The challenge of modeling nuclear receptor regulatory networks in mammalian cells.

Nuclear receptors are a major component of signal transduction in animals. They mediate the regulatory activities of many hormones, nutrients and metabolites on the homeostasis and physiology of cells and tissues. It is of high interest to model the corresponding regulatory networks. While molecular and cell biology studies of individual promoters have provided important mechanistic insight, a more complex picture is emerging from genome-wide studies. The regulatory circuitry of nuclear receptor regulated gene expression networks, and their response to cellular signaling, appear highly dynamic, and involve long as well as short range chromatin interactions. We review how progress in understanding the kinetics and regulation of cofactor recruitment, and the development of new genomic methods, provide opportunities but also a major challenge for modeling nuclear receptor mediated regulatory networks.

Aproximación discursiva a la escritura académica de odontología: estructura retórica y estrategias de atenuación en casos clínicos publicados en revistas hispanoamericanas (1999-2005)

Pese a ser un género discursivo importante en el ámbito académico y en el profesionalbiomédico, el caso clínico ha sido muy poco estudiado en español. En Medicina, resaltanlos estudios sobre atenuación y crítica retórica de Salager-Meyer y su equipo. EnOdontología, en cambio, no encontramos investigaciones sobre este género, pese a serpublicado, presentado en congresos y utilizado en las facultades de Odontología para la enseñanza de las distintas especialidades. En vista de esto, realizamos el presente trabajo, de carácter descriptivo y exploratorio, empleando un enfoque metodológico cualitativocuantitativo.Tiene un doble propósito: por un lado, identificar y analizar algunos rasgosretóricos y discursivos del caso clínico y las secciones retóricas que lo constituyen; por el otro, describir y analizar las estrategias de atenuación utilizadas.Seleccionamos al azar un corpus de 40 casos clínicos publicados entre 1999 y 2005 de entre las publicaciones odontológicas hispanoamericanas disponibles en las bases de datos más consultadas y de mayor aceptación en el ámbito odontológico. Empleamos el análisis de género para el estudio de las secciones y movimientos retóricos. Asimismo, identificamoslas estrategias de atenuación empleadas en las secciones retóricas por medio de un análisis textual. En ambos casos, consideramos el contexto y el testimonio de informantes especialistas. Para el análisis de los atenuantes, en cambio, utilizamos cinco categorías, adaptadas de estudios previos: construcciones impersonales, aproximadores, escudos, deícticos temporales y atenuantes compuestos.Los resultados muestran que predomina la siguiente estructura: introducción, presentación del caso, discusión/conclusión, siendo la segunda la sección distintiva. Identificamos 20 movimientos: 5 en la introducción, 8 en la presentación del caso y 7 en la discusión/conclusión. Prevalecen las secuencias de tipo narrativo y descriptivo en todas las secciones. Además, hay muy pocas citas, aparecen esencialmente en la introducción y en la discusión. En relación con el segundo objetivo, encontramos abundantes y variadasestrategias de atenuación, usadas con frecuencias muy similares en las tres secciones retóricas. Predominaron las construcciones impersonales, los aproximadores y los escudos –entre éstos últimos resalta el modal epistémico “poder”-, usados para expresar honestidad, variabilidad, imposibilidad de precisión y varios niveles de certidumbre de lasproposiciones. Los deícticos y los atenuantes compuestos se emplean principalmente en la introducción y la discusión, para enfatizar la provisionalidad del saber científico odontológico y para proyectar falta de compromiso con la verdad de la proposición expresada.Se concluye que, pese a la variabilidad retórica discursiva, el caso clínico constituye un género discursivo particular, de tipo descriptivo, narrativo y atenuado. La alta frecuencia de atenuación puede estar relacionada con la posición de los autores en la comunidad científica, con las características del género y su función comunicativa.El caso clínico es un género importante para las distintas sub-especialidades ontológicas;por lo tanto, los resultados tienen aplicaciones didácticas para la educación de odontólogos.Incorporar el estudio de este género al currículum de Odontología permitiría al estudiantado desarrollar las competencias para producir, comprender y publicar este género, lo cual puede favorecer su incorporación a la comunidad científica.

The effect of sodium tetrathionate stabilization on the distribution of three nuclear matrix proteins in human K562 erythroleukemia cells.

Using both conventional fluorescence and confocal laser scanning microscopy we have investigated whether or not stabilization of isolated human erythroleukemic nuclei with sodium tetrathionate can maintain in the nuclear matrix the same spatial distribution of three polypeptides (M(r) 160 kDa and 125 kDa, previously shown to be components of the internal nuclear matrix plus the 180-kDa nucleolar isoform of DNA topoisomerase II) as seen in permeabilized cells. The incubation of isolated nuclei in the presence of 2 mM sodium tetrathionate was performed at 0 degrees C or 37 degrees C. The matrix fraction retained 20-40% of nuclear protein, depending on the temperature at which the chemical stabilization was executed. Western blot analysis revealed that the proteins studied were completely retained in the high-salt resistant matrix. Indirect immunofluorescence experiments showed that the distribution of the three antigens in the final matrix closely resembled that detected in permeabilized cells, particularly when the stabilization was performed at 37 degrees C. This conclusion was also strengthened by analysis of cells, isolated nuclei and the nuclear matrix by means of confocal laser scanning microscopy. We conclude that sodium tetrathionate stabilization of isolated nuclei does not alter the spatial distribution of some nuclear matrix proteins.

Targeting of DNA polymerase to the adenovirus origin of DNA replication by interaction with nuclear factor I.

Efficient initiation by the DNA polymerase of adenovirus type 2 requires nuclear factor I (NFI), a cellular sequence-specific transcription factor. Three functions of NFI--dimerization, DNA binding, and activation of DNA replication--are colocalized within the N-terminal portion of the protein. To define more precisely the role of NFI in viral DNA replication, a series of site-directed mutations within the N-terminal domain have been generated, thus allowing the separation of all three functions contained within this region. Impairment of the dimerization function prevents sequence-specific DNA binding and in turn abolishes the NFI-mediated activation of DNA replication. NFI DNA-binding activity, although necessary, is not sufficient to activate the initiation of adenovirus replication. A distinct class of NFI mutations that abolish the recruitment of the viral DNA polymerase to the origin also prevent the activation of replication. Thus, a direct interaction of NFI with the viral DNA polymerase complex is required to form a stable and active preinitiation complex on the origin and is responsible for the activation of replication by NFI.

Expression of neutral endopeptidase, endothelin-1, and nuclear factor kappa B in prostate cancer: interrelations and associations with prostate-specific antigen recurrence after radical prostatectomy.

Objective. To study the impact of the neutral endopeptidase (NEP)/neuropeptides (NPs) axis and nuclear factor kappa B (NFκB) as predictors of prostate-specific antigen (PSA) recurrence after radical prostatectomy (RP). Patients and Methods. 70 patients with early-stage PC were treated with RP and their tumor samples were evaluated for expression of NEP, endothelin-1 (ET-1) and NFκB (p65). Time to PSA recurrence was correlated with the examined parameters and combined with preoperative PSA level, Gleason score, pathological TNM (pT) stage, and surgical margin (SM) assessment. Results and Limitations. Membranous expression of NEP (P < 0.001), cytoplasmic ET-1 (P = 0.002), and cytoplasmic NFκB (P < 0.001) were correlated with time to PSA relapse. NEP was associated with ET-1 (P < 0.001) and NFκB (P < 0.001). ET-1 was also correlated with NFκB (P < 0.001). NEP expression (P = 0.017), pT stage (P = 0.013), and SMs (P = 0.036) were independent predictors of time to PSA recurrence. Conclusions. There seems to be a clinical model of NEP/NPs and NFκB pathways interconnection, with their constituents following inverse patterns of expression in accordance with their biological roles and molecular interrelations.

The biogeography of mitochondrial and nuclear discordance in animals.

Combining nuclear (nuDNA) and mitochondrial DNA (mtDNA) markers has improved the power of molecular data to test phylogenetic and phylogeographic hypotheses and has highlighted the limitations of studies using only mtDNA markers. In fact, in the past decade, many conflicting geographic patterns between mitochondrial and nuclear genetic markers have been identified (i.e. mito-nuclear discordance). Our goals in this synthesis are to: (i) review known cases of mito-nuclear discordance in animal systems, (ii) to summarize the biogeographic patterns in each instance and (iii) to identify common drivers of discordance in various groups. In total, we identified 126 cases in animal systems with strong evidence of discordance between the biogeographic patterns obtained from mitochondrial DNA and those observed in the nuclear genome. In most cases, these patterns are attributed to adaptive introgression of mtDNA, demographic disparities and sex-biased asymmetries, with some studies also implicating hybrid zone movement, human introductions and Wolbachia infection in insects. We also discuss situations where divergent mtDNA clades seem to have arisen in the absence of geographic isolation. For those cases where foreign mtDNA haplotypes are found deep within the range of a second taxon, data suggest that those mtDNA haplotypes are more likely to be at a high frequency and are commonly driven by sex-biased asymmetries and/or adaptive introgression. In addition, we discuss the problems with inferring the processes causing discordance from biogeographic patterns that are common in many studies. In many cases, authors presented more than one explanation for discordant patterns in a given system, which indicates that likely more data are required. Ideally, to resolve this issue, we see important future work shifting focus from documenting the prevalence of mito-nuclear discordance towards testing hypotheses regarding the drivers of discordance. Indeed, there is great potential for certain cases of mitochondrial introgression to become important natural systems within which to test the effect of different mitochondrial genotypes on whole-animal phenotypes.

Estructura, distribución y abundancia de peces demersales: Crucero: Tareq II, 7605 (13 de mayo - 3 de junio 1976)

Presenta los resultados obtenidos a bordo del BI-TAREQ-II en el otoño de 1976, cuyo objetivo fue realizar un diagnóstico del estado de los stocks de peces para consumo humano, con la finalidad de ayudar a definir estrategias especificas para mejorar los niveles de explotación.

Estructura especiológica de los subsistemas dermesal costero y pelagial costero. Prospección E/E Huamanga 9611-12

Se analiza la composición especiológica y distribución de las capturas obtenidas en la Prospección Pesquera Costera efectuada entre Punta Malpelo (03°30,32 'S; 80°33,36 'W), sur de Puerto Pizarro, y bahía Grande (11°12,46 'S; 77°43,20 'W), al norte de Huacho. Se capturaron 115 especies: 86 peces, 17 crustáceos, 6 moluscos, 3 equinodermos, un cnidario, un sálpido y un poliqueto. Los recursos demersales, con lances de arrastre de fondo, efectuados entre las Puntas Malpelo y Malabrigo (07°43,05 'S, 79°38,75 'W), tuvieron la mayor diversidad (113 especies) y la mayor captura (11 639,4 kg de pesca) destacando por sus volúmenes, tres especies que representaron el 74% de la pesca de arrastre: la merluza (Merluccius gayi peruanus con 6.508,1 kg) seguida del falso volador (Prionotus stephanophrys con 1.603,85 kg) y la anchoveta blanca (Anchoa nasus con 499,85 kg). Los recursos pelágicos se capturaron en menor volumen (581,2 kg), y dos especies constituyeron el 95,3% del total: la anchoveta (Engraulis ringens con 251,95 kg) y el bagre con faja (Galeichthys peruvianus con 301,7 kg).

Características de la estructura especiológica del subsistema demersal durante el invierno de 1996

La fauna acompañante en la pesca de arrastre de la merluza, varía en su composición especiológica, distribución batimétrica, latitudinal y estacional de acuerdo a las condiciones de medio marino. Para el invierno de 1996, se analiza la ocurrencia de la fauna marina de aguas tropicales y templadas, entre Punta Capones y el Puerto de Chimbote durante el Crucero de Evaluación de la Merluza BIC SNP-1 9607-08, empleando una red de fondo tipo Granton 400/127. Se capturaron 69 especies: 56 peces, 4 crustáceos, 5 moluscos, un equinodermo, un cnidario y un cordado. La mayor riqueza íctica se encontró al norte del paralelo 6°S. La captura total en el área estudiada fue de 20.021,43 kg de peces (99%) y 211,24 kg (1%) de invertebrados. La merluza Merluccius gayi peruanus, destaca por su abundancia y frecuencia, se capturaron 18.501,52 kg (91,4% del volumen total). Entre los elasmobranquios, destaca la "raya águila" Myliobatis chilensis y dentro de los teleósteos (peces óseos), los Pisciformes con 19 spp., siendo la familia Sciaenidae la mejor representada con 7 especies.

Estructura especiológica del subsistema costero. E/P San Jacinto I 9512-9601

Se presenta la composición especiológica, el análisis comunitario y distribución de las capturas, obtenidas durante la prospección pesquera EP San Jacinto 9512-9601, desde Puerto Pizarro (03°29,0S) hasta Ilo (17°38.4S). Los arrastres de fondo mostraron que entre Puerto Pizarro y Salaverry se encuentra la mayor diversidad de especies (95), constituyendo los peces (58) el 93% (3,391 kg); destacan la "merluza" Merluccius gayi peruanus (1.311,1 Kg), el "falso volador" Prionotus stephanophrys (626,1 kg), la "cabrilla" Paralabrax humeralis (316,4 kg) y la "lorna" Sciaena deliciosa (247,3 kg). La mayor riqueza (33 especies) y el mayor índice de diversidad se obtuvo en la subárea B (04°-05°S), pero la mayor captura (2.295,2 kg) correspondió a la subárea C (05°-06° S). Los arrastres de media agua, se realizaron desde la desembocadura del río Piura hasta Ilo. El "camaroncito rojo" Pleuroncodes monodon alcanzó el 94% (1.089 kg) de la captura total, pero su distribución abarcó desde los 12° S hasta Ilo con las mayores capturas en las subáreas J (12°.13° S y L(14°-15° S) con 351 y 700 kg respectivamente. Los peces sólo representaron el 6% (46 kg) del volumen total de captura.

Plan I Investigaciones de anchoveta desarrollo del programa: estructura de la población. Los experimentos de marcación de anchoveta

Describe los procedimientos de marcar peces como método útil para estudiar los movimientos de dispersión, migraciones, edad, crecimiento y estimar la densidad de la población, los efectos de la pesca en los stocks y la estructura de las poblaciones.