suit décrit notre incursion destinée à approfondir les connaissances autant sur les paradigmes d’alternance de tâche que les composantes électrophysiologiques typiquement reliées au déploiement de l’attention visuospatiale telles la N2pc ou la Ppc récemment décrite par Corriveau et al. (2012). Afin d’examiner les modulations des composantes électrophysiologiques sus nommées en fonction des coûts d’alternance, un paradigme d’alternance des tâches regroupant des blocs mixtes (avec alternance) et des blocs purs (sans alternance) a été utilisé. Les résultats démontrent un impact du coût d’alternance sur la latence de la N2pc, ce qui reflète comme attendu d’un processus de contrôle cognitif descendant sur la sélection attentionnelle visospatiale. De manière plus surprenante, des modulations de Ppc ont été observées, tandis que cette composante était jusqu’alors comprise comme une composante principalement reliée à une activité ascendante de bas niveau de traitement. Cette modulation de Ppc suggère l'existence d’un autre mécanisme de modulation attentionnelle antérieur à la N2pc.

L'ADN: dans l'enquête et au tribunal - Étude de cas du tueur en série Robert William Pickton

Travail dirigé présenté à la Faculté des Études supérieures en vue de l’obtention du grade de Maîtrise en Criminologie, option Criminalistique et informations

La Geografia i l'estudi dels boscos a Espanya

This article makes a revision of the most eminent contributions in Geography in relation to the forest study, starting with principal Spanish geographical journals, congress transactions and other bibliography about forest questions. A selection of the most eminent bibliography has been made paying special attention to three main subjects: forest and forest science history, forest and landscape description, and forest management

Essais de terminologie de la nouvelle muséologie sociale, libérons le concept

ous présenterons en premier lieu la nomenclature du processus expositionnel, puis, en second lieu, une sélection de termes de la muséologie propre ou de termes associés qualifiant la muséologie sociale. Certains parleront de détournement. Nous préférons mettre au compte de l’enrichissement de l’expérience muséologique une terminologie qui puisse faire corps avec celle-ci, exprimant sa formulation comme son esprit. Il est à souhaiter que l’ensemble de la muséologie en tienne compte, favorisant les passages entre les orientations idéologiques.

Diviser, choisir et condenser: rubriques et illustrations du règne d'Uter et Pandragon dans le Merlin de Robert de Boron

La sélection opérée par les rubriques et les enluminures, formes contraintes qui échappent dans une certaine mesure à la linéarité du développement textuel, détermine la réception de l'œuvre. Les manuscrits comprenant des miniatures synthétiques (comme celles qui représentent l'enfance de Merlin) ou des séries iconographiques (comme celles qui rendent compte des amours d'Uterpandragon et Ygerne et de leurs conséquences) présentent donc un caractère exceptionnel, orientant la lecture du texte et son interprétation.

Orientação educacional no Brasil

Este trabalho pretende mostrar as funções exerci das pela Orientação Educacional junto ao Sistema de Ensino Brasileiro, a partir da análise de sua gênese e institucio nalização. Como prática oriunda das sociedades industriais vol tadas para a organização da vida social em torno da eficiên cia da produção, a Orientação Educacional - que surge como orientação Profissional - nasceu para atender à demanda das empresas capitalistas. Sua integração à ação escolar agora como Orientação Educacional e/ou Orientação Vocacional - tem objetivado a racionalização dos meios de asseg~ rar a adequação das estruturas de educação à estrutura so cial. Deixando de levar em conta, na discussão de sua problemática, a divisão social do trabalho, a dominação e exploração econômica, portanto, a Orientação Educacionalno Brasil vem produzindo um discurso ideológico calcado na "li berdade de escolha" do indivIduo, conforme suas potencialidades, aptidões e interesses. Na realidade, as funções da Orientação Educacional brasileira tem validado e reforçado os mecanismos de seleção e exclusão existentes ao longo do processo educacional, sempre em conexão com a posição de classe dos alunos. Constitui-se, portanto, um dos mecanismos de normalização de condutas, aspirações e expectativas do indivíduo, tendo em vista o seu ajustamento, sem confli tos, à ordem estabelecida.

Repetência: um estudo qualitativo dos fatores infra-escolares

Esta pesquisa, intitulada "Repetência: um estudo qualitativo dos fatores intra-escolares", tem como objetivo analisar a repetência na 1ª série do 1º grau em duas Escolas Públicas de Goiânia, partindo de um estudo qualitativo. Duas preocupações sustentaram o presente trabalho: a primeira foi o estudo em si da repetência na lª série do 1º grau, englobando não só a fundamentação teórica corno o desenvolvimento e análise dos dados identificados; a segunda foi a metodologia utilizada construída a partir das próprias necessidades da investigação. Em síntese, os dados levaram-nos a concluir que a repetência não é um fator isolado. pelo contrário ela configura todo um quadro sócio. econômico, político, histórico, filosófico e pedagógico. Os números de repetência no quadro do movimento escolar caracterizam a improdutividade do sistema e da própria Escola goiana, pois, confirmam o fracasso e denunciam a seletividade implícita. A análise da conduta das Escolas pesquisadas (nível micro da pesquisa) permite-nos concluir que a qualidade do fazer pedagógico de cada uma precisa ser revisada porque elas não sabem lidar com os fatores intra-escolares de forma competente. Em ambas as Escolas o administrativo e o pedagógico nao se integram, aparecendo o pedagógico como atividade meio que reforça o administrativo, ficando a questão acadêmica subestimada e a finalidade da educação restrita ao cumprimento de normas a leis. A par da anilise crítica que este trabalho realizou da repetência especificamente, da Escola e do sistema como um todo, as conclusões situaram-se nos compromissos da escola com o aluno e na explicitação das relações Escola-sociedade pelo caminho do entendimento da especificidade autonomia e competência da Instituição-Escola.

Aspects de la syntaxe, de la semantique et de la morphologie des verbes a trait de /complexite/

Cette dissertation porte sur l’analyse syntactico-sémantique des verbes à trait de complexité. Le trait de complexité (Blanche-Benveniste et al. 1984) réunit une classe de verbes connue comme verbes ‘symétriques’, ‘réciproques’ ou ‘collectifs’ sans toutefois se limiter à ces ensembles (cf. grouiller, collectionner, amonceler, scinder, etc.). Ce trait induit une lecture ‘plurielle’ à l’entité formée du lexème verbal et de ses arguments et qui se traduit, sur le plan morphosyntaxique, par deux propriétés: sélection obligatoire d’une position syntaxique (sujet ou objet) au pluriel; en absence de ce pluriel morphologique, le trait de complexité se réalise par la sélection d’un complément prépositionnel correlié à une position syntaxique (sujet ou objet) et l’interprétation de ‘pluriel’ des deux éléments correliés. L’hypothèse générale, et point de départ de cette dissertation, consiste à préciser l’interprétation de ‘pluralité inhérente’ des verbes à trait de complexité comme étant de type ‘collectif’, défini comme désignant du ‘plus d’un en un’ (Jespersen, 1971). La notion de ‘collectif’ est à distinguer de la notion de ‘pluriel’ (Gillon, 1992) et permet d’expliquer le lien entre les deux propriétés morphosyntaxiques présentées. Cette hypothèse générale s’appuie sur la sélection d’un ensemble d’outils d’analyse. Un premier outil vise à rendre compte, du point de vue formel, des réseaux syntactico-sémantiques, par une représentation abstraite de la syntaxe verbale, conçue comme une ‘syntaxe de position’ et où sont délimitées, autour du noyau verbal, deux zones syntaxiques (zone SUJET et zone OBJET) constituées de points d’ancrage du trait de complexité. En tenant compte de la spécificité du ‘collectif’ par rapport à la ‘pluralité’, le recours au concept d’opérateurs de complexité, entendus comme des opérateurs du trait [+discret] (Doetjes, 1999), permet de mieux définir la notion du ‘collectif’ appliquée au domaine verbal. Les différents opérateurs – affixes dérivationnels, constructions prépositionnelles, constructions en SE - se situent à différents niveaux de structuration. L’analyse par ‘opérateurs de complexité’ ([+discret]) présuppose également la prise en compte de la fonction quantitative. Dans cette perspective, ces opérateurs induisent différents degrés de l‘individuation’ des constituants du ‘collectif’ dénoté par la sémantique des verbes à trait de complexité. Les échelles de gradation de [+discret] rendent compte de cette propriété. Les valeurs de ‘plus d’un’ et ‘en un’ dénotées par les expressions verbales à trait de complexité sont interprétées comme faisant partie d’une structure conceptuelle de type ‘tout-intégré’ d’après l’approche lexicale et multidimensionnelle de la sémantique conceptuelle des relations parties/tout de Moltmann (1997).