Benthic nematodes biodiversity patterns along the gradient of the Tagus estuary (Western Coast of Portugal): Link with abundances distribution pattern of the nonindigenous bivalve Ruditapes philippinarum

The non-indigenous bivalve Ruditapes philippinarum is native to the western Pacific Ocean and it has been one of the most widely introduced species for aquaculture purposes in Europe. In Portugal its presence is known in several estuaries for more than two decades and its populations have increased greatly along the last years1. Currently it’s one of the dominant benthic species in some areas of the Tagus estuary (264,1±470,8 ind./30s tow). Studies on the impacts of invasive bivalves on meiofaunal communities are scarce and restricted to the harvesting effect. Meiofauna of the Tagus estuary is poorly known and possible impacts of the introduction of R. philippinarum were never assessed.

Fixing, storage time and DNA extraction applied to dT-RFLP for ecological and molecular studies of marine nematodes assemblages

The application of molecular methods offers an alternative faster than traditional methods based on morphology It is nearly impossible to process all the samples in short period using traditional methods, and the deterioration of marine sediments rapidly occurs The dT-RFLP (directed Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism) allows a rapid assessment of biodiversity changes of nematodes assemblages The use of a not suitable fixing, storage time and DNA extraction could be a limitation in molecular analysis like dT-RFLP and real time PCR.Objetives: the best fixative •the level of DNA degradation over the time •the best DNA extraction method for marine nematodes and suitable for dT-RFLP analysis

Development of molecular approaches to assess the diversity and abundance of marine nematodes assemblages for assessment of Good Environmental Status of the estuarine and marine ecosystems

In Europe, the concerns with the status of marine ecosystems have increased, and the Marine Directive has as main goal the achievement of Good Environmental Status (GES) of EU marine waters by 2020. Molecular tools are seen as promising and emerging approaches to improve ecosystem monitoring, and have led ecology into a new era, representing perhaps the most source of innovation in marine monitoring techniques. Benthic nematodes are considered ideal organisms to be used as biological indicator of natural and anthropogenic disturbances in aquatic ecosystems underpinning monitoring programmes on the ecological quality of marine ecosystems, very useful to assess the GES of the marine environment. dT-RFLP (directed Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism) allows to assess the diversity of nematode communities, but also allows studying the functioning of the ecosystem, and combined with relative real-time PCR (qPCR), provides a high-throughput semi-quantitative characterization of nematode communities. These characteristics make the two molecular tools good descriptors for the good environmental status assessment. The main aim of this study is to develop and optimize the dT-RFLP and qPCR in Mira estuary (SW coast, Portugal). A molecular phylogenetic analysis of marine and estuarine nematodes is being performed combining morphological and molecular analysis to evaluate the diversity of free-living marine nematodes in Mira estuary. After morphological identification, barcoding of 18S rDNA and COI genes are being determined for each nematode species morphologically identified. So far we generated 40 new sequences belonging to 32 different genus and 17 families, and the study has shown a good degree of concordance between traditional morphology-based identification and DNA sequences. These results will improve the assessment of marine nematode diversity and contribute to a more robust nematode taxonomy. The DNA sequences are being used to develop the dT-RFLP with the ability to easily process large sample numbers (hundreds and thousands), rather than typical of classical taxonomic or low throughput molecular analyses. A preliminary study showed that the digest enzymes used in dT-RFLP for terrestrial assemblages separated poorly the marine nematodes at taxonomic level for functional group analysis. A new digest combination was designed using the software tool DRAT (Directed Terminal Restriction Analysis Tool) to distinguished marine nematode taxa. Several solutions were provided by DRAT and tested empirically to select the solution that cuts most efficiently. A combination of three enzymes and a single digest showed to be the best solution to separate the different clusters. Parallel to this, another tool is being developed to estimate the population size (qPCR). An improvement in qPCR estimation of gene copy number using an artificial reference is being performed for marine nematodes communities to quantify the abundance. Once developed, it is proposed to validate both methodologies by determining the spatial and temporal variability of benthic nematodes assemblages across different environments. The application of these high-throughput molecular approaches for benthic nematodes will improve sample throughput and their implementation more efficient and faster as indicator of ecological status of marine ecosystems.

DNA barcoding: an effective tool to overcome morphological identification constraints in the assessment of the ecological quality

DNA barcoding has the potential to overcome taxonomic challenges in biological community assessments. However, fulfilling that potential requires successful amplification of a large and unbiased portion of the community. In this study, we attempted to identify mitochondrial gene cytochrome c oxidase I (COI) barcodes from 1024 benthic invertebrate specimens belonging to 54 taxa from low salinity environments of the Mira estuary and Torgal riverside (SW Portugal). Up to 17 primer pairs and several reaction conditions were attempted among specimens from all taxa, with amplification success defined as a single band of approximately 658 bp visualized on a pre-cast agarose gel, starting near the 5' end of the COI gene and suitable for sequencing. Amplification success was achieved for 99.6% of the 54 taxa, though no single primer was successful for more than 88.9% of the taxa. However, only 68.5% of the specimens within these taxa successfully amplified. Inhibition factors resulting from a non-purified DNA extracted and inexistence of species-specific primers for COI were pointed as the main reasons for an unsuccessful amplification. These results suggest that DNA barcoding can be an effective tool for application in low salinity environments where taxa such as chironomids and oligochaetes are challenging for morphological identification. Nevertheless, its implementation is not simple, as methods are still being standardized and multiple species

Benthic nematode assemblage composition and diversity during a natural recovery process of Zostera noltii seagrass beds,

In 2008, the stable seagrass beds of the Mira estuary (SW Portugal) disappeared completely; however, during 2009, they have begun to present early symptoms of natural recovery, characterised by a strongly heterogeneous distribution. This study was designed to investigate the spatial and temporal variability patterns of species composition, densities and trophic composition of the benthic nematode assemblages in this early recovery process, at two sampling sites with three stations each and at five sampling occasions. Because of the erratic and highly patchy seagrass recovery and the high environmental similarity of the two sampling sites, we expected within-site variability in nematode assemblages to exceed between-site variability. However, contrary to that expectation, whilst nematode genus composition was broadly similar between sites, nematode densities differed significantly between sites, and this between-site variability exceeded within-site variability. This may be linked to differences in the Zostera recovery patterns between both sites. In addition, no clear temporal patterns of nematode density, trophic composition and diversity were evident.

EDU CO21 Projeto SOPHIA: conhecimento para a gestão do ambiente marinho

Enquadrado no Projeto SOPHIA será apresentada a Diretiva Quadro da Estratégia Marinha: Objetivos, organização e estado de implementação. Será destacado o conceito “Bom estado Ambiental”. O projeto SOPHIA – Conhecimento para a Gestão do Ambiente Marinho, desenvolve‐se em torno da Diretiva Quadro Estratégia Marinha (DQEM) e consiste num projeto facilitador e fomentador da comunicação de cientistas e da sociedade civil em volta das múltiplas áreas do conhecimento sobre os ecossistemas marinhos. Este projeto encontrase integrado o programa de medidas da DQEM que tem por finalidade o aumento de literacia do ambiente marinho para mobilizar e sensibilizar a sociedade civil para conservação e gestão do mar. Desenvolve‐se em parceria da Direção‐Geral de Recursos Naturais, Segurança e Serviços Marítimos (DGRM), com as Universidades (FCUL, Évora e Açores) e com a Escola Superior de Comunicação Social (ESCS), para a produção de conteúdos e da comunicação. Beneficia da estreita colaboração com representantes do Norwegian Institute for Water Research (NIVA) e do Norwegian Institute for Air Research (NILU) e com especialistas portugueses em Direito do Mar, que participam ativamente no desenvolvimento dos conteúdos científicos para os módulos e para os guias de formação.

Biologia aquática: o Mira e a região costeira alentejana

Embora existam alguns trabalhos pontuais pioneiros anteriores a 1980, foi a partir desta data que se intensificaram os estudos sobre as comunidades vegetais e animais do rio e do estuário do Mira. Em água doce, estes trabalhos têm incidido preferencialmente sobre a comunidade piscícola, embora mais recentemente os macroinvertebrados bentónicos tenham começado a ser alvo de uma atenção particular, devido à sua importância na avaliação da qualidade ecológica da água. Estas mesmas componentes têm sido especialmente estudadas no estuário do Mira, muitas vezes devido à sua importância como recursos haliêuticos. Também os povoamentos vegetais intertidais (ou entremarés), sobretudo os sapais e as pradarias de zosteráceas, têm sido alvo de uma atenção especial por parte da comunidade científica, principalmente por causa da sua relevância ecológica. O facto de o estuário do Mira ser considerado um sistema salobro relativamente preservado em termos de impactos das atividades humanas conduziu ultimamente à realização de um número acrescido de estudos científicos, no sentido de conhecer este tipo de comunidades em situações próximas das pristinas. Na costa alentejana oceânica foram realizados diversos trabalhos sobre a abundância e distribuição de organismos que vivem em ambientes litorais ou mais profundos, em fundos dominados por substratos duros ou sedimentos, e também em ambientes pelágicos. Alguns destes trabalhos datam do início ou de meados do século XX e permitiram, mais tarde, avaliar eventuais alterações na abundância e distribuição de algumas espécies, estudar a dispersão de espécies exóticas e o impacte de alterações climáticas. As caraterísticas físicas peculiares da costa alentejana e a sua situação biogeográfica têm motivado a realização de diversos trabalhos de comparação de populações ou comunidades à escala da costa continental portuguesa ou europeia. Noutros trabalhos, foi estudado o crescimento, a reprodução e o recrutamento de organismos marinhos, nomeadamente de algas e invertebrados, os processos responsáveis por padrões de variação da abundância e distribuição, e diversos aspetos relacionados com a pesca, a conservação e a poluição. O conhecimento científico sobre o património biológico aquático da bacia hidrográfica do Rio Mira e da zona costeira alentejana é significativo e está patente em cerca de três centenas de trabalhos publicados e em diversas áreas científicas abrangidas. É importante encontrar formas adequadas para um melhor usufruto deste património e do seu conhecimento científico por parte da população, nomeadamente ao nível da sua acessibilidade, interpretação e aplicação. Além de desenvolver a investigação científica nas áreas abordadas e em novas áreas, também é importante efetuar o cruzamento deste conhecimento científico com o de outras áreas do saber.

EL INFINITO EN LA PALMA DE LA MANO (2013): UM NOVO GÉNESIS DESDE A PERSPECTIVA LATINO-AMERICANA DE GIOCONDA BELLI

RESUMO: A ideia da escrita desse texto surgiu como resposta a algumas inquietudes suscitadas ao longo dos estudos sobre Literatura Comparada na América Latina[1] e as posições defendidas por teóricos como Coutinho (1995-2004), Santiago (2000), Bernd (1998), entre outros. Entre elas está a necessidade imperiosa de tomar consciência das especificidades das diversas literaturas, assim como a de se estabelecer um diálogo em pé de igualdade entre as mesmas. Isso equivale a abordar especificamente a literatura dos distintos países latino-americanos como uma dialética entre o local e o universal porque é nessa pluralidade onde ela pode e deve ser entendida, já que as literaturas latino-americanas sempre receberam uma grande influência das europeias e assimilaram destas, como de outras, aspectos e características que, sem dúvida, no presente, são substancialmente modificadas no momento da apropriação. Por isso este artigo analisará a reconstrução da história de Adão e Eva desde uma perspectiva comparatista, isso é, remeterá o romance El infinito en la palma de la mano (2013), de Gioconda Belli não somente à sua individualidade, mas também ao jogo dialético/intertextual com a narração bíblica e alguns textos apócrifos – versões do Velho e Novo Testamentos que não foram incorporados ao cânone eclesiástico mas que Gioconda descobre de maneira acidental – com a finalidade de mostrar que não há nada mais original e intrínseco a um texto que alimentar-se de outros textos e que nesse ritual latino-americano de transgressão ao modelo está subjacente o descobrimento e a conquista do paraíso latino-americano.[1]El presente trabajoestá enmarcado dentro dela producción colaborativa propuesta a partir del curso “Actualización teórica y práctica en el campo de la Literatura Comparada en el ámbito latinoamericano”, ofrecido por la Secretaría de Posgrado de la Facultad de Filosofía y Letras de la Universidad Nacional de Tucumán-UNT, en noviembre de 2013. Dicho curso fue dictado por el profesor invitado de la UNT Doctor Gilmei Francisco Fleck, profesor adjunto de la “Universidade Estadual do Oeste do Paraná- Cascavel-PR/Brasil.