Analyse de la structure du système de pêche artisanal guyanais. Introduction à sa dynamique

Les activités de la petite pêche et de la pêche côtière en Guyane ne sont pas encore assez bien organisées pour permettre un suivi rigoureux. On sait surtout qu'il s'agit d'une activité en baisse et le déclin amorcé au début des années 80 n'a fait que se confirmer dans les années récentes. Alors que le nombre de bateaux pratiquant de façon régulière la petite pêche avoisinait les 150 en 1985, en 1998, la flottille était réduite à 65 unités. Un chiffre fera mieux comprendre cette évolution: dans les années 80, il y a eu jusqu'à 12 tapouilles à Cayenne, alors qu'à la fin 1998, il en restait 4. On peut espérer qu'en 1999, 2 tapouilles supplémentaires et les 3 navires expérimentaux construits par la Région Guyane viendront s'ajouter à cette flottille et permettront d'améliorer le suivi des captures et de l'effort. La perspective du Marché d'Intérêt Régional abritant une criée stimulera le passage des captures sous la halle à marée et favorisera la tenue de statistiques de débarquements. L'activité de cette flottille est difficile à cerner, car seules les tapouilles dont les captures sont importantes en raison de la durée de leurs sorties peuvent donner lieu à des statistiques sinon précises du moins régulières dans le temps. Quelques doris et canots créoles sont également dans ce cas et ont permis des comparaisons inter flottilles. Pendant la période sèche, d'août à novembre, tous les bateaux sont actifs. Pendant la saison des pluies, de décembre à juillet, en raison de la houle, les tapouilles réduisent leurs sorties et la plupart des pirogues de mer et des canots créoles opèrent dans les estuaires.

Sociétés anonymes de famille : structure, maintien et optimisation de la détention du capital

Introduction générale : D'après une étude réalisée en Suisse en 2004, les entreprises de famille représentent 88,14% des entreprises, dont 80,2% sont constitués en sociétés anonymes. Les chiffres parlent d'eux-mêmes : les sociétés anonymes de famille occupent une place considérable dans le paysage des entreprises suisses. Les sociétés anonymes de famille correspondent donc à une réalité pratique. Juridiquement, la notion de société de famille n'apparaît pas dans le Code des obligations ; les sociétés anonymes de famille revêtent la forme juridique de la société anonyme, qui représente l'entreprise commerciale la plus courante en pratique. Le Code des obligations, à ses art. 620 ss, se limite à donner un cadre général de réglementation, ce qui a notamment pour conséquence que la forme juridique de la société anonyme s'adapte à des entités très variées, dans toutes sortes de secteurs d'activité, que ce soient des petites et moyennes entreprises ou de grandes multinationales, des sociétés capitalistes et impersonnelles ou des sociétés purement privées. Selon la conception générale de la forme juridique de la société anonyme, celle-ci revêt en principe un caractère capitaliste. L'intérêt de l'actionnaire pour la société anonyme est normalement de nature financière. Le fait que la qualité d'actionnaire soit matérialisée dans un titre, l'action, implique tant une certaine liquidité de l'actionnariat qu'une dépersonnalisation des rapports entre les membres qui composent la société anonyme. A l'opposé, la famille repose sur des liens personnels particuliers, étroits, avec notamment des dimensions psychologiques, affectives, émotives. Au premier abord, société anonyme et famille semblent donc antinomiques. Cette dichotomie présente un intérêt dogmatique. Elle correspond en outre à l'un des principaux enjeux : comment tenir compte des intérêts d'une entité fortement personnalisée - la famille - dans une structure impersonnelle et de type capitaliste - la société anonyme ? Le fait que le Code des obligations se limite à donner un cadre général de réglementation prend alors ici toute son importance ; la marge de manoeuvre et la liberté d'aménagement que le législateur accorde aux sociétés anonymes r vont permettre - ou alors empêcher - d'adapter la forme juridique de la société anonyme aux besoins d'une entité personnalisée comme la famille. Cette liberté n'est donc pas sans limites et les membres de la famille devront peut-être aussi assumer les conséquences du choix de cette forme de société. Partant, le but de notre travail est d'étudier les raisons d'être, l'organisation et la pérennité des sociétés anonymes de famille, spécifiquement sous l'angle du maintien du caractère familial de la société. Nous nous concentrerons sur la détention du capital, mais aussi sur sa structure, son maintien et son optimisation ; nous aborderons ainsi notamment les questions relatives à la transmissibilité des actions. Au regard de l'ampleur du sujet, nous avons dû procéder à certains choix, parfois arbitraires, notamment en raison des implications presque infinies des règles avec d'autres domaines. Nous nous limiterons ainsi, dans la première partie, à exposer les notions de base employées dans la suite de notre travail et nous focaliserons sur l'élaboration des définitions d'entreprise, société et société anonyme de famille, prémisses non seulement essentielles sous l'angle théorique, mais aussi fondamentales pour nos développements ultérieurs. S'agissant ensuite de l'analyse des possibilités d'aménagement d'une société anonyme dans le cadre du maintien du caractère familial de la société, nous nous concentrerons sur les règles relatives à la société anonyme et étudierons les limites qu'elles imposent et la liberté qu'elles offrent aux actionnaires familiaux. Nous laisserons en revanche de côté les problématiques particulières de la protection des actionnaires minoritaires et des organes. Enfin, si nous traitons toutes les notions théoriques nécessaires à la compréhension de chaque thématique présentée, seules celles primordiales et déterminantes sous l'angle de la conservation de l'hégémonie familiale seront approfondies. Nous avons structuré notre étude en quatre titres. Dans un premier titre, nous développerons les notions et principes élémentaires de notre sujet. Nous rappellerons ainsi la définition et les particularités de la société anonyme en général, y compris les sources et les modifications législatives, et les conditions de la cotation en bourse. Au stade des notions introductives, nous devrons également définir la société anonyme de famille, en particulier en établissant les éléments de la définition. Qu'entend-on par famille ? Quels critères permettent de qualifier une société anonyme de « société anonyme de famille » ? La définition de la société anonyme de famille devra être à la fois suffisamment précise, afin que cette notion puisse être appréhendée de manière adéquate pour la suite de notre travail, et suffisamment large, pour qu'elle englobe toute la variété des sociétés anonymes de famille. Nous présenterons aussi les raisons du choix de la forme juridique de la société anonyme pour une société de famille. Nous terminerons nos développements introductifs par un exposé relatif à la notion d'action et à son transfert en sa qualité de papier-valeur, préalables nécessaires à nos développements sur la transmissibilité des actions. Nous mettrons ainsi en évidence les conditions de transfert des actions, en tenant compte de la tendance à la dématérialisation des titres. Une fois ces éléments mis en place, qui nous donneront une première idée de la structure du capital d'une société anonyme de famille, nous devrons préciser la manière dont le capital doit être structuré. Nous chercherons comment il peut être maintenu en mains de la famille et si d'autres moyens n'ayant pas directement trait au capital peuvent être mis en oeuvre. Ainsi, dans un deuxième titre, nous analyserons les dispositions statutaires relatives à la structure du capital et à son maintien en mains familiales, en particulier les restrictions au transfert des actions nominatives. Les dispositions statutaires constituent-elles un moyen adéquat pour maintenir le caractère familial de la société ? Quelles sont les conditions pour limiter le transfert des actions ? Le caractère familial de la société peut-il être utilisé afin de restreindre le transfert des actions ? Les solutions sont-elles différentes si les actions sont, en tout ou en partie, cotées en bourse ? Nous traiterons aussi, dans ce même titre, les modalités du droit de vote et déterminerons si des dispositions statutaires peuvent être aménagées afin de donner plus de voix aux actions des membres de la famille et ainsi d'optimiser la détention du capital. Nous examinerons, dans notre troisième titre, un acte qui a trait à la fois au droit des contrats et au droit de la société anonyme, la convention d'actionnaires. En quoi consistent ces contrats ? Quels engagements les actionnaires familiaux peuvent-ils et doivent-ils prendre ? Quelle est l'utilité de ces contrats dans les sociétés anonymes de famille ? Quelles en sont les limites ? Les clauses conventionnelles peuvent-elles être intégrées dans les statuts ? Comment combiner les différentes clauses de la convention entre elles ? Dans ce même titre, nous étudierons également la concrétisation et la mise en application des dispositions statutaires et des clauses conventionnelles, afin de déterminer si, combinées, elles constituent des moyens adéquats pour assurer la structure, le maintien et l'optimisation de la détention du capital. Enfin, dans le quatrième et dernier titre, qui est davantage conçu comme un excursus, nous nous éloignerons du domaine strict du droit des sociétés (et des contrats) pour envisager certains aspects matrimoniaux et d'ordre successoral. En effet, puisque la famille est à la base de la société, il convient de relever l'importance des règles matrimoniales et successorales pour les sociétés anonymes de famille et leur incidence sur la détention des actions et le maintien du caractère familial de la société. Nous examinerons en particulier comment ces instruments doivent être utilisés pour qu'ils n'annihilent pas les efforts entrepris pour conserver la société en mains familiales. Notre travail a pour but et pour innovation de présenter une analyse transversale aussi complète que possible du droit de la société anonyme et des instruments connexes en étudiant les moyens à disposition des actionnaires d'une société anonyme de type personnel, la société anonyme de famille. Il tentera ainsi d'apporter une approche théorique nouvelle de ces questions, de présenter certains aspects de manière pragmatique, d'analyser la mise en oeuvre des différents moyens étudiés et de discuter leur opportunité.

Le motif d’empaquetage le long du sillon: une nouvelle entité structurale récurrente dans les ARN ribosomiques

La plupart des molécules d’ARN doivent se replier en structure tertiaire complexe afin d’accomplir leurs fonctions biologiques. Cependant, les déterminants d’une chaîne de polynucléotides qui sont nécessaires à son repliement et à ses interactions avec d’autres éléments sont essentiellement inconnus. L’établissement des relations structure-fonction dans les grandes molécules d’ARN passe inévitablement par l’analyse de chaque élément de leur structure de façon individuelle et en contexte avec d’autres éléments. À l’image d’une construction d’immeuble, une structure d’ARN est composée d’unités répétitives assemblées de façon spécifique. Les motifs récurrents d’ARN sont des arrangements de nucléotides retrouvés à différents endroits d’une structure tertiaire et possèdent des conformations identiques ou très similaires. Ainsi, une des étapes nécessaires à la compréhension de la structure et de la fonction des molécules d’ARN consiste à identifier de façon systématique les motifs récurrents et d’en effectuer une analyse comparative afin d’établir la séquence consensus. L’analyse de tous les cas d’empaquetage de doubles hélices dans la structure du ribosome a permis l’identification d’un nouvel arrangement nommé motif d’empaquetage le long du sillon (AGPM) (along-groove packing motif). Ce motif est retrouvé à 14 endroits dans la structure du ribosome de même qu’entre l’ARN ribosomique 23S et les molécules d’ARN de transfert liées aux sites ribosomaux P et E. Le motif se forme par l’empaquetage de deux doubles hélices via leur sillon mineur. Le squelette sucre-phosphate d’une hélice voyage le long du sillon mineur de l’autre hélice et vice versa. Dans chacune des hélices, la région de contact comprend quatre paires de bases. L’empaquetage le plus serré est retrouvé au centre de l’arrangement où l’on retrouve souvent une paire de bases GU dans une hélice interagissant avec une paire de bases Watson-Crick (WC) dans l’autre hélice. Même si la présence des paires de bases centrales GU versus WC au centre du motif augmente sa stabilité, d’autres alternatives existent pour différents représentants du motif. L’analyse comparative de trois librairies combinatoires de gènes d’AGPM, où les paires de bases centrales ont été variées de manière complètement aléatoire, a montré que le contexte structural influence l’étendue de la variabilité des séquences de nucléotides formant les paires de bases centrales. Le fait que l’identité des paires de bases centrales puisse varier suggérait la présence d’autres déterminants responsables au maintien de l’intégrité du motif. L’analyse de tous les contacts entre les hélices a révélé qu’en dehors du centre du motif, les interactions entre les squelettes sucre-phosphate s’effectuent via trois contacts ribose-ribose. Pour chacun de ces contacts, les riboses des nucléotides qui interagissent ensemble doivent adopter des positions particulières afin d’éviter qu’ils entrent en collision. Nous montrons que la position de ces riboses est modulée par des conformations spécifiques des paires de bases auxquelles ils appartiennent. Finalement, un autre motif récurrent identifié à l’intérieur même de la structure de trois cas d’AGPM a été nommé « adenosine-wedge ». Son analyse a révélé que ce dernier est lui-même composé d’un autre arrangement, nommé motif triangle-NAG (NAG-triangle). Nous montrons que le motif « adenosine-wedge » représente un arrangement complexe d’ARN composé de quatre éléments répétitifs, c’est-à-dire des motifs AGPM, « hook-turn », « A-minor » et triangle-NAG. Ceci illustre clairement l’arrangement hiérarchique des structures d’ARN qui peut aussi être observé pour d’autres motifs d’ARN. D’un point de vue plus global, mes résultats enrichissent notre compréhension générale du rôle des différents types d’interactions tertiaires dans la formation des molécules d’ARN complexes.

Caractérisation structurale et thermodynamique de la reconnaissance du substrat par le ribozyme VS de Neurospora

Les interactions ARN/ARN de type kissing-loop sont des éléments de structure tertiaire qui jouent souvent des rôles clés chez les ARN, tant au niveau fonctionnel que structural. En effet, ce type d’interaction est crucial pour plusieurs processus dépendant des ARN, notamment pour l’initiation de la traduction, la reconnaissance des ARN antisens et la dimérisation de génome rétroviral. Les interactions kissing-loop sont également importantes pour le repliement des ARN, puisqu’elles permettent d’établir des contacts à longue distance entre différents ARN ou encore entre les domaines éloignés d’un même ARN. Ce type d’interaction stabilise aussi les structures complexes des ARN fonctionnels tels que les ARNt, les riborégulateurs et les ribozymes. Comme d’autres ARN fonctionnels, le ribozyme VS de Neurospora contient une interaction kissing-loop importante. Celle-ci est impliquée dans la reconnaissance du substrat et se forme entre la tige-boucle I (stem-loop I, SLI) du substrat et la tige-boucle V (stem-loop V, SLV) du domaine catalytique. Des études biochimiques ont démontré que l’interaction kissing-loop I/V, dépendante du magnésium, implique trois paires de bases Watson-Crick (W-C). De plus, cette interaction est associée à un réarrangement de la structure du substrat, le faisant passer d’une conformation inactive dite unshifted à une conformation active dite shifted. Les travaux présentés dans cette thèse consistent en une caractérisation structurale et thermodynamique de l’interaction kissing-loop I/V du ribozyme VS, laquelle est formée de fragments d’ARN représentant les tige-boucles I et V dérivées du ribozyme VS (SLI et SLV). Cette caractérisation a été réalisée principalement par spectroscopie de résonance magnétique nucléaire (RMN) et par titrage calorimétrique isotherme (isothermal titration calorimetry, ITC) en utilisant différents complexes SLI/SLV dans lesquels l’ARN SLV est commun à tous les complexes, alors que différentes variations de l’ARN SLI ont été utilisées, soit en conformation shiftable ou preshifted. Les données d’ITC ont permis de démontrer qu’en présence d’une concentration saturante de magnésium, l’affinité d’un substrat SLI preshifted pour SLV est extrêmement élevée, rendant cette interaction plus stable que ce qui est prédit pour un duplexe d’ARN équivalent. De plus, l’étude effectuée par ITC montre que des ARN SLI preshifted présentent une meilleure affinité pour SLV que des ARN SLI shiftable, ce qui a permis de calculer le coût énergétique associé au réarrangement de structure du substrat. En plus de confirmer la formation des trois paires de bases W-C prédites à la jonction I/V, les études de RMN ont permis d’obtenir une preuve structurale directe du réarrangement structural des substrats SLI shiftable en présence de magnésium et de l’ARN SLV. La structure RMN d’un complexe SLI/SLV de grande affinité démontre que les boucles terminales de SLI et SLV forment chacune un motif U-turn, ce qui facilite l’appariement W-C intermoléculaire. Plusieurs autres interactions ont été définies à l’interface I/V, notamment des triplets de bases, ainsi que des empilements de bases. Ces interactions contribuent d’ailleurs à la création d’une structure présentant un empilement continu, c’est-à-dire qui se propage du centre de l’interaction jusqu’aux bouts des tiges de SLI et SLV. Ces études de RMN permettent donc de mieux comprendre la stabilité exceptionnelle de l’interaction kissing-loop I/V au niveau structural et mènent à l’élaboration d’un modèle cinétique de l’activation du substrat par le ribozyme VS. En considérant l’ensemble des données d’ITC et de RMN, l’étonnante stabilité de l’interaction I/V s’explique probablement par une combinaison de facteurs, dont les motifs U-turn, la présence d’un nucléotide exclu de la boucle de SLV (U700), la liaison de cations magnésium et l’empilement de bases continu à la jonction I/V.

Durée et structure du sommeil et risques métaboliques et cardiovasculaires = [Sleep structure and cardiometabolic disorders]

Introduction : Plusieurs études épidémiologiques et de laboratoire basées sur des estimations subjectives de la durée et de la qualité du sommeil suggèrent que celles-ci pourraient être associées à une augmentation du risque de troubles métaboliques ou cardiovasculaires. Objectif : Dans cette étude nous avons examiné les associations entre les caractéristiques du sommeil évaluées objectivement par Polysomnographie (PSG) et le syndrome métabolique ainsi que ses composants (hypertension, diabète, obésité). Matériel et méthodes : Nous avons analysé les données de 2162 sujets de la population générale (dont le 51.2% étaient des femmes, âge moyen : 58.4±11.1 ans, fourchette d'âge: 40.5-84.4) qui ont participé à l'étude Hypnolaus. Tous les sujets ont eu une évaluation clinique et biologique et ils ont bénéficié d'une PSG complète à domicile. Résultats : Les analyses univariées ont montré que les sujets présentant un syndrome métabolique avaient une diminution du temps total de sommeil, du sommeil lent profond, du sommeil paradoxal et de l'efficacité du sommeil, ainsi qu'une augmentation de l'index de microéveils par rapport aux sujets qui n'avaient pas un syndrome métabolique. Nous avons aussi trouvé des différences significatives de la structure du sommeil en fonction de la présence ou de l'absence d'hypertension, de diabètes et de surpoids/obésité. Cependant, ces différences s'atténuent après ajustement pour des facteurs confondants (âge, genre, tabagisme, prise d'alcool, activité physique, médicaments qui affectent le sommeil, dépression, santé globale et indice de masse corporelle). Seules des différences marginales, non statistiquement significatives, persistaient dans le modèle multiajusté et après stratification en fonction de la présence de troubles respiratoires au cours du sommeil. Conclusions: Dans cet échantillon de la population générale nous avons mis en évidence des associations significatives entre la structure du sommeil et le syndrome métabolique ainsi que ses composants. Cependant, ces associations ne sont pas indépendantes des autres facteurs de risque cardiométabolique connus. Nous en concluons que les variations normales de la durée et de la structure du sommeil contribuent peu ou pas au syndrome métabolique et ses troubles associés.

RNA recurrent motifs : identification and characterization

La détermination de la structure tertiaire du ribosome fut une étape importante dans la compréhension du mécanisme de la synthèse des protéines. Par contre, l’élucidation de la structure du ribosome comme tel ne permet pas une compréhension de sa fonction. Pour mieux comprendre la nature des relations entre la structure et la fonction du ribosome, sa structure doit être étudiée de manière systématique. Au cours des dernières années, nous avons entrepris une démarche systématique afin d’identifier et de caractériser de nouveaux motifs structuraux qui existent dans la structure du ribosome et d’autres molécules contenant de l’ARN. L’analyse de plusieurs exemples d’empaquetage de deux hélices d’ARN dans la structure du ribosome nous a permis d’identifier un nouveau motif structural, nommé « G-ribo ». Dans ce motif, l’interaction d’une guanosine dans une hélice avec le ribose d’un nucléotide d’une autre hélice donne naissance à un réseau d’interactions complexes entre les nucléotides voisins. Le motif G-ribo est retrouvé à 8 endroits dans la structure du ribosome. La structure du G-ribo possède certaines particularités qui lui permettent de favoriser la formation d’un certain type de pseudo-nœuds dans le ribosome. L’analyse systématique de la structure du ribosome et de la ARNase P a permis d’identifier un autre motif structural, nommé « DTJ » ou « Double-Twist Joint motif ». Ce motif est formé de trois courtes hélices qui s’empilent l’une sur l’autre. Dans la zone de contact entre chaque paire d’hélices, deux paires de bases consécutives sont surenroulées par rapport à deux paires de bases consécutives retrouvées dans l’ARN de forme A. Un nucléotide d’une paire de bases est toujours connecté directement à un nucléotide de la paire de bases surenroulée, tandis que les nucléotides opposés sont connectés par un ou plusieurs nucléotides non appariés. L’introduction d’un surenroulement entre deux paires de bases consécutives brise l’empilement entre les nucléotides et déstabilise l’hélice d’ARN. Dans le motif DTJ, les nucléotides non appariés qui lient les deux paires de bases surenroulées interagissent avec une des trois hélices qui forment le motif, offrant ainsi une stratégie élégante de stabilisation de l’arrangement. Pour déterminer les contraintes de séquences imposées sur la structure tertiaire d’un motif récurrent dans le ribosome, nous avons développé une nouvelle approche expérimentale. Nous avons introduit des librairies combinatoires de certains nucléotides retrouvés dans des motifs particuliers du ribosome. Suite à l’analyse des séquences alternatives sélectionnées in vivo pour différents représentants d’un motif, nous avons été en mesure d’identifier les contraintes responsables de l’intégrité d’un motif et celles responsables d’interactions avec les éléments qui forment le contexte structural du motif. Les résultats présentés dans cette thèse élargissent considérablement notre compréhension des principes de formation de la structure d’ARN et apportent une nouvelle façon d’identifier et de caractériser de nouveaux motifs structuraux d’ARN.

La poétique du rire dans Le Roman comique de Scarron

Cette étude se fixe un triple objectif. Il s’agira d’abord de décrire les représentations textuelles du rire dans Le Roman comique de Scarron, en établissant d’une part les conditions de possibilité du comique et, d’autre part, en montrant la dette qu’a contractée le genre de l’histoire comique du XVIIe siècle auprès de la poétique de la comédie classique. Nous préciserons ensuite la nature et le sens à donner aux stratégies dramaturgiques mises en œuvre par Scarron pour rendre compte de l’humanité comique, tantôt disqualifiée, toujours remise en question. Nous mettrons enfin en évidence l’originalité de la structure du roman de Scarron qui accueille contradictoirement des esthétiques ennemies. Expérience de l’insubordination et affirmation d’une conscience critique, le rire de Scarron, en même temps qu’il brouille les hiérarchies culturelles, littéraires et idéologiques de l’âge classique, induit une rhétorique de la lecture comique et délivre une vision sceptique du monde. Innervée par ce rire protéiforme et ambivalent, notre étude propose donc une interprétation globale du roman scarronien à partir de l’analyse détaillée de sa poétique.

Structural rules for the formation of backbone-backbone interactions between closely packed RNA double helices

Les interactions entre les squelettes sucre-phosphate de nucléotides jouent un rôle important dans la stabilisation des structures tertiaires de larges molécules d’ARN. Elles sont régies par des règles particulières qui gouverne leur formation mais qui jusque là demeure quasiment inconnues. Un élément structural d’ARN pour lequel les interactions sucre-phosphate sont importantes est le motif d’empaquetage de deux doubles hélices d’ARN le long du sillon mineur. Ce motif se trouve à divers endroits dans la structure du ribosome. Il consiste en deux doubles hélices interagissant de manière à ce que le squelette sucre-phosphate de l’une se niche dans le sillon mineur de l’autre et vice versa. La surface de contact entre les deux hélices est majoritairement formée par les riboses et implique au total douze nucléotides. La présente thèse a pour but d’analyser la structure interne de ce motif et sa dépendance de stabilité résultant de l’association optimale ou non des hélices, selon leurs séquences nucléotidiques. Il est démontré dans cette thèse qu’un positionnement approprié des riboses leur permet de former des contacts inter-hélices, par l’entremise d’un choix particulier de l’identité des pairs de bases impliquées. Pour différentes pairs de bases participant à ce contact inter-hélices, l’identité optimale peut être du type Watson-Crick, GC/CG, or certaines pairs de bases non Watson-Crick. Le choix adéquat de paires de bases fournit une interaction inter-hélice stable. Dans quelques cas du motif, l’identité de certaines paires de bases ne correspond pas à la structure la plus stable, ce qui pourrait refléter le fait que ces motifs devraient avoir une liberté de formation et de déformation lors du fonctionnement du ribosome.

Quantification de la relation séquence-activité de l’ARN par prédiction de structure tridimensionnelle

Dans un premier temps, nous avons modélisé la structure d’une famille d’ARN avec une grammaire de graphes afin d’identifier les séquences qui en font partie. Plusieurs autres méthodes de modélisation ont été développées, telles que des grammaires stochastiques hors-contexte, des modèles de covariance, des profils de structures secondaires et des réseaux de contraintes. Ces méthodes de modélisation se basent sur la structure secondaire classique comparativement à nos grammaires de graphes qui se basent sur les motifs cycliques de nucléotides. Pour exemplifier notre modèle, nous avons utilisé la boucle E du ribosome qui contient le motif Sarcin-Ricin qui a été largement étudié depuis sa découverte par cristallographie aux rayons X au début des années 90. Nous avons construit une grammaire de graphes pour la structure du motif Sarcin-Ricin et avons dérivé toutes les séquences qui peuvent s’y replier. La pertinence biologique de ces séquences a été confirmée par une comparaison des séquences d’un alignement de plus de 800 séquences ribosomiques bactériennes. Cette comparaison a soulevée des alignements alternatifs pour quelques unes des séquences que nous avons supportés par des prédictions de structures secondaires et tertiaires. Les motifs cycliques de nucléotides ont été observés par les membres de notre laboratoire dans l'ARN dont la structure tertiaire a été résolue expérimentalement. Une étude des séquences et des structures tertiaires de chaque cycle composant la structure du Sarcin-Ricin a révélé que l'espace des séquences dépend grandement des interactions entre tous les nucléotides à proximité dans l’espace tridimensionnel, c’est-à-dire pas uniquement entre deux paires de bases adjacentes. Le nombre de séquences générées par la grammaire de graphes est plus petit que ceux des méthodes basées sur la structure secondaire classique. Cela suggère l’importance du contexte pour la relation entre la séquence et la structure, d’où l’utilisation d’une grammaire de graphes contextuelle plus expressive que les grammaires hors-contexte. Les grammaires de graphes que nous avons développées ne tiennent compte que de la structure tertiaire et négligent les interactions de groupes chimiques spécifiques avec des éléments extra-moléculaires, comme d’autres macromolécules ou ligands. Dans un deuxième temps et pour tenir compte de ces interactions, nous avons développé un modèle qui tient compte de la position des groupes chimiques à la surface des structures tertiaires. L’hypothèse étant que les groupes chimiques à des positions conservées dans des séquences prédéterminées actives, qui sont déplacés dans des séquences inactives pour une fonction précise, ont de plus grandes chances d’être impliqués dans des interactions avec des facteurs. En poursuivant avec l’exemple de la boucle E, nous avons cherché les groupes de cette boucle qui pourraient être impliqués dans des interactions avec des facteurs d'élongation. Une fois les groupes identifiés, on peut prédire par modélisation tridimensionnelle les séquences qui positionnent correctement ces groupes dans leurs structures tertiaires. Il existe quelques modèles pour adresser ce problème, telles que des descripteurs de molécules, des matrices d’adjacences de nucléotides et ceux basé sur la thermodynamique. Cependant, tous ces modèles utilisent une représentation trop simplifiée de la structure d’ARN, ce qui limite leur applicabilité. Nous avons appliqué notre modèle sur les structures tertiaires d’un ensemble de variants d’une séquence d’une instance du Sarcin-Ricin d’un ribosome bactérien. L’équipe de Wool à l’université de Chicago a déjà étudié cette instance expérimentalement en testant la viabilité de 12 variants. Ils ont déterminé 4 variants viables et 8 létaux. Nous avons utilisé cet ensemble de 12 séquences pour l’entraînement de notre modèle et nous avons déterminé un ensemble de propriétés essentielles à leur fonction biologique. Pour chaque variant de l’ensemble d’entraînement nous avons construit des modèles de structures tertiaires. Nous avons ensuite mesuré les charges partielles des atomes exposés sur la surface et encodé cette information dans des vecteurs. Nous avons utilisé l’analyse des composantes principales pour transformer les vecteurs en un ensemble de variables non corrélées, qu’on appelle les composantes principales. En utilisant la distance Euclidienne pondérée et l’algorithme du plus proche voisin, nous avons appliqué la technique du « Leave-One-Out Cross-Validation » pour choisir les meilleurs paramètres pour prédire l’activité d’une nouvelle séquence en la faisant correspondre à ces composantes principales. Finalement, nous avons confirmé le pouvoir prédictif du modèle à l’aide d’un nouvel ensemble de 8 variants dont la viabilité à été vérifiée expérimentalement dans notre laboratoire. En conclusion, les grammaires de graphes permettent de modéliser la relation entre la séquence et la structure d’un élément structural d’ARN, comme la boucle E contenant le motif Sarcin-Ricin du ribosome. Les applications vont de la correction à l’aide à l'alignement de séquences jusqu’au design de séquences ayant une structure prédéterminée. Nous avons également développé un modèle pour tenir compte des interactions spécifiques liées à une fonction biologique donnée, soit avec des facteurs environnants. Notre modèle est basé sur la conservation de l'exposition des groupes chimiques qui sont impliqués dans ces interactions. Ce modèle nous a permis de prédire l’activité biologique d’un ensemble de variants de la boucle E du ribosome qui se lie à des facteurs d'élongation.

Étude du rôle de la protéine ribosomique S7 dans le fonctionnement du ribosome bactérien

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Étude du rôle de la protéine ribosomique S7 dans le fonctionnement du ribosome bactérien

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Structure du temps de travail des infirmières de santé publique: effets de l'âge des patients, de la nature des prestations fournies et du lieu du contact. [Structure of work times of public health nurses: effect of the age of patients, nature of care given and location of contact].

In the framework of health services research sponsored by the Swiss National Science Foundation, a research was undertaken of the activity of the large majority of the public health nurses working in the Swiss cantons of Vaud and Fribourg (total population 700,000). During one week, 130 nurses gathered, with a specially devised instrument, data on 4165 patient visits. Studying the duration of the contacts, one has distinguished contact duration per se (DC), duration of the travel time preceding the contact (DD), and total duration in relation with the contact (DTC-addition of the first two). It was noted that the three durations increased significantly with patient age (as regard travel time, this is explained by the higher proportion of home visits in higher age groups, as compared with visits at a health center). Examined according to location of the visit, contact duration per se (without travel) is higher for visits at home and in nursing homes than for those taking place at a health center. Looked at in respect to the care given (technical care, or basic nursing care, or both simultaneously), our data show that the provision of basic nursing care (alone or with technical care) doubles contact duration (from 20 to 42-45'). The analyses according to patient age shows that, at an advanced age (beyond 80 years particularly), there is an important increase of the visits where both types of care are given. However, contact duration per se shows a significant raise with age only for the group "technical care only"; it can be demonstrated that this is due to the fact that older patients require more complex technical acts (e.g., bladder care, as compared with simpler acts such as injection). A model of the relationships between patient age and contact duration is proposed: it is because of the increase in the proportions of home visits, of visits including basic nursing care, and of more complex technical acts that older persons require more of the working time of public health nurses.

Vers une conception intégrative de la dépression du sujet âgé : structure cérébrale, cognition et personnalité

Contexte : la prévalence des épisodes dépressifs majeurs parmi la population âgée générale est de 1-4%. Plusieurs études proposent la dissociation entre la dépression à début tardive (late onset depression, LOD), plus souvent associée à des déficits neuropsychologiques, des lésions cérébrales et des facteurs de risque cardio-vasculaire, et la dépression à début précoce (early onset depression, EOD) associée, elle, aux facteurs génétiques et à certains profiles de personnalité. Toutefois, aucune étude transversale ou longitudinale n'a jusqu'à maintenant mesuré et comparé de façon concomitante les profiles cognitifs, la neuro-imagerie (IRM) et les profiles de personnalité des patients âgés LOD et EOD euthymiques. Méthodes : ce travail se base sur une étude menée par différents services des Hôpitaux Universitaires de Genève (HUG) et du Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) qui ont collaboré afin de recruter le collectif de patients dépressifs nécessaire. La partie expérimentale est divisée en deux parties. La première, transversale, compare 30 EOD, 11 LOD et 30 sujets contrôles, puis 38 EOD à 62 sujets contrôles. Une évaluation neuropsychologique, des évaluations des lésions et volumes cérébraux à l'IRM, ainsi que des traits de personnalité ont été effectuées. La deuxième partie, longitudinale, évalue sur 2 ans 28 patients EOD à 48 sujets contrôles avec les mêmes outils. Résultats : lors de la première partie, transversale, les performances cognitives et les volumes cérébraux sont préservés chez les patients EOD, alors que les patients LOD présentent une réduction significative de la mémoire épisodique et un taux plus élevé de lésions cérébrales périventriculaires (hyperintensités de la matière blanche) en comparaison avec les patients EOD et les sujets contrôles. Au niveau des traits de personnalité, les patients EOD sont associés à un niveau élevé de Névrosisme, en particulier les facettes Anxiété (N1) et Dépression (N3) mais diminué d'Extraversion, en particulier les facettes Chaleur (E1) et Emotions positives (E6). Dans la seconde partie, longitudinale, les performances cognitives et les volumes cérébraux des patients EOD sont restés, après les 2 ans de suivi (follow-up) comparables aux sujets contrôles. Les niveaux élevés du Névrosisme et sa facette Anxiété (N1) constatés au baseline diminuèrent pour atteindre un niveau normal. Les niveaux diminués des facettes Chaleur (E1) et Emotions positives (E6) au baseline ne persistèrent pas non plus. Seule la facette Dépression (N3) est restée chez les patients EOD significativement plus élevée que chez les sujets contrôles après les 2 ans de suivi. Conclusion : nos résultats supportent la dissociation entre EOD, associée à des facteurs génétiques et psychosociaux, et LOD associée aux facteurs de risque et comorbidités cardio-vasculaires. Après rémission d'un épisode dépressif aigu, les performances cognitives ainsi que les volumes cérébraux des patients EOD restent intactes au long terme, alors que le patient LOD garde des lésions cérébrales ainsi que des atteintes au niveau de la mémoire épisodique. Au niveau de la personnalité, la facette Dépression (N3) du domaine Névrosisme, connu pour être un facteur de risque de dépression, reste une caractéristique bien présente chez le patient EOD.