Approximating subtree distances between Phylogenies

We give a 5-approximation algorithm to the rooted Subtree-Prune-and-Regraft (rSPR) distance between two phylogenies, which was recently shown to be NP-complete by Bordewich and Semple [5]. This paper presents the first approximation result for this important tree distance. The algorithm follows a standard format for tree distances such as Rodrigues et al. [24] and Hein et al. [13]. The novel ideas are in the analysis. In the analysis, the cost of the algorithm uses a \cascading" scheme that accounts for possible wrong moves. This accounting is missing from previous analysis of tree distance approximation algorithms. Further, we show how all algorithms of this type can be implemented in linear time and give experimental results.

Estudi sobre recol·lectors OAI-PMH

A conseqüència de la creixent utilització del format digital en tots els àmbits és imprescindible replantejar-se les estratègies per gestionar la informació electrònica. Fins ara, les tasques essencials que la biblioteconomia associa amb la documentació són: l’edició, la preservació i la difusió. Aquestes tasques han estat acomplertes pel CESCA i pel CBUC en diversos dipòsits de contingut digital, cadascun especialitzat en un tipus d’informació concreta. D’altra banda, ampliant les ambicions d’aquests dipòsits i amb la voluntat de difondre contingut digital d’una manera més eficaç, ha aparegut la necessitat d’utilitzar noves eines per compartir i disseminar continguts. Aquest estudi aprofundeix en el coneixement sobre l’Open Archives Initiative (OAI), una iniciativa destinada a desenvolupar i promoure estàndards d’interoperativitat que facilitin la difusió eficient de continguts digitals. També s’inclouen les eines que permeten utilitzar el marc de treball que l’OAI proposa per gestionar l’intercanvi de dades entre els dipòsits, i com aquestes s’adapten a les necessitats i recursos existents.

Use and users of electronic journals at Catalan universities: the results of a survey

Es presenten els resultats d’una enquesta sobre l’ús de revistes electròniques realitzada al professorat de les universitats que formen el Consorci de Biblioteques Universitàries de Catalunya (CBUC). Els resultats mostren un elevat grau de coneixement de la col·lecció de revistes electròniques entre el personal docent i investigador i una creixent preferència pel format electrònic en detriment de l’imprès. L’alt grau de coneixement i d’ús dels títols electrònics, i la preferència per aquest suport, comporten una elevada valoració de la col·lecció de revistes electròniques. Al mateix temps, la major part dels usuaris preveu un increment de l’ús dels títols electrònics durant els propers anys. Els resultats també confirmen la importància de la disciplina i de l’edat com a factors explicatius de l’ús de les revistes electròniques.

Giving SBML support to ByoDyn

Report for the scientific stay at the California Institute of Technology during the summer of 2005. ByoDyn is a tool for simulating the dynamical expression of gene regulatory networks (GRNs) and for parameter estimation in uni- and multicellular models. A software support was carried out describing GRNs in the Systems Biology Markup Language (SBML). This one is a computer format for representing and storing computational models of biochemical pathways in software tools and databases. Supporting this format gives ByoDyn a wide range of possibilities to study the dynamical properties of multiple regulatory pathways.

Uso y usuarios de revistas electrónicas en las universidades catalanas: resultados de una encuesta

Se presentan los resultados de una encuesta sobre el uso de revistas electrónicas realizada al profesorado de las universidades que forman el Consorci de Biblioteques Universitàries de Catalunya (CBUC). Los resultados muestran un elevado grado de conocimiento de la colección de revistas electrónicas entre el personal docente e investigador y una creciente preferencia por el formato electrónico en detrimento del impreso. El alto grado de conocimiento y uso de los títulos electrónicos, y la preferencia por este soporte, comportan una elevada valoración de la colección de revistas electrónicas. Al mismo tiempo, la mayor parte de los usuarios prevén un incremento en el uso de los títulos electrónicos durante los próximos años. Los resultados también confirman la importancia de la disciplina y de la edad como factores explicativos del uso de las revistas electrónicas.

Ús i usuaris de revistes electròniques a les universitats catalanes: resultats d’una enquesta

Es presenten els resultats d’una enquesta sobre l’ús de revistes electròniques realitzada al professorat de les universitats que formen el Consorci de Biblioteques Universitàries de Catalunya (CBUC). Els resultats mostren un elevat grau de coneixement de la col·lecció de revistes electròniques entre el personal docent i investigador i una creixent preferència pel format electrònic en detriment de l’imprès. L’alt grau de coneixement i d’ús dels títols electrònics, i la preferència per aquest suport, comporten una elevada valoració de la col·lecció de revistes electròniques. Al mateix temps, la major part dels usuaris preveu un increment de l’ús dels títols electrònics durant els propers anys. Els resultats també confirmen la importància de la disciplina i de l’edat com a factors explicatius de l’ús de les revistes electròniques.

Catalan Policies and Experiences on Cooperative Repositories

The Centre de Supercomputació de Catalunya (CESCA) together with the Consorci de Biblioteques Universitàries de Catalunya (CBUC) started in 1999 a cooperative repository, named TDR, to file in digital format the full-text of the read thesis at the universities of our country to spread them worldwide in open access preserving the intellectual copyright of the authors. This became operational in 2001 and today it is a service fully consolidated not only among the Catalan universities, but also used by other Spanish universities. Since then, there are four additional cooperative repositories which have been created: RECERCAT, for research papers; RACO, for scientific, cultural and erudite Catalan magazines; PADICAT, for archiving Catalan web sites; and MDC, for Catalan digital collections of pictures, maps, posters, old magazines... These five repositories have some common characteristics: they are open access, that is, they are accessible on the internet for free; they mostly comply with the Open Archive Initiative interoperability protocol for facilitating the efficient dissemination of content; and they have been built in a cooperative manner so that it is easy to adopt common procedures and to share the repository developing and managing costs, it permits more visibility of the indexed documents throughout the search engines, and a better provision for long-term preservation can be made. In this paper we present the common policy established for the Catalan cooperative repositories, we describe the five of them briefly, and we comment on the results obtained of our 6-year experience since the first one became operational.

STMXT : sistema de transmissió de missatges a una xarxa de televisions

El projecte desenvolupat té per finalitat l’enviament de missatges de text des d’un ordinador fins a una pantalla de televisió mitjançant una transmissió sense fils, juntament amb la monitorització de la temperatura de l'espai on està instal·lat el sistema. El projecte està format per un dispositiu transmissor, un receptor i un dispositiu que tracta el senyal per mostrar-lo en una pantalla de televisió. L'aplicació disposa d'una interfície d'usuari fàcil d'utilitzar, ja que el projecte està destinat a ser manipulat per qualsevol individu. Per últim, el sistema també disposa de l'opció de poder enviar el mateix missatge a diversos dispositius receptors, una xarxa de televisions, ampliant d'aquesta manera la utilitat del projecte.

Metodologia a seguir per la reconstrucció d’imatges mèdiques i la seva transformació en geometries mallades per a l’ús computacional

Estudi elaborat a partir d’una estada a l'Imperial College of London, Gran Bretanya, entre setembre i desembre 2006. Disposar d'una geometria bona i ben definida és essencial per a poder resoldre eficientment molts dels models computacionals i poder obtenir uns resultats comparables a la realitat del problema. La reconstrucció d'imatges mèdiques permet transformar les imatges obtingudes amb tècniques de captació a geometries en formats de dades numèriques . En aquest text s'explica de forma qualitativa les diverses etapes que formen el procés de reconstrucció d'imatges mèdiques fins a finalment obtenir una malla triangular per a poder‐la processar en els algoritmes de càlcul. Aquest procés s'inicia a l'escàner MRI de The Royal Brompton Hospital de Londres del que s'obtenen imatges per a després poder‐les processar amb les eines CONGEN10 i SURFGEN per a un entorn MATLAB. Aquestes eines les han desenvolupat investigadors del Bioflow group del departament d'enginyeria aeronàutica del Imperial College of London i en l'ultim apartat del text es comenta un exemple d'una artèria que entra com a imatge mèdica i surt com a malla triangular processable amb qualsevol programari o algoritme que treballi amb malles.

Efectes de la compressió d'imatges en la generació de cartografia temàtica : avaluació en alguns casos de classificació digital

Els formats de compressió amb pèrdua permeten elevades raons de compressió amb una qualitat de la imatge notable per a raons de compressió moderades. Aquesta memòria de recerca pretén valorar la influència de la compressió amb pèrdua sobre la classificació digital sobre dos tipus d’usos del sòl (forestal i agrícola) i en dues àrees de diferents nivells de fragmentació per a cada us del sòl. L’àrea classificada augmenta a nivells de compressió elevats, especialment usant el format JPEG. L’encert de la classificació disminueix a nivells de compressió elevades. En general el format JPEG2000 dóna millors resultats que JPEG.

Polí­tiques i experiències catalanes en dipòsits col·lectius

L'any 1999, el Centre de Supercomputació de Catalunya (CESCA) va crear, conjuntament amb el Consorci de Biblioteques Universitàries de Catalunya (CBUC), un dipòsit cooperatiu anomenat Tesis Doctorals en Xarxa o TDX per emmagatzemar, en format digital, el text complet de les tesis doctorals llegides a les universitats catalanes i difondre-les arreu del món, en accés obert, tot preservant els drets de propietat intel·lectual dels autors. Aquest servei va iniciar-se l'any 2001 i avui dia està plenament consolidat, no només entre les universitats catalanes sinó també entre algunes universitats espanyoles. Des d'aleshores, s'han creat quatre dipòsits cooperatius més: el Dipòsit de la Recerca de Catalunya o RECERCAT, per a la cerca de publicacions d’investigació; Revistes Catalanes amb Accés Obert o RACO, per a revistes científiques, culturals i erudites catalanes; Patrimoni Digital de Catalunya o PADICAT, per emmagatzemar pàgines web catalanes; i Memòria Digital de Catalunya o MDC, per a col·leccions digitals catalanes de pintures, mapes, pòsters i revistes antigues, entre d'altres. Tots cinc dipòsits cooperatius comparteixen algunes característiques: són d'accés obert, és a dir, s'hi pot accedir gratuïtament des de la Xarxa; la majoria fan servir el protocol d'interoperabilitat Open Archives Initiative Protocol, que facilita la difusió eficaç dels continguts; s'han creat de manera cooperativa per tal que sigui més senzill adoptar procediments comuns i poder compartir els costos de desenvolupament i gestió del dipòsit; permeten donar més visibilitat als documents indexats gràcies als motors de cerca; i afavoreixen les condicions per preservar la informació a llarg termini. En aquest document es presenta la política comuna establerta per als dipòsits cooperatius catalans, es descriuen breument els cinc dipòsits, i es comenten els resultats obtinguts dels sis anys d'experiència des que el primer dipòsit va omençar a funcionar.

Indicadors de pressió ambiental a les platges de Menorca: prova pilot (IPAPM'pp)

L’augment del turisme experimentat des de principis dels anys 70 a l’illa de Menorca (Illes Balears, Espanya) ha provocat un impacte sobre les seves platges, el seu principal atractiu turístic. Molts d’aquests impactes s’incrementen durant la temporada alta, compresa entre els mesos de maig a octubre. L’objectiu principal d’aquest projecte és l’elaboració d’un sistema d’indicadors de pressió ambiental útils per a l’anàlisi de les platges. La zona objecte d’estudi de la prova-pilot, correspon a les platges del sud-oest de Menorca, aquestes cales són les que actualment es troben sotmeses a una major pressió. Es tracta de catorze platges tipificades en tres categories (A, B, C) segons les característiques del tipus d’espai on es troben situades. Són les platges de: Cala Degollador, Cala Blanca, Cala’n Bosch, Son Xoriguer, Son Saura-Es Banyul, Son Saura-Bellavista, Es Talaier, Cala Turqueta, Cala Macarelleta, Cala Macarella, Cala Galdana, Cala Mitjana, Cala Trebalúger i Cala Escorxada. Partint d’un treball bibliogràfic, s’ha realitzat una selecció de mig centenar d’indicadors potencials dels quals catorze han format part dels IPAPM’pp, mitjançant l’elaboració d’una anàlisi multicriteri. Per a cada un dels IPAPM’pp s’ha desenvolupat una metodologia amb les corresponents fitxes individuals descriptives per al seu seguiment temporal. En aquest primer estudi, l’indicador que presenta un nombre de valors no acceptables en una major proporció de platges, és l’indicador 3. Índex de valoració de les mesures de conservació del sistema natural, seguit de l’indicador 6. Superfície subsistema sorra per usuari. El 2006, les platges de tipologia A, presenten un major percentatge positiu de les variables dels indicadors. Les platges de tipologia B i C presenten un percentatge menor d’acceptabilitat dels valors dels indicadors.

Sistema telemètric per el sensat de temperatura

El protocol de transplants, especifica que l'òrgan a ser transplantat es conserva a una temperatura de 4ºC en el seu nucli, just després de ser extret del donant. Aquesta temperatura es manté durant el seu transport fins el destinatari. L'extracció es realitza mitjançant la isquèmia, en la qual es suspèn la circulació arterial. Un cop l'òrgan ha arribat a la destinació final i el pacient està a punt, es retira l'òrgan de la banyera de gel i es coseix en el lloc pertinent del receptor. En aquest estat, previ a la reperfusió (reactivació del rec sanguini) l'òrgan va guanyant temperatura a poc a poc per l'exposició a la temperatura ambient o del propi cos del receptor. En tot aquest procés, cal tenir controlada la temperatura de l'òrgan, ja que la isquèmia calenta el podria malmetre irreversiblement. Aquest projecte proporciona un producte per al mesurament remot de la temperatura. Està destinat a la monitorització de l'estat tèrmic dels òrgans dins el protocol de transplants explicat. El producte està format per un dispositiu transmissor, en contacte directe amb l'òrgan i un receptor connectat a un ordinador així com el seu software. La comunicació entre els aparells transmissor i receptor es realitza mitjançant radiofreqüència. L’aparell transmissor té característiques de baix cost, baix consum i petites dimensions. En el desenvolupament del projecte s'intenta en tot moment donar-hi dimensió de producte. Per això juntament amb la informació referent al producte en si, amb més caire tècnic, es mostra un breu estudi legislatiu en el capítol introductori i es realitza una valoració dels costs reals que comporta la seva fabricació.

Disseny i implementació hardware d'algorismes de reconeixement de caràcters per comptadors d'aigua

Aquest projecte consisteix en l'estudi, comparació i implementació en hardware d'algoritmes de reconeixement de caràcters per integrar en un sistema intel·ligent de captura d'imatges. Aquest sistema, integrat per una càmera amb format i característiques específiques i que anirà acoblat a un comptador d'aigua tradicional, en captarà imatges i les enviarà per RF al punt de recepció de la companyia. L'objectiu principal consisteix en aconseguir un disseny que redueixi al màxim la quantitat d'informació per transmetre, tenint en compte les limitacions de l'entorn.

"Pro crosis argenti". La plata al comtat de les Muntanyes de Prades: explotació, gestió i rendiment de les mines de Falset durant la baixa edat mitjana

L’objectiu de la recerca que s’ha dut a terme durant el període 2004-2007 ha estat analitzar les característiques territorials, senyorials i jurisdiccionals del domini format pel comtat de les Muntanyes de Prades i la baronia d’Entença i, a partir d’aquí, aprofundir en un aspecte concret d’aquesta senyoria: l’explotació minera de l’argent durant els segles XIV i XV. En aquest sentit, la recerca s’ha fonamentat en l’estudi de la documentació relacionada amb aquesta qüestió que hi ha dipositada a l’Arxiu Ducal de Medinaceli; la qual, però, s’ha pogut buidar i analitzar a través de la consulta de les còpies microfilmades que se’n conserven al Monestir de Poblet. Com a resultats principals s’ha aconseguit delimitar territorialment el comtat de les Muntanyes de Prades i baronia d’Entença i determinar-ne la titularitat jurisdiccional a mitjan segle XIV. A més, s’han establert els paràmetres que marquen i expliquen l’evolució de la normativa que regulava l’explotació minera de l’argent. I, finalment, s’ha pogut determinar que, segurament, la major part de l’argent produït a mitjan segle XIV es va obtenir a partir de minerals d’argent i argent natiu.