Methodologic rigor of clinical trials on surgical management of eyes with coexisting cataract and glaucoma.

OBJECTIVE:

To assess the methodologic quality of published studies of the surgical management of coexisting cataract and glaucoma.

DESIGN:

Literature review and analysis.

METHOD:

We performed a systematic search of the literature to identify all English language articles pertaining to the surgical management of coexisting cataract and glaucoma in adults. Quality assessment was performed on all randomized controlled trials, nonrandomized controlled trials, and cohort studies. Overall quality scores and scores for individual methodologic domains were based on the evaluations of two experienced investigators who independently reviewed articles using an objective quality assessment form.

MAIN OUTCOME MEASURES:

Quality in each of five domains (representativeness, bias and confounding, intervention description, outcomes and follow-up, and statistical quality and interpretation) measured as the percentage of methodologic criteria met by each study.

RESULTS:

Thirty-six randomized controlled trials and 45 other studies were evaluated. The mean quality score for the randomized, controlled clinical trials was 63% (range, 11%-88%), and for the other studies the score was 45% (range, 3%-83%). The mean domain scores were 65% for description of therapy (range, 0%-100%), 62% for statistical analysis (range, 0%-100%), 58% for representativeness (range, 0%-94%), 49% for outcomes assessment (range, 0%-83%), and 30% for bias and confounding (range, 0%-83%). Twenty-five of the studies (31%) received a score of 0% in the bias and confounding domain for not randomizing patients, not masking the observers to treatment group, and not having equivalent groups at baseline.

CONCLUSIONS:

Greater methodologic rigor and more detailed reporting of study results, particularly in the area of bias and confounding, could improve the quality of published clinical studies assessing the surgical management of coexisting cataract and glaucoma.

Surgical strategies for coexisting glaucoma and cataract: an evidence-based update.

OBJECTIVE:

To assess short- and long-term control of intraocular pressure (IOP) with different surgical treatment strategies for coexisting cataract and glaucoma.

DESIGN:

Systematic literature review and analysis.

METHOD:

We performed a search of the published literature to identify all eligible articles pertaining to the surgical management of coexisting cataract and glaucoma in adults. One investigator abstracted the content of each article onto a custom-designed form. A second investigator corroborated the findings. The evidence supporting different approaches was graded by consensus as good, fair, weak, or insufficient.

MAIN OUTCOME MEASURES:

Short-term (24 hours or fewer) and long-term (more than 24 hours) IOP control.

RESULTS:

The evidence was good that long-term IOP is lowered more by combined glaucoma and cataract operations than by cataract operations alone. On average, the IOP was 3 to 4 mmHg lower in the combined groups with fewer medications required. The evidence was weak that extracapsular cataract extraction (ECCE) alone results in short-term increase in IOP and was insufficient to determine the short-term impact of phacoemulsification cataract extraction (PECE) on IOP in glaucoma patients. The evidence was weak that short-term IOP control was better with ECCE or PECE combined with an incisional glaucoma procedure compared with ECCE or PECE alone. The evidence was also weak (but consistent) that long-term IOP is lowered by 2 to 4 mmHg after ECCE or PECE. Finally, there was weak evidence that combined PECE and trabeculectomy produces slightly worse long-term IOP control than trabeculectomy alone, and there was fair evidence that the same is true for ECCE combined with trabeculectomy.

CONCLUSIONS:

There is strong evidence for better long-term control of IOP with combined glaucoma and cataract operations compared with cataract surgery alone. For other issues regarding surgical treatment strategies for cataract and glaucoma, the available evidence is limited or conflicting.

Effect of technique on intraocular pressure after combined cataract and glaucoma surgery: An evidence-based review.

TOPIC:

To analyze the literature pertaining to the techniques used in combined cataract and glaucoma surgery, including the technique of cataract extraction, the timing of the surgery (staged procedure versus combined procedure), the anatomic location of the operation, and the use of antifibrosis agents.

CLINICAL RELEVANCE:

Cataract and glaucoma are both common conditions and are often present in the same patient. There is no agreement concerning the optimal surgical management of these disorders when they coexist.

METHODS/LITERATURE REVIEWED:

Electronic searches of English language articles published since 1964 were conducted in Pub MED and CENTRAL, the Cochrane Collaboration's database. These were augmented by a hand search of six ophthalmology journals and the reference lists of a sample of studies included in the literature review. Evidence grades (A, strong; B, moderate; C, weak; I, insufficient) were assigned to the evidence that involved a direct comparison of alternative techniques.

RESULTS:

The preponderance of evidence from the literature suggests a small (2-4 mmHg) benefit from the use of mitomycin-C (MMC), but not 5-fluorouracil (5-FU), in combined cataract and glaucoma surgery (evidence grade B). Two-site surgery provides slightly lower (1-3 mmHg) intraocular pressure (IOP) than one-site surgery (evidence grade C), and IOP is lowered more (1-3 mmHg) by phacoemulsification than by nuclear expression in combined procedures (evidence grade C). There is insufficient evidence to conclude either that staged or combined procedures give better results or that alternative glaucoma procedures are superior to trabeculectomy in combined procedures.

CONCLUSIONS:

In the literature on surgical techniques and adjuvants used in the management of coexisting cataract and glaucoma, the strongest evidence of efficacy exists for using MMC, separating the incisions for cataract and glaucoma surgery, and removing the nucleus by phacoemulsification.

Cataract after glaucoma filtration surgery.

PURPOSE:

We reviewed the evidence regarding cataract incidence and progression after glaucoma surgery.

DESIGN:

Evidence-based review of available literature.

METHODS:

We performed a systematic review of relevant studies published in English.

RESULTS:

Reports of visually significant cataract after glaucoma surgery are supported by data from randomized clinical trials and large case series.

CONCLUSIONS:

Patients undergoing glaucoma surgery are at increased risk for the development and progression of cataract.

Efeitos genotóxicos e bioquímicos de xenobióticos em animais aquáticos

No presente trabalho, foi estudado um largo espectro de efeitos genotóxicos e bioquímicos na tainha-garrento (Liza aurata). Nos Capítulos II e III são descritos os efeitos de exposição de curta duração ao fenantreno, um hidrocarboneto aromático policíclico (HAP). A exposição de curta duração (16 horas) demonstrou a capacidade deste composto induzir a actividade da enzima de fase I da biotransformação, etoxiresorufina O-desetilase (EROD), provocar decréscimos de integridade no ADN hepático e aumento de anomalias nucleares eritrocíticas (ANE). Em termos de respostas de stresse, os níveis plasmáticos de cortisol e glucose aumentaram face à exposição a este HAP. A exposição ao fenantreno induziu o decréscimo da glutationa peroxidase (GPx) nas guelras, enquanto que no fígado a actividade da GPx aumentou. No rim, a actividade da glutationa S-transferase (GST) foi inibida. Nas guelras, verificou-se um aumento da catalase. O fenantreno demonstrou igualmente a capacidade de induzir um aumento dos níveis de glutationa nas guelras e fígado. Estas respostas demonstraram a sensibilidade de L. aurata, a este HAP, realçando a especificidade das respostas em termos de órgãos. Apesar dos aumentos das defesas antioxidantes, o potencial tóxico deste composto foi demonstrado pelo aumento da peroxidação lipídica nos três órgãos. Nos capítulos seguintes, são descritas as respostas de L. aurata capturada na Ria de Aveiro, em locais com diferentes perfis de contaminação, inicialmente no Outono de 2005 (Capítulos III a IX) e posteriormente analisando respostas sazonais (Capítulos X e XI). A análise de respostas de stresse (cortisol, glucose e lactato) revelou que L. aurata capturada em Vagos (local contaminado por HAPs) apresentava níveis baixos de cortisol, enquanto que no Laranjo (local contaminado por mercúrio) apresentavam elevados níveis de glucose e lactato. Relativamente às hormonas do eixo hipotálamo – hipófise – tiróide (HHT), foram observados elevados níveis plasmáticos da hormona estimuladora da tiróide (TSH) nos organismos capturados no Laranjo, baixos níveis de tiroxina (T4) nos organismos da Barra (local sujeito a tráfego naval) e baixos níveis de triiodotironina (T3) no Rio Novo do Príncipe (próximo de um antigo efluente de pasta de papel), Laranjo e Vagos. A avaliação das defesas antioxidantes, dano oxidativo e genotóxico nas guelras, rim e fígado revelou diferenças significativas nas respostas dos órgãos. L. aurata capturada na Barra apresentou dano oxidativo nas guelras (Capítulo V). No rim foi detectada uma diminuição da integridade do ADN no Rio Novo do Príncipe e Vagos (Capítulo VI), enquanto que no fígado foi observado dano lipídico na Gafanha e Vagos (Capítulo VIII). O dano não esteve sempre associado a um decréscimo das defesas. As análises da água e do sedimento da Ria de Aveiro (Outono de 2005) revelaram elevadas concentrações de metais (Cd, Hg, Cu e Zn),principalmente, no Laranjo e Rio Novo do Príncipe. L. aurata capturada nestes locais apresentou os níveis mais elevados de metalotioninas hepáticas (Capítulo VII) que parecem responsáveis pela inexistência de danos no fígado (Capítulo VIII). O dano oxidativo no ADN, avaliado através da quantificação dos níveis plasmáticos de 8-hidroxi-2-desoxiguanosina (8-OHdG) e o dano clastogénico/aneugénico, avaliado através da quantificação da frequência de ANE, foram estudados, no Outono de 2005, em duas espécies de peixes (L. aurata e Dicentrarchus labrax - robalo) (Capítulo IX). Os resultados revelaram grande sensibilidade de D. labrax em termos de dano oxidativo no ADN na Gafanha, Rio Novo do Príncipe e Vagos, enquanto que L. aurata apresentou dano oxidativo apenas no Laranjo. O aumento da frequência de ANE apenas foi detectado em L. aurata, em Vagos, não se tendo detectado correlação entre estes dois parâmetros. O estudo sazonal (Maio de 2006 a Março de 2007) do dano oxidativo no ADN e frequência de ANE em L. aurata (Capítulo X) demonstrou a variação destes parâmetros com a estação do ano, apesar de não se ter verificado correlação com os parâmetros hidrológicos determinados. No entanto, no local de referência não se verificaram diferenças sazonais, o que sugere que estes biomarcadores reflectem variações de biodisponibilidade de contaminantes. A análise global dos resultados das diferentes estações do ano revelou que L. aurata capturada no Rio Novo do Príncipe e em Vagos apresentou maior susceptibilidade a dano oxidativo no ADN. No entanto, apenas L. aurata capturada em Vagos apresentou frequência de ANE superior à do local de referência. Os dados do estudo sazonal revelaram uma correlação entre dano oxidativo e ANE, sugerindo o stresse oxidativo como um possível mecanismo envolvido na formação de anomalias. A integridade do ADN das guelras, rim, fígado e sangue de L. aurata foi igualmente estudada ao longo de um ano (Capítulo XI), tendo-se verificado uma grande variabilidade ao longo deste período. Não foi demonstrada sensibilidade a um perfil de contaminação específico, tendo-se verificando variabilidade sazonal no local de referência. Globalmente, os resultados demonstraram a importância da utilização de uma bateria de biomarcadores na monitorização ambiental e a especificidade da resposta dos diferentes órgãos de L. aurata.

Mercury in feral fish: distribution, accumulation and toxicity

O principal objectivo desta dissertação foi estudar a acumulação de mercúrio em vários tecidos de peixes marinhos, a sua relação com factores biológicos e as respectivas respostas bioquímicas. O trabalho realizado permitiu obter novos conhecimentos sobre a acumulação de mercúrio em peixes, possibilitando avaliar a influência da biodisponibilidade do elemento e as suas possíveis implicações no ambiente. O trabalho foi desenvolvido na Ria de Aveiro (Portugal), uma zona costeira onde existe um gradiente ambiental de mercúrio, o que oferece a oportunidade de estudar a sua acumulação e os seus efeitos tóxicos em condições realísticas. As amostragens foram efectuadas em dois locais considerados críticos em termos de contaminação por mercúrio – Largo do Laranjo (L1 e L2) e num local afastado da principal fonte de poluição, usado como termo de comparação (Referência; R); L1 e L2 corresponderam a locais moderadamente e altamente contaminados, respectivamente. Foram escolhidos juvenis de duas espécies ecologicamente diferentes e representativas da comunidade piscícola local, a tainha garrento (Liza aurata) e o robalo (Dicentrarchus labrax). Em cada local foram recolhidas amostras de água e de sedimento para determinação de mercúrio. Foram quantificadas as concentrações de mercúrio total (T-Hg) e orgânico (O-Hg) em vários tecidos dos peixes, escolhidos tendo em conta a sua função relativamente à toxicocinética e toxicodinâmica de metais. As respostas antioxidantes (Catalase- CAT, glutationa peroxidase- GPx, glutationa reductase- GR, glutationa –S-transferase- GST e conteúdo em glutationa total- GSHt), o dano peroxidativo (LPO) e o conteúdo em metalotioninas (MTs) foram também avaliados. A acumulação de T-Hg foi semelhante para as duas espécies de peixes estudadas, embora D. labrax tenha apresentado concentrações tendencialmente maiores. Ambas as espécies demonstraram capacidade de reflectir o grau de contaminação ambiental existente, indicando claramente que a acumulação depende da concentração ambiental. A acumulação revelou-se específica de cada tecido. O padrão da acumulação em L. aurata foi rim > fígado > músculo > cérebro > guelras > sangue e em D. labrax foi fígado > rim > músculo > cérebro ≈ guelras > sangue. Relativamente à acumulação de OHg, verificou-se que D. labrax exibiu concentrações mais elevadas que L. aurata. Todos os tecidos foram capazes de reflectir diferenças entre R e L2. Os níveis de O-Hg no fígado, músculo e nos conteúdos intestinais foram diferentes entre espécies, sendo mais elevados para D. labrax. As guelras e o intestino foram os tecidos onde se obtiveram os valores mais baixos de O-Hg e observaram-se valores idênticos para as duas espécies. Com excepção das guelras, as concentrações de O-Hg variaram em função do valor observado nos conteúdos intestinais, indicando que a alimentação é a via dominante da acumulação. As concentrações de O-Hg nos conteúdos intestinais revelaram ser uma informação relevante para prever a acumulação de O-Hg nos tecidos, pois verificou-se uma razão praticamente constante entre o teor de mercúrio no fígado, no músculo e nos conteúdos intestinais. A percentagem de O-Hg no músculo e no fígado variou de acordo com o grau de contaminação ambiental e com o tipo de assimilação preferencial do elemento (alimentação vs. água), sugerindo que o fígado exerce um papel protector em relação à acumulação de mercúrio nos outros órgãos. Ambas as espécies de peixes demonstraram ser boas sentinelas da contaminação ambiental com mercúrio (T-Hg e O-Hg), sendo o cérebro e o músculo os tecidos que melhor reflectiram o grau de acumulação com o elemento. A análise conjunta dos dados de bioacumulação e de respostas ao stress oxidativo permitiram estabelecer uma relação entre as concentrações de mercúrio nas guelras, fígado, rim e cérebro e a sua toxicidade. As respostas do cérebro aos efeitos tóxicos do mercúrio revelaram ser específicas de cada espécie. Enquanto que para o cérebro de L. aurata se verificou um decréscimo de todos os parâmetros antioxidantes estudados nos locais contaminados, sem haver evidência de qualquer mecanismo compensatório, no D. labrax observaram-se respostas ambivalentes, que indicam por um lado a activação de mecanismos adaptativos e, por outro, o decréscimo das respostas antioxidantes, ou seja, sinais de toxicidade. Embora em ambas as espécies de peixe fosse evidente uma condição pró-oxidante, o cérebro parece possuir mecanismos compensatórios eficientes, uma vez que não se verificou peroxidação lipídica. As respostas antioxidantes do cérebro de D. labrax foram comparadas em diferentes períodos do ano - quente vs. frio. O período quente mostrou ser mais crítico, uma vez que no período frio não se verificaram diferenças nas respostas entre locais, ou seja, a capacidade antioxidante do cérebro parece ser influenciada pelos factores ambientais. As guelras revelaram susceptibilidade à contaminação por mercúrio, uma vez que se verificou uma tendência para o decréscimo da actividade de CAT em L2 e ausência de indução em L1. O fígado e o rim demonstraram mecanismos adaptativos face ao grau de contaminação moderada (L1), evidenciados pelo aumento de CAT. O rim também demonstrou adaptabilidade face ao grau elevado de contaminação (L2), uma vez que se verificou um aumento GST. Embora o grau de susceptibilidade tenha sido diferente entre os órgãos, não se verificou peroxidação lipídica em nenhum. A determinação do conteúdo em MTs em D. labrax e em L. aurata revelou que este parâmetro depende não só da espécie, mas também do tecido em causa. Assim, em D. labrax foi observado um decréscimo de MTs no cérebro, bem como a incapacidade de síntese de MTs no sangue, guelras, fígado, rim e músculo. Em L. aurata observou-se um aumento do conteúdo em MTs no fígado e no músculo. Estes resultados indicam que a aplicabilidade das MTs como biomarcador de exposição ao mercúrio parece ser incerta, revelando limitações na capacidade de reflectir os níveis de exposição ao metal e por consequência o grau de acumulação. Este trabalho comprova a necessidade de se integrarem estudos de bioacumulação com biomarcadores de efeitos, de modo a reduzir os riscos de interpretações erróneas, uma vez que as respostas nem sempre ocorrem para os níveis mais altos de contaminação ambiental com mercúrio.

Teoria e prática do baixo contínuo em Portugal (1735-1820)

Este projecto de investigação constitui-se por um levantamento e análise da produção teórica (Morato, Pedroso, Gomes da Silva, Solano, Silva Leite, Varela, Fonseca, Marques e Silva e Totti) e de métodos de cariz prático (Mazza, Perez, J. J Santos, Sousa Carvalho, Solano, Policarpo e Marcos Portugal) relacionados ao baixo contínuo em Portugal entre 1735 e 1820. Contextualizando a produção teórica nacional com as influências espanholas, italianas e francesas, e a grande produção portuguesa de partimentos e solfejos com acompanhamento, que é contextualizada com a matriz napolitana.

Nanosensor for assessing the risk of a cardiovascular disease

The incidence of cardiovascular diseases (CVD) has been increasing according to the European and global statistics. Thus, the development of new analytical devices, such as biosensors for assessing the risk of CVD could become a valuable approach for the improvement of healthcare service. In latest years, the nanotechnology has provided new materials with improved electronic properties which have an important contribution in the transduction mechanism of biosensors. Thus, in this thesis, biosensors based on field effect transistors with single-walled carbon nanotubes (NTFET) were developed for the detection of C-reactive protein (CRP) in clinical samples, that is, blood serum and saliva from a group of control patients and a group of CVD risk patients. CRP is an acute-phase protein, which is commonly known as the best validated biomarker for the assessment of CVD, the single-walled carbon nanotubes (SWCNT) were applied as transduction components, and the immunoreaction (interaction between the CRP antigen and the antibodies specific to CRP) was used as the mechanism of molecular recognition for the label-free detection of CRP. After the microfabrication of field effect transistors (FET), the screening of the most important variables for the dispersion of SWCNT, the assemblage of NTFET, and their application on standard solutions of CRP, it was found that NTFET respond accurately to CRP both in saliva and in serum samples, since similar CRP levels were found with the NTFET and the traditional methodology (ELISA technique). On the other hand, a strong correlation between salivary and serum CRP was found with NTFET, which means that saliva could be used, based on non-invasive sampling, as an alternative fluid to blood serum. It was also shown that NTFET could discriminate control patients from CVD risk patients, allowing the determination of a cut-off value for salivary CRP of 1900 ng L-1, which corresponds to the well established cut-off of 3 mg L-1 for CRP in serum, constituting an important finding for the possible establishment of a new range of CRP levels based on saliva. According to the data provided from the volunteer patients regarding their lipoprotein profile and lifestyle factors, it was concluded that the control and the CVD risk patients could be separated taking into account the various risk factors established in literature as strong contributors for developing a CVD, such as triglycerides, serum CRP, total cholesterol, LDL cholesterol, body mass index, Framingham risk score, hypertension, dyslipidemia, and diabetes mellitus. Thus, this work could provide an additional contribution to the understanding of the association of biomarkers levels in serum and saliva samples, and above all, cost-effective, rapid, label-free, and disposable NTFET were developed, based on a noninvasive sampling, for the assessment of CVD risk, thus constituting a potential point-of-care technology.

Estratégias educativas para a improvisação do tento de meio-registo de baixo

Esta investigação visa a criação de estratégias educativas para o ensino/aprendizagem da improvisação do tento de meio-registo de baixo, modelo composicional específico do repertório organístico da Península Ibérica nos séculos XVI a XVIII. Estas estratégias educativas concretizam-se numa proposta de manual de improvisação que deverá constituir-se como contributo didáctico, no âmbito do sistema de ensino, e como agente impulsionador da improvisação em órgão ibérico.

Evolution of the extracellular matrix in deuterostomes and the influence of calcitropic hormones

Tese de dout., Biologia (Biologia Molecular), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2010

Five gonadotrophin-releasing hormone receptors in a teleost fish: isolation, tissue distribution and phylogenetic relationships

Gonadotrophin-releasing hormone (GnRH) is the main neurohormone controlling gonadotrophin release in all vertebrates, and in teleost fish also of growth hormone and possibly of other adenohypophyseal hormones. Over 20 GnRHs have been identified in vertebrates and protochoordates and shown to bind cognate G-protein couple receptors (GnRHR). We have searched the puffer fish, Fugu rubripes, genome sequencing database, identified five GnRHR genes and proceeded to isolate the corresponding complementary DNAs in European sea bass, Dicentrachus labrax. Phylogenetic analysis clusters the European sea bass, puffer fish and all other vertebrate receptors into two main lineages corresponding to the mammalian type I and II receptors. The fish receptors could be subdivided in two GnRHR1 (A and B) and three GnRHR2 (A, B and C) subtypes. Amino acid sequence identity within receptor subtypes varies between 70 and 90% but only 50–55% among the two main lineages in fish. All European sea bass receptor mRNAs are expressed in the anterior and mid brain, and all but one are expressed in the pituitary gland. There is differential expression of the receptors in peripheral tissues related to reproduction (gonads), chemical senses (eye and olfactory epithelium) and osmoregulation (kidney and gill). This is the first report showing five GnRH receptors in a vertebrate species and the gene expression patterns support the concept that GnRH and GnRHRs play highly diverse functional roles in the regulation of cellular functions, besides the ‘‘classical’’ role of pituitary function regulation.

Régulation physiologique et perception de stress chez des parents d'enfants diagnostiqués d'un trouble du spectre de l'autisme : la contribution de la présence d'un chien d'assistance et des représentations associées à l'attachement

Les troubles du spectre de l'autisme (TSAR se caractérisent par des altérations au niveau de la réciprocité des interactions sociales, des habiletés de communication verbale et non verbale, ainsi que la présence de comportements et champs d'intérêts stéréotypés. Compte tenu des conclusions décrivant leurs parents comme vivant plus de stress comparativement aux parents d'enfants non diagnostiqués sur le spectre de l'autisme, il devient nécessaire d'offrir un soutien susceptible d'alléger leur quotidien et celui de leur enfant. Le recueil de données sur l'application d'une intervention novatrice qu'est l'intégration permanente d'un chien d'assistance au sein du milieu familial offrirait une contribution considérable basée sur les conclusions des études précédentes. Le modèle conceptuel de la présente étude réfère aux transactions entre la régulation diurne du cortisol, la perception de stress parental, la sévérité des atteintes comportementales de l'enfant ainsi que les représentations d'attachement de la mère. L'approche analytique s'oriente ainsi sur le caractère multidimensionnel des variables et s'intéresse particulièrement aux différences intra-individuelles dans l'adaptation parentale illustrée par l'activité totale de cortisol sur une période de 15 semaines. L'ensemble des données soulève la présence d'une sous-activation de l'axe 1-IPA ainsi qu'une perception de niveaux élevés de stress parental. Suivant une approche centrée sur la personne, les analyses ont permis de dégager deux profils distincts de régulation basés sur l'activité totale de cortisol salivaire. La présence du chien d'assistance au sein de la famille apporte des changements notables décrits par une diminution de la réponse du cortisol au réveil spécifique au sous-groupe de mères ayant un profil de sécrétion supérieur. L'étude apporte une démonstration empirique d'une hétérogénéité des patrons de régulation hormonale issus d'un même échantillon caractérisé par le vécu d'un stress chronique. L'efficacité d'une nouvelle forme d'intervention pouvant soulager les difficultés rencontrées par les parents est discutée selon un point de vue transdisciplinaire.

An integrated and comparative approach to genetic selection of the aquaculture species Dicentrarchus labrax

The European sea bass, Dicentrarchus labrax, is one of the most important marine species cultivated in Southern Europe and has not benefited from selective breeding. One of the major goals in the sea bass (D. labrax) aquaculture industry is to understand and control the complexity of growth associated traits. The aim of the methodology developed for the studies reported in the thesis was not only to establish genetic and genomic resources for sea bass, but to also develop a conceptual strategy to efficiently create knowledge in a research environment that can easily be transferred to the aquaculture industry. The strategy involved; i) establishing an annotated sea bass transcriptome and then using it to, ii) identify new genetic markers for target QTL regions so that, iii) new QTL analysis could be performed and marker based resolution of the DNA regions of interest increased, and then iv) to merge the linkage map and the physical map in order to map the QTL confidence intervals to the sea bass genome and identify genes underlying the targeted traits. Finally to test if genes in the QTL regions that are candidates for divergent growth phenotypes have modified patterns of transcription that reflects the modified whole organism physiology SuperSAGE-SOLiD4 gene expression was used with sea bass with high growth heterogeneity. The SuperSAGE contributed to significantly increase the transcriptome information for sea bass muscle, brain and liver and also led to the identification of putative candidate genes lying in the genomic region of growth related QTL. Lastly all differentially expressed transcripts in brain, liver and muscle of the European sea bass with divergent specific growth rates were mapped to gene pathways and networks and the regulatory pathways most affected identified and established the tissue specific changes underlying the divergent SGR. Owing to the importance of European sea bass to Mediterranean aquaculture and the developed genomics resources from the present thesis and from other studies it should be possible to implement genetic selection programs using marker assisted selection.

Spatial and temporal variation of commercially important bivalve species in the Algarve coast, Portugal

Dissertação de mestrado, Biologia Marinha, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

Développement d’un cosmopolitisme: L’expérience des étudiants participant à un programme de mobilité de l’Université Laval

Cette thèse s’intéresse à la manière dont des étudiants de l’Université Laval, à Québec, engagés dans différents programmes de mobilité pendant leur formation, donnent un sens à leur expérience et, ainsi, permettent pour une majorité d’entre eux l’émergence d’un cosmopolitisme. J’explore ces expériences de mobilité en plaçant l’étudiant au centre de ma réflexion. Ceci m’amène à analyser le sens profond de leur récit, dans le contexte de l’éducation supérieure et des enjeux de l’éducation au XXIe siècle. Mon analyse débouche sur trois parcours types d’étudiants, qui peuvent servir de guide pour faire émerger une pratique cosmopolite. À la suite d’une enquête ethnologique, j’ai analysé les données découlant de plus de 80 entrevues menées auprès de 53 étudiants inscrits dans une quarantaine de programmes d’études des trois cycles universitaires et ayant participé à l’un des dix programmes de mobilité offerts par le Bureau international. Un groupe de discussion a permis de compléter ces données et de valider un premier examen des diverses politiques en internationalisation de la formation (UNESCO, BCEI, MELS, UL) qui m’ont aidée à comprendre et à problématiser les données de la mobilité étudiante. Mon analyse s’appuie sur deux champs théoriques : d’une part, elle interpelle la théorie de la structuration d’Anthony Giddens (1987) et s’intéresse aux motivations, aux positionnements et à la capacité réflexive qui débouchent sur les interprétations qui structurent les pratiques liées à ces séjours. D’autre part, elle s’ancre dans une conceptualisation du cosmopolitisme proposée par Ulf Hannerz (2010). J’ai ainsi adopté une approche contemporaine du phénomène dans le cadre des études supérieures et construit les trois parcours types basés sur une approche anthropologique de la réflexivité de l’acteur en situation, en tenant compte de la complexité des expériences et des cheminements vécus lors d’une pratique de mobilité. Cette étude s’inscrit dans une anthropologie du chez-soi, et explore ainsi de nouveaux sentiers de recherche à considérer pour mieux saisir la construction du cosmopolitisme contemporain.