Estimating and evaluating the statistics of gapped local-alignment scores

We present a novel maximum-likelihood-based algorithm for estimating the distribution of alignment scores from the scores of unrelated sequences in a database search. Using a new method for measuring the accuracy of p-values, we show that our maximum-likelihood-based algorithm is more accurate than existing regression-based and lookup table methods. We explore a more sophisticated way of modeling and estimating the score distributions (using a two-component mixture model and expectation maximization), but conclude that this does not improve significantly over simply ignoring scores with small E-values during estimation. Finally, we measure the classification accuracy of p-values estimated in different ways and observe that inaccurate p-values can, somewhat paradoxically, lead to higher classification accuracy. We explain this paradox and argue that statistical accuracy, not classification accuracy, should be the primary criterion in comparisons of similarity search methods that return p-values that adjust for target sequence length.

Representing organizational structures in enterprise architecture : an ontology-based approach

Arquitetura Corporativa promove o estabelecimento de uma visão holística da estrutura e forma de trabalho de uma organização. Um dos aspectos abordados em Arquitetura Corporativa está associada a "estrutura ativa" da organização, que diz respeito a “quem" realiza as atividades organizacionais. Várias abordagens têm sido propostas a fim de proporcionar um meio para a representação de Arquitetura Corporativa, entre as quais ARIS, RM-ODP, UPDM e ArchiMate. Apesar da aceitação por parte da comunidade, as abordagens existentes se concentram em propósitos diferentes, têm limitações de escopo e algumas não têm semântica de mundo real bem definida. Além das abordagens de modelagem, muitas abordagens de ontologias têm sido propostas, a fim de descrever o domínio de estrutura ativa, incluindo as ontologias de SUPER Project, TOVE, Enterprise Ontology e W3C Org Ontology. Embora especificadas para fundamentação semântica e negociação de significado, algumas das abordagens propostas têm fins específicos e cobertura limitada. Além disso, algumas das abordagens não são definidas usando linguagens formais e outras são especificadas usando linguagens sem semântica bem definida. Este trabalho apresenta uma ontologia de referência bem fundamentada para o domínio organizacional. A ontologia organizacional de referência apresentada abrange os aspectos básicos discutidos na literatura organizacional, tais como divisão do trabalho, relações sociais e classificação das unidades estruturais. Além disso, também abrange os aspectos organizacionais definidos em abordagens existentes, levando em consideração tanto abordagens de modelagem quanto abordagens ontológicas. A ontologia resultante é especificada em OntoUML e estende os conceitos sociais de UFO-C.

A contribution to a virtual enterprise taxonomy

This paper presents a taxonomy able to contribute to building a framework within the domain of Virtual Enterprises (VE). A VE taxonomy currently does not exist, and this lack is felt in the ambiguous way that some concepts are addressed, leading to a fragment understanding that hinders the development of the science of VE integration and management. The structure of the taxonomy developed is based on the view of the system as a 5-tuple consisting of Input, Control, Output, Mechanism, and Process, which is the underlying system-view in the well-know IDEF0 diagramming technique. In particular, this taxonomy addresses the VE extended lifecycle that implies the use of a meta-organization called Market of Resources, as an original contribution to the VE theory and practice. The taxonomy presented is constructed in a way to be easily complemented with other VE partial taxonomies that may be found in literature.

Enterprise Resource Planning governamental: a percepção dos servidores atuantes no Projeto Ciclo do Ministério da Justiça quanto à implementação

Indubitavelmente, a implementação de sistemas de gestão integrada é fator consolidado em empresas privadas; no entanto, em empresas públicas é relativamente recente e inovadora. Em 2009, o Ministério da Justiça (MJ) foi um dos pioneiros ao firmar parceria com a Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN) para a implantação de sistemas de gestão integrada. Com o decorrer dos processos de implementação surge a necessidade de identificar se o acordo surtiu os efeitos a que se destinou, bem como é pertinente a análise da implementação de um Enterprise Resource Planning (ERP) governamental em uma empresa pública, haja vista que existe uma tendência de que se repita em outras instituições governamentais. Assim, o principal objetivo deste artigo é identificar a percepção dos usuários quanto ao processo de implementação de sistemas integrados de gestão vinculados ao Projeto Ciclo, no âmbito da Secretaria Executiva do MJ, destacando suas principais dificuldades e benefícios. A fim de atingir o objetivo da pesquisa foi realizada uma pesquisa quali-quantitativa, cujo procedimento técnico foi o estudo de caso. Verificou-se que os usuários do sistema reconhecem sua importância como apoio à tomada de decisão, que estão cientes do papel que desempenham no processo de implementação e que a tecnologia da informação (TI) é fundamental para se obter melhoria nos processos executados. Ademais, percebe-se os avanços que um ERP governamental pode proporcionar a empresas públicas, destacando-se o planejamento e a confiabilidade das informações.

Difficulties in the Learning of Statistics by the Students of the Primary Education

The present study, covering students from public schools and a private school on the island of São Miguel (Azores, Portugal), aims to meet the difficulties of the students of the 3rd and 4th years of the primary education in solving tasks involving construction, reading and interpreting tables and statistical graphs, in the context of Organization and Data Handling (ODH). We present the main results obtained from statistical methods, among which we highlight some non-parametric hypothesis tests and the Categorical Principal Component Analysis (CatPCA), given the nature of the variables included in the questionnaire (mostly nominal and ordinal variables).

Market of resources for virtual enterprise integration

Most definitions of virtual enterprise (VE) incorporate the idea of extended and collaborative outsourcing to suppliers and subcontractors in order to achieve a competitive response to market demands (Webster, Sugden, & Tayles, 2004). As suggested by several authors (Browne & Zhang, 1999; Byrne, 1993; Camarinha-Matos & Afsarmanesh, 1999; Cunha, Putnik, & Ávila, 2000; Davidow & Malone, 1992; Preiss, Goldman, & Nagel, 1996), a VE consists of a network of independent enterprises (resources providers) with reconfiguration capability in useful time, permanently aligned with the market requirements, created to take profit from a specific market opportunity, and where each participant contributes with its best practices and core competencies to the success and competitiveness of the structure as a whole. Even during the operation phase of the VE, the configuration can change, to assure business alignment with the market demands, traduced by the identification of reconfiguration opportunities and continuous readjustment or reconfiguration of the VE network, to meet unexpected situations or to keep permanent competitiveness and maximum performance (Cunha & Putnik, 2002, 2005a, 2005b).

Probability and statistics: selected problems

Probability and Statistics—Selected Problems is a unique book for senior undergraduate and graduate students to fast review basic materials in Probability and Statistics. Descriptive statistics are presented first, and probability is reviewed secondly. Discrete and continuous distributions are presented. Sample and estimation with hypothesis testing are presented in the last two chapters. The solutions for proposed excises are listed for readers to references.

Enterprise information portals: potential for evaluating research for knowledge management and human capital assets using social network analysis

Paper presented at the ECKM 2010 – 11th European Conference on Knowledge Management, 2-3 September, 2010, Famalicão, Portugal. URL: http://www.academic-conferences.org/eckm/eckm2010/eckm10-home.htm

Conceção, seleção e implementação de um sistema de informação: ERP - enterprise resource planning

As organizações são entidades de natureza sistémica, composta, na sua maioria por várias pessoas que interagindo entre si, se propõem atingir objetivos comuns. Têm, frequentemente, de responder a alterações da envolvente externa através de processos de mudança organizacional, sendo fundamentalmente adaptativas, pois, para sobreviver, precisam de se reajustar continuamente às condições mutáveis do meio. O sucesso das organizações depende da sua capacidade de interação com o meio envolvente, ou seja, da sua capacidade de inovar e operar local ou globalmente, criando novas oportunidades de negócio que importa aproveitar. As tecnologias e os sistemas de informação e a forma como são utilizadas são fatores determinantes nesses processos de evolução e mudança. É necessário que a estratégia de TI esteja alinhada com os objetivos de negócio e que a sua utilização contribua para aumentos de produtividade e de eficiência no seu desempenho. Este trabalho descreve a análise, conceção, seleção e implementação de um Sistema de Informação na Portgás, S.A. baseado de um ERP - Enterprise Resource Planning, capaz de suportar a mudança organizacional e melhorar o desempenho global da organização. Promovendo numa primeira fase um crescimento exponencial do negócio e, de seguida, a adaptação da organização ao mercado concorrencial. O caso descreve o trabalho realizado pelo candidato e por equipas internas e externas, de levantamentos de requisitos gerais, técnicos e funcionais, desenvolvimento de um caderno de encargos, seleção, implementação e exploração de um ERP SAP. A apresentação e discussão do caso são enquadradas numa revisão de literatura sobre o papel das TI nos processos de mudança organizativa, alinhamento estratégico e vantagem competitiva das TI, contributo das TI para o aumento da produtividade, processos adoção e difusão das TI, fatores críticos de sucesso e BPM –Business Process Management

Enterprise Risk Management e o seu impacto no desempenho das empresas: Estudo de caso de seis instituições financeiras nacionais

Dissertação de Mestrado apresentado ao Instituto de Contabilidade e Administração do Porto para a obtenção do grau de Mestre em Auditoria, sob orientação do Mestre Fernando Teixeira Pinto

Methodology for collaborative enterprise reference ontology building

Dissertation presented at Faculdade de Ciências e Tecnologia of Universidade Nova de Lisboa to obtain the Master degree in Electrical Engineering and Computer Science

Lean enterprise resource planning

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia e Gestão Industrial

Enterprise 2.0 em Portugal

Dissertação apresentada como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Estatística e Gestão de Informação

Monitoring morphisms to support sustainable interoperability of enterprise systems

Dissertation to obtain the Master degree in Electrical Engineering and Computer Science