A unified statistical framework for sequence comparison and structure comparison

We present an approach for assessing the significance of sequence and structure comparisons by using nearly identical statistical formalisms for both sequence and structure. Doing so involves an all-vs.-all comparison of protein domains [taken here from the Structural Classification of Proteins (scop) database] and then fitting a simple distribution function to the observed scores. By using this distribution, we can attach a statistical significance to each comparison score in the form of a P value, the probability that a better score would occur by chance. As expected, we find that the scores for sequence matching follow an extreme-value distribution. The agreement, moreover, between the P values that we derive from this distribution and those reported by standard programs (e.g., blast and fasta validates our approach. Structure comparison scores also follow an extreme-value distribution when the statistics are expressed in terms of a structural alignment score (essentially the sum of reciprocated distances between aligned atoms minus gap penalties). We find that the traditional metric of structural similarity, the rms deviation in atom positions after fitting aligned atoms, follows a different distribution of scores and does not perform as well as the structural alignment score. Comparison of the sequence and structure statistics for pairs of proteins known to be related distantly shows that structural comparison is able to detect approximately twice as many distant relationships as sequence comparison at the same error rate. The comparison also indicates that there are very few pairs with significant similarity in terms of sequence but not structure whereas many pairs have significant similarity in terms of structure but not sequence.

Implications of fault constitutive properties for earthquake prediction.

The rate- and state-dependent constitutive formulation for fault slip characterizes an exceptional variety of materials over a wide range of sliding conditions. This formulation provides a unified representation of diverse sliding phenomena including slip weakening over a characteristic sliding distance Dc, apparent fracture energy at a rupture front, time-dependent healing after rapid slip, and various other transient and slip rate effects. Laboratory observations and theoretical models both indicate that earthquake nucleation is accompanied by long intervals of accelerating slip. Strains from the nucleation process on buried faults generally could not be detected if laboratory values of Dc apply to faults in nature. However, scaling of Dc is presently an open question and the possibility exists that measurable premonitory creep may precede some earthquakes. Earthquake activity is modeled as a sequence of earthquake nucleation events. In this model, earthquake clustering arises from sensitivity of nucleation times to the stress changes induced by prior earthquakes. The model gives the characteristic Omori aftershock decay law and assigns physical interpretation to aftershock parameters. The seismicity formulation predicts large changes of earthquake probabilities result from stress changes. Two mechanisms for foreshocks are proposed that describe observed frequency of occurrence of foreshock-mainshock pairs by time and magnitude. With the first mechanism, foreshocks represent a manifestation of earthquake clustering in which the stress change at the time of the foreshock increases the probability of earthquakes at all magnitudes including the eventual mainshock. With the second model, accelerating fault slip on the mainshock nucleation zone triggers foreshocks.

Compact steep-spectrum sources and the unified scheme.

The compact steep-spectrum sources (CSSs) are an interesting class of objects which are of subgalactic dimensions; they occur more frequently in high-frequency surveys because their spectra often turn over at lower frequencies. We have estimated the symmetry parameters of a well-defined sample of CSSs and compared these with the larger 3CR sources of similar luminosity to understand the evolution and the consistency of CSSs with the unified scheme. We suggest that the majority of CSSs are likely to be young sources advancing outward through an asymmetric, inhomogeneous environment to form the larger ones. The radio properties of the CSSs are consistent with the unified scheme, where the axes of the quasars are seen closer to the line of sight while the radio galaxies lie closer to the plane of the sky. We discuss how radio polarization observations may be used to probe whether the physical conditions in the central regions of the CSSs are different from the larger ones. We present a simple scenario where the depolarization and high rotation measures seen in many CSSs can be consistent with the low rotation measures of cores in the more extended quasars and suggest further observations to test this scenario.

Relações entre família, políticas de assistência social e vulnerabilidade social: um estudo a partir de entrevistas com mulheres usuárias do SUAS

A centralidade na família é uma das principais diretrizes adotadas pela Política Nacional de Assistência Social (PNAS) implementada por meio do Sistema Único de Assistência Social (SUAS). A noção de matricialidade sociofamiliar configura-se como base para a formulação de serviços específicos de abordagem familiar nos níveis de proteção social básica e especial, que visam o acompanhamento longitudinal de famílias em situação de vulnerabilidade social, definida neste contexto pela condição de desvantagem em decorrência da pobreza, da privação de renda e de acesso aos serviços e bens públicos, da fragilização de vínculos afetivos, relacionais e de pertencimento. Objetivou-se com esse estudo identificar como as mulheres usuárias do SUAS percebiam e definiam as vulnerabilidades do próprio núcleo familiar, assim como verificar se a concepção de vulnerabilidade social proposta pela PNAS é condizente com as problemáticas apresentadas pelas famílias usuárias do SUAS. A pesquisa qualitativa foi executada por meio de entrevistas de longa duração com temas advindos da observação participante realizada ao longo de três anos de acompanhamento de mulheres usuárias do SUAS por meio de abordagem grupal em serviço de Assistência Social do bairro do Butantã na cidade de São Paulo. Participaram do estudo oito mulheres, acima de 18 anos, usuárias do SUAS e residentes da zona oeste de São Paulo. As depoentes têm entre 35 e 51 anos de idade, estudaram entre a 5ª e a 8ª série do Ensino Fundamental II, cinco delas são migrantes, quatro vivem com os companheiros e filhos e quatro residem com os filhos em uma organização familiar monoparental, três são beneficiárias da Previdência Social, duas estão inseridas em trabalhos formais, duas em trabalhos informais e uma não trabalha. Todas relataram ter sofrido episódios de violência e violação de direitos, principalmente observados na dificuldade de acesso a serviços sociais básicos. Os depoimentos marcaram dificuldades experimentadas ao longo da vida das mulheres e a tônica dos relatos destacou as preocupações atreladas ao papel de mãe e à luta cotidiana que enfrentam para educar, orientar, sustentar e estar junto aos filhos, sobretudo daqueles que se encontram na fase da infância e da adolescência. À luz da noção de enraizamento, proposta por Simone Weil, foi possível identificar que as depoentes apresentam e enfrentam cotidianamente dificuldades ligadas ao desenraizamento urbano, elucidado especialmente na carência de participação comunitária e política. Nesse cenário, a condição de vulnerabilidade pela qual as famílias são definidas no âmbito da política de assistência social, revela certa ambiguidade, pois ao mesmo tempo em que permite oferecer a essas famílias alguma modalidade de apoio também as coloca numa posição estigmatizada de beneficiárias das políticas públicas. Com isso, considerou-se que apesar da concepção de vulnerabilidade proposta pela PNAS ser condizente com as problemáticas apresentadas pelas usuárias, verifica-se uma lacuna em relação à dimensão subjetiva da formação de cada grupo familiar e suas necessidades específicas a fim de apoiá-los para a promoção de uma mudança efetiva

O agente comunitário e o usuário de álcool: discursos sobre a concepção e a assistência na Atenção Básica

Estima-se que 52% da população mundial faz uso de álcool, sendo a droga mais consumida no mundo. Ao usuário, o álcool torna-se prejudicial devido às consequências nos níveis biológicos, sociais e funcionais. Assim, a redução do uso abusivo da substância é um dos objetivos da Organização Mundial de Saúde (OMS) e uma das prioridades na agenda de saúde pública mundial. No Brasil, a Política do Ministério da Saúde para a Atenção Integral aos Usuários de Álcool e Outras Drogas teve como objetivo a criação de uma rede de atenção integral a eles - a RAPS (Rede de Atenção Psicossocial). A RAPS é considerada um grande avanço da Reforma Psiquiátrica, já que integra os diversos pontos de atenção disponíveis no Sistema Único de Saúde (SUS). Um dos pontos da RAPS é a Atenção Básica (AB), que através da atuação das equipes da Estratégia Saúde da Família (ESF) tem a possibilidade de monitoração, prevenção do uso e colaboração na reinserção social dos usuários de álcool e outras drogas devido à proximidade e criação de vínculo entre o serviço e usuário. Para que o vínculo seja estabelecido o Agente Comunitário de Saúde (ACS) é a peça fundamental, visto que conhece a comunidade e reconhece suas necessidades, além de ser a figura que medeia as relações entre a equipe de saúde e os usuários. Assim sendo, o objetivo deste estudo foi descrever e analisar o discurso de ACS sobre o uso de álcool e a assistência prestada na AB. Trata-se de um estudo qualitativo de teor descritivo, cuja pesquisa ocorreu em cinco municípios da região central do Estado de Santa Catarina. Foram realizadas entrevistas semiestruturadas, analisadas através do método da Análise de Conteúdo. A análise das entrevistas resultou na formulação de duas categorias e quatro subcategorias empíricas. Os resultados evidenciaram que os ACS percebem o consumo de álcool como inerente a população em virtude da cultura caracterizada pelo consumo habitual e festivo da droga. Eles percebem que o uso do álcool torna-se um problema quanto à definição social atribuída pela comunidade, ressaltando as consequências para a família e outras perdas vivenciadas pelos usuários com base nas repercussões sociais. Quanto à assistência prestada por eles aos usuários de álcool, os resultados indicaram uma prática desprovida de instrumentos ou habilidades para a abordagem adequada do uso, evidenciando uma prática infundada pelos ACS. A prática está pautada também nas crenças em relação aos usuários de álcool, que estão muito ligadas aos estigmas relacionados a estes usuários em geral e não em evidências científicas. Conclui-se que a partir do conhecimento das percepções e práticas deste profissional, é possível direcionar ações que potencialize a prática dos ACS, já que são profissionais com grandes possibilidades de atuação diante da prevenção e tratamento do abuso de álcool e reabilitação social do usuário

Towards a unified framework for opinion retrieval, mining and summarization

The exponential increase of subjective, user-generated content since the birth of the Social Web, has led to the necessity of developing automatic text processing systems able to extract, process and present relevant knowledge. In this paper, we tackle the Opinion Retrieval, Mining and Summarization task, by proposing a unified framework, composed of three crucial components (information retrieval, opinion mining and text summarization) that allow the retrieval, classification and summarization of subjective information. An extensive analysis is conducted, where different configurations of the framework are suggested and analyzed, in order to determine which is the best one, and under which conditions. The evaluation carried out and the results obtained show the appropriateness of the individual components, as well as the framework as a whole. By achieving an improvement over 10% compared to the state-of-the-art approaches in the context of blogs, we can conclude that subjective text can be efficiently dealt with by means of our proposed framework.

Evaluation of the pathogenicity of multiple isolates of Beauveria bassiana (Hypocreales: Clavicipitaceae) on Rhynchophorus ferrugineus (Coleoptera: Dryophthoridae) for the assessment of a solid formulation under simulated field conditions

A solid state formulation of Beauveria bassiana (Balsamo) Vuillemin has been developed for biological control of the Red Palm Weevil (RPW), Rhynchophorus ferrugineus (Olivier, 1790). Two kinds of bioassays (dry conidia and dipping) using 10 isolates from several coleopterans in Mediterranean environments, identified 2 RPW derived isolates (193 and 203) as most pathogenic to RPW larvae and adults (zero survival within first 4–5 d for dry conidia, and 14 and 23 d for dipping bioassays). Isolate 203 (5.1 × 108 ± 1.9 × 108 conidia g-1) was formulated with fragmented date seed into solid granules and tested in palms infested with RPW under semi-field conditions in Feb, Apr/May and Jun of both 2007 and 2008. Beauveria bassiana significantly reduced RPW adult survival with respect to controls in May 2007 and in the Apr/Jun 2008 experiments. Total RPW adult mortality was achieved within 30 days for all B. bassiana treatments, and was associated with increasing numbers of insects with signs of mycosis in 2008 experiments. Beauveria bassiana formulation reduced RPW multiplication in artificially infested palms compared to controls, and a positive correlation between numbers of larvae and time post-infestation was recorded. The suppression of RPW adult populations by B. bassiana persisted for at least 3 months under semi-field conditions. The Beauveria bassiana solid formulation, which induces great adult mortality and persistence in the field, could be applied as a preventive as well as a curative treatment for the integrated management of RPW.

The Unified Court on Patents: The New Oxymoron of European Law. Egmont Paper No. 60, October 2013

None.

Unified European Front: The Road towards a European Unitary Patent. EU Centre Singapore Working Paper No. 21, March 2014

For over forty years, European countries have held numerous conferences and signed multiple international agreements aimed at either creating a unitary patent which will be valid in all European countries upon issuance or establishing a specialized European court with jurisdiction over patents. This paper first outlines the need for a unitary patent in the European Union and then chronicles the measures taken to support and milestones toward the creation of a European-wide unitary patent system. The paper then discusses the few problems and pitfalls that have prevented European countries from coming to an agreement on such a patent system. Finally, the paper considers the closely related agreements of ‘Unitary Patent Package’, the challenges facing these agreements and examines if it would finally result in an EU Unitary patent system that benefits one and all.

A Unified Approach to Automatic Testing of Architectural Constraints

Architectural decisions are often encoded in the form of constraints and guidelines. Non-functional requirements can be ensured by checking the conformance of the implementation against this kind of invariant. Conformance checking is often a costly and error-prone process that involves the use of multiple tools, differing in effectiveness, complexity and scope of applicability. To reduce the overall effort entailed by this activity, we propose a novel approach that supports verification of human- readable declarative rules through the use of adapted off-the-shelf tools. Our approach consists of a rule specification DSL, called Dicto, and a tool coordination framework, called Probo. The approach has been implemented in a soon to be evaluated prototype.

A Unified Approach to Architecture Conformance Checking

Software erosion can be controlled by periodically checking for consistency between the de facto architecture and its theoretical counterpart. Studies show that this process is often not automated and that developers still rely heavily on manual reviews, despite the availability of a large number of tools. This is partially due to the high cost involved in setting up and maintaining tool-specific and incompatible test specifications that replicate otherwise documented invariants. To reduce this cost, our approach consists in unifying the functionality provided by existing tools under the umbrella of a common business-readable DSL. By using a declarative language, we are able to write tool-agnostic rules that are simple enough to be understood by non-technical stakeholders and, at the same time, can be interpreted as a rigorous specification for checking architecture conformance