Diversity of Phytophthora clandestina isolated from subterranean clover in southern australia: Analysis of virulence and RAPD profiles

The virulence spectrum of 112 isolates of Phytophthora clandestina collected from 56 sites in four subterranean clover-growing states in southern Australia was determined using differential cultivars of subterranean clover. Five races were detected, with race 0 in all states except New South Wales, race 1 in all states, race 2 only in Victoria, race 3 only in New South Wales, and race 4 in Victoria and Western Australia. The level of genotypic diversity among the different P. clandestina populations was investigated using five RAPD primers. Among 30 bands amplified, only two were polymorphic. This enabled identification of four multilocus RAPD genotypes. Three of the four genotypes occurred in all four states. Races 2 and 3 occurred with RAPD genotypes 1 and 2 only whereas races 0 and 1 occurred in all four multilocus RAPD genotypes. These results indicate that the pathogenicity spectrum of P. clandestina can change rapidly.

Síntese, aplicação e avaliação da toxicidade aguda de complexo orgânico à base de európio proposto como marcador fotoluminescente para a Identificação de resíduos de tiro

Um complexo de alta fotoluminescência é proposto como marcador óptico para a identificação de resíduos de tiro (GSR). O marcador é o complexo [Eu(PIC)3(NMK)3], de fórmula molecular Eu(C6H2N3O7)3.(C7H13NO)3, que apresenta o íon Eu3+ e os ligantes ácido pícrico (PIC) e n-metil-Ɛ-caprolactama (NMK). Foi realizada a caracterização quimicamente através de espectroscopia de emissão, espectroscopia de infravermelho com transformada de Fourier (FTIR), termogravimetria e análise térmica diferencial (TG/DTA), e espectrometria de massas com ionização por eletrospray e ressonância ciclotrônica de íons por transformada de Fourier (ESI-FT-ICR MS), e, em seguida, foram adicionadas diferentes massas do complexo a munições convencionais (de 2 a 50 mg por cartucho). Após os tiros, o GSR marcado foi visualmente e quimicamente detectado por irradiação UV (ʎ = 395 nm) e ESI-FT-ICR MS, respectivamente. Os resultados mostraram uma fotoluminescência eficiente e duradoura, sendo facilmente visível sobre a superfície do alvo, no ambiente, no cartucho deflagrado, na arma de fogo, e sobre as mãos e braços do atirador quando utilizada massa a partir de 25 mg do marcador em cartuchos .38 e 50 mg em cartuchos .40. Sua toxicidade aguda também foi avaliada empregando-se o Protocolo 423 da Organização para a Cooperação e Desenvolvimento Econômico (OECD) e apresentou DL50 de 1000 mg.kg-1, sendo classificado como de categoria 4 na escala do Sistema Globalmente Harmonizado de Classificação e Rotulagem de Produtos Químicos (GHS), considerado, portanto, de média toxicidade. O composto mostrou ser menos tóxico do que os componentes inorgânicos de munições convencionais (em especial o Pb), justificando o seu emprego como marcador de GSR.

Matriz Metaloproteinase 2: um importante marcador genético para colesteatomas

Este estudo foi desenvolvido para determinar a presença de MMP2 em colesteatomas humanos e observar se colesteatomas que complicam (invasivos) apresentam uma maior expressão imunohistoquímica de Matriz Metaloproteinase 2 (MMP2). Colesteatomas produzem enzimas que causam erosão óssea, como a MMP2. MATERIAL E MÉTODO: Analisamos a expressão imunohistoquímica de MMP2 em colesteatomas invasivos, comparando-os aos latentes. Um estudo de corte transversal com dezenove lâminas e blocos parafinados de colesteatoma, derivados de mastoidectomias, foram desparafinados e submetidos à técnica imunohistoquímica com anticorpos anti-MMP2. RESULTADOS: Os resultados foram expressos em 0 (tênue), + (leve), ++ (moderado) e +++ (intenso), de acordo com a intensidade da expressão de MMP2. As expressões 0 e + foram denominadas Fraca e as expressões ++ e +++, Forte. Dos 8 colesteatomas invasivos, 7 apresentaram Forte expressão de MMP2 (87,5%). Com relação aos colesteatomas latentes (11), apenas 3 apresentaram Forte expressão de MMP2 (27,3%), com um teste exato de Fisher significante (p= 0,015). CONCLUSÃO: Colesteatomas expressam MMP2 e colesteatomas invasivos expressam MMP2 com maior intensidade, em relação aos latentes.

Genetic diversity in sugar apple (Annona squamosa L.) by using RAPD markers

Genetic diversity in a collection of 64 sugar apple accessions collected from different municipalities in northern Minas Gerais was assessed by RAPD analysis. Using 20 selected RAPD primers 167 fragments were generated, of which 48 were polymorphic (28.7%) producing an average of 2.4 polymorphic fragments per primer. Low percentage of polymorphism (< 29%) was observed by using the set of primers indicating low level of genetic variation among the 64 accessions evaluated. Genetic relationships were estimated using Jaccard's coefficient of similarity. Accessions from different municipalities clustered together indicating no correlation between molecular grouping and geographical origin. The dendrogram revealed five clusters. The first cluster grouped C19 and G29 accessions collected from the municipalities of Verdelândia and Monte Azul, respectively. The second cluster grouped G16 and B11 accessions collected from the municipalities of Monte Azul and Coração de Jesus, respectively. The remaining accessions were grouped in three clusters, with 8, 15 and 37 accessions, respectively. In summary, RAPD showed a low percentage of polymorphism in the germplasm collection.

Modelação do transporte e dispersão de um marcador corado no Rio Febros

O rio Febros é um pequeno curso de água, situado no concelho de Vila Nova de Gaia, com cerca de 15 km de extensão, cuja bacia hidrográfica ocupa uma área de aproximadamente 35,4 km2. Nasce em Seixezelo e desagua na margem esquerda do Rio Douro no Cais do Esteiro, em Avintes. Em Maio de 2008, um acidente de viação teve como consequência o derrame de cerca de quatro toneladas de ácido clorídrico que rapidamente convergiu às águas do rio. Apenas um dia depois, o pH desceu para três e muitos foram os peixes que morreram. A solução adoptada para evitar o desaire foi introduzir milhares de litros de água de modo a diluir o ácido presente, ao longo de todo o curso de água. Tal facto não evitou a destruição de parte de um ecossistema, que ainda nos dias de hoje se encontra em recuperação. De forma a avaliar-se o impacto destas possíveis perturbações sejam estas de origem antropogénica ou natural é necessário possuir conhecimentos dos processos químicos tais como a advecção, a mistura devida à dispersão e a transferência de massa ar/água. Estes processos irão determinar o movimento e destino das substâncias que poderão ser descarregadas no rio. Para tal, recorrer-se-á ao estudo hidrogeométrico do curso de água assim como ao estudo do comportamento de um marcador, simulando uma possível descarga. A rodamina WT será o marcador a ser utilizado devido à panóplia de características ambientalmente favoráveis. Os estudos de campo com este corante, realizados em sequência de descarga previamente estudada, fornecem uma das melhores fontes de informação para verificação e validação de modelos hidráulicos utilizados em estudos de qualidade de águas e protecção ambiental. Escolheram-se dois pontos de descarga no Febros, um em Casal Drijo e outro no Parque Biológico de Gaia, possuindo cada um deles, a jusante, duas estações de monitorização. Pelo modelo ADE os valores obtidos para o coeficiente de dispersão longitudinal para as estações Pontão d’ Alheira, Pinheiral, Menesas e Giestas foram, respectivamente, 0,3622; 0,5468; 1,6832 e 1,7504 m2/s. Para a mesma sequência de estações, os valores da velocidade de escoamento obtidos neste trabalho experimental foram de 0,0633; 0,0684; 0,1548 e 0,1645 m/s. Quanto ao modelo TS, os valores obtidos para o coeficiente de dispersão longitudinal para as estações Pontão d’ Alheira, Pinheiral, Menesas e Giestas foram, respectivamente, 0,2339; 0,1618; 0,5057e 1,1320 m2/s. Para a mesma sequência de estações, os valores da velocidade de escoamento obtidos neste trabalho experimental foram de 0,0652; 0,0775; 0,1891 e 0,1676 m/s. Os resultados foram ajustados por um método directo, o método dos momentos, e por dois métodos indirectos, os modelos ADE e TS. O melhor ajuste corresponde ao modelo TS onde os valores do coeficiente de dispersão longitudinal e da velocidade de escoamento são aqueles que melhor se aproximam da realidade. Quanto ao método dos momentos, o valor estimado para a velocidade é de 0,162 m/s e para o coeficiente de dispersão longitudinal de 9,769 m2/s. Não obstante, a compreensão da hidrodinâmica do rio e das suas características, bem como a adequação de modelos matemáticos no tratamento de resultados formam uma estratégia de protecção ambiental inerente a futuros impactos que possam suceder.

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis of Lutzomyia longipalpis laboratory populations

The phlebotomine sand fly Lutzomyia longipalpis has been incriminated as a vector of American visceral leishmaniasis, caused by Leishmania chagasi. However, some evidence has been accumulated suggesting that it may exist in nature not as a single but as a species complex. Our goal was to compare four laboratory reference populations of L. longipalpis from distinct geographic regions at the molecular level by RAPD-PCR. We screened genomic DNA for polymorphic sites by PCR amplification with decamer single primers of arbitrary nucleotide sequences. One primer distinguished one population (Marajó Island, Pará State, Brazil) from the other three (Lapinha Cave, Minas Gerais State, Brazil; Melgar, Tolima Department, Colombia and Liberia, Guanacaste Province, Costa Rica). The population-specific and the conserved RAPD-PCR amplified fragments were cloned and shown to differ only in number of internal repeats.

Strain differentiation of Trichophyton rubrum by random amplification of polymorphic DNA (RAPD)

Trichophyton rubrum is an important cause of dermatomycoses. Molecular strain typing methods have recently been developed to address questions about epidemiology and source of relapse following treatment. This report describes the application of RAPD for molecular strain differentiation of this fungus utilizing the primers 1- (5'-d[GGTGCGGGAA]-3') and 6- (5'-d[CCCGTCAGCA]-3'). A total of five RAPD patterns were observed among 10 strains of T. rubrum, with each of the primers used. We conclude that RAPD analysis using primers 1 and 6 can be used in epidemiological studies.

Analysis of the genetic polymorphism of Paracoccidioides brasiliensis and Paracoccidioides cerebriformis "Moore" by random amplified polymorphic DNA (RAPD) and 28S ribosomal DNA sequencing: Paracoccidioides cerebriformis revisited

Our purpose was to compare the genetic polymorphism of six samples of P. brasiliensis (113, 339, BAT, T1F1, T3B6, T5LN1), with four samples of P. cerebriformis (735, 741, 750, 361) from the Mycological Laboratory of the Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, using Random Amplified Polymorphic DNA Analysis (RAPD). RAPD profiles clearly segregated P. brasiliensis and P. cerebriformis isolates. However, the variation on band patterns among P. cerebriformis isolates was high. Sequencing of the 28S rDNA gene showed nucleotide conservancy among P. cerebriformis isolates, providing basis for taxonomical grouping, and disclosing high divergence to P. brasiliensis supporting that they are in fact two distinct species. Moreover, DNA sequence suggests that P. cerebriformis belongs in fact to the Aspergillus genus.

Genetic variability of Triatoma flavida and Triatoma bruneri (Hemiptera: Reduviidae) by RAPD-PCR technique

The Triatominae (Hemiptera:Reduviidae) contains the principal and potential Chagas disease vectors present in Mexico, Central America and South America. Triatoma flavida and T. bruneri are Cuban species. These species are closely related according to morphology and were considered synonyms until 1981, when they were separated on the grounds of external characters of the body and the morphology of male genitalia. The present study seeks to analyze genetic polymorphism of T. flavida and T. bruneri populations using RAPD techniques, and to assess the genetic relationship between these species. Ten random primers were used to evaluate the genetic variability among species using RAPD-PCR. The genetic flow among them was calculated. The dendrogram based on calculated Jaccard distances showed two clearly distinguishable clusters which coincided with the studied species. Within each species, moderate genetic differentiation (Fst 0.05-0.15) and migration rates (N > 1) were found among populations, that reveal gene flow and genetic homogeneity. Between species, the Fst value showed a high genetic differentiation and the migration rate was insufficient to maintain genetic homogeneity, and confirmed the absence of gene flow between them. Our results confirm the genetic variability among T. flavida and T. bruneri species.

O Volume da Aurícula Esquerda como Marcador Ecocardiográfico de Prognóstico em Doentes com Miocardiopatia Dilatada

Introdução: O aumento da aurícula esquerda (AE) é um marcador de mortalidade na população geral. Os doentes com miocardiopatia dilatada (MCD) têm um amplo espetro de tamanhos deAE, mas a importância clínica desta observação tem sido pouco estudada. Objectivo: Avaliar a importância prognóstica a longo prazo do volume da AE (VAE) em doentes com MCD. Métodos: Estudo prospetivo de doentes admitidos durante o ano de 2004 com o diagnóstico deMCD, em ritmo sinusal. Foi realizado estudo ecocardiográfico completo em repouso e após stress farmacológico. O endpoint composto considerou a assistência ventricular mecânica (AVM), a transplantação cardíaca ou a morte. Resultados: Foram incluídos 35 doentes (68,6% sexo masculino, idade média 52,0), 82,9% etiologia não isquémica. Fração ejeção em repouso 31,1 ± 9,4%.Durante o seguimento, oito doentes morreram, um foi colocado em AVM e um foi transplantado. A análise de Cox univariável revelou potenciais marcadores ecocardiográficos de prognóstico na amostra tais como a dimensão da AE em modo M (HR-1,12; IC: 0,99-1,26;p = 0,067); VAE (HR-1,02; IC: 1,00-1,04; p = 0,046); VAE ajustado à superfície corporal (HR-1,03;IC: 1,00-1,07; p = 0,049); E/A (HR-0,99; IC: 0,99-1,81; p = 0,060); E/A > 2 (HR-7,00; IC:1,48-32,43; p = 0,014) e E/E’ mitral (HR-1,04; IC: 1,00-1,09; p = 0,074). Na análise multivariável a única variável que permaneceu no modelo foi o VAE com o ponto de corte de 63 ml (HR-7,7, IC:0,97-60,61, p = 0,05).Conclusão: Nesta amostra, o VAE foi o único parâmetro ecocardiográfico determinante de AVM,transplantação cardíaca ou morte. Os parâmetros ecocardiográficos habitualmente utilizadospara estratificação de risco, tais como a fração ejeção do ventrículo esquerdo, a dimensão do ventrículo esquerdo e a reserva contrátil não tiveram valor prognóstico na nossa amostra.

Utilidade Clínica do (1->3) B-D-glucano como marcador laboratorial no diagnóstico de Pneumonia por Pneumocystis jirovecii

A pneumonia por Pneumocystis jirovecii (PPc) é uma das principais causas de morte em doentes imunocomprometidos, revestindo-se assim de elevado interesse o diagnóstico precoce desta infecção, por forma a instaurar a terapêutica adequada. Actualmente, os meios laboratoriais de diagnóstico baseiam-se fundamentalmente na detecção directa deste microrganismo nas secreções pulmonares dos doentes, o que implica a realização de procedimentos invasivos. É nessa perspectiva que surge o doseamento do β-glucano no soro de doentes com presumível infecção, uma vez que, este composto é um dos principais componentes da parede dos quistos de P. jirovecii. Neste estudo procedeu-se ao doseamento do β-glucano em amostras de soro de 66 indivíduos e verificou-se que, nos 47 indivíduos que confirmaram o diagnóstico de PPc, a mediana de β-glucano obtida foi de 314,5 pg/mL, enquanto nos restantes 19 foi de 63,7 pg/mL. Estatisticamente obteve-se uma forte correlação entre níveis elevados de β-glucano no soro de doentes e a presença de infecção por P. jirovecii. Em relação ao diagnóstico clínico, os resultados obtidos demonstraram correlação entre um diagnóstico clinico sugestivo de PPc e níveis elevados de β-glucano no soro. Constatou-se ainda que, para a infecção por P. jirovecii o cut-off que apresentou melhores resultados para o teste Fungitell® situa-se nos 100 pg/mL, obtiveram-se resultados de sensibilidade de 89% e especificidade de 74%. Estudos preliminares apontaram para o facto de níveis elevados de β-glucano no soro corresponderem a níveis elevados de parasitémia e uma evolução clínica negativa da doença.

Caracterização espectroscópica de acetona como marcador em pacientes diabéticos

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Biomédica

Differentiation of Candida species obtained from nosocomial candidemia using RAPD-PCR technique

Thirteen strains of the genus Candida were isolated from catheter, urine and surgical wounds from individual patients of the Santa Casa de Misericórdia, Belo Horizonte, MG, Brazil. Ten strains were characterized as Candida albicans, two as Candida glabrata, and one as Candida parapsilosis. Isolates were evaluated for molecular relatedness by random amplified polymorphic DNA technique using 15 primers. The analysis of the genomic DNA obtained revealed a low intraspecific polymorphism and did not allow for the differentiation between strains of the same species obtained from distinct clinical sources (catheter, urine and surgical wounds). The RAPD profiles generated were able to differentiate among the species of Candida albicans, Candida parapsilosis and Candida glabrata strains isolated in this study.

Avaliação da pré-triagem sorológica para o marcador do vírus da hepatite B (anti-HBc total) em candidatos à doação de sangue no Estado do Acre, 2002

O objetivo da pesquisa foi avaliar a pré-triagem sorológica para hepatite B (anti-HBc total) em candidatos à doação de sangue, verificando a associação entre as variáveis sexo, faixa etária, escolaridade e naturalidade. Estudo transversal com dados retrospectivos, tendo como população-alvo candidatos à doação de sangue naturais dos municípios do interior do Acre, que procuraram o Centro de Hematologia e Hemoterapia do Acre, no período de janeiro a dezembro de 2002. Dos 673 candidatos incluídos foi constatado reatividade ao anti-HBc total em 54,8%. Sendo observado maior reatividade ao anti-HBc total entre os candidatos do sexo masculino, faixa etária mais avançada e menor grau de escolaridade (p<0,05). A pré-triagem sorológica para hepatite B em candidatos a doação de sangue é uma alternativa viável, visto que, reduz o custo e aumenta a segurança transfusional. A captação de doadores do sexo feminino, jovens e com grau de escolaridade acima do fundamental sinaliza potenciais doadores de sangue para o HEMOACRE.