Modelos alternativos para detecção de locos de características quantitativas (QTL) de carcaça e crescimento nos cromossomos 4, 5 e 7 de suínos

O conhecimento do genoma pode auxiliar na identificação de regiões cromossômicas e, eventualmente, de genes que controlam características quantitativas (QTLs) de importância econômica. em um experimento com 1.129 suínos resultantes do cruzamento entre machos da raça Meishan e fêmeas Large White e Landrace, foram analisadas as características gordura intramuscular (GIM), em %, e ganho dos 25 aos 90 kg de peso vivo (GP), em g/dia, em 298 animais F1 e 831 F2, e espessura de toucinho (ET), em mm, em 324 F1 e 805 F2. Os animais das gerações F1 e F2 foram tipificados com 29 marcadores microsatélites. Estudou-se a ligação entre os cromossomos 4, 6 e 7 com GIM, ET e GP. Análises de QTL utilizando-se metodologia Bayesiana foram aplicadas mediante três modelos genéticos: modelo poligênico infinitesimal (MPI); modelo poligênico finito (MPF), considerando-se três locos; e MPF combinado com MPI. O número de QTLs, suas respectivas posições nos três cromossomos e o efeito fenotípico foram estimados simultaneamente. Os sumários dos parâmetros estimados foram baseados nas distribuições marginais a posteriori, obtidas por meio do uso da Cadeia de Markov, algoritmos de Monte Carlo (MCMC). Foi possível evidenciar dois QTLs relacionados a GIM nos cromossomos 4 e 6 e dois a ET nos cromossomos 4 e 7. Somente quando se ajustou o MPI, foram observados QTLs no cromossomo 4 para ET e GIM. Não foi possível detectar QTLs para a característica GP com a aplicação dessa metodologia, o que pode ter resultado do uso de marcadores não informativos ou da ausência de QTLs segregando nos cromossomos 4, 6 e 7 desta população. Foi evidenciada a vantagem de se analisar dados experimentais ajustando diferentes modelos genéticos; essas análises ilustram a utilidade e ampla aplicabilidade do método Bayesiano.

Estudo do desempenho dos gráficos de controle quando a média do processo oscila de acordo com o modelo AR(1)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Genes de efeito principal e locos de características quantitativas (QTL) em suínos

Pós-graduação em Zootecnia - FMVZ

Modelo epidemiológico discreto para a transmissão de Acinetobacter baumannii em UTIs brasileiras

Pós-graduação em Biometria - IBB

Máquinas de somar estocásticas e conjuntos de Julia

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estrutura genômica de uma população de suínos base Landrace

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Behavioural profiles of captive capuchin monkeys (Sapajus spp.): analyses at group and individual levels

The use of behavioural indicators of suffering and welfare in captive animals has produced ambiguous results. In comparisons between groups, those in worse condition tend to exhibit increased overall rate of Behaviours Potentially Indicative of Stress (BPIS), but when comparing within groups, individuals differ in their stress coping strategies. This dissertation presents analyses to unravel the Behavioural Profile of a sample of 26 captive capuchin monkeys, of three different species (Sapajus libidinosus, S. flavius and S. xanthosternos), kept in different enclosure types. In total, 147,17 hours of data were collected. We explored four type of analysis: Activity Budgets, Diversity indexes, Markov chains and Sequence analyses, and Social Network Analyses, resulting in nine indexes of behavioural occurrence and organization. In chapter One we explore group differences. Results support predictions of minor sex and species differences and major differences in behavioural profile due to enclosure type: i. individuals in less enriched enclosures exhibited a more diverse BPIS repertoire and a decreased probability of a sequence with six Genus Normative Behaviour; ii. number of most probable behavioural transitions including at least one BPIS was higher in less enriched enclosures; iii. proeminence indexes indicate that BPIS function as dead ends of behavioural sequences, and proeminence of three BPIS (pacing, self-direct, active I) were higher in less enriched enclosures. Overall, these data are not supportive of BPIS as a repetitive pattern, with a mantra-like calming effect. Rather, the picture that emerges is more supportive of BPIS as activities that disrupt organization of behaviours, introducing “noise” that compromises optimal activity budget. In chapter Two we explored individual differences in stress coping strategies. We classified individuals along six axes of exploratory behaviour. These were only weakly correlated indicating low correlation among behavioural indicators of syndromes. Nevertheless, the results are suggestive of two broad stress coping strategies, similar to the bold/proactive and shy/reactive pattern: more exploratory capuchin monkeys exhibited increased values of proeminence in Pacing, aberrant sexual display and Active 1 BPIS, while less active animals exhibited increased probability in significant sequences involving at least one BPIS, and increased prominence in own stereotypy. Capuchin monkeys are known for their cognitive capacities and behavioural flexibility, therefore, the search for a consistent set of behavioural indictors of welfare and individual differences requires further studies and larger data sets. With this work we aim contributing to design scientifically grounded and statistically correct protocols for collection of behavioural data that permits comparability of results and meta-analyses, from whatever theoretical perspective interpretation it may receive.

Cadeias de Markov clássicas e quânticas

Seguindo o trabalho de S. Gudder, fazemos uma construção de cadeias de Markov quânticas a partir de matrizes complexas, unitárias, estocásticas e analisamos o conceito de interferência nesse contexto, dando atenção para uma cadeia que chamamos de moeda quântica. Estamos interessados na entropia de cadeias de Markov reais, no princípio variacional para energia livre associado e em uma possível construção análoga no caso complexo. Este trabalho visa também dar uma introdução matematicamente rigorosa de certos aspectos de mecânica quântica

Estimador do Tipo Núcleo para Densidades Limites de Cadeias de Markov com Espaço de Estados Geral

In this work we studied the consistency for a class of kernel estimates of f f (.) in the Markov chains with general state space E C Rd case. This study is divided into two parts: In the first one f (.) is a stationary density of the chain, and in the second one f (x) v (dx) is the limit distribution of a geometrically ergodic chain

Ergodicidade em cadeias de Markov não-homogêneas e cadeias de Markov com transições raras

The central objective of a study Non-Homogeneous Markov Chains is the concept of weak and strong ergodicity. A chain is weak ergodic if the dependence on the initial distribution vanishes with time, and it is strong ergodic if it is weak ergodic and converges in distribution. Most theoretical results on strong ergodicity assume some knowledge of the limit behavior of the stationary distributions. In this work, we collect some general results on weak and strong ergodicity for chains with space enumerable states, and also study the asymptotic behavior of the stationary distributions of a particular type of Markov Chains with finite state space, called Markov Chains with Rare Transitions

Educação a distância e efeitos em cadeia

This article is divided into two parts. The first presents two abstract arguments that constitute the starting point for the development of the second part, which is directed towards discussing some aspects of the distance learning policies, i.e., the role of public authorities in encouraging and shaping this type of education. First of all, it is intended to establish some assumptions to understand the emergence of this phenomenon and some of its conditioning factors and consequences; then to suggest some analytical tools to allow us to reflect on public policy in this area.

Influência do treinamento físico aeróbio no transporte mitocondrial de ácidos graxos de cadeia longa no músculo esquelético: papel do complexo carnitina palmitoil transferase

O ácido graxo (AG) é uma importante fonte de energia para o músculo esquelético. Durante o exercício sua mobilização é aumentada para suprir as necessidades da musculatura ativa. Acredita-se que diversos pontos de regulação atuem no controle da oxidação dos AG, sendo o principal a atividade do complexo carnitina palmitoil transferase (CPT), entre os quais três componentes estão envolvidos: a CPT I, a CPT II e carnitina acilcarnitina translocase. A função da CPT I durante o exercício físico é controlar a entrada de AG para o interior da mitocôndria, para posterior oxidação do AG e produção de energia. Em resposta ao treinamento físico há um aumento na atividade e expressão da CPT I no músculo esquelético. Devido sua grande importância no metabolismo de lipídios, os mecanismos que controlam sua atividade e sua expressão gênica são revisados no presente estudo. Reguladores da expressão gênica de proteínas envolvidas no metabolismo de lipídios no músculo esquelético, os receptores ativados por proliferadores de peroxissomas (PPAR) alfa e beta, são discutidos com um enfoque na resposta ao treinamento físico.

Aspectos atuais sobre aminoácidos de cadeia ramificada e exercício físico

Em humanos saudáveis, nove aminoácidos são considerados essenciais, uma vez que não podem ser sintetizados endogenamente e, portanto, devem ser ingeridos por meio da dieta. Dentre os aminoácidos essenciais, se incluem os três aminoácidos de cadeia ramificada, ou seja, leucina, valina e isoleucina. Esses aminoácidos participam da regulação do balanço protéico corporal além de serem fonte de nitrogênio para a síntese de alanina e glutamina. No tocante à regulação da síntese protéica muscular, verifica-se que a leucina age estimulando a fase de iniciação da tradução do RNA-mensageiro em proteína, por mecanismos tanto dependentes quanto independentes de insulina. No que concerne ao exercício físico, supõe-se que esses aminoácidos estejam envolvidos na fadiga central, no balanço protéico muscular, na secreção de insulina, na modulação da imunocompetência, no aumento da performance de indivíduos que se exercitam em ambientes quentes e na diminuição do grau de lesão muscular. Nesse contexto, essa revisão aborda os aspectos atuais do metabolismo e da suplementação de aminoácidos de cadeia ramificada no exercício físico.

Stability and ergodicity of piecewise deterministic Markov processes

The main goal of this paper is to establish some equivalence results on stability, recurrence, and ergodicity between a piecewise deterministic Markov process ( PDMP) {X( t)} and an embedded discrete-time Markov chain {Theta(n)} generated by a Markov kernel G that can be explicitly characterized in terms of the three local characteristics of the PDMP, leading to tractable criterion results. First we establish some important results characterizing {Theta(n)} as a sampling of the PDMP {X( t)} and deriving a connection between the probability of the first return time to a set for the discrete-time Markov chains generated by G and the resolvent kernel R of the PDMP. From these results we obtain equivalence results regarding irreducibility, existence of sigma-finite invariant measures, and ( positive) recurrence and ( positive) Harris recurrence between {X( t)} and {Theta(n)}, generalizing the results of [ F. Dufour and O. L. V. Costa, SIAM J. Control Optim., 37 ( 1999), pp. 1483-1502] in several directions. Sufficient conditions in terms of a modified Foster-Lyapunov criterion are also presented to ensure positive Harris recurrence and ergodicity of the PDMP. We illustrate the use of these conditions by showing the ergodicity of a capacity expansion model.