GPU implementation of the simplex identification via split augmented Lagrangian

Hyperspectral imaging can be used for object detection and for discriminating between different objects based on their spectral characteristics. One of the main problems of hyperspectral data analysis is the presence of mixed pixels, due to the low spatial resolution of such images. This means that several spectrally pure signatures (endmembers) are combined into the same mixed pixel. Linear spectral unmixing follows an unsupervised approach which aims at inferring pure spectral signatures and their material fractions at each pixel of the scene. The huge data volumes acquired by such sensors put stringent requirements on processing and unmixing methods. This paper proposes an efficient implementation of a unsupervised linear unmixing method on GPUs using CUDA. The method finds the smallest simplex by solving a sequence of nonsmooth convex subproblems using variable splitting to obtain a constraint formulation, and then applying an augmented Lagrangian technique. The parallel implementation of SISAL presented in this work exploits the GPU architecture at low level, using shared memory and coalesced accesses to memory. The results herein presented indicate that the GPU implementation can significantly accelerate the method's execution over big datasets while maintaining the methods accuracy.

UltramicroELISA para la deteccion de anticuerpos IgM al Mycobacterium leprae utilizando muestras de sangre seca

En este trabajo se establecen las condiciones optimas para la detección de anticuerpos IgM al glicolipido fenólico-I (GF-I) en muestras de sangre en papel de filtro utilizando el UltramicroELISA HANSEN y la tecnologia SUMA. Se estudiaron 300 donantes de sangre y 58 pacientes leprosos. Para estas dos poblaciones se compararon los resultados de muestras de sangre seca colectadas en papel de filtro SS-2992 con los de suero, y se obtuvo una correlación de 0.919 para donantes de sangre, 0.969 para pacientes y 0.954 para el total de las dos poblaciones. Se obtuvo una coincidencia de 98% en pacientes y 96% en donantes. En la población de pacientes la sensibilidad fue de 93% y la especificidad de 100% para las muestras de sangre seca evaluadas por el UMELISA HANSEN, con respecto a las muestras de suero analizadas por esta misma tecnica.

Parallel hyperspectral unmixing method via split augmented lagrangian on GPU

One of the main problems of hyperspectral data analysis is the presence of mixed pixels due to the low spatial resolution of such images. Linear spectral unmixing aims at inferring pure spectral signatures and their fractions at each pixel of the scene. The huge data volumes acquired by hyperspectral sensors put stringent requirements on processing and unmixing methods. This letter proposes an efficient implementation of the method called simplex identification via split augmented Lagrangian (SISAL) which exploits the graphics processing unit (GPU) architecture at low level using Compute Unified Device Architecture. SISAL aims to identify the endmembers of a scene, i.e., is able to unmix hyperspectral data sets in which the pure pixel assumption is violated. The proposed implementation is performed in a pixel-by-pixel fashion using coalesced accesses to memory and exploiting shared memory to store temporary data. Furthermore, the kernels have been optimized to minimize the threads divergence, therefore achieving high GPU occupancy. The experimental results obtained for the simulated and real hyperspectral data sets reveal speedups up to 49 times, which demonstrates that the GPU implementation can significantly accelerate the method's execution over big data sets while maintaining the methods accuracy.

Hyperspectral unmixing algorithm via dependent component analysis

This paper introduces a new method to blindly unmix hyperspectral data, termed dependent component analysis (DECA). This method decomposes a hyperspectral images into a collection of reflectance (or radiance) spectra of the materials present in the scene (endmember signatures) and the corresponding abundance fractions at each pixel. DECA assumes that each pixel is a linear mixture of the endmembers signatures weighted by the correspondent abundance fractions. These abudances are modeled as mixtures of Dirichlet densities, thus enforcing the constraints on abundance fractions imposed by the acquisition process, namely non-negativity and constant sum. The mixing matrix is inferred by a generalized expectation-maximization (GEM) type algorithm. This method overcomes the limitations of unmixing methods based on Independent Component Analysis (ICA) and on geometrical based approaches. The effectiveness of the proposed method is illustrated using simulated data based on U.S.G.S. laboratory spectra and real hyperspectral data collected by the AVIRIS sensor over Cuprite, Nevada.

Via algaliada versus mudança de bitola dos eixos do material circulante

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Civil

Pré-processamento e Tag automático de imagens em ambiente móvel e web, aplicado a um sistema de informação geográfica

No panorama socioeconómico atual, a contenção de despesas e o corte no financiamento de serviços secundários consumidores de recursos conduzem à reformulação de processos e métodos das instituições públicas, que procuram manter a qualidade de vida dos seus cidadãos através de programas que se mostrem mais eficientes e económicos. O crescimento sustentado das tecnologias móveis, em conjunção com o aparecimento de novos paradigmas de interação pessoa-máquina com recurso a sensores e sistemas conscientes do contexto, criaram oportunidades de negócio na área do desenvolvimento de aplicações com vertente cívica para indivíduos e empresas, sensibilizando-os para a disponibilização de serviços orientados ao cidadão. Estas oportunidades de negócio incitaram a equipa do projeto a desenvolver uma plataforma de notificação de problemas urbanos baseada no seu sistema de informação geográfico para entidades municipais. O objetivo principal desta investigação foca a idealização, conceção e implementação de uma solução completa de notificação de problemas urbanos de caráter não urgente, distinta da concorrência pela facilidade com que os cidadãos são capazes de reportar situações que condicionam o seu dia-a-dia. Para alcançar esta distinção da restante oferta, foram realizados diversos estudos para determinar características inovadoras a implementar, assim como todas as funcionalidades base expectáveis neste tipo de sistemas. Esses estudos determinaram a implementação de técnicas de demarcação manual das zonas problemáticas e reconhecimento automático do tipo de problema reportado nas imagens, ambas desenvolvidas no âmbito deste projeto. Para a correta implementação dos módulos de demarcação e reconhecimento de imagem, foram feitos levantamentos do estado da arte destas áreas, fundamentando a escolha de métodos e tecnologias a integrar no projeto. Neste contexto, serão apresentadas em detalhe as várias fases que constituíram o processo de desenvolvimento da plataforma, desde a fase de estudo e comparação de ferramentas, metodologias, e técnicas para cada um dos conceitos abordados, passando pela proposta de um modelo de resolução, até à descrição pormenorizada dos algoritmos implementados. Por último, é realizada uma avaliação de desempenho ao par algoritmo/classificador desenvolvido, através da definição de métricas que estimam o sucesso ou insucesso do classificador de objetos. A avaliação é feita com base num conjunto de imagens de teste, recolhidas manualmente em plataformas públicas de notificação de problemas, confrontando os resultados obtidos pelo algoritmo com os resultados esperados.

A gemelaridade entre a reportagem literária de Miguel Sousa Tavares e a literatura de viagens : a clarificação do Eu através da revelação do Outro como via de aquisição da experiência

Tese de Mestrado em Ciências da Comunicação, Estudos dos Media e Jornalismo

Synthesis of biodiesel from wastes of food industry via direct transesterification with methanol/carbon dioxide mixtures

Dissertation presented at Faculdade de Ciências e Tecnologia from Universidade Nova de Lisboa to obtain the degree of Master in Chemical and Biochemical Engineering

Produção de bioetanol a partir da microalga Scenedesmus obliquus

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Energia e Bioenergia

Utilização do processador Cell para o processamento de dados obtidos por tomografia aplicada a materiais compósitos

Dissertação de Mestrado em Engenharia Informática

Acetyl-L-Carnitine Prevents Methamphetamine-Induced Structural Damage on Endothelial Cells via ILK-Related MMP-9 Activity

Methamphetamine (METH) is a potent psychostimulant highly used worldwide. Recent studies evidenced the involvement of METH in the breakdown of the blood-brain-barrier (BBB) integrity leading to compromised function. The involvement of the matrix metalloproteinases (MMPs) in the degradation of the neurovascular matrix components and tight junctions (TJs) is one of the most recent findings in METH-induced toxicity. As BBB dysfunction is a pathological feature of many neurological conditions, unveiling new protective agents in this field is of major relevance. AcetylL-carnitine (ALC) has been described to protect the BBB function in different paradigms, but the mechanisms underling its action remain mostly unknown. Here, the immortalized bEnd.3 cell line was used to evaluate the neuroprotective features of ALC in METH-induced damage. Cells were exposed to ranging concentrations of METH, and the protective effect of ALC 1 mM was assessed 24 h after treatment. F-actin rearrangement, TJ expression and distribution, and MMPs activity were evaluated. Integrin-linked kinase (ILK) knockdown cells were used to assess role of ALC in ILK mediated METHtriggered MMPs’ activity. Our results show that METH led to disruption of the actin filaments concomitant with claudin-5 translocation to the cytoplasm. These events were mediated by MMP-9 activation in association with ILK overexpression. Pretreatment with ALC prevented METH-induced activation of MMP-9, preserving claudin-5 location and the structural arrangement of the actin filaments. The present results support the potential of ALC in preserving BBB integrity, highlighting ILK as a new target for the ALC therapeutic use.

Estratégias de alimentação para a optimização do processo de produção de PHAs por via bacteriana

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Química e Bioquímica

Nitrite biosensing via selective enzymes—a long but promising route

Sensors 2010, 10, 11530-11555

Metodologias de pós-processamento em ensaios de determinação da rigidez em misturas betuminosas

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Civil

Projecto de Instalação de Processamento de Material Feldspático. Caso de Estudo:Argemela

Feldspato é o nome dado a uma importante família de minerais, do grupo dos tectossilicatos, que compõem o material rochoso de mais de 60% da crusta terrestre. Estes minerais são constituintes essenciais da maior parte das rochas cristalinas e a sua importância é tal que o seu estudo constitui um capítulo fundamental da petrografia. Dada a sua grande incidência na crusta terrestre, os feldspatos ocorrem em diversos cenários geológicos, desde os depósitos pegmatitos, aos aplitos, granitos, sienitos nefelínicos e ainda areias feldspáticas. As suas características químicas, físicas e mineralógicas fazem com que este grupo de minerais esteja presente nas mais diversificadas indústrias, tais como a vidreira, cerâmica, tintas, borrachas, plásticos, abrasivos ligeiros, elétrodos de soldadura, entre outros. Em Portugal, as principais unidades produtoras de feldspatos encontram‐se distribuídas pelo Norte e Centro do país, mais concretamente pelos distritos de Viana do Castelo, Braga, Vila Real, Porto, Viseu e Guarda. Novos estudos geológicos acompanhados de prospeções, nomeadamente na região do maciço central, têm sido efetuados com vista à descoberta de novos depósitos com potencial para exploração deste importante mineral. O depósito aplítico da Argemela, no concelho do Fundão apresenta‐se como um depósito cujas dimensões e qualidade apresentadas indicam a possibilidade de exploração. Nesse sentido, o presente trabalho consiste em analisar e caracterizar os materiais presentes na quele depósito mineral, tendo em vista a respectiva aplicação industrial, e posteriormente propor uma instalação de processamento do material para que o mesmo seja comercializado. Também será objeto deste trabalho a análise da viabilidade económica do projeto, mais concretamente fazendo a previsão do investimento inicial de modo a somar os custos de produção correntes e avaliar o retorno com base na comercialização do material no modo “Ex Works”.