Differential protein labeling with thiol-reactive infrared DY-680 and DY-780 maleimides and analysis by two-dimensional gel electrophoresis.

Differential protein labeling with 2-DE separation is an effective method for distinguishing differences in the protein composition of two or more protein samples. Here, we report on a sensitive infrared-based labeling procedure, adding a novel tool to the many labeling possibilities. Defined amounts of newborn and adult mouse brain proteins and tubulin were exposed to maleimide-conjugated infrared dyes DY-680 and DY-780 followed by 1- and 2-DE. The procedure allows amounts of less than 5 microg of cysteine-labeled protein mixtures to be detected (together with unlabeled proteins) in a single 2-DE step with an LOD of individual proteins in the femtogram range; however, co-migration of unlabeled proteins and subsequent general protein stains are necessary for a precise comparison. Nevertheless, the most abundant thiol-labeled proteins, such as tubulin, were identified by MS, with cysteine-containing peptides influencing the accuracy of the identification score. Unfortunately, some infrared-labeled proteins were no longer detectable by Western blots. In conclusion, differential thiol labeling with infrared dyes provides an additional tool for detection of low-abundant cysteine-containing proteins and for rapid identification of differences in the protein composition of two sets of protein samples.

Caracterização da comunidade bacteriana endofítica de citros por isolamento, PCR específico e DGGE

O objetivo deste trabalho foi caracterizar a comunidade bacteriana endofítica de plantas assintomáticas (escapes) e afetadas pela clorose variegada dos citros (CVC) por meio de isolamento em meio de cultura, técnica de gradiente desnaturante em gel de eletroforese (DGGE) e detecção de Methylobacterium mesophilicum e Xyllela fastidiosa por meio de PCR específico, para estudar esta comunidade e sua relação com a ocorrência da CVC. A análise da comunidade bacteriana via DGGE permitiu a detecção de X. fastidiosa, bem como Klebsiella sp. e Acinetobacter sp. como endófitos de citros. Foram observados também Curtobacterium sp., Pseudomonas sp., Enterobacter sp. e Bacillus spp. Utilizando primers específicos, Methylobacterium mesophilicum e X. fastidiosa também foram observadas, reforçando hipóteses de que estas bactérias podem estar interagindo no interior da planta hospedeira.

In-vivo performance of high-density collagen gel tubes for urethral regeneration in a rabbit model.

Congenital malformations or injuries of the urethra can be treated using existing autologous tissue, but these procedures are sometimes associated with severe complications. Therefore, tissue engineering may be advantageous for generating urethral grafts. We evaluated engineered high-density collagen gel tubes as urethral grafts in 16 male New Zealand white rabbits. The constructs were either acellular or seeded with autologous smooth muscle cells, isolated from an open bladder biopsy. After the formation of a urethral defect by excision, the tissue-engineered grafts were interposed between the remaining urethral ends. No catheter was placed postoperatively. The animals were evaluated at 1 or 3 months by contrast urethrography and histological examination. Comparing the graft caliber to the control urethra at 3 months, a larger caliber was found in the cell-seeded grafts (96.6% of the normal caliber) than in the acellular grafts (42.3%). Histology of acellular and cell-seeded grafts did not show any sign of inflammation, and spontaneous regrowth of urothelium could be demonstrated in all grafts. Urethral fistulae, sometimes associated with stenosis, were observed, which might be prevented by urethral catheter application. High-density collagen gel tubes may be clinically useful as an effective treatment of congenital and acquired urethral pathologies.

Processus de "deuil gelé" chez les femmes bosniaques, épouses de disparus

Les femmes concernées par cette recherche sont des femmes bosniaques, requérantes d'asile en Suisse, suivies au sein de l'association « Appartenances ». Elles ont quitté leur pays à la suite de la prise de la ville de Srebrenica, en juillet 1995. Lors de cet exode, elles ont été séparées de leurs maris, qui sont aujourd'hui encore portés disparus. Ces femmes partagent une expérience douloureuse qui transparaît derrière un certain nombre de symptômes physiques et psychiques. Nous avons été frappés par la répétition de pertes importantes, sans que les conditions permettant un travail de deuil soient réunies. Aucune signification ne peut être attribuée aux disparitions et aux décès, masqués par le silence politique et par l'impossibilité d'accomplir un rituel. Le deuil peut ainsi se compliquer jusqu'à devenir un deuil impossible, dont le prototype pourrait être le « deuil gelé » lors d'une disparition. D'autre part, le stress et l'attaque de l'identité occasionnés par les traumatismes et l'exil ont coupé ces femmes de leurs ressources personnelles et culturelles. La perte d'une image entière de soi est prolongée par le statut précaire de requérant d'asile et par la perte des espoirs mis dans le pays d'accueil. Devant la complexité de cette problématique, nous nous sommes demandés sur quel aspect axer la prise en charge thérapeutique. Nous avons décidé de travailler sur le vécu et les deuils actuels de ces patientes (stress post-traumatique et statut précaire en Suisse). Le concept-clé qui a étayé cette recherche s'inspire de Pollock (7): « le processus de deuil devient très significatif, dans le sens qu 'il est apparemment une des formes les plus universelles de l'adaptation et de la croissance à travers la structuration, disponible pour l'homme. » Dès lors, nous avons fait l'hypothèse que si le deuil est une forme universelle d'adaptation, l'élaboration d'un travail de deuil ou d'un processus d'adaptation quel qu'il soit, pourra servir d'apprentissage pour l'élaboration d'autres deuils. Concrètement, en travaillant sur le rétablissement de leur identité, les femmes pourront retrouver un accès à leurs ressources personnelles et culturelles, tandis que travailler sur les espoirs et déceptions face au statut en Suisse permettra de développer des moyens permettant plus de contrôle sur l'environnement. Leur autonomie rétablie, elles pourront consacrer leurs énergies à attribuer une signification à leur vécu et faire face aux autres deuils paralysant leur guérison. Nous avons assisté aux entretiens thérapeutiques, en récoltant des témoignages sur la base d'un canevas d'entretien semi-structuré, puis nous avons transposé les éléments sur une grille d'analyse regroupant les informations en items. L'analyse de ces entretiens nous a permis de préciser notre hypothèse et de développer des pistes de réflexion pour l'accompagnement thérapeutique de personnes vivant une disparition. A l'issue de ce travail, nous pouvons tirer des parallèles entre les processus d'élaboration des divers deuils. Les femmes sont entrées peu à peu dans le souvenir de la personne aimée et non plus dans le souvenir des événements traumatiques qui ont marqué sa disparition. S'appuyant alors sur la « mémoire sereine » de Kristeva (1) une recherche de signification a pu être entreprise, rejoignant ce que Métraux et Fleuiy (43) définissent comme la santé : « ... se voir créateur du sens qu'on veut donner à sa propre existence, à ses actes et à ses projets. »

Variabilidade genética em cultivares de soja determinada com marcadores microssatélites em gel de agarose

O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de cultivares de soja com marcadores microssatélites selecionados e caracterizados quanto à informatividade para uso em gel de agarose. O DNA de 23 cultivares de soja foi amplificado com 283 marcadores microssatélites em gel de agarose a 3%. Posteriormente, 53 marcadores que apresentaram polimorfismo facilmente detectável nos géis de agarose foram utilizados na caracterização de 53 cultivares. Nessas cultivares foram detectados 124 alelos, com média de 2,34 alelos por loco, e os valores de conteúdo de informação polimórfica variaram entre 0,16 e 0,66, com média de 0,47. As frequências alélicas variaram de 0,02 a 0,91, com média de 0,43. A distância genética calculada variou de 0,02 a 0,73, com média de 0,47. A menor distância observada foi entre as cultivares CD201 e CD208, e a maior distância entre CD210 e BRSMT Uirapuru. Os marcadores utilizados possibilitaram a identificação das 53 cultivares avaliadas. Os locos microssatélites de soja, avaliados em gel de agarose, apresentam elevada informatividade. É possível detectar variabilidade significativa no germoplasma brasileiro de soja avaliado, mesmo entre cultivares elite, quando se usa marcadores moleculares microssatélites selecionados por sua informatividade.

Sedimentation of macroscopic rigid knots and its relation to gel electrophoretic mobility of DNA knots.

We address the general question of the extent to which the hydrodynamic behaviour of microscopic freely fluctuating objects can be reproduced by macrosopic rigid objects. In particular, we compare the sedimentation speeds of knotted DNA molecules undergoing gel electrophoresis to the sedimentation speeds of rigid stereolithographic models of ideal knots in both water and silicon oil. We find that the sedimentation speeds grow roughly linearly with the average crossing number of the ideal knot configurations, and that the correlation is stronger within classes of knots. This is consistent with previous observations with DNA knots in gel electrophoresis.

Desenho e validação de iniciadores microssatélites SSR para mamoneira

O objetivo deste trabalho foi desenhar, validar e otimizar pares de iniciadores microssatélites SSR para mamoneira. O desenho dos pares de iniciadores foi feito por meio do aplicativo Websat, a partir de sequências depositadas no GenBank do National Center for Biotechnology Information (GenBank/NCBI), e a sua qualidade foi aferida com uso do aplicativo web NetPrimer. Foram utilizadas diferentes concentrações de DNA, cloreto de magnésio, pares de iniciadores, dNTPs e temperatura de anelamento para otimização das condições de PCR. Um total de 30 pares de iniciadores SSR foi desenhado, sintetizado e otimizado. O gel de agarose foi utilizado para detecção dos produtos amplificados, e o gel desnaturante de poliacrilamida, na otimização das condições de PCR e na identificação de polimorfismo. Os pares de iniciadores apresentaram percentagem média de guanina/citosina (GC) igual a 47,29% e produtos amplificados com tamanhos entre 128 e 381 pb. Vinte e nove pares de iniciadores SSR (96,7%) foram validados, dos quais nove foram polimórficos (23,3%). As concentrações otimizadas para amplificação são: DNA, 25 ng; cloreto de magnésio, 1,2 mmol L-1; iniciadores Forward e Reverse, 0,4 mmol L-1; dNTPs, 0,1 mmol L-1; e temperatura de anelamento, 62 a 64ºC. As ferramentas de bioinformática Websat e Net Primer podem ser utilizadas para desenvolver iniciadores microssatélites de qualidade, para a mamoneira, a partir de sequências depositadas no GenBank/NCBI.

Alterações fisiológicas e bioquímicas em sementes de café secas em sílica gel e soluções salinas saturadas

O objetivo deste trabalho foi avaliar alterações fisiológicas e bioquímicas em sementes de café submetidas à secagem rápida, em sílica gel, e à secagem lenta, em soluções salinas saturadas. As sementes foram secas até que atingissem os seguintes teores de água: 40, 30, 20, 15, 10 e 5% (base úmida). Após a secagem, uma parte das sementes foi imediatamente avaliada quanto ao desempenho fisiológico e ao perfil de enzimas do processo oxidativo, e outra parte foi avaliada após armazenagem em condição hermética, em câmara fria e seca, por quatro meses. A velocidade de secagem e o teor final de água tiveram efeito significativo sobre a qualidade fisiológica das sementes. Após a secagem rápida em sílica gel, as sementes toleraram teores finais de água mais baixos. No entanto, após a secagem lenta, as sementes com teores finais de água mais elevados apresentaram maior qualidade. O período de armazenamento não afetou a germinação, mas prejudicou o vigor das sementes. A secagem rápida apresenta maior potencial de dano ao endosperma do que aos embriões. O perfil enzimático das sementes de café é afetado pelo teor final de água e pela velocidade de secagem.

Investigations of a thermosensitive gel to temporarily occlude crural arteries in femoro-distal bypass surgery.

OBJECTIVES: Long occlusions in calcified crural arteries are a major cause of endovascular technical failure in patients with critical limb ischaemia. Therefore, distal bypasses are mainly performed in patients with heavily calcified arteries and with consequently delicate clamping. A new reverse thermosensitive polymer (RTP) is an alternative option to occlude target vessels. The aim of the study is to report our technical experience with RTP and to assess its safety and efficiency to temporarily occlude small calcified arteries during anastomosis time. METHODS: Between July 2010 and December 2011, we used RTP to occlude crural arteries in 20 consecutive patients with 20 venous distal bypasses. We recorded several operative parameters, such as volume of injected RTP, duration of occlusion and anastomotic time. Quality of occlusion was subjectively evaluated. Routine on-table angiography was performed to search for plug emboli. Primary patency, limb salvage and survival rates were reported at 6 months. RESULTS: In all patients, crural artery occlusion was achieved with the RTP without the use of an adjunct occlusion device. Mean volume of RTP used was 0.3 ml proximally and 0.25 ml distally. Mean duration of occlusion was 14.4 ± 4.5 min, while completion of the distal anastomosis lasted 13.4 ± 4.3 min. Quality of occlusion was judged as excellent in eight cases and good in 12 cases. Residual plugs were observed in two patients and removed with an embolectomy catheter, before we amended the technique for dissolution of RTP. At 6 months, primary patency rate was 75% but limb salvage rate was 87.5%. The 30-day mortality rate was 10%. CONCLUSIONS: This study shows that RTP is safe when properly dissolved and effective to occlude small calcified arteries for completion of distal anastomosis.

Análise da diversidade genética por AFLP e identificação de marcadores associados à resistência a doenças em videira

Com objetivo de estudar diversidade genética e identificar marcadores associados à resistência ao míldio (Plasmopara viticola) e ao oídio (Uncinula necator), foram analisadas as cultivares de videira A 1976, CG 87746, CNPUV 154-27, Crimson Seedless, Gota de Ouro, Itália, Seyve Villard 12327 e Seyve Villard 12375. As análises de polimorfismo de comprimento de fragmento amplificado (AFLP) seguiram as etapas de digestão, ligação, pré-amplificação e amplificação. Efetuou-se a separação dos fragmentos amplificados em gel de 7% de poliacrilamida desnaturante (uréia 7M) e coloração com nitrato de prata. A similaridade foi estimada com base no coeficiente de Jaccard, e a agregação, por UPGMA. Foi gerada uma matriz de similaridade com bom ajustamento da agregação (r = 0,84). Os agrupamentos obtidos corresponderam à origem e classificação botânica das cultivares. Foram identificadas 15 marcas dissimilares associadas à resistência, sendo oito para míldio e sete para oídio.

Bulk silica-based luminescent materials by sol-gel processing of non-conventional precursors

The sol-gel synthesis of bulk silica-based luminescent materials using innocuous hexaethoxydisilane and hexamethoxydisilane monomers, followed by one hour thermal annealing in an inert atmosphere at 950oC-1150oC, is reported. As-synthesized hexamethoxydisilane-derived samples exhibit an intense blue photoluminescence band, whereas thermally treated ones emit stronger photoluminescence radiation peaking below 600 nm. For hexaethoxydisilane-based material, annealed at or above 1000oC, a less intense photoluminescence band, peaking between 780 nm and 850 nm that is attributed to nanocrystalline silicon is observed. Mixtures of both precursors lead to composed spectra, thus envisaging the possibility of obtaining pre-designed spectral behaviors by varying the mixture composition.