997 resultados para polimorfismo de seqüência
Resumo:
Com o objetivo de caracterizar a fauna local de insetos foram obtidas amostras semanais, de setembro/1999 a agosto/2000, utilizando-se armadilhas Malaise instaladas na borda da floresta e no seu interior. Uma análise temporal foi realizada com as espécies de Syrphidae coletadas há, aproximadamente, dezessete anos no mesmo local, dentro da floresta. A abundância e a riqueza de espécies também foram avaliadas. Tanto a riqueza quanto a abundância foram maiores na borda da floresta. Comparando-se os dados atuais com aqueles obtidos em 1986/1987, observa-se um decréscimo na abundância e também na riqueza de espécies de Syrphidae. A espécie mais abundante na borda foi Allograpta neotropica Curran, 1936 e no interior (1999/2000), Ocyptamus sativus (Curran, 1941). Os espécimens de Toxomerus Macquart, 1855 foram os mais abundantes na armadilha localizada na borda da floresta e os de Ocyptamus Macquart, 1834 no interior. Noventa e cinco espécies foram identificadas em 22 gêneros. Ocyptamus foi o gênero com maior riqueza de espécies (23). Na seqüência estão Copestylum Macquart, 1846 (15), Toxomerus (15) e Microdon Meigen, 1803 (10). Sete espécies foram comuns aos três levantamentos: Allograpta neotropica; Copestylum selectum (Curran, 1939); Leucopodella gracilis (Williston, 1891); Mixogaster polistes Hull, 1954; Ocyptamus funebris Macquart, 1834; Toxomerus procrastinatus Metz, 2001 e Toxomerus tibicen (Wiedemann, 1830). Três novas espécies de Microdon, uma de Toxomerus, uma de Aristosyrphus Curran, 1941 e uma de Myolepta Newman, 1838 foram identificadas.
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A diabetes mellitus tipo 2 (DM2) é responsável por uma elevada morbilidade e mortalidade em todo o Mundo, essencialmente devido às suas complicações, entre as quais a retinopatia diabética (RD), considerada uma das mais graves, e responsável por 4,8% dos casos de cegueira. Estudos sugerem uma componente genética como um dos principais factores para o desenvolvimento da RD. O gene do VEGF (vascular endothelial growth factor) é um dos mais estudados, por promover a angiogénese e a neovascularização. Outro importante gene candidato é o RAGE (receptor for advanced glycation end products), e, mais recentemente, os genes da paraoxonase, PON1 e PON2. Objectivou-se avaliar a influência dos polimorfismos VEGF -634C/G, RAGE -374T/A, PON1Gln192Arg e PON2Cys310Ser no aparecimento e progressão da RD em indivíduos com DM2 e a sua influência no aparecimento da DM2. Analisaram-se 129 indivíduos, 86 com DM2 e 43 indivíduos saudáveis. Os polimorfismos foram avaliados em todos os indivíduos por PCR-FRLP. A caracterização clínica e a determinação da actividade enzimática da PON1 foram avaliadas em 47 diabéticos. Não se obtiveram diferenças para o polimorfismo do VEGF-634 G/C. O alelo A do polimorfismo RAGE -374A/T mostrou-se mais frequente em indivíduos sem RD ou EMD quando comparados com indivíduos com RD ou EMD. O alelo Q (Gln) e o alelo S (Ser) dos polimorfismos PON1Gln192Arg e PON2Cys310Ser, respectivamente, mostraram-se mais frequentes em indivíduos com DM2 quando comparados com indivíduos saudáveis. Não houve quaisquer diferenças relativamente à actividade enzimática da PON1, nem em relação ao polimorfismo da PON1 nem em relação à presença ou ausência de RD ou EMD. Conclui-se que o alelo A do polimorfismo RAGE -374A/T é factor protector para o aparecimento da RD e do EMD, enquanto os alelos Q e S dos polimorfismos PON1Gln192Arg e PON2Cys310Ser, respectivamente, são factores de risco para o aparecimento da DM2
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Foram analisadas seqüências de nucleotídeos do gene 16S do rDNA mitocondrial em 14 populações de triatomíneos mantidos em colônias no insetário SESA de Araraquara- SP, comparando-as com seqüências do mesmo gene disponíveis no GenBank. Os fragmentos variaram de 311 a 317 pb com baixa variação intra-específica entre as distâncias genéticas (0% a 0,6%), exceto para os relacionamentos entre espécimes de Triatoma sordida (1%) e espécimes de T. brasiliensis (1,3%) atribuídos a populações geográficas diferentes. A parafilia de Rhodniini e do gênero Panstrongylus foi evidenciada pelas analises, confirmando resultados anteriores entre estes e os estreitos relacionamentos de R. prolixus com R. robustus e de T. infestans e T. platensis. O relacionamento entre T. maculata e T. pseudomaculata não foi solucionado, uma vez que, esses táxons apareceram tanto em monofilia quanto em parafilia: T. pseudomaculata (SESA) está agrupado com T. maculata (seqüência do GenBank) e associados a T . brasiliensis (SESA), enquanto T. maculata (SESA) aparece agrupado com T. pseudomaculata do SESA e do GenBank. Os resultados evidenciam a utilidade do gene 16S como marcador de espécies de triatomíneos e sua importância em questões de sistemática e taxonomia. Há necessidade de novos estudos envolvendo outros marcadores associados a caracteres sistemáticos clássicos de morfologia, ecologia e comportamento para decisões sistemáticas adequadas uma vez, que teriam impacto não apenas sistemático mas, para as estratégias de controle.
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The aims of this thesis were to better characterize HIV-1 diversity in Portugal, Angola, Mozambique and Cape Verde and to investigate the origin and epidemiological history of HIV-1 in these countries. The impact of these issues in diagnosis, disease progression and susceptibility to ARV therapy was also investigated. Finally, the nature, dynamics and prevalence of transmitted drug resistance (TDR) was determined in untreated HIV-1 infected patients. In Angola, practically all HIV-1 genetic forms were found, including almost all subtypes, untypable (U) strains, CRFs and URFs. Recombinants (first and second generation) were present in 47.1% of the patients. HIV/AIDS epidemic in Angola probably started in 1961, the major cause being the independence war, subsequently spreading to Portugal. In Maputo, 81% of the patients were infected with subtype C viruses. Subtype G, U and recombinants such as CRF37_cpx, were also present. The results suggest that HIV-1 epidemic in Mozambique is evolving rapidly in genetic complexity. In Cape Verde, where HIV-1 and HIV-2 co-circulate, subtype G is the prevailed subtype. Subtypes B, C, F1, U, CRF02_AG and other recombinant strains were also found. HIV-2 isolates belonged to group A, some being closely related to the original ROD isolate. In all three countries numerous new polymorphisms were identified in the RT and PR of HIV-1 viruses. Mutations conferring resistance to the NRTIs or NNRTIs were found in isolates from 2 (2%) patients from Angola, 4 (6%) from Mozambique and 3 (12%) from Cape Verde. None of the isolates containing TDR mutations would be fully sensitive to the standard first-line therapeutic regimens used in these countries. Close surveillance in treated and untreated populations will be crucial to prevent further transmission of drug resistant strains and maximize the efficacy of ARV therapy. In Portugal, investigation of a seronegative case infection with rapid progression to AIDS and death revealed that the patient was infected with a CRF14_BG-like R5-tropic strain selectively transmitted by his seropositive sexual partner. The results suggest a massive infection with a highly aggressive CRF14_BG like strain and/or the presence of an unidentified immunological problem that prevented the formation of HIV-1-specific antibodies. Near full-length genomic sequences obtained from three unrelated patients enabled the first molecular and phylogenomic characterization of CRF14_BG from Portugal; all sequences were strongly related with CRF14_BG Spanish isolates. The mean date of origin of CRF14_BG was estimated to be 1992. We propose that CRF14_BG emerged in Portugal in the early 1990s, spread to Spain in late 1990s as a consequence of IDUs migration and then to the rest of Europe. Most CRF14_BG strains were predicted to use CXCR4 and were associated with rapid CD4 depletion and disease progression. Finally, we provide evidence suggesting that the X4 tropism of CRF14_BG may have resulted from convergent evolution of the V3 loop possibly driven by an effective escape from neutralizing antibody response.
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Several marine deposits in the southern Costa Brava shoreline have been studied. They appear at different heights above and below the present sea level. Three groups are defined in relation to their origin: conglomerate levels at the bottom of the cliffs, not-cementedemerged beaches and cemented submerged beaches. The age of the emerged beaches has been accurately determined by means of the ceramic content and radiocarbon dating. Chronological succession of the deposits and their stratigraphic and paleontological characteristics allow to define a sequence of the sea level changes during the latest stages of the versiliane transgression in the studied area
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Estudos sobre cinética de dessorção de potássio em solos podem contribuir para o melhor entendimento da disponibilidade desse nutriente no solo para as plantas. Este trabalho, realizado em 1993, teve por objetivos investigar a cinética de liberação de potássio em três solos do Rio Grande do Sul e comparar quatro equações para descrevê-la. O experimento utilizou amostras superficiais (0-20 cm) dos horizonte A de um vertissolo, de um podzólico e de um latossolo. A dessorção do potássio foi quantificada desde um minuto até 2.400 horas, usando-se resina trocadora de cátions (IR-120). O K trocável nos três solos foi liberado em 12 minutos de equilíbrio com a resina H-saturada. As quantidades cumulativas de potássio não-trocável liberadas dos solos decresceram, na seqüência vertissolo (436 mg kg-1 de K) > podzólico (64 mg kg-1 de K) > latossolo (46 mg kg-1 de K). A equação parabólica de difusão foi a mais apropriada para descrever a cinética de liberação do potássio não-trocável dos solos, pelo maior valor do coeficiente de correlação e pelo menor valor do erro-padrão da estimativa. As taxas de liberação do potássio não-trocável dos solos, estimadas por esta equação, foram de 2,09 x 10-2 h-1, para o vertissolo; de 1,89 x 10-2 h-1, para o podzólico, e de 0,97 x 10-2 h-1, para o latossolo.
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Objetivos: avaluar tasas de respuestas y seguridad, a las 24 semanas del inicio de tratamiento, en pacientes monoinfectados por VHC y coinfectados VIH/VHC con Telaprevir. Métodos: estudio descriptivo transversal de los pacientes mono y coinfectados (tanto “naive”, recaedores, no respondedores y respondedores parciales), tratados con Telaprevir en una Unidad de Enfermedades Infecciosas. Se recogieron los datos demográficos de cada paciente, datos analíticos, inmunológicos y virológicos así como la determinación de polimorfismo IL B28. Se recogen datos basales y a las 4, 8, 12 y 24 semanas. Resultados: un total de 43 pacientes analizados que iniciaron tratamiento con Telaprevir. Completan tratamiento hasta 12 semanas los 43, y hasta la semana 24 con Peginterferon y Rivabirina un total de 35 pacientes. Un 48% eran pacientes monoinfectados y un 51% coinfectados VIH-VHC. Un 80% eran hombres y un 20% mujeres, con una edad media de 52 años +/- 8´79. A las 12 semanas, un 76% de los pacientes monoinfectados y un 86% de los coinfectados tenían indetectable VHC, y a las 24 semanas un 86% de los monoinfectados y un 90% de los coinfectados, mantenían respuesta viral en tratamiento, sin ser estas diferencias estadísticamente significativas. De la misma forma no se encontraron diferencias estadísticamente significativas en las proporciones de efectos secundarios. Conclusiones: la efectividad y la seguridad del tratamiento con triple terapia que incluye Teleprevir en la infección crónica de VHC, son similares en pacientes monoinfectados y coinfectados.
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Descripció de la seqüència estratigràfica i dels registres paleoambientals dels sediments holocens de Sant Julià de Boada
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Es descriu la seqüència de materials travessats en un sondatge mecànic realitzat al cim del turó de Santa Maria de Roses. Es posa de manifest que aquest alt topogràfic és constituït per una successió de capes de graves amb intercalacions de nivells argilosos i arenosos. La capa més superficial és de l'holocè superior, mentre que la resta pertany al pleistocè i, segurament, ai miocè superior
Propriedades físicas do solo sob plantio direto influenciadas por calagem, preparo inicial e tráfego
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No sistema de plantio direto, a ausência de revolvimento do solo, aliada ao tráfego de máquinas, promove a compactação excessiva do solo em superfície. Com o objetivo de estudar alguns fatores que interferem na compactação do solo em plantio direto, foi realizado um experimento no município de Ponta Grossa (PR), nos anos agrícolas de 1989/1990 e 1990/1991. Comparou-se o efeito de três métodos de preparo inicial do solo - com arado de discos, aivecas e rotativo - e dois níveis de calagem sobre algumas propriedades físicas de um Latossolo Vermelho-Escuro argiloso no sistema de plantio direto com tráfego controlado. Utilizou-se a seqüência de culturas em rotação: ervilhaca, milho, aveia-preta e soja. Avaliaram-se a densidade, a porosidade do solo e o teor de água retido entre os potenciais de -0,006 e -0,5 MPa. Não houve efeito significativo da calagem sobre as propriedades físicas estudadas. Os resultados demonstraram efeitos significativos do tráfego, aumentando a densidade do solo e reduzindo a sua porosidade e o conteúdo de água retido entre aqueles potenciais. A distribuição, em profundidade, das cargas aplicadas pelo tráfego de máquinas, principalmente de colheitadeiras, foi, provavelmente, influenciada pelo volume de solo revolvido pelos diferentes sistemas de preparo inicial. Nas parcelas em que a estrutura do solo foi submetida a pressões por meio do tráfego, obteve-se redução na produtividade da soja, em comparação às áreas com ausência de tráfego, no período em que o estudo foi realizado.
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As informações sobre a disponibilidade de boro em solos do semi-árido brasileiro são escassas. Visando obter informações sobre o comportamento dos extratores de boro, foi desenvolvido um experimento em casa de vegetação, com 29 amostras superficiais (0-20 cm) de solos, coletadas em unidades de mapeamento representativas do Estado do Ceará, usando o girassol como planta indicadora. Foram usados vasos com 2,5 kg de solo e dois tratamentos de adubação com boro (0 e 1,5 mg kg-1) e três repetições por tratamento. Nos solos, foi determinado o boro solúvel, usado como índice de disponibilidade, com os extratores água quente, HCl 0,05 mol L-1 e manitol 0,05 mol L-1 + CaCl2 0,01 mol L-1. Realizaram-se dois cultivos, em seqüência e com duração de 40 dias cada. Após esse período, foi coletada a parte aérea das plantas, determinada a matéria seca, analisado o boro e calculadas as produções relativas de matéria seca e a absorção de boro pelas plantas de girassol. Os resultados mostraram a água quente como o melhor extrator do boro do solo, seguindo-se o HCl e o manitol. Os níveis críticos de boro disponível no solo para produções relativas de matéria seca superiores a 70 e 90%, respectivamente, foram de 0,24 e 0,45 mg kg-1, para a água quente; 0,28 e 0,56 mg kg-1, para o HCl, e 0,13 e 0,24 mg kg-1, para o manitol.
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Perdas de nutrientes e matéria orgânica por erosão hídrica são fortemente influenciadas pelo manejo do solo. O uso de sistema de manejo inadequado pode causar poluição e eutroficação de mananciais, aumentar os custos com adubação e provocar a degradação de agroecossistemas. As perdas de cálcio, magnésio e potássio trocáveis e solúveis, fósforo disponível e matéria orgânica por erosão foram avaliadas, entre 1988 e 1994, em Latossolo Roxo álico epieutrófico muito argiloso, com 0,03 m m-1 de declividade, em Dourados (MS), sob condições de chuva natural, em diferentes sistemas de manejo do solo. Os tratamentos, aplicados na sucessão trigo-soja, foram: (a) escarificação + gradagem niveladora, (b) gradagem pesada + niveladora; (c) plantio direto, e (d) aração com arado de discos + duas gradagens niveladoras, sem cobertura vegetal. A enxurrada foi coletada diariamente e, em laboratório, separou-se o sobrenadante (solução) do sedimento. O Ca2+, o Mg2+, o K+ e o P disponível foram determinados tanto na solução quanto no sedimento, e a matéria orgânica apenas no sedimento. Concentrações de Ca2+ e Mg2+ foram mais elevadas na solução, enquanto as de P e K+ foram maiores no sedimento. O plantio direto proporcionou a maior concentração média de P no sedimento entre os sistemas estudados; além disso, também resultou em maiores concentrações de Ca2+ em solução e taxa de enriquecimento em P no sedimento, em relação aos sistemas que envolveram preparo e cultivo de trigo-soja. Entretanto, o plantio direto foi o sistema mais eficaz no controle da erosão, perdendo as menores quantidades totais de nutrientes e de matéria orgânica. Dos sistemas que envolveram o cultivo da sucessão trigo-soja, o de gradagens (pesada + niveladora) foi o menos eficaz, ficando o sistema de escarificação + gradagem niveladora em posição intermediária. Comparado ao plantio direto, o tratamento com gradagens perdeu cerca de 6,5 vezes mais K+, 6,0 vezes mais P e matéria orgânica, 5,0 vezes mais Ca2+ e 4,0 vezes mais Mg2+. As perdas de Ca2+, Mg2+ e K+, em solução e total, e as de matéria orgânica, no sedimento, foram relacionadas com as de água e de solo e ajustadas matematicamente a um modelo potencial. As perdas de nutrientes apresentaram a seqüência: Ca2+ >K+ >Mg2+ >P.
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Em condições naturais, o solo encontra-se em equilíbrio, mas o manejo inadequado causa degradação, principalmente da fração orgânica, comprometendo a sustentabilidade de sistemas agrícolas. Este trabalho, realizado num experimento de seis anos em Argissolo Vermelho-Amarelo (Hapludalf), localizado na área experimental do Departamento de Solos da Universidade Federal de Santa Maria (RS), teve como objetivo avaliar a influência de cinco sucessões de culturas no nitrogênio do solo, sob plantio direto. Foram implantadas as sucessões de culturas ervilhaca comum (Vicia sativa )/milho (Zea mays), tremoço azul (Lupinus angustifolius)/milho, ervilha forrageira (Pisum arvense)/milho, aveia-preta (Avena strigosa)/milho e pousio/milho, associadas a duas doses de N aplicadas no milho (0 e 80 kg ha-1). O solo foi manejado em plantio direto e foram feitas avaliações dos teores de N das plantas de cobertura e dos resíduos vegetais superficiais, bem como do nitrogênio do solo (total, mineral e orgânico), em três profundidades (0-2,5; 2,5-7,5 e 7,5-17,5 cm). As avaliações das plantas de cobertura de solo no inverno foram realizadas nas subparcelas sem aplicação de N mineral. Os resultados mostraram que a introdução de plantas de cobertura de solo, sob plantio direto, durante seis anos, promoveu acúmulos significativos de nitrogênio mineral, orgânico e total no solo e apresentaram diferenças entre as sucessões de culturas, apenas na camada de 0-2,5 cm. A sucessão tremoço azul/milho destacou-se pela capacidade de promover acréscimos de nitrogênio no solo.
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Existem informações conflitantes a respeito da eficiência da aplicação superficial de calcário em sistema plantio direto, particularmente na correção da acidez do subsolo, e de critérios de recomendação de calagem para tal sistema de cultivo. Com o objetivo de avaliar a correção da acidez do solo e a produção de grãos de culturas em rotação no sistema plantio direto, considerando a aplicação de calcário na superfície, foi realizado um experimento em um Latossolo Vermelho-Escuro distrófico textura média, em Ponta Grossa (PR), no período de 1993 a 1998. Os tratamentos, dispostos em blocos completos ao acaso com três repetições, constaram de quatro doses de calcário dolomítico: 0, 2, 4 e 6 t ha-1, calculadas para elevar a saturação por bases do solo a 50, 70 e 90%. O calcário foi aplicado em julho de 1993, a lanço, na superfície do solo. Foram cultivados, na seqüência, soja (1993/94), milho (1994/95), soja (1995/96), trigo (1996), soja (1996/97), triticale (1997) e soja (1997/98). A aplicação de calcário na superfície aumentou significativamente o pH, os teores de Ca + Mg trocáveis e a saturação por bases e reduziu significativamente os teores de H + Al do solo, até a profundidade de 60 cm. Estimou-se que a máxima eficiência técnica (MET) e a econômica (MEE) ocorreriam, respectivamente, com as doses de 3,8 e 3,3 t ha-1 de calcário. A dose de calcário para MEE foi a indicada pelo método da elevação da saturação por bases do solo a 65%, para amostra coletada na profundidade de 0-20 cm, mostrando ser este critério adequado para recomendação de calagem na superfície em sistema plantio direto. Todavia, a calagem na superfície deve ser recomendada somente para solo com pH (CaCl2) inferior a 5,6 ou saturação por bases inferior a 65%, na camada de 0-5 cm.
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A erosão hídrica é uma das principais causas do empobrecimento dos solos, por causa do transporte de nutrientes. Os nutrientes são transportados pela erosão hídrica adsorvidos aos colóides do solo e, ou, solubilizados, podendo variar com o sistema de preparo do solo. Este trabalho foi desenvolvido no Campus do Centro de Ciências Agroveterinárias de Lages (SC), no período de janeiro de 1993 a outubro de 1998, com o objetivo de quantificar as perdas por erosão de fósforo, potássio, cálcio, magnésio e carbono orgânico sob chuva natural, nos seguintes sistemas de preparo: (a) aração + duas gradagens, (b) escarificação + gradagem e (c) semeadura direta executados no sentido paralelo ao declive, com rotação e sucessão de culturas nos três sistemas. Na rotação, foi utilizada a seguinte seqüência de culturas: soja, aveia preta, feijão, ervilhaca comum, milho, ervilhaca comum, soja, trigo, feijão, nabo forrageiro, milho e aveia preta e, na sucessão, trigo e soja em todos os anos. Outro tratamento constou de (d) aração + duas gradagens + solo sem cultura, preparado no sentido paralelo ao declive. Utilizou-se um Cambissolo Húmico alumínico argiloso, com 0,102 m m-1 de declividade média. A concentração de fósforo, potássio, cálcio, magnésio e carbono orgânico no solo foi, em geral, maior nos preparos conservacionistas do que nos convencionais. No entanto, a perda total dos referidos elementos foi, em geral, pouco influenciada pelos sistemas de preparo do solo, relacionando-se fracamente com as perdas de solo e água. As concentrações desses nutrientes no sedimento da erosão correlacionaram-se positivamente com as suas concentrações na camada de 0-0,025 m de profundidade do solo, apresentando uma taxa de enriquecimento próximo a um.