Optimization of the Sybr Green real time PCR for the detection of Human Herpes Virus type 6 (HHV-6)

HHV-6 is the etiological agent of Exanthem subitum which is considered the sixth most frequent disease in infancy. In immuno-compromised hosts, reactivation of latent HHV-6 infection may cause severe acute disease. We developed a Sybr Green Real Time PCR for HHV-6 and compared the results with nested conventional PCR. A 214 pb PCR derived fragment was cloned using pGEM-T easy from Promega system. Subsequently, serial dilutions were made in a pool of negative leucocytes from 10-6 ng/µL (equivalent to 2465.8 molecules/µL) to 10-9 (equivalent to 2.46 molecules/µL). Dilutions of the plasmid were amplified by Sybr Green Real Time PCR, using primers HHV3 (5' TTG TGC GGG TCC GTT CCC ATC ATA 3)'and HHV4 (5' TCG GGA TAG AAA AAC CTA ATC CCT 3') and by conventional nested PCR using primers HHV1 (outer): 5'CAA TGC TTT TCT AGC CGC CTC TTC 3'; HHV2 (outer): 5' ACA TCT ATA ATT TTA GAC GAT CCC 3'; HHV3 (inner) and HHV4 (inner) 3'. The detection threshold was determined by plasmid serial dilutions. Threshold for Sybr Green real time PCR was 24.6 molecules/µL and for the nested PCR was 2.46 molecules/µL. We chose the Real Time PCR for diagnosing and quantifying HHV-6 DNA from samples using the new Sybr Green chemistry due to its sensitivity and lower risk of contamination.

Classificação Internacional de Funcionalidade (CIF): Conceitos, Preconceitos e Paradigmas. Contributo de um Construto para o Percurso Real em Meio Natural de Vida.

A autora aborda o historial, génese e objectivos da Classificação Internacional de Funcionalidade para crianças e jovens, implementada pela Organização Mundial de Saúdeem 2007. Sublinha o papel de complementaridadade da CIF relativamente a outras classificações como a Classificação Internacional de Doenças (CID), em que a primeira visa caracterizar as capacidades e dificuldades de crianças e jovens com deficiência, ou seja, caracterizar do ponto de vista funcional cada criança e jovem, independentemente do diagnóstico etiológico médico. Trata-se da mudança de paradigma bio-médico para a do indivíduo que apresenta determinadas competências e dificuldades, em que estas últimas são definidas em função do ambiente – facilitador ou actuando como barreira. Assim, é dado enfoque ao ambiente para que este seja modificado transformando os factores que actuam como barreira em facilitadores, que anulem ou atenuem as dificuldades. Sendo a deficiência e ou doença uma experiência universal, a CIF vem colmatar uma importante lacuna na dificuldade de comunicação e articulação entre os diversos actores intervenientes no apoio socio educativo e médico destas crianças,criando uma linguagem acessível aos técnicos envolvidos – educadores, terapeutas e outros profissionais ligados à infância, por força envolvidos, dando uma maior ênfase à interacção criança/meio numa perspectiva holística de bem estar bio-psico-social.

Cross-Layer Admission Control to Enhance the Support of Real-Time Applications in WSN

Real-time monitoring applications may be used in a wireless sensor network (WSN) and may generate packet flows with strict quality of service requirements in terms of delay, jitter, or packet loss. When strict delays are imposed from source to destination, the packets must be delivered at the destination within an end-to-end delay (EED) hard limit in order to be considered useful. Since the WSN nodes are scarce both in processing and energy resources, it is desirable that they only transport useful data, as this contributes to enhance the overall network performance and to improve energy efficiency. In this paper, we propose a novel cross-layer admission control (CLAC) mechanism to enhance the network performance and increase energy efficiency of a WSN, by avoiding the transmission of potentially useless packets. The CLAC mechanism uses an estimation technique to preview packets EED, and decides to forward a packet only if it is expected to meet the EED deadline defined by the application, dropping it otherwise. The results obtained show that CLAC enhances the network performance by increasing the useful packet delivery ratio in high network loads and improves the energy efficiency in every network load.

Profiling of real-world web applications

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

A real-time quantitative assay for hepatitis B DNA virus (HBV) developed to detect all HBV genotypes

Hepatitis B virus (HBV) is a major cause of chronic liver disease worldwide. Besides genotype, quantitative analysis of HBV infection is extensively used for monitoring disease progression and treatment. Affordable viral load monitoring is desirable in resource-limited settings and it has been already shown to be useful in developing countries for other viruses such as Hepatitis C virus (HCV) and HIV. In this paper, we describe the validation of a real-time PCR assay for HBV DNA quantification with TaqMan chemistry and MGB probes. Primers and probes were designed using an alignment of sequences from all HBV genotypes in order to equally amplify all of them. The assay is internally controlled and was standardized with an international HBV panel. Its efficacy was evaluated comparing the results with two other methods: Versant HBV DNA Assay 3.0 (bDNA, Siemens, NY, USA) and another real-time PCR from a reference laboratory. Intra-assay and inter-assay reproducibilities were determined and the mean of CV values obtained were 0.12 and 0.09, respectively. The assay was validated with a broad dynamic range and is efficient for amplifying all HBV genotypes, providing a good option to quantify HBV DNA as a routine procedure, with a cheap and reliable protocol.

Estudio de la gestión de la variable ambiental en la generación termoeléctrica

En la actualidad, el cambio climático es uno de los temas de mayor preocupación para la población mundial y los científicos de todo el mundo. Debido al crecimiento de la población de forma exponencial, la demanda de energía aumenta acorde con ello, por lo que las actividades de producción energética aumentan consecuentemente, siendo éstas las principales causantes de la aceleración del cambio climático. Pese a que muchos países previamente habían apostado por la producción energética mediante tecnologías limpias a partir de energías renovables, hoy en día es imposible prescindir de los combustibles fósiles pues, junto a la energía nuclear, suponen el mayor porcentaje dentro del mix energético de los países más grandes del mundo, por lo que el cambio debe ser global y con todos los países implicados al unísono. Por ello, los países desarrollados decidieron acordar una serie de leyes y normas para la regulación y el control de la expansión energética en el mundo, mediante programas de incentivo a las empresas para la producción de energía limpia, libre de emisiones, sustituyendo y mejorando los procesos tecnológicos para que garanticen un desarrollo sostenible. De esta forma, se conseguiría también reducir la dependencia energética de los países productores de los recursos fósiles más importantes y a su vez, ayudar a otros sectores a diversificar su negocio y mejorar así la economía de las áreas colindantes a las centrales de producción térmica. Gracias a estos programas de incentivo o, también llamados mecanismos de flexibilidad, las empresas productoras de energía, al acometer inversiones en tecnologia limpia, dejan de emitir gases de efecto invernadero a la atmósfera. Por tanto, gracias al comercio de emisiones y al mercado voluntario, las empresas pueden vender dichas emisiones aumentando la rentabilidad de sus proyectos, haciendo más atractivo de por sí el hecho de invertir en tecnología limpia. En el proyecto desarrollado, se podrá comprobar de una forma más extensa todo lo anteriormente citado. Para ello, se desarrollará una herramienta de cálculo que nos permitirá analizar los beneficios obtenidos por la sustitución de un combustible fósil, no renovable, por otro renovable y sostenible, como es la biomasa. En esta herramienta se calcularán, de forma estimada, las reducciones de las emisiones de CO2 que supone dicha sustitución y se hallará, en función del valor de las cotizaciones de los bonos de carbono en los diferentes mercados, cuál será el beneficio económico obtenido por la venta de las emisiones no emitidas que supone esta sustitución. Por último, dicho beneficio será insertado en un balance económico de la central donde se tendrán en cuenta otras variables como el precio del combustible o las fluctuaciones del precio de la electricidad, para hallar finalmente la rentabilidad que supondría la inversión de esta adaptación en la central. Con el fin de complementar y aplicar la herramienta de cálculo, se analizarán dos casos prácticos de una central de carbón, en los cuales se decide su suscripción dentro del contexto de los mecanismos de flexibilidad creados en los acuerdos internacionales.

Educação e formação de Adultos: novas rotas?

Ao longo do projeto encarou-se a Educação e Formação de Adultos como um motor para a liberdade, definida como a autonomia para se procurar e viver um destino. Destino que não é apenas o porto onde atraca o barco à chegada, mas o processo de destinação na rota. Hodiernamente vivemos atracados ao paradigma da Aprendizagem ao Longo da Vida, ancorados a processos económicos e ideológicos que ditam as orientações de atuação do Instituto de Emprego e Formação Profissional na forma com se planeiam e organizam os Cursos de Educação e Formação de Adultos. Traçaram-se as rotas que Portugal percorreu até desenvolver as políticas de Educação e Formação de Adultos atuais. Essas políticas influenciam sobremaneira a organização e planeamento dos Cursos de Educação e Formação de Adultos desenvolvidos pelo Instituto de Emprego e Formação de Vila Real que se vê agrilhoado aos ideais neoliberais, à falta de recursos, de ideais e de esperança. Procurou-se construir um projeto que conceba o planeamento e a organização dos cursos de Educação e Formação de Adultos numa ótica emancipadora da educação enraizada em contextos locais, em que as diretrizes do Estado se constituem como uma moldura mas não se restringem à rigidez do caixilho, assente em lógicas de responsabilidade comunitária em processos relacionais abertos, dialogados e críticos assentes em conteúdos vividos, aprendidos e transformados. Espera-se e deseja-se que aqueles processos comprometam de forma decisiva todos os que se vêem envolvidos neste feixe de relações a partir do qual cada um se forma, e desenvolvendo-se, se envolve na possibilidade de destinar a rota.

Das sombras de Platão ao realismo de Iracema: a representação do real no cinema

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Ciências da Comunicação, vertente Cinema e Televisão,

Análise da viabilidade económica da implementação de uma central de micro-cogeração no setor da agropecuária

O crescente aumento do consumo energético das sociedades desenvolvidas e emergentes, motivado pelo progresso económico e social, tem induzido a procura de alternativas focalizadas nas energias renováveis, que possam contribuir para assegurar o fornecimento de energia sem agravar o consumo de combustíveis fósseis e a emissão de gases com efeito de estufa. Nesse sentido, a produção de energia eléctrica a partir do gás metano resultante da estabilização anaeróbia de efluentes tem vindo a ser estudada e praticada desde finais do século XIX, tendo assumido maior expressão a partir dos anos 70 do século XX, na sequência das primeiras crises petrolíferas. As instalações agropecuárias reúnem dois fatores chave para o sucesso do aproveitamento energético do biogás produzido no tratamento dos efluentes: por um lado, produzem matéria-prima com potencial energético – dejeto animal com um potencial enorme de criação de biogás quando procedido de tratamento anaeróbio - e, por outro, necessitam de energia eléctrica para o funcionamento dos equipamentos electromecânicos e de calor para a manutenção das instalações. A valorização energética do biogás produzido na estabilização anaeróbia dos efluentes agro-pecuários, para além de permitir obter um retorno financeiro, que contribui para o equilíbrio dos custos de investimento e de exploração, contribui igualmente para a redução das emissões de gases com efeito de estufa, como o dióxido de carbono e o metano, e para a segurança de abastecimento energético à instalação, na medida em que assegura a alimentação de energia eléctrica em caso de falha no fornecimento pela rede nacional. A presente dissertação apresenta um contributo para estudos a desenvolver por proprietários de agropecuárias, cooperativas regionais do setor da agropecuária, empresas de projecto e estudantes de Engenharia, constituído por uma compilação da informação mais relevante associada à estabilização anaeróbia de efluentes e à valorização energética do biogás produzido. Com base em informação referente ao número real de animais existentes em Portugal, este trabalho pretende fazer ver a essas entidades que o aproveitamento energético do biogás é viável e útil para o país. Com a criação de uma aplicação informática de análise económica de investimento, provar que o investimento em pequenas propriedades, com apenas 80 cabeças normais, pode obter um retorno financeiro razoável, com um prazo de recuperação do investimento bastante baixo, aproveitando um recurso que caso contrário será desperdiçado e poluirá o ambiente.

A importância de Istar na legitimação da guerra e do poder real na Mesopotâmia

Istar é uma das divindades mais importantes na religião mesopotâmica e no panteão sumério-acádico. A sua identificação com a deusa suméria INANNA (INNIN) reflecte o fenômeno de sincretismo religioso que atravessa as teologias e as práticas religiosas na Mesopotâmia. A morfologia de INANNA poderá ser explicada pela expressão suméria NIN.AN.AK', que significa «senhora do céu». Efectivamente, ela é Dilbat (Vénus) e surge associada a outras divindades astrais como NANNA (Sin, deus identificado com a Lua), o seu pai, e como UTU (Samas, identificado com o Sol)2, o seu irmão, também elas divindades maiores do universo religioso da Mesopotâmia.

Lugar, espaço e geografia. Do real ao virtual na sociedade do conhecimento

A informação é um elemento preponderante para a tomada de decisões e quanto mais informação houver, mais ponderada será. SHANNON e WEAVER (1948:379-423) definem informação como "... aquilo que reduz a incerteza...", o que é discutível, já que inúmeras questões se poderão levantar, aumentando as incertezas em relação a outros pontos. BELL (1979:168) definiu informação como "... processamento de dados no seu sentido mais lato...", uma forma mais simples de explicar um conceito que se rodeia de inúmeros significados. Para MASON et ai. (1995:35), o Homem tem que existir para que haja informação, pois ela representa a forma através "... da qual uma mente consegue influenciar outra..."; em parte esta interpretação tem a ver com percepção e com o raciocínio humano. DAVIS e OHLSON (1985:200) definiram-na como "... dados de tal forma coligidos e processados, que se tomam úteis a um receptor, sendo valiosos para a análise de acções ou tomada de decisões..."; estes autores atribuem à informação um valor acrescentado, pois só a consideram como tal, se o seu uso beneficiar o saber e a decisão.

Otimização de processos de logística in-house

A presente dissertação foi realizada no âmbito do Mestrado de Engenharia e Gestão Industrial da Escola Superior de Estudos Industriais e de Gestão, de Vila do Conde. O projeto desenvolvido tem como tema principal a Otimização de processos de Logística in-house baseado num projeto, em contexto empresarial da empresa cliente, Continental Mabor S.A., da Rangel Distribuição e Logística, S.A. Este projeto tem como objetivo a “aglomeração” de dois armazéns do cliente, devido à necessidade de ocupação do armazém de produto acabado interno, para aumento da área de produção. Inicialmente foi feita uma revisão de literatura sobre os temas mais relevantes de suporte para o projeto, nomeadamente na otimização e melhoria contínua. Seguidamente é apresentado o Grupo Rangel, bem como a Rangel Distribuição e Logística, S.A., onde se enquadra o projeto e para se perceber o enquadramento e objetivo. A metodologia usada, caso de estudo, permitiu a aplicação de conceitos e ferramentas usados na literatura neste contexto, como ferramentas de otimização e melhoria continua como as melhores práticas de Kaizen-Lean. Na fase de diagnóstico do atual sistema, foi realizado um mapeamento de fluxo de processos e uma descrição detalhada do layout dos dois armazéns: Armazém de Produto Acabado (APA) e Armazém de Produto Acabado Externo (APAE), bem como todos os recursos, quer técnicos quer humanos necessários. Verificamos ao longo deste projeto várias limitações, inclusive limitações impostas pelo cliente, tal como não aprovar um estudo para um novo layout do armazém. Foi aprovado apenas a replicação do já existente. Com isto, depararam-se constrangimentos na gestão deste projeto. Os custos aumentaram significativamente, embora estes não sejam apresentados por questões de confidencialidade, principalmente com a necessidade de aquisição de novos equipamentos retráteis, e mais baterias para os mesmos, devido às grandes distâncias que irão ser percorridas. Finalmente foi projetado o sistema futuro, de acordo com as necessidades reais do cliente tendo em consideração a otimização de recursos e uma gestão magra (Lean Management). Foi desenvolvida a implementação da metodologia “Kaizen diário”, a dar início em 2016 juntamente com o novo projeto APAE. Com esta projeção foram identificados problemas e implicações no projeto, bem como possíveis melhorias.

Plano de negócios para a inovação, fabrico e comercialização de biscoitos portugueses, envolvendo a componente empresarial e social do empreendedorismo

O empreendedorismo tem-se assumido cada vez mais como uma área impulsionadora do desenvolvimento económico dos vários países. O empreendedor tem-se mostrado como um indivíduo capaz de forçar este desenvolvimento através da implementação das suas ideias e projetos criativos e/ou através da sustentabilidade em áreas menos desenvolvidas. De notar que o empreendedorismo atua nas mais diversas áreas, desde a tecnologia, passando pelo turismo, agricultura, atividades industriais ou até mesmo ao nível da responsabilidade e atuação social. Não é portanto, um veículo de desenvolvimento de países ricos ou pobres, desenvolvidos ou em vias de desenvolvimento, é sim, um meio de alcançar mais e melhores resultados, funcionando como força motriz igualmente importante, em grandes metrópoles ou em meios locais rurais. Para que os projetos de empreendedorismo avancem (ou não), é essencial saber reter do plano de negócio a sua real utilidade. Esta ferramenta ao serviço do empreendedor visa ajudar na tomada de decisão, tornando todos os elementos direta ou indiretamente ligados ao projeto, efetivamente visíveis, para que seja viável analisar o seu impacto. Deste modo, pretende-se com esta dissertação dar resposta a questões relacionadas com a viabilidade económico-financeira do projeto em estudo, procurando impulsionar a economia local e nacional através da recuperação e valorização de biscoitos nacionais. É também intuito incluir a perspetiva da Responsabilidade Social neste projeto, para que haja um real intercâmbio de saberes com a comunidade.

In vitro ANTIGIARDIAL ACTIVITY OF THE CYSTEINE PROTEASE INHIBITOR E-64

The quest for new antiparasitic alternatives has led researchers to base their studies on insights into biology, host-parasite interactions and pathogenesis. In this context, proteases and their inhibitors are focused, respectively, as druggable targets and new therapy alternatives. Herein, we proposed to evaluate the in vitro effect of the cysteine protease inhibitor E-64 on Giardia trophozoites growth, adherence and viability. Trophozoites (105) were exposed to E-64 at different final concentrations, for 24, 48 and 72 h at 37 °C. In the growth and adherence assays, the number of trophozoites was estimated microscopically in a haemocytometer, whereas cell viability was evaluated by a dye-reduction assay using MTT. The E-64 inhibitor showed effect on growth, adherence and viability of trophozoites, however, its better performance was detected in the 100 µM-treated cultures. Although metronidazole was more effective, the E-64 was shown to be able to inhibit growth, adherence and viability rates by ≥ 50%. These results reveal that E-64 can interfere in some crucial processes to the parasite survival and they open perspectives for future investigations in order to confirm the real antigiardial potential of the protease inhibitors.

MULTIPLEX SYBR® GREEN-REAL TIME PCR (qPCR) ASSAY FOR THE DETECTION AND DIFFERENTIATION OF Bartonella henselae AND Bartonella clarridgeiae IN CATS

A novel SYBR® green-real time polymerase chain reaction (qPCR) was developed to detect two Bartonellaspecies, B. henselae and B. clarridgeiae, directly from blood samples. The test was used in blood samples obtained from cats living in animal shelters in Southern Brazil. Results were compared with those obtained by conventional PCR targeting Bartonella spp. Among the 47 samples analyzed, eight were positive using the conventional PCR and 12 were positive using qPCR. Importantly, the new qPCR detected the presence of both B. henselae and B. clarridgeiae in two samples. The results show that the qPCR described here may be a reliable tool for the screening and differentiation of two important Bartonella species.