992 resultados para RNA extraction
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The insulin-like growth factor (IGF) system is related to quality of oocytes and embryos. The aim of this study was to investigate the mRNA levels of IGF1 and IGF2 and their receptors, IGFR1 and IGFR2, as well as IGFBP2, IGFBP4, and PAPP-A in oocytes from Nelore compared to Holstein cows. Pools of oocytes (20 oocytes/pool) from Nelore (n=8 pools) and Holstein (n=4 pools) were obtained via ovum pick-up (OPU, 10 sessions) and cumulus cells and zona pellucida were removed. The pools were submitted to total RNA extraction. Expression of members of the IGF system was assessed by real time RT-PCR. The mRNA expression of IGF1 and IGF2, IGFR1 and IGFR2, IGFBP2 and IGFBP4 was significantly higher (P<0.01) in oocytes from Holstein whereas the expression of PAPP-A was significantly higher (P<0.05) in oocytes from Nelore cows. The high PAPP-A expression and the low expression of IGFBP2 and IGFBP4 are associated with more efficient degradation of IGFBPs, which results in greater bioavailability of IGF in Nelore oocytes when compared to the Holstein. © 2013 Elsevier B.V.
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Objectives: To determine whether histologic chorioamnionitis is associated with changes in gene expression of TLR-1, -2, -4 and -6, and to describe the localization of these receptors in fetal membranes. Study design: A total of 135 amniochorion membranes with or without histologic chorioamnionitis from preterm or term deliveries were included. Fragments of membranes were submitted to total RNA extraction. RNA was reverse transcribed and the quantification of TLRs expression measured by real time PCR. Results: All amniochorion membranes expressed TLR-1 and TLR-4, whereas 99.1% of membranes expressed TLR-2 and 77.4% expressed TLR-6. TLR-1 and TLR-2 expressions were significantly higher in membranes with histologic chorioamnionitis as compared to membranes without chorioamnionitis in preterm pregnancies (p = 0.003 and p < 0.001, respectively). Among the membranes of term pregnancies there were no differences in the expressions of such receptors regardless of inflammatory status. Regarding TLR-4 and TLR-6 expression, there was no difference among membranes with or without histologic chorioamnionitis, regardless gestational age at delivery. TLR-1, TLR-2, TLR-4 and TLR-6 expressions were observed in amniotic epithelial, chorionic and decidual cells. Conclusion: Amniochorion membranes express TLR-1, TLR-2, TLR-4 and TLR-6 and increased expression of TLR-1 and TLR-2 is related to the presence of histologic chorioamnionitis in preterm pregnancies. This study provides further evidence that amniochorion membranes act as a mechanical barrier to microorganisms and as components of the innate immune system. © 2013 Elsevier B.V. All rights reserved.
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Pós-graduação em Genética - IBILCE
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Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV
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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
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Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)
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Pós-graduação em Agronomia (Agricultura) - FCA
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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
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Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)
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O objetivo desse trabalho foi analisar a ativação e o crescimento de folículos préantrais de Sapajus apella, submetidos a um sistema de cultivo in vitro em curto-prazo. Nesse sentido, dois experimentos foram realizados neste trabalho. Experimento I: exposição à fresco e à crioprotetores de biopsias de fragmentos do córtex ovariano. Ambos os fragmentos ovarianos foram submetidos à extração total de RNA e síntese de cDNA. Após a amplificação do cDNA por PCR em tempo-real (RT-PCR), os software GeNorm, bestkeeper e Normfinder foram usados para avaliar a estabilidade dos genes GAPDH (glyceraldehyde-2-phosphate dehydrogenase), HPRT1 (hypoxanthine phosphoribosyltransferase 1) e TBP (TATA-binding protein). Experimento II: o tecido do córtex ovariano de quatro fêmeas foi oletado e dividido em nove pedaços de 1 mm³. Um fragmento ovariano (grupo controle) foi imediatamente dividido em dois pedaços, os quais foram destinados para análise da viabilidade ou por RT-PCR. Os 8 fragmentos restantes foram individualmente cultivados in vitro em um meio constituído de TCM suplementado com 100 ng/mL EGF (T1), com adição de 10 μM de BME (T2), 100 ng/mL de BMP4 (T3), 25 IU de PMSG (T4), 10 μM de BME e 100 ng/mL de BMP4 (T5), 10 μM de BME, 25 IU de PMSG (T6), 100 ng/mL de BMP4, 25 IU de PMSG (T7) ou 10 μM de BME, 100 ng/mL de BMP4, 25 IU de PMSG (T8). Os resultados demonstraram que no tecido do córtex ovariano de S. apella, os genes HPRT1 e TBP foram os mais apropriados como genes de referência, podendo ser usados como parâmetro para normalizar dados em estudos futuros. Ao contrário, o GAPDH se apresentou como menos estável dos genes de referencia testados. Após o cultivo in vitro, todos os tratamentos alcançaram percentuais similares da viabilidade de folículos pré-antrais. O tecido ovariano cultivado na presença de GF+BME/BMP4/PMSG resultou no aumento da taxa de ativação e crescimento folicular, assim como no aumento da expressão de AMH, BMP15 e GDF9, genes conhecidos como indicadores específicos de desenvolvimento folicular. Dessa forma, o HPRT1 e TBP são os genes de referência mais estáveis, na exposição à crioprotetores, a fresco e no o cultivo de tecidos de córtex ovariano de S. apella. Os folículos pré-antrais são capazes de desenvolverem-se in vitro quando cultivados em meio suplementado com PMSG, BME e BMP4. A viabilidade folicular, entretanto, permaneceu independentemente do meio de cultivo in vitro e o uso de fatores de crescimento, como marcadores de desenvolvimento folicular, foi crucial para identificar o melhor meio de cultivo in vitro.
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O carcinoma hepatocelular corresponde à neoplasia maligna primária mais comum do fígado e ao quinto tumor sólido mais frequente no mundo. Altamente letal, permanece como um grave problema de saúde pública em virtude das dificuldades no diagnóstico precoce e na elaboração de medidas terapêuticas efetivas. Estudos recentes no ramo da biologia molecular sugerem que o perfil de miRNAs no carcinoma hepatocelular pode influir consideravelmente na identificação de fatores de riscos associados a oncogenes ou genes supressores. Objetivou-se avaliar a expressão de miRNA 135b, miRNA 181a-5p e miRNA 181a-3p em amostras de Carcinoma Hepatocelular e de Hepatite C Crônica e correlacioná-las de maneira a buscar prováveis biomarcadores relacionados ao mecanismo de carcinogenese. A investigação foi feita em seis pacientes com carcinoma hepatocelular e vinte e quatro casos de Hepatite C Crônica, procedentes do Pará, Norte do Brasil. Todas as amostras de Carcinoma Hepatocelular foram submetidas à microdissecção, para posterior extração do RNA. Para a extração do RNA total e do microRNA foi utilizado o kit AllPrep DNA/RNA FFPE Kit (Qiagen), quantificados pelo equipamento Qubit® 2.0 Fluorometer (Invitrogen) para concentração padrão final de 5ng/μL. Em seguida cDNA foi obtido, utilizando-se TaqMan® MicroRNA Reverse Transcription(AppliedBiosystems). As análises estatísticas foram realizadas nos softwares SPSS 17.0, usando o teste de Mann-Whitney, considerando como significantes valores de p<0,05. Os resultados demonstraram diferenças significativas dos níveis de expressão do miR181a-3p e do miR181a-5p no carcinoma hepatocelular (médias 3,94 e 17,9, respectivamente) em relação à hepatite C crônica (médias de 1,18 e 1,8, respectivamente) com P valor de 0,005 e 0,003. Nesse estudo, observou-se que os miRNAs 181a-3p e 181a-5p, especialmente o 181a-5p, foram significativamente mais expressos nas amostras de carcinoma hepatocelular, quando comparados ao tecido hepático não tumoral com hepatite C crônica. Portanto, os microRNAs possuem características interessantes que os favorecem como possíveis marcadores biológicos no rastreamento de tumores para diagnóstico precoce e terapias alvo selecionadas.
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Echovirus (Echo) 30 or human enterovirus B is the most frequent enterovirus associated with meningitis cases. Epidemics and outbreaks of this disease caused by Echo 30 have occurred in several countries. In Brazil, Echo 30 has been isolated from sporadic cases and outbreaks that occurred mainly in the south and southeast regions. We used RT-PCR to examine Echo 30 isolates from meningitis cases detected from March 2002 to December 2003 in Belém, state of Pará, in northern Brazil. The patients were attended in a Basic Health Unit (State Health Secretary of Pará), where cerebrospinal fluid (CSF) was collected and stored in liquid nitrogen. Weekly visits were made by technicians from Evandro Chagas Institute to the health unit and samples were stored at -70ºC in the laboratory until use. HEp-2 and RD cell lines were used for viral isolation and neutralization with specific antisera for viral identification. RNA extraction was made using Trizol reagent. The RT-PCR was made in one step, and the total mixture (50 µL) was composed of: RNA, reaction buffer, dNTP, primers, Rnase inhibitor, reverse transcriptase, Taq polymerase and water. The products were visualized in agarose gel stained with ethidium bromide, visualized under UV light. Among the 279 CSF samples examined, 30 (10.7%) were EV positive, 29 being Echo 30 and one was Cox B. Nineteen Echo 30 were examined with RT-PCR; 18 tested positive (762 and 494 base pairs). The use of this technique permitted viral identification in less time than usual, which benefits the patient and is of importance for public-health interventions.
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O vírus Influenza é o responsável pela gripe, uma doença que ocasiona milhões de mortes e hospitalizações todos os anos. Nas infecções severas, especialmente em pessoas com risco para complicações, os antivirais tornam-se os principais meios para o manejo clínico, merecendo especial destaque os inibidores da neuraminidase (INAs). De fato, na pandemia de 2009 a Organização Mundial da Saúde (OMS) recomendou o uso do oseltamivir para o tratamento dos doentes. Porém, devido à evolução genética viral, surgiram cepas com mutações no gene codificador da neuraminidase (NA) responsáveis por substituições aminoacídicas que levam à resistência aos fármacos INAs. Assim, a OMS passou a recomendar a vigilância de resistência genotípica para os vírus Influenza. Este trabalho teve como objetivos verificar a ocorrência de mutações no gene codificador da NA dos vírus Influenza A (H1N1) pandêmico que possam estar relacionadas à resistência aos INAs em cepas circulantes na mesorregião metropolitana de Belém no período de maio de 2009 a maio de 2012 e analisar, através da modelagem de proteínas, as substituições aminoacídicas da NA que possam estar influenciando na conformação protéica. Durante o período de estudo, foram recebidas no Laboratório de Vírus Respiratórios 2619 amostras clínicas de pacientes que apresentavam sinais e sintomas de infecção respiratória aguda com até cinco dias de evolução. Para a detecção do genoma viral foi feita a extração do RNA viral, seguida de RT-PCR em tempo real utilizando marcadores específicos para Influenza A H1N1pdm, resultando em 744 (28,4%) positivas. Parte das amostras positivas foram então inoculadas em células MDCK. Para as amostras isoladas em cultura de células, foi feita uma nova extração do RNA viral seguida de uma RT-PCR e semi-nested (PCR) utilizando iniciadores específicos para o gene NA, e posterior análise em sequenciador automático ABI Prism 3130xl (Applied Biosystems). A modelagem molecular da NA foi realizada através dos softwares SWISS-MODEL, MODELLER 9.10, PROCHECK, VERIFY3D e PYMOL. A análise parcial das sequências da neuraminidase nas amostras sequenciadas mostrou que não houve a circulação de cepas de vírus H1N1pdm com a mutação H275Y, a principal envolvida na resistência ao oseltamivir. Porém, em duas amostras foi identificada a substituição D199N que já foi relatada em vários estudos mostrando uma possível associação com o aumento da resistência ao oseltamivir. As amostras de 2012 apresentaram duas substituições (V241I e N369K) que estão relacionadas com um possível papel na compensação dos efeitos negativos causados pela mutação H275Y. A modelagem molecular mostrou que na mutação D199N houve uma alteração na estrutura da proteína NA próxima ao sítio de ligação ao antiviral. A análise filogenética revelou que as amostras de 2012 formaram um cluster isolado, demonstrando uma variação muito mais temporal do que geográfica. Este representa o primeiro estudo de resistência dos vírus Influenza H1N1pdm na mesorregião metropolitana de Belém, representando um importante instrumento para que os profissionais de saúde adotem estratégias mais eficazes no manejo da doença e no desenvolvimento de novos fármacos anti-influenza.
Resumo:
Pós-graduação em Medicina Veterinária - FMVZ