A worldwide origin of the Tinney surname.

History of family and name.

Implications of high level pseudogene transcription in Mycobacterium leprae

Background: The Mycobacterium leprae genome has less than 50% coding capacity and 1,133 pseudogenes. Preliminary evidence suggests that some pseudogenes are expressed. Therefore, defining pseudogene transcriptional and translational potentials of this genome should increase our understanding of their impact on M. leprae physiology. Results: Gene expression analysis identified transcripts from 49% of all M. leprae genes including 57% of all ORFs and 43% of all pseudogenes in the genome. Transcribed pseudogenes were randomly distributed throughout the chromosome. Factors resulting in pseudogene transcription included: 1) co-orientation of transcribed pseudogenes with transcribed ORFs within or exclusive of operon-like structures; 2) the paucity of intrinsic stem-loop transcriptional terminators between transcribed ORFs and downstream pseudogenes; and 3) predicted pseudogene promoters. Mechanisms for translational ``silencing'' of pseudogene transcripts included the lack of both translational start codons and strong Shine-Dalgarno (SD) sequences. Transcribed pseudogenes also contained multiple ``in-frame'' stop codons and high Ka/Ks ratios, compared to that of homologs in M. tuberculosis and ORFs in M. leprae. A pseudogene transcript containing an active promoter, strong SD site, a start codon, but containing two in frame stop codons yielded a protein product when expressed in E. coli. Conclusion: Approximately half of M. leprae's transcriptome consists of inactive gene products consuming energy and resources without potential benefit to M. leprae. Presently it is unclear what additional detrimental affect(s) this large number of inactive mRNAs has on the functional capability of this organism. Translation of these pseudogenes may play an important role in overall energy consumption and resultant pathophysiological characteristics of M. leprae. However, this study also demonstrated that multiple translational ``silencing'' mechanisms are present, reducing additional energy and resource expenditure required for protein production from the vast majority of these transcripts.

Correlation between conductivity or diffusivity and activation energy in amorphous solids

There exist many investigations of ionic transport in a variety of glasses. These studies exhibit strong correlation between ionic conductivity and activation energy: Typically, it is found that higher conductivity is associated with lower activation energies and vice versa. Although there are explanations for this at a phenomenological level, there is no consistent physical picture to explain the correlation between conductivity and activation energy. We have carried out molecular dynamics simulation as a function of the size of the impurity atom or diffusant (both neutral and charged) in a host amorphous matrix. We find that there is a maximum in self-diffusivity as a function of the size of the impurity atom suggesting that there is an appropriate size for which the diffusivity is maximum. The activation energy is found to be the lowest for this size of the impurity. A similar maximum has been previously found in other condensed phases, such as confined fluids and dense liquids, and has its origin in the levitation effect. The implications of this result for understanding ionic conductivity in glasses are discussed. Our results suggest that there is a relation between microscopic structure of the amorphous solid, diffusivity or conductivity, and activation energy. The nature of this relationship is discussed in terms of the levitation parameter showing that diffusivity is maximum when the size of the neck or doorway radius is comparable with the size of the diffusant. Our computational results here are in excellent agreement with independent experimental results of Nascimento et al. [Braz. J. Phys. 35, 626 (2005)] that structural features of the glass are important in determining the ionic conductivity.

Rhetoric and public speech in English republicanism, 1642-1681

The study analyses the ambivalent relationship republicanism, as a form of self-government free from domination, had with the ideal of participatory oratory and non-dominated speech on the one hand, and with the danger of unhindered demagogy and its possibly fatal consequences to that form of government on the other. Although previous scholarship has delved deeply into republicanism as well as into rhetoric and public speech, the interplay between those aspects has only gathered scattered interest, and there has been no systematic study considering the variety of republican approaches to rhetoric and public speech in 17th-century England. The rare attempts to do so have been studies in English literature, and they have not analysed the political philosophy of republicanism, as the focus has been on republicanism as a literary culture. This study connects the fields of political theory, political history as well as literature in order to make a multidisciplinary contribution to intellectual history. The study shows that, within the tradition of classical republicanism, individual authors could make different choices when addressing the problematic topics of public speech and rhetoric, and the variety of their conclusions often set the authors against each other, resulting in the development of their theories through internal debates within the republican tradition. The authors under study were chosen to reflect this variety and the connections between them: the similarities between James Harrington and John Streater, and between John Milton and John Hall of Durham are shown, as well the controversies between Harrington and Milton, and Streater and Hall, respectively. In addition, by analysing the writings of Marchamont Nedham the study will show that the choices were not limited to more, or less, democratic brands of republicanism. Most significantly, the study provides a thorough analysis of the political philosophies behind the various brands of republicanism, in addition to describing them. By means of this analysis, the study shows that previous attempts to assess the role of free speech and public debate, through the lenses of modern, rights-based liberal political theory have resulted in an inappropriate framework for understanding early modern English republicanism. By approaching the topics through concepts used by the republicans legitimate authority, leadership by oratory, and republican freedom and through the frames of reference available and familiar to them roles of education and institutions the study presents a thorough and systematic analysis of the role and function of rhetoric and public speech in English republicanism. The findings of this analysis have significant consequences to our current understanding of the history and development of republican political theory, and, more generally, of the connections between democratic theory and free speech.

Studies on Cavitation Inception Process in Separated Flows

Studies related to cavitation inception process in separated flows are reported. Experimental observations of bubble appearance in grooves with laminar or turbulent boundary layer over them have clearly shown that gaseous diffusion process is significantly enhanced in turbulent flow. This process can lead to local nuclei size modification in environment similar to that of flow over a groove, like laminar separation "bubbles." Cavitation inception modeling including this aspect is carried out for predicting inception conditions associated with "bubble-ring" cavitation commonly observed on hemispherically nosed axisymmetric body. Qualitative dependence of predicted inception numbers with velocity is found to agree very well with experimental observations of Carroll (1981).

Structural landscape of benzoic acid: using experimental crystal structures of fluorobenzoic acids as a probe

Experimental crystal structures of mono and polyfluorinated benzoic acids correspond to high energy computed crystal structures of benzoic acid itself, thereby permitting access to its structural landscape.

Key challenges for the creation and maintenance of specialist protein resources

As the volume of data relating to proteins increases, researchers rely more and more on the analysis of published data, thus increasing the importance of good access to these data that vary from the supplemental material of individual articles, all the way to major reference databases with professional staff and long-term funding. Specialist protein resources fill an important middle ground, providing interactive web interfaces to their databases for a focused topic or family of proteins, using specialized approaches that are not feasible in the major reference databases. Many are labors of love, run by a single lab with little or no dedicated funding and there are many challenges to building and maintaining them. This perspective arose from a meeting of several specialist protein resources and major reference databases held at the Wellcome Trust Genome Campus (Cambridge, UK) on August 11 and 12, 2014. During this meeting some common key challenges involved in creating and maintaining such resources were discussed, along with various approaches to address them. In laying out these challenges, we aim to inform users about how these issues impact our resources and illustrate ways in which our working together could enhance their accuracy, currency, and overall value. Proteins 2015; 83:1005-1013. (c) 2015 The Authors. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics Published by Wiley Periodicals, Inc.

Creating a specialist protein resource network: a meeting report for the protein bioinformatics and community resources retreat

During 11-12 August 2014, a Protein Bioinformatics and Community Resources Retreat was held at the Wellcome Trust Genome Campus in Hinxton, UK. This meeting brought together the principal investigators of several specialized protein resources (such as CAZy, TCDB and MEROPS) as well as those from protein databases from the large Bioinformatics centres (including UniProt and RefSeq). The retreat was divided into five sessions: (1) key challenges, (2) the databases represented, (3) best practices for maintenance and curation, (4) information flow to and from large data centers and (5) communication and funding. An important outcome of this meeting was the creation of a Specialist Protein Resource Network that we believe will improve coordination of the activities of its member resources. We invite further protein database resources to join the network and continue the dialogue.

Evaluation of the Cumulative Formation of High-Speed Liquid Jets

This paper describes the generation of pulsed, high-speed liquid jets using the cumulation method. This work mainly includes (1) the design of the nozzle assembly, (2) the measurement of the jet velocity and (3) flow visualization of the injection sequences. The cumulation method can be briefly described as the liquid being accelerated first by the impact of a moving projectile and then further after it enters a converging section. The experimental results show that the cumulation method is useful in obtaining a liquid jet with high velocity. The flow visualization shows the roles of the Rayleigh-Taylor and Kelvin-Helmholtz instabilities in the breakup of the liquid depend on the jet diameter and the downstream distance. When the liquid jet front is far downstream from the nozzle exit, the jet is decelerated by air drag. Meanwhile, large coherent vortex structures are formed surrounding the jet. The liquid will break up totally by the action of these vortices. Experimental results showing the effect of the liquid volume on the jet velocity are also included in this paper. Finally, a method for measuring the jet velocity by cutting two carbon rods is examined.

Composición e identificación de malezas en pasto estrella (Cynodon nemfluencis), Cofradía, Carretera vieja Tipitapa-Managua

Con el objetivo de caracterizar la composición botánica de especies forrajera y no forrajera en sistemas de pastura de pasto estrella (Cynodon nlenfluencis), en la Hacienda Los Tercios, comarca Cofradía, km 16 ½ carretera Managua – Tipitapa, se realizó el presente trabajo. Para la ejecución del mismo y dada las posibilidades se seleccionaron dos condiciones, una con árboles y otra sin árboles, donde se realizó primeramente la determinación de la composición botánica, utilizando para ello el método del doble muestreo, simultáneamente se realizó la primera colecta de material vegetativo, el cual posteriormente fue identificado en el herbario de la UNA, herbario Nacional y a través de consultas con expertos en la materia (Botánicos). A cada una de las especies identificadas se les realizó fichas botánicas, que comprendieron nombre común, nombre científico, origen y distribución, características de las plantas, aptitudes forrajera y cuando fue posible si presentaba características anticualutativas o antinutricionales. Posteriormente se realizó una valoración técnica, para considerar el estado de dichas pasturas y las implicaciones económicas que estas podrían tener en manejo y recuperación. Se determinaron cuatro escenarios, 1) con árboles en el cerco; 2) con árboles en un 50%; 3) con árboles en un 75% y 4) con árboles en un 90%, registrándose coberturas vegetales que fluctuaron de 60 a 95%, y composición de las especies forrajeras en rangos similares. Se identificaron 16 familias, 25 géneros y 25 especies, dentro de los cuales destacaron por su mayor presencia las especies de escoba lisa (Sida cuta), bledo espinoso (Amaranthus espinosus), chilillo de gato (Achyranthes aspera), baba de culebra (Asclepia curasavica), flor amarilla (Melampodium divaricatum), dormilona (Mimosa pudica), espino de playa ( Phytecelobium dulce), catapanzas (Cucurbita spp), entre otras, también se considera como forajera a algunas especies leguminosa herbáceas como patito (Centrocema plumieri), centro (Centrocema pubescens), pega pega (Desmodium incatum, Desmodium spp), calopo (Calopogodium mucunoides; C. galactoides), Aeschynomene scabra y A. americana se observó una diversidad de especies, cuando existían árboles en el área de pasturas, minimizándose estas cuando no existían árboles. A través del análisis técnico – económico se determinó que los factores cobertura vegetal y porcentaje de malezas son de mucha importancia, en el manejo y productividad de las pasturas y que aun cuando se tenga pasturas de buen comportamiento productivo, se registran perdidas, lo cual indica que en las pasturas no todo es forrajero.

Evaluación de alternativas de manejo integrado de plagas (MIP) comparada con el manejo convencional en el cultivo de sorgo (Sorghum bicolor L. Moench) en epoca de postrera en la Comarca Cofradía, Managua 2005

El presente trabajo se realizó en la finca “El Paraíso” ubicada en el municipio de Cofradía situada en el km.38 carretera Tipitapa-Masaya, Con el objetivo de comparar el efecto de dos sistemas de manejo; sobre las plagas en el cultivo de sorgo; durante la época de postrera de l 2005. Los tratamientos evaluados fueron: T1; una aplicación de Cypermetrina en etapa vegetativa y una aplicación de Benomil en etapa reproductiva. T2; dos aplicaciones de Cypermetrina en etapa vegetativa y dos aplicaciones de Benomil en etapa reproductiva. T3; una aplicación de Dipel en etapa vegetativa y una aplicación de Caldo sulfocalcico en etapa reproductiva. T4; dos aplicaciones de Dipel en etapa vegetativa y dos aplicaciones de Caldo sulfocalcico en et apa reproductiva. Se utilizaron umbrales del 40 % de daño causado por Spodoptera frugiperda (J. E. Smith) y 10 % de severidad para enfermedades foliares en etapa vegetativa. Dos mosquitas por panoja y 10% de severidad para enfermedades de la panoja en etapa reproductiva. Para la evaluación de plaga se seleccionaron cinco sitios al azar en cada tratamiento y diez plantas por sitio. L as enfermedades foliares y la mosquita del sorgo fueron afectadas por las condicione s climáticas que predominaron durante el estudio, lo cual no permitió alcanzar los umbrales de daño establecidos y aplicar los tratamientos correspondientes. El efecto de los tratamiento en el daño causado por gusano cogollero no mostró diferencia estadística sin embargo el menor daño resultó en el T3 y T4. Durante la etapa reproductiva hubo una variación en las condiciones ambientales que favoreció el desarrollo de los mohos de la panoja, alcanzando los umbrales de daño y permitiendo la aplicación de los tratamientos, los cuales no mostraron diferencias estadísticas significativas sin embargo el T1 resultó con el menor porcentaje de incidencia. Para la variable rendimiento el análisis indica que no existen diferencias estadísticas entre tratamientos, sin embargo los mayores rendimientos se obtuvieron en el T1 y T2 con 3196.4 kg/ha y 3541.1 kg/ha respectivamente. El análisis económico indicó que el T2 presentó mayor rentabilidad con un 125 %

Cooperación jurisdiccional civil de primer grado : tratamiento de los exhortos o cartas rogatorias

Resumen: Existe una realidad que supera todo, que es la internacionalización de las relaciones jurídicas y el derecho legislado en un país no es ni puede ser autosuficiente para resolver los litigios que se presentan y es allí donde como necesidad sociológica aparece el derecho procesal internacional, como parte integrante del derecho internacional privado. La cooperación jurisdiccional de primer grado es comprensiva de un marco amplio en el plano convencional, que resulta en general adecuado en sus ratificaciones para la República, que a su vez posee regulación interna. La concepción del orden público será más flexible en la cooperación jurisdiccional internacional y no integra el orden público la cosa juzgada en el país, ni la litispendencia, elementos que han de evaluarse al momento del reconocimiento. Este primer grado de cooperación abarca en sentido amplio las distintas vías de comunicación entre las que principalmente se encuentran las comunicaciones de mero trámite, la obtención de pruebas en el extranjero y la información del derecho extranjero. Como vía de comunicación, en su finalidad, el exhorto busca la realización de la justicia. El control de la competencia judicial internacional en los exhortos internacionales como requisito de la obligatoriedad para el juez requerido, es eliminado en las modernas tendencias, limitándose a la compatibilidad de él con el orden público del juez requerido. En este rumbo deberían orientarse las futuras reformas de la legislación interna en la materia.

Aplicación del derecho público extranjero

Resumen: El uso jurídico como método de resolución de los conflictos de normas en el Derecho Internacional Privado reclama al Derecho Público extranjero con la única limitante del orden público aplicado a posteriori y como conjunto de principios. Si asumimos el problema de la adaptación de la norma desde el uso jurídico, puede hablarse de una teoría del “envío pleno” al derecho extranjero y a partir de allí todo el ordenamiento extranjero debe ser tenido en cuenta y no solo el Derecho Civil o una parte de él. Se debe rescatar la concepción sistémica del Derecho en un mundo jurídico donde la distinción clásica entre el Derecho Público y el Derecho Privado ha perdido su sentido y vigencia.

Importancia de la cobertura vegetal y control de malezas en el manejo de pastos. Estudio de caso en pasto estrella (Cynodon nemfluencis), Cofradía, Managua

Las malezas, así como el grado de cobertura vegetal (real y efectiva), son factores que afectan el buen desarrollo de las pasturas. La poca información de dichos factores y su efecto en la producción y persistencia de las pasturas hace que sean poco valorados por los productores. Con el objetivo de contribuir al mejor manejo de los sistemas pastoriles en el país, se realizó el estudio en la finca Los Tercios, comarca Cofradía, km 16 ½ carretera Managua – Tipitapa, donde se seleccionaron dos condiciones ambientales, pastos con y sin árboles. Se determinó la composición botánica, utilizando para ello el método de rango de peso seco o comparativo (Jones y Hrgreaves, 1979), simultáneamente se colectó material vegetativo, que fue identificado en el herbario de la UNA, el Nacional y a través de consultas con expertos en la materia. Se realizó una valoración técnica, para considerar el estado de dichas pasturas y las implicaciones económicas que estas podrían tener. Se determinaron cuatro escenarios, 1) con árboles en el cerco; 2) con árboles en un 50%; 3) con árboles en un 75% y 4), con árboles en un 90%, registrándose coberturas vegetales que fluctuaron de 60 a 95%, y forrajeras de 30 a 70%. Se identificaron 16 familias, 25 géneros y 25 especies, dentro de los cuales destacaron por su mayor presencia las especies escoba lisa ( Sida cuta ), bledo espinoso ( Amaranthus espinosus ) y chilillo de gato ( Achyranthes aspera ), así como algunas especies leguminosas herbáceas forrajeras como Centrocema plumieri , centro ( Centrocema pubescens ), pega pega ( Desmodium unicatum ), calopo ( Calopogodium mucunoides y C. galactoides ), observándose mayor diversidad de especies, cuando existían árboles en el área de pasturas. A través del análisis técnico – económico se determinó que los factores cobertura vegetal y porcentaje de malezas son inversamente proporcionales a la productividad y persistencia de las pasturas.