949 resultados para topological equivalence of attractors


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Type systems for secure information flow aim to prevent a program from leaking information from H (high) to L (low) variables. Traditionally, bisimulation has been the prevalent technique for proving the soundness of such systems. This work introduces a new proof technique based on stripping and fast simulation, and shows that it can be applied in a number of cases where bisimulation fails. We present a progressive development of this technique over a representative sample of languages including a simple imperative language (core theory), a multiprocessing nondeterministic language, a probabilistic language, and a language with cryptographic primitives. In the core theory we illustrate the key concepts of this technique in a basic setting. A fast low simulation in the context of transition systems is a binary relation where simulating states can match the moves of simulated states while maintaining the equivalence of low variables; stripping is a function that removes high commands from programs. We show that we can prove secure information flow by arguing that the stripping relation is a fast low simulation. We then extend the core theory to an abstract distributed language under a nondeterministic scheduler. Next, we extend to a probabilistic language with a random assignment command; we generalize fast simulation to the setting of discrete time Markov Chains, and prove approximate probabilistic noninterference. Finally, we introduce cryptographic primitives into the probabilistic language and prove computational noninterference, provided that the underling encryption scheme is secure.

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We study the algebraic and topological genericity of certain subsets of locally recurrent functions, obtaining (among other results) algebrability and spaceability within these classes.

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We study the algebraic and topological genericity of certain subsets of locally recurrent functions, obtaining (among other results) algebrability and spaceability within these classes.

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Nucleic Acid hairpins have been a subject of study for the last four decades. They are composed of single strand that is

hybridized to itself, and the central section forming an unhybridized loop. In nature, they stabilize single stranded RNA, serve as nucleation

sites for RNA folding, protein recognition signals, mRNA localization and regulation of mRNA degradation. On the other hand,

DNA hairpins in biological contexts have been studied with respect to forming cruciform structures that can regulate gene expression.

The use of DNA hairpins as fuel for synthetic molecular devices, including locomotion, was proposed and experimental demonstrated in 2003. They

were interesting because they bring to the table an on-demand energy/information supply mechanism.

The energy/information is hidden (from hybridization) in the hairpin’s loop, until required.

The energy/information is harnessed by opening the stem region, and exposing the single stranded loop section.

The loop region is now free for possible hybridization and help move the system into a thermodynamically favourable state.

The hidden energy and information coupled with

programmability provides another functionality, of selectively choosing what reactions to hide and

what reactions to allow to proceed, that helps develop a topological sequence of events.

Hairpins have been utilized as a source of fuel for many different DNA devices. In this thesis, we program four different

molecular devices using DNA hairpins, and experimentally validate them in the

laboratory. 1) The first device: A

novel enzyme-free autocatalytic self-replicating system composed entirely of DNA that operates isothermally. 2) The second

device: Time-Responsive Circuits using DNA have two properties: a) asynchronous: the final output is always correct

regardless of differences in the arrival time of different inputs.

b) renewable circuits which can be used multiple times without major degradation of the gate motifs

(so if the inputs change over time, the DNA-based circuit can re-compute the output correctly based on the new inputs).

3) The third device: Activatable tiles are a theoretical extension to the Tile assembly model that enhances

its robustness by protecting the sticky sides of tiles until a tile is partially incorporated into a growing assembly.

4) The fourth device: Controlled Amplification of DNA catalytic system: a device such that the amplification

of the system does not run uncontrollably until the system runs out of fuel, but instead achieves a finite

amount of gain.

Nucleic acid circuits with the ability

to perform complex logic operations have many potential practical applications, for example the ability to achieve point of care diagnostics.

We discuss the designs of our DNA Hairpin molecular devices, the results we have obtained, and the challenges we have overcome

to make these truly functional.

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Alors que les activités anthropiques font basculer de nombreux écosystèmes vers des régimes fonctionnels différents, la résilience des systèmes socio-écologiques devient un problème pressant. Des acteurs locaux, impliqués dans une grande diversité de groupes — allant d’initiatives locales et indépendantes à de grandes institutions formelles — peuvent agir sur ces questions en collaborant au développement, à la promotion ou à l’implantation de pratiques plus en accord avec ce que l’environnement peut fournir. De ces collaborations répétées émergent des réseaux complexes, et il a été montré que la topologie de ces réseaux peut améliorer la résilience des systèmes socio-écologiques (SSÉ) auxquels ils participent. La topologie des réseaux d’acteurs favorisant la résilience de leur SSÉ est caractérisée par une combinaison de plusieurs facteurs : la structure doit être modulaire afin d’aider les différents groupes à développer et proposer des solutions à la fois plus innovantes (en réduisant l’homogénéisation du réseau), et plus proches de leurs intérêts propres ; elle doit être bien connectée et facilement synchronisable afin de faciliter les consensus, d’augmenter le capital social, ainsi que la capacité d’apprentissage ; enfin, elle doit être robuste, afin d’éviter que les deux premières caractéristiques ne souffrent du retrait volontaire ou de la mise à l’écart de certains acteurs. Ces caractéristiques, qui sont relativement intuitives à la fois conceptuellement et dans leur application mathématique, sont souvent employées séparément pour analyser les qualités structurales de réseaux d’acteurs empiriques. Cependant, certaines sont, par nature, incompatibles entre elles. Par exemple, le degré de modularité d’un réseau ne peut pas augmenter au même rythme que sa connectivité, et cette dernière ne peut pas être améliorée tout en améliorant sa robustesse. Cet obstacle rend difficile la création d’une mesure globale, car le niveau auquel le réseau des acteurs contribue à améliorer la résilience du SSÉ ne peut pas être la simple addition des caractéristiques citées, mais plutôt le résultat d’un compromis subtil entre celles-ci. Le travail présenté ici a pour objectifs (1), d’explorer les compromis entre ces caractéristiques ; (2) de proposer une mesure du degré auquel un réseau empirique d’acteurs contribue à la résilience de son SSÉ ; et (3) d’analyser un réseau empirique à la lumière, entre autres, de ces qualités structurales. Cette thèse s’articule autour d’une introduction et de quatre chapitres numérotés de 2 à 5. Le chapitre 2 est une revue de la littérature sur la résilience des SSÉ. Il identifie une série de caractéristiques structurales (ainsi que les mesures de réseaux qui leur correspondent) liées à l’amélioration de la résilience dans les SSÉ. Le chapitre 3 est une étude de cas sur la péninsule d’Eyre, une région rurale d’Australie-Méridionale où l’occupation du sol, ainsi que les changements climatiques, contribuent à l’érosion de la biodiversité. Pour cette étude de cas, des travaux de terrain ont été effectués en 2010 et 2011 durant lesquels une série d’entrevues a permis de créer une liste des acteurs de la cogestion de la biodiversité sur la péninsule. Les données collectées ont été utilisées pour le développement d’un questionnaire en ligne permettant de documenter les interactions entre ces acteurs. Ces deux étapes ont permis la reconstitution d’un réseau pondéré et dirigé de 129 acteurs individuels et 1180 relations. Le chapitre 4 décrit une méthodologie pour mesurer le degré auquel un réseau d’acteurs participe à la résilience du SSÉ dans lequel il est inclus. La méthode s’articule en deux étapes : premièrement, un algorithme d’optimisation (recuit simulé) est utilisé pour fabriquer un archétype semi-aléatoire correspondant à un compromis entre des niveaux élevés de modularité, de connectivité et de robustesse. Deuxièmement, un réseau empirique (comme celui de la péninsule d’Eyre) est comparé au réseau archétypique par le biais d’une mesure de distance structurelle. Plus la distance est courte, et plus le réseau empirique est proche de sa configuration optimale. La cinquième et dernier chapitre est une amélioration de l’algorithme de recuit simulé utilisé dans le chapitre 4. Comme il est d’usage pour ce genre d’algorithmes, le recuit simulé utilisé projetait les dimensions du problème multiobjectif dans une seule dimension (sous la forme d’une moyenne pondérée). Si cette technique donne de très bons résultats ponctuellement, elle n’autorise la production que d’une seule solution parmi la multitude de compromis possibles entre les différents objectifs. Afin de mieux explorer ces compromis, nous proposons un algorithme de recuit simulé multiobjectifs qui, plutôt que d’optimiser une seule solution, optimise une surface multidimensionnelle de solutions. Cette étude, qui se concentre sur la partie sociale des systèmes socio-écologiques, améliore notre compréhension des structures actorielles qui contribuent à la résilience des SSÉ. Elle montre que si certaines caractéristiques profitables à la résilience sont incompatibles (modularité et connectivité, ou — dans une moindre mesure — connectivité et robustesse), d’autres sont plus facilement conciliables (connectivité et synchronisabilité, ou — dans une moindre mesure — modularité et robustesse). Elle fournit également une méthode intuitive pour mesurer quantitativement des réseaux d’acteurs empiriques, et ouvre ainsi la voie vers, par exemple, des comparaisons d’études de cas, ou des suivis — dans le temps — de réseaux d’acteurs. De plus, cette thèse inclut une étude de cas qui fait la lumière sur l’importance de certains groupes institutionnels pour la coordination des collaborations et des échanges de connaissances entre des acteurs aux intérêts potentiellement divergents.

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The category of rational O(2)-equivariant cohomology theories has an algebraic model A(O(2)), as established by work of Greenlees. That is, there is an equivalence of categories between the homotopy category of rational O(2)-equivariant spectra and the derived category of the abelian model DA(O(2)). In this paper we lift this equivalence of homotopy categories to the level of Quillen equivalences of model categories. This Quillen equivalence is also compatible with the Adams short exact sequence of the algebraic model.

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The difficulties encountered in implementing large scale CM codes on multiprocessor systems are now fairly well understood. Despite the claims of shared memory architecture manufacturers to provide effective parallelizing compilers, these have not proved to be adequate for large or complex programs. Significant programmer effort is usually required to achieve reasonable parallel efficiencies on significant numbers of processors. The paradigm of Single Program Multi Data (SPMD) domain decomposition with message passing, where each processor runs the same code on a subdomain of the problem, communicating through exchange of messages, has for some time been demonstrated to provide the required level of efficiency, scalability, and portability across both shared and distributed memory systems, without the need to re-author the code into a new language or even to support differing message passing implementations. Extension of the methods into three dimensions has been enabled through the engineering of PHYSICA, a framework for supporting 3D, unstructured mesh and continuum mechanics modeling. In PHYSICA, six inspectors are used. Part of the challenge for automation of parallelization is being able to prove the equivalence of inspectors so that they can be merged into as few as possible.

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This thesis discusses subgroups of mapping class groups of particular surfaces. First, we study the Torelli group, that is, the subgroup of the mapping class group that acts trivially on the first homology. We investigate generators of the Torelli group, and we give an algorithm that factorizes elements of the Torelli group into products of particular generators. Furthermore, we investigate normal closures of powers of standard generators of the mapping class group of a punctured sphere. By using the Jones representation, we prove that in most cases these normal closures have infinite index in the mapping class group. We prove a similar result for the hyperelliptic mapping class group, that is, the group that consists of mapping classes that commute with a fixed hyperelliptic involution. As a corollary, we recover an older theorem of Coxeter (with 2 exceptional cases), which states that the normal closure of the m-th power of standard generators of the braid group has infinite index in the braid group. Finally, we study finite index subgroups of braid groups, namely, congruence subgroups of braid groups. We discuss presentations of these groups and we provide a topological interpretation of their generating sets.

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Alors que les activités anthropiques font basculer de nombreux écosystèmes vers des régimes fonctionnels différents, la résilience des systèmes socio-écologiques devient un problème pressant. Des acteurs locaux, impliqués dans une grande diversité de groupes — allant d’initiatives locales et indépendantes à de grandes institutions formelles — peuvent agir sur ces questions en collaborant au développement, à la promotion ou à l’implantation de pratiques plus en accord avec ce que l’environnement peut fournir. De ces collaborations répétées émergent des réseaux complexes, et il a été montré que la topologie de ces réseaux peut améliorer la résilience des systèmes socio-écologiques (SSÉ) auxquels ils participent. La topologie des réseaux d’acteurs favorisant la résilience de leur SSÉ est caractérisée par une combinaison de plusieurs facteurs : la structure doit être modulaire afin d’aider les différents groupes à développer et proposer des solutions à la fois plus innovantes (en réduisant l’homogénéisation du réseau), et plus proches de leurs intérêts propres ; elle doit être bien connectée et facilement synchronisable afin de faciliter les consensus, d’augmenter le capital social, ainsi que la capacité d’apprentissage ; enfin, elle doit être robuste, afin d’éviter que les deux premières caractéristiques ne souffrent du retrait volontaire ou de la mise à l’écart de certains acteurs. Ces caractéristiques, qui sont relativement intuitives à la fois conceptuellement et dans leur application mathématique, sont souvent employées séparément pour analyser les qualités structurales de réseaux d’acteurs empiriques. Cependant, certaines sont, par nature, incompatibles entre elles. Par exemple, le degré de modularité d’un réseau ne peut pas augmenter au même rythme que sa connectivité, et cette dernière ne peut pas être améliorée tout en améliorant sa robustesse. Cet obstacle rend difficile la création d’une mesure globale, car le niveau auquel le réseau des acteurs contribue à améliorer la résilience du SSÉ ne peut pas être la simple addition des caractéristiques citées, mais plutôt le résultat d’un compromis subtil entre celles-ci. Le travail présenté ici a pour objectifs (1), d’explorer les compromis entre ces caractéristiques ; (2) de proposer une mesure du degré auquel un réseau empirique d’acteurs contribue à la résilience de son SSÉ ; et (3) d’analyser un réseau empirique à la lumière, entre autres, de ces qualités structurales. Cette thèse s’articule autour d’une introduction et de quatre chapitres numérotés de 2 à 5. Le chapitre 2 est une revue de la littérature sur la résilience des SSÉ. Il identifie une série de caractéristiques structurales (ainsi que les mesures de réseaux qui leur correspondent) liées à l’amélioration de la résilience dans les SSÉ. Le chapitre 3 est une étude de cas sur la péninsule d’Eyre, une région rurale d’Australie-Méridionale où l’occupation du sol, ainsi que les changements climatiques, contribuent à l’érosion de la biodiversité. Pour cette étude de cas, des travaux de terrain ont été effectués en 2010 et 2011 durant lesquels une série d’entrevues a permis de créer une liste des acteurs de la cogestion de la biodiversité sur la péninsule. Les données collectées ont été utilisées pour le développement d’un questionnaire en ligne permettant de documenter les interactions entre ces acteurs. Ces deux étapes ont permis la reconstitution d’un réseau pondéré et dirigé de 129 acteurs individuels et 1180 relations. Le chapitre 4 décrit une méthodologie pour mesurer le degré auquel un réseau d’acteurs participe à la résilience du SSÉ dans lequel il est inclus. La méthode s’articule en deux étapes : premièrement, un algorithme d’optimisation (recuit simulé) est utilisé pour fabriquer un archétype semi-aléatoire correspondant à un compromis entre des niveaux élevés de modularité, de connectivité et de robustesse. Deuxièmement, un réseau empirique (comme celui de la péninsule d’Eyre) est comparé au réseau archétypique par le biais d’une mesure de distance structurelle. Plus la distance est courte, et plus le réseau empirique est proche de sa configuration optimale. La cinquième et dernier chapitre est une amélioration de l’algorithme de recuit simulé utilisé dans le chapitre 4. Comme il est d’usage pour ce genre d’algorithmes, le recuit simulé utilisé projetait les dimensions du problème multiobjectif dans une seule dimension (sous la forme d’une moyenne pondérée). Si cette technique donne de très bons résultats ponctuellement, elle n’autorise la production que d’une seule solution parmi la multitude de compromis possibles entre les différents objectifs. Afin de mieux explorer ces compromis, nous proposons un algorithme de recuit simulé multiobjectifs qui, plutôt que d’optimiser une seule solution, optimise une surface multidimensionnelle de solutions. Cette étude, qui se concentre sur la partie sociale des systèmes socio-écologiques, améliore notre compréhension des structures actorielles qui contribuent à la résilience des SSÉ. Elle montre que si certaines caractéristiques profitables à la résilience sont incompatibles (modularité et connectivité, ou — dans une moindre mesure — connectivité et robustesse), d’autres sont plus facilement conciliables (connectivité et synchronisabilité, ou — dans une moindre mesure — modularité et robustesse). Elle fournit également une méthode intuitive pour mesurer quantitativement des réseaux d’acteurs empiriques, et ouvre ainsi la voie vers, par exemple, des comparaisons d’études de cas, ou des suivis — dans le temps — de réseaux d’acteurs. De plus, cette thèse inclut une étude de cas qui fait la lumière sur l’importance de certains groupes institutionnels pour la coordination des collaborations et des échanges de connaissances entre des acteurs aux intérêts potentiellement divergents.

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Este estudo tem como principal objetivo compreender e analisar o modo como crianças de creche e jardim-de-infância resolvem problemas matemáticos e o que pode constranger a resolução. Em particular, procurei analisar a atividade matemática que as crianças desenvolvem quando se confrontam com problemas matemáticos e os desafios com que se deparam. Do ponto de vista metodológico, o estudo enquadra-se numa abordagem qualitativa de investigação e num paradigma interpretativo. Além disso, trata-se de uma investigação-ação orientada pela questão “como otimizar a atividade de resolver problemas matemáticos em contextos de educação de infância?”. Neste âmbito, propus a quatro crianças de creche e a 21 de jardim-de-infância um conjunto de tarefas selecionadas para, potencialmente, terem, para si, algum grau de desafio. Os principais métodos de recolha de dados foram a observação participante, a análise documental e um inquérito por questionário realizado às educadoras cooperantes. O estudo ilustra que é possível envolver crianças de creche e de jardim-de-infância numa atividade de resolução de problemas matemáticos e que esta atividade é favorecida se o contexto dos problemas estiver próximo do que fazem no dia-a-dia da sala. Durante o processo de resolução das tarefas propostas, foram mobilizadas e trabalhadas diversas noções matemáticas. Na creche, todas as crianças evidenciaram possuir conhecimentos acerca da noção topológica “dentro de” e “fora de” e algumas foram bem-sucedidas no uso do processo de classificação, tendo em conta um critério. Neste âmbito, recorreram a representações ativas. No jardim-de-infância, todas as crianças conseguiram fazer a contagem sincronizada das letras do seu nome, de indicar a quantidade de letras, o que indicia o conhecimento da noção de cardinal, e de representar esta quantidade recorrendo tanto a numerais como a representações icónicas. Além disso, foram capazes de interpretar uma tabela de modo a construir um gráfico com barras e de elaborar um pictograma, o que revela possuírem conhecimentos ao nível da literacia estatística. Por último, algumas crianças foram bem-sucedidas na descoberta de estratégias de resolução de problemas que lhes permitiram inventariar exaustivamente todas as possibilidades de resolução e contar, organizadamente, estas possibilidades. No decurso desta atividade surgiram tentativas de generalização, embora nem sempre corretas, sobressaindo o recurso a representações ativas nomeadamente à dramatização de situações. Quanto aos desafios com que se depararam destacam-se, no caso da creche, o uso correto do processo de classificação. No caso do jardim-de-infância, as crianças demonstraram dificuldades em distinguir a legenda do pictograma dos dados, em resolver um problema em que estava em jogo o sentido combinatório da multiplicação e em encontrar estratégias de generalização. O estudo indicia, ainda, que é essencial que o educador proponha tarefas diversificadas e desafiantes que, partindo sempre da curiosidade e interesse das crianças, lhes permitam trabalhar com ideias matemáticas importantes e representar adequadamente o conhecimento com que lidam.

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The essential Bacillus subtilis DnaD and DnaB proteins have been implicated in the initiation of DNA replication. Recently, DNA remodeling activities associated with both proteins were discovered that could provide a link between global or local nucleoid remodeling and initiation of replication. DnaD forms scaffolds and opens up supercoiled plasmids without nicking to form open circular complexes, while DnaB acts as a lateral compaction protein. Here we show that DnaD-mediated opening of supercoiled plasmids is accompanied by significant untwisting of DNA. The net result is the conversion of writhe (Wr) into negative twist (Tw), thus maintaining the linking number (Lk) constant. These changes in supercoiling will reduce the considerable energy required to open up closed circular plectonemic DNA and may be significant in the priming of DNA replication. By comparison, DnaB does not affect significantly the supercoiling of plasmids. Binding of the DnaD C-terminal domain (Cd) to DNA is not sufficient to convert Wr into negative Tw, implying that the formation of scaffolds is essential for duplex untwisting. Overall, our data suggest that the topological effects of the two proteins on supercoiled DNA are different; DnaD opens up, untwists and converts plectonemic DNA to a more paranemic form, whereas DnaB does not affect supercoiling significantly and condenses DNA only via its lateral compaction activity. The significance of these findings in the initiation of DNA replication is discussed.

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This dissertation is composed of three essays covering two areas of interest. The first topic is personal transportation demand with a focus on price and fuel efficiency elasticities of mileage demand, challenging assumptions common in the rebound effect literature. The second topic is consumer finance with a focus on small loans. The first chapter creates separate variables for fuel prices during periods of increasing and decreasing prices as well as an observed fuel economy measure to empirically test the equivalence of these elasticities. Using a panel from Germany from 1997 to 2009 I find a fuel economy elasticity of mileage of 53.3%, which is significantly different from the gas price elasticity of mileage during periods of decreasing gas prices, 4.8%. I reject the null hypothesis or price symmetry, with the elasticity of mileage during period of increasing gas prices ranging from 26.2% and 28.9%. The second chapter explores the potential for the rebound effect to vary with income. Panel data from U.S. households from 1997 to 2003 is used to estimate the rebound effect in a median regression. The estimated rebound effect independent of income ranges from 17.8% to 23.6%. An interaction of income and fuel economy is negative and significant, indicating that the rebound effect may be much higher for low income individuals and decreases with income; the rebound effect for low income households ranged from 80.3% to 105.0%, indicating that such households may increase gasoline consumption given an improvement in fuel economy. The final chapter documents the costs of credit instruments found in major mail order catalogs throughout the 20th century. This study constructs a new dataset and finds that the cost of credit increased and became stickier as mail order retailers switched from an installment-style closed-end loan to a revolving-style credit card. This study argues that revolving credit's ability to decrease salience of credit costs in the price of goods is the best explanation for rate stickiness in the mail order industry as well as for the preference of revolving credit among retailers.

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The square root velocity framework is a method in shape analysis to define a distance between curves and functional data. Identifying two curves, if the differ by a reparametrization leads to the quotient space of unparametrized curves. In this paper we study analytical and topological aspects of this construction for the class of absolutely continuous curves. We show that the square root velocity transform is a homeomorphism and that the action of the reparametrization semigroup is continuous. We also show that given two $C^1$-curves, there exist optimal reparametrizations realising the minimal distance between the unparametrized curves represented by them.

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Purpose – Curve fitting from unordered noisy point samples is needed for surface reconstruction in many applications -- In the literature, several approaches have been proposed to solve this problem -- However, previous works lack formal characterization of the curve fitting problem and assessment on the effect of several parameters (i.e. scalars that remain constant in the optimization problem), such as control points number (m), curve degree (b), knot vector composition (U), norm degree (k), and point sample size (r) on the optimized curve reconstruction measured by a penalty function (f) -- The paper aims to discuss these issues -- Design/methodology/approach - A numerical sensitivity analysis of the effect of m, b, k and r on f and a characterization of the fitting procedure from the mathematical viewpoint are performed -- Also, the spectral (frequency) analysis of the derivative of the angle of the fitted curve with respect to u as a means to detect spurious curls and peaks is explored -- Findings - It is more effective to find optimum values for m than k or b in order to obtain good results because the topological faithfulness of the resulting curve strongly depends on m -- Furthermore, when an exaggerate number of control points is used the resulting curve presents spurious curls and peaks -- The authors were able to detect the presence of such spurious features with spectral analysis -- Also, the authors found that the method for curve fitting is robust to significant decimation of the point sample -- Research limitations/implications - The authors have addressed important voids of previous works in this field -- The authors determined, among the curve fitting parameters m, b and k, which of them influenced the most the results and how -- Also, the authors performed a characterization of the curve fitting problem from the optimization perspective -- And finally, the authors devised a method to detect spurious features in the fitting curve -- Practical implications – This paper provides a methodology to select the important tuning parameters in a formal manner -- Originality/value - Up to the best of the knowledge, no previous work has been conducted in the formal mathematical evaluation of the sensitivity of the goodness of the curve fit with respect to different possible tuning parameters (curve degree, number of control points, norm degree, etc.)

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