The plasticity of NBS resistance genes in sorghum is driven by multiple evolutionary processes

Background Increased disease resistance is a key target of cereal breeding programs, with disease outbreaks continuing to threaten global food production, particularly in Africa. Of the disease resistance gene families, the nucleotide-binding site plus leucine-rich repeat (NBS-LRR) family is the most prevalent and ancient and is also one of the largest gene families known in plants. The sequence diversity in NBS-encoding genes was explored in sorghum, a critical food staple in Africa, with comparisons to rice and maize and with comparisons to fungal pathogen resistance QTL. Results In sorghum, NBS-encoding genes had significantly higher diversity in comparison to non NBS-encoding genes and were significantly enriched in regions of the genome under purifying and balancing selection, both through domestication and improvement. Ancestral genes, pre-dating species divergence, were more abundant in regions with signatures of selection than in regions not under selection. Sorghum NBS-encoding genes were also significantly enriched in the regions of the genome containing fungal pathogen disease resistance QTL; with the diversity of the NBS-encoding genes influenced by the type of co-locating biotic stress resistance QTL. Conclusions NBS-encoding genes are under strong selection pressure in sorghum, through the contrasting evolutionary processes of purifying and balancing selection. Such contrasting evolutionary processes have impacted ancestral genes more than species-specific genes. Fungal disease resistance hot-spots in the genome, with resistance against multiple pathogens, provides further insight into the mechanisms that cereals use in the “arms race” with rapidly evolving pathogens in addition to providing plant breeders with selection targets for fast-tracking the development of high performing varieties with more durable pathogen resistance.

Directional dominance on stature and cognition in diverse human populations

Homozygosity has long been associated with rare, often devastating, Mendelian disorders1, and Darwin was one of the first to recognize that inbreeding reduces evolutionary fitness2. However, the effect of the more distant parental relatedness that is common in modern human populations is less well understood. Genomic data now allow us to investigate the effects of homozygosity on traits of public health importance by observing contiguous homozygous segments (runs of homozygosity), which are inferred to be homozygous along their complete length. Given the low levels of genome-wide homozygosity prevalent in most human populations, information is required on very large numbers of people to provide sufficient power3, 4. Here we use runs of homozygosity to study 16 health-related quantitative traits in 354,224 individuals from 102 cohorts, and find statistically significant associations between summed runs of homozygosity and four complex traits: height, forced expiratory lung volume in one second, general cognitive ability and educational attainment (P < 1 × 10−300, 2.1 × 10−6, 2.5 × 10−10 and 1.8 × 10−10, respectively). In each case, increased homozygosity was associated with decreased trait value, equivalent to the offspring of first cousins being 1.2 cm shorter and having 10 months’ less education. Similar effect sizes were found across four continental groups and populations with different degrees of genome-wide homozygosity, providing evidence that homozygosity, rather than confounding, directly contributes to phenotypic variance. Contrary to earlier reports in substantially smaller samples5, 6, no evidence was seen of an influence of genome-wide homozygosity on blood pressure and low density lipoprotein cholesterol, or ten other cardio-metabolic traits. Since directional dominance is predicted for traits under directional evolutionary selection7, this study provides evidence that increased stature and cognitive function have been positively selected in human evolution, whereas many important risk factors for late-onset complex diseases may not have been.

Onko tutkijan sukupuolella väliä? : Kemian ja fysiikan alan tutkijoiden ja tohtoriopiskelijoiden tutkijanura IDECAT-verkostossa sukupuoliperspektiivistä.

Tutkimukseni kohteena ovat mies- ja naispuoliset tutkijat ja tohtoriopiskelijat, jotka ovat osallistuneet katalyysitutkimukseen keskittyvän tutkimusverkosto IDECAT:in toimintaan. Tutkielmassani pyrin selvittämään, onko naisten ja miesten tutkijanuran välillä eroa ja jos on, niin minkälainen tämä ero on. Pyrin myös saamaan selville, onko naisten tutkijanuralla esteitä ja esiintyykö tiedeyhteisössä sukupuolesta johtuvaa syrjintää. IDECAT (Integrated Design of Catalytic Nanomaterials for a Sustainable Production) on EU-rahoitteinen, kemian tekniikkaan liittyvään katalyysitutkimukseen keskittyvä tutkimusverkosto, johon kuuluu alan tutkimusyksiköitä ja yliopistoja 12 Euroopan maasta. IDECAT:iin kuuluu noin 500-600 henkilöä. Tutkimukseni pohjautuu kahteen kyselytutkimukseen, jotka toteutettiin Internetissä 2009-2010. Ensimmäinen kyselytutkimus oli vastaajien saatavilla loka-marraskuussa 2009 ja siinä selvitettiin IDECAT:in tutkijoiden ja tohtoriopiskelijoiden tasa-arvotilannetta yleisesti. Kyselyyn vastasi 83 henkilöä, joista 51% oli naisia ja 49 % miehiä. Kyselyssä käytettiin strukturoitua kyselylomaketta ja tulokset analysoitiin kvantitatiivisesti SPSS tilasto-ohjelmalla. Tilastollisena menetelmänä käytän ristiintaulukointia. Toinen kyselytutkimus (jatkokysely) keskittyy tiedeyhteisössä tapahtuvaan sukupuolesta johtuvaan syrjintään ja se oli vastaajien saatavilla huhti-toukokuussa 2010. Jatkokyselyn kysymykset ovat avokysymyksiä ja ne analysoitiin laadullisesti. Jatkokyselyyn vastasi 24 henkilöä, joista 6 kuvasi yksityiskohtaisesti syrjintäkokemuksiaan tiedeyhteisössä. Teoreettisena viitekehyksenä käytän tutkimuksessani Joan Ackerin sukupuolittuneen organisaation teoriaa ja siihen liittyviä, organisaation toiminnassa ilmeneviä sukupuolittuneita prosesseja. Sukupuolittuneet prosessit ovat ajattelutapoja , käytäntöjä ja asenteita, joilla sukupuolet erotetaan toisistaan ja joilla tuotetaan sukupuolten välisiä valtasuhteita. Naisten ja miesten tutkijanuran välillä on aineistossani joitakin merkittäviä eroja. Sukupuolesta johtuva syrjintä on yleistä vastaajien keskuudessa ja naiset ovat kokeneet sitä useammin kuin miehet. 67% naisvastaajista ja 37% miesvastaajista on kokenut sukupuolesta johtuvaa syrjintää. Naisvastaajat myös kokevat miehiä useammin, että he eivät saa riittävästi tukea ja kannustusta esimiehiltään. Lisäksi naisia on pyydetty mukaan tieteelliseen yhteistyöhön miehiä harvemmin. Useimmat muuttujat eivät kuitenkaan tuo eroa sukupuolten välille. Tutkijanaiset kokevat ylenemismahdollisuutensa lähes yhtä hyviksi kuin miehet, naiset ja miehet työskentelevät yhtä usein määräaikaisissa tehtävissä ja naiset työskentelevät kokopäiväisesti lähes yhtä usein kuin miehet. Naiset pitävät perheen ja työn yhdistämistä helppona. Sukupuolittuneita prosesseja ilmenee erityisesti sukupuolten väliseen työnjakoon ja sosiaalisen tuen ja vallan jakoon tiedeyhteisössä liittyvissä tilanteissa. Sukupuolittuneisuus ei kuitenkaan ole totaalista, monien kyselyn muuttujien kohdalla sukupuolittumista tai eroa sukupuolten välille ei tullut. Monet kyselyn muuttujat osoittavatkin, että naiset ja miehet kokevat, että heitä kohdellaan melko tasa-arvoisesti. Tietyillä osa-alueilla epätasa-arvoisen kohtelun kokemukset ovat kuitenkin yleisiä, mikä tuottaa ristiriitaisen kuvan tiedeyhteisön tasa-arvotilanteesta. Tämä voi viitata siihen, että tutkijanaisten ja miesten asemat ja roolit tiedeyhteisössä eivät ole pysyviä ja staattisia, vaan aktiivisessa muutoksen tilassa. Tutkijanaisten asemaa tiedeyhteisössä voidaan lisäksi parantaa reagoimalla ja puuttumalla sukupuolesta johtuvaan syrjintään, pitämällä tasa-arvoasioita esillä sekä kiinnittämällä huomiota johtamiskäytäntöihin, esimerkiksi palkkaamalla lisää naisjohtajia. Avainsanat Keywords: Sukupuolittunut organisaatio, sukupuolittuneet prosessit, kyselytutkimus, kvantitatiivinen tutkimus, tiedeyhteisö, sukupuolisyrjintä, tutkijanaiset, naistutkijat, sukupuolten tasa-arvo, gendered organization, academia, female scientists, gender equality

Fear and manipulation in George Orwells Nineteen Eighty-Four and Alan Moores V for Vendetta

O objetivo desta dissertação é analisar a questão da política do medo e das várias formas de manipulação da realidade encontradas nas narrativa de 1984 (1949), de George Orwell, assim como na narrativa gráfica de V de Vingança tanto na sua versão em quadrinhos, de Alan Moore (1982-88), quanto na sua adaptação cinematográfica, escrita pelos Wachowskis (2005). Em particular, tenta demonstrar similaridades nas técnicas usadas, assim como na análise dos personagens, procurando embasar certos questionamentos com a ajuda de filósofos políticos, estudos de psicologia, culturais, e distópicos. Ao final, este trabalho tenta identificar a importância da influência dos autores estudados, assim como outros autores distópicos, na criação e desenvolvimento de uma nova geração social de mentalidade inconformista

In Memoriam REv. Archibald Campbell Foss

Memorial address.

"I have nothing to say, only to show": appropriation in the poetries of Trevor Joyce, Alan Halsey, and Susan Howe

This thesis studies contemporary poetry’s innovations in textual borrowing and the range and scope of its appropriative practices. The restrictions of the inherited definitions of appropriation include a limited capacity for expression and meaningfulness, a partial concept of appropriation’s critical capacity, and an inadequate sense of the poet’s individual and unique practice of appropriation. This thesis resolves the problematic constraints limiting contemporary definitions of appropriation by tracing the history of the practice to reveal an enduring relation between appropriation and poetic expression. Close readings of Trevor Joyce’s, Alan Halsey’s, and Susan Howe’s poetry serve as evidence of contemporary poetry’s development of appropriation beyond the current ascriptions and offer some direction on how the critical understanding of appropriation might be extended and redefined. Here, appropriation is recognized as another source of lyric expression, critical innovation, and conceptual development in contemporary poetry. This thesis encourages a new perspective on the purpose and processes of poetic appropriation and the consequences of its declarative potential for both poet and poem.

Entrevista al profesor Alan Bishop

En este artículo, se presentan las ideas del profesor Alan Bishop sobre la Etnomatemática, sus objetivos, su metodología, la relación entre Etnomatemática y Educación Matemática y la enseñanza de las matemáticas en aulas multiculturales. Esta entrevista fue realizada el miércoles, 29 de noviembre de 2006 en el Seminario de formación avanzada: tres fases básicas en un estudio de investigación doctoral en educación. Universidad Distrital Francisco José de Caldas. Bogotá, Colombia.