O demônio familiar: pensamento social e psiquismo em Os sertões

Esta tese se dedica a fazer uma análise da obra de Euclides da Cunha, publicada em 1902, Os sertões. Para tanto, toma como campos de investigação a história do pensamento social brasileiro, a história dos discursos e os saberes da psicologia de fins do século XIX, com o objetivo de examinar a semântica do conceito de psique, fundamental na construção do argumento do livro. Embora não caracterizado por sentido específico, o sistema semântico da psique pode ser compreendido no livro de Euclides através de uma regra de semelhança que se configura como regra de reflexão, isto é, tradução entre o organismo biológico e o organismo social. Na linguagem de Os sertões, como argumentamos, o psíquico se realiza como metáfora que sustenta a tradução e a regra de semelhança entre fisiologia e sociologia. Neste sentido, em reflexão com os ensaios de Hans Blumenberg e com a teoria dos sistemas de Niklas Luhmann, analisamos o livro de Euclides de modo a compreender o horizonte semântico ao redor do qual o seu psiquismo aparece sistematizado. Em Canudos, quando a ordem social republicana foi atacada, Euclides depura o argumento de que os crimes da nacionalidade derivam os seus motivos da inconsciência generalizada dos habitantes do litoral sobre as populações rurais caracterizando Canudos como um crime de consciência de onde o autor reclama para si a tarefa de vingar, isto é, tornar conhecidas as populações historicamente ignoradas, socialmente esquecidas pela civilização. A semântica da psique, nesse sentido, assume para Euclides uma técnica de observação, mas também uma hipótese política sobre as condições de sobrevivência da sociedade brasileira.

Arquitetura, gradientes morfogenéticos e idade fisiológica de vegetais.

A Embrapa Informática Agropecuária, com a permissão do INRA e do CIRAD, coloca à disposição de pesquisadores, professores e alunos brasileiros a tradução de: ?Arquitetura, gradientes morfogenéticos e idade fisiológica de vegetais?. Acreditamos que as definições e exemplos de variações dos caracteres morfológicos, durante a ontogenia, podem exercitar um papel importante nos estudos de organização e desenvolvimento de espécies brasileiras.

Instalação e Configuração do PostgreSQL no Linux via código-fonte.

Apesar de exigir maior grau de dificuldade do que a instalação via pacotes, a instalação via código-fonte oferece uma infinidade de recursos em relação à primeira, tais como: definir a estrutura de diretórios para binários, bibliotecas, módulos, manuais e demais arquivos do SGBD conforme o desejado, o que facilita a organização, localização e manutenção do PostgreSQL; ativar suporte a um determinado idioma, para tradução de mensagens; construir suporte a determinadas linguagens ou módulos; definir alguns parâmetros padrões; além de conceber maior controle e segurança nas atualizações de versões do SGBD, evitando assim, atualizações automáticas indesejáveis por meio do sistema operacional e a conseqüente perda de bases de dados; entre outros. Para este trabalho, foi utilizado o sistema operacional Ubuntu Server 8.04.1, contudo, este tutorial é totalmente aplicável e compatível a outras versões Ubuntu, bem como a outras distribuições Linux, respeitando, é claro, as particularidades de algumas distribuições, como a estrutura de diretórios destes. Quanto ao SGBD PostgreSQL, foi adotado a versão 8.3.4, lançada em Setembro/2008, contudo, este tutorial se aplica também à versões inferiores 8.x.x deste SGBD.

Tecnologias CAC e Inquéritos de Percepção da Opinião Pública sobre “O papel da Captação e do Armazenamento/Sequestração de Dióxido de Carbono no Futuro da Energia na Europa”:O caso-de-estudo da Comunidade Fernando Pessoa

O carvão e outros combustíveis fósseis, continuarão a ser, por décadas, a principal matéria-prima energética para as Centrais Térmicas, não obstante os esforços para, dentro do possível, substituir os combustíveis fósseis por fontes de energia renovável.Tal como está, hoje, bem documentado, a produção de gases com efeito estufa (GEE), designadamente CO2, resulta da combustão dos ditos combustíveis fósseis, sendo que se espera ser possível mitigar substancialmente a emissão de tais gases com a aplicação das chamadas Tecnologias Limpas do Carvão.Há, pois, necessidade de promover o abatimento do CO2 através de Tecnologias de Emissão Zero ou Tecnologias Livres de Carbono, incluindo designadamente a Captura, o Transporte e a Sequestração geológica de CO2 correspondentes ao que é costume designar por Tecnologias CAC (Captação e Armazenamento de Carbono). De facto, tais tecnologias e, designadamente, o armazenamento geológico de CO2 são as únicas que, no estado actual do conhecimento, são capazes de permitir que se cumpram as metas do ambicioso programa da EU para a energia e o ambiente conhecido por “20 20 para 2020” em conjugação com os aspectos económicos das directivas relativas ao Comércio Europeu de Licenças de Emissão – CELE (Directivas 2003/87/EC, 2004/101/EC e 2009/29/EC).A importância do tema está, aliás, bem demonstrada com o facto da Comissão Europeia ter formalmente admitido que as metas supracitadas serão impossíveis de atingir sem Sequestração Geológica de CO2. Esta é, pois, uma das razões de ter sido recentemente publicada a Directiva Europeia 2009/31/EC de 23 de Abril de 2009 expressamente dedicada ao tema do Armazenamento Geológico de CO2.Ora, a questão do armazenamento geológico de CO2 implica, para além das Tecnologias CAC acima mencionadas e da sua viabilização em termos tanto técnicos como económicos, ou seja, neste último aspecto, competitiva com o sistema CELE, também o conhecimento, da percepção pública sobre o assunto. Isto é, a praticabilidade das Tecnologias CAC implica que se conheça a opinião pública sobre o tema e, naturalmente, que face a esta realidade se prestem os esclarecimentos necessários como, aliás, é reconhecido na própria Directiva Europeia 2009/31/EC.Dado que a Fundação Fernando Pessoa / Universidade Fernando Pessoa através do seu Centro de Investigação em Alterações Globais, Energia, Ambiente e Bioengenharia – CIAGEB tem ultimado um Projecto de Engenharia relativo à Sequestração Geológica de CO2 nos Carvões (Metantracites) da Bacia Carbonífera do Douro – o Projecto COSEQ, preocupou-se naturalmente, desde o início, com o lançamento de inquéritos de percepção da opinião pública sobre o assunto.Tal implicou, nesta fase, a tradução para português e o lançamento do inquérito europeu ACCSEPT que não tinha sido ainda formalmente lançado de forma generalizada entre nós. Antes, porém, de lançar publicamente tal inquérito – o que está actualmente já em curso – resolveu-se testar o método de lançamento, a recolha de dados e o seu tratamento com uma amostra correspondente ao que se designou por Comunidade Fernando Pessoa, i.e. o conjunto de docentes, discentes, funcionários e outras pessoas relacionadas com a Universidade Fernando Pessoa (cerca de 5000 individualidades).Este trabalho diz, precisamente, respeito à preparação, lançamento e análise dos resultados do dito inquérito Europeu ACCSEPT a nível da Comunidade Fernando Pessoa. Foram recebidas 525 respostas representando 10,5% da amostra. A análise de resultados foi sistematicamente comparada com os obtidos nos outros países europeus, através do projecto ACCSEPT e, bem assim, com os resultados obtidos num inquérito homólogo lançado no Brasil. The use of coal, and other fossil fuels, will remain for decades as the main source of energy for power generation, despite the important efforts made to replace, as far as possible, fossil fuels with renewable power sources.As is well documented, the production of Greenhouse Gases (GHG), mainly CO2, arises primarily from the combustion of fossil fuels. The increasing application of Clean Coal Technologies-CCTs, is expected to mitigate substantially against the emission of such gases.There is consequently a need to promote the CO2 abatement through Zero Emission (Carbon Free) Technologies - ZETs, which includes CO2 capture, transport and geological storage, i.e. the so-called CCS (Carbon, Capture and Storage) technologies. In fact, these technologies are the only ones that are presently able to conform to the ambitious EU targets set out under the “20 20 by 2020” EU energy and environment programme, jointly with the economic aspects of the EU Directives 2003/87/EC, 2004/101/EC and 2009/29/EC concerned with the Greenhouse Gas Emissions Allowance Trading Scheme – ETS scheme. The European Commission formal admission that the referred targets will be impossible to reach without the implementation and contribution of geological storage clearly demonstrate the importance of this particular issue, and for this reason the EC Directive 2009/31/EC of April 23, 2009 on Geological Storage of CO2 was recently published.In considering the technical and economical viabilities of CCS technologies, the latter in competition with the ETS scheme, it is believed that public perception will dictate the success of the development and implementation of CO2 geological storage at a large industrial level. This means that, in order to successfully implement CCS technologies, not only must public opinion be taken into consideration but objective information must also be provided to the public in order to raise subject awareness, as recognized in the referred Directive 2009/31/EC.In this context, the Fernando Pessoa Foundation / University Fernando Pessoa, through its CIAGEB (Global Change, Energy, Environment and Bioengineering) RDID&D Unit, is the sponsor of an Engineering Project for the Geological Sequestration of CO2 in Douro Coalfield Meta-anthracites - the COSEQ Project, and is therefore also engaged in public perception surveys with regards to CCS technologies.At this stage, the original European ACCSEPT inquiry was translated to Portuguese and submitted only to the “Fernando Pessoa Community” - comprising university lecturers, students, other employees, as well as, former students and persons that have a professional or academic relationship with the university (c. 5000 individuals). The results obtained from this first inquiry will be used to improve the survey informatics system in terms of communication, database, and data treatment prior to resubmission of the inquiry to the Portuguese public at large.The present publication summarizes the process and the results obtained from the ACCSEPT survey distributed to the “Fernando Pessoa Community”. 525 replies, representing 10.5% of the sample, have been received and analysed. The assessment of the results was systematically compared with those obtained from other European Countries, as reported by the ACCSEPT inquiry, as well as with those from an identical inquiry launched in Brazil.

Esquemas terapêuticos no carcinoma da bexiga

Projeto de Pós-Graduação/Dissertação apresentado à Universidade Fernando Pessoa como parte dos requisitos para obtenção do grau de Mestre em Ciências Farmacêuticas

Molecular study of cell degeneration and evolution induced by mRNA mistranslation

As proteínas existentes nas células são produzidas pelo mecanismo de tradução do mRNA, no qual a informação genética contida nos genes é descodificada em cadeias polipeptídicas. O código genético, que define as regras de descodificação do genoma, minimiza os erros de tradução do mRNA, garantindo a síntese de proteínas com elevada fidelidade. Esta é essencial para a estabilidade do proteoma e para a manutenção e funcionamento dos processos celulares. Em condições fisiológicas normais, os erros da tradução do mRNA ocorrem com frequências que variam de 10-3 a 10-5 erros por codão descodificado. Situações que aumentam este erro basal geralmente estão associadas ao envelhecimento, stresse e a doenças; no entanto, em certos organismos o código genético é traduzido naturalmente com elevado erro, indicando que a síntese de proteínas aberrantes pode de algum modo ser vantajosa. A fim de estudar a resposta celular aos erros de tradução do mRNA, construímos leveduras que incorporam serina no proteoma em resposta a um codão de leucina, usando a expressão constitutiva de um tRNASer mutante. Este fenómeno genético artificial provocou uma forte diminuição da esporulação, da viabilidade e da eficiência de mating, afectando imensamente a reprodução sexual da levedura. Observou-se também uma grande heterogeneidade no tamanho e na forma das células e elevada instabilidade genómica, com o aparecimento de populações poliplóides e aneuplóides. No sentido de clarificar as bases celulares e moleculares daqueles fenótipos e compreender melhor a biologia do erro de tradução do mRNA, construímos também células de levedura que inserem serina em resposta a um codão de leucina de modo indutível e controlado. Utilizaram-se perfis de mRNA total e de mRNA associado a polissomas para elucidar a resposta celular ao erro de tradução do mRNA. Observou-se a indução de genes envolvidos na resposta ao stresse geral, stresse oxidativo e na unfolded protein response (UPR). Um aumento significativo de espécies reactivas de oxigénio (ROS) e um forte impacto negativo na capacidade das células pós-mitóticas re-iniciarem o crescimento foram também observados. Este fenótipo de perda de viabilidade celular foi resgatado por scavangers de ROS, indicando que o stresse oxidativo é a principal causa de morte celular causada pelos erros de tradução. Este estudo levanta a hipótese de que o stresse oxidativo e a acumulação de ROS, ao invés do colapso súbito do proteoma, são as principais causas da degeneração celular e das doenças humanas associadas aos erros de tradução do genoma. ABSTRACT: Proteins are synthesized through the mechanism of translation, which uses the genetic code to transform the nucleic acids based information of the genome into the amino acids based information of the proteome. The genetic code evolved in such a manner that translational errors are kept to a minimum and even when they occur their impact is minimized by similar chemical properties of the amino acids. Protein synthesis fidelity is essential for proteome stability and for functional maintenance of cellular processes. Indeed, under normal physiological conditions, mistranslation occurs at frequencies that range from 10-3 to 10-5 errors per codon decoded. Situations where this basal error frequency increases are usually associated to aging and disease. However, there are some organisms where genetic code errors occur naturally at high level, suggesting that mRNA mistranslation can somehow be beneficial. In order to study the cellular response to mRNA mistranslation, we have engineered single codon mistranslation in yeast cells, using constitutive expression of mutant tRNASer genes. These mistranslating strains inserted serines at leucine-CUG sites on a proteome wide scale due to competition between the wild type tRNALeu with the mutant tRNASer. Such mistranslation event decreased yeast sporulation, viability and mating efficiencies sharply and affected sexual reproduction strongly. High heterogeneity in cell size and shape and high instability in the genome were also observed, with the appearance of some polyploid or aneuploid cell populations. To further study the cellular and molecular basis of those phenotypes and the biology of mRNA mistranslation, we have also engineered inducible mRNA misreading in yeast and used total mRNA and polysome associated mRNA profiling to determine whether codon misreading affects gene expression. Induced mistranslation up-regulated genes involved in the general stress response, oxidative stress and in the unfolded protein response (UPR). A significant increase in reactive oxygen species (ROS) and a strong negative impact on the capacity of post-mitotic cells to re-initiate growth in fresh media were also observed. This cell viability phenotype was rescued by scavengers of ROS, indicating that oxidative stress is the main cause of cell death caused by mRNA mistranslation. This study provides strong support for the hypothesis that oxidative stress and ROS accumulation, rather than sudden proteome collapse or major proteome disruption, are the main cause of the cellular degeneration observed in human diseases associated mRNA mistranslation.

Processo terminográfico: vertentes conceptual, comunicativa e textual

O presente trabalho de investigação visa propor uma metodologia de elaboração de uma base de dados terminológica destinada a um público não- -especialista, e surge como resposta à necessidade de transmissão de informação ao consumidor, fruto de falta de – ou parca – compreensão do mesmo, relativa a géneros alimentícios com alegações de saúde disponíveis no mercado: os denominados alimentos funcionais. A proposta metodológica de segmentação e caracterização do processo terminográfico, baseada no modelo desenvolvido por Gouadec, para organização do processo global de tradução, encontra-se organizada em três fases – pré-terminografia, terminografia e pós-terminografia –, e compreende três vertentes de análise – uma vertente conceptual, uma vertente comunicativa e uma vertente textual. Em termos gerais, na fase de pré-terminografia é desenvolvido um trabalho preparatório – de familiarização com a área de especialidade e de delimitação da subárea de especialidade, de identificação dos contextos comunicativos e de constituição de corpora especializados – essencial à subsequente fase executória – fase de terminografia – de elaboração do recurso terminológico. A última fase – fase de pós-terminografia – compreende o desenvolvimento de esforços com vista à aplicação industrial do recurso, assim como a sua posterior constante actualização. Constituem objecto de análise do presente trabalho as duas primeiras fases supramencionadas e as etapas que as constituem. A consideração de três vertentes de análise é, de igual forma, relevante.Tal facto é demonstrado ao longo do processo terminográfico, designadamente a nível da análise das repercussões, na fase de terminografia, de cada uma destas vertentes, consideradas já na fase de pré-terminografia. Com este trabalho de investigação pretendemos demonstrar o papel social da Terminologia, no contributo que pode prestar na divulgação de ciência, concretamente através da apresentação de uma proposta de uma base de dados terminológica sobre alimentos funcionais para o consumidor – a AlF Beta. Do mesmo modo, temos por objectivo contribuir a nível da reflexão teórica e metodológica em Terminologia, nomeadamente no que concerne a sua vertente aplicada, através da elaboração de recursos terminológicos destinados a públicos não-especialistas.

Traduções portuguesas do Pro Archia de Cícero

Este estudo pretende, num primeiro momento, identificar as traduções portuguesas do discurso de Cícero Pro Archia , os seus autores e o contexto histórico e cultural em que foram produzidas. As traduções inéditas encontram- -se aqui editadas e as edições impressas com mais de uma edição têm uma edição crítica. Há ainda lugar a uma reflexão sobre as possíveis edições latinas do Pro Archia consultadas pelos tradutores. O segundo momento é dedicado à análise comparativa destas traduções, que assenta quer em aspectos linguísticos e lexicais específicos quer nos processos de tradução de cada texto, relacionando-os com o contexto de produção de cada uma.

Molecular reconstruction of a genetic code alteration

The genetic code establishes the rules that govern gene translation into proteins. It was established more than 3.5 billion years ago and it is one of the most conserved features of life. Despite this, several alterations to the standard genetic code have been discovered in both prokaryotes and eukaryotes, namely in the fungal CTG clade where a unique seryl transfer RNA (tRNACAG Ser) decodes leucine CUG codons as serine. This tRNACAG Ser appeared 272±25 million years ago through insertion of an adenosine in the middle position of the anticodon of a tRNACGA Ser gene, which changed its anticodon from 5´-CGA-3´ to 5´-CAG-3´. This most dramatic genetic event restructured the proteome of the CTG clade species, but it is not yet clear how and why such deleterious genetic event was selected and became fixed in those fungal genomes. In this study we have attempted to shed new light on the evolution of this fungal genetic code alteration by reconstructing its evolutionary pathway in vivo in the yeast Saccharomyces cerevisiae. For this, we have expressed wild type and mutant versions of the C. albicans tRNACGA Ser gene into S. cerevisiae and evaluated the impact of the mutant tRNACGA Ser on fitness, tRNA stability, translation efficiency and aminoacylation kinetics. Our data demonstrate that these mutants are expressed and misincorporate Ser at CUGs, but their expression is repressed through an unknown molecular mechanism. We further demonstrate, using in vivo forced evolution methodologies, that the tRNACAG Ser can be easily inactivated through natural mutations that prevent its recognition by the seryl-tRNA synthetase. The overall data show that repression of expression of the mistranslating tRNACAG Ser played a critical role on the evolution of CUG reassignment from Leu to Ser. In order to better understand the evolution of natural genetic code alterations, we have also engineered partial reassignment of various codons in yeast. The data confirmed that genetic code ambiguity affects fitness, induces protein aggregation, interferes with the cell cycle and results in nuclear and morphologic alterations, genome instability and gene expression deregulation. Interestingly, it also generates phenotypic variability and phenotypes that confer growth advantages in certain environmental conditions. This study provides strong evidence for direct and critical roles of the environment on the evolution of genetic code alterations.

Cellular responses to genome mistranslation

Low level protein synthesis errors can have profound effects on normal cell physiology and disease development, namely neurodegeneration, cancer and aging. The biology of errors introduced into proteins during mRNA translation, herein referred as mistranslation, is not yet fully understood. In order to shed new light into this biological phenomenon, we have engineered constitutive codon misreading in S. cerevisiae, using a mutant tRNA that misreads leucine CUG codons as serine, representing a 240 fold increase in mRNA translational error relative to typical physiological error (0.0001%). Our studies show that mistranslation induces autophagic activity, increases accumulation of insoluble proteins, production of reactive oxygen species, and morphological disruption of the mitochondrial network. Mistranslation also up-regulates the expression of the longevity gene PNC1, which is a regulator of Sir2p deacetylase activity. We show here that both PNC1 and SIR2 are involved in the regulation of autophagy induced by mistranslation, but not by starvation-induced autophagy. Mistranslation leads to P-body but not stress-granule assembly, down-regulates the expression of ribosomal protein genes and increases slightly the selective degradation of ribosomes (ribophagy). The study also indicates that yeast cells are much more resistant to mistranslation than expected and highlights the importance of autophagy in the cellular response to mistranslation. Morpho-functional alterations of the mitochondrial network are the most visible phenotype of mistranslation. Since most of the basic cellular processes are conserved between yeast and humans, this study reinforces the importance of yeast as a model system to study mistranslation and suggests that oxidative stress and accumulation of misfolded proteins arising from aberrant protein synthesis are important causes of the cellular degeneration observed in human diseases associated to mRNA mistranslation.

Níveis de actividade e participação das pessoas com afasia: desenvolvimento de instrumentos de avaliação portugueses

A International Classification of Functioning, Disability and Health (ICF) (WHO 2001) realça a necessidade dos profissionais de saúde considerarem, na intervenção que realizam com a pessoa, as possíveis consequências de uma doença em diferentes domínios, nomeadamente nas suas Funções e Estruturas do Corpo, nas suas Actividades diárias e na sua Participação em situações da vida real. Realça ainda a possível interferência dos Factores Contextuais neste processo. Em Portugal, os instrumentos existentes utilizados pelos terapeutas da fala (TFs) na sua prática clínica com pessoas com afasia (PCAs), não permitem avaliar estes domínios, o que poderá limitar uma intervenção mais alargada, que integre estas directivas. Pretendeu-se com este estudo efectuar a tradução e adaptação à língua portuguesa do Communication Disability Profile (CDP) (Swinburn and Byng 2006) e do Participation Objective Participation Subjective (POPS) (Brown, Dijkers et al. 2004), ambos desenvolvidos à luz da ICF, de modo a apetrechar os TFs do país, com instrumentos de avaliação que lhes permitam abordar os diferentes domínios referidos. Pretendeu-se ainda conhecer as reais necessidades de PCAs portuguesas, ou seja, efectuar um levantamento das consequências dos AVCs e da afasia na sua vida diária e verificar de que modo os instrumentos escolhidos permitem identificar com precisão estas necessidades. Foram envolvidos três grupos distintos de participantes, nomeadamente catorze PCAs, catorze familiares e amigos (F/A) e dez TFs, consultados em três fases distintas. Recorreu-se ao uso de diferentes métodos e instrumentos de recolha de dados, nomeadamente o brainstorming e o uso de entrevistas aprofundadas semiestruturadas, realizadas individualmente e em grupo. Construíram-se dois instrumentos de raiz (o TAPP e a GABF) que permitiram complementar os dados recolhidos junto das PCAs. A análise dos dados foi predominantemente qualitativa (Análise Temática). Da análise dos resultados obtidos nestas três fases, resultaram as primeiras versões portuguesas do CDP e do POPS. No que diz respeito às consequências dos AVCs e da afasia na vida diária das PCAs na componente das Funções e Estruturas do Corpo, os três grupos consideraram a categoria das Funções Mentais Especificas como sendo a mais perturbada. Relativamente à componente das Actividades/Participação, as consequências relatadas centram-se nas categorias das Interacções e Relacionamentos Pessoais, Vida Comunitária Social e Cívica e Áreas Principais da Vida. Quanto às Barreiras e Facilitadores, os TFs valorizam as Barreiras de Informação e as Barreiras Estruturais como as que mais interferem com a Participação social das PCAs, enquanto estas e os F/A valorizam os Factores Pessoais, as Barreiras Ambientais e as Barreiras Atitudinais. Os TFs realçam a importância de existirem “redes de suporte familiar” como Facilitadores. As PCAs e os F/A valorizam os Facilitadores Ambientais e os Facilitadores Atitudinais. No que diz respeito aos instrumentos em estudo, a maioria dos TFs assim como o grupo dos F/A considerou a apresentação visual do POPS e mais especificamente as escalas de notação usadas como sendo muito complexas, enquanto as PCAs envolvidas no estudo não fizeram qualquer referência ou crítica às mesmas. A maioria dos TFs considerou os itens do POPS como sendo relevantes para a população portuguesa com afasia. Contudo, metade destes mostrou preocupação com a ambiguidade de alguns dos seus itens e cerca de um terço considerou as instruções difíceis de compreender. As PCAs, assim como os F/A consideraram os itens do POPS, na sua generalidade, como sendo claros, relevantes e não ambíguos. A maioria dos TFs e dos F/A referem falta de clareza de algumas das imagens utilizadas no CDP. Contudo, o grupo das PCAs considera que estas são claras e facilitam a compreensão dos itens. Nenhum dos três grupos consultados fez referência ao tipo e tamanho de letra usada no CDP pelo que se considera ser adequada. A maior parte dos TFs não faz qualquer referência à falta de clareza dos itens do CDP, contudo metade considera alguns dos seus itens ambíguos e um terço questiona também a sua relevância. Os itens do CDP são considerados claros, relevantes e não ambíguos quer pelo grupo das PCAs quer pelo grupo dos F/A. Conclui-se que ambos os instrumentos vão, de uma forma geral, ao encontro das necessidades apresentadas pelas PCAs envolvidas no nosso estudo. Poderá afirmar-se também que estes mostraram ser ferramentas terapêuticas importantes para utilizar em Portugal. Contudo, ambos deixam a descoberto algumas áreas consideradas importantes pelos grupos envolvidos e pela literatura internacional, sugerindo-se a sua utilização simultânea de modo a poderem complementar-se, assim como o recurso a outras formas de avaliação disponíveis, no sentido de colmatar possíveis lacunas encontradas após a sua utilização. Sugere-se o desenvolvimento de investigações futuras que permitam o seu aperfeiçoamento.

The role of environmental stress on protein synthesis fidelity

Estudos recentes estabelecem uma ligação entre erros na tradução do mRNA e cancro, envelhecimento e neurodegeneração. RNAs de transferência mutantes que introduzem aminoácidos em locais errados nas proteínas aumentam a produção de espécies reactivas de oxigénio e a expressão de genes que regulam autofagia, ribofagia, degradação de proteínas não-funcionais e protecção contra o stress oxidativo. Erros na tradução do mRNA estão portanto relacionados com stress proteotóxico. Sabe-se agora que o mecanismo de toxicidade do crómio está associado à diminuição da fidelidade de tradução e à agregação de proteínas com malformações que destabilizam a sua estrutura terciária. Desta forma, é possível que os efeitos do stress ambiental ao nível da degeneração celular possam estar relacionados com a alteração da integridade da maquinaria da tradução. Neste estudo procedeu-se a uma avaliação alargada do impacto do stress ambiental na fidelidade da síntese de proteínas, utilizando S. cerevisiae como um sistema modelo. Para isso recorreu-se a repórteres policistrónicos de luciferase que permitiram quantificar especificamente a supressão de codões de terminação e o erro na leitura do codão AUG em células exposta a concentações não letais de metais pesados, etanol, cafeína e H2O2. Os resultados sugerem que a maquinaria de tradução é na generalidade muito resistente ao stress ambiental, devido a uma conjugação de mecanismos de homeostase que muito eficientemente antagonizam o impacto negativo dos erros de tradução. A nossa abordagem quantitativa permitiu-nos a identificar genes regulados por uma resposta programada ao stress ambiental que são também essenciais para mitigar a ocorrência de erros de tradução, nomeadamente, HSP12, HSP104 e RPN4. A exposição prolongada ao stress ambiental conduz à saturação dos mecanismos de homeostase, contribuindo para a acumulação de proteínas contendo erros de tradução e diminuindo a disponibilidade de proteínas funcionais directamente envolvidas na manutenção da fidelidade de tradução e integridade celular. Ao contrário de outras Hsps, a Hsp12p adopta normalmente uma localização membranar em condições de stress, que pode modular a fluidez e estabilidade membranar, sugerindo que a membrana plasmática é um alvo preferencial da perda de fidelidade da tradução. Para melhor compreender as respostas celulares aos erros de tradução, células contendo deleções em genes codificadores das Hsps foram transformadas com tRNAs mutantes que introduzem alterações no proteoma. Os nossos resultados demonstram que para além da resposta geral ao stress, estes tRNAs induzem alterações a nível do metabolismo celular e um aumento de aminoacilação com Metionina em vários tRNAs, sugerindo um mecanismo de protecção contra espécies reactivas de oxigénio. Em conclusão, este estudo sugere um papel para os erros de tradução na gestão de recursos energéticos e na adaptação das células a ambientes desfavoráveis.

Service composition for biomedical applications

A exigente inovação na área das aplicações biomédicas tem guiado a evolução das tecnologias de informação nas últimas décadas. Os desafios associados a uma gestão, integração, análise e interpretação eficientes dos dados provenientes das mais modernas tecnologias de hardware e software requerem um esforço concertado. Desde hardware para sequenciação de genes a registos electrónicos de paciente, passando por pesquisa de fármacos, a possibilidade de explorar com precisão os dados destes ambientes é vital para a compreensão da saúde humana. Esta tese engloba a discussão e o desenvolvimento de melhores estratégias informáticas para ultrapassar estes desafios, principalmente no contexto da composição de serviços, incluindo técnicas flexíveis de integração de dados, como warehousing ou federação, e técnicas avançadas de interoperabilidade, como serviços web ou LinkedData. A composição de serviços é apresentada como um ideal genérico, direcionado para a integração de dados e para a interoperabilidade de software. Relativamente a esta última, esta investigação debruçou-se sobre o campo da farmacovigilância, no contexto do projeto Europeu EU-ADR. As contribuições para este projeto, um novo standard de interoperabilidade e um motor de execução de workflows, sustentam a sucesso da EU-ADR Web Platform, uma plataforma para realizar estudos avançados de farmacovigilância. No contexto do projeto Europeu GEN2PHEN, esta investigação visou ultrapassar os desafios associados à integração de dados distribuídos e heterogéneos no campo do varíoma humano. Foi criada uma nova solução, WAVe - Web Analyses of the Variome, que fornece uma coleção rica de dados de variação genética através de uma interface Web inovadora e de uma API avançada. O desenvolvimento destas estratégias evidenciou duas oportunidades claras na área de software biomédico: melhorar o processo de implementação de software através do recurso a técnicas de desenvolvimento rápidas e aperfeiçoar a qualidade e disponibilidade dos dados através da adopção do paradigma de web semântica. A plataforma COEUS atravessa as fronteiras de integração e interoperabilidade, fornecendo metodologias para a aquisição e tradução flexíveis de dados, bem como uma camada de serviços interoperáveis para explorar semanticamente os dados agregados. Combinando as técnicas de desenvolvimento rápidas com a riqueza da perspectiva "Semantic Web in a box", a plataforma COEUS é uma aproximação pioneira, permitindo o desenvolvimento da próxima geração de aplicações biomédicas.

Gestão da sustentabilidade nas organizações: uma nova metodologia

O presente trabalho pretende auxiliar o processo de consolidação do conceito de sustentabilidade no seio das organizações. Partindo de ferramentas de gestão e avaliação já existentes, esta tese sugere a sua integração numa única metodologia, ultrapassando desse modo as limitações e potenciando as suas capacidades enquanto ferramentas isoladas. O modelo proposto para o Sistema de Gestão da Sustentabilidade (SGS) integra assim: o conceito de melhoria contínua característico dos sistemas de gestão normalizados; a capacidade de tradução da perspetiva estratégica da gestão para o plano operacional, característica do Business Scorecard (BSC); e, por fim, a avaliação emergética é ainda utilizada como uma ferramenta de avaliação da sustentabilidade de sistemas. Um objetivo secundário desta tese prende-se com o desenvolvimento de um procedimento para a realização da análise emergética de um sistema. Depois de analisada a literatura referente à utilização da análise emergética, identificou-se como necessária a definição de um procedimento normalizado, adotando um conjunto de tarefas e um formato de apresentação de resultados que permita disseminar o conceito e tornar a ferramenta mais “utilizável”. Por outro lado, procurou-se dotar o procedimento com um conjunto de indicações que permitem ultrapassar limitações e inconvenientes apontados pelos críticos mas também utilizadores do método, nomeadamente: problemas de dupla contagem, cálculo da incerteza da análise e critérios de qualidade da informação utilizada. O modelo dos sistemas de gestão normalizados apresenta um papel central na metodologia proposta. O conceito de “melhoria contínua” afigura-se como fundamental num sistema que pretende implementar o conceito “desenvolvimento sustentável” e avaliar o seu desempenho à luz do mesmo. Assim, o ciclo Plan-Do-check-Act (PDCA) deve ser utilizado para implementar o SGS de acordo com uma Política para a Sustentabilidade que a organização deve desenvolver. Definida a Política, o modelo baseia-se então no ciclo PDCA: fase de planeamento; fase de implementação; fase de verificação; e fase de revisão. É na fase de planeamento do SGS que se sugere a introdução das outras duas ferramentas: a análise emergética (AEm) e o BSC. A fase de planeamento do modelo de SGS proposto neste trabalho foi aplicada à Universidade de Aveiro (UA), incluindo a definição de uma Política para a Sustentabilidade e o planeamento estratégico e operacional. A avaliação emergética à UA foi realizada recorrendo ao procedimento desenvolvido nesta tese e permitiu caracterizar e avaliar os fluxos de recursos que a “alimentam” sob uma só unidade, atribuindo deste modo graus de importância aos diferentes recursos utilizados. A informação representa 96% do total de recursos utilizados na UA, quando avaliados sob o ponto de vista emergética. Para além da informação, os fluxos financeiros representam a maior fatia do orçamento emergético da UA, grande parte dos quais serve para sustentar os serviços prestados pelo corpo docente da UA. Analisando valores históricos de 3 indicadores de desempenho emergético, observa-se que a UA não regista uma evolução positiva em nenhum dos indicadores: a emergia utilizada nos edifícios tem-se mantido mais ou menos constante; a retribuição emergética da UA para a sociedade, avaliada sobre a forma de diplomados, tem diminuído; e a relação emergética entre professores e alunos tem também diminuído, facto que pode refletir-se na qualidade dos “produtos” da UA. Da aplicação do SGS à UA regista-se: a adequabilidade do ciclo PDCA à implementação de um SGS; a capacidade da AEm “obrigar” a organização a adotar uma abordagem sistémica da sua atividade, resultando numa visão mais aprofundada da sua relação com o contexto ambiental, económico e social em que se insere; a importância da visão estratégica e da sua tradução em termos operacionais na fase de planeamento de um SGS; e, por fim, a capacidade de adaptação e dupla funcionalidade (implementação e avaliação) do modelo de SGS proposto. A metodologia de SGS proposta nesta tese, sendo direcionada para todo o tipo de organizações, não se desvirtua quando aplicada ao contexto específico das instituições de ensino superior e permite implementar e avaliar o conceito “desenvolvimento sustentável” nas quatro dimensões da universidade (Educação, Investigação, Operação; Relação com as partes interessadas).