Genomic characterization of Brazilian hepatitis C virus genotypes 1a and 1b

Parts of 5' non-coding (5' NC) and of E1 envelope regions of the hepatitis C virus (HCV) genome were amplified from sera of 26 Brazilian anti-HCV antibody-positive patients using the reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR). Fourteen samples were PCR positive with primers from the 5' NC region and 8 of them were also positive with primers from the E1 region. A genomic segment of 176 bp from the E1 region of 7 isolates was directly sequenced from PCR products. The sequences were compared with those of HCV strains isolated in other countries and the Brazilian isolates were classified by phylogenetic analysis into genotypes 1a and 1b. This could have a clinical importance since it has been shown that individuals infected with type 1 viruses are less likely to respond to treatment with interferon than individuals infected with types 2 and 3 viruses. Two quasispecies isolated from the same patient with an interval of 13 months differed by two base substitutions (1.1%). The sequence of another isolate presented a three-nucleotide deletion at codon 329

An improved HPLC method for the quantitation of 6-mercaptopurine and its metabolites in red blood cells

A procedure is described for the rapid determination of the intra-erythrocyte concentration of 6-mercaptopurine (6-MP) and its metabolites, 6-thioguanine nucleotides (6-TGN) and 6-methylmercaptopurine (6-MMP). Erythrocytes (8 x 10(8) cells) in 350 µl Hanks solution containing 7.5 mg dithiothreitol were treated with 50 µl 70% perchloric acid. The precipitate was removed by centrifugation (13,000 g) and the supernatant hydrolyzed at 100°C for 45 min. After cooling, 100 µl was analyzed directly by HPLC using a Radialpack Resolve C18 column eluted with methanol-water (7.5:92.5, v/v) containing 100 mM triethylamine. 6-TG, 6-MP and the hydrolysis product of 6-MMP, 4-amino-5-(methylthio)carbonyl imidazole, were monitored at 342, 322 and 303 nm using a Shimadzu SPD-M10A diode array UV detector. The analytes eluted at 5.3, 6.0 and 10.2 min, respectively. The calibration curves were linear (r² > 0.998), and the analytical recoveries were 73.2% for 6-TG, 119.1% for 6-MP and 97.4% for 6-MMP. The intra- and inter-assay variations were highest for 6-MP (9.6 and 14.3%, respectively). The lowest detectable concentrations were 3, 3 and 25 pmol/8 x 10(8) erythrocytes for 6-TG, 6-MP and 6-MMP, respectively. The quantification limits (coefficients of variation <15%) were 8, 10 and 70 pmol/8 x 10(8) erythrocytes for 6-TG, 6-MP and 6-MMP, respectively. The method was applied to the analysis of 183 samples from 36 children under chemotherapy for acute lymphoblastic leukemia. The concentrations of the metabolites in the red cells of the patients ranged from 0 to 1934 pmol/8 x 10(8) erythrocytes for 6-TGN, and from 0 to 105.8 and 0 to 45.9 nmol/8 x 10(8) erythrocytes for 6-MP and 6-MMP, respectively. The procedure gave results that were in agreement with those obtained with other methods designed to detect cases of non-compliance with treatment, including patient interviews and medical evaluation, among others, demonstrating its applicability to monitoring the treatment of leukemic children.

Solid-state reference and ion-selective electrodes : towards portable potentiometric sensing

Potentiometric sensors are very attractive tools for chemical analysis because of their simplicity, low power consumption and low cost. They are extensively used in clinical diagnostics and in environmental monitoring. Modern applications of both fields require improvements in the conventional construction and in the performance of the potentiometric sensors, as the trends are towards portable, on-site diagnostics and autonomous sensing in remote locations. The aim of this PhD work was to improve some of the sensor properties that currently hamper the implementation of the potentiometric sensors in modern applications. The first part of the work was concentrated on the development of a solid-state reference electrode (RE) compatible with already existing solid-contact ion-selective electrodes (ISE), both of which are needed for all-solid-state potentiometric sensing systems. A poly(vinyl chloride) membrane doped with a moderately lipophilic salt, tetrabutylammonium-tetrabutylborate (TBA-TBB), was found to show a satisfactory stability of potential in sample solutions with different concentrations. Its response time was nevertheless slow, as it required several minutes to reach the equilibrium. The TBA-TBB membrane RE worked well together with solid-state ISEs in several different situations and on different substrates enabling a miniature design. Solid contacts (SC) that mediate the ion-to-electron transduction are crucial components of well-functioning potentiometric sensors. This transduction process converting the ionic conduction of an ion-selective membrane to the electronic conduction in the circuit was studied with the help of electrochemical impedance spectroscopy (EIS). The solid contacts studied were (i) the conducting polymer (CP) poly(3,4-ethylienedioxythiophene) (PEDOT) and (ii) a carbon cloth having a high surface area. The PEDOT films were doped with a large immobile anion poly(styrene sulfonate) (PSS-) or with a small mobile anion Cl-. As could be expected, the studied PEDOT solid-contact mediated the ion-toelectron transduction more efficiently than the bare glassy carbon substrate, onto which they were electropolymerized, while the impedance of the PEDOT films depended on the mobility of the doping ion and on the ions in the electrolyte. The carbon cloth was found to be an even more effective ion-to-electron transducer than the PEDOT films and it also proved to work as a combined electrical conductor and solid contact when covered with an ion-selective membrane or with a TBA-TBB-based reference membrane. The last part of the work was focused on improving the reproducibility and the potential stability of the SC-ISEs, a problem that culminates to the stability of the standard potential E°. It was proven that the E° of a SC-ISE with a conducting polymer as a solid contact could be adjusted by reducing or oxidizing the CP solid contact by applying current pulses or a potential to it, as the redox state of the CP solid-contact influences the overall potential of the ISE. The slope and thus the analytical performance of the SC-ISEs were retained despite the adjustment of the E°. The shortcircuiting of the SC-ISE with a conventional large-capacitance RE was found to be a feasible instrument-free method to control the E°. With this method, the driving force for the oxidation/reduction of the CP was the potential difference between the RE and the SC-ISE, and the position of the adjusted potential could be controlled by choosing a suitable concentration for the short-circuiting electrolyte. The piece-to-piece reproducibility of the adjusted potential was promising, and the day-today reproducibility for a specific sensor was excellent. The instrumentfree approach to control the E° is very attractive considering practical applications.

Co-circulation of genotypes IA and IB of hepatitis A virus in Northeast Brazil

The Northeast region is the location of most cases of acute hepatitis A virus (HAV) in Brazil. In the present study, the genotypes of HAV strains from Pernambuco State, one of most populous states in the Northeast region, were characterized. Blood samples positive for anti-HAV IgM from 145 individuals (mean age = 29.1 years), collected during 2002 and 2003, were submitted to nested RT-PCR for amplification of the 5'non-translated region (5'NTR) and VP1/2A regions of the HAV genome. The VP1/2A and 5'NTR regions were amplified in 39 and 21% of the samples, respectively. Nucleotide sequencing was carried out in 46% of VP1/2A and in 53% of 5'NTR isolates. The identity in nucleotide sequence of the VP1/2A region ranged from 93.6 to 100.0%. Phylogenetic analysis of the VP1/2A sequences showed that 65% belong to sub-genotype IA and 35% to sub-genotype IB. Co-circulation of both sub-genotypes was observed in the two years studied. Distinct clusters of highly related sequences were observed in both sub-genotypes, suggesting endemic circulation of HAV strains in this area. In the 5'NTR isolates, 92.7-99.2% identity was observed and two isolates presented one deletion at position 413. Phylogenetic analysis showed that genotype IA strains cluster in the tree in the same way as genotype IB strains, but one IIIA isolate from Spain clusters with genotype IB strains. These results do not allow us to state that 5'NTR could be used to genotype HAV sequences. This is the first report of co-circulation of sub-genotypes IA and IB in this region, providing additional information about the molecular epidemiology of HAV strains in Brazil.

Molecular analysis of the bovine coronavirus S1 gene by direct sequencing of diarrheic fecal specimens

Bovine coronavirus (BCoV) causes severe diarrhea in newborn calves, is associated with winter dysentery in adult cattle and respiratory infections in calves and feedlot cattle. The BCoV S protein plays a fundamental role in viral attachment and entry into the host cell, and is cleaved into two subunits termed S1 (amino terminal) and S2 (carboxy terminal). The present study describes a strategy for the sequencing of the BCoV S1 gene directly from fecal diarrheic specimens that were previously identified as BCoV positive by RT-PCR assay for N gene detection. A consensus sequence of 2681 nucleotides was obtained through direct sequencing of seven overlapping PCR fragments of the S gene. The samples did not undergo cell culture passage prior to PCR amplification and sequencing. The structural analysis was based on the genomic differences between Brazilian strains and other known BCoV from different geographical regions. The phylogenetic analysis of the entire S1 gene showed that the BCoV Brazilian strains were more distant from the Mebus strain (97.8% identity for nucleotides and 96.8% identity for amino acids) and more similar to the BCoV-ENT strain (98.7% for nucleotides and 98.7% for amino acids). Based on the phylogenetic analysis of the hypervariable region of the S1 subunit, these strains clustered with the American (BCoV-ENT, 182NS) and Canadian (BCQ20, BCQ2070, BCQ9, BCQ571, BCQ1523) calf diarrhea and the Canadian winter dysentery (BCQ7373, BCQ2590) strains, but clustered on a separate branch of the Korean and respiratory BCoV strains. The BCoV strains of the present study were not clustered in the same branch of previously published Brazilian strains (AY606193, AY606194). These data agree with the genealogical construction and suggest that at least two different BCoV strains are circulating in Brazil.

Genetic analysis of the porcine group B rotavirus NSP2 gene from wild-type Brazilian strains

Group B rotaviruses (RV-B) were first identified in piglet feces, being later associated with diarrhea in humans, cattle, lambs, and rats. In human beings, the virus was only described in China, India, and Bangladesh, especially infecting adults. Only a few studies concerning molecular analysis of the RV-B NSP2 gene have been conducted, and porcine RV-B has not been characterized. In the present study, three porcine wild-type RV-B strains from piglet stool samples collected from Brazilian pig herds were used for analysis. PAGE results were inconclusive for those samples, but specific amplicons of the RV-B NSP2 gene (segment 8) were obtained in a semi-nested PCR assay. The three porcine RV-B strains showed the highest nucleotide identity with the human WH1 strain and the alignments with other published sequences resulted in three groups of strains divided according to host species. The group of human strains showed 92.4 to 99.7% nucleotide identity while the porcine strains of the Brazilian RV-B group showed 90.4 to 91.8% identity to each other. The identity of the Brazilian porcine RV-B strains with outer sequences consisting of group A and C rotaviruses was only 35.3 to 38.8%. A dendrogram was also constructed to group the strains into clusters according to host species: human, rat, and a distinct third cluster consisting exclusively of the Brazilian porcine RV-B strains. This is the first study of the porcine RV-B NSP2 gene that contributes to the partial characterization of this virus and demonstrates the relationship among RV-B strains from different host species.

Classification of brain tumor extracts by high resolution ¹H MRS using partial least squares discriminant analysis

High resolution proton nuclear magnetic resonance spectroscopy (¹H MRS) can be used to detect biochemical changes in vitro caused by distinct pathologies. It can reveal distinct metabolic profiles of brain tumors although the accurate analysis and classification of different spectra remains a challenge. In this study, the pattern recognition method partial least squares discriminant analysis (PLS-DA) was used to classify 11.7 T ¹H MRS spectra of brain tissue extracts from patients with brain tumors into four classes (high-grade neuroglial, low-grade neuroglial, non-neuroglial, and metastasis) and a group of control brain tissue. PLS-DA revealed 9 metabolites as the most important in group differentiation: γ-aminobutyric acid, acetoacetate, alanine, creatine, glutamate/glutamine, glycine, myo-inositol, N-acetylaspartate, and choline compounds. Leave-one-out cross-validation showed that PLS-DA was efficient in group characterization. The metabolic patterns detected can be explained on the basis of previous multimodal studies of tumor metabolism and are consistent with neoplastic cell abnormalities possibly related to high turnover, resistance to apoptosis, osmotic stress and tumor tendency to use alternative energetic pathways such as glycolysis and ketogenesis.

Behavioural characteristics in phylogenetics : a case study using black fly (Diptera: Simuliidae) cocoon spinning behaviour

1-1 is torically, the predominan t method of reconstructing phylogenies has been through the use of morphological characters. There are new techniques now gaining acceptance, including molecular techniques al1d chromosomal information. Altl10ugh the study of behaviour has been used in a comparative framework, these analyses have, historically, been based on intuition. Hennig (1966) devised a neV\' method of reconstructing phylogenies which provided a 110ncircular method for formulating, testing and refining phylogenies. Subsequent s)Tstematists had virtually abandoned ecological and beha\lioural data as primary indicators of phylogenetic relationships (Brooks and McLennan 1991). Therefore, in a modern cladistic framework (sensu Hennig) the analysis of behavioural traits remains underrepresented as a method of reconstructing phylogenies. This thesis will reconstruct the phylogeny for species of black flies (Diptera: Simuliidae), using two steps. The first step is to thoroughl)' understand and explain the cocoon spinning in black fly larvae. There have bee115 previous descriptions of cocoon spinning, but all were incomplete or erroneous. The advances in technology, including video recorders and VCRs, have allowed this behaviour to be analyzed in great detail in 20 different species. A complete description of the cocoon spinning of Simulium \littatum is given. This description will be used as a template for the other species observed. The description and understanding of cococ)n spinning was the first step in undertaking a phylogenetic analysis using this behaviour. The behaviour was then broken down and analyzed, revealing 23 characters, 3 either qualitative and quantitative in nature. These characters were assessed in a cladistic framework (sensu Hennig) and a phylogenetic tree was reconstructed with a e.I of 0.91 and an R.I. of 0.96. This phylogenetic tree closely resembles a previously established pllylogenetic tree produced from morphological and cytological information. The importance of this result is the indication that, contrary to some authors, behavioural characters, if used properly, can add very informative characters to a data set.

Variability in the Insect and Plant Adhesins, Mad1 and Mad2, within the Fungal Genus Metarhizium Suggest Plant Adaptation as an Evolutionary Force

Several species of the insect pathogenic fungus Metarhizium are associated with certain plant types and genome analyses suggested a bifunctional lifestyle; as an insect pathogen and as a plant symbiont. Here we wanted to explore whether there was more variation in genes devoted to plant association (Mad2) or to insect association (Mad1) overall in the genus Metarhizium. Greater divergence within the genus Metarhizium in one of these genes may provide evidence for whether host insect or plant is a driving force in adaptation and evolution in the genus Metarhizium. We compared differences in variation in the insect adhesin gene, Mad1, which enables attachment to insect cuticle, and the plant adhesin gene, Mad2, which enables attachment to plants. Overall variation for the Mad1 promoter region (7.1%), Mad1 open reading frame (6.7%), and Mad2 open reading frame (7.4%) were similar, while it was higher in the Mad2 promoter region (9.9%). Analysis of the transcriptional elements within the Mad2 promoter region revealed variable STRE, PDS, degenerative TATA box, and TATA box-like regions, while this level of variation was not found for Mad1. Sequences were also phylogenetically compared to EF-1a, which is used for species identification, in 14 isolates representing 7 different species in the genus Metarhizium. Phylogenetic analysis demonstrated that the Mad2 phylogeny is more congruent with 59 EF-1a than Mad1. This would suggest that Mad2 has diverged among Metarhizium lineages, contributing to clade- and species-specific variation, while it appears that Mad1 has been largely conserved. While other abiotic and biotic factors cannot be excluded in contributing to divergence, these results suggest that plant relationships, rather than insect host, have been a major driving factor in the divergence of the genus Metarhizium.

Variability in the Insect and Plant Adhesins, Mad1 and Mad2, within the Fungal Genus Metarhizium Suggest Plant Adaptation as an Evolutionary Force

Several species of the insect pathogenic fungus Metarhizium are associated with certain plant types and genome analyses suggested a bifunctional lifestyle; as an insect pathogen and as a plant symbiont. Here we wanted to explore whether there was more variation in genes devoted to plant association (Mad2) or to insect association (Mad1) overall in the genus Metarhizium. Greater divergence within the genus Metarhizium in one of these genes may provide evidence for whether host insect or plant is a driving force in adaptation and evolution in the genus Metarhizium. We compared differences in variation in the insect adhesin gene, Mad1, which enables attachment to insect cuticle, and the plant adhesin gene, Mad2, which enables attachment to plants. Overall variation for the Mad1 promoter region (7.1%), Mad1 open reading frame (6.7%), and Mad2 open reading frame (7.4%) were similar, while it was higher in the Mad2 promoter region (9.9%). Analysis of the transcriptional elements within the Mad2 promoter region revealed variable STRE, PDS, degenerative TATA box, and TATA box-like regions, while this level of variation was not found for Mad1. Sequences were also phylogenetically compared to EF-1a, which is used for species identification, in 14 isolates representing 7 different species in the genus Metarhizium. Phylogenetic analysis demonstrated that the Mad2 phylogeny is more congruent with 59 EF-1a than Mad1. This would suggest that Mad2 has diverged among Metarhizium lineages, contributing to clade- and species-specific variation, while it appears that Mad1 has been largely conserved. While other abiotic and biotic factors cannot be excluded in contributing to divergence, these results suggest that plant relationships, rather than insect host, have been a major driving factor in the divergence of the genus Metarhizium.

Étude du polymorphisme intra- et inter-spécifique du gène β-tubuline chez des espèces de champignons mycorhiziens à arbuscules en vue de développer des marqueurs moléculaires

Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA), classés dans le phylum Glomeromycota, ne peuvent pas être facilement identifiés par la morphologie de leurs spores et leurs mycélia à l'intérieur ou à l'extérieur des racines de leurs hôtes. Ce problème fondamental d'identification rend l'étude de leur diversité, en particulier dans leur habitat naturel (sol et racine) extrêmement difficile. Les gènes ribosomaux ont été largement utilisés pour développer des amorces spécifiques et en inférer des arbres phylogénétiques. Cependant, ces gènes sont très polymorphes et existent en plusieurs copies dans le génome des CMA, ce qui complique l’interprétation des résultats. Dans notre étude, nous avons étudié le polymorphisme intra- et inter-spécifique du gène β-tubuline, présent en faible nombre de copies dans le génome des CMA, afin d’obtenir de nouvelles séquences nucléotidiques pour développer des marqueurs moléculaires. Les gènes β-tubuline amplifiés à partir de l'ADN génomique de cinq espèces du genre Glomus ont été clonés et séquencés. L’analyse des séquences indique un polymorphisme intraspécifique chez trois espèces de CMA. Deux séquences paralogues très variables ont été nouvellement identifiées chez les G. aggregatum, G. fasciculatum et G. cerebriforme. Aucun polymorphisme n’a été détecté chez les G. clarum et G. etunicatum. Toutes les séquences montrent la présence de deux introns hautement variables. La majorité des substitutions ont été localisées dans les exons et sont synonymes à 90%. La conservation des acides aminés suggère un niveau élevé de sélection négative sur le gène β-tubuline et nous permet de confirmer que les CMA représentent un ancien groupe fongique (400 million d’années). L’analyse phylogénétique, réalisée avec vingt et une séquences nucléotidiques du gène β-tubuline, a révélé que les séquences des Glomaceae forment un groupe monophylétique bien supporté, avec les Acaulosporaceae et Gigasporaceae comme groupe frère. Les séquences paralogues nouvellement identifiées chez les G. aggregatum et G. fasciculatum n'ont pas été monophylétiques au sein de chaque espèce. Les oligonucléotides ont été choisis sur la base des régions variables et conservées du gène β-tubuline. Le test PCR des amorces β-Tub.cerb.F/ β-Tub.cerb.R a révélé des bandes spécifiques de 401 pb pour les séquences paralogues du G. cerebriforme. Deux paires d’amorces ont été développées afin d’identifier les séquences du groupe nommé Tub.1. Les tests PCR nous ont permis d’identifier certaines séquences du groupe Tub.1. Une paire d’amorce β-Tub.2.F/ β-Tub.2.R nous a permis d’identifier certaines séquences paralogues du groupe nommé Tub.2. L’analyse d’autres gènes combinée à celle du gène β-tubuline permettra le développement de marqueurs moléculaires plus spécifiques pour l’identification de CMA.

Caractérisation du risque associé au virus de l'hépatite E chez le porc

Dans cette étude, la bile d’un porc canadien naturellement infecté par une souche du virus de l’hépatite E (VHE) a été utilisée afin d’inoculer deux groupes de porcelets. Dans l’étude précoce (E), 4 porcelets âgés de 4 semaines et exempts de pathogènes spécifiques (SPF), ont été suivis jusqu’à 14 jours post-inoculation (pi). Dans l’étude tardive (L), 9 porcelets ont été suivis à chaque semaine jusqu’à l’abattage, soit 120 jours pi. À la nécropsie, la présence du VHE a été évaluée dans différents organes à 7, 14 et 120 jours pi. Des porcelets témoins (E=2 et L=3) ont été inoculés par de la bile exempte de VHE. Le virus a persisté chez certains animaux jusqu’à 84 à 105 jours pi dans le sérum malgré la présence d’anticorps IgG anti-VHE dans le sang, suggérant une virémie prolongée. L’excrétion virale dans les fèces s’est étalée également sur une période de 105 jours pi chez certains animaux. De plus, la détection de l’ARN viral dans les organes évalués s’est révélée presque nulle à l’âge d’abattage à l’exception de quelques vésicules biliaires, alors qu’on retrouvait l’ARN viral dans plusieurs organes à 7 et 14 jours pi. Pour évaluer la distribution du VHE chez les porcs commerciaux du Québec, un échantillonnage de porcs de trois abattoirs a été réalisé. Environ 100 échantillons de sang, fèces, foies et bile provenant des mêmes animaux en processus d’abattage ont été prélevés dans chacun des abattoirs, sur des porcs destinés à la consommation humaine. La détection de l’ARN viral et des anticorps du VHE a été réalisée à l’aide d’une RT-PCR nichée et d’un test ELISA adapté pour déceler les anticorps porcins anti-VHE. Chez les porcs d’abattoir, 12,9 % des échantillons de bile contenaient de l’ARN viral du VHE, alors que la détection virale était moindre dans les autres organes. Une séroprévalence en IgG de 26,0 % a été obtenue pour les sérums porcins analysés. Une analyse phylogénétique des différentes souches isolées pendant l’étude a démontré qu’elles sont du génotype 3. Ces données indiquent une exposition potentielle des travailleurs de l’industrie porcine au VHE porcin, notamment par les fèces, le sang et les organes et également pour les consommateurs par le biais des foies.

Algorithmes pour la reconstruction de génomes ancestraux

L’inférence de génomes ancestraux est une étape essentielle pour l’étude de l’évolution des génomes. Connaissant les génomes d’espèces éteintes, on peut proposer des mécanismes biologiques expliquant les divergences entre les génomes des espèces modernes. Diverses méthodes visant à résoudre ce problème existent, se classant parmis deux grandes catégories : les méthodes de distance et les méthodes de synténie. L’état de l’art des distances génomiques ne permettant qu’un certain répertoire de réarrangements pour le moment, les méthodes de synténie sont donc plus appropriées en pratique. Nous proposons une méthode de synténie pour la reconstruction de génomes ancestraux basée sur une définition relaxée d’adjacences de gènes, permettant un contenu en gène inégal dans les génomes modernes causé par des pertes de gènes de même que des duplications de génomes entiers (DGE). Des simulations sont effectuées, démontrant une capacité de former une solution assemblée en un nombre réduit de régions ancestrales contigües par rapport à d’autres méthodes tout en gardant une bonne fiabilité. Des applications sur des données de levures et de plantes céréalières montrent des résultats en accord avec d’autres publications, notamment la présence de fusion imbriquée de chromosomes pendant l’évolution des céréales.

Les discours ruraux, urbains et périurbains du cinéma québécois

Ce projet s’intéresse aux représentations que fait le cinéma des territoires et à la manière dont ces représentations reflètent des grands enjeux socio-spatiaux. L’espace cinématographique devient une clé d’entrée pour l’analyse géographique. Cette analyse porte plus particulièrement sur les représentations que fait le cinéma québécois contemporain des espaces urbains, ruraux et périurbains. Les récits et les représentations spatiales qui les composent se positionnent souvent sur les enjeux socio-spatiaux, produits par l’histoire nationale et les processus socioéconomiques. La proposition d’analyser les représentations cinématographiques en lien avec le contexte socioéconomique vise deux principaux objectifs conceptuels. D’une part, elle s’intéresse à une meilleure compréhension du façonnement des discours sur l’espace, en ce qui a trait à leur émergence et leur négociation. D’autre part, l’analyse vise une définition élargie des espaces ruraux, urbains et périurbains contemporains, en révélant la complexité et simultanément, la simplification dont ils font l’objet, ainsi que les enjeux qui leurs sont associés. Il s’agit d’exploiter la cinématographie québécoise comme un outil d’analyse qui permet de dévoiler la diversité des discours socio-spatiaux. Des approches quantitatives et qualitatives d’interprétation des discours sont jumelées pour réaliser une analyse complète. La méthode retenue est l’analyse critique du discours (ACD), qui tient compte des rapports idéologiques et vise à la dénaturalisation du discours. En quelques mots, l’analyse consiste en l’identification de relations entre les représentations spatiales et le contexte socioéconomique duquel elles ont émergé. Le cadre opérationnel est constitué d’un corpus de 50 films québécois réalisés entre 1980-2008, « lus » à l’aide d’une grille de lecture originale et analysés avec des méthodes d’analyse spatiale et statistique, combinées à une interprétation qualitative. L’analyse quantitative révèle que le monde urbain et le monde rural sont souvent mis en opposition. Les films font de Montréal le principal pôle urbain, tandis que le reste du Québec est associé au milieu rural. Influencées par les flux culturels et économiques globaux, les représentations montréalaises suggèrent une ville fragmentée et continuellement en mouvement. En opposition à ces représentations urbaines, les cinéastes envisagent l’espace rural comme étant exempt de travail, axé sur le chez-soi et doté d’un esprit communautaire. Il est suggéré que la ville, toujours en croissance, restreint les possibilités d’un développement communautaire fort. Face à une ville transformée par la globalisation et en perte d’authenticité, une forme de régionalisme est observée. Ce dernier associe un ensemble de valeurs à une communauté ou à un territoire, afin de se distinguer devant des forces globalisantes qui semblent homogénéiser les valeurs. Pourtant, l’analyse quantitative laisse voir des contradictions au sein de chaque entité géographique ou milieu. L’analyse qualitative permet d’approfondir l’interprétation et révèle sept grands discours sur les espaces urbains et ruraux. Sont notamment identifiés des discours sur la contestation de la modernité urbaine, sur la réappropriation du milieu de vie par les citoyens et sur un espace rural parfois brutal. Cette analyse amène à conclure que la diversité des discours s’explique par l’hétérogénéité des pratiques socio-spatiales, qui remettent en question l’idée d’un discours national homogène. Cela témoigne de l’évolution et la négociation des regards que nous posons sur nos espaces. Au final, cette thèse contribue à une meilleure utilisation du matériel cinématographique comme support d’étude géographique en proposant une approche méthodologique claire et originale. Sur un plan conceptuel, elle rappelle la complexité et le dynamisme des représentations territoriales québécoises, ainsi que les stratégies de négociation des cinéastes face aux enjeux socio-spatiaux vécus dans la province.

Analysis of intrinsic cardiac neuron activity in relation to neurogenic atrial fibrillation and vagal stimulation

La fibrillation auriculaire est le trouble du rythme le plus fréquent chez l'homme. Elle conduit souvent à de graves complications telles que l'insuffisance cardiaque et les accidents vasculaires cérébraux. Un mécanisme neurogène de la fibrillation auriculaire mis en évidence. L'induction de tachyarythmie par stimulation du nerf médiastinal a été proposée comme modèle pour étudier la fibrillation auriculaire neurogène. Dans cette thèse, nous avons étudié l'activité des neurones cardiaques intrinsèques et leurs interactions à l'intérieur des plexus ganglionnaires de l'oreillette droite dans un modèle canin de la fibrillation auriculaire neurogène. Ces activités ont été enregistrées par un réseau multicanal de microélectrodes empalé dans le plexus ganglionnaire de l'oreillette droite. L'enregistrement de l'activité neuronale a été effectué continument sur une période de près de 4 heures comprenant différentes interventions vasculaires (occlusion de l'aorte, de la veine cave inférieure, puis de l'artère coronaire descendante antérieure gauche), des stimuli mécaniques (toucher de l'oreillette ou du ventricule) et électriques (stimulation du nerf vague ou des ganglions stellaires) ainsi que des épisodes induits de fibrillation auriculaire. L'identification et la classification neuronale ont été effectuées en utilisant l'analyse en composantes principales et le partitionnement de données (cluster analysis) dans le logiciel Spike2. Une nouvelle méthode basée sur l'analyse en composante principale est proposée pour annuler l'activité auriculaire superposée sur le signal neuronal et ainsi augmenter la précision de l'identification de la réponse neuronale et de la classification. En se basant sur la réponse neuronale, nous avons défini des sous-types de neurones (afférent, efférent et les neurones des circuits locaux). Leur activité liée à différents facteurs de stress nous ont permis de fournir une description plus détaillée du système nerveux cardiaque intrinsèque. La majorité des neurones enregistrés ont réagi à des épisodes de fibrillation auriculaire en devenant plus actifs. Cette hyperactivité des neurones cardiaques intrinsèques suggère que le contrôle de cette activité pourrait aider à prévenir la fibrillation auriculaire neurogène. Puisque la stimulation à basse intensité du nerf vague affaiblit l'activité neuronale cardiaque intrinsèque (en particulier pour les neurones afférents et convergents des circuits locaux), nous avons examiné si cette intervention pouvait être appliquée comme thérapie pour la fibrillation auriculaire. Nos résultats montrent que la stimulation du nerf vague droit a été en mesure d'atténuer la fibrillation auriculaire dans 12 des 16 cas malgré un effet pro-arythmique défavorable dans 1 des 16 cas. L'action protective a diminué au fil du temps et est devenue inefficace après ~ 40 minutes après 3 minutes de stimulation du nerf vague.