Candida parapsilosis complex water isolates from a haemodialysis unit: biofilm production and in vitro evaluation of the use of clinical antifungals

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Specific detection of Lettuce mosaic virus isolates belonging to the Most type

Lettuce mosaic virus (LMV)-Most isolates can infect and are seed-borne in cultivars containing the mol gene. A reverse transcription and polymerase chain reaction (RT-PCR)-based test was developed for the specific detection of LMV-Most isolates. Based on the complete genome sequences of three LMV isolates belonging respectively to the Most type, the Common type and neither of these two types, three different assays were compared: (i) presence of a diagnostic restriction site in the region of the genome encoding the variable N-terminus of the capsid protein, in the 3' end of the genome, (ii) RT-PCR using primers designed to amplify a cDNA corresponding to a portion of the P1 coding region, in the 5' end of the genome and (iii) RT-PCR using primers designed to amplify a central region of the genome. The assays were performed against a collection of 21 isolates from different geographical origins and representing the molecular variability of LMV. RT-PCR of the central region of the genome was preferred because its results are expected to be less affected by natural recombination between LMV isolates, and it allows sensitive detection of LMV-Most in situations of single as well as mixed contamination. (C) 2004 Elsevier B.V. All rights reserved.

A classification of Pepper yellow mosaic virus isolates into pathotypes

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Genetic characterization of isolates of the basidiomycete Agaricus blazei by RAPD

Determinou-se a divergência genética entre cinco isolados do fungo Agaricus blazei pela técnica de RAPD. Dos cinco isolados três não apresentaram qualquer divergência, sendo caracterizados como isolados de uma mesma origem, embora obtidos em locais diferentes do país. Outros dois isolados mostraram-se diferentes do primeiro grupo e divergentes entre si.

Controle de Botryosphaeria ribis causador de seca de ponteiro em Corymbia citriodora, com extratos vegetais e fungicidas

A seca de ponteiros é uma doença que vem acarretando danos severos em plantas de eucalipto, causando cancros ao longo do ramo principal. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de fungicidas e extratos vegetais no controle de Botryosphaeria ribis. O teste in vitro dos fungicidas foi inteiramente casualizado com oito tratamentos: carbendazim, clorotalonil, difenoconazole, picoxystrobin + ciproconazole, ciproconazole, azoxystrobin, picoxystrobin e testemunha, quatro doses: 1 µg/mL, 10 µg/mL, 100 µg/mL e 1000 µg/mL; com cinco repetições. Após homogeneização do meio foram vertidas para as placas, repicado um disco de meio de cultura contendo o patógeno para estas placas e mantidas em BOD a 25°C por cinco dias. A avaliação foi feita através de medição diária do crescimento radial do micélio em centímetros. O delineamento experimental do controle químico a campo foi em fatorial 5x3, com cinco fungicidas e três métodos de aplicação (poda, pincelado e pulverizado), com quatro repetições. Foram feitas quatro aplicações, com intervalo de quinze dias. Os tratamentos foram: 1. azoxystrobin, 2. carbendazim, 3. clorotalonil + tiofanato-metílico, 4. difenoconazole e 5. testemunha. Simultaneamente foram feitas avaliações seguindo uma escala de notas de 1 a 6. O delineamento experimental do teste in vitro dos extratos vegetais foi em fatorial 5x4, com três repetições. Os tratamentos avaliados foram os extratos de: mil folhas, melão de são caetano, eucalipto , álcool e testemunha, nas concentrações de 5, 10, 15 e 20%. Os extratos e o álcool foram misturados ao meio de cultura previamente autoclavado, sendo estes colocados em placas de Petri. A avaliação foi feita através de medição diária do crescimento radial do micélio em centímetros. No teste com mudas o delineamento experimental foi em fatorial 2 x 2 x 4, sendo utilizado no experimento de duas procedências, dois modos de tratamento (preventivo e convencional) e quatro produtos para o controle (extrato de melão de são caetano, extrato de Corymbia citriodora, álcool e água). A inoculação do patógeno foi feita no caule das mudas. Foram feitas aplicações dos produtos e avaliações semanais. A avaliação foi feita através da contagem de plantas doentes. O ingrediente ativo carbendazin foi o que mostrou os melhores resultados in vitro diferindo estatísticamente dos outros tratamentos pelo teste Tukey a 1% de probabilidade; seguido pelo clorotalonil e difenoconazole. Todos os ingredientes ativos avaliados mostraram-se superiores a testemunha. A campo, azoxystrobin foi superior aos demais tratamentos e não houve diferença significativa entre os métodos de aplicação. In vitro, os extratos de mil folhas, melão e eucalipto não diferiram entre si pelo teste de Tukey a 5% de probabilidade. O álcool proporcionou a maior inibição do crescimento micelial e diferiu estatisticamente dos outros tratamentos utilizados. As concentrações de 10, 15 e 20% dos extratos não diferiram entre si, mas foram superiores a concentração de 5%. No teste em mudas, a aplicação preventiva mostrou-se superior a aplicação curativa, sendo que o álcool e o extrato de C. citriodora não diferiram entre si, mas foram superiores ao extrato de melão-de-são-caetano. Todos os produtos foram superiores a testemunha.

Molecular and biological characterization of Lettuce mosaic virus (LMV) isolates reveals a distinct and widespread type of resistance-breaking isolate: LMV-Most

Lettuce mosaic virus (LMV) causes an economically important seedborne and aphid-transmitted disease of lettuce and ornamental crops worldwide. The genetic diversity among 73 LMV isolates was examined based on a 216-nucleotide sequence at the variable region encoding the NIb-coat protein junction, Three clusters of LMV isolates were distinguished: LMV-Yar, LMV-Greck, and LMV-RoW. In the latter cluster, two subgroups of isolates, LMV-Common and LMV-Most, accounted for a large proportion of the LMV isolates analyzed. These two subgroups included the seedborne isolates, consistent with this property contributing a selective advantage and resulting in widespread distribution. In addition to being seedborne, LMV-Most isolates overcome the two resistance genes commonly used in lettuce, mol(1) and mol(2), and thus represent a potential threat to lettuce cultivation. The complete sequence of an LMV-Most isolate (LMV-AF199) was determined, allowing a better definition of the genetic relationships among LMV-Most, LMV-Common, and an additional isolate of the LMV-RoW cluster.

Molecular characterization of two Brazilian isolates of Lettuce mosaic virus with distinct biological properties

Efetuou-se a clonagem e seqüenciamento do gene que codifica a proteína capsidial de dois isolados do vírus do mosaico da alface (Lettuce mosaic virus, LMV) provenientes do estado de São Paulo, previamente caracterizados como pertencentes aos patótipos II (AF198, incapaz de infetar cultivares com os genes de resistência mo1¹ ou mo1²) e IV (AF199, capaz de quebrar a resistência propiciada pelos genes mo1¹ e mo1²), com base na virulência em cultivares diferenciadoras. Análise comparativa das seqüências de nucleotídeos de isolados provenientes da Europa, América do Norte, Oriente Médio e os dois isolados brasileiros não permitiu sua separação em estirpes, pois as porcentagens de homologia foram sempre superiores a 95%. Entretanto, análise filogenética dos isolados sugere uma origem comum entre o isolado AF-198 e os isolados LMV-R e LMV-0 (patótipo II, provenientes dos Estados Unidos e da França, respectivamente). O isolado AF199 apresentou uma alta homologia de seqüência com os isolados LMV-Aud e LMV-13, ambos provenientes da França. Esses isolados também são relacionados a isolados provenientes do Chile, embora uma origem comum não seja proposta. Eventos independentes de mutação podem estar ocorrendo em diferentes partes do mundo, propiciando o surgimento de novas estirpes de LMV capazes de quebrar a resistência conferida pelos genes mo1¹ e mo1².

Structural characterization of Botryosphaeran: a (1 -> 3;1 -> 6)-beta-D-glucan produced by the ascomyceteous fungus, Botryosphaeria sp.

The exopolysaccharide, Botryosphaeran, produced by the ligninolytic, ascomycetcous fungus Botryosphaeria sp., was isolated from the extracellular fluid by precipitation with ethanol, and purified by gel permeation chromatography to yield a carbohydrate-rich fraction (96%) composed mainly of glucose (98%). Infra-red and C-13 NMR spectroscopy showed that all the glucosidic linkages were in the beta-configuration. Data from methylation analysis and Smith degradation indicated that Botryosphaeran was a (1 --> 3)-beta-(D)-glucan with approx 22% side branching at C-6. The products obtained from partial acid hydrolysis demonstrated that the side branches consisted of single (1 --> 6)-beta-linked glucosyl, and (1 --> 6)-beta-linked gentiobiosyl residues.[GRAPHICS](C) 2003 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Comparison of Botryosphaeran production by the ascomyceteous fungus Botryosphaeria sp., grown on different carbohydrate carbon sources, and their partial structural features

The influence of glucose concentration and other carbohydrates (monosaccharides: fructose, galactose, mannose; polyols: mannitol and sorbitol; disaccharides: lactose, sucrose and commercial sucrose; and industrial sugarcane molasses) were compared as sole carbon sources for the production of Botryosphaeran, an exopolysaccharide (EPS) produced by Botryosphaeria sp. The optimum glucose concentration for EPS production was 50 g 1(-1). With the exception of mannitol, the fungus produced EPS on all carbon sources studied, with highest yields occurring with sucrose followed by glucose. All EPS showed exclusively glucose after acid hydrolysis and monosaccharide analysis. FTIR spectroscopy demonstrated the presence of beta-anomers indicating that all the EPS produced by Botryosphaeria sp. on the different carbon sources were essentially of the beta-D-glucan type.

Thermal studies on protein isolates of white lupin seeds (Lupinus albus)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Drug resistance in Mycobacterium tuberculosis clinical isolates from Brazil: Phenotypic and genotypic methods

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Evaluation of four molecular typing Methodologies as tools for determining taxonomy relations and for identifying. species among Yersinia isolates

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Molecular typing and antifungal susceptibility of clinical sequential isolates of Cryptococcus neoformans from São Paulo State, Brazil

The antifungal susceptibility profiles and the genetic variability of 83 sequential clinical isolates of Cryptococcus neoformans, including four Cryptococcus gattii isolates, obtained from 38 São Paulo AIDS patients with cryptococcal meningitis were assessed by electrophoretic karyotyping and random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. The majority of the Cryptococcus neoformans isolates were highly susceptible to amphotericin B and fluconazole. Twenty percent of the minimum inhibitory concentration values for amphotericin B varied from 0.5 to 1 mu g mL(-1). For fluconazole, 22% occurred in the range 8-16 mu g mL(-1). Sequential isolates from nine patients showed a trend towards lower susceptibility to fluconazole, flucytosine, itraconazole and amphotericin B. The results of molecular typing by electrophoretic karyotyping and RAPD analysis showed the presence of 22 electrophoretic karyotypes (EK) and 15 RAPD profiles that were highly correlated. Our results provided evidence for the occurrence of genetic changes in some strains associated with microevolution during the course of infection. We also observed both microevolution and simultaneous coinfection with two distinct Cryptococcus neoformans strains in one patient. In some patients, we found changed EK- and RAPD patterns in association with increased MIC values.