Phytoplankton analysis of portuguese reservoirs: a cluster analysis with R

In this work, cluster analysis is applied to a real dataset of biological features of several Portuguese reservoirs. All the statistical analysis is done using R statistical software. Several metrics and methods were explored, as well as the combination of Euclidean metric and the hierarchical Ward method. Although it did not present the best combination in terms of internal and stability validation, it was still a good solution and presented good results in terms of interpretation of the problem at hand.

The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock

RESUMO:Os microrganismos reagem à súbita descida de temperatura através de uma resposta adaptativa específica que assegura a sua sobrevivência em condições desfavoráveis. Esta adaptação inclui alterações na composição da membrana, na maquinaria de tradução e transcrição. A resposta ao choque térmico pelo frio induz uma repressão da transcrição. No entanto, a descida de temperatura induz a produção de um grupo de proteínas específicas que ajudam a ajustar/re-ajustar o metabolismo celular às novas condições ambientais. Em E. coli o processo de adaptação demora apenas quatro horas, no qual um grupo de proteínas específicas são induzidas. Depois desde período recomeça lentamente a produção de proteínas.A ribonuclease R, uma das proteínas induzidas durante o choque térmico pelo frio, é uma das principais ribonucleases em E. coli envolvidas na degradação do RNA. É uma exoribonuclease que degrada RNA de cadeia dupla, possui funções importantes na maturação e “turnover” do RNA, libertação de ribossomas e controlo de qualidade de proteínas e RNAs. O nível celular desta enzima aumenta até dez vezes após exposição ao frio e estabiliza em células na fase estacionária. A capacidade de degradar RNA de dupla cadeia é importante a baixas temperaturas quando as estruturas de RNA estão mais estáveis. No entanto, este mecanismo é desconhecido. Embora a resposta específica ao “cold shock” tenha sido descoberta há mais de duas décadas e o número de proteínas envolvidas sugerirem que esta adaptação é rápida e simples, continuamos longe de compreender este processo. No nosso trabalho pretendemos descobrir proteínas que interactuem com a RNase R em condições ambientais diferentes através do método “TAP-tag” e espectrometria de massa. A informação obtida pode ser utilizada para deduzir algumas das novas funções da RNase R durante a adaptação bacteriana ao frio e durante a fase estacionária. Mais importante ainda, RNase R poderá ser recrutada para um complexo de proteínas de elevado peso molecular durante o “cold-shock”.------------ABSTRACT:Microorganisms react to the rapid temperature downshift with a specific adaptative response that ensures their survival in unfavorable conditions. Adaptation includes changes in membrane composition, in translation and transcription machinery. Cold shock response leads to overall repression of translation. However, temperature downshift induces production of a set of specific proteins that help to tune cell metabolism and readjust it to the new environmental conditions. For Escherichia coli the adaptation process takes only about four hours with a relatively small set of specifically induced proteins involved. After this time, protein production resumes, although at a slower rate. One of the cold inducible proteins is RNase R, one of the main E. coli ribonucleases involved in RNA degradation. RNase R is an exoribonuclease that digest double stranded RNA, serves important functions in RNA maturation and turnover, release of stalled ribosomes by trans-translation, and RNA and protein quality control. The level of this enzyme increases about ten-fold after cold induction, and it is also stabilised in cells growing in stationary phase. The RNase R ability to digest structured RNA is important at low temperatures where RNA structures are stabilized but the exact role of this mechanism remains unclear. Although specific bacterial cold shock response was discovered over two decades ago and the number of proteins involved suggests that this adaptation is fast and simple, we are still far from understanding this process. In our work we aimed to discover the proteins interacting with RNase R in different environmental conditions using TAP tag method and mass spectrometry analysis. The information obtained can be used to deduce some of the new functions of RNase R during adaptation of bacteria to cold and in stationary growth phase. Most importantly RNase R can be recruited into a high molecular mass complex of protein in cold shock.

Upper Arm Anthropometry Is Not a Valid Predictor of Regional Body Composition in Preterm Infants

Background: Upper arm anthropometry has been used in the nutritional assessment of small infants, but it has not yet been validated as a predictor of regional body composition in this population. Objective: Validation of measured and derived upper arm anthropometry as a predictor of arm fat and fat-free compartments in preterm infants. Methods: Upper arm anthropometry, including the upper arm cross-sectional areas, was compared individually or in combination with other anthropometric measurements, with the cross-sectional arm areas measured by magnetic resonance imaging, in a cohort of consecutive preterm appropriate-for-gestationalage neonates, just before discharge. Results: Thirty infants born with (mean 8 SD) a gestational age of 30.7 8 1.9 weeks and birth weight of 1,380 8 325 g, were assessed at 35.4 8 1.1 weeks of corrected gestational age, weighing 1,785 8 93 g. None of the anthropometric measurements are reliable predictors (r 2 ! 0.56) of the measurements obtained by magnetic resonance imaging, individually or in combination with other anthropometric measurements. Conclusion: Both measured anthropometry and derived upper arm anthropometry are inaccurate predictors of regional body composition in preterm appropriate-for-gestational-age infants.

Atividade tradutológica: a (r)evolução dos últimos 20 anos

Trabalho de natureza profissional para a atribuição do Título de Especialista do Instituto Politécnico do Porto, na área de Línguas e Cuturas - Línguas e Literaturas Estrangeiras, defendido a 11-11-2015.

Amamentação e Dieta Materna. Influência de Mitos e Preconceitos

Introdução. Durante a gravidez e amamentação, algumasmães alteram a sua dieta com o propósito de aumentar a quantidade e/ou qualidade do seu leite. Objectivos. Caracterizar as alterações dietéticas maternas durante a gravidez e amamentação, identificar factores associados a essas alterações e a sua relação com a manutenção do aleitamento materno aos três meses de vida. Metodologia. Estudo observacional, descritivo, transversal bifásico de uma amostra de 122 díades mãe-filho, realizado num hospital de apoio perinatal diferenciado. Primeira fase: auto-preenchimento de um inquérito nas 48h após o parto, avaliando variáveis sócio-demográficas, história prévia de amamentação, conhecimentos e atitudes face à amamentação e a dieta materna. Segunda fase: inquérito telefónico três meses após o parto, avaliando a duração da amamentação, alterações dietéticas realizadas e eventuais associações a sintomas no lactente. Resultados. A idade materna média foi 30 anos; 43% frequentou o ensino superior; 81% referiu ter alterado a dieta durante a gravidez. Noventa e nove por cento pretendia amamentar e 98% planeava alterar a dieta durante a amamentação: café, chocolate, refrigerantes com cafeína, enchidos, conservas e feijão seriam os alimentos a evitar/eliminar. Aos três meses, 67% das díades mantinha o aleitamento materno; 89% das mães alterou a sua dieta neste período, com um padrão de alimentos evitados/eliminados semelhante ao referido na primeira fase; em 39% dos casos foi associada sintomatologia do lactente, sobretudo cólicas, a alimentos da dieta materna. Não foi encontrada associação entre o número de alimentos evitados/eliminados durante a gravidez/amamentação e a manutenção da amamentação aos três meses de vida. Conclusões. Este estudo evidencia as restrições dietéticas efectuadas pelas mães durante a gravidez e amamentação. A limitação da dieta materna na gravidez e amamentação reduz a experiência de sabores a que é exposto o feto e o lactentecom potencial prejuízo na diversificação alimentar. É necessário implementar medidas de ensino dietético para superar preconceitos.

Primary Angiosarcoma of the Pericardium. Case Report and Review of the Literature

Primary cardiac tumours are rare entities and angiosarcoma is the most frequent primary cardiac malignant tumour. Mean survival is six months and the tumour responds poorly to chemotherapy. We present the case of a 50 year-old patient with localised pericardial angiosarcoma who survived 23 months after diagnosis with a combined approach of chemotherapy and surgery.

Stochasticity favoring the effects of the R&D strategies of the firms

We present stochastic dynamics on the production costs of Cournot competitions, based on perfect Nash equilibria of nonlinear R&D investment strategies to reduce the production costs of the firms at every period of the game. We analyse the effects that the R&D investment strategies can have in the profits of the firms along the time. We observe that, in certain cases, the uncertainty can improve the effects of the R&D strategies in the profits of the firms due to the non-linearity of the profit functions and also of the R&D parameters.

Cournot duopoly with competition in the R&D expenditures

We present a new R&D investment in a Cournot Duopoly model and we analyze the different possible types of Nash R&D investments. We observe that the new production costs region can be decomposed in three economical regions, depending on the Nash R&D investment, showing the relevance of the use of patents in new technologies.

A metáfora e o símile na linguagem profética neo-assírica

O corpus oracular de profecias neo-assírias remonta aos reinados de Assaradão (680-669 a.C.) e de Assurbanípal (668-627 a.C). Estas profecias foram registadas em pequenos relatórios que contemplam, em geral, um oráculo ou, excepcionalmente, mais do que um, mas relativos ao mesmo profeta. Foram também sistematizadas em colecções em que o editor compila vários oráculos, eventualmente transmitidos por profetas diferentes. Estas envolvem um labor literário que reflecte a busca de um sentido comum e a construção de temáticas afins. Por exemplo, a primeira colecção, que consiste em dez textos oraculares, encontra-se estruturada em tomo de mensagens divinas de encorajamento a Assaradão durante o processo político e militar de ascensão ao trono. Já a segunda colecção pressupõe as dificuldades iniciais que se verificam na consolidação do poder, a subsequente procura da estabilidade política e os problemas que se registam então com a Babilônia. Por fim, a terceira colecção reflecte, essencialmente, o tema da aliança entre Assur e o seu protegido, que é uma temática central na ideologia real assíria.

Antibiotics Utilization Ratio in a Nicu

Introduction: Antibiotics are one of the most common prescribed drugs in the NICU; despite this, studies on its use are scarce. Aim: To assess antibiotics utilization ratio in a medical surgical NICU. Methods: Prospective, observational study. Daily registry of antibiotics given to newborn infants; two periods of two months, 2010; data collected every day after the second medical round. Variables: treated patients, days on antibiotics, treatment/patient days, number of courses, number of antibiotics. Antibiotics utilization ratio – ratio days on antibiotics/days at the NICU. Results: Patients enrolled - 113; admission days – 1722; length of stay - 15.2 days; 85 newborn infants were given antibiotics; days on antibiotics - 771; antibiotics utilization ratio – 44.8; 292 antibiotics were prescribed; 61.8% of patients were given more than two antibiotics and 15.3% had more than one course. The most frequents were gentamicin, cefotaxime, ampicillin, vancomycin and metronidazole. Conclusion: Antibiotics utilization ratio should be subject of audits and a quality criteria on NICUs evaluation.

Taxa de Utilização de Antibióticos numa UCIN

Introdução: Os antibióticos são dos fármacos mais prescritos em Unidades de Cuidados Intensivos Neonatais (UCIN). Apesar disso, os estudos sobre este assunto são escassos. Objectivos: Avaliar a taxa de utilização de antibióticos numa UCIN médico-cirúrgica. Métodos: Estudo prospectivo, observacional. Foi realizado o registo diário dos antibióticos efectivamente administrados a todos os recém-nascidos internados, durante dois períodos de 2 meses do ano de 2010. Os dados foram registados todos os dias após a segunda visita diária. Variáveis: número de doentes tratados, dias de antibióticos (AB), dias de tratamento/doente, número de cursos de AB e número de AB por doente. Resultados: Recém-nascidos internados - 113; dias de internamento - 1722; duração do internamento - 15,2 dias; 85 recém-nascidos receberam antibióticos; dias de antibióticos - 771; taxa de utilização de antibióticos - 44,8; 292 antibióticos foram prescritos; 61,8% dos doentes receberam mais de dois antibióticos e 15,3% fizeram mais de um curso. Os mais frequentes foram gentamicina, cefotaxima, ampicilina, vancomicina e metronidazol. Conclusão: A taxa de utilização de antibióticos deve ser objecto de auditorias e considerado critério de qualidade na avaliação das UCINs.

Miopatia Miotubular Ligada ao Cromossoma X - Caso Clínico

Introdução:A miopatia miotubular ligada ao cromossoma X e uma miopatia congénita grave neonatal que afecta o sexo masculino, com prognóstico reservado. Relato de Caso: Lactente com hipotonia generalizada grave detectada após o nascimento, atrofia muscular generalizada e abolição dos reflexos osteotendinosos, cujo estudo etiológico específico (biópsia muscular e estudo de genética molecular) revelo tratar-se de miopatia miotubular ligada ao cromossoma X. Internado em Unidade de Cuidados Intensivos até aos oito meses, foi submetido a traqueostomia e gastrotomia, tendo alta para domicílio. Faleceu aos dez meses, subitamente, de causa indeterminada. Discussão: Este caso mostra que, apesar da terapêutica actual ser apenas paliativa, a importância do conhecimento do mecanismo genético é enorme, abrindo novos horizontes para uma terapia génica no futuro.

Toxicity of saponin isolated from Gymnema sylvestre R. Br. (Asclepiadaceae) against Culex tritaeniorhynchus Giles (Diptera: Culicidae) Japanese encephalitis vector mosquito in India

To determine the larvicidal activity of various extracts of Gymnema sylvestre against the Japanese Encephalitis vector, Culex tritaeniorynchus in Tamilnadu, India. To identify the active principle present in the promising fraction obtained in Chlorofom:Methanol extract of Fraction 2. The G. sylvestre leaf extracts were tested, employing WHO procedure against fourth instar larvae of C. tritaeniorhynchus and the larval mortalities were recorded at various concentrations (6.25, 12.5, 25.0, 50 and 100 µg/mL); the 24h LC50 values of the G. Sylvestre leaf extracts were determined following Probit analysis. It was noteworthy that treatment level 100 µg/mL exhibited highest mortality rates for the three different crude extracts and was significantly different from the mean mortalities recorded for the other concentrations. The LC50 values of 34.756 µg/mL (24.475-51.41), 31.351 µg/mL (20.634-47.043) and 28.577 µg/mL (25.159-32.308) were calculated for acetone, chloroform and methanol extract with the chi-square values of 10.301, 31.351 and 4.093 respectively. The present investigation proved that G. Sylvestre could be possibly utilized as an important component in the Vector Control Program.

Análise das Serologias para Infeções do Grupo TORCH e do Rastreio para Streptococcus do Grupo B na População de Grávidas de uma Maternidade

Introdução: O rastreio para doenças de transmissão vertical na gravidez contribuiu para a melhoria dos cuidados perinatais. Objectivo: Avaliar o resultado de serologias para infeções do grupo TORCH e do rastreio para Streptococcus do grupo B (SGB) numa amostra de grávidas de uma maternidade, estudar a influência da idade e da nacionalidade, e identificar casos de infecção congénita. Material e Métodos: Estudo não probabilístico de prevalência de imunidade e infecção durante a gravidez. Resultados: Registámos 9508 serologias TORCH e 2639 resultados de rastreio para SGB. A taxa de imunidade para rubéola foi 93,3%, significativamente mais elevada em portuguesas; 25,7% das mulheres tinham IgG positiva para Toxoplasma goondii; a taxa foi mais elevada nas mulheres mais velhas e entre estrangeiras; encontrámos IgG positiva para vírus citomegálico humano (CMV) em 62,4%; não houve variação com a idade. O VDRL foi reactivo em 0,5%; 2,3% das mães tinham AgHBs positivo, mais frequente nas estrangeiras; 1,4% tinha anticorpos para o vírus da hepatite C e 0,7% tinha VIH positivo. Não houve casos declarados de infeção congénita; 13,9% das mulheres eram portadoras de SGB. Discussão: A elevada taxa de imunidade para a rubéola é resultado da política nacional de vacinação. A baixa taxa de imunidade para a toxoplasmose torna mais dispendioso o seguimento das grávidas. A elevada prevalência do CMV está de acordo com o encontrado na comunidade. Para algumas infeções foram encontradas diferenças de acordo com a nacionalidade. Conclusão: O conhecimento da imunidade e infecção na população é um instrumento importante para o planeamento dos rastreios durante a gravidez.

Rickettsia typhi IN RODENTS AND R. felis IN FLEAS IN YUCATÁN AS A POSSIBLE CAUSAL AGENT OF UNDEFINED FEBRILE CASES

Rickettsia typhi is the causal agent of murine typhus; a worldwide zoonotic and vector-borne infectious disease, commonly associated with the presence of domestic and wild rodents. Human cases of murine typhus in the state of Yucatán are frequent. However, there is no evidence of the presence of Rickettsia typhi in mammals or vectors in Yucatán. The presence of Rickettsia in rodents and their ectoparasites was evaluated in a small municipality of Yucatán using the conventional polymerase chain reaction technique and sequencing. The study only identified the presence of Rickettsia typhi in blood samples obtained from Rattus rattus and it reported, for the first time, the presence of R. felis in the flea Polygenis odiosus collected from Ototylomys phyllotis rodent. Additionally, Rickettsia felis was detected in the ectoparasite Ctenocephalides felis fleas parasitizing the wild rodent Peromyscus yucatanicus. This study’s results contributed to a better knowledge of Rickettsia epidemiology in Yucatán.