Les R-loops et leurs conséquences sur l'expression génique chez Escherichia coli.

Des variations importantes du surenroulement de l’ADN peuvent être générées durant la phase d’élongation de la transcription selon le modèle du « twin supercoiled domain ». Selon ce modèle, le déplacement du complexe de transcription génère du surenroulement positif à l’avant, et du surenroulement négatif à l’arrière de l’ARN polymérase. Le rôle essentiel de la topoisomérase I chez Escherichia coli est de prévenir l’accumulation de ce surenroulement négatif générée durant la transcription. En absence de topoisomérase I, l’accumulation de ce surenroulement négatif favorise la formation de R-loops qui ont pour conséquence d’inhiber la croissance bactérienne. Les R-loops sont des hybrides ARN-ADN qui se forment entre l’ARN nouvellement synthétisé et le simple brin d’ADN complémentaire. Dans les cellules déficientes en topoisomérase I, des mutations compensatoires s’accumulent dans les gènes qui codent pour la gyrase, réduisant le niveau de surenroulement négatif du chromosome et favorisant la croissance. Une des ces mutations est une gyrase thermosensible qui s’exprime à 37 °C. La RNase HI, une enzyme qui dégrade la partie ARN d’un R-loop, peut aussi restaurer la croissance en absence de topoisomérase I lorsqu’elle est produite en très grande quantité par rapport à sa concentration physiologique. En présence de topoisomérase I, des R-loops peuvent aussi se former lorsque la RNase HI est inactive. Dans ces souches mutantes, les R-loops induisent la réponse SOS et la réplication constitutive de l’ADN (cSDR). Dans notre étude, nous montrons comment les R-loops formés en absence de topoisomérase I ou RNase HI peuvent affecter négativement la croissance des cellules. Lorsque la topoisomérase I est inactivée, l’accumulation d’hypersurenroulement négatif conduit à la formation de nombreux R-loops, ce qui déclenche la dégradation de l’ARN synthétisé. Issus de la dégradation de l’ARNm de pleine longueur, des ARNm incomplets et traductibles s’accumulent et causent l’inhibition de la synthèse protéique et de la croissance. Le processus par lequel l’ARN est dégradé n’est pas encore complètement élucidé, mais nos résultats soutiennent fortement que la RNase HI présente en concentration physiologique est responsable de ce phénotype. Chose importante, la RNase E qui est l’endoribonuclease majeure de la cellule n’est pas impliquée dans ce processus, et la dégradation de l’ARN survient avant son action. Nous montrons aussi qu’une corrélation parfaite existe entre la concentration de RNase HI, l’accumulation d’hypersurenroulement négatif et l’inhibition de la croissance bactérienne. Lorsque la RNase HI est en excès, l’accumulation de surenroulement négatif est inhibée et la croissance n’est pas affectée. L’inverse se produit Lorsque la RNase HI est en concentration physiologique. En limitant l’accumulation d’hypersurenroulement négatif, la surproduction de la RNase HI prévient alors la dégradation de l’ARN et permet la croissance. Quand la RNase HI est inactivée en présence de topoisomérase I, les R-loops réduisent le niveau d’expression de nombreux gènes, incluant des gènes de résistance aux stress comme rpoH et grpE. Cette inhibition de l’expression génique n’est pas accompagnée de la dégradation de l’ARN contrairement à ce qui se produit en absence de topoisomérase I. Dans le mutant déficient en RNase HI, la diminution de l’expression génique réduit la concentration cellulaire de différentes protéines, ce qui altère négativement le taux de croissance et affecte dramatiquement la survie des cellules exposées aux stress de hautes températures et oxydatifs. Une inactivation de RecA, le facteur essentiel qui déclenche la réponse SOS et le cSDR, ne restaure pas l’expression génique. Ceci démontre que la réponse SOS et le cSDR ne sont pas impliqués dans l’inhibition de l’expression génique en absence de RNase HI. La croissance bactérienne qui est inhibée en absence de topoisomérase I, reprend lorsque l’excès de surenroulement négatif est éliminé. En absence de RNase HI et de topoisomérase I, le surenroulement négatif est très relaxé. Il semble que la réponse cellulaire suite à la formation de R-loops, soit la relaxation du surenroulement négatif. Selon le même principe, des mutations compensatoires dans la gyrase apparaissent en absence de topoisomérase I et réduisent l’accumulation de surenroulement négatif. Ceci supporte fortement l’idée que le surenroulement négatif joue un rôle primordial dans la formation de R-loop. La régulation du surenroulement négatif de l’ADN est donc une tâche essentielle pour la cellule. Elle favorise notamment l’expression génique optimale durant la croissance et l’exposition aux stress, en limitant la formation de R-loops. La topoisomérase I et la RNase HI jouent un rôle important et complémentaire dans ce processus.

Compatibilització de l'estudi i el treball en els nous graus de mestre a través de la pràctica reflexiva

A mesura d’endinsar-nos en el coneixement de l’adaptació a l’EEES durant aquests darrers anys i de trobar-nos en una situació actual de modulació dels cursos de graus pel curs vinent, ens adonem que el nostres estudiants tindran una etapa de formació més llarga ( grau i postgrau, màster... si s’escau) i més costosa a nivell econòmic. És motiu de reflexió que un tant per cent molt elevat dels nostres alumnes dins dels plans d’estudis actuals treballen per poder-se costejar els estudis. S’ha arribat a alguna previsió de futur? Cap a on volem anar? Han de poder treballar i estudiar o només estudiar? En un nou escenari on la formació canvia l’enfocament des del formador cap a l’alumne i on l’aprenentatge s’orienta de manera més autònoma i reflexiva, es podrà compaginar aquesta formació acadèmica amb el món laboral? L’objectiu d’aquesta proposta és recollir reflexions i propostes per part dels alumnes de segon i tercer curs de les assignatures d’Educació Física i la seva didàctica en els estudis d’educació física de magisteri, sobre el que pensen, senten i viuen (dificultats, estratègies, aportacions...) en relació als nous graus de magisteri, així com les possibilitats educatives que ofereix compaginar els estudis amb el món laboral

La Participació dels i de les estudiants en l'organització de la 2a edició de la Fira de la Ciència: una reflexió centrada en la tutorització i el voluntariat

Aquesta comunicació té com a objectiu exposar una experiència docent innovadora en els estudis de mestre de la Universitat de Girona basada en la participació dels estudiants en el disseny, realització i avaluació de tallers de ciència per a nens i nenes d’Infantil i Primària en el marc del projecte d'educació científica 'Pol·len', concretament en la 2a edició de la Fira de la Ciència. Aquesta experiència es basa per una banda en el treball pràctic inclòs dins de dues assignatures dels estudis de mestre en educació infantil i d'educació primària. Per altra banda, una part essencial de l'experiència rau en la col·laboració voluntària d'estudiants de 2n i 3r curs dels estudis de mestre en educació infantil, desenvolupant tasques molt diverses durant tot el curs acadèmic i més específicament i de manera concreta en la Fira de la Ciència. L’objectiu principal de la innovació docent i del programa de voluntariat que es presenten és doble, per una banda es volen potenciar algunes competències que creiem indispensables pels futurs mestres (autogestió de l’aprenentatge, treball en equip i competència científica) i per altra banda es pretén enfortir el lligam entre la Universitat i la comunitat educativa de les etapes d’educació infantil i primària, creant espais comuns d’intercanvi i treball col·laboratiu. La descripció i la reflexió que segueixen a continuació es centren en el primer objectiu de l’experiència. Concretament, l’anàlisi realitzat posa l’èmfasi en l’acció tutorial i en l'autogestió dels estudiants i es realitza des dels dos punts de vista implicats de manera prioritària: el del professorat i el de l'estudiantat. Per aquesta raó, s’han utilitzat diferents instruments per recollir les dades que són objecte d’anàlisi i també volem destacar que entre els autors de la comunicació, a més a més del professor i professores implicades en la innovació, també ha participat de manera molt activa un estudiant del grup de voluntaris de 2n curs d’educació infantil

Avaluació de programes educatius no formals en un mateix entorn cultural i àmbits diferents

Presentem els resultats de dos processos d’avaluació de programes educatius de l’àmbit de l’educació no formal que comparteixen un mateix entorn cultural i una filosofia de fons comuna, encara que aplicada a dos àmbits d’acció ben diferents. D’una banda, vam avaluar el funcionament d’un programa educatiu ofert per l’Ajuntament de Girona i vinculat fonamentalment a la seva qualitat de ciutat històrica, amb un predomini, per tant, de les activitats referents al patrimoni històric i cultural. De l’altra, un programa educatiu ofert per la Diputació de Girona per a la coneixença d’espais d’interès natural situats en diferents punts de la geografia gironina

Anàlisi de Procrustes i alineament molecular

L'algorisme de McLachlan per a l'alineament de dos conjunts de coordenades atòmiques és interpretat sota l'òptica de l'Anàlisi Multivariant, que posa de manifest que el plantejament d'aquest problema és equivalent al de l'anàlisi de Procrustes i que la solució proposada per Kabsch és anàloga a la de Sibson, desenvolupada independentment

Aplicació de la semblança molecular quàntica en la reducció de l'espai configuracional per a l'estat fonamental i primers excitats de l'àtom d'Heli

Es presenta un mètode de selecció d'orbitals atòmics relacionat amb la teoria de la Semblança Molecular Quàntica, que permet reduir l'espai actiu quan es vol dur a terme un càlcul a nivell d'Interacció de Configuracions per a l'àtom d'heli

Descripció de propietats moleculars i activitats biològiques emprant l'energia de repulsió electró-electró

En aquest treball es descriu l'ús de les mesures de semblança molecular quàntica (MSMQ) per a caracteritzar propietats i activitats biològiques moleculars, i definir descriptors emprables per a construir models QSAR i QSPR. L'estudi que es presenta consisteix en la continuació d'un treball recent, on es descrivien relacions entre el paràmetre log P i MSMQ, donant així una alternativa a aquest parimetre hidrofòbic empíric. L'actual contribució presenta una nova mesura, capaç d'estendre l'ús de les MSMQ, que consisteix en l'energia de repulsió electró-electró (Vee). Aquest valor, disponible normalment a partir de programari de química quàntica, considera la molècula com una sola entitat, i no cal recórrer a l'ús de contribucions de fragments. La metodologia s'ha aplicat a cinc tipus diferents de compostos on diferents propietats moleculars i activitats biològiques s'han correlacionat amb Vee com a únic descriptor molecular. En tots els casos estudiats, s'han obtingut correlacions satisfactòries.

Estudi Qsar d'una família de Quinolones utilitzant índex de semblança i índex topològics de semblança i índexs topològics de semblanç

En aquest treball es presenta un exemple d'aplicació de la semblança molecular quàntica en l'àmbit de la determinació de relacions entre l'estructura i les propietats o activitats biològiques de molècules. La família estudiada està formada per un conjunt de divuit quinolones de les quals es coneixen dues propietats relacionades amb l'activitat biològica: la concentració mínima inhibitòria de la reproducció en E. Coli i I'escissió de l'ADN per la girasa, també en E. Coli. L'estudi s'ha realitzat emprant dues metodologies diferents, fonamentades ambdues en el desenvolupament de la semblança molecular quàntica. Aquestes dues metodologies es basen, respectivament, en el càlcul i l'aplicació dels índexs de semblança i dels índexs topològics de semblança

Słowo wstępne: W obliczu nadchodzącej fali reform szkolnictwa wyższego w Polsce. Argumentacja i wizja wspierająca najważniejsze kierunki zmian

Polska zrobiła w obszarze reform w latach 2009-2011 pierwsze kroki w kierunku, na który patrzymy bardzo życzliwie. Jednak pierwsze kroki wymagają kroków kolejnych – bardziej stanowczych i bardziej skoordynowanych, opartych na fundamencie zmian już wprowadzanych w życie – którym będzie towarzyszyć przekonująca wizja przyszłości, a także adekwatne do skali przewidywanych zmian publiczne nakłady finansowe. Wizja jest niezbędna. Wspólnota akademicka, a przede wszystkim jej najmłodsze pokolenie, musi wiedzieć, na jakich podstawach ma budować swoją akademicką przyszłość i czy jest w stanie się w niej odnaleźć. Warto jasno powiedzieć, że z czasem pojawi się bardziej zróżnicowany system instytucji szkolnictwa wyższego, o różnych możliwościach i różnych zadaniach w różnych miejscach, realizujących różne misje i oferujących różne możliwości awansowe i finansowe. Warto powiedzieć, że niezbędne – ale i możliwe – będą pionowe migracje w ramach różnicującego się systemu w zależności od indywidualnych zdolności, umiejętności, pracowitości, a przede wszystkim mierzalnych osiągnięć naukowych. Należy także przypomnieć, że profesja akademicka nie daje równych szans wszystkim, ponieważ talenty naukowe w ramach wspólnoty akademickiej nie rozkładają się równo, ale z pewnością daje duże szanse najzdolniejszym; że w najlepszych ośrodkach naukowy wymiar kariery akademickiej, tak jak w świecie zachodnim, jest najważniejszy, a wszystkie pozostałe są tylko jego tłem; że z czasem wzorce pracy akademickiej i wzorce akademickich zarobków – w wybranych miejscach i dla wybranych grup badaczy – będą przypominać wzorce znane z najlepszych systemów zachodnich; i wreszcie, że w tych wybranych miejscach (zwanych uniwersytetami badawczymi czy flagowymi) uprawianie nauki nie będzie jednostkowym, częściowo niezrozumiałym i częściowo jedynie tolerowanym, hobby.

Denna dödliga ensamhet : Existentiell utsatthet i Kristina Lugns poesi och dramatik

Syftet med denna uppsats är att undersöka hur den existentiella utsattheten gestaltas i Kristina Lugns diktsamlingar om jag inte och Bekantskap önskas med äldre bildad herre. Lugns dramer Idlaflickorna och Nattorienterarna undersöks också kortfattat i ljuset av lyriken. I avsnittet före analysdelen ges en kort förklaring till den tradition som fört fram ironin hos svenska kvinnliga lyriker, vilket bland annat innefattar fransk existentialism och absurdism. De teman som framstått tydligast i om jag inte är moderskapet, ensamheten, döden och förhållandet mellan män och kvinnor. Analysen tar bland annat upp influenserna från Sonja Åkesson, barns utsatta situation och ensamma kvinnor i folkhemmets bakgård. Dessa vardagliga teman är även representativa för Bekantskap önskas, även om både intensitet och fokus skiftar. Här finns bitande ironi, ensamma, desperata mammor, men inte samma nattsvarta ton som i debutsamlingen. Döden är konkret och ständigt närvarande i båda samlingarna. Den jämförande analysen av Idlaflickorna och Nattorienterarna betonar uttryckssättet i dramatiken jämfört mot lyriken. Det poetiska språket är typiskt för Lugns dramatik. Influenserna från Samuel Beckett och absurdismen är också påtagliga. Slutligen konstateras att den existentiella utsattheten inte är lika tydlig i dramatiken - på ytan. Under ytan är det symboliska och fragmenterade språket minst lika existentiellt.

Studie av faktorer som påverkar färgtorkningen vid tryckning i arkoffset

Vanliga arkoffsetfärger innehåller pigment, trioglycerid, mineraloljor eller vegetabiliska oljor, naturliga hartser, alkyder och tillsatser såsom torkmedel, antioxidanter och vaxer.Tryckfärger för olika ändamål torkar genom skilda processer. Arkoffsetfärger torkar i två steg. Först sker oljeabsorption och sedan sker en kombination av oxidation och polymerisation. I detta steg är det bindemedlet och oljorna som förlorar dubbelbindningar, kortare molekyler reagerar och bildar längre molekylkedjor, vilket resulterar i att färgen torkar. Den kemiska torkningen initieras av luftens syre. Tryckfärgers torkningsförlopp tar alltför lång tid och detta arbete avsåg att genom GRT-utvärdering utvärdera hur temperatur, tillgång av syre och fuktvattenhållningen i tryckpressen påverkar torktiden för tre olika papperskvaliteter.Examensarbetet visade att temperaturen påverkar torktiden mycket. En ökning från 23 ºC till 40 ºC minskade torktiden med upp till en tredjedel. För att syret ska reducera torktiden måste tillgången vara stor. Endast ökning av sprutpulvrets grovlek gav inget utslag, men torkning vid fritt lufttillträde minskade torktiden till en sjättedel jämfört med torkning i stapel. För att torkningen inte ska ta onödigt lång tid ska fuktvattennivån i pressen vara låg.

Hållfasthetsvariationer i bandände hos varmvalsade höghållfasta stål

Varmvalsade HSLA-stål (high strength low alloy) uppvisar normalt en lägre hållfasthet i sista änden av bandet. Denna s.k. ändeffekt har länge varit känd och flera undersökningar har genomförts för att utvärdera hur mycket de sistametrarna minskar i hållfasthet. Materialet som undersökts i detta examensarbete är Domex 700MC. DX 700MC är ett extra höghållfast kallformningsstål och dess typiska egenskaper är: • Utmärkt formbarhet i förhållande till sin höga hållfasthet. • God svetsbarhet • God slagseghet vid låg temperatur Materialet är varmvalsat och har en minsta sträckgräns längs valsriktningen på 700 MPa. Syfte och problemformulering är: • Bestämma ändeffektens utbredning med hjälp av hållfasthetsprovning • Litteraturstudie om materialmekanismer som inverkar på ändeffekten • Påverkan av värmebehandling • Inverkande tillverkningsfaktorer Examensarbetet är avgränsat till ett material med samma ämnesspecifikation, ÄS, vilket betyder att legeringshalterna i materialet är samma. Dessutom undersöks två olika tjocklekar av färdiga band.

Användbarhetstest i samband med utveckling av webbplats

Varje år lägger företag ner hundratusentals kronor för egna webbplatser. När programmerare och ledning är nöjda med utseende och funktionalitet sätts webbplatsen i bruk. Det är ofta först nu som företaget får in respons på om webbplatsen från användarna. I vissa fall blir detta en katastrof eftersom fel produkt erbjuds till användaren eller att användaren inte förstår hur han ska använda produkten.För att förhindra detta problem på bästa möjliga sätt används användbarhetstest för att utreda vad användaren av det blivande systemet vill ha innan systemet distribueras.Målet med examensarbetet är att konstruera en webbplats avsedd för den kommande utbildningen Creative business management. Syftet är därefter att visa hur användbarhetstest på bästa möjliga sätt bör användas i samband med utvecklingsarbetet av webbplatser. Utvecklingsarbetet sker med hjälp av en anpassad version av Siegels utvecklingsmodell. För att utföra användbarhetstest används sedan Molich modell för användbarhetstest.Arbetet visar vidare att användbarhetstest bör användas kontinuerligt under hela utvecklingsarbetet för att inte riskera att arbetet glider iväg åt fel riktning. Det krävs endast fem testdeltagare för att finna 80 % av de möjliga användbarhetsproblemen på en webbplats. Det optimala är att använda fem testdeltagare i flera etapper i samband med olika versioner och uppgraderingar av webbplatsen för att kvalitetssäkra arbetet.

Fem högljudda myror hörs mer än fyra tysta elefanthjordar : En fallstudie kring kön och dess generaliserbarhet i forskning

Pojkar och flickor ses ofta som två homogena och två var för sig ensamt verkande grupper. Det är uppsatsförfattarnas främsta mål att illustrera problemen vilka uppstår av ett oproblematiserat könskategoriserande och istället sätta individen i fokus. Syftet med denna uppsats är att, utifrån en fallstudie, problematisera kategorisering av människor inom forskning och låta könskategorisering agera exempel på en allmän problematik. Intresset hos uppsatsförfattarna ligger på att komma bort från en mekanisk förståelse av kön där målet med uppsatsen är insikt snarare än statisk analys.Frågorna vilka ställts för att konkretisera syftet är följande:-Hur agerar och reagerar läraren på olika störningsmoment i klassrummet?-I vilken utsträckning är pojkars och flickors aktivitet, enligt fallstudien, störningsmoment i klassrummet? -Är det i de undersökta klassrumssituationerna ett fåtal elever vilka tillkännager sig ofta eller är det många elever vilka tillkännager sig sällan?En fallstudie beslutades vara den mest lämpade metoden vid genomförandet av undersökningen och som metod inom fallstudien har uppsatsförfattarna använt sig av observationer. Observationerna vilka gjordes var så kallade strukturerade observationer. I vårt fall avses strukturerade observationer som observationer vilka utgår från i förväg utarbetade kategorier. Observationerna genomfördes i en nionde klass och en årskurs tre-klass på gymnasiet.Resultaten visade att flickorna som samlad kategori gav sig tillkänna i mycket högre utsträckning än pojkarna, men samtidigt gick det utläsa att det var några flickor vilka avsevärt höjde medelvärdet för könsgruppen. Samma förhållande förelåg hos pojkarna, där det var ett fåtal vilka tillkännagav sig i mycket högre utsträckning än resterande. Detta innebar att de elever vilka aldrig eller sällan gav sig tillkänna med rätt icke torde kategoriseras in under en grupp för vilken resultatet av granskningen för dem inte är karakteristiskt. I de undersökta och observerade klasserna visade det sig att 10 % av eleverna stod för 60 % av den totala mängd störande tillkännagivanden i klassrumssituationerna. Detta innebär att övriga elever icke bör beskyllas för att ha bidragit till en eventuell störning i klassrummet. Det är sålunda rimligt att sluta sig till att det finns faror med kategorisering av människor, då elever i negativ mening kan påverkas både socialt och pedagogiskt. Dessa slutsatser går även att applicera på och dra slutsatser kring kategorisering av människor i allmänhet.

Islam och hinduism ur ett genusperspektiv : En granskning av ett urval religions läroböcker på grundskole- och gymnasienivå

Syftet med vårat examensarbete har varit att göra en läromedelsanalys ur ett genusperspektiv i ämnet religion. Vi har studerat två läromedel som riktar sig till grundskolans senare år och två läromedel som riktar sig till gymnasiet. I analyserna har vi kommit fram till att det i läromedlen för grundskolan finns en stor avsaknad av genusmedvetenhet. Även om genusmedvetenheten är större i läromedlen för gymnasiet uppnår det inte den genusmedvetenhet som vore önskvärt.