Reply to "Comment on 'Nature and entropy content of the ordering transitions in RCo2'"

In the previous Comment, Forker and co-workers claim that perturbed angular correlation (PAC) data leave no alternative to the conclusion that the spontaneous magnetization of PrCo2 and NdCo2 undergoes a discontinuous, first-order phase transition at TC. We show here that their claim is in clear contradiction with a wealth of experimental evidence, including our own. Finally, we propose a possible origin for the disagreement between their interpretation of the PAC results and the literature on this subject.

Modified Block Adaptive Predictive Coder For Speech Processing

This thesis investigated the potential use of Linear Predictive Coding in speech communication applications. A Modified Block Adaptive Predictive Coder is developed, which reduces the computational burden and complexity without sacrificing the speech quality, as compared to the conventional adaptive predictive coding (APC) system. For this, changes in the evaluation methods have been evolved. This method is as different from the usual APC system in that the difference between the true and the predicted value is not transmitted. This allows the replacement of the high order predictor in the transmitter section of a predictive coding system, by a simple delay unit, which makes the transmitter quite simple. Also, the block length used in the processing of the speech signal is adjusted relative to the pitch period of the signal being processed rather than choosing a constant length as hitherto done by other researchers. The efficiency of the newly proposed coder has been supported with results of computer simulation using real speech data. Three methods for voiced/unvoiced/silent/transition classification have been presented. The first one is based on energy, zerocrossing rate and the periodicity of the waveform. The second method uses normalised correlation coefficient as the main parameter, while the third method utilizes a pitch-dependent correlation factor. The third algorithm which gives the minimum error probability has been chosen in a later chapter to design the modified coder The thesis also presents a comparazive study beh-cm the autocorrelation and the covariance methods used in the evaluaiicn of the predictor parameters. It has been proved that the azztocorrelation method is superior to the covariance method with respect to the filter stabf-it)‘ and also in an SNR sense, though the increase in gain is only small. The Modified Block Adaptive Coder applies a switching from pitch precitzion to spectrum prediction when the speech segment changes from a voiced or transition region to an unvoiced region. The experiments cont;-:ted in coding, transmission and simulation, used speech samples from .\£=_‘ajr2_1a:r1 and English phrases. Proposal for a speaker reecgnifion syste: and a phoneme identification system has also been outlized towards the end of the thesis.

A Comparative Study of Convective Parameterization Schemes in WRF-NMM Model

Severe local storms, including tornadoes, damaging hail and wind gusts, frequently occur over the eastern and northeastern states of India during the pre-monsoon season (March-May). Forecasting thunderstorms is one of the most difficult tasks in weather prediction, due to their rather small spatial and temporal extension and the inherent non-linearity of their dynamics and physics. In this paper, sensitivity experiments are conducted with the WRF-NMM model to test the impact of convective parameterization schemes on simulating severe thunderstorms that occurred over Kolkata on 20 May 2006 and 21 May 2007 and validated the model results with observation. In addition, a simulation without convective parameterization scheme was performed for each case to determine if the model could simulate the convection explicitly. A statistical analysis based on mean absolute error, root mean square error and correlation coefficient is performed for comparisons between the simulated and observed data with different convective schemes. This study shows that the prediction of thunderstorm affected parameters is sensitive to convective schemes. The Grell-Devenyi cloud ensemble convective scheme is well simulated the thunderstorm activities in terms of time, intensity and the region of occurrence of the events as compared to other convective schemes and also explicit scheme

Soft Computing Approach for Optimization of siRNA Efficiency Prediction for Post-transcriptional Gene Silencing

Post-transcriptional gene silencing by RNA interference is mediated by small interfering RNA called siRNA. This gene silencing mechanism can be exploited therapeutically to a wide variety of disease-associated targets, especially in AIDS, neurodegenerative diseases, cholesterol and cancer on mice with the hope of extending these approaches to treat humans. Over the recent past, a significant amount of work has been undertaken to understand the gene silencing mediated by exogenous siRNA. The design of efficient exogenous siRNA sequences is challenging because of many issues related to siRNA. While designing efficient siRNA, target mRNAs must be selected such that their corresponding siRNAs are likely to be efficient against that target and unlikely to accidentally silence other transcripts due to sequence similarity. So before doing gene silencing by siRNAs, it is essential to analyze their off-target effects in addition to their inhibition efficiency against a particular target. Hence designing exogenous siRNA with good knock-down efficiency and target specificity is an area of concern to be addressed. Some methods have been developed already by considering both inhibition efficiency and off-target possibility of siRNA against agene. Out of these methods, only a few have achieved good inhibition efficiency, specificity and sensitivity. The main focus of this thesis is to develop computational methods to optimize the efficiency of siRNA in terms of “inhibition capacity and off-target possibility” against target mRNAs with improved efficacy, which may be useful in the area of gene silencing and drug design for tumor development. This study aims to investigate the currently available siRNA prediction approaches and to devise a better computational approach to tackle the problem of siRNA efficacy by inhibition capacity and off-target possibility. The strength and limitations of the available approaches are investigated and taken into consideration for making improved solution. Thus the approaches proposed in this study extend some of the good scoring previous state of the art techniques by incorporating machine learning and statistical approaches and thermodynamic features like whole stacking energy to improve the prediction accuracy, inhibition efficiency, sensitivity and specificity. Here, we propose one Support Vector Machine (SVM) model, and two Artificial Neural Network (ANN) models for siRNA efficiency prediction. In SVM model, the classification property is used to classify whether the siRNA is efficient or inefficient in silencing a target gene. The first ANNmodel, named siRNA Designer, is used for optimizing the inhibition efficiency of siRNA against target genes. The second ANN model, named Optimized siRNA Designer, OpsiD, produces efficient siRNAs with high inhibition efficiency to degrade target genes with improved sensitivity-specificity, and identifies the off-target knockdown possibility of siRNA against non-target genes. The models are trained and tested against a large data set of siRNA sequences. The validations are conducted using Pearson Correlation Coefficient, Mathews Correlation Coefficient, Receiver Operating Characteristic analysis, Accuracy of prediction, Sensitivity and Specificity. It is found that the approach, OpsiD, is capable of predicting the inhibition capacity of siRNA against a target mRNA with improved results over the state of the art techniques. Also we are able to understand the influence of whole stacking energy on efficiency of siRNA. The model is further improved by including the ability to identify the “off-target possibility” of predicted siRNA on non-target genes. Thus the proposed model, OpsiD, can predict optimized siRNA by considering both “inhibition efficiency on target genes and off-target possibility on non-target genes”, with improved inhibition efficiency, specificity and sensitivity. Since we have taken efforts to optimize the siRNA efficacy in terms of “inhibition efficiency and offtarget possibility”, we hope that the risk of “off-target effect” while doing gene silencing in various bioinformatics fields can be overcome to a great extent. These findings may provide new insights into cancer diagnosis, prognosis and therapy by gene silencing. The approach may be found useful for designing exogenous siRNA for therapeutic applications and gene silencing techniques in different areas of bioinformatics.

Numerical Feasibility Study for Treated Wastewater Recharge as a Tool to Impede Saltwater Intrusion in the Coastal Aquifer of Gaza – Palestine

The ongoing depletion of the coastal aquifer in the Gaza strip due to groundwater overexploitation has led to the process of seawater intrusion, which is continually becoming a serious problem in Gaza, as the seawater has further invaded into many sections along the coastal shoreline. As a first step to get a hold on the problem, the artificial neural network (ANN)-model has been applied as a new approach and an attractive tool to study and predict groundwater levels without applying physically based hydrologic parameters, and also for the purpose to improve the understanding of complex groundwater systems and which is able to show the effects of hydrologic, meteorological and anthropogenic impacts on the groundwater conditions. Prediction of the future behaviour of the seawater intrusion process in the Gaza aquifer is thus of crucial importance to safeguard the already scarce groundwater resources in the region. In this study the coupled three-dimensional groundwater flow and density-dependent solute transport model SEAWAT, as implemented in Visual MODFLOW, is applied to the Gaza coastal aquifer system to simulate the location and the dynamics of the saltwater–freshwater interface in the aquifer in the time period 2000-2010. A very good agreement between simulated and observed TDS salinities with a correlation coefficient of 0.902 and 0.883 for both steady-state and transient calibration is obtained. After successful calibration of the solute transport model, simulation of future management scenarios for the Gaza aquifer have been carried out, in order to get a more comprehensive view of the effects of the artificial recharge planned in the Gaza strip for some time on forestall, or even to remedy, the presently existing adverse aquifer conditions, namely, low groundwater heads and high salinity by the end of the target simulation period, year 2040. To that avail, numerous management scenarios schemes are examined to maintain the ground water system and to control the salinity distributions within the target period 2011-2040. In the first, pessimistic scenario, it is assumed that pumping from the aquifer continues to increase in the near future to meet the rising water demand, and that there is not further recharge to the aquifer than what is provided by natural precipitation. The second, optimistic scenario assumes that treated surficial wastewater can be used as a source of additional artificial recharge to the aquifer which, in principle, should not only lead to an increased sustainable yield of the latter, but could, in the best of all cases, revert even some of the adverse present-day conditions in the aquifer, i.e., seawater intrusion. This scenario has been done with three different cases which differ by the locations and the extensions of the injection-fields for the treated wastewater. The results obtained with the first (do-nothing) scenario indicate that there will be ongoing negative impacts on the aquifer, such as a higher propensity for strong seawater intrusion into the Gaza aquifer. This scenario illustrates that, compared with 2010 situation of the baseline model, at the end of simulation period, year 2040, the amount of saltwater intrusion into the coastal aquifer will be increased by about 35 %, whereas the salinity will be increased by 34 %. In contrast, all three cases of the second (artificial recharge) scenario group can partly revert the present seawater intrusion. From the water budget point of view, compared with the first (do nothing) scenario, for year 2040, the water added to the aquifer by artificial recharge will reduces the amount of water entering the aquifer by seawater intrusion by 81, 77and 72 %, for the three recharge cases, respectively. Meanwhile, the salinity in the Gaza aquifer will be decreased by 15, 32 and 26% for the three cases, respectively.

Fast Object Recognition in Noisy Images Using Simulated Annealing

A fast simulated annealing algorithm is developed for automatic object recognition. The normalized correlation coefficient is used as a measure of the match between a hypothesized object and an image. Templates are generated on-line during the search by transforming model images. Simulated annealing reduces the search time by orders of magnitude with respect to an exhaustive search. The algorithm is applied to the problem of how landmarks, for example, traffic signs, can be recognized by an autonomous vehicle or a navigating robot. The algorithm works well in noisy, real-world images of complicated scenes for model images with high information content.

Validación de la escala de calidad de vida MELASQoL, en un grupo de pacientes colombianas con melasma

El objetivo del estudio consistió en validar la escala de calidad de vida MELASQOL al idioma español en un grupo de mujeres colombianas con melasma. La muestra de estudio correspondió a 80 pacientes, las cuales asistieron a consulta de medicina estética de la IPS Quinta de Mutis de la Universidad del Rosario, por presentar melasma, se les pidió su participación y datos de ubicación telefónica para aplicarles la escala traducida al idioma español (MELASQOL-t) mediante la guía QoLMs (guidelines for cross-cultural adaptation of health-related), para validación de escalas propuesta por la OMS, en un segundo contacto vía telefónica. Una vez obtenida la respuesta telefónica a la escala de todas las pacientes, se procesaron los datos para validación mediante análisis estadístico; bajo los parámetros de congruencia interna, validez de criterio y reproducibilidad. Solo con una pequeña parte (n=10) de la muestra se efectuó un tercer contacto telefónico con fines estadísticos. El promedio de edad del grupo estudiado correspondió a 40±12 años, el estrato socioeconómico de mayor frecuencia fue el tres (3), con mayor distribución en el nivel educativo de estudios universitarios completos, se obtuvieron para los criterios de validación los siguientes datos: congruencia interna con a-cronbach=0.88, validez con rs=0.70-p<0.001 y reproducibilidad con coeficiente de correlación intraclase =0.959 (IC 95%: 0.986, p<0.001). La conclusión principal fue que la escala MELASQOL traducida al idioma español se validó bajo criterios adecuados, obteniendo buenos índices para medir calidad de vida en el grupo de mujeres colombianas con melasma estudiadas.

Retinoscopía estática: variabilidad interobservadores entre docentes y estudiantes de optometría en una institución universitaria de Bogotá D.C.

Introducción: el gold estándar para el error refractivo es la retinoscopía. Los docentes de optometría al evaluar estudiantes, aceptan una diferencia de ±0,50D en la refracción pero no se ha evaluado estadísticamente si es adecuado para ametropías bajas y altas. El objetivo fue cuantificar el grado de concordancia interobservadores en retinoscopía estática entre docentes y estudiantes, para ametropías altas y bajas. Metodología: estudio de concordancia entre 4 observadores en 40 ojos, 20 con ametropías altas y 20 con bajas; muestreo no probabilístico por conveniencia. Análisis estadístico con coeficiente de correlación intraclase, confiabilidad 95%, poder 90%, y con método gráfico de límites de acuerdo al 95%. Resultados: concordancia para el equivalente esférico entre docentes 0,96 y entre estudiantes 0,56. En estudiantes concordancia de 0,89 para defectos refractivos bajos y docentes 0,96 para defectos altos. Concordancia entre cuatro examinadores 0,78, defectos bajos 0,86 y para altos 0,67. Margen de error entre docentes ±0,87D y estudiantes ±3,15D. En defectos bajos ±0,61D para docentes y ±0,80D para estudiantes y en defectos altos ±1,10D y ±4,22D respectivamente. Discusión: hubo mayor confiabilidad en retinoscopía entre profesionales experimentados. Se comparó la concordancia entre docentes y estudiantes, por eso puede haberse encontrado menor concordancia que la descrita por otros estudios que compararon entre profesionales a pesar haber sido elegidos por sus buenas calificaciones. Se deben formular estrategias de enseñanza que permitan reducir los márgenes de error obtenidos y mejorar la concordancia entre docentes y estudiantes.

Parámetros cuantitativos de la resonancia magnética cerebral en esclerosis múltiple y su correlación con la discapacidad

A pesar del amplio uso de la resonancia magnética en la esclerosis múltiple no se ha logrado una adecuada correlación clínico-imagenológica en esta enfermedad. Objetivo: Determinar la correlación del volumen normalizado de sustancia gris y del volumen de lesiones hipointensas en T1 obtenidos a partir de la resonancia magnética cerebral con la escala de discapacidad extendida en pacientes con diagnóstico de esclerosis múltiple. Materiales y métodos: Estudio retrospectivo en pacientes con diagnóstico de esclerosis múltiple de la Fundación Cardioinfantil. Se obtuvieron los resultados de la escala de discapacidad expandida así como análisis cuantitativo de las imágenes correspondientes de resonancia magnética por medio de la herramienta SIENA. Se cuantificaron el volumen del parénquima cerebral, sustancia gris, sustancia blanca y volumen de lesiones hipointensas en T1. Posteriormente, se relacionaron estos resultados con la escala de discapacidad extendida de Kurtzke previamente obtenida. Para el análisis estadístico se emplearon el test correlación de Spearman y t de Student y Hotelling. Resultados: Se incluyeron 58 pacientes, encontrándose correlaciones estadísticamente significativas entre la escala de discapacidad extendida y volumen de parénquima cerebral, volumen de sustancia gris y volumen de lesiones hipointensas en T1; de 0.384, 0.386 y 0.39. No se encontró una relación entre el volumen de sustancia blanca y la escala de discapacidad. Conclusiones: Existe una correlación clínico-imagenológica moderada en la esclerosis múltiple. La cuantificación de los parámetros propuestos en este estudio podría ser utilizada como herramienta en el seguimiento de la enfermedad y monitorización de nuevos tratamientos.

Asociación entre los valores de RANTES y la clínica en pacientes con rinitis alérgica

Objetivo: El siguiente estudio tiene como objetivo determinar, los valores de RANTES, posterior a la exposición a ácaros, para evaluar su asociación con la escala ARIA, en el grupo de pacientes seleccionado. Diseño: Estudio descriptivo correlacional, Materiales y Métodos: Se incluyeron 17 pacientes que consultaron por Rinitis Alérgica al Hospital de la Samaritana entre el 01 Julio del 2010 y el 01 Julio del 2011, y que cumplieron los criterios de selección, de los cuales se obtuvieron 34 muestras de lavados nasales posterior a provocación intranasal con ácaros. Resultados: Los pacientes mostraron mayor tendencia a pertenecer al grupo de síntomas de mayor severidad y frecuencia según la escala ARIA. Los valores de RANTES encontrados en lavados nasales tuvieron un promedio de 8,1 pg/ml (+/- 19DS). Conclusión: Se encontró una positividad en los valores de la citoquina CCL5 en los lavados nasales del 20% de los pacientes. El coeficiente de correlación obtenido, muestra una asociación débil.

Concordancia de presión sistólica pulmonar estimada por ultrasonografía y cateterismo cardíaco derecho en pacientes candidatos a trasplante cardíaco

Introducción: A los pacientes con Insuficiencia Cardíaca (IC) estadio D candidatos a trasplante cardiaco se les realiza la determinación de las presiones de la arteria pulmonar por CCD considerada como prueba de oro. Se decidió conocer si la medición de las presión de la arteria pulmonar obtenidas por ECO TT tenían concordancia con las obtenidas por el CCDen estos paciente que fueron evaluados para trasplante cardiaco. Metodología: Se realizó una recolección retrospectiva de los datos consignados en las historias clínicas de todos los pacientes que fueron receptores de un trasplante cardiaco en la FCI-IC desde septiembre del 2005 hasta Mayo del 2013 y se determinó la concordancia entre la presión sistólica pulmonar evaluado por ECO TT y CCD. Resultados: Se incluyeron 46 pacientes. El 76,1% son hombres y con edad promedio de 46,4 ± 13,1. La PSAP estimada por CCD fue 48,3 ± 13,1 mmHg Vs 45,1 ± 12,1 mmHg por ECO TT. La fracción de eyección fue 15,1 ± 4,06% (IC: 13,95-16,36). El 75,9% de los pacientes tenían HTP moderada y severa. La concordancia entre la PSAP determinada por ambos métodos fue 0,475 (I,C: 0.256 - 0.694), y el coeficiente de correlación intraclase fue de 0,090, indicando una baja concordancia entre los dos métodos. Discusión: La determinación de las presiones pulmonares determinada por ECO TT tiene mala concordancia con las obtenidas por CCD. No se debe usar este estudio para excluir los pacientes candidatos a trasplante cardiaco ni para evaluar las variaciones de las misma en la evolución de la enfermedad.

Presión arterial en preescolares de la localidad de Usaquén en Bogotá

Introducción: La hipertensión arterial es un problema de salud pública tanto en países industrializados como en vía de desarrollo. Su prevalencia en la infancia viene en aumento por lo que es relevante determinarla en niños preescolares a nivel local. Objetivo: Determinar la prevalencia de hipertensión arterial en niños de tres a cinco años de una cohorte de 14 hogares infantiles del ICBF de la localidad de Usaquén en Bogotá. Materiales y métodos: Se realizó un estudio de corte transversal analítico, utilizando la base de datos de un ensayo aleatorizado y controlado del año 200913, y se evaluaron las cifras de tensión arterial de acuerdo a sexo, edad, talla y su correlación con el IMC con un nivel de confianza del 95% y precisión del 1%. Se calcularon las medias, desviaciones estándar, percentiles y prevalencia. Resultados: Se obtuvo una muestra de 1035 casos, encontrándose una prevalencia de 4,5% de HTA sistólica, 10,4% de diastólica, ambas en estadio I; teniendo en cuenta tanto sistólica como diastólica, fue de 11,6% en estadio I. Se determinaron los valores de presión arterial sistólica y diastólica en cuartiles de acuerdo a edad, sexo y talla. El coeficiente de correlación entre el IMC y los niveles de presión arterial sistólica y diastólica fueron de 0.0992 y 0.0362 respectivamente. Conclusión: La prevalencia de HTA general fue de 11,6%, predominando la diastólica en estadio I en niños preescolares. No se encontró correlación entre el IMC y las cifras de tensión arterial sistólica y diastólica.

Correlación entre perfil psicomotor y rendimiento lógico-matemático en niños de 4 a 8 años

Objetivo: determinar la correlación entre el perfil psicomotor y el rendimiento lógico-matemáticoen los niños entre 4 y 8 años. Materiales y métodos: estudio de corte transversal en 389niños y niñas estudiantes de ocho instituciones educativas públicas de la ciudad de Barranquillay del municipio de Puerto Colombia. Se evaluó el perfil psicomotor con la batería de Vítor DaFonseca y el rendimiento lógico-matemático mediante el promedio académico durante el períodode la medición. Se calculó la media aritmética, la desviación estándar y las proporciones, asícomo el coeficiente de correlación de Pearson. Resultados: la media para la edad fue 5,5±1,2años. Un60% fue de sexo femenino. Se encontró una correlación entre el perfil psicomotor y elrendimiento lógico-matemático de 0,12 (p=0,01). Conclusiones: existe una correlación directaentre el perfil psicomotor y el rendimiento lógico-matemático.

Reproducibilidad de las pruebas Arm Curl y Chair Stand para evaluar resistencia muscular en población adulta mayor

Objetivo: evaluar la reproducibilidad prueba-reprueba y el nivel de acuerdo entre mediciones de las pruebas 30 seg (30-s) Arm Curl y 30-s Chair Stand en una muestra de adultos mayores de Bucaramanga. Materiales y métodos: se realizó un estudio de evaluación de tecnologías diagnósticas. Ambas pruebas fueron administradas en dos oportunidades por el mismo evaluador a 111 adultos mayores de 59 años (70,4 ± 7,3), con un intervalo de 4 a 8 días. En el análisis se determinó la reproducibilidad prueba-reprueba mediante el coeficiente de correlación intraclase, CCI= 2,1 con sus respectivos intervalos de confianza de 95% (IC 95%). El nivel de acuerdo se estableció mediante el método de Bland y Altman. Resultados: la reproducibilidad prueba-reprueba para el 30-s Arm Curl test fue muy buena, con un CCI= 0,88 y para el 30-s Chair Stand test fue buena,con un CCI= 0,78. Así, el acuerdo fue muy bueno para las dos pruebas de resistencia muscular. Los límites de acuerdo de 95% estuvieron entre -3,8 y 3,2 repeticiones para la prueba 30-s ChairStand y entre -3,1 y 2,8 repeticiones para la prueba 30-s Arm Curl. Conclusión: las pruebas 30-s Arm Curl y 30-s Chair Stand tienen buena reproducibilidad y nivel de acuerdo para evaluar resistencia muscular en adultos mayores funcionalmente independientes.

Propiedades psicométricas del test de competencias motoras Bruininks Oseretsky en versión corta para niños entre 4 y 7 años en Chía y Bogotá – Colombia.

Existen importantes pruebas de valoración que miden habilidades o competencias motoras en el niño; a pesar de ello Colombia carece de estudios que demuestren la validez y la confiabilidad de un test de medición que permita emitir un juicio valorativo relacionado con las competencias motoras infantiles, teniendo presente que la intervención debe basarse en la rigurosidad que exigen los procesos de valoración y evaluación del movimiento corporal. Objetivo. El presente estudio se centró en determinar las propiedades psicométricas del test de competencias motoras Bruininiks Oseretsky –BOT 2- segunda edición. Materiales y métodos. Se realizó una evaluación de pruebas diagnósticas con 24 niños aparentemente sanos de ambos géneros, entre 4 y 7 años, residentes en las ciudades de Chía y Bogotá. La evaluación fue realizada por 3 evaluadores expertos; el análisis para consistencia interna se realizó utilizando el Coeficiente Alfa de Cronbach, el análisis de reproducibilidad se estableció a través del Coeficiente de Correlación Intraclase –CCI- y para el análisis de la validez concurrente se utilizó el Coeficiente de Correlación de Pearson, considerando un alfa=0.05. Resultados. Para la totalidad de las pruebas, se encontraron altos índices de confiabilidad y validez. Conclusiones. El BOT 2 es un instrumento válido y confiable, que puede ser utilizado para la evaluación e identificación del nivel de desarrollo en que se encuentran las competencias motoras en el niño.