Modeling associations between genetic markers using Bayesian networks

Motivation: Understanding the patterns of association between polymorphisms at different loci in a population ( linkage disequilibrium, LD) is of fundamental importance in various genetic studies. Many coefficients were proposed for measuring the degree of LD, but they provide only a static view of the current LD structure. Generative models (GMs) were proposed to go beyond these measures, giving not only a description of the actual LD structure but also a tool to help understanding the process that generated such structure. GMs based in coalescent theory have been the most appealing because they link LD to evolutionary factors. Nevertheless, the inference and parameter estimation of such models is still computationally challenging. Results: We present a more practical method to build GM that describe LD. The method is based on learning weighted Bayesian network structures from haplotype data, extracting equivalence structure classes and using them to model LD. The results obtained in public data from the HapMap database showed that the method is a promising tool for modeling LD. The associations represented by the learned models are correlated with the traditional measure of LD D`. The method was able to represent LD blocks found by standard tools. The granularity of the association blocks and the readability of the models can be controlled in the method. The results suggest that the causality information gained by our method can be useful to tell about the conservability of the genetic markers and to guide the selection of subset of representative markers.

Children’s respiratory health and daily particulate levels in ten non-urban communities

We conducted a study to assess the association between the acute respiratory health of children and the levels of particulates in communities near and away from active opencast coal mines. The study enrolled children aged 1–11 years from the general population of five socioeconomically matched pairs of nonurban communities in northern England. Diaries of respiratory events were collected for 1405 children, and information was collected on the consultations of 2442 children with family/general practitioners over the 6-week study periods during 1996–1997, with concurrent monitoring of particulate levels. The associations found between daily PM10 levels and respiratory symptoms were frequently small and positive and sometimes varied between communities. The magnitude of these associations were in line with those from previous studies, even though daily particulate levels were low, and the children were drawn from the general population, rather than from the population with respiratory problems. The associations among asthma reliever use, consultations with general practitioners, and daily particulate levels were of a similar strength but estimated less precisely. The strength of association between all respiratory health measures and particulate levels was similar in communities near and away from opencast coal mining sites.

Between-year fluctuations in schizophrenia birth rate and associations with the Southern Oscillation Index, cloud cover and sunshine

Our group have recently proposed that low prenatal vitamin D may be a risk-modifying factor for schizophrenia. Climate variability impacts on vitamin D levels in a population via fluctuations in the amount of available UV radiation. In order to explore this hypothesis, we examined fluctuations in the birthrates for people with schizophrenia born between 1920 and 1967 and three sets of variables strongly associated with UV radiation. These included: (a) the Southern Oscillation Index (SOI), a marker of El Nino which is the most prominent meteorological factor that influences Queensland weather: (b) measures of cloud cover and (c) measures of sunshine. Schizophrenia births were extracted from the Queensland Mental Health register and corrected for background population birth rates. Schizophrenia birth rates had several apparently non-random features in common with the SO1. The prominent SO1 fluctuation event that occurred between 1937 and 1943 is congruent with the most prominent fluctuation in schizophrenia birth rates. The relatively flat profile of SOI activity between 1927 and 1936 also corresponds to the flattest period in the schizophrenia time series. Both time series have prominent oscillations in the 3 ~, year range between 1946 and 1960. Significant associations between schizophrenia birth rates and measures of both sunshine and cloud cover were identified,and all three time series shared periodicity in the 3-4 year range. The analyses suggest that the risk of schizophrenia is higher for those born during times of increased cloud cover,reduced sunshine and positive SO1. These ecological analyses provide initial support for the vitamin D hypothesis, however alternative non-genetic candidate exposures also need to be considered. Other sites with year-to-year fluctuations in cloud cover and sunshine should examine patterns of association between these climate variables and schizophrenia birth rates. The Stanley Foundation supported this project.

Variation in cervical cancer screening by region, socio-economic, migrant and Indigenous status in women in New South Wales

The purpose of this study was to estimate the extent of association of cervical screening in NSW women with socio-economic status (SES), rurality, and proportions of non-English speaking background (NESB) and Indigenous status. Data on women who had at least one Pap test over two years (January 1998-December 1999) were obtained from the NSW Pap test Register. Each local government area (LGA) was allocated to categories of population proportions of NESB and Indigenous status, a rurality classification based on population density and remoteness, and to an SES quintile. The odds ratios (OR) of having a Pap test were estimated and confounding adjusted by multiple logistic regression analysis. Implied Pap test rates in urban NESB and in rural Indigenous women were estimated from the modelled estimates. The adjusted OR for a Pap test in large rural centres (1.14) was significantly higher than those for metropolitan or capital city residents (0.9 and 1.0 respectively). Adjusted OR for a Pap test in other rural centres (0.73) and other remote areas (0.64) were significantly lower than those for metropolitan or capital city residents. In urban populations the lowest OR were in areas with both low SES and high proportion of NESB. The lowest OR for Pap screening in rural populations occurred in the most remote areas with the highest proportion of Indigenous women. For urban NESB women the biennial Pap test rate was estimated as 50%, and for rural Indigenous women 29%, compared with the NSW average of 59%.

Temporomandibular Disorders Are Differentially Associated With Headache Diagnoses A Controlled Study

Objectives: Temporomandibular disorders (TMDs) are considered to be comorbid with headaches. Earlier population studies have suggested that TMD may also be a risk factor for migraine progression. If that is true, TMD should be associated with specific headache syndromes (eg, migraine and chronic migraine), but not with headaches overall. Accordingly, our aim was to explore the relationship between TMD subtypes and severity with primary headaches in a controlled clinical study. Methods: The sample consisted of 300 individuals. TMDs were assessed using the Research Diagnostic Criteria for TMD, and primary headache was classified according to International Classification for Headache Disorders-2. Univariate and multivariate models assessed headache diagnoses and frequency as a function of the parameters of TMD. Results: Relative to those without TMD, individuals with myofascial TMD were significantly more likely to have chronic daily headaches (CDHs) [ relative risk (RR) = 7.8; 95% confidence interval (CI), 3.1-19.6], migraine (RR = 4.4; 95% CI, 1.7-11.7), and episodic tension-type headache (RR = 4.4; 95% CI, 1.5-12.6). Grade of TMD pain was associated with increased odds of CDH (P < 0.0001), migraine (P < 0.0001), and episodic tension-type headache (P < 0.05). TMD severity was also associated with headache frequency. In multivariate analyses, TMD was associated with migraine and CDH (P = 0.001). Painful TMD (P = 0.0034) and grade of TMD pain (P < 0.001) were associated with headache frequency. Discussion: TMD, TMD subtypes, and TMD severity are independently associated with specific headache syndromes and with headache frequency. This differential association suggests that the presence of central facilitation of nociceptive inputs may be of importance, as positive association was observed only when muscular TMD pain was involved.

Duck hepatitis B virus expresses a regulatory HBx-like protein from a hidden open reading frame

Duck hepatitis B viruses (DHBV), unlike mammalian hepadnaviruses, are thought to lack X genes, which encode transcription-regulatory proteins believed to contribute to the development of hepatocellular carcinoma. A lack of association of chronic DHBV infection with hepatocellular carcinoma development supports this belief. Here, we demonstrate that DHBV genomes have a hidden open reading frame from which a transcription-regulatory protein, designated DHBx, is expressed both in vitro and in vivo. We show that DHBx enhances neither viral protein expression, intracellular DNA synthesis, nor virion production when assayed in the full-length genome context in LMH cells. However, similar to mammalian hepadnavirus X proteins, DHBx activates cellular and viral promoters via the Raf-mitogen-activated protein kinase signaling pathway and localizes primarily in the cytoplasm. The functional similarities as,well as the weak sequence homologies of DHBx and the X proteins of mammalian hepadnaviruses strongly suggest a common ancestry of ortho- and avihepadnavirus X genes. In addition, our data disclose similar intracellular localization and transcription regulatory functions of the corresponding proteins, raise new questions as to their presumed role in hepatocarcinogenesis, and imply unique opportunities for deciphering of their still-enigmatic in vivo functions.

Rumors and stable-cause attribution in prediction and behavior

Two stock-market simulation experiments investigated the notion that rumors that invoke stable-cause attributions spawn illusory associations and less regressive predictions and behavior. In Study 1, illusory perceptions of association and stable causation (rumors caused price changes on the day after they appeared) existed despite rigorous conditions of nonassociation (price changes were unrelated to rumors). Predictions (recent price trends will continue) and trading behavior (departures from a strong buy-low-sell-high strategy) were both anti-regressive. In Study 2, stability of attribution was manipulated via a computerized tutorial. Participants taught to view price-changes as caused by stable forces predicted less regressively and departed more from buy-low-sell-high trading patterns than those taught to perceive changes as caused by unstable forces. Results inform a social cognitive and decision theoretic understanding of rumor by integrating it with causal attribution, covariation detection, and prediction theory. (C) 2002 Elsevier Science (USA). All rights reserved.

O Impacto dos transtornos mentais no trabalho : resultados do estudo epidemiológico de transtornos mentais São Paulo Megacity

O objetivo deste estudo é estimar a prevalência de transtornos mentais de acordo com a situação de emprego por sexo, analisar associações entre os transtornos mentais e situação de emprego, bem como entre a busca de tratamento e situação de emprego dentre os respondentes com transtornos mentais nos últimos 12 meses. Além disso, pretende-se analisar a perda de dias de trabalho devido ao absenteísmo e ao presenteísmo associando-os com os transtornos mentais, dentre os trabalhadores. Os dados foram analisados a partir do Estudo São Paulo Megacity, um estudo de base populacional que avaliou os transtornos mentais em uma amostra probabilística de 5.037 adultos residentes na Região Metropolitana de São Paulo, utilizando a versão do Composite International Diagnostic Interview da Organização Mundial de Saúde. A amostra foi dividida em grupos de acordo com a situação de trabalho – trabalhadores, economicamente inativos e desempregados. A prevalência dos transtornos mentais foi estimada estratificada por sexo, bem como, as associações com as situações de emprego, características sócio-demográficas e procura por tratamento. O número médio de dias perdidos por absenteísmo e presenteísmo na população de trabalhadores foi estimado baseado na Escala de Avaliação de Incapacidade Organização Mundial de Saúde. Os efeitos a nível populacional e os custos financeiros também foram estimados. As associações foram medidas pelo Odds Ratio e calculada através do modelo de regressão logística multinomial. Do total da amostra (n= 5.035), 63% eram trabalhadores, 25% economicamente inativos e 12% desempregados. Os trabalhadores foram associados ao sexo masculino, menor idade, maior número de anos estudados e maior renda. As mulheres apresentaram maior prevalência de transtornos de humor e ansiedade. Os homens foram associados a qualquer transtorno mental, transtorno de humor e transtorno de ansiedade, as mulheres foram associadas a situação de emprego economicamente inactivas e desempregadas. Os homens cuja situação de emprego era trabalhador mostrou maiores prevalências nos transtornos de impulso-controle e nos transtornos por uso de substâncias psicoativas. As mulheres cuja situação de emprego era trabalhador e os homens cuja situação de emprego era economicamente inativos, tiveram maiores prevalências de transtornos mentais. Dentre respondentes com algum transtorno mental, os respondentes economicamente inativos apresentaram associação com a procura de tratamento de saúde geral e de saúde mental. A presença de algum transtorno mental foi associado com 26,8 dias/ano devido ao absenteísmo, 92,2 dias/ano devido ao presenteísmo e 125,9 dias/ano de perda total de trabalho. Os custos anuais da perda de trabalho foram estimados em R$ 2,6 bilhões por ano, correspondentes a R$ 690 milhões por ano devido ao absenteísmo, e R$ 1,9 bilhões por ano devido ao presenteísmo. Nossos resultados fornecem importantes informações epidemiológicas sobre os transtornos mentais e o impacto no trabalho que devem ser levadas em consideração na definição de prioridades para os cuidados em saúde e alocação de recursos.

Avaliação do risco cardiovascular e fatores associados na população de Anchieta-ES

As doenças cardiovasculares são as principais causas de morte no mundo e muitos constituem os fatores de risco para essas doenças. Objetiva-se investigar o risco cardiovascular para evento coronariano agudo de acordo com o escore de Framingham em população adulta do município de Anchieta-ES. Estudo transversal com dados da linha de base do estudo Carmen Anchieta, iniciado em 2010. A amostra foi sistemática e estratificada por micro área de abrangência das Unidades de Saúde da Família, sexo e idade e 539 pessoas foram selecionadas para este estudo por terem os dados completos. Os dados foram coletados mediante entrevista no domicílio, exames laboratoriais de sangue, verificação da pressão arterial e antropometria nas Unidades de Saúde. As variáveis de exposição constituem escolaridade, raça-cor, renda familiar, residência em espaço urbano ou rural, estado civil, consumo de álcool, atividade física, índice de massa corpórea e autoavaliação de saúde. Para a classificação do risco cardiovascular utilizou-se o escore de Framingham. Foi realizada análise bivariada e regressão logística multinomial para testar a hipótese de associação entre as variáveis e o risco cardiovascular mediante o cálculo da razão de chances (RC) e intervalo de confiança de 95%. O nível de significância foi p < 0,05. Os resultados mostraram predominância de pessoas nas faixas etárias entre 25 a 54 anos, casadas, pardas, ensino fundamental incompleto, baixa renda, insuficientemente ativas, com sobrepeso e obesidade em mais da metade da amostra, 38,6% ingeriam bebida alcoólica e 55,7% relaram saúde muito boa ou boa. O risco cardiovascular foi baixo em 74%, intermediário em 11,3% e elevado em 14,7%. Estiveram associados ao risco cardiovascular intermediário ser analfabeto 8,89 (3,193-24,756), ter ensino fundamental incompleto 3,17 (1,450-6,964) e ser viúvo/ separado 2,55 (1,165-5,583) e associados ao risco cardiovascular elevado ser analfabeto 11,34 (4,281-30,049), ensino fundamental incompleto 2,95 (1,362-6,407) e autoavaliação da saúde muito ruim/ruim 2,98 (1,072-8,307) e regular 2,25 (1,294-3,925). Ser solteiro constituiu fator de proteção 0,40 (0,183-0,902).

Da criação de uma Ordem Profissional

O objetivo central deste estudo é a análise da perspetiva dos Assistentes Sociais sobre a necessidade/ importância da criação de uma Ordem Profissional e, consequentemente de um Código Deontológico (português) para a profissão. Privilegiou-se a investigação qualitativa, construída a partir da interpretação das narrativas das entrevistas, da pesquisa bibliografia e documental. O carácter qualitativo do trabalho concretiza-se por meio de uma lógica abdutiva, que pretende compreender a realidade através da construção dos seus atores (Blaikie, 2000). Para o efeito construímos duas dimensões de análise: a primeira refere-se à análise e compreensão da necessidade de criação de uma Ordem Profissional e a segunda dimensão integra a análise da opinião dos informantes sobre a necessidade de criação de um código deontológico português. Os resultados obtidos nesta investigação demonstram de forma unânime, a importância da criação de uma Ordem Profissional para a legitimação, representatividade e autorregulação da categoria profissional. Nas razões apontadas para a importância da Ordem surgem, quer justificações que se centram na necessidade de uniformização da prática, demonstrando uma visão mais burocrática e tecnicista da profissão, no qual os métodos se sobrepõem à relação, quer razões de legitimação e de necessidade de representação coletiva junto à classe política, relacionada com uma vertente humanista, no qual os aspetos relacionais e comportamentais devem fazer parte da prática profissional de forma a uma maior adequação dos mecanismos de intervenção no indivíduo. Nas razões apontadas para o insucesso da não criação de uma Ordem Profissional, a maioria realçou motivos internos e externos inerentes à profissão. A questão interna tem a ver com a falta de associativismo e união dos Assistentes Sociais em se mobilizarem por uma causa comum. A questão externa relaciona-se com interesses políticos, bem como a questão coletiva dos profissionais. Os princípios subjacentes a um código deontológico são os inerentes aos direitos humanos e justiça social e de atitudes associadas à profissão.

Mixed extractant systems for metal recovery

Hoje em dia, a prevenção dos resíduos de metais é uma questão muito importante para um grande número de empresas, pois necessitam optimizar o seu sistema de tratamento de águas residuais a fim de alcançarem os limites legais dos teores em iões metálicos e poderem efectuar a descarga das águas residuais no domínio hídrico público. Devido a esta problemática foram efectuados estudos inovadores relacionados com a remoção de iões metálicos de águas residuais, verificando-se que as tecnologias de membrana oferecem uma série de vantagens para o efeito. Uma dessas tecnologias, referida como Membrana Líquida de Suporte (SLM), é baseada num mecanismo de extracção. A membrana hidrofóbica, impregnada com uma solução extractora, funciona como barreira entre a água residual e uma solução, geralmente ácida. A diferença de pH entre a água residual e a solução actua como força motriz para o transporte de iões metálicos da água residual para a referida solução. Poderá ocorrer um problema de falta de estabilidade, resultante da possível fuga da solução extractora para fora dos poros das membranas. Estudos anteriores mostraram que os ácidos alquilfosfóricos ou ácidos fosfónicos, como os reagentes D2EHPA e CYANEX e hidroxioximas como o LIX 860-I podem ser muito úteis para a extração de iões metálicos como ferro, cobre, níquel, zinco e outros. A clássica extracção líquido-líquido também tem mostrado que a mistura de diferentes extractores pode ter um efeito sinergético. No entanto, não é claro que haja um efeito óptimo da razão de extractor ou que tipo de complexo é formado durante o processo de extracção. O objectivo deste projecto é investigar este comportamento sinergético e as complexas formações por meio de um método espectrofotométrico, o “Job’s method” e “Mole-ratio method”. Estes métodos são utilizados para estimar a estequiometria dos vários complexos entre dois solutos, a partir da variação de absorvância dos complexos quando comparado com a absorvância do soluto. Com este projecto, o Job’s method e mole-ratio method serão aplicados a um sistema de três componentes, para conseguir mais informações sobre a complexação de níquel (II) e a fim de determinar a razão extractor: metal dos complexos formados durante a aplicação de mistura de extractores D2EHPA e LIX 860-I. Segundo Job’s method a elavada absorvância situa-se na região de 0,015-0,040 M de LIX 860-I e uma baixa concentração de D2EHPA. Quando as diferentes experiências são encontradas num conjunto experimental foram avaliadas de acordo com o método de trabalho, o valor máximo do gráfico foi encontrado para uma baixa fração molar do ião metálico e uma maior concentração de D2EHPA. Esta mudança foi encontrado de 0,50 até 0,30, que poderia apontar para a direção da formação de diferentes complexos. Para o Mole-Ratio method, a estequiometria dos complexos metal pode ser determinada a partir do ponto de intersecção das linhas tangente do gráfico da absorbância versus a concentração do ligante. Em todos os casos, o máximo foi obtido em torno de uma concentração total de 0,010 M. Quando D2EHPA foi aplicado sozinho, absorvâncias muito baixos foram obtidas.

Extracção de regras de associação com itens raros e frequentes

Ao longo dos últimos anos, as regras de associação têm assumido um papel relevante na extracção de informação e de conhecimento em base de dados e vêm com isso auxiliar o processo de tomada de decisão. A maioria dos trabalhos de investigação desenvolvidos sobre regras de associação têm por base o modelo de suporte e confiança. Este modelo permite obter regras de associação que envolvem particularmente conjuntos de itens frequentes. Contudo, nos últimos anos, tem-se explorado conjuntos de itens que surgem com menor frequência, designados de regras de associação raras ou infrequentes. Muitas das regras com base nestes itens têm particular interesse para o utilizador. Actualmente a investigação sobre regras de associação procuram incidir na geração do maior número possível de regras com interesse aglomerando itens raros e frequentes. Assim, este estudo foca, inicialmente, uma pesquisa sobre os principais algoritmos de data mining que abordam as regras de associação. A finalidade deste trabalho é examinar as técnicas e algoritmos de extracção de regras de associação já existentes, verificar as principais vantagens e desvantagens dos algoritmos na extracção de regras de associação e, por fim, desenvolver um algoritmo cujo objectivo é gerar regras de associação que envolvem itens raros e frequentes.

Host-Guest interaction between herbicide oxadiargyl and hydroxypropyl-β-cyclodextrin

In the face of a growing human population and increased urbanization, the demand for pesticides will simply rise. Farmers must escalate yields on increasingly fewer farm acres. However, the risks of pesticides, whether real or perceived, may force changes in the way these chemicals are used. Scientists are working toward pest control plans that are environmentally sound, effective, and profitable. In this context the development of new pesticide formulations which may improve application effectiveness, safety, handling, and storage can be pointed out as a solution. As a contribution to the area, the microencapsulation of the herbicide oxadiargyl (OXA) in (2-hydroxypropyl)-β-cyclodextrin (HP-β-CD) was performed. The study was conducted in different aqueous media (ultrapure water and in different pH buffer solutions). In all cases an increment of the oxadiargyl solubility as a function of the HP-β-CD concentration that has been related to the formation of an inclusion complex was verified. UV-Vis and NMR experiments allowed concluding that the stoichiometry of the OXA/HP-β-CD complex formed is 1 : 1. The gathered results can be regarded as an important step for its removal from industrial effluents and/or to increase the stabilizing action, encapsulation, and adsorption in water treatment plants.

Screening for depressive symptoms in older adults in the Family Health Strategy, Porto Alegre, Brazil

OBJECTIVE To analyze the prevalence of depression in older adults and associated factors. METHODS Cross-sectional study using a stratified random sample of 621 individuals aged ≥ 60 from 27 family health teams in Porto Alegre, RS, Southern Brazil, between 2010 and 2012. Community health agents measured depression using the 15-item Geriatric Depression Scale. Scores of ≥ 6 were considered as depression and between 11 and 15 as severe depression. Poisson regression was used to search for independent associations of sociodemographic and self-perceived health with both depression and its severity. RESULTS The prevalence of depression was 30.6% and was significantly higher in women (35.9% women versus 20.9% men, p < 0.001). The variables independently associated with depression were: female gender (PR = 1.4, 95%CI 1.1;1.8); low education, especially illiteracy (PR = 1.8, 95%CI 1.2;2 6); regular self-rated health (OR = 2.2, 95%CI 1.6;3.0); and poor/very poor self-rated health (PR = 4.0, 95%CI 2.9;5.5). Except for education, the strength of association of these factors increases significantly in severe depression. CONCLUSIONS A high prevalence of depression was observed in the evaluations conducted by community health agents, professionals who are not highly specialized. The findings identified using the 15-item Geriatric Depression Scale in this way are similar to those in the literature, with depression more associated with low education, female gender and worse self-rated health. From a primary health care strategic point of view, the findings become still more relevant, indicating that community health agents could play an important role in identifying depression in older adults.

Gestão em farmácia - Implementação de um sistema de distribuição de medicamentos Pyxis®: um estudo de caso de dois hospitais centrais

Mestrado em Intervenção Sócio-Organizacional na Saúde - Área de especialização: Políticas de Administração e Gestão em Saúde