Study of the physiological role of RasGAP cleavage

Résume Les caspases sont un groupe de protéases à cystéine qui s?activent lors de l'apoptose. Leur activation induit le clivage de nombreuses cibles intracellulaires, conduisant à l'activation de voies pro-apoptotiques et finalement au démantèlement des cellules. Cependant, des caspases ont été décrites dans de nombreux autres processus indépendants de l'apoptose, notamment dans la physiologie des cellules hématopoïétiques, des cellules musculaires, des cellules de la peau et des neurones. Comment est-ce que les cellules réconcilient-elles ces deux fonctions distinctes? Une partie de la réponse réside dans la nature des substrats qu'elles clivent. Certains substrats, une fois clivées, deviennent anti-apoptotiques. RasGAP est une cible des caspases et contient deux sites spécifiques de clivage par les caspases. Lorsque le niveau d?activité des caspases est faible le clivage de RasGAP produit un fragment N-terminal qui active un signal antiapoptotique, relayé par la voie de Ras/PI3K/Akt. Lorsque le niveau d?activité des caspases est plus élevé le fragment RasGAP N-terminal est à nouveau clivé, perdant de ce fait ses propriétés anti-apoptotiques. Dans cette étude, nous avons mis en évidence que l'activation de la voie Ras/PI3K/Akt induite par le fragment RasGAP N-terminal dépend de RasGAP lui-même. Par ailleurs, dans le but d?étudier l?importance du clivage de RasGAP dans un contexte physiologique, nous avons développé un modèle animal exprimant une gêne mutée de RasGAP de sorte que la protéine est devenu insensible a l?action de caspases. Les données préliminaires obtenues montrent que le clivage de RasGAP n'est pas indispensable pour le développement et l?homéostasie chez la souris. Finalement, nous avons développé une souris transgénique surexprimant le fragment de RasGAP N-terminal dans les cellules ß du pancréas. Les animaux obtenus ne montrent pas de symptômes dans les conditions basales bien qu?ils soient plus résistants au diabète induit expérimentalement. Ces résultats montrent que la surexpression du fragment N-terminal de RasGAP protége efficacement les cellules ß du pancréas de l?apoptose induite par le stress sans pourtant affecter d?autres paramètres physiologiques des Ilot de Langerhans.<br/><br/>Caspases are a series of proteases that are activated during apoptosis. Their activation causes the cleavage of numerous intracellular targets, which leads to cell dismantling and activation of pro-apoptotic pathways. Caspases have been found to be involved in the physiology of numerous cell types including haematopoietic cells, muscle cells, skin cells and neurons. How cells conciliate these two opposite functions? Part of the answer lies in the nature of the substrates they cleave. Some substrates become anti-apoptotic once cleaved by caspases. RasGAP is a caspase substrate that possesses two conserved caspase-cleavage sites. At low caspase activity, RasGAP is first cleaved and the generated N-terminal fragment activates a potent anti-apoptotic signal, mediated by the Ras/PI3K/Akt pathway. At higher caspase activity, the N-terminal fragment is further cleaved thereby losing its anti-apoptotic properties. In the present study we show that the activation of the Ras/PI3K/Akt pathway mediated by RasGAP N-terminal fragment is dependent on RasGAP itself. Moreover, to study the role of RasGAP cleavage in a physiological model, we have developed a knock-in mouse model expressing a RasGAP mutant that is not cleavable by caspases. Preliminary data shows that RasGAP cleavage is not required for normal development and homeostasis in mice. Finally, we have developed a transgenic mouse model overexpressing RasGAP N-terminal fragment in the ß-cell of the pancreas. In basal conditions, these mice show no difference with their wt counterparts. However, they are protected against experimentally induced diabetes. These results indicate that fragment N can protect ? cells from stress-induced apoptosis without affecting other physiological parameters of the Islets.

Essays on Innovativeness and its Evaluation in Small and Medium-sized Enterprises

Tutkimus koostuu neljästä artikkelista, jotka käsittelevät suomalaisten pienten ja keskisuurten teollisuusyritysten (PKT-yritysten) innovatiivisuutta, sen attribuutteja (ominaispiirteitä) sekä indikaattoreita. Tutkimuksessa tarkastellaan sekä kirjallisuudessa esitettyjä että PKT-johtajien ja PKT-yritystenkehityshankkeiden rahoituspäätöksiin osallistuvien yritystutkijoiden haastatteluissa esittämiä innovatiivisuuden määritelmiä. Innovatiivisuusindikaattoreista tarkastellaan PKT-yritysten kehittämishankkeille sovellettavia rahoitus- ja arviointikriteerejä sekä yritysten ulkopuolisten rahoittajien että PKT-johtajien näkökulmasta. Erityistä huomiota kohdistetaan sovellettuihin laadullisiin ja ei-numeerisiin innovatiivisuuden arviointikriteereihin. Sekä kirjallisuudessa että kymmenen yritystutkijan ja kuuden esimerkkiyrityksen johtajan haastatteluissa innovaation uutuus yhdistetään innovatiivisuuteen. Muita tärkeitä innovatiivisuuteen liitettyjä ominaisuuksia olivat markkinat, muista yrityksistä erottuminen ja yksilöiden luovuus. Ihmisläheiset ja yksilöihin liittyvät näkökulmat korostuvat yritystutkijoiden ja PKT-johtajien innovatiivisuuden määritelmissä, kun taas kirjallisuudessa annetaan enemmän painoa ympäristölle, tuotteille ja markkinoille. Yritystutkijat pitivät yritykseen ja sen johtajaan liittyviä tekijöitä tärkeinä rahoitettavien kehittämishankkeiden panosten arviointikriteereinä. Tuotteiden kaupallinen menestys oli rahoittajan kannalta tärkein tulostekijä. Tarkastelluissa esimerkkiyrityksissä kehityshankkeista päättäminen ja hankkeiden arviointi on toisaalta intuitiivista ja saattaa olla tiedostamatontakin, koska yritysten kehittämistoiminta on vähäistä. Pienyritysten johtajat korostavat arvioinnissa rahallisiamittareita, vaikka sekä numeerisia että laadullisia kriteereitä sovelletaan. Todennäköisin syy tälle on pienyritysten rajalliset taloudelliset voimavarat. Toinen mahdollinen syy rahoituksellisten tekijöiden painottamiseen on, että tämän päivän ihannejohtaja ymmärretään analyyttiseksi ja mm.rahavirtoja valvovaksi. Kuitenkin innovatiiviset yritysjohtajat pitävät innovaatioiden luomista yhtenä elämän hauskoista puolista. Innovatiiviset esimerkkiyritykset ovat tulevaisuuteen ja kasvuun suuntautuneita strategisella tasolla. Operationaalisella tasolla ne tuottavat keksintöjä ja innovaatioita. Patentteja tarkastelluilla yrityksillä on kuitenkin vähän. Sekä innovatiiviset että vähemmän innovatiiviset esimerkkiyritykset ovat voimakkaasti asiakassuuntautuneita ja erikoistuneita tiettyihin tuotteisiin ja asiakkaisiin. Asiakkaiden tarpeita tyydytetään kehittämällä niitä vastaavia tuotteita. Tästä johtuu, että valtaosa yritysten kehittämistoiminnasta kohdistuu tuotteisiin tai tuotantoon.

Use of physiological constraints to identify quantitative design principles for gene expression in yeast adaptation to heat shock

Background: Understanding the relationship between gene expression changes, enzyme activity shifts, and the corresponding physiological adaptive response of organisms to environmental cues is crucial in explaining how cells cope with stress. For example, adaptation of yeast to heat shock involves a characteristic profile of changes to the expression levels of genes coding for enzymes of the glycolytic pathway and some of its branches. The experimental determination of changes in gene expression profiles provides a descriptive picture of the adaptive response to stress. However, it does not explain why a particular profile is selected for any given response. Results: We used mathematical models and analysis of in silico gene expression profiles (GEPs) to understand how changes in gene expression correlate to an efficient response of yeast cells to heat shock. An exhaustive set of GEPs, matched with the corresponding set of enzyme activities, was simulated and analyzed. The effectiveness of each profile in the response to heat shock was evaluated according to relevant physiological and functional criteria. The small subset of GEPs that lead to effective physiological responses after heat shock was identified as the result of the tuning of several evolutionary criteria. The experimentally observed transcriptional changes in response to heat shock belong to this set and can be explained by quantitative design principles at the physiological level that ultimately constrain changes in gene expression. Conclusion: Our theoretical approach suggests a method for understanding the combined effect of changes in the expression of multiple genes on the activity of metabolic pathways, and consequently on the adaptation of cellular metabolism to heat shock. This method identifies quantitative design principles that facilitate understating the response of the cell to stress.

Relación Cacopsylla pyri (L.) (Homoptera: Psyllidae) - Peral. Influencia de la variedad

Se estudian algunas de las características morfológicas y fisiológicas de diferentes variedades de peral que pueden influir sobre la instalación y desarrollo de las poblaciones de Cacopsylla pyri. Se realizaron recuentos de puesta, ninfas, adultos y enemigos naturales de C. pyri en lamburdas y posteriormente en hojas de brotes del año en una colección de selección de variedades de peral de la "Estació Experimental de Lleida". El año 1997 se muestrearon 40 variedades. Los resultados obtenidos pusieron de manifiesto que existian diferencias significativas debidas a la variedad en los niveles de ocupación por el fitófago. Las variedades se agruparon en 3 categorias en función de la presencia de psylla: elevada, media y baja. De las plantadas los años 1994 y 1995 se muestrearon las 16 variedades correspondientes a los grupos anteriores. Las características de la planta estudiadas fueron: altura, diámetro del tronco, peso de la madera de poda, contenido en clorofila, macro y micronutrientes. Se han observado diferencias significativas entre las distintas variedades en las características de la planta estudiadas, relacionadas con las diferencias en los niveles de ocupación.

Two component systems: physiological effect of a third component

Signal transduction systems mediate the response and adaptation of organisms to environmental changes. In prokaryotes, this signal transduction is often done through Two Component Systems (TCS). These TCS are phosphotransfer protein cascades, and in their prototypical form they are composed by a kinase that senses the environmental signals (SK) and by a response regulator (RR) that regulates the cellular response. This basic motif can be modified by the addition of a third protein that interacts either with the SK or the RR in a way that could change the dynamic response of the TCS module. In this work we aim at understanding the effect of such an additional protein (which we call ‘‘third component’’) on the functional properties of a prototypical TCS. To do so we build mathematical models of TCS with alternative designs for their interaction with that third component. These mathematical models are analyzed in order to identify the differences in dynamic behavior inherent to each design, with respect to functionally relevant properties such as sensitivity to changes in either the parameter values or the molecular concentrations, temporal responsiveness, possibility of multiple steady states, or stochastic fluctuations in the system. The differences are then correlated to the physiological requirements that impinge on the functioning of the TCS. This analysis sheds light on both, the dynamic behavior of synthetically designed TCS, and the conditions under which natural selection might favor each of the designs. We find that a third component that modulates SK activity increases the parameter space where a bistable response of the TCS module to signals is possible, if SK is monofunctional, but decreases it when the SK is bifunctional. The presence of a third component that modulates RR activity decreases the parameter space where a bistable response of the TCS module to signals is possible.

Sour orange bud regeneration and in vitro plant development related to culture medium composition and explant type

In order to evaluate the formation of adventitious buds and in vitro regeneration of sour orange plants (Citrus aurantium L.) two organogenesis-inducing experiments were conducted. In the first experiment, the induction and in vitro regeneration of adventitious buds were tested on epicotyl and internodal segments under the influence of BAP or KIN associated with NAA. The second experiment evaluated the in vitro regeneration of sour orange plants related to different explant types (epicotyls segments, internodal segments of in vitro germinated plantlets and internodal segments of greenhouse cultivated plants). Data collected on both experiments included the percentage of responsive explants (explants that formed buds), and the number of buds per explant. The addition of BAP showed the best organogenic response. In vitro germinated epicotyl segments and internodal segments are recommended as explants for sour orange in vitro organogenesis. Rooting of regenerated shoots was achieved without the need of auxin in the medium.

Cherenkov mesons as in-medium quark energy loss

We recently showed that a heavy quark moving sufficiently fast through a quark-gluon plasma may lose energy by Cherenkov-radiating mesons [1]. Here we review our previous holographic calculation of the energy loss in N=4 Super Yang-Mills and extend it to longitudinal vector mesons and scalar mesons. We also discuss phenomenological implications for heavy-ion collision experiments. Although the Cherenkov energy loss is an O(1/Nc) effect, a ballpark estimate yields a value of dE/dx for Nc=3 which is comparable to that of other mechanisms.

Cherenkov mesons as in-medium quark energy loss

We recently showed that a heavy quark moving sufficiently fast through a quark-gluon plasma may lose energy by Cherenkov-radiating mesons [1]. Here we review our previous holographic calculation of the energy loss in N=4 Super Yang-Mills and extend it to longitudinal vector mesons and scalar mesons. We also discuss phenomenological implications for heavy-ion collision experiments. Although the Cherenkov energy loss is an O(1/Nc) effect, a ballpark estimate yields a value of dE/dx for Nc=3 which is comparable to that of other mechanisms.

Core Competence of a Small or Medium Sized Content Providing Company Operating in the Information and Communication Technologies Secto

Tutkimuksen tavoitteena on tarkastella tekijöitä, joista ydinosaaminen muodostuu, sekä sitä kuinka yritykset voisivat parhaiten hyödyntää omia resurssejaan ja osaamistaan tunnistetun ydinosaamisen avulla. Teoria osuudessa käydään läpi kuinka ydinosaaminen on kirjallisuudessa määritelty ja miten yritykset voivat sen määritellä sisäisesti itselleen. Empiirisessä osiossa käydään läpi Telecom Business Research Centerissä tehdyn kvantitatiivisen selvityksen pohjalta valitut kolme sisällöntuottaja case - yritystä sekä kuvataan näiden osaamista. Tiedot yrityksistä perustuvat niiden edustajille tehtyihin haastatteluihin ja heidän käsitykseensä omasta yrityksestään. Tämä näkemys on tutkimuksen kannalta äärimmäisen relevanttia, koska ydinosaamisen määrittely tehdään yrityksessä sisäisesti juuri haastatellun kaltaisten yrityksen ydintoimijoiden toimesta. Varsinaisten case -yritysten lisäksi käydään läpi käytännön tapaus action-oriented -tutkimusosuudessa. Tutkimusta ja siinä käsiteltyjä esimerkkejä tulisi hyödyntää yrityksen oman ydinosaamisselvityksen apuna prosessin varrella.

Apple biological and physiological disorders in the orchard and in postharvest according to production system

The study aimed to evaluate the incidence of biological and physiological disorders in the field and postharvested apples cvs. Gala, Fuji and Catarina grown in four production systems: conventional, organic transition, integrated and organic. Apples were evaluated for damages related to biological and physiological disorders in the orchard and after harvest. The greatest damages were attributed to pests, especially Anastrepha fraterculus in the organic system and Grapholita molesta in the organic transition. Apples produced in organic orchards had higher damage levels caused by postharvest physiological disorders than those grown in other production systems. For apples becoming from organic orchards most of the damage was due to lenticels breakdown and degeneration ('Gala'), and bitter pit ('Fuji' and 'Catarina'). The incidence of postharvest rot was not influenced by apple production system.