Algorithmes de construction et correction d'arbres de gènes par la réconciliation

Les gènes, qui servent à encoder les fonctions biologiques des êtres vivants, forment l'unité moléculaire de base de l'hérédité. Afin d'expliquer la diversité des espèces que l'on peut observer aujourd'hui, il est essentiel de comprendre comment les gènes évoluent. Pour ce faire, on doit recréer le passé en inférant leur phylogénie, c'est-à-dire un arbre de gènes qui représente les liens de parenté des régions codantes des vivants. Les méthodes classiques d'inférence phylogénétique ont été élaborées principalement pour construire des arbres d'espèces et ne se basent que sur les séquences d'ADN. Les gènes sont toutefois riches en information, et on commence à peine à voir apparaître des méthodes de reconstruction qui utilisent leurs propriétés spécifiques. Notamment, l'histoire d'une famille de gènes en terme de duplications et de pertes, obtenue par la réconciliation d'un arbre de gènes avec un arbre d'espèces, peut nous permettre de détecter des faiblesses au sein d'un arbre et de l'améliorer. Dans cette thèse, la réconciliation est appliquée à la construction et la correction d'arbres de gènes sous trois angles différents: 1) Nous abordons la problématique de résoudre un arbre de gènes non-binaire. En particulier, nous présentons un algorithme en temps linéaire qui résout une polytomie en se basant sur la réconciliation. 2) Nous proposons une nouvelle approche de correction d'arbres de gènes par les relations d'orthologie et paralogie. Des algorithmes en temps polynomial sont présentés pour les problèmes suivants: corriger un arbre de gènes afin qu'il contienne un ensemble d'orthologues donné, et valider un ensemble de relations partielles d'orthologie et paralogie. 3) Nous montrons comment la réconciliation peut servir à "combiner'' plusieurs arbres de gènes. Plus précisément, nous étudions le problème de choisir un superarbre de gènes selon son coût de réconciliation.

"The Emperor of the Moon" (1687) d'Aphra Behn : contribution dramatique au débat scientifique et littéraire sur la pluralité des mondes

International audience

Políticas de geração distribuída e sustentabilidade do sistema elétrico

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Centro de Desenvolvimento Sustentável, 2015.

Sex, culpability, and the defence of provocation

The partial defence of provocation is one of the most controversial doctrines within the criminal law. It has now been abolished in a number of international jurisdictions. Addressing the trajectory of debates about reform of the provocation defence across different jurisdictions, Sex, Culpability and the Defence of Provocation considers the construction and representation of subjectivity and sexual difference in legal narrations of intimate partner homicide. Undeniably, the most vexing exculpatory cultural narrative of our times is that of a woman 'asking for it'. This book explores how the process of judgment in a criminal trial involves not only the drawing of inferences from the facts of a particular case, but also operates to deliver a narrative. Law, it is argued, constructs a narrative of how the female body incites male violence. And, pursuing an approach that is informed by socio-legal studies, literary theory and feminist theories of the body, Sex, Culpability and the Defence of Provocation considers how this narrative is constructed via a range of discursive practices that position woman as a threat to masculine norms of propriety and autonomy. Once we have a clear understanding of the significance of narrative in legal decision-making, we can then formulate textual strategies of resistance to the violence of law's victim-blaming narratives by rewriting them.

Anomalies immunitaires chez les enfants exposés au VIH mais non infectés.

La thérapie antirétrovirale prévient la transmission mère-enfant du VIH dans plus de 98% des cas lorsqu’administrée pendant la grossesse, le travail et au nouveau-né. L’accessibilité à la thérapie antirétrovirale dans près de 70% des 1,5 millions cas de grossesses VIH+ dans le monde mène à la naissance de plus d’un million d’enfants exposés non infectés chaque année. Le nombre d’enfants exposés non infectés est à la hausse ainsi que les préoccupations concernant leur santé. En effet, plusieurs groupes ont signalé une augmentation de la morbidité et de la mortalité chez les enfants exposés non infectés. L’analyse des données rétrospectives de 705 enfants exposés non infectés de la cohorte mère-enfant du CMIS a révélé qu’à 2 mois d’âge, les enfants nés de mères ayant une charge virale supérieure à 1,000 copies d’ARN / ml avaient une fréquence de lymphocytes B significativement plus élevés par rapport aux enfants exposés non infectés nés de mères ayant une charge virale indétectable. L’objectif de cette étude est de caractériser ces anomalies. Les lymphocytes, provenant du sang de cordon ombilical et de sang veineux obtenu à 6 et 12 mois d’âge, ont été phénotypés par cytométrie en flux à l’aide des marqueurs CD3 / CD10 / CD14 / CD16 / CD19 / CD20 / CD21 / CD27 / IgM pour les lymphocytes B et CD4 / CD8 / CD3 / CCR7 / CD45RA pour les lymphocytes T. De plus, afin d’étudier les capacités fonctionnelles des lymphocytes B CD19+, la réponse antigène-spécifique au vaccin antitétanique a été mesurée par marquage avec des tétramères fluorescents de fragment C du toxoïde tétanique. Nos travaux ont mis en évidence des différences statistiquement significatives entre les enfants exposés non-infectés (ENI) nés de mères avec une charge virale détectable comparativement à ceux nés de mères avec une charge virale indétectable. À la naissance, les enfants ENI nés de mères avec une charge virale détectable avaient significativement moins de lymphocytes B totaux, plus de lymphocytes B mémoires classiques, activés, plasmablastes et lymphocytes T CD8+ mémoires centrales. À 6 mois, ils avaient significativement plus de lymphocytes B naïfs et significativement moins de lymphocytes T CD8+ effecteurs mémoires. À 12 mois d’âge, ils avaient significativement plus de lymphocytes B et T CD8+ totaux; significativement moins de lymphocytes T CD4+ totaux et leurs lymphocytes T affichaient un profil significativement plus activé (plus de cellules mémoires). L’analyse de la réponse antigène-spécifique a révélé une fréquence plus élevé de lymphocytes B mémoires IgM+ suggérant que les enfants nés de mères avec une virémie détectable ont plus de mal à établir une mémoire immunitaire efficace face au vaccin antitétanique. Nos données suggèrent qu’il y a exposition durant le premier trimestre de grossesse à la virémie maternelle et que cette exposition impacte le système immunitaire en développement du fœtus. Les mécanismes sous-jacents causant ces anomalies doivent encore être élucidés et l’épuisement du compartiment T à la naissance et à 6 mois reste à être investigué. Dans un pays industrialisé où l’accès aux soins est facilité, ces anomalies ont des conséquences modérées mais dans des pays à faible et moyen revenu, les conséquences peuvent être beaucoup plus tragiques voir fatales.

Les tableaux homonymiques, principe d’unité du Cornet à dés de Max Jacob

Ce mémoire s’intéresse à la structure du recueil de poésie en prose Le Cornet à dés (1917) de Max Jacob. À la lecture de l’ensemble, on remarque qu’il est sans cesse question de choses ou d’évènements auxquels renvoient les diverses significations du mot tableau : œuvres picturales, descriptions imagées, cadres de fenêtre ou de porte, vieillards (vieux tableaux), tableaux vivants, subdivisions de pièces de théâtre ou encore tableaux d’école. Subdivisé en trois chapitres, ce travail s’attachera dans un premier temps au fait que tous ces homonymes sont traités, dans les poèmes, comme des peintures. Entre fixité et mouvement, les descriptions et les narrations rapprochent la littérature de l’art pictural, ce qui contribue à l’esthétique du doute caractéristique de l’œuvre de Max Jacob. Le deuxième chapitre s’intéresse aux procédés de reprise et à la manière dont ils permettent de faire des liens entre les poèmes. À partir des théories du mouvement et de la répétition, nous verrons comment les divers motifs forment, à la manière des dés, différentes combinaisons d’une pièce à l’autre. Inspiré par les peintres cubistes qui présentent simultanément tous les angles d’un même objet, l’auteur fait le tour du mot tableau. Dans le dernier chapitre, il ressort que la juxtaposition des poèmes donne accès à un surcroît de signification : certains éléments arbitraires comme des titres obscurs prennent soudainement sens. Une réflexion sur la lecture vient compléter ce travail puisque les nombreuses répétitions sont traitées dans la mémoire. Ce travail s’inscrit dans le champ des études sur le recueil et s’appuie principalement sur l’analyse de poèmes.

Investigating Miami English-Spanish Bilinguals' Treatment of English Deictic Verbs of Motion

This investigation focused on the treatment of English deictic verbs of motion by Spanish-English bilinguals in Miami. Although English and Spanish share significant overlap of the spatial deixis system, they diverge in important aspects. It is not known how these verbs are processed by bilinguals. Thus, this study examined Spanish-English bilinguals’ interpretation of the verbs come, go, bring, and take in English. Forty-five monolingual English speakers and Spanish-English bilinguals participated. Participants were asked to watch video clips depicting motion events and to judge the acceptability of accompanying narrations spoken by the actors in the videos. Analyses showed that, in general, monolinguals and bilinguals patterned similarly across the deictic verbs come, bring, go and take. However, they did differ in relation to acceptability of word order for verbal objects. Also, bring was highly accepted by all language groups across all goal paths, possibly suggesting an innovation in its use.

Anomalies immunitaires chez les enfants exposés au VIH mais non infectés

La thérapie antirétrovirale prévient la transmission mère-enfant du VIH dans plus de 98% des cas lorsqu’administrée pendant la grossesse, le travail et au nouveau-né. L’accessibilité à la thérapie antirétrovirale dans près de 70% des 1,5 millions cas de grossesses VIH+ dans le monde mène à la naissance de plus d’un million d’enfants exposés non infectés chaque année. Le nombre d’enfants exposés non infectés est à la hausse ainsi que les préoccupations concernant leur santé. En effet, plusieurs groupes ont signalé une augmentation de la morbidité et de la mortalité chez les enfants exposés non infectés. L’analyse des données rétrospectives de 705 enfants exposés non infectés de la cohorte mère-enfant du CMIS a révélé qu’à 2 mois d’âge, les enfants nés de mères ayant une charge virale supérieure à 1,000 copies d’ARN / ml avaient une fréquence de lymphocytes B significativement plus élevés par rapport aux enfants exposés non infectés nés de mères ayant une charge virale indétectable. L’objectif de cette étude est de caractériser ces anomalies. Les lymphocytes, provenant du sang de cordon ombilical et de sang veineux obtenu à 6 et 12 mois d’âge, ont été phénotypés par cytométrie en flux à l’aide des marqueurs CD3 / CD10 / CD14 / CD16 / CD19 / CD20 / CD21 / CD27 / IgM pour les lymphocytes B et CD4 / CD8 / CD3 / CCR7 / CD45RA pour les lymphocytes T. De plus, afin d’étudier les capacités fonctionnelles des lymphocytes B CD19+, la réponse antigène-spécifique au vaccin antitétanique a été mesurée par marquage avec des tétramères fluorescents de fragment C du toxoïde tétanique. Nos travaux ont mis en évidence des différences statistiquement significatives entre les enfants exposés non-infectés (ENI) nés de mères avec une charge virale détectable comparativement à ceux nés de mères avec une charge virale indétectable. À la naissance, les enfants ENI nés de mères avec une charge virale détectable avaient significativement moins de lymphocytes B totaux, plus de lymphocytes B mémoires classiques, activés, plasmablastes et lymphocytes T CD8+ mémoires centrales. À 6 mois, ils avaient significativement plus de lymphocytes B naïfs et significativement moins de lymphocytes T CD8+ effecteurs mémoires. À 12 mois d’âge, ils avaient significativement plus de lymphocytes B et T CD8+ totaux; significativement moins de lymphocytes T CD4+ totaux et leurs lymphocytes T affichaient un profil significativement plus activé (plus de cellules mémoires). L’analyse de la réponse antigène-spécifique a révélé une fréquence plus élevé de lymphocytes B mémoires IgM+ suggérant que les enfants nés de mères avec une virémie détectable ont plus de mal à établir une mémoire immunitaire efficace face au vaccin antitétanique. Nos données suggèrent qu’il y a exposition durant le premier trimestre de grossesse à la virémie maternelle et que cette exposition impacte le système immunitaire en développement du fœtus. Les mécanismes sous-jacents causant ces anomalies doivent encore être élucidés et l’épuisement du compartiment T à la naissance et à 6 mois reste à être investigué. Dans un pays industrialisé où l’accès aux soins est facilité, ces anomalies ont des conséquences modérées mais dans des pays à faible et moyen revenu, les conséquences peuvent être beaucoup plus tragiques voir fatales.

Les tableaux homonymiques, principe d’unité du Cornet à dés de Max Jacob

Ce mémoire s’intéresse à la structure du recueil de poésie en prose Le Cornet à dés (1917) de Max Jacob. À la lecture de l’ensemble, on remarque qu’il est sans cesse question de choses ou d’évènements auxquels renvoient les diverses significations du mot tableau : œuvres picturales, descriptions imagées, cadres de fenêtre ou de porte, vieillards (vieux tableaux), tableaux vivants, subdivisions de pièces de théâtre ou encore tableaux d’école. Subdivisé en trois chapitres, ce travail s’attachera dans un premier temps au fait que tous ces homonymes sont traités, dans les poèmes, comme des peintures. Entre fixité et mouvement, les descriptions et les narrations rapprochent la littérature de l’art pictural, ce qui contribue à l’esthétique du doute caractéristique de l’œuvre de Max Jacob. Le deuxième chapitre s’intéresse aux procédés de reprise et à la manière dont ils permettent de faire des liens entre les poèmes. À partir des théories du mouvement et de la répétition, nous verrons comment les divers motifs forment, à la manière des dés, différentes combinaisons d’une pièce à l’autre. Inspiré par les peintres cubistes qui présentent simultanément tous les angles d’un même objet, l’auteur fait le tour du mot tableau. Dans le dernier chapitre, il ressort que la juxtaposition des poèmes donne accès à un surcroît de signification : certains éléments arbitraires comme des titres obscurs prennent soudainement sens. Une réflexion sur la lecture vient compléter ce travail puisque les nombreuses répétitions sont traitées dans la mémoire. Ce travail s’inscrit dans le champ des études sur le recueil et s’appuie principalement sur l’analyse de poèmes.

Comment expliquer l’absence de conflit religieux dans un pays multiconfessionnel? Cas de l’Albanie

Huntington avait-il raison lorsqu’il déclarait que la religion serait un élément sujet à diviser ? Loin de déclarer qu’il existe une recrudescence de conflits dans le monde, force est de constater que la dimension religieuse dans les conflits est quant à elle sur le devant de la scène. Les cas du Liban, de l’Irlande du Nord ou de l’Ex-Yougoslavie, des cas classiques, illustrent parfaitement cette dimension dans l’exacerbation d’un conflit. Toutefois, ce mémoire tend à expliciter un phénomène particulier ; celui de l’Albanie. Située dans la région des Balkans, un véritable carrefour des religions d’une part et considéré comme un pays multiconfessionnel d’autre part, elle n’a jamais connu de conflit à caractère religieux. Qu’est-ce qui explique que cet État, composé de musulmans, de chrétiens orthodoxes et de catholiques, n’a jamais vu un conflit religieux émerger tandis que ce mulitconfessionnalisme est facteur de conflit chez d’autres ? Nous verrons que l’hypothèse sur laquelle nous nous appuierons est l’absence d’entrepreneurs politique. L’Albanie post-communiste a maintenu la religion séparée du monde politique tout comme ce dernier a évité la prise de parti pris en véhiculant un message de tolérance religieuse.

Engineered zeolitic materials: synthesis and application

Les zéolithes étant des matériaux cristallins microporeux ont démontré leurs potentiels et leur polyvalence dans un nombre très important d’applications. Les propriétés uniques des zéolithes ont poussé les chercheurs à leur trouver constamment de nouvelles utilités pour tirer le meilleur parti de ces matériaux extraordinaires. Modifier les caractéristiques des zéolithes classiques ou les combiner en synergie avec d’autres matériaux se trouvent être deux approches viables pour trouver encore de nouvelles applications. Dans ce travail de doctorat, ces deux approches ont été utilisées séparément, premièrement avec la modification morphologique de la ZSM-12 et deuxièmement lors de la formation des matériaux de type coeur/coquille (silice mésoporeuses@silicalite-1). La ZSM-12 est une zéolithe à haute teneur en silice qui a récemment attiré beaucoup l’attention par ses performances supérieures dans les domaines de l’adsorption et de la catalyse. Afin de synthétiser la ZSM-12 avec une pureté élevée et une morphologie contrôlée, la cristallisation de la zéolithe ZSM-12 a été étudiée en détail en fonction des différents réactifs chimiques disponibles (agent directeur de structure, types de silicium et source d’aluminium) et des paramètres réactionnels (l’alcalinité, ratio entre Na, Al et eau). Les résultats présentés dans cette étude ont montré que, contrairement à l’utilisation du structurant organique TEAOH, en utilisant un autre structurant, le MTEAOH, ainsi que le Al(o-i-Pr)3, cela a permis la formation de monocristaux ZSM-12 monodisperses dans un temps plus court. L’alcalinité et la teneur en Na jouent également des rôles déterminants lors de ces synthèses. Les structures de types coeur/coquille avec une zéolithe polycristalline silicalite-1 en tant que coquille, entourant un coeur formé par une microsphère de silice mésoporeuse (tailles de particules de 1,5, 3 et 20-45 μm) ont été synthétisés soit sous forme pure ou chargée avec des espèces hôtes métalliques. Des techniques de nucléations de la zéolithe sur le noyau ont été utilisées pour faire croitre la coquille de façon fiable et arriver à former ces matériaux. C’est la qualité des produits finaux en termes de connectivité des réseaux poreux et d’intégrité de la coquille, qui permet d’obtenir une stéréosélectivité. Ceci a été étudié en faisant varier les paramètres de synthèse, par exemple, lors de prétraitements qui comprennent ; la modification de surface, la nucléation, la calcination et le nombre d’étapes secondaires de cristallisation hydrothermale. En fonction de la taille du noyau mésoporeux et des espèces hôtes incorporées, l’efficacité de la nucléation se révèle être influencée par la technique de modification de surface choisie. En effet, les microsphères de silice mésoporeuses contenant des espèces métalliques nécessitent un traitement supplémentaire de fonctionnalisation chimique sur leur surface externe avec des précurseurs tels que le (3-aminopropyl) triéthoxysilane (APTES), plutôt que d’utiliser une modification de surface avec des polymères ioniques. Nous avons également montré que, selon la taille du noyau, de deux à quatre traitements hydrothermaux rapides sont nécessaires pour envelopper totalement le noyau sans aucune agrégation et sans dissoudre le noyau. De tels matériaux avec une enveloppe de tamis moléculaire cristallin peuvent être utilisés dans une grande variété d’applications, en particulier pour de l’adsorption et de la catalyse stéréo-sélective. Ce type de matériaux a été étudié lors d’une série d’expériences sur l’adsorption sélective du glycérol provenant de biodiesel brut avec des compositions différentes et à des températures différentes. Les résultats obtenus ont été comparés à ceux utilisant des adsorbants classiques comme par exemple du gel de sphères de silice mésoporeux, des zéolithes classiques, silicalite-1, Si-BEA et ZSM-5(H+), sous forment de cristaux, ainsi que le mélange physique de ces matériaux références, à savoir un mélange silicalite-1 et le gel de silice sphères. Bien que le gel de sphères de silice mésoporeux ait montré une capacité d’adsorption de glycérol un peu plus élevée, l’étude a révélé que les adsorbants mésoporeux ont tendance à piéger une quantité importante de molécules plus volumineuses, telles que les « fatty acid methyl ester » (FAME), dans leur vaste réseau de pores. Cependant, dans l’adsorbant à porosité hiérarchisée, la fine couche de zéolite silicalite-1 microporeuse joue un rôle de membrane empêchant la diffusion des molécules de FAME dans les mésopores composant le noyau/coeur de l’adsorbant composite, tandis que le volume des mésopores du noyau permet l’adsorption du glycérol sous forme de multicouches. Finalement, cette caractéristique du matériau coeur/coquille a sensiblement amélioré les performances en termes de rendement de purification et de capacité d’adsorption, par rapport à d’autres adsorbants classiques, y compris le gel de silice mésoporeuse et les zéolithes.

Est-ce que l’aversion au risque cyclique et la richesse immobilière peuvent aider à expliquer les rendements boursiers?

Dans les modèles d’évaluation d’actifs financiers, la stratégie de placement d’un individu est liée à la distribution des rendements des actifs inclus dans son portefeuille. Le modèle intertemporel d’évaluation des actifs financiers basé sur la consommation (C-CAPM) permet d’intégrer la dimension temporelle dans le cadre d’analyse et de comprendre l’arbitrage entre les décisions de consommation et d’épargne d’un individu. La prédiction fondamentale de ce modèle est l’existence d’un lien entre les rendements des actifs financiers et leur covariance avec le taux marginal de substitution intertemporel (TMSI). Dans un cadre théorique, l’énigme de la prime de risque est mise en évidence lorsqu’une fonction d’utilité de type CRRA est utilisée afin de représenter les préférences du consommateur. La rigidité de cette modélisation impose cependant un coefficient d’aversion au risque fixe réconciliant difficilement le modèle avec les données réelles. Ce mémoire a pour objectif de résoudre cette problématique en modifiant les formulations classiques du TMSI. Dans un contexte canadien, nous modifions la forme CRRA afin de déterminer, entre autres, si les variations du produit intérieur brut ont un effet sur le niveau d’aversion au risque d’un agent. Par la suite, nous insérons la richesse immobilière dans une forme d’utilité non-séparable comme proxy du rendement de la richesse. Nos résultats suggèrent qu’il est pertinent, sur une longue période, de tenir compte de la richesse immobilière dans le programme de consommation de l’agent.