Desenvolupament d’una biblioteca per a la generació de diagrames vectorials basat en l’entorn gràfic de JAVA2D i aplicació d’aquesta biblioteca per a la implementació d’una eina per al desenvolupament de diagrames d’E/R

En aquest projecte es vol implementar una llibreria en Java, que proporcioni leseines necessàries per a crear diagrames i esquemes. Es vol proporcionar a la llibreria unconjunt d’objectes bàsics, també mètodes i funcionalitats suficients per a gestionaraquests objectes. Per altra part, es vol implementar una aplicació per a dissenyar diagrames Entitat-Relació que utilitzi aquesta llibreria

MyHits: improvements to an interactive resource for analyzing protein sequences.

The MyHits web site (http://myhits.isb-sib.ch) is an integrated service dedicated to the analysis of protein sequences. Since its first description in 2004, both the user interface and the back end of the server were improved. A number of tools (e.g. MAFFT, Jacop, Dotlet, Jalview, ESTScan) were added or updated to improve the usability of the service. The MySQL schema and its associated API were revamped and the database engine (HitKeeper) was separated from the web interface. This paper summarizes the current status of the server, with an emphasis on the new services.

Unfolding a symmetric matrix

Graphical displays which show inter--sample distances are importantfor the interpretation and presentation of multivariate data. Except whenthe displays are two--dimensional, however, they are often difficult tovisualize as a whole. A device, based on multidimensional unfolding, isdescribed for presenting some intrinsically high--dimensional displays infewer, usually two, dimensions. This goal is achieved by representing eachsample by a pair of points, say $R_i$ and $r_i$, so that a theoreticaldistance between the $i$-th and $j$-th samples is represented twice, onceby the distance between $R_i$ and $r_j$ and once by the distance between$R_j$ and $r_i$. Self--distances between $R_i$ and $r_i$ need not be zero.The mathematical conditions for unfolding to exhibit symmetry are established.Algorithms for finding approximate fits, not constrained to be symmetric,are discussed and some examples are given.

Dynamic perceptual mapping

Perceptual maps have been used for decades by market researchers to illuminatethem about the similarity between brands in terms of a set of attributes, to position consumersrelative to brands in terms of their preferences, or to study how demographic and psychometricvariables relate to consumer choice. Invariably these maps are two-dimensional and static. Aswe enter the era of electronic publishing, the possibilities for dynamic graphics are opening up.We demonstrate the usefulness of introducing motion into perceptual maps through fourexamples. The first example shows how a perceptual map can be viewed in three dimensions,and the second one moves between two analyses of the data that were collected according todifferent protocols. In a third example we move from the best view of the data at the individuallevel to one which focuses on between-group differences in aggregated data. A final exampleconsiders the case when several demographic variables or market segments are available foreach respondent, showing an animation with increasingly detailed demographic comparisons.These examples of dynamic maps use several data sets from marketing and social scienceresearch.

Implementing interactive computing in an object-oriented environment

Statistical computing when input/output is driven by a Graphical User Interface is considered. A proposal is made for automatic control ofcomputational flow to ensure that only strictly required computationsare actually carried on. The computational flow is modeled by a directed graph for implementation in any object-oriented programming language with symbolic manipulation capabilities. A complete implementation example is presented to compute and display frequency based piecewise linear density estimators such as histograms or frequency polygons.

iLOGP: A Simple, Robust, and Efficient Description of n-Octanol/Water Partition Coefficient for Drug Design Using the GB/SA Approach.

The n-octanol/water partition coefficient (log Po/w) is a key physicochemical parameter for drug discovery, design, and development. Here, we present a physics-based approach that shows a strong linear correlation between the computed solvation free energy in implicit solvents and the experimental log Po/w on a cleansed data set of more than 17,500 molecules. After internal validation by five-fold cross-validation and data randomization, the predictive power of the most interesting multiple linear model, based on two GB/SA parameters solely, was tested on two different external sets of molecules. On the Martel druglike test set, the predictive power of the best model (N = 706, r = 0.64, MAE = 1.18, and RMSE = 1.40) is similar to six well-established empirical methods. On the 17-drug test set, our model outperformed all compared empirical methodologies (N = 17, r = 0.94, MAE = 0.38, and RMSE = 0.52). The physical basis of our original GB/SA approach together with its predictive capacity, computational efficiency (1 to 2 s per molecule), and tridimensional molecular graphics capability lay the foundations for a promising predictor, the implicit log P method (iLOGP), to complement the portfolio of drug design tools developed and provided by the SIB Swiss Institute of Bioinformatics.

Comparing and validating hypothesis test procedures: Graphical and numerical tools

When the behaviour of a specific hypothesis test statistic is studied by aMonte Carlo experiment, the usual way to describe its quality is by givingthe empirical level of the test. As an alternative to this procedure, we usethe empirical distribution of the obtained \emph{p-}values and exploit itsinformation both graphically and numerically.

Performance evaluation of MPEG-4 Video encoder on Adres

Actualment un típic embedded system (ex. telèfon mòbil) requereix alta qualitat per portar a terme tasques com codificar/descodificar a temps real; han de consumir poc energia per funcionar hores o dies utilitzant bateries lleugeres; han de ser el suficientment flexibles per integrar múltiples aplicacions i estàndards en un sol aparell; han de ser dissenyats i verificats en un període de temps curt tot i l’augment de la complexitat. Els dissenyadors lluiten contra aquestes adversitats, que demanen noves innovacions en arquitectures i metodologies de disseny. Coarse-grained reconfigurable architectures (CGRAs) estan emergent com a candidats potencials per superar totes aquestes dificultats. Diferents tipus d’arquitectures han estat presentades en els últims anys. L’alta granularitat redueix molt el retard, l’àrea, el consum i el temps de configuració comparant amb les FPGAs. D’altra banda, en comparació amb els tradicionals processadors coarse-grained programables, els alts recursos computacionals els permet d’assolir un alt nivell de paral•lelisme i eficiència. No obstant, els CGRAs existents no estant sent aplicats principalment per les grans dificultats en la programació per arquitectures complexes. ADRES és una nova CGRA dissenyada per I’Interuniversity Micro-Electronics Center (IMEC). Combina un processador very-long instruction word (VLIW) i un coarse-grained array per tenir dues opcions diferents en un mateix dispositiu físic. Entre els seus avantatges destaquen l’alta qualitat, poca redundància en les comunicacions i la facilitat de programació. Finalment ADRES és un patró enlloc d’una arquitectura concreta. Amb l’ajuda del compilador DRESC (Dynamically Reconfigurable Embedded System Compile), és possible trobar millors arquitectures o arquitectures específiques segons l’aplicació. Aquest treball presenta la implementació d’un codificador MPEG-4 per l’ADRES. Mostra l’evolució del codi per obtenir una bona implementació per una arquitectura donada. També es presenten les característiques principals d’ADRES i el seu compilador (DRESC). Els objectius són de reduir al màxim el nombre de cicles (temps) per implementar el codificador de MPEG-4 i veure les diferents dificultats de treballar en l’entorn ADRES. Els resultats mostren que els cícles es redueixen en un 67% comparant el codi inicial i final en el mode VLIW i un 84% comparant el codi inicial en VLIW i el final en mode CGA.

Programa d'anàlisi d'imatges de provetes metal·logràfiques

L’objectiu del present TFM és explorar les possibilitats del programa matemàtic MATLAB i la seva eina Entorn de Disseny d’Interfícies Gràfiques d’Usuari (GUIDE), desenvolupant un programa d’anàlisi d’imatges de provetes metal·logràfiques que es pugui utilitzar per a realitzar pràctiques de laboratori de l’assignatura Tecnologia de Materials de la titulació de Grau en Enginyeria Mecatrònica que s’imparteix a la Universitat de Vic. Les àrees d’interès del treball són la Instrumentació Virtual, la programació MATLAB i les tècniques d’anàlisi d’imatges metal·logràfiques. En la memòria es posa un èmfasi especial en el disseny de la interfície i dels procediments per a efectuar les mesures. El resultat final és un programa que satisfà tots els requeriments que s’havien imposat en la proposta inicial. La interfície del programa és clara i neta, destinant molt espai a la imatge que s’analitza. L’estructura i disposició dels menús i dels comandaments ajuda a que la utilització del programa sigui fàcil i intuïtiva. El programa s’ha estructurat de manera que sigui fàcilment ampliable amb altres rutines de mesura, o amb l’automatització de les rutines existents. Al tractar-se d’un programa que funciona com un instrument de mesura, es dedica un capítol sencer de la memòria a mostrar el procediment de càlcul dels errors que s’ocasionen durant la seva utilització, amb la finalitat de conèixer el seu ordre de magnitud, i de saber-los calcular de nou en cas que variïn les condicions d’utilització. Pel que fa referència a la programació, malgrat que MATLAB no sigui un entorn de programació clàssic, sí que incorpora eines que permeten fer aplicacions no massa complexes, i orientades bàsicament a gràfics o a imatges. L’eina GUIDE simplifica la realització de la interfície d’usuari, malgrat que presenta problemes per tractar dissenys una mica complexos. Per altra banda, el codi generat per GUIDE no és accessible, cosa que no permet modificar manualment la interfície en aquells casos en els que GUIDE té problemes. Malgrat aquests petits problemes, la potència de càlcul de MATLAB compensa sobradament aquestes deficiències.

La Multi-metodología Autobiográfica Extendida (MAE). Una estrategia cualitativa para estudiar la identidad, los fondos de conocimiento y las formas de vida

La multi-metodología autobiográfica es una aproximación cualitativa que combina distintas técnicas para estudiar la construcción narrativa de la identidad. El objetivo de este artículo es ofrecer una revisión de dicho enfoque a partir de una expansión de los distintos instrumentos cualitativos utilizados. Más concretamente, la multi-metodología autobiográfica extendida (MAE) consta de cuatro grupos de técnicas: entrevistas en profundidad (historia de vida, entrevista de fondos de conocimiento y la entrevista de Durand), el retrato o dibujo identitario revisado (dibujo identitario, auto-definición, tarea identitaria de las diez definiciones), el análisis de los artefactos-rutinas-formas de vida (diario de una semana, detección de artefactos, rutinas a través de fotografías, rutinas educativas a través de fotografías ) y la utilización de distintos “mapas psicológicos o psicogeográficos” (cronograma, genograma, ecomapa, geomapa y mapa relacional). Después de definir la identidad, los fondos de conocimiento y las formas de vida como posibles objetos de estudio en ciencias sociales, el artículo describe e ilustra las distintas técnicas que componen la metodología propuesta. Se concluye recomendando la triangulación de técnicas cualitativas narrativas basadas en el lenguaje, el caso de las tradicionales entrevistas en profundidad, con determinados procedimientos visuales, a partir de la utilización de fotografías o representaciones gráficas

The effects of physiologically plausible connectivity structure on local and global dynamics in large scale brain models.

Functionally relevant large scale brain dynamics operates within the framework imposed by anatomical connectivity and time delays due to finite transmission speeds. To gain insight on the reliability and comparability of large scale brain network simulations, we investigate the effects of variations in the anatomical connectivity. Two different sets of detailed global connectivity structures are explored, the first extracted from the CoCoMac database and rescaled to the spatial extent of the human brain, the second derived from white-matter tractography applied to diffusion spectrum imaging (DSI) for a human subject. We use the combination of graph theoretical measures of the connection matrices and numerical simulations to explicate the importance of both connectivity strength and delays in shaping dynamic behaviour. Our results demonstrate that the brain dynamics derived from the CoCoMac database are more complex and biologically more realistic than the one based on the DSI database. We propose that the reason for this difference is the absence of directed weights in the DSI connectivity matrix.

Panoràmica dels sistemes de gestió de biblioteques al segle XXI

In the past decade, a number of trends have come together in the general sphere of computing that have profoundly affected libraries. The popularisation of the Internet, the appearance of open and interoperable systems, the improvements within graphics and multimedia, and the generalised installation of LANs are some of the events of the period. Taken together, the result has been that libraries have undergone an important functional change, representing the switch from simple information depositories to information disseminators. Integrated library management systems have not remained unaffected by this transformation and those that have not adapted to the new technological surroundings are now referred to as legacy systems. The article describes the characteristics of systems existing in today's market and outlines future trends that, according to various authors, include the disappearance of the integrated library management systems that have traditionally been sold.

Broadening the horizon--level 2.5 of the HUPO-PSI format for molecular interactions.

BACKGROUND: Molecular interaction Information is a key resource in modern biomedical research. Publicly available data have previously been provided in a broad array of diverse formats, making access to this very difficult. The publication and wide implementation of the Human Proteome Organisation Proteomics Standards Initiative Molecular Interactions (HUPO PSI-MI) format in 2004 was a major step towards the establishment of a single, unified format by which molecular interactions should be presented, but focused purely on protein-protein interactions. RESULTS: The HUPO-PSI has further developed the PSI-MI XML schema to enable the description of interactions between a wider range of molecular types, for example nucleic acids, chemical entities, and molecular complexes. Extensive details about each supported molecular interaction can now be captured, including the biological role of each molecule within that interaction, detailed description of interacting domains, and the kinetic parameters of the interaction. The format is supported by data management and analysis tools and has been adopted by major interaction data providers. Additionally, a simpler, tab-delimited format MITAB2.5 has been developed for the benefit of users who require only minimal information in an easy to access configuration. CONCLUSION: The PSI-MI XML2.5 and MITAB2.5 formats have been jointly developed by interaction data producers and providers from both the academic and commercial sector, and are already widely implemented and well supported by an active development community. PSI-MI XML2.5 enables the description of highly detailed molecular interaction data and facilitates data exchange between databases and users without loss of information. MITAB2.5 is a simpler format appropriate for fast Perl parsing or loading into Microsoft Excel.