Intoxication par les champignons [Mushroom poisoning].

Mushroom poisoning is a regular complaint for consultation in emergency facilities. These situations are usually benign and symptomatic treatment is sufficient. However, severe damage can occur, potentially life-threatening. We review the various syndromes associated with the toxins involved, their management and the major signs that are suggestive of serious injury and requiring hospitalization.

Les champignons : essai de classification / par le Dr Paul Vuillemin,...

Collection : Bibliothèque de botanique cryptogamique

Les Champignons, traité élémentaire et pratique de mycologie, suivi de la description des espèces utiles, dangereuses, remarquables, par J. Moyen,... Avec une introduction de Jules de Seynes,...

Comprend : Introduction

Revue des cas d'intoxication aux champignons dans un service d'urgence entre 2005 et 2011

Introduction: Les services d'urgences sont régulièrement confrontés à des intoxications par ingestion de champignons. Ces situations, souvent banales, peuvent nécessiter une prise en charge intensive et comporter un risque réel de morbi-mortalité, en particulier lors de cytolyse hépatique aiguë. La prévalence, ainsi que la fréquence réelle des complications liées à l'ingestion de champignons sont mal connues. Méthodes: Etude rétrospective dans un service d'urgence universitaire entre décembre 2004 et octobre 2011. Les codes diagnostics «intoxication aux champignons», ainsi que les termes «amanite» ou «champignons» ont été extraits de la base de données des urgences. Les caractéristiques des patients, leurs présentations cliniques, durées de séjour et complications ont été analysées. Résultats: 72 cas ont été répertoriés et revus, âge 44,3 ± 2,0 ans (moy ± SE, 95%CI 40,2-48,4), ratio H:F 1:1,2 (33H, 39F). 81% des cas sont survenus entre août et décembre. 14 cas sont arrivés sous forme de clusters familiaux (35 patients, moyenne = 2,6 cas/cluster, min: 2, max: 7). Un spécialiste en mycologie a été contacté dans 25 cas pour identifier les champignons. 69 patients (96%) sont rentrés à domicile depuis les urgences (séjour de 10,8 ± 1,3 heures, 95%CI 8,2-13,4 h). Lorsque les symptômes survenaient <= 4 heures après l'ingestion, les patients restaient moins longtemps (N = 57, durée séjour médiane 6,1 h, P25-P75 3,2-11,8 h) que les cas avec des symptômes plus tardifs (N = 15, durée séjour médiane 13,3 h, P25-P75 10,2-36,2) (p = 0,0001 selon Mann-Whitney). Une patiente a nécessité un transfert dans un centre spécialisé (intoxication par amanite phalloïde, avec dosage positif de l'alpha-amanitine). Elle a bénéficié de silibinine et d'une hospitalisation (9 jours), avec une évolution favorable sans nécessité de transplantation. Les symptômes étaient apparus tardivement (7 h). Conclusions: Sur les 72 cas, un seul (1,4%) a nécessité une prise en charge spécialisée. Les autres patients ont pu rentrer à domicile dans les heures qui ont suivi leur admission. Une grande partie des cas est survenue entre août et décembre, période favorable pour la récolte ou la consommation de champignons. Cette analyse confirme que la plupart des cas sont bénins et que les patients peuvent rentrer rapidement à domicile une fois les symptômes passés. Le seul cas potentiellement grave a présenté des symptômes tardifs et une longue hospitalisation, ce qui réaffirme les données de la littérature.

Rôle des champignons dans la voie oxalate-carbonate

La présente thèse met en évidence trois rôles des champignons dans la voie oxalate-carbonate. (i) La dynamique fongique de production des cristaux d'oxalate de calcium montre une diminution du nombre de ces cristaux comparativement à ceux préalablement produits. Afin de confirmer ce résultat, une méthode analytique faisant usage de la chromatographie liquide mesurant l'oxalate total, a été mise en pratique. De plus, des champignons à pourriture blanche ont été cultivés sur un milieu Schlegel couramment utilisé par les bactériologistes pour montrer la dissolution bactérienne des oxalates de calcium. Certains champignons se sont révélés positifs au test. (ii) Une approche en microcosme a été employée pour comprendre le rôle respectif des champignons et des bactéries dans la voie oxalate-carbonate. Champignons et bactéries sont la composante biologique du système oxalate-carbonate et sont donc ajoutés au sol des microcosmes selon les séries : (A) champignons seuls, (B) bactéries seules et (C) champignons et bactéries ensemble. En prenant en considération la variable oxalate et en opérant une approche factorielle en accord avec la théorie de la hiérarchie, les séries additionnelles suivantes ont été étudiées : (D) champignon plus oxalate, (E) bactéries plus oxalate et (F) champignon et bactéries ensemble plus oxalate. En présence d'oxalate de calcium les résultats des quantités de champignon vivant (évaluées par dosage de l'ergostérol) au cours du temps montrent que la rapidité de colonisation des microcosmes est accélérée de trois semaines ; c'est une fertilisation du sol opérée par l'oxalate qui favorise la biomasse vivante du champignon. Les champignons à leur tour survivent sur le long terme (3 mois) seulement en présence des bactéries sinon leur biomasse vivante reste faible. Par conséquent, c'est l'interaction entre champignons et bactéries sous forme de coexistence qui permet leur survie réciproque. Les champignons interagissent en synergie avec les bactéries dans le sol du microcosme mais les bactéries, moteur de l'alcalinisation du sol, survivent plus longtemps et atteignent des populations plus élevées seulement quand le champignon et l'oxalate sont présents. En plus des résultats sur les quantités de champignons et de bactéries, le suivi du pH pour toutes les séries des microcosmes examinées laisse apparaître une propriété émergente. Pour l'unique série (F), il se produit une alcalinisation du milieu de deux unités et demie de pH. L'hypothèse de base selon laquelle l'oxalate est responsable d'une favorisation de la voie oxalate-carbonate a été vérifiée. Le rôle des champignons est de favoriser les populations bactériennes sous l'action fertilisante de l'oxalate. (iii) L'origine du calcium, une des questions à résoudre les plus importantes afin que la voie oxalate-carbonate agisse comme un puits de carbone, a été abordée théoriquement, par une littérature élargie, et expérimentalement en boîte de Pétri, en utilisant la colonisation fongique. Le rôle des champignons est de transloquer et libérer du calcium activement et passivement dans le sol.

Étude du polymorphisme intra- et inter-spécifique du gène β-tubuline chez des espèces de champignons mycorhiziens à arbuscules en vue de développer des marqueurs moléculaires

Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA), classés dans le phylum Glomeromycota, ne peuvent pas être facilement identifiés par la morphologie de leurs spores et leurs mycélia à l'intérieur ou à l'extérieur des racines de leurs hôtes. Ce problème fondamental d'identification rend l'étude de leur diversité, en particulier dans leur habitat naturel (sol et racine) extrêmement difficile. Les gènes ribosomaux ont été largement utilisés pour développer des amorces spécifiques et en inférer des arbres phylogénétiques. Cependant, ces gènes sont très polymorphes et existent en plusieurs copies dans le génome des CMA, ce qui complique l’interprétation des résultats. Dans notre étude, nous avons étudié le polymorphisme intra- et inter-spécifique du gène β-tubuline, présent en faible nombre de copies dans le génome des CMA, afin d’obtenir de nouvelles séquences nucléotidiques pour développer des marqueurs moléculaires. Les gènes β-tubuline amplifiés à partir de l'ADN génomique de cinq espèces du genre Glomus ont été clonés et séquencés. L’analyse des séquences indique un polymorphisme intraspécifique chez trois espèces de CMA. Deux séquences paralogues très variables ont été nouvellement identifiées chez les G. aggregatum, G. fasciculatum et G. cerebriforme. Aucun polymorphisme n’a été détecté chez les G. clarum et G. etunicatum. Toutes les séquences montrent la présence de deux introns hautement variables. La majorité des substitutions ont été localisées dans les exons et sont synonymes à 90%. La conservation des acides aminés suggère un niveau élevé de sélection négative sur le gène β-tubuline et nous permet de confirmer que les CMA représentent un ancien groupe fongique (400 million d’années). L’analyse phylogénétique, réalisée avec vingt et une séquences nucléotidiques du gène β-tubuline, a révélé que les séquences des Glomaceae forment un groupe monophylétique bien supporté, avec les Acaulosporaceae et Gigasporaceae comme groupe frère. Les séquences paralogues nouvellement identifiées chez les G. aggregatum et G. fasciculatum n'ont pas été monophylétiques au sein de chaque espèce. Les oligonucléotides ont été choisis sur la base des régions variables et conservées du gène β-tubuline. Le test PCR des amorces β-Tub.cerb.F/ β-Tub.cerb.R a révélé des bandes spécifiques de 401 pb pour les séquences paralogues du G. cerebriforme. Deux paires d’amorces ont été développées afin d’identifier les séquences du groupe nommé Tub.1. Les tests PCR nous ont permis d’identifier certaines séquences du groupe Tub.1. Une paire d’amorce β-Tub.2.F/ β-Tub.2.R nous a permis d’identifier certaines séquences paralogues du groupe nommé Tub.2. L’analyse d’autres gènes combinée à celle du gène β-tubuline permettra le développement de marqueurs moléculaires plus spécifiques pour l’identification de CMA.

Reproduction et échanges génétiques horizontaux chez les champignons mycorhiziens à arbuscules

3 vidéos sont dans des fichiers complémentaires à ce mémoire

Développement et évaluation de méthodes d'isolation des spores de champignons contenues dans l'eau des rivières

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Développement des marqueurs moléculaires spécifiques pour l'identification et la quantification de deux espèces de champignons mycorhiziens arbusculaires en utilisant la PCR en temps réel

Les champignons mycorhizien à arbuscules (CMA) sont des organismes pouvant établir des symbioses avec 80% des plantes terrestres. Les avantages d'une telle symbiose sont de plus en plus caractérisés et exploités en agriculture. Par contre, jusqu'à maintenant, il n'existe aucun outil permettant à la fois l'identification et la quantification de ces champignons dans le sol de façon fiable et rapide. Un tel outil permettrait, entre autres, de mieux comprendre les dynamiques des populations des endomycorhizes dans le sol. Pour les producteurs d'inoculum mycorhiziens, cela permettrait également d'établir un suivi de leurs produits en champs et d'avoir un contrôle de qualité de plus sur leurs inoculants. C'est ce que nous avons tenté de développer au sein du laboratoire du Dr. Hijri. Depuis environ une trentaine d'années, des outils d'identification et/ou de quantification ont été développés en utilisant les profiles d'acides gras, les isozymes, les anticorps et finalement l'ADN nucléaire. À ce jour, ces méthodes d’identification et de quantification sont soit coûteuses, soit imprécises. Qui plus est, aucune méthode ne permet à la fois la quantification et l’identification de souches particulières de CMA. L’ADN mitochondrial ne présente pas le même polymorphisme de séquence que celui qui rend l’ADN nucléaire impropre à la quantification. C'est pourquoi nous avons analysé les séquences d’ADN mitochondrial et sélectionné les régions caractéristiques de deux espèces de champignons mycorhiziens arbusculaires (CMA). C’est à partir de ces régions que nous avons développé des marqueurs moléculaires sous forme de sondes et d’amorces TaqMan permettant de quantifier le nombre de mitochondries de chacune de ces espèces dans un échantillon d’ADN. Nous avons ensuite tenté de déterminer une unité de quantification des CMA, soit un nombre de mitochondries par spore. C’est alors que nous avons réalisé que la méthode de préparation des échantillons de spores ainsi que la méthode d’extraction d’ADN avaient des effets significatifs sur l’unité de quantification de base. Nous avons donc optimisé ces protocoles, avant d’en e tester l’application sur des échantillons de sol et de racines ayant été inoculés avec chacune des deux espèces cibles. À ce stade, cet outil est toujours semi-quantificatif, mais il permet 9 l’identification précise de deux espèces de CMA compétentes dans des milieux saturés en phosphore inorganique. Ces résultats , en plus d’être prometteurs, ont permis d’augmenter les connaissances méthodologiques reliées à la quantification des CMA dans le sol, et suggèrent qu’à cause de leurs morphologies différentes, l’élaboration d’un protocole de quantification standardisé pour toutes les espèces de CMA demeure un objectif complexe, qui demande de nouvelles études in vivo.