Identificação e caracterização de um isolado de Hydrangea ringspot virus em hortênsia no Estado de São Paulo

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Canine distemper virus infection in a lesser grison (Galictis cuja): first report and virus phylogeny

Doenças infecciosas em animais selvagens têm aumentado devido às alterações em seu habitat e ao maior contato com animais domésticos. A cinomose já foi descrita em diversas espécies de carnívoros selvagens, representando uma ameaça à conservação da vida selvagem. Nesse estudo é descrito o primeiro caso de infecção pelo vírus da cinomose em um furão (Galictis cuja). Um indivíduo de vida livre, sem sinais clínicos aparentes, apresentou morte súbita após um dia em cativeiro. Foi realizado o diagnóstico molecular para detecção do vírus da cinomose canina, sendo o resultado positivo. A filogenia do vírus indicou que cães domésticos foram a provável fonte de infecção.

Bat rabies in the north-northwestern regions of the state of São Paulo, Brazil: 1997-2002

OBJETIVO: Os relatos sobre a ocorrência de raiva em morcegos no Brasil são esporádicos e isolados. Assim, o objetivo do estudo foi descrever a detecção do vírus da raiva em morcegos do Estado de São Paulo. MÉTODOS: Foram analisados 7.393 morcegos provenientes de 235 municípios do norte e noroeste do Estado de São Paulo, no período de 1997 a 2002 e identificados por meio de características morfológicas e morfométricas. Para a detecção do antígeno viral foi utilizada a técnica de imunofluorescência direta e o isolamento do vírus foi realizado por inoculação em camundongos. RESULTADOS: Das amostras examinadas, 1,3% foram positivas para raiva, com variação de 0,2% em 1997 a 1,6% em 2001. Foram encontrados 98 morcegos com o vírus, 87 deles em área urbana. O vírus da raiva foi detectado pela imunofluorescência direta em 77 do total de amostras positivas, enquanto 92 produziram doença em camundongos inoculados e o período de incubação variou entre 4-23 dias. em 43 municípios foi encontrado pelo menos um morcego positivo. Entre as espécies analisadas o vírus da raiva foi detectado com maior freqüência (33,7%) em Artibeus lituratus. Os vespertilionideos do gênero Eptesicus e Myotis totalizaram 24,5% dos morcegos positivos e as espécies do gênero Molossus (Molossus molossus e Molossus rufus), 14,3%. A distribuição do vírus da raiva foi semelhante entre fêmeas (33; 48,5%) e machos (35; 51,5%). CONCLUSÕES: Morcegos positivos para raiva foram encontrados em situações que colocam em risco tanto a população humana como animais de estimação, exigindo medidas voltadas para o manejo destas espécies e de educação da população.

Avaliação de gametas e embriões bovinos produzidos in vitro após exposição experimental ao BoHV-5

Pós-graduação em Ciência Animal - FMVA

Levantamento das principais viroses na cultura do alho (Allium sativum L.) e caracterização de carlavirus em algumas regiões produtoras do Brasil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Desenvolvimento e aplicação de métodos sorológicos e moleculares para o diagnóstico da doença de Newcastle em pombos comuns (Columba livia)

Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV

Caracterização biofísica e produção de antissoro policlonal contra a capa proteica recombinante do Southem bean mosaic virus

Pós-graduação em Genética - IBILCE

O uso da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real em doadores de sangue soropositivos para o anti-HCV

O HCV é um vírus esférico, que apresenta um genoma de RNA com polaridade positiva. Atualmente está classificado na família Flaviviridae num gênero separado que é o Hepacivirus, apresenta cerca de 9,4 Kb constituído por uma única e longa fase de leitura aberta (ORF) que compreende quase todo o genoma. Apresenta duas regiões não traduzidas nas extremidades 5' e 3' denominadas 5' UTR e 3' UTR. A poli proteína precursora é clivada em dez proteínas, resultando em proteínas virais estruturais e proteínas nãoestruturais. É um vírus de transmissão preferencialmente parenteral, com distribuição universal, cujo diagnóstico é feito na grande maioria de maneira acidental, sendo atualmente utilizado os testes sorológico e molecular. Este trabalho tem como objetivo comparar o teste sorológico de imunoensaio enzimático (ELISA) e a reação em cadeia da polimerase (PCR) na ocasião da seleção de pré-doadores de sangue. Foram feitos testes de detecção do vírus C por PCR em 290 amostras com resultado positivo ou indeterminado para o teste ELISA. A análise dos resultados revelou que as amostras com testes ELISA positivo/PCR positivo e ELISA positivo/PCR negativo são duas amostras diferentes e independentes (p=0,0006). Esta diferença pode ser supostamente devido a resposta imune diferenciada nas amostras que apresentaram resultado no teste PCR positivas. Esperava-se que houvesse correlação entre os resultados do DO/Cutoff (ELISA) e carga viral (PCR) como o que ocorre em outros vírus como o HIV, no entanto os resultados apresentaram-se totalmente dispersos (R²=0,025), confirmando a não correlação entre os dois testes: ELISA e PCR para o vírus C.

Análise epidemiológica e caracterização parcial do gene F dos Metapneumovirus Humano detectados a partir de casos de infecção respiratória aguda na Região Norte do Brasil

As doenças do trato respiratório são as principais queixas nos serviços de atendimento médico, sendo as infecções respiratórias agudas (IRA) as manifestações mais comuns, principalmente em crianças menores de cinco anos de idade. Em países em desenvolvimento, as IRA constituem um sério problema de saúde pública. Em todo mundo estima-se que ocorram cerca de 2 milhões de mortes devido as IRA a cada ano. Dentre os agentes causais de IRA, destaca-se o Metapneumovírus Humano (HMPV), especialmente por causar doença grave em crianças menores de 5 anos. Com o objetivo de gerar dados sobre a epidemiologia molecular deste vírus, foram analisadas amostras colhidas de pacientes com IRA no período de Janeiro de 2009 a Dezembro de 2011 oriundas da Região Norte (Pará, Amazonas, Acre, Amapá e Roraima). Foi utilizado a técnica de RT-PCR em Tempo Real (qRT-PCR) para a detecção do vírus através da amplificação do gene N e RT-PCR para o gene codificador da proteína F, que foi em seguida parcialmente sequenciado. Dentro do período de estudo, foram testadas 2966 amostras, das quais 129 positivas para HMPV. A faixa etária de 0-4 anos foi a que concentrou maior número de casos (n=84; 65,89%) em toda a região Norte. Na identificação viral, constatou-se a co-circulação dos subgrupos A2 e B2 durante os três anos do estudo. Os subgrupos A1 e B1 não circularam na região durante o período estudado. Este estudo representa o primeiro relato sobre dados da epidemiologia molecular do Metapneumovírus Humano na região Norte do Brasil.

Medidas de biosseguridade e controle da laringotraqueíte aviária nas granjas do município de Guatapará, estado de São Paulo

Pós-graduação em Medicina Veterinária - FCAV

Prevalência da excreção e caracterização molecular do poliomavírus humano JC em amostras de urina de pacientes com aids sem leucoencefalopatia multifocal pro-gressiva

The human poliomavirus is the etiologic agente of Progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), a disease characterized by focal lesions not expansives of the central nervous system that develops in imunocompromissed patients, specially people with aids. The main aim of the study was to evalute the prevalence of the JCV excretion in urine samples of patients with aids, without PML, to compare two JCV DNA detection techniques through of two diferents genomic regions and to evaluate the genotypic characterization of the positive samples. A total of 75 samples were colected in the Instituto de Infectologia Emílio Ribas, in Sao Paulo, Brazil, between may and november, 2009. To detect the JC virus it was made the DNA extraction and then the polimerase chain reaction (PCR). Firstly a fragment of 215 bp was amplified, which corresponds to the codifying gene of the strutural protein of de JC vírus capsid VP1. All the samples were later submitted to another PCR that uses a pair of primers complementaries to the early region of the JCV (T antigen) amplifying a fragment of 173 bp. Followed by the digestion of the amplified product with the restriction enzime BamH1, resulting in two smaller fragments (120 bp and 53 bp). The JC vírus was detected in 53 samples, for both techniques (70,7% for VP1 PCR, and the restriction enzime BamH1), 34/46 were men (73,9%) and 19/29 were women (65,5%). The JCV excretion was higher in individuals that were over 46 years old. Regarding the seven genotypes described in the literature, the ones that were more prevalent among the JC positive patients were 3B and 3A with 10 samples each (21,0%), the 2B with 9 samples (19,0%) and genotype 6, with six samples (13,0%). As in the brown patients as the white ones, the most prevalent genotype was 3B. In the present study it was observed a high prevalence of JCV DNA (70,7%) and the genotype 3 (43,0%)... (Complete abstract click electronic access below)

Proposta de arquitetura e protocolo para a geração automática de assinaturas de malwares

Given the exponential growth in the spread of the virus world wide web (Internet) and its increasing complexity, it is necessary to adopt more complex systems for the extraction of malware finger-prints (malware fingerprints - malicious software; is the name given to extracting unique information leading to identification of the virus, equivalent to humans, the fingerprint). The architecture and protocol proposed here aim to achieve more efficient fingerprints, using techniques that make a single fingerprint enough to compromise an entire group of viruses. This efficiency is given by the use of a hybrid approach of extracting fingerprints, taking into account the analysis of the code and the behavior of the sample, so called viruses. The main targets of this proposed system are Polymorphics and Metamorphics Malwares, given the difficulty in creating fingerprints that identify an entire family from these viruses. This difficulty is created by the use of techniques that have as their main objective compromise analysis by experts. The parameters chosen for the behavioral analysis are: File System; Records Windows; RAM Dump and API calls. As for the analysis of the code, the objective is to create, in binary virus, divisions in blocks, where it is possible to extract hashes. This technique considers the instruction there and its neighborhood, characterized as being accurate. In short, with this information is intended to predict and draw a profile of action of the virus and then create a fingerprint based on the degree of kinship between them (threshold), whose goal is to increase the ability to detect viruses that do not make part of the same family

MANICURE/PEDICURE TECHNICIANS: BIOSECURITY KNOWLEDGE AND PRACTICES FOR VIRAL HEPATITIS

Objetivo: Investigar o conhecimento e as práticas de biossegurança para hepatites virais de manicures/pedicures. Métodos: Estudo descritivo, transversal, quantitativo, através de questionário, utilizando instrumento de coleta de dados autoaplicado elaborado pelos pesquisadores, contendo dados da população (sexo, idade, tempo de atuação profissional) e conhecimentos básicos sobre transmissão de hepatite e práticas de biossegurança e higiene. Resultados: Entrevistaram-se 96 manicures/pedicures que atuam no Noroeste do Paraná. A maioria das profissionais já ouviu falar da patologia, mas somente 41,7% (n=40) fizeram o exame para detecção do vírus da hepatite; 38,39% (n=77) relataram como via de transmissão o sangue e 31,8% (n=63), a relação sexual. A reutilização de materiais descartáveis foi relatada por 60,4% (n=58); 55,2% (n=53) realizam esterilização de materiais e 27,1% (n=26) não a realizam. Não ficou evidenciada associação significativa entre tempo de profissão e as variáveis utilizadas: ouviu sobre hepatite (p=0,77025), realização de exames (p=0,035476), reutilização de materiais descartáveis (p=0,42691), lavagem de mãos (p=0,32876), uso de luvas descartáveis (p=0,33752) e esterilização de materiais (p=0,84443). Conclusão: As manicures entrevistadas não conhecem as exigências da Vigilância Sanitária no que concerne à prevenção da transmissão de hepatites.

Técnicas de detecção e estudo de vírus em plantas.

2015

Estudo do genoma do vírus causador da mionecrose infecciosa em camarões e desenvolvimento de métodos para detecção de diferentes variantes

Shrimp farming is one of the activities that contribute most to the growth of global aquaculture. However, this business has undergone significant economic losses due to the onset of viral diseases such as Infectious Myonecrosis (IMN). The IMN is already widespread throughout Northeastern Brazil and affects other countries such as Indonesia, Thailand and China. The main symptom of disease is myonecrosis, which consists of necrosis of striated muscles of the abdomen and cephalothorax of shrimp. The IMN is caused by infectious myonecrosis virus (IMNV), a non-enveloped virus which has protrusions along its capsid. The viral genome consists of a single molecule of double-stranded RNA and has two Open Reading Frames (ORFs). The ORF1 encodes the major capsid protein (MCP) and a potential RNA binding protein (RBP). ORF2 encodes a probable RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) and classifies IMNV in Totiviridae family. Thus, the objective of this research was study the IMNV complete genome and encoded proteins in order to develop a system differentiate virus isolates based on polymorphisms presence. The phylogenetic relationship among some totivirus was investigated and showed a new group to IMNV within Totiviridae family. Two new genomes were sequenced, analyzed and compared to two other genomes already deposited in GenBank. The new genomes were more similar to each other than those already described. Conserved and variable regions of the genome were identified through similarity graphs and alignments using the four IMNV sequences. This analyze allowed mapping of polymorphic sites and revealed that the most variable region of the genome is in the first half of ORF1, which coincides with the regions that possibly encode the viral protrusion, while the most stable regions of the genome were found in conserved domains of proteins that interact with RNA. Moreover, secondary structures were predicted for all proteins using various softwares and protein structural models were calculated using threading and ab initio modeling approaches. From these analyses was possible to observe that the IMNV proteins have motifs and shapes similar to proteins of other totiviruses and new possible protein functions have been proposed. The genome and proteins study was essential for development of a PCR-based detection system able to discriminate the four IMNV isolates based on the presence of polymorphic sites