Using data mining techniques to support breast cancer diagnosis

More than ever, there is an increase of the number of decision support methods and computer aided diagnostic systems applied to various areas of medicine. In breast cancer research, many works have been done in order to reduce false-positives when used as a double reading method. In this study, we aimed to present a set of data mining techniques that were applied to approach a decision support system in the area of breast cancer diagnosis. This method is geared to assist clinical practice in identifying mammographic findings such as microcalcifications, masses and even normal tissues, in order to avoid misdiagnosis. In this work a reliable database was used, with 410 images from about 115 patients, containing previous reviews performed by radiologists as microcalcifications, masses and also normal tissue findings. Throughout this work, two feature extraction techniques were used: the gray level co-occurrence matrix and the gray level run length matrix. For classification purposes, we considered various scenarios according to different distinct patterns of injuries and several classifiers in order to distinguish the best performance in each case described. The many classifiers used were Naïve Bayes, Support Vector Machines, k-nearest Neighbors and Decision Trees (J48 and Random Forests). The results in distinguishing mammographic findings revealed great percentages of PPV and very good accuracy values. Furthermore, it also presented other related results of classification of breast density and BI-RADS® scale. The best predictive method found for all tested groups was the Random Forest classifier, and the best performance has been achieved through the distinction of microcalcifications. The conclusions based on the several tested scenarios represent a new perspective in breast cancer diagnosis using data mining techniques.

Cryptic infections in mice with the Trypanosoma cruzi CL-14 clone

A infectividade do clone CL-14 do Trypanosoma cruzi para camundongos foi revista utilizando-se como inóculo metacíclicos de cultura em NNN+LIT, pré-incubados ou não com complemento de cobaio. Nos animais inoculados não observamos parasitemia patente, mas a presença do parasito foi confirmada em 30% deles (9/30) através de hemocultivo ou xenodiagnóstico, este examinado aos 100 dias. A positividade das hemoculturas pôde ser evidenciada a partir dos 60 dias quando procederam de camundongos inoculados com metacíclicos tratados com complemento. Nos demais hemocultivos a positividade foi constatada aos 100 dias ou posteriormente. Um reisolado do CL-14 também não determinou parasitemia patente em camundongos até 30 dias após a inoculação. Estes achados são discutidos em relação à proteção imunológica observada em camundongos inoculados com este clone.

Contribuição para o estudo de geohelmintas em parques infantis de Brasília - Brasil

CONTRIBUIÇÃO PARA O ESTUDO DE GEOHELMINTAS EM PARQUES INFANTIS DE BRASÍLIA - BRASIL. Com o presente trabalho pretendeu-se estudar o grau de contaminação por geohelmintas em parques infantis e áreas circundantes do Plano Piloto (Asa Norte e Asa Sul) e Ceilândia (P Norte e P Sul), em Brasília, Brasil. Em cada um dos 30 parques infantis estudados nas Asas Norte e Sul e nos 10 parques infantis da Ceilândia, foram retiradas 5 amostras de areia até uma profundidade de 5cm e 4 amostras de fezes de cães. Para a pesquisa de geohelmintas foram utilizadas, para as amostras de areia e fezes a técnica de flutuação Willis-Mollay e, somente para areia, as técnicas de Hoffmann e de Rugai. Os exames de fezes, mostraram os seguintes resultados: Ancylostoma spp com prevalência de 16,7% na Asa Norte do Plano Piloto, de 7% na Asa Sul do Plano Piloto e de 20% na Ceilândia (P Norte e P Sul); Toxocara spp 2,5% na Ceilâdia (P Norte e P Sul). Para além destes geohelmintas foram também identificados Spirocerca sp com prevalência de 15% na Asa Norte do Plano Piloto; Isospora sp com prevalência de 1% na Asa Norte do Plano Piloto, de 5% na Asa Sul do Plano Piloto e de 2,5% na Ceilândia (P Norte e P Sul). Nas amostras de areia não houve achados de geohelmintas agentes causais de zoonoses. Os resultados obtidos demonstraram que os protocolos que estão a ser utilizados para o controlo de parasitas intestinais em cães e gatos tem dado resultados positivos e que, por outro lado, as medidas preventivas utilizadas nestes parques infantis e as orientações dadas à população por profissionais da área de saúde vêm contribuindo para um controlo das zoonoses com origem em ovos e larvas de helmintas presentes nas fezes de animais, que contaminam o ambiente. Assim, os procedimentos praticados nestas áreas de estudo, poderão ajudar a definir estratégias de controlo de helmintas agentes de zoonoses, em outras áreas.

Actividades funcionais assistidas com EEF na reabilitação do membro superior em indivíduos com hemiparesia após Acidente Vascular Encefálico

Objectivo: Este estudo pretende verificar as melhoras nas competências sensórioperceptivas, motoras e de praxis do membro superior afecto e um melhor desempenho das áreas de ocupação: AVD’s, AVDI’s, trabalho e participação social, em indivíduos com hemiparesia após AVE submetidos à reeducação funcional com recurso a actividades funcionais assistidas com EFF; e verificar se estes ganhos mantêm a curto tempo. Métodos: A amostra foi constituída por 4 indivíduos com hemiparesia decorrente de AVE com mais de 12 meses de evolução e idades compreendidas entre os 40 e 70 anos. Foi aplicado um protocolo de intervenção de 5 sessões por semana de 20 minutos de duração num período de 3 semanas, perfazendo um total de 15 sessões. A recolha de dados foi realizada em três fases: avaliação inicial, avaliação no final da intervenção e reavaliação após 6 semanas de finalizar a intervenção. Os instrumentos de recolha de dados utilizados foram: MIF, Escala de Avaliação Fulg-Meyer, Escala Ashworth, DASH, Test Box & Block. Resultados: Os sujeitos diminuíram o grau de espasticidade e melhoraram na funcionalidade do membro superior sendo mais evidente na sinergia flexora do ombro, cotovelo e antebraço e na extensão em massa da mão. Houve melhoras nas actividades da vida diária, actividades de lazer e nos autocuidados (com variações da média de -14, -2,75 e -3 pontos, respectivamente); verificando uma evolução positiva na higiene pessoal e melhoras relevantes no banho. As variações ocorridas 6 semanas após o término do tratamento foram mínimas em todas as áreas funcionais, mantendo os ganhos a nível de espasticidade e funcionalidade do membro superior. Embora houvesse uma diminuição generalizada dos indicadores, tanto parcelares como globais e uma diminuição dos outros sintomas pudemos observar um agravamento das limitações na higiene pessoal, no desempenho do trabalho e na rigidez. Conclusão: A intervenção realizada mediante actividades funcionais assistidas com EFF neste estudo mostrou-se eficiente para o ganho de capacidade funcional, diminuição do tónus muscular do membro superior parético e melhora no desempenho das AVD’s. A amostra reduzida coíbe colocar os achados aqui expostos como sendo fatos constantes desta população. Mais estudos são necessários para a melhor compreensão dos mecanismos e aspectos envolvidos no processo de reabilitação com recuso a EFF em indivíduos com hemiparesia após AVE.

A utilização do computador na arqueologia prática

pp. 285-292

Síndrome de Churg-Strauss - Vasculite Cutânea como Forma de Apresentação Clínica

A síndrome de Churg-Strauss (SCS) ou angeíte granulomatosa alérgica é uma doença rara caracterizada pela presença de asma, eosinofilia e vasculite dos pequenos e, por vezes, dos médios vasos. O pulmão, coração, pele e nervos periféricos são frequentemente atingidos. Os autores descrevem o caso clínico de uma doente do sexo feminino de 47 anos de idade, internada por lesões purpúricas dolorosas com uma semana de evolução, localizadas nas superfícies extensoras dos membros inferiores. Nos antecedentes pessoais destacava-se asma brônquica com 7 anos de evolução, rinite alérgica e sinusite. A avaliação laboratorial revelou leucocitose com eosinofilia e elevação dos parâmetros de inflamação. Os anticorpos citoplasmáticos anti-neutrófilos eram negativos. A avaliação neurológica e o estudo electroneuromiográfico mostraram uma polineuropatia periférica assimétrica. A biopsia cutânea revelou uma vasculite necrotizante com infiltrado perivascular rico em eosinófilos. O diagnóstico de SCS foi apoiado pelos achados clínicos e histopatológicos, pelo que se iniciou corticoterapia sistémica que resultou numa melhoria clínica marcada. As manifestações cutâneas podem ser uma forma de apresentação clínica do SCS, sendo o seu reconhecimento essencial para a instituição precoce de terapêutica e para a prevenção de lesões irreversíveis em órgãos vitais.

Doença de Hodgkin Pulmonar

Relatamos três casos de doença de Hodkin com envolvimento pulmonar. Três doentes tinham sintomas sistémicos e apenas dois respiratórios. Estudos imagiológicos revelaram uma massa sólida no lobo inferior esquerdo no primeiro caso, infiltrados nodulares com cavitação no segundo e uma consolidação pneumónica no terceiro. O diagnóstico de doença de Hodgkin foi feito em biópsias: brônquica no caso um, pulmonar por toracoscopia no caso dois e ganglionar no caso três. Os achados histológicos destes casos eram típicos da doença. Todos os doentes foram tratados com quimioterapia. Responderam bem ao tratamento mostrando regressão franca das lesões na reavaliação passados três meses.

Dissecção Carotídea. Cinco Variações Sobre um Tema

A dissecção da artéria carótida interna é uma causa de AVC isquémico, particularmente em doentes jovens, sem aparentes factores de risco cérebro-vasculares. Métodos: Os autores descrevem o quadro clínico e achados imagiológicos (TAC, RMN e angiografia de subtracção digital) de cinco doentes internados consecutivamente na Unidade Cérebro-Vascular do Hospital de S. José, num período de dois meses, com o diagnóstico de oclusão da artéria carótida interna por provável dissecção. Discussão: O conjunto de casos clínicos apresentados salienta a heterogeneidade de formas de apresentação desta patologia, quer do ponto de vista clínico, quer imagiológico.

Cultos orientais no Ocidente Peninsular – perspectiva artística

Tese de Mestrado apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em História da Arte – Área de especialização em História da Arte da Antiguidade

Ecodoppler Neurovascular em Contexto de Urgência

Em contexto de urgência o Cardiopneumologista desempenha um papel fundamental pela realização de diversos meios complementares de diagnóstico e terapêutica. Entre estes surge o Ecodoppler Neurovascular, técnica ultrassonográfica inócua, não invasiva, de fácil aplicação, que permite a obtenção de um elevado número de achados clínicos, essenciais ao encaminhamento do doente em qualquer contexto clínico. Assim este exame demonstra a sua aplicabilidade essencialmente em pacientes neurocríticos ou outros com suspeita e/ou diagnóstico de Acidente Isquémico Transitório, Acidente Vascular Cerebral (AVC), Hemorragia Subaracnoideia, Anemia das Células Falciformes e Hidrocefalia. Ainda em contexto de urgência o Ecodoppler Neurovascular assume real importância na orientação e tratamento de doentes da Via Verde AVC, uma das principais e preocupantes causas de morbilidade e mortalidade em todo o Mundo. A realização destes exames na prática hospitalar, neste conjunto de patologias, permite uma correcta e precoce orientação terapêutica, com consequente rentabilização de custos e melhorias na qualidade do tratamento. No entanto, é de referir que esta abordagem só é possível de acordo com a existência de equipas multidisciplinares de elevada relevância especialmente em contexto de urgência, local específico de encaminhamento de pacientes urgentes ou não urgentes. A título de conclusão a realização do exame Ecodoppler Neurovascular no Serviço de Urgência traduz um serviço de qualidade, permitindo redireccionar e encaminhar os doentes, adequando as devidas medidas diagnósticas e terapêuticas a instituir.

Cerolipofuscinose: Estudo Ultrastrutural de 8 Casos

Os autores apresentam as principais características clínicas e descrevem os achados ultrastruturais de 8 casos de cerolipofuscinose (CLF)dos tipo infantil tardio (5 casos) e juvenil (3 casos) cujo diagnóstico clínico foi confirmado pela observação em microscopia electrónica de microbuffycoats de linfócitos do sangue periférico, e de biópsias de músculo estriado, pele, conjuntiva palpebral e mucosa rectal. A observação ultrastrutural confirmou o predomínio de agrupamentos de perfis paralelos de membranas e figuras paracristalinas nas células dos casos do tipo juvenil, e de corpos curvilineares nas células dos casos de tipo infantil tardio. Nestes dois tipos não se verificou preferência pela observação de um determinado tecido para a confirmação ultrastrutural do diagnóstico clínico. Em dois casos foram observados, nos linfócitos do sangue periférico, feixes de tubos paralelos associados no mesmo citosoma às inclusões típicas das CLF, o que pode sugerir uma relação daquelas estruturas com a alteração metabólica destas doenças. A sensibilidade e a especificidade reveladas pelo exame ultrastrutural de linfócitos do sangue periférico, e a facilidade de execução técnica, recomendam o seu uso para a confirmação do diagnóstico clínico de cerolipofuscinose.

Encefalopatia Hipóxico-Isquémica por Asfixia Perinatal: Evolução a Curto e Longo Prazo

Introdução: A encefalopatia hipoxico-isquémica (EHI) é uma causa importante de mortalidade e morbilidade a longo prazo. Estima-se que anualmente ocorram 1 a 8 casos /1000 nascimentos. A asfixia perinatal mantida é a causa mais frequente de EHI. Objectivo: Avaliar a evolução a curto e longo prazo de crianças com EHI devido a asfixia perinatal. Metodologia: Estudo prospectivo histórico. População: Recém-nascidos (RN) consecutivos, nascidos na maternidade do HDE, com idade gestacional ≥ 37 semanas, admitidos na UCIN com os diagnósticos de EHI e asfixia perinatal, sem anomalias congénitas major. Período: 04/04/2001 – 31/12/2010. Variáveis: morbilidade, sobrevivência e sequelas. Covariáveis: peso ao nascer, idade gestacional, índice de Apgar, eventos peri-parto e tipo de parto. Resultados: Dos 19365 nados-vivos (NV), foram incluídos 28 RN (incidência 1,4/1000). Características da amostra: 68 % do sexo masculino; peso médio ao nascer 3180 g, mediana da idade gestacional 39,4 semanas. Índice de Apgar: moda ao 1º, 5º e 10º minuto, respectivamente 2, 5 e 7. Eventos peri-parto mais frequentes: líquido amniótico meconial (46,4%), alterações cardiotocográficas (50%) e circular cervical apertada (10,7%). Em 67,8% dos casos, foi realizada cesariana de emergência. Todos os RN necessitaram de manobras de reanimação. Desenvolveram EHI: ligeira 12 (42,9%), moderada 7 (25%) e grave 9 (32,1%). Ocorreram convulsões em 66% dos RN e disfunção multiorgânica em 12 RN (42,9%). Dos exames de imagem, a ecografia transfontanelar (ECOTF) foi realizada em 89,3% dos casos, o electroencefalograma (EEG) em 67,9% e a RMN em 32,1%. A ECOTF revelou alterações sugestivas de EHI em todos os casos; o EEG evidenciou anomalia da actividade eléctrica em 73,7% e a RMN revelou achados compatíveis com EHI em 100%. Houve 3 óbitos. Dos sobreviventes, 75% foram seguidos em consulta hospitalar, apresentando como sequelas graves paralisia cerebral (22,2%), atraso global do desenvolvimento (16,6%), epilepsia (11,1%), surdez neurossensorial (5,6%) e hemiparésia (5,6%). Conclusões: A incidência de EHI por asfixia foi 1,4/1000 NV. Verificou-se EHI ligeira em 42,8% dos casos. A mortalidade foi de 14,3%. Nos 18 casos seguidos, 38,9% não apresentavam sequelas ou tinham sequelas ligeiras. Apenas um caso foi submetido a hipotermia, sendo esta uma terapêutica promissora.

Biological predictors of survival in limphoma and mechanisms underlying follicular lymphoma transformaion into diffuse large B cell lymphoma (vol I e II)

RESUMO: Os biomarcadores tumorais permitem identificar os doentes com maior risco de recorrência da doença, predizer a resposta tumoral à terapêutica e, finalmente, definir candidatos a novos alvos terapêuticos. Novos biomarcadores são especialmente necessários na abordagem clínica dos linfomas. Actualmente, esses tumores são diagnosticados através de uma combinação de características morfológicas, fenotípicas e moleculares, mas o prognóstico e o planeamento terapêutico estão quase exclusivamente dependentes de características clínicas. Estes factores clínicos são, na maioria dos linfomas, insuficientes numa proporção significativa dos doentes, em particular, aqueles com pior prognóstico. O linfoma folicular (LF) é, globalmente, o segundo subtipo mais comum de linfoma. É tipicamente uma doença indolente com uma sobrevida média entre os 8 e 12 anos, mas é geralmente fatal quando se transforma num linfoma agressivo de alto grau, habitualmente o linfoma difuso de grandes células B (LDGCB). Morfologicamente e funcionalmente, as células do LF recapitulam as células normais do centro germinativo na sua dependência de sobrevivência do microambiente não-tumoral, especialmente das células do sistema imunológico. Biomarcadores preditivos de transformação não existem pelo que um melhor conhecimento da biologia intrínseca de progressão do LF poderá revelar novos candidatos. Nesta tese descrevo duas abordagens distintas para a descoberta de novos biomarcadores. A primeira, o estudo da expressão global de genes ('genomics') obtidos por técnicas de alto rendimento que analisam todo o genoma humano sequenciado, permitindo identificar novas anomalias genéticas que possam representar mecanismos biológicos importantes de transformação. São descritos novos genes e alterações genómicas associados à transformação do LF, sendo especialmente relevantes as relacionadas com os eventos iniciais de transformação em LDGCB. A segunda, baseou-se em várias hipóteses centradas no microambiente do LF, rico em vários tipos de células nãomalignas. Os estudos imunoarquitectural de macrófagos, células T regulatórias e densidade de microvasos efectuado em biopsias de diagnóstico de doentes com LF tratados uniformemente correlacionaram-se significativamente, e independentemente dos critérios clínicos, com a evolução clínica e, mais importante, com o risco de transformação em LDGCB. Nesta tese, foram preferencialmente utilizadas (e optimizadas) técnicas que permitam o uso de amostras fixadas em parafina e formalina (FFPET). Estas são facilmente acessíveis a partir das biopsias de diagnóstico de rotina presentes nos arquivos de todos os departamentos de patologia, facilitando uma transição rápida dos novos marcadores para a prática clínica. Embora o FL fosse o tema principal da tese, os novos achados permitiram estender facilmente hipóteses semelhantes a outros subtipos de linfoma. Assim, são propostos e validados vários biomarcadores promissores e relacionados com o microambiente não tumoral, sobretudo dependentes das células do sistema imunológico, como contribuintes importantes para a biologia dos linfomas. Estes sugerem novas opções para a abordagem clínica destas doenças e, eventualmente, novos alvos terapêuticos.------------- ABSTRACT: Cancer biomarkers provide an opportunity to identify those patients most at risk for disease recurrence, predict which tumours will respond to different therapeutic approaches and ultimately define candidate biomarkers that may serve as targets for personalized therapy. New biomarkers are especially needed in the management of lymphoid cancers. At present, these tumours are diagnosed using a combination of morphologic, phenotypic and molecular features but prognosis and overall survival are mostly dependent on clinical characteristics. In most lymphoma types, these imprecisely assess a significant proportion of patients, in particular, those with very poor outcomes. Follicular lymphoma (FL) is the second most common lymphoma subtype worldwide. It is typically an indolent disease with current median survivals in the range of 8-12 years, but is usually fatal when it transforms into an aggressive high-grade lymphoma, characteristically Diffuse Large B Cell Lymphoma (DLBCL). Morphologically and functionally it recapitulates the normal cells of the germinal center with its survival dependency on non-malignant immune and immunerelated cells. Informative markers of transformation related to the intrinsic biology of FL progression are needed. Within this thesis two separate approaches to biomarker discovery were employed. The first was to study the global expression of genes (‘genomics’) obtained using high-throughput, wholegenome-wide approaches that offered the possibility for discovery of new genetic abnormalities that might represent the important biological mechanisms of transformation. Gene signatures associated with early events of transformation were found. Another approach relied on hypothesis-driven concepts focusing upon the microenvironment, rich in several non-malignant cell types. The immunoarchitectural studies of macrophages, regulatory T cells and microvessel density on diagnostic biopsies of uniformly treated FL patients significantly predicted clinical outcome and, importantly, also informed on the risk of transformation. Techniques that enabled the use of routine formalin fixed paraffin embedded diagnostic specimens from the pathology department archives were preferentially used in this thesis with the goal of fulfilling a rapid bench-to-beside” translation for these new findings. Although FL was the main subject of the thesis the new findings and hypotheses allowed easy transition into other lymphoma types. Several promising biomarkers were proposed and validated including the implication of several non-neoplastic immune cells as important contributors to lymphoma biology, opening new options for better treatment planning and eventually new therapeutic targets and candidate therapeutics.

Opiniões de Internos e Formadores sobre Pós-Graduação em Pediatria

Objectivo:Em 1996 foi oficializado o novo programa de formação do internato complementar. A principal inovação consistiu na descentralização formativa com estágios em hospitais distritais e centros de saúde. Este estudo foi levado a cabo com o objectivo de obter opiniões de internos e de formadores sobre o funcionamento do novo programa na perspectiva de futuras modificações. Metodologia: Foi distribuído um questionário a formadores (n=10) e internos (n=8) no âmbito do Serviço 1 de Pediatria Médica/Clínica Universitária do Hospital Dona Estefânia. Principais Achados: A maioria dos respondentes pronunciou-se favoravelmente a propósito do novo programa. a totalidade dos inquiridos pronunciou-se no sentido de considerar tempo excessivo de estágios em centros de saúde e em hospitais distritais. Todos chamaram a atenção para a falta de incentivos para a investigação, relacionada sobretudo com a deficiente pontuação atribuída para esta alínea nos exames e concursos. Conclusão: São reconhecidas limitações no estudo que se baseia em dados subjectivos e juízos de valor emitidos pelos dois grupos inquiridos. De acordo com os testemunhos colhidos, são sugeridas modificações tendo em consideração, noeadamente, a necessidade de harmonização com os critérios da União Europeia.