Análisis del software ImageJ para el análisis científico de imágenes

ImageJ es un programa informático de tratamiento digital de imagen orientado principalmente hacia el ámbito de las ciencias de la salud. Se trata de un software de dominio público y de código abierto desarrollado en lenguaje Java en las instituciones del National Institutes of Health de Estados Unidos. Incluye por defecto potentes herramientas para editar, procesar y analizar imágenes de casi cualquier tipo y formato. Sin embargo, su mayor virtud reside en su extensibilidad: las funcionalidades de ImageJ pueden ampliarse hasta resolver casi cualquier problema de tratamiento digital de imagen mediante macros, scripts y, especialmente, plugins programables en lenguaje Java gracias a la API que ofrece. Además, ImageJ cuenta con repositorios oficiales en los que es posible obtener de forma gratuita macros, scripts y plugins aplicables en multitud de entornos gracias a la labor de la extensa comunidad de desarrolladores de ImageJ, que los depura, mejora y amplia frecuentemente. Este documento es la memoria de un proyecto que consiste en el análisis detallado de las herramientas de tratamiento digital de imagen que ofrece ImageJ. Tiene por objetivo determinar si ImageJ, a pesar de estar más enfocado a las ciencias de la salud, puede resultar útil en el entorno de la Escuela Técnica Superior de Ingeniería y Sistemas de Telecomunicación de la Universidad Politécnica de Madrid, y en tal caso, resaltar las características que pudieran resultar más beneficiosas en este ámbito y servir además como guía introductoria. En las siguientes páginas se examinan una a una las herramientas de ImageJ (versión 1.48q), su funcionamiento y los mecanismos subyacentes. Se sigue el orden marcado por los menús de la interfaz de usuario: el primer capítulo abarca las herramientas destinadas a la manipulación de imágenes en general (menú Image); el segundo, las herramientas de procesado (menú Process); el tercero, las herramientas de análisis (menú Analyze); y el cuarto y último, las herramientas relacionadas con la extensibilidad de ImageJ (menú Plugins). ABSTRACT. ImageJ is a digital image processing computer program which is mainly focused at the health sciences field. It is a public domain, open source software developed in Java language at the National Institutes of Health of the United States of America. It includes powerful built-in tools to edit, process and analyze almost every type of image in nearly every format. However, its main virtue is its extensibility: ImageJ functionalities can be widened to solve nearly every situation found in digital image processing through macros, scripts and, specially, plugins programmed in Java language thanks to the ImageJ API. In addition, ImageJ has official repositories where it is possible to freely get many different macros, scripts and plugins thanks to the work carried out by the ImageJ developers community, which continuously debug, improve and widen them. This document is a report which explains a detailed analysis of all the digital image processing tools offered by ImageJ. Its final goal is to determine if ImageJ can be useful to the environment of Escuela Tecnica Superior de Ingenierfa y Sistemas de Telecomunicacion of Universidad Politecnica de Madrid, in spite of being focused at the health sciences field. In such a case, it also aims to highlight the characteristics which could be more beneficial in this field, and serve as an introductory guide too. In the following pages, all of the ImageJ tools (version 1.48q) are examined one by one, as well as their work and the underlying mechanics. The document follows the order established by the menus in ImageJ: the first chapter covers all the tools destined to manipulate images in general (menu Image); the second one covers all the processing tools (menu Process); the third one includes analyzing tools (menu Analyze); and finally, the fourth one contains all those tools related to ImageJ extensibility (menu Plugins).

Análisis de música grabada : baladas y scherzos de Chopin

Análisis de múltiples grabaciones de las cuatro baladas y los cuatro scherzos de Chopin realizadas por diversos intérpretes. El objetivo del proyecto será determinar las diferencias objetivas existentes entre las diferentes ejecuciones y respecto a una partitura de referencia. OBJETIVOS: Analizar las grabaciones realizadas de obras de Chopin atendiendo a criterios objetivos como el tempo y la dinámica. MÉTODO Y FASES DEL TRABAJO: Se realizará un estudio diferencial para determinar las variaciones de parámetros objetivos existentes en las diferentes grabaciones respecto a una, que será tomada como referencia, mediante herramientas informáticas. MEDIOS: Se utilizarán versiones digitalizadas de las grabaciones y la edición crítica de Jan Ekier (National Edition) de las partituras. Para la realización del análisis se recurrirá al software SonicVisualiser desarrollado por el Centre for Digital Music (Queen Mary, University of London) en conjunto con los plugins destinados al análisis temporal y espectral disponibles. Así mismo, serán utilizadas otras herramientas desarrolladas durante el Mazurka's Project realizado por el Research Centre for the History and Analysis of Recorded Music para facilitar la visualización de datos en el presente documento. OBJETIVE: To analyze several records from Chopin’s repertoire, according to objective criteria like tempi and dynamics evolution. METHODOLOGY: A differential analysis is going to be made to determine how this criterion differs from every digitalized record to another one stabilized in advance as model. In order to do so, we’ll use software tools as well as auditions to get the best detail. MEDIA: Digital editions of the recordings and the critical edition by Prof. Jan Ekier music scores have been used. We’ve chosen the software tool SonicVisualiser developed by Centre for Digital Music (Queen Mary, University of London) in conjunction with some of the temporal and spectral plugins available for this platform as our main analysis tool. We’ve also used some other tools developed by the Research Centre for the History and Analysis of Recorded Music to appropriately display some important information in the present document.

A patttern based model evolution approach

In this paper, we present a framework for pattern-based model evolution approaches in the MDA context. In the framework, users define patterns using a pattern modeling language that is designed to describe software design patterns, and they can use the patterns as rules to evolve their model. In the framework, design model evolution takes place via two steps. The first step is a binding process of selecting a pattern and defining where and how to apply the pattern in the model. The second step is an automatic model transformation that actually evolves the model according to the binding information and the pattern rule. The pattern modeling language is defined in terms of a MOF-based role metamodel, and implemented using an existing modeling framework, EMF, and incorporated as a plugin to the Eclipse modeling environment. The model evolution process is also implemented as an Eclipse plugin. With these two plugins, we provide an integrated framework where defining and validating patterns, and model evolution based on patterns can take place in a single modeling environment.

On the mobility, membrane location and functionality of mechanosensitive channels in Escherichia coli

We thank Frans Bianchi and Franz Ho for assistance with molecular cloning, Tim Rasmussen for providing the pTRC-MscK plasmid, Andrew Robinson for providing the pBAD-mEos3.2 plasmid, Matthias Heinemann for assistance with the flow cytometry measurements, Paul Schavemaker for performing Smoldyn simulations and Michiel Punter for programming ImageJ plugins for PALM reconstructions and single-particle tracking. We thank Ian Booth for critical reading of the manuscript, and Christoffer Åberg and Matteo Gabba for valuable discussions. The authors would like to thank David Dryden and Marcel Reuter for performing preliminary experiments from which this work has been built. The work was funded by the EU FP7 ITN-network program NICHE.

Grading mit Grappa - Ein Werkstattbericht

„Grappa“ ist eine Middleware, die auf die Anbindung verschiedener Autobewerter an verschiedene E-Learning-Frontends respektive Lernmanagementsysteme (LMS) spezialisiert ist. Ein Prototyp befindet sich seit mehreren Semestern an der Hochschule Hannover mit dem LMS „moodle“ und dem Backend „aSQLg“ im Einsatz und wird regelmäßig evaluiert. Dieser Beitrag stellt den aktuellen Entwicklungsstand von Grappa nach diversen Neu- und Weiterentwicklungen vor. Nach einem Bericht über zuletzt gesammelte Erfahrungen mit der genannten Kombination von Systemen stellen wir wesentliche Neuerungen der moodle-Plugins, welche der Steuerung von Grappa aus moodle heraus dienen, vor. Anschließend stellen wir eine Erweiterung der bisherigen Architektur in Form eines neuentwickelten Grappa-php-Clients zur effizienteren Anbindung von LMS vor. Weiterhin berichten wir über die Anbindung eines weiteren Autobewerters „Graja“ für Programmieraufgaben in Java. Der Bericht zeigt, dass bereits wichtige Schritte für eine einheitliche Darstellung automatisierter Programmbewertung in LMS mit unterschiedlichen Autobewertern für die Studierenden absolviert sind. Die praktischen Erfahrungen zeigen aber auch, dass sowohl bei jeder der Systemkomponenten individuell, wie auch in deren Zusammenspiel via Grappa noch weitere Entwicklungsarbeiten erforderlich sind, um die Akzeptanz und Nutzung bei Studierenden sowie Lehrenden weiter zu steigern.

Experience with the use of Acrobat in the CAJUN publishing project

Adobe's Acrobat software, released in June 1993, is based around a new Portable Document Format (PDF) which offers the possibility of being able to view and exchange electronic documents, independent of the originating software, across a wide variety of supported hardware platforms (PC, Macintosh, Sun UNIX etc.). The fact that Acrobat's imageable objects are rendered with full use of Level 2 PostScript means that the most demanding requirements can be met in terms of high-quality typography and device-independent colour. These qualities will be very desirable components in future multimedia and hypermedia systems. The current capabilities of Acrobat and PDF are described; in particular the presence of hypertext links, bookmarks, and yellow sticker annotations (in release 1.0) together with article threads and multi-media plugins in version 2.0, This article also describes the CAJUN project (CD-ROM Acrobat Journals Using Networks) which has been investigating the automated placement of PDF hypertextual features from various front-end text processing systems. CAJUN has also been experimenting with the dissemination of PDF over e-mail, via World Wide Web and on CDROM.

Response toolkit to provide an active response against intrusions using Ontology-Based IRS

Los sistemas de respuesta activa tienen por objetivo ejecutar una respuesta en contra de una intrusión de forma automática. Sin embargo, ejecutar una respuesta automáticamente no es una tarea trivial ya que el costo de ejecutar una respuesta podría ser más grande que el efecto que cause la intrusión propiamente dicha. También, el sistema debe contar con un amplio conjunto de acciones de respuesta y un algoritmo que seleccione la respuesta óptima. Este artículo propone un toolkit de respuestas que será integrado a un IRS basado en Ontologías para permitir la ejecución automática de la mejor respuesta cuando una intrusión es detectada. Se presenta un conjunto de respuestas basadas en host y basadas en red que pueden ser ejecutadas por el IRS, dicha ejecución es llevada a cabo mediante agentes basados en plugins que han sido distribuidos en la red. Finalmente, se realiza la verificación del sistema propuesto, tomando como caso de uso un ataque de defacement obteniéndose resultados satisfactorios.

Commenting, sharing and tweeting news : Measuring online news participation

Social plugins for sharing news through Facebook and Twitter have become increasingly salient features on news sites. Together with the user comment feature, social plugins are the most common way for users to contribute. The wide use of multiple features has opened new areas to comprehensively study users’ participatory practices. However, how do these opportunities to participate vary between the participatory spaces that news sites affiliated with local, national broadsheet and tabloid news constitute? How are these opportunities appropriated by users in terms of participatory practices such as commenting and sharing news through Facebook and Twitter? In addition, what differences are there between news sites in these respects? To answer these questions, a quantitative content analysis has been conducted on 3,444 articles from nine Swedish online newspapers. Local newspapers are more likely to allow users to comment on articles than are national newspapers. Tweeting news is appropriated only on news sites affiliated with evening tabloids and national morning newspapers. Sharing news through Facebook is 20 times more common than tweeting news or commenting. The majority of news items do not attract any user interaction.