Differentiation of Candida species obtained from nosocomial candidemia using RAPD-PCR technique

Thirteen strains of the genus Candida were isolated from catheter, urine and surgical wounds from individual patients of the Santa Casa de Misericórdia, Belo Horizonte, MG, Brazil. Ten strains were characterized as Candida albicans, two as Candida glabrata, and one as Candida parapsilosis. Isolates were evaluated for molecular relatedness by random amplified polymorphic DNA technique using 15 primers. The analysis of the genomic DNA obtained revealed a low intraspecific polymorphism and did not allow for the differentiation between strains of the same species obtained from distinct clinical sources (catheter, urine and surgical wounds). The RAPD profiles generated were able to differentiate among the species of Candida albicans, Candida parapsilosis and Candida glabrata strains isolated in this study.

Assessment of chemiluminescence and PCR effectiveness in relation to conventional serological tests for the diagnosis of Chagas' disease

While testing 414 sera for the diagnosis of Chagas' disease, the conventional reactions of indirect hemagglutination, indirect immunofluorescence and the immunosorbent assay showed a sensitivity of 95.7%, 100% and 98.2% and a specificity of 98%, 98% and 96.4%, respectively, and an excellent association using Fisher's exact test. Chemiluminescence presented 100% sensitivity and 89.6% specificity, while PCR showed 100% specificity and 1.2% sensitivity. It is believed that the three conventional serological reactions are still adequate for diagnosing Chagas' disease.

Carga proviral do HTLV-1 e HTLV-2: um método simples através da PCR quantitativa em tempo real

Os vírus linfotrópicos de células T humanas, quando integrados ao genoma da célula hospedeira, provírus, têm como marcador de replicação seu DNA proviral. A carga proviral parece ser um importante fator no desenvolvimento de patologias associadas a estes retrovírus. Neste estudo foi desenvolvida uma metodologia para quantificação absoluta da carga proviral dos HTLV-1 e HTLV-2 através da PCR em tempo real. Cinqüenta e três amostras de doadores de sangue com teste de ELISA reagente foram submetidas à metodologia, que utilizou o sistema TaqMan® para três seqüências alvo: HTLV-1, HTLV-2 e albumina. A quantificação proviral absoluta foi determinada através da proporção relativa entre o genoma do HTLV e o genoma da célula hospedeira, levando em consideração o número de leucócitos. O método apresentado é sensível (215 cópias/mL), prático e simples para quantificação proviral, além de eficiente e adequado para confirmação e discriminação da infecção pelos tipos virais.

Nested-PCR do gene que codifica o antígeno b aplicada ao diagnóstico da tuberculose pulmonar

A reação em cadeia da polimerase usada para amplificação de uma seqüência interna de um fragmento previamente amplificado (nested-PCR) foi investigada como uma alternativa complementar a pesquisa de bacilos álcool ácido resistentes e a cultura do Mycobacterium tuberculosis em meio de Lowenstein-Jensen. Foram investigadas 144 amostras de escarro de pacientes suspeitos de tuberculose encaminhados ao Laboratório de Tuberculose do Instituto Evandro Chagas em Belém, no período de junho de 2002 a dezembro de 2003. Das 144 amostras, 121 foram caracterizadas como tuberculose, 119 foram positivas na cultura, 95 na baciloscopia e 128 na nested-PCR. A sensibilidade da nested-PCR foi 96% (116/121), enquanto a especificidade foi 48% (11/23). A nested-PCR poderá ser uma ferramenta complementar para o diagnóstico da tuberculose, pois apresenta sensibilidade equivalente à cultura, no entanto, necessita de maiores avaliações visando minimizar o número de resultados falso-positivos.

Desafios da preservação digital: uma perspectiva orientada aos documentos digitalizados do Arquivo Científico Tropical

A utilização crescente das tecnologias de informação provocou uma revolução do conhecimento. O resultado deste novo paradigma trouxe mudanças significativas no modo de gerir e difundir a informação arquivística. A digitalização de parte ou da totalidade de acervos tem sido uma prática constante nos arquivos, bibliotecas e centros de documentação como forma de permitir ao utilizador o acesso remoto e alargado à informação. Neste sentido, o presente estudo, o qual enquadra-se na Sociedade da Informação, incide sobre preservação a longo prazo de documentos digitalizados e tem como objeto de estudo os representantes digitais inseridos no Arquivo Científico Tropical Digital (ACTD), pertencente ao Instituto de Investigação Científica Tropical (IICT). Propõe-se aqui entender o processo de digitalização dos documentos inseridos no ACTD, analisar se é realizada alguma preservação digital a longo prazo, bem como analisar a perceção dos profissionais da instituição em estudo relativa à esta temática e a partir deste conhecimento fazer recomendações de preservação digital a longo prazo ao Arquivo digital. O método de recolha e análise de dados utilizado diz respeito à análise de documentos institucionais do IICT, das páginas web do IICT e do ACTD, a fim de compreender a sua génese e estrutura e, a análise qualitativa de entrevistas semiestruturadas aplicada a cinco colaboradores do IICT que trabalham direta ou indiretamente com o ACTD. Para ajudar na análise dos dados recolhidos em entrevista construiu-se uma grelha de análise qualitativa por tema e categoria. A partir do tratamento e análise dos dados identificou-se algumas dificuldades que o ACTD apresenta relativamente á preservação digital a longo prazo, e recomendações foram sugeridas. O IICT não possui plano de preservação digital, nem ações de preservação definidas para serem aplicadas aos objetos digitais do ACTD. A perceção dos profissionais entrevistados relativa à temática é superficial, por isso no que diz respeito à preservação dos objetos digitais recomenda-se ao ACTD e aos profissionais que estão a trabalhar diretamente com as coleções documentais digitalizadas a criação de um grupo de trabalho, de um projeto de digitalização formalizado e de um plano de preservação digital, além da utilização de metadados de preservação, assim como a definição de normas e estratégias de preservação com base em políticas nacionais e internacionais.

Detection of human herpesvirus-7 by qualitative nested-PCR: comparison between healthy individuals and liver transplant recipients

Diagnosis of human herpesvirus-7 active infection in transplant patients has proved difficult, because this virus is ubiquitous and can cause persistent infections in the host. The significance of viral DNA detected in leukocytes by PCR is unclear and cross-reaction in serological tests may occur. This study aimed to evaluate nested-PCR to detect human herpesvirus-7 active infection in liver transplant recipients compared to healthy individuals. human herpesvirus-7 nested-PCR was performed on leukocytes and sera of 53 healthy volunteers and sera of 29 liver transplant recipients. In healthy volunteers, human herpesvirus-7 was detected in 28.3% of leukocytes and 0% of serum. human herpesvirus-7 was detected in sera of 48.2% of the liver transplant recipients. Nested-PCR on DNA extracted from leukocytes detected latent infection and the study suggests that nested-PCR performed on serum could be useful to detect human herpesvirus-7 active infection in liver transplant recipients.

Projeto para a criação de uma Biblioteca Digital dos Exércitos Português e Brasileiro

Este trabalho de investigação foi desenvolvido no âmbito do Mestrado em Ciências da Informação e Documentação, da Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da Universidade Nova de Lisboa, na área de especialização de Biblioteconomia. Tem como principal objetivo elaborar um projeto de criação de uma Biblioteca Digital Militar dos Exército Português e Brasileiro. Com a criação desta biblioteca pretende-se aproveitar as potencialidades proporcionadas pelas novas tecnologias para facilitar o acesso a informação especializada de âmbito histórico-militar, em formato digital, para apoiar o ensino e a investigação de militares dos dois Exércitos. Contudo, sendo uma biblioteca digital os seus recursos ficarão disponíveis para todos os interessados nas temáticas militares, nomeadamente investigadores de outras áreas do conhecimento e para o público em geral. Consideramos pertinente e útil a criação de uma biblioteca com estas características na medida em que, partilhando Portugal e o Brasil uma história comum, existe um conjunto de documentos relevantes que estão apenas numa ou noutra Biblioteca o que dificulta a sua consulta pela distância física que as separa. Procurando reduzir esses constrangimentos propõe-se a criação de uma biblioteca digital, que permitirá não só facilitar o acesso a conteúdos informativos que podem contribuir para a produção de conhecimento nas temáticas militares como também para promover a Língua Portuguesa. Para que essa iniciativa se possa concretizar no presente trabalho de investigação são definidos os enquadramentos e os conceitos a adotar, as políticas de desenvolvimento e os planos de digitalização, os conteúdos das coleções, a forma como se irão organizar e como os leitores vão pesquisar e recuperar a informação. As opções tomadas no desenho da arquitetura desta biblioteca digital comum aos dois exércitos são fundamentadas na revisão de literatura adequada, na realização de entrevistas para recolher as opiniões de investigadores, diretores de cursos e decisores da estrutura militar e na análise de sítios web de Bibliotecas Digitais Militares de exércitos de países da NATO, para recolher boas práticas que possam ser replicadas.

Caracterização de múltiplos polimorfismos de Pneumocystis Jirovecii por multiplex-PCR/Single base extension

Pneumocystis jirovecii é conhecido por causar infecções específicas no aparelho respiratório de seus hospedeiros, principalmente em doentes imunocomprometidos, manifestando-se por uma pneumonia grave e por vezes fatal, normalmente designada por pneumonia por Pneumocystis. A caracterização da diversidade genética de P. jirovecii tem demonstrado que determinados polimorfismos de base única poderão ser reconhecidos como marcadores moleculares de eleição para o estudo da distribuição geográfica, vias de transmissão, resistência/susceptibilidade a fármacos, factores de virulência e genética populacional de subtipos genéticos. Este estudo teve como objectivo a caracterização de polimorfismos de P. jirovecii, através da metodologia PCR multiplex/Extensão de base única (do inglês single base extension), com a principal finalidade de constatar eventuais associações entre polimorfismos de base única, genótipos multilocus, e dados clínicos e demográficos da infecção. Sessenta e seis espécimes pulmonares, previamente considerados positivos para P. jirovecii, obtidos entre 2001 e 2012, a partir de doentes portugueses imunocomprometidos, foram seleccionados de forma aleatória para este estudo multilocus. PCR multiplex foi utilizada para a amplificação simultânea de três regiões genómicas: subunidade grande do rRNA mitocondrial, superóxido dismutase e dihidropteroato sintetase. Cinco polimorfismos de base única, previamente correlacionados com parâmetros da doença, foram genotipados por extensão de base única: mt85, SOD110, SOD215, DHPS165 e DHPS171. Um total de 330 polimorfismos de base única e 29 genótipos multilocus putativos de P. jirovecii foram identificados e caracterizados nos espécimes pulmonares analisados. Os padrões de distribuição dos polimorfismos foram analisados, sendo considerada a variação temporal e/ou geográfica das suas formas alélicas. Constatou-se grande diversidade genotípica entre os isolados de P. jirovecii que poderá ter influência a nível epidemiológico. Foram observadas associações estatísticas entre mt85/genótipos multilocus e parâmetros demográficos e clínicos. A correlação mais importante verificou-se entre mt85C e cargas parasitárias baixas a moderadas, enquanto mt85T foi associado com cargas parasitárias altas; MLG5, MLG9 e MLG13 foram associados com cargas parasitárias baixas, moderadas e altas, respectivamente. Tais associações demonstram que potenciais marcadores moleculares da infecção por P. jirovecii poderão existir e que polimorfismos/genótipos específicos poderão determinar perfis epidemiológicos da pneumonia por Pneumocystis. A análise genética cruzada permitiu verificar associações entre polimorfismos de base única. Os polimorfismos SOD110T e SOD215C, SOD110C e SOD215T, DHPS165A e DHPS171C, DHPS165G e DHPS171T foram associados estatisticamente. Os genótipos multilocus mais prevalentes foram considerados para o teste recombinatório d1. Dois genótipos multilocus (MLG7 e MLG9) foram observados com elevada frequência, e a análise genética indicou que estes se encontravam sobre-representados na população de P. jirovecii estudada. Estas evidências indicam que o fenómeno de desequilíbrio de ligação e a propagação clonal de subtipos genéticos é frequente, considerando que a espécie P. jirovecii poderá ser representada por uma população com estrutura epidémica. O presente trabalho confirmou a importância do estudo de polimorfismos em P. jirovecii, sugerindo que a caracterização multilocus poderá fornecer informação relevante para a compreensão dos padrões, causas e controlo da infecção, melhorando assim a investigação deste importante patogéneo.

Projeto de um altifalante digital

Devido ao crescente desenvolvimento das nanotecnologias, estando associadas a melhoria da eficiência energética assim como mais processamento de dados e a redução dos custos, esta dissertação possibilita todo o enquadramento com sistemas modernos ao nível do áudio digital. Tendo como base esta perspetiva, esta dissertação apresenta um sistema de áudio completo desde a fonte do sinal digital no PC até ao sinal analógico no altifalante. O sistema é constituído pelos seguintes módulos: a interface do utilizador no PC, o Processador Digital de Sinais (DSP), o amplificador digital e os altifalantes. O sistema é baseado na amplificação de classe D controlada por um modulador sigma delta (ΣΔM) digital. São abordadas as técnicas utilizadas e os cuidados a ter em conta em cada módulo, tendo como principal objetivo uma boa qualidade de áudio. Diferentes arquiteturas ΣΔM são primeiramente analisadas por simulações para validar a estabilidade e a funcionalidade, seguidamente são implementadas ao nível físico no protótipo para qualificar algumas medições elétricas e testes acústicos básicos. Depois de selecionados os ΣΔM mais promissores, o sistema foi avaliado pela análise de alguns testes elétricos de alto nível assim como gravações do sinal de áudio em um ambiente de estúdio controlado. Os resultados acústicos são comparados com um sistema de estúdio com reconhecimento no mercado. As medições finais do protótipo revelaram valores do rendimento de até 72%, a SNR na saída do amplificador digital de 73 dB através da leitura com o Audio Precision ATS-2, com uma THD de -75 dB e uma gama dinâmica (DR) de 75 dB. A tensão de alimentação pode ir dos 5 aos 12 Volt, utilizando uma metodologia H-bridge na saída do amplificador, e podendo ser aplicada uma carga mínima de 4 Ohm. O sistema desenvolvido demonstra-se promissor e possibilita melhorias através de otimização de cada elemento em particular, desde adicionar capacidades ao DSP através de novo firmware, ou melhorar a potência do amplificador digital consoante os requisitos da aplicação.

Diferenciação de micobactérias por PCR multiplex

O trabalho visou à otimização de um método baseado na reação em cadeia da polimerase multiplex - para diferenciação de micobactérias de interesse para a saúde pública. A PCR Multiplex baseou-se na amplificação simultânea do genehsp65, presente em todo gênero Mycobacterium, do gene dnaJ, presente apenas em Mycobacterium tuberculosis e Mycobacterium avium e da sequência de inserção IS6110 presente no complexo Mycobacterium tuberculosis, gerando amplicons de 165pb, 365pb e 541pb, respectivamente. O limite de detecção foi de 1fg para o alvo hsp65, 100pg para o dnaJ e 0,1fg para o IS6110. A PCR multiplex detectou até 100pg de DNA de Mycobacterium tuberculosis. O sistema demonstrou ser específico e sensível na detecção de Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium bovis, Mycobacterium avium e Mycobacterium smegmatis. Os resultados obtidos utilizando cepas de referência demonstraram que a PCR multiplex pode ser uma ferramenta rápida, sensível e específica na diferenciação de micobactérias.

PCR-RFLP of 16S ribosomal DNA to confirm the identification of Enterococcus gallinarum and Enterococcus casseliflavus isolated from clinical and food samples

INTRODUCTION: This study aimed to confirm the identification of Enterococcus gallinarum and Enterococcus casseliflavus isolated from clinical and food samples by PCR-RFLP. METHODS: Fifty-two strains identified by conventional biochemical exams were submitted to PCR amplification and digested with HinfI. Only 20 (38.5%) of the 52 strains showed a DNA pattern expected for E. gallinarum and E. casseliflavus. RESULTS: Analysis of the results of this study showed that E. gallinarum and E. casseliflavus are occasionally erroneously identified and confirmed the potential application of 16S rDNA analysis for accurate identification of these species. CONCLUSIONS: A correct identification is important to distinguish between intrinsic and acquired vancomycin resistance.

Evaluation of the use of real-time PCR for human T cell lymphotropic virus 1 and 2 as a confirmatory test in screening for blood donors

INTRODUCTION: HTLV-1/2 screening among blood donors commonly utilizes an enzyme-linked immunosorbent assay (EIA), followed by a confirmatory method such as Western blot (WB) if the EIA is positive. However, this algorithm yields a high rate of inconclusive results, and is expensive. METHODS: Two qualitative real-time PCR assays were developed to detect HTLV-1 and 2, and a total of 318 samples were tested (152 blood donors, 108 asymptomatic carriers, 26 HAM/TSP patients and 30 seronegative individuals). RESULTS: The sensitivity and specificity of PCR in comparison with WB results were 99.4% and 98.5%, respectively. PCR tests were more efficient for identifying the virus type, detecting HTLV-2 infection and defining inconclusive cases. CONCLUSIONS: Because real-time PCR is sensitive and practical and costs much less than WB, this technique can be used as a confirmatory test for HTLV in blood banks, as a replacement for WB.

A built-in self-test technique for high speed analog-to-digital converters

Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT) - PhD grant (SFRH/BD/62568/2009)

Da assessoria ao jornalismo : análise do processo de produção de press release na era digital em Portugal

A presente dissertação pretende fazer a análise do processo de produção do press release na assessoria em Portugal, a eficácia dessa ferramenta de comunicação junto dos jornalistas e, por inerência, a evolução da figura do assessor enquanto profissional reconhecido junto da comunidade jornalística. São também objetivos, compreender a relevância de um press release, perceber se gera efeito, analisar a possível forma de melhorar esta ferramenta e, ainda, perceber se esta ferramenta sofreu algum tipo de adaptação à era digital. A investigação inicia-se com a incursão pelos contextos e história das áreas profissionais em estudo, a assessoria de comunicação em agências e o jornalismo em Portugal, no quadro da crise económica e financeira de 2008 a 2013. O enfoque deste estudo será o procedimento e a eficácia de um press release, no período considerado. A pós-produção desta ferramenta implica o contacto entre dois interlocutores, os profissionais de assessoria e os profissionais do jornalismo. Finda esta investigação com análise baseada em seis entrevistas semiestruturadas, divididas em categorias profissionais e setores de atividade: jornalistas, assessores, assessores ex-jornalistas, nas áreas de saúde e consumo. Deste estudo resulta que o press release, privilegiando-se a sua estrutura e conteúdo, é, como foi, uma ferramenta fundamental muitas vezes, e nos dias de hoje, no auxílio às negociações one to one.

RadioActive Europe: jovens, o digital e as suas comunidades

Neste artigo, apresentamos uma discussão sobre as potencialidades da rádio e dos media digitais para uma educação para os media. Esta contextualização, que inclui o contexto português relativamente ao uso da rádio como meio em contexto educativo, pretende criar o pano de fundo para a exposição da metodologia aplicada pelo investigação-ação, concentrados em formas de empoderamento que efetivamente constituam elementos de crescimento curricular dos jovens envolvidos e que possam ser usados na procura de emprego. Em seguida, estaremos em condições de expor e refletir sobre os dados preliminares de aplicação do projeto, que decorre entre 2013 e 2014 em cinco países europeus, centrando-nos em processos de ligação ao digital e de ligação à comunidade envolvente.