T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension

This article introduces a new interface for T-Coffee, a consistency-based multiple sequence alignment program. This interface provides an easy and intuitive access to the most popular functionality of the package. These include the default T-Coffee mode for protein and nucleic acid sequences, the M-Coffee mode that allows combining the output of any other aligners, and template-based modes of T-Coffee that deliver high accuracy alignments while using structural or homology derived templates. These three available template modes are Expresso for the alignment of protein with a known 3D-Structure, R-Coffee to align RNA sequences with conserved secondary structures and PSI-Coffee to accurately align distantly related sequences using homology extension. The new server benefits from recent improvements of the T-Coffee algorithm and can align up to 150 sequences as long as 10 000 residues and is available from both http://www.tcoffee.org and its main mirror http://tcoffee.crg.cat.

Object-oriented development of client / server application: case study of service control software

Tässä työssä on esitetty sen ohjelmiston kehittämisen prosessi, joka on tarkoitettu annettavien palveluiden valvottavaksi käyttäen prototyyppimallia. Raportti sisältää vaatimusten, kohteisiin suunnatun analyysin ja suunnittelun, realisointiprosessien kuvauksen ja prototyypin testauksen. Ohjelmiston käyttöala – antavien palveluiden valvonta. Vaatimukset sovellukselle analysoitiin ohjelmistomarkkinoiden perusteella sekä ohjelmiston engineeringin periaatteiden mukaisesti. Ohjelmiston prototyyppi on realisoitu käyttäen asiakas-/palvelinhybridimallia sekä ralaatiokantaa. Kehitetty ohjelmisto on tarkoitettu venäläisille tietokonekerhoille, jotka erikoistuvat pelipalvelinten antamiseen.

Kolmannen sukupolven matkaviestinverkon puhelunohjaus MSC Server –konseptilla

Tietoliikenneala elää muutosten aikaa. Vanhat piirikytketyt kapeakaistaiset verkot ovat väistymässä seuraavan sukupolven verkkojen tieltä. GPRS-verkot tekevät tuloaan ja 3G-verkkojen kehitystyö on kiivaimmillaan laitetoimittajien ratkoessa verkoille asetettuja haasteita. Jää nähtäväksi, kykenevätkö 3G-verkot vastaamaan näihin haasteisiin. Työssä käsitellään 3G-verkon arkkitehtuuria, toimintaa ja puhelunohjausta MSC Server -konseptissa, sekä käydään läpi muutamia puheluesimerkkejä. 3G-verkon arkkitehtuuri, jossa puhelunohjaus on erotettu mediakerroksesta, esitetään ja uudet verkkoelementit ja niiden toiminta käsitellään. Esitelty teoria perustuu kirjallisuuteen sekä yleisesti hyväksyttyihin 3G- verkon standardeihin. Näitä standardeja julkaisevat muun muassa ITU-T ja 3GPP yhdessä yhteistyöyritystensä kanssa. Standardointityö on monin osin vielä kesken ja se on vaikeuttanut 3G-verkkojen suunnittelutyötä merkittävästi. Työn tarkoituksena on selvittää puhelunohjausta 3G-verkossa ja sen toteuttamista MSC Server –konseptilla. MSC Serverin toteutusvaihtoehtoja arvioidaan ja niistä valitaan yksi 3G-verkon puhelunohjauksen toteutusmalliksi. Työtä jatketaan tämän diplomityön jälkeen tarkemman toteutuksen suunnittelulla, päämääränä rakentaa 3G-verkko.

Investigation of interface between Multimedia IP Network and Call Processing Server in 3G IP Telephony Core Network

The thesis presents an overview of third generation of IP telephony. The architecture of 3G IP Telephony and its components are described. The main goal of the thesis is to investigate the interface between the Call Processing Server and Multimedia IP Networks. The interface functionality, proposed protocol stack and a general description are presented in the thesis. To provide useful services, 3G IP Telephony requires a set of control protocols for connection establishment, capabilities exchange and conference control. The Session Initiation Protocol (SIP) and the H.323 are two protocols that meet these needs. In the thesis these two protocols are investigated and compared in terms of Complexity, Extensibility, Scalability, Services, Resource Utilization and Management.

Server Virtualization

Virtualisoinnin ideana on kuvata tietotekniikkaan liittyvät laiteresurssit ryhminä. Kun jonkin tehtävän suoritukseen tarvitaan resursseja, ne kerätään erikseen jokaisesta ryhmästä. Virtualisoinnin yksi osa-alue on palvelimen tai palvelinten virtualisointi, jossa pyritään hyödyntämään palvelinlaitteisto mahdollisimman tehokkaasti. Tehokkuus saavutetaan käyttämällä erillisiä instansseja, joita kutsutaan virtuaalikoneiksi. Tässä diplomityössä esitellään ja verrataan erilaisia palvelinten virtualisointimalleja ja tekniikoita, joita voidaan käyttää IA-32 arkkitehtuurin kanssa. Eroa virtualisoinnin ja eri partitiointitekniikoiden välillä tarkastellaan erikseen. Lisäksi muutoksia, joita palvelinten virtualisointi aiheuttaa infrastruktuuriin, ympäristöön ja laitteistoon käsitellään yleisellä tasolla. Teorian oikeellisuutta todistettiin suorittamalla useita testejä käyttäen kahta eri virtualisointiohjelmistoa. Testien perusteella palvelinten virtualisointi vähentää suorituskykyä ja luo ympäristön, jonka hallitseminen on vaikeampaa verrattuna perinteiseen ympäristöön. Myös tietoturvaa on katsottava uudesta näkökulmasta, sillä fyysistä eristystä ei virtuaalikoneille voida toteuttaa. Jotta virtualisoinnista saataisiin mahdollisimman suuri hyöty tuotantoympäristössä, vaaditaan tarkkaa harkintaa ja suunnitelmallisuutta. Parhaat käyttökohteet ovat erilaiset testiympäristöt, joissa vaatimukset suorituskyvyn ja turvallisuuden suhteen eivät ole niin tarkat.

Integrating Socket Server to the Workstation Environment of Series 40 Platform

Shortening development times of mobile phones are also accelerating the development times of mobile phone software. New features and software components should be partially implemented and tested before the actual hardware is ready. This brings challenges to software development and testing environments, especially on the user interface side. New features should be able to be tested in an environment, which has a look and feel like a real phone. Simulation environments are used to model real mobile phones. This makes possible to execute software in a mobile phone that does not yet exist. The purpose of this thesis is to integrate Socket Server software component to Series 40 simulation environments on Linux and Windows platforms. Socket Server provides TCP/IP connectivity for applications. All other software and hardware components below Socket Server do not exist in simulation environments. The scope of this work is to clarify how that can be done without connectivity problems, including design, implementation and testing phases.

Kuormitustestausvälineen valinta Microsoft Office SharePoint Server 2007 – toteutuksessa

Kuormitustestaus on osa web-sovellusten kehitystä ja käyttöönottoa. Sillä varmistetaan sovellusten toimivuus ennalta määrätyn kuorman alla. Microsoft Office SharePoint Server 2007 (MOSS) on palvelintuote nykyaikaisten web-sovellusten luontiin ja ylläpitoon. Työssä vertaillaan kahta eri uormitustestaustyökalua: SilkPerformer 2008 ja Visual Studio Team System 2008 Test Edition ja valitaan MOSS – web-sovelluksille paremmin sopiva työkalu. Työssä vertaillaan työkaluja niiden ominaisuuksien perusteella sekä suorittamalla kuormitustestausta testausta varten luodulle MOSS – web-sovellukselle. Vaikuttavien tekijöiden perusteella työkaluja arvioidaan ja tämän perusteella saadaan tulos vertailulle. Työn tuloksena Visual Studio Team System 2008 Test Edition sopii paremmin MOSS – web-sovelluksen kuormitustestausvälineeksi. Vertailussa kuitenkin havaittiin, että työkalut ovat melko tasavertaisia, ja käytännön tilanteesta riippuu, kumpi sopii paremmin. Tämä työ auttaa valinnan teossa.

Quality and analysis of administration processes in server operations

IT outsourcing refers to the way companies focus on their core competencies and buy the supporting functions from other companies specialized in that area. Service is the total outcome of numerous of activities by employees and other resources to provide solutions to customers' problems. Outsourcing and service business have their unique characteristics. Service Level Agreements quantify the minimum acceptable service to the user. The service quality has to be objectively quantified so that its achievement or non-achievement of it can be monitored. Usually offshoring refers to the transferring of tasks to low-cost nations. Offshoring presents a lot of challenges that require special attention and they need to be assessed thoroughly. IT Infrastructure management refers to installation and basic usability assistance of operating systems, network and server tools and utilities. ITIL defines the industry best practices for organizing IT processes. This thesis did an analysis of server operations service and the customers’ perception of the quality of daily operations. The agreed workflows and processes should be followed better. Service providers’ processes are thoroughly defined but both the customer and the service provider might disobey them. Service provider should review the workflows regarding customer functions. Customer facing functions require persistent skill development, as they communicate the quality to the customer. Service provider needs to provide better organized communication and knowledge exchange methods between the specialists in different geographical locations.

Design and Implementation of MUPE Server Context Tool for Eclipse IDE

The development of software tools begun as the first computers were built. The current generation of development environments offers a common interface to access multiple software tools and often also provide a possibility to build custom tools as extensions to the existing development environment. Eclipse is an open source development environment that offers good starting point for developing custom extensions. This thesis presents a software tool to aid the development of context-aware applications on Multi-User Publishing Environment (MUPE) platform. The tool is implemented as an Eclipse plug-in. The tool allows developer to include external server side contexts to their MUPE applications. The tool allows additional context sources to be added through the Eclipse's extension point mechanism. The thesis describes how the tool was designed and implemented. The implementation consists of tool core component part and an additional context source extension part. Tool core component is responsible for the actual context addition and also provides the needed user interface elements to the Eclipse workbench. Context source component provides the needed context source related information to the core component. As part of the work an update site feature was also implemented for distributing the tool through Eclipse update mechanism.

Tietovaraston latausprosessin kehittämisen osittainen automatisointi Microsoft SQL Server 2008 -ympäristössä

Tässä työssä tutkitaan tietovaraston latausprosessin kehittämisen nopeuttamista Mic-rosoft SQL Server 2008 -ympäristössä. Työn teoriaosuudet on tarkoitettu tukemaan sekä työn tutkimus- että käytännönosia. Aiheeseen liittyviä tutkimuksia käytiin läpi parhaiden latausprosessin kehittämiseen kuluvaa aikaa vähentävien tapojen selvittä-miseksi. Nykytutkimus keskittyy valmistajasta riippumattomien mallien kehittämiseen ja valmistajakohtaisen latausprosessin luomiseen näiden mallien pohjalta. Yleinen konsensus parhaan mallin suhteen kuitenkin puuttuu. Aiheeseen liittyvien tutkimusten pohjalta esitetään arkkitehtuuri, joka saattaisi tule-vaisuudessa vähentää latausprosessin kehittämiseen kuluvaa aikaa huomattavasti. Tästä arkkitehtuurista luotiin yksinkertaistettu versio sekä siihen pohjautuva sovellus nopeuttamaan latausprosessin kehittämistä Microsoftin ETL-työkalulla.

Multitenant-arkkitehtuurin mukainen Microsoft BizTalk Server palveluna virtuaaliympäristöstä

Tässä työssä selvitettiin Microsoft BizTalk Server -tuotteen sopivuutta moniasiakasjärjestelmänä toimivan sovellusintegraatioympäristön toteuttamiseen. Työssä ei otettu kantaa ympäristössä suoritettaviin integraatioihin, niihin liittyviin asiakkuuksiin tai integraatioympäristöön liittyviin järjestelmiin ja sovelluksiin. Selvityksessä ilmeni, että Microsoft BizTalk Server -tuotetta on mahdollista käyttää moniasiakasjärjestelmänä, sillä lisenssiehdot eivät rajoita tuotteen käyttömahdollisuuksia. Moniasiakasjärjestelmän haasteet liittyvät tietoturvaan ja sovellustietojen näkyvyyteen. Toisaalta haasteena on moniasiakasjärjestelmän kannattavuus liiketoiminnan näkökulmasta.

Invenio customization for CERN Document Server

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Glutamatergic transmission in the nucleus tractus solitarii: from server to peripherals in the cardiovascular information superhighway

Afferent nerves carrying signals from mechanoreceptors in the aortic arch and carotid sinus terminate predominantly in the nucleus tractus solitarii (NTS). Signal transduction and neurotransmission in the NTS are critical for central cardiovascular reflex control, but little was known about either until the late 1970's. None of the numerous neuroactive chemicals found in the NTS had met strict criteria as a neurotransmitter in the baroreflex arc until data suggested that the excitatory amino acid L-glutamate (GLU) might be released from baroreceptor afferent terminals in the NTS. In anesthetized animals microinjection into the NTS of GLU, which can be demonstrated in terminals in the NTS, produces cardiovascular responses like those seen with activation of the baroreceptor reflex. Similar responses occur in awake animals if the chemoreceptor reflex is eliminated; otherwise, in conscious animals responses mimic those of chemoreceptor reflex activation. GLU is released in the NTS upon selective activation of the baroreceptor, and possibly the chemoreceptor, reflex. Responses to selective agonists as well as baroreflex responses are eliminated by GLU antagonists microinjected into the NTS. Non-NMDA (N-methyl-D-aspartic acid) receptors seem to predominate at primary baroreceptor synapses in the NTS while NMDA receptors may be involved at later synapses. Although inhibition of soluble guanylate cyclase attenuates responses to ionotropic glutamate agonists in the NTS, nitric oxide does not seem to play a role in glutamate transmission in the NTS. GLU may also participate in transmission at cardiovascular neurons beyond the NTS. For example, a role has been suggested for GLU in the ventrolateral medulla and spinal cord. Work continues concerning GLU signal transduction and mechanisms that modulate that transduction both at the NTS and at other cardiovascular nuclei

Heat Demand Forecasting Models’ Development: Use of Data Mining Tools in SQL Server Analysis Services

This thesis introduces heat demand forecasting models which are generated by using data mining algorithms. The forecast spans one full day and this forecast can be used in regulating heat consumption of buildings. For training the data mining models, two years of heat consumption data from a case building and weather measurement data from Finnish Meteorological Institute are used. The thesis utilizes Microsoft SQL Server Analysis Services data mining tools in generating the data mining models and CRISP-DM process framework to implement the research. Results show that the built models can predict heat demand at best with mean average percentage errors of 3.8% for 24-h profile and 5.9% for full day. A deployment model for integrating the generated data mining models into an existing building energy management system is also discussed.