Supporting dynamic parameter sweep applications in workflows: lessons learnt from the CancerGrid project

A vast majority of scientific grid applications are either parameter sweep applications or a significant subpart of these applications belong to class of parameter sweep activities. The paper describes a new graphical workflow language in which any node of the DAG-based workflow can be a parameter sweep node and the execution of these nodes are transparently executed either in service grids or in desktop grids depending on the computational complexity of the workflow node. The new concept is supported by the CancerGrid portal that has been established for a chemist community.

Going twice to the polls?: Optimality of two-stage voting procedures

A Masters Thesis, presented as part of the requirements for the award of a Research Masters Degree in Economics from NOVA – School of Business and Economics

Cohort profile: Antiretroviral Therapy Cohort Collaboration (ART-CC).

The advent of effective combination antiretroviral therapy (ART) in 1996 resulted in fewer patients experiencing clinical events, so that some prognostic analyses of individual cohort studies of human immunodeficiency virus-infected individuals had low statistical power. Because of this, the Antiretroviral Therapy Cohort Collaboration (ART-CC) of HIV cohort studies in Europe and North America was established in 2000, with the aim of studying the prognosis for clinical events in acquired immune deficiency syndrome (AIDS) and the mortality of adult patients treated for HIV-1 infection. In 2002, the ART-CC collected data on more than 12,000 patients in 13 cohorts who had begun combination ART between 1995 and 2001. Subsequent updates took place in 2004, 2006, 2008, and 2010. The ART-CC data base now includes data on more than 70,000 patients participating in 19 cohorts who began treatment before the end of 2009. Data are collected on patient demographics (e.g. sex, age, assumed transmission group, race/ethnicity, geographical origin), HIV biomarkers (e.g. CD4 cell count, plasma viral load of HIV-1), ART regimen, dates and types of AIDS events, and dates and causes of death. In recent years, additional data on co-infections such as hepatitis C; risk factors such as smoking, alcohol and drug use; non-HIV biomarkers such as haemoglobin and liver enzymes; and adherence to ART have been collected whenever available. The data remain the property of the contributing cohorts, whose representatives manage the ART-CC via the steering committee of the Collaboration. External collaboration is welcomed. Details of contacts are given on the ART-CC website (www.art-cohort-collaboration.org).

HIV-1 drug resistance transmission networks in southwest Switzerland.

To determine viral subtypes and resistance mutations to antiretroviral treatment (ART) in untreated HIV-1 acutely infected subjects from Southwest Switzerland. Clinical samples were obtained from the HIV primary infection cohort from Lausanne. Briefly, pol gene was amplified by nested PCR and sequenced to generate a 1?kb sequence spanning protease and reverse transcriptase key protein regions. Nucleotide sequences were used to assess viral genotype and ART resistance mutations. Blood specimens and medical information were obtained from 30 patients. Main viral subtypes corresponded to clade B, CRF02_AG, and F1. Resistant mutations to PIs consisted of L10V and accessory mutations 16E and 60E present in all F1 clades. The NNRTI major resistant mutation 103N was detected in all F1 viruses and in other 2 clades. Additionally, we identified F1 sequences from other 6 HIV infected and untreated individuals from Southwest Switzerland, harboring nucleotide motifs and resistance mutations to ART as observed in the F1 strains from the cohort. These data reveal a high transmission rate (16.6%) for NNRTI resistant mutation 103N in a cohort of HIV acute infection. Three of the 5 resistant strains were F1 clades closely related to other F1 isolates from HIV-1 infection untreated patients also coming from Southwest Switzerland. Overall, we provide strong evidence towards an HIV-1 resistant transmission network in Southwest Switzerland. These findings have relevant implications for the local molecular mapping of HIV-1 and future ART surveillance studies in the region.

Influence of noninjecting and injecting drug use on mortality, retention in the cohort, and antiretroviral therapy, in participants in the Swiss HIV Cohort Study.

OBJECTIVES: We studied the influence of noninjecting and injecting drug use on mortality, dropout rate, and the course of antiretroviral therapy (ART), in the Swiss HIV Cohort Study (SHCS). METHODS: Cohort participants, registered prior to April 2007 and with at least one drug use questionnaire completed until May 2013, were categorized according to their self-reported drug use behaviour. The probabilities of death and dropout were separately analysed using multivariable competing risks proportional hazards regression models with mutual correction for the other endpoint. Furthermore, we describe the influence of drug use on the course of ART. RESULTS: A total of 6529 participants (including 31% women) were followed during 31 215 person-years; 5.1% participants died; 10.5% were lost to follow-up. Among persons with homosexual or heterosexual HIV transmission, noninjecting drug use was associated with higher all-cause mortality [subhazard rate (SHR) 1.73; 95% confidence interval (CI) 1.07-2.83], compared with no drug use. Also, mortality was increased among former injecting drug users (IDUs) who reported noninjecting drug use (SHR 2.34; 95% CI 1.49-3.69). Noninjecting drug use was associated with higher dropout rates. The mean proportion of time with suppressed viral replication was 82.2% in all participants, irrespective of ART status, and 91.2% in those on ART. Drug use lowered adherence, and increased rates of ART change and ART interruptions. Virological failure on ART was more frequent in participants who reported concomitant drug injections while on opiate substitution, and in current IDUs, but not among noninjecting drug users. CONCLUSIONS: Noninjecting drug use and injecting drug use are modifiable risks for death, and they lower retention in a cohort and complicate ART.

An examination of outdoor experience in the development of character in young adults with Type 1 Diabetes

Connected in Motion is a not for profit organization serving young adults with Type 1 diabetes. The organization hosted outdoor and experiential Type 1 diabetes education programs in January of2009 and 2010. The weekends provided non-clinical alternative Type 1 diabetes education to the underserved population of young adults within Canada. Six women living with Type I diabetes and between the ages of 22 and 30 participated in the Winter Slipstream weekends participated in this phenomenological research study. Through semi-structured interviews and artifact-elicitation interviews, ,{ the lived experiences of the participants were examined. Data analysis indicated that the sense of community created through outdoor programming and experiential education for young adults with Type I diabetes stimulated the development of self-efficacy and participant-perceived improvement in Type 1 diabetes self-management. There was no indication that outdoor and experiential Type I diabetes education had any impact on the development of autonomy among participants. Recommendations are made to encourage the successful implementation of further alternative (non-clinical) Type 1 diabetes education programs for young adults living with Type 1 diabetes.

Addressing Adherence to Antiretroviral Therapy in Ouagadougou, Burkina Faso: Insights from hospital ethnography

L'épidémie de l'infection au virus de l'immunodéficience humaine (VIH) constitue une crise majeure en santé publique de nos jours. Les efforts de la communauté internationale visent à rendre les traitements antirétroviraux (TARV) plus accessibles aux personnes vivant avec le VIH, particulièrement dans les contextes à ressources limitées. Une observance quasi-parfaite aux TARV est requise pour tirer le maximum de bénéfices thérapeutiques à l'échelle individuelle et à l'échelle populationnelle. Cependant, l’accroissement de la disponibilité des TARV s'effectue dans des pays africains qui disposent de systèmes de santé fragiles et sous-financés. Ceux-ci souffrent également d'une pénurie de personnel de santé, lequel joue un rôle central dans la mise en oeuvre et la pérennité des interventions, notamment celle du soutien à l'observance thérapeutique. La présente étude ethnographique relate l'expérience de personnel de santé dans la fourniture des services de soutien à l'observance dans un contexte de ressources limitées et d'accroissement de l'accès aux TARV. L'étude a été menée dans deux centres hospitaliers de la capitale du Burkina Faso, Ouagadougou. Trois conclusions principales sont mises au jour. Tout d'abord, une bonne organisation – tant logistique que matérielle – dans la provision de services de soutien à l'observance est capitale. L’infrastructure d’observance doit aller au-delà des unités de prise en charge et s’intégrer au sein du système de santé pour assurer un impact durable. De plus, la provision des TARV dans le cadre d'une prise en charge médicale exhaustive est essentielle pour un soutien à l'observance efficace. Ceci implique la présence de professionnelles de santé en nombre suffisant et disposant d‘outils pour soutenir leur pratique clinique (tests de laboratoire, traitements pour infections opportunistes), ainsi que des mécanismes pour leur permettre d’aider les patients à gérer la vie quotidienne (gratuité des services, programmes d’alphabétisation et soutien psychosociale). Enfin, une amélioration de la coordination des programmes VIH au niveau national et international est nécessaire pour assurer une prise en charge cohérente au niveau local. La programmation conçue dans les pays étrangers qui est incomplète et de courte durée a un impact majeur sur la disponibilité de ressources humaines et matérielles à long terme, ainsi que sur les conditions de travail et de prestation de services dans les unités de soins.

Orazio and Artemisia Gentileschi : father and daughter painters in Baroque Italy : réception critique d'un jumelage expositionnel

Pour respecter les droits d'auteur, la version électronique de ce mémoire a été dépouillée de ses documents visuels et audio-visuels. La version intégrale du mémoire a été déposé au Service de la gestion des documents et des archives de l'Université de Montréal.

Représentation du sexe chez N. Arcan, V. Despentes, M.-S. Labrèche et C. Millet

Depuis la fin des années 1990, une nouvelle génération d’écrivaines s’est emparée des thèmes du corps et de la sexualité. Certaines de leurs œuvres ont fait scandale pour l’impudeur qui les caractériserait, d’autres pour leur violence ou leur appartenance supposée à la pornographie. Si ces textes témoignent de changements profonds au sein de la société, ils attirent également notre attention sur leur inscription manifeste hors des catégories génériques qu’ils semblaient indiquer. Ce mémoire rend compte de la façon dont À ciel ouvert de Nelly Arcan, Baise-moi de Virginie Despentes, La brèche de Marie-Sissi Labrèche, La vie sexuelle de Catherine M. de Catherine Millet et La nouvelle pornographie de Marie Nimier traitent la thématique du corps et du sexe. La politique des corps révèle que les récits d’aujourd’hui expriment, certainement aussi fortement que dans les années 1970, la nécessité de dissoudre et de réinventer les identités sexuées. De plus, une analyse centrée sur la notion de sujet telle qu’elle s’écrit dans la relation du plaisir et du désir montre que le thème sexuel est un moyen pour les auteures d’explorer une réalité qui devient flagrante lorsque les êtres de langage se mettent à habiter leur corps. Enfin, une lecture générique souligne toute la complexité de l’utilisation de la pornographie dans les récits étudiés et s’intéresse aux stratégies de légitimation indiquant vers quelle définition de la littérature tendent les auteures.

L'oeuvre d'art fictive dans le roman contemporain : immersion, intermédialité et interaction.

Ce mémoire s’intéresse à la présence des œuvres d’art fictives dans le roman contemporain. Leur description précise remet en question les codes de la représentation et soumet le lecteur à une autre forme d’expérience face à l’œuvre d’art. C’est à travers les concepts d’immersion, d’intermédialité et d’interaction que la fiction de l’œuvre d’art dans le texte sera ici abordée à travers trois différents romans, soit The Body Artist de Don DeLillo, La Carte et le territoire de Michel Houellebecq et Œuvres d’Édouard Levé. La transformation de l’expérience de lecture suggère un renouvellement de l’esthétique littéraire, accentuant l’importance de la participation du lecteur dans la démarche créatrice, et ouvrant les possibilités de la transmission de l’art contemporain. Les dispositifs propres au récit sont mis de l’avant pour intégrer le médium visuel, et ainsi questionner le rapport à l’attribution du sens de l’œuvre d’art, à son interprétation et à sa perception. Le présent mémoire tentera de proposer des possibilités pour l’art contemporain de se manifester à l’extérieur des institutions muséales traditionnelles, permettant ainsi de considérer l’immersion littéraire comme étant non seulement une expérience de lecture, mais aussi une approche face à l’art visuel.

Figures of Time : Preemptive Narratives in Recent Television Series

Faute de droits d'auteurs pour les captures d'écrans, mon document ne contient pas d'images. Si vous voudriez consulter ma thèse avec les images, veuillez me contacter.

L'art public : les nouveaux modes d'expression artistique et le processus d'intégration en milieu urbain

L’art public se présente sous divers modes d’expression artistique dans l’espace public. Qu’il soit permanent, temporaire ou éphémère, qu’il soit singulier, interactif ou participatif, qu’il soit traditionnel ou numérique, l’œuvre intégrée ou insérée dans ce contexte tente d’interpeller le public. Cette recherche examine l’évolution des modes d’expression artistique dans l’espace public, dans l’espoir de trouver une définition de l’art public. L’étude de cas de la Ville de Montréal est la base de cette recherche pour examiner les nombreuses manifestations de l’art dans l’espace public et ses périmètres. Dans une perspective conceptuelle et transdisciplinaire, sous lesquels nous considérons les approches artistiques, paysagères et politiques dans l’analyse du sujet, nous nous intéressons aux frontières des modes d’expression artistique et les moyens de les représenter. En somme, nous souhaitons saisir ce que l’on considère comme l’art public dans l’aménagement urbain montréalais et générer des connaissances plus générales. Notre revue de littérature et les observations faites sur le terrain révèlent de nouveaux enjeux qui influencent les pratiques artistiques et la perception que peut susciter une œuvre d’art public aujourd’hui. Nous examinons les facteurs qui les influencent à ce jour. En étudiant la question, nous constatons que la tâche de définir ce qui constitue l'art public est difficile, d'autant plus que les pratiques évoluent constamment. Souvent définie comme une fonction plus cosmétique qu’artistique et dans une logique d'équipement, l'art dans l'espace public joue un rôle passif et fait l'objet de débats et de critiques. Pour le public, l'art public est difficile à discerner bien que sa présence semble être appréciée. Nos résultats mettent en lumière la complexité des processus politiques, les attentes spécifiques, les règles et modalités oppressantes pour l'artiste, la difficulté à saisir les œuvres d'art et le manque de médiatisation pour sensibiliser le public. Avec la politique d'intégration, l’art dans les espaces publics résulte souvent d'une médiation conflictuelle dans un rapport de compromis et d’attentes contrastées afin que soit réalisée une œuvre. Les résultats permettent de penser que les processus de sélection sont souvent pervers et fermés aux initiatives artistiques. En outre, il serait nécessaire dans ce contexte que les artistes définissent mieux leur statut professionnel et leur pratique. Malgré des efforts du Bureau d'art public de Montréal, l'art public semble peu perçu sur son territoire. Par ailleurs, les nombreuses discussions avec le grand public portent à l'attention l'absence de médiatisation pour les arts publics sur le territoire de Montréal.

Éclatement des repères artistiques : la philosophie face à la crise de l'art contemporain

L’effondrement des repères artistiques (que plusieurs associent aux premiers ready-made de Marcel Duchamp) dévoile les symptômes d’une crise de l’art. Comme l’histoire de l’art est en quelque sorte la représentation de ce que nous sommes, on peut raisonnablement penser que la crise s’étend bien au-delà de l’art. Toutefois, l’art possède un éclairage puissant, car il illustre, littéralement, plusieurs problèmes notamment au niveau du jugement et de la raison. Faute de repères, le monde contemporain manquerait-il de discernement ? Cette question est tout à fait légitime dans le contexte actuel où tout et n’importe quoi semblent pouvoir être élevés au rang de l’Art. Le culte que l’on voue à l’individu paraît être l’une des causes du problème. On observe qu’en régime de singularité (pour reprendre l’expression de la sociologue de l’art, Nathalie Heinich) les relations du monde de l’art sont de plus en plus conflictuelles : lorsqu’on demande à un artiste de justifier son propre travail, la rationalité devient nécessairement instrumentale ; on rend également caduc le rôle du critique et des institutions. Ce mémoire s’intéresse à analyser, dans une perspective philosophique, les différentes manifestations de la crise de l’art et ses enjeux dans le monde actuel.

L'œuvre d'art dans l'école au Québec : similitudes entre l'enfant et l'œuvre dans l'aperception de l'adulte

Des quelques 850 œuvres acquises par les écoles primaires et secondaires du Québec depuis les années 1980, en vertu de la Politique d’intégration des arts à l’architecture, il semble que peu d’entre elles s’adressent aux publics, enfant et adulte, qui les côtoient. La compréhension des enfants n’est pas toujours prise en compte dans le choix des œuvres commandées par un comité adulte. De même, lorsque les jeunes les rencontrent, leur sentiment spontané peut être refoulé par l’interprétation qu’en fait l’autorité – éducateur, surveillant ou parent – au profit d’un sens induit par la culture d’une société de droit. On remarque alors que le regard de l’enfant qui le pousse vers l’œuvre pour en parfaire la connaissance par l’expérience de ses sens – vision, toucher, audition, spatialité – est discrédité par celui de l’adulte qui a pour mission d'instruire et de socialiser l’élève en l’amenant à adopter un certain civisme. Comparant la volonté institutionnelle inscrite dans les textes législatifs et les rapports des comités d’intégration des œuvres à l’architecture, en amont, et les comportements et discours des enfants et adultes autour des œuvres, en aval, l’aperception des enfants dans le système scolaire peut être mise en adéquation avec l’aperception des œuvres intégrées aux écoles. L’enfant et l’œuvre dans l’institution sont-ils considérés pour eux-mêmes ou ne sont-ils vus par l’adulte qu’à travers une projection idéelle de ce qu’ils doivent être? Ainsi sera étudiée, théoriquement et empiriquement, la place laissée à l’enfant comme à l’œuvre dans l’espace scolaire afin de déterminer l’autonomie de chacun dans la relation avec l’adulte. Les théories de l’expérience matérielle, le pragmatisme deweyen et le socioconstructivisme vygotskien permettront de mettre en doute le constructivisme, le behaviorisme et le prétendu socioconstructivisme mis en œuvre dans l’institution. Par le biais de l’étude, il est compris que l’œuvre est synonyme de la place de l’enfant dans l’espace scolaire. L’adulte réserve à l’enfant, tout comme à l’œuvre, une place légitimant la sienne. À l’inverse, l’enfant intègre l’espace à sa représentation sans discrimination innée de genre, d’espèce ou de forme, comprenant l’œuvre comme lui-même.